Wyrok WSA z dnia 18 sierpnia 2026, sygn. I SA/Gd 295/26

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca wniosła o jego uchylenie w całości, stwierdzenie naruszenia prawa poprzez bezpodstawne umorzenie postępowania oraz zasądzenie kosztów postępowania według norm przepisanych.

Zaskarżonemu postanowieniu Skarżąca zarzuciła naruszenie:

1. art. 208 § 1 O.p., poprzez błędne przyjęcie, że postępowanie stało się bezprzedmiotowe, mimo że:

- przedmiotem postępowania była ocena legalności postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT,

- postanowienie to zostało wydane i zaskarżone przez Stronę, a więc istniał realny przedmiot kontroli instancyjnej;

2. art. 233 § 1 O.p. poprzez uchylenie się od merytorycznej kontroli postanowienia organu I instancji, mimo że obowiązkiem organu odwoławczego jest rozpoznanie zarzutów Strony i ocena legalności zaskarżonego postanowienia;

3. art. 122 O.p., poprzez brak wyjaśnienia wszystkich okoliczności sprawy, w szczególności:

- pominięcie zarzutów dotyczących braku podstaw do przedłużenia terminu zwrotu podatku,

- pominięcie kwestii terminu doręczenia wezwania oraz możliwości udzielenia odpowiedzi przez Stronę;

4. art. 121 § 1 O.p. poprzez zastosowanie konstrukcji umorzenia postępowania w sposób prowadzący do uniknięcia kontroli legalności działania organu I instancji.

Uzasadnienie skargi stanowi rozwinięcie stawianych zarzutów.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:

Sąd administracyjny w granicach swojej właściwości bada zgodność z prawem zaskarżonych postanowień organów administracji.

W rozważanej sprawie istota sporu sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy Dyrektor IAS zasadnie, działając na podstawie art. 233 § 1 pkt 3 w zw. z art. 208 § 1, art. 219, art. 235, art. 239 O.p. umorzył jako bezprzedmiotowe postępowanie w sprawie zażalenia Spółki na postanowienie Naczelnika US w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu bezpośredniego kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za listopad 2025 r. do czasu zakończenia weryfikacji, tj. do dnia 30.04.2026 r.

W ocenie Sądu skarga jest zasadna, albowiem zaskarżone do Sądu postanowienie narusza przepisy prawa w stopniu skutkującym wyeliminowaniem z obrotu prawnego.

W ocenie Sądu nie można podzielić stanowiska organu odwoławczego, stwierdzającego bezprzedmiotowość postępowania. Wniesione zażalenie winno podlegać merytorycznej ocenie organu drugiej instancji.

Należy wyjaśnić, że zastosowanie instytucji przedłużenia terminu z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT stanowi w istocie wyjątek od zasady natychmiastowości zwrotu. Instrument ten stanowi element wyważenia pomiędzy sprzecznymi interesami podatnika oraz Skarbu Państwa. Podatnik zainteresowany jest otrzymaniem natychmiastowego zwrotu kwoty nadpłaconego podatku VAT (w zgodzie z zasadą neutralności), z kolei organy podatkowe zainteresowane są wyeliminowaniem potencjalnych oszustw podatkowych i nieprawidłowości w funkcjonowaniu systemu podatku od towarów i usług działających na szkodę Skarbu Państwa. Istniejący konflikt pomiędzy tymi wartościami i w konsekwencji konieczność ich wyważenia akcentowany jest również w orzecznictwie Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, a wyżej wskazane zasady stanowią element unijnego systemu podatku VAT (por. wyrok TSUE z 10 lipca 2008r. w sprawie C-25/07, EU:C:2008:395). Z orzecznictwa TSUE wynika, że z jednej strony, wprowadzanie w życie prawa do zwrotu nadpłaconego VAT przewidzianego w art. 183 dyrektywy 112 objęte jest zasadniczo autonomią proceduralną państw członkowskich, to jednak ramy tej autonomii stanowią zasady równoważności i skuteczności (zob. wyroki TSUE: z 12 maja 2011 r., C-107/10, EU:C:2011:298, pkt 29; z 19 lipca 2012 r., C-591/10, EU:C:2012:478, pkt 27; z 24 października 2013 r., C-431/12, EU:C:2013:686, pkt 20). Z drugiej strony, państwa członkowskie muszą przestrzegać określonych szczególnych zasad przy wprowadzaniu w życie prawa do zwrotu nadpłaconego VAT wynikającego z art. 183 dyrektywy 112, interpretowanego w kontekście i w świetle zasad ogólnych regulujących dziedzinę VAT (wyroki TSUE: z 24 października 2013 r., C-431/12, EU:C:2013:686, pkt 21; z 6 lipca 2017 r., C-254/16, EU:C:2017:522, pkt 19).

Zgodnie z art. 87 ustawy o VAT, w przypadku, gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy (ust. 1). Zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 6 i 6a, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, pisemnego, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty (ust. 2).

Zgodnie natomiast z art. 208 O.p., gdy postępowanie z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania. Powołany przepis stosuje się odpowiednio do postanowień na mocy art. 219 O.p. Bezprzedmiotowość oznacza generalnie brak podstaw do załatwienia sprawy w znaczeniu procesowym czy materialnoprawnym, gdyż brak jest przedmiotu postępowania.

W ocenie Sądu organ drugiej instancji błędnie, z naruszeniem art. 87 ust. 2 ustawy o VAT, jak również art. 208 § 1 O.p. w zw. z art. 233 § 1 pkt 3 O.p., uznał, że prowadzone przez niego postępowanie zażaleniowe jest bezprzedmiotowe i z tego względu winno zostać umorzone. Skoro bowiem bezprzedmiotowość postępowania ma miejsce tylko wtedy, gdy brak jest podstaw do merytorycznego załatwienia danej sprawy, to w okolicznościach rozpoznawanej sprawy przesłanka te nie została spełniona. Mając zaś na uwadze, że umorzenie postępowania – co nie powinno budzić większych kontrowersji – stanowi wyjątek od zasady merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy, to przesłanki te (bezprzedmiotowości postępowania) nie mogą być odczytywane w sposób rozszerzający. W rozpoznawanej sprawie w dacie orzekania przez organ drugiej instancji występowały wszystkie niezbędne elementy stosunku materialnoprawnego pozwalające na rozstrzygnięcie jej w sposób merytoryczny. Istniał bowiem podmiot – skarżąca spółka, o którego prawach należało rozstrzygnąć, aktualny był też przedmiot postępowania, o którym należało orzec w ramach postępowania podatkowego, a było nim przedłużenie terminu zwrotu podatku od towarów i usług, wreszcie istniała podstawa prawna i organ właściwy do wydania merytorycznego orzeczenia w tym przedmiocie. W ocenie sądu nie jest uzasadnione stanowisko organu drugiej instancji, że wraz ze zwrotem kwoty nadwyżki podatku naliczonego nad należnym, zdezaktualizowało się jego uprawnienie do orzekania w przedmiocie przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT. (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego : z 6 sierpnia 2021 r. o sygn. akt I FSK 1041/21 oraz z 19 października 2021 r. sygn. akt I FSK 1706/21 i I FSK 1707/21 i z dnia 11 lipca 2024 r. I FSK 1524/20 , orzeczenia dostępne w CBOSA).

Należy mieć bowiem na uwadze, że o ile przedmiotem postanowienia wydanego w trybie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT jest przedłużenie terminu zwrotu różnicy podatku z uwagi na konieczność dokonania dodatkowej weryfikacji rozliczeń podatnika, to przedmiotem postępowania zażaleniowego jest ponowne zbadanie przesłanek do wydania takiego postanowienia, a więc przesłanek do prowadzenia w tym przedmiocie dalszego postępowania weryfikacyjnego, które czasowo zawiesza prawo podatnika do rozporządzania zwrotem nadwyżki podatku naliczonego (por. wyrok NSA z 20 stycznia 2021 r. sygn. akt I FSK 1411/20).

Prowadzone przez organ pierwszej instancji postępowanie na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o VAT - jako wtórne wobec materialnego prawa do dysponowania nadwyżką podatku naliczonego przez podatnika - staje się bezprzedmiotowe. Oznacza to, że zwrot podatku staje się kwestią dokonania czynności materialno-technicznej, o czym świadczy wyrażenie "wypłaca" w zdaniu trzecim omawianego przepisu. Okoliczność ta nie oznacza jednak, że bezprzedmiotowe staje się postępowanie zażaleniowe na postanowienie organu pierwszej instancji. Przedmiot postępowania zażaleniowego obejmuje bowiem zbadanie przesłanek pozytywnych i negatywnych, a co stanowi warunek sine qua non do prowadzenia przez naczelnika urzędu skarbowego postępowania w trybie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT.

Umorzenie postępowania zażaleniowego pozbawiło skarżącą prawa do kontroli instancyjnej postanowienia naczelnika urzędu skarbowego, naruszając w ten sposób zasadę dwuinstancyjności postępowania oraz normę kompetencyjną zastrzeżoną dla organu pierwszej instancji do wydania rzeczonego postanowienia.

Zaaprobowanie rozstrzygnięcia organu odwoławczego skutkowałoby zaakceptowaniem niedopuszczalnego w demokratycznym państwie prawnym pozostawienia postanowień wydawanych przez naczelników urzędów skarbowych w trybie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT poza rzeczywistą kontrolą sądów administracyjnych. Postępowanie zażaleniowe, które organ odwoławczy umorzył, obejmowało zarówno pozytywne przesłanki przemawiające za wydaniem postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku z uwagi na konieczność dodatkowej weryfikacji rozliczeń strony, jak również przesłanki negatywne, których zaistnienie mogło potencjalnie spowodować, że skarżąca z mocy prawa w określonym terminie nabyła prawo do wykazanej w deklaracji nadwyżki podatku naliczonego wraz z odsetkami. Nie oznacza to jednak, że przestał istnieć przedmiot postępowania zażaleniowego, lecz może to co najwyżej oznaczać, że ze skutkiem ex tunc strona mogła nabyć zadeklarowaną różnicę VAT. Zbadanie tej kwestii wymagało przeprowadzenia postępowania zażaleniowego. W realiach niniejszej sprawy organ był zobowiązany do wydania merytorycznego rozstrzygnięcia w rozumieniu art. 233 § 1 pkt 1 lub art. 233 § 1 pkt 2 lit. a) w zw. z art. 239 O.p. (por. wyrok NSA z 7 października 2022 r., sygn. akt I FSK 835/19). Dokonanie zwrotu podatku po przedłużeniu terminu do zwrotu nie skutkuje bezprzedmiotowością postępowania, które dotyczy legalności przedłużenia terminu, a nie czynności materialno-technicznej jaką jest zwrot podatku, czy też zasadności tego zwrotu.

W związku z powyższym ponownie rozpoznając organ odwoławczy rozpozna zażalenie , dokonując merytorycznej oceny zgodnie z art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT.

Mając powyższe na uwadze Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku orzekł jak sentencji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) oraz art. 200 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm).