Wyrok WSA z dnia 02 czerwca 2026, sygn. I SA/Gd 297/26

W ocenie Dyrektora IAS, w niniejszej sprawie nie znajdują zastosowania wyłączenia od zastosowania sankcji, o których mowa w art. 112b ust. 3 ustawy o VAT, gdyż dla odstąpienia od zastosowania art. 112b ust. 1 pkt 1 lita tej ustawy, muszą zostać spełnione warunki określone w pkt 1-3 wskazanego przepisu, które w niniejszym przypadku nie wystąpiły, ponieważ:

- przed dniem wszczęcia kontroli podatkowej Spółka nie złożyła korekty deklaracji podatkowej za wrzesień 2019 r. oraz nie wpłaciła kwot podatku (zobowiązania) za ten okres rozliczeniowy (art. 112b ust. 3 pkt 1),

- zawyżenie kwoty do zwrotu nie wiązało z popełnionymi błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami (art. 112b ust. 3 pkt2a),

- stwierdzone nieprawidłowości nie wiążą się z okolicznościami ujęcia poprawnego rozliczenia w innych niż właściwe okresach rozliczeniowych (art. 112b ust. 3 pkt 2b),

- sprawa dotyczy Spółki, a nie osoby fizycznej, zatem nie zaistniała/zaistnieje sytuacja, że osoba fizyczna za ten sam czyn poniosła/poniesie odpowiedzialność za wykroczenie skarbowe albo za przestępstwo skarbowe (art. 112b ust. 3 pkt 3 ustawy).

Dyrektor IAS, realizując zalecenia wynikające z wyroku WSA w Gdańsku oraz dokonując analizy zebranego materiału dowodowego w świetle powyższych kryteriów, stwierdził, że:

1) w zakresie okoliczności powstania nieprawidłowości (art. 112b ust. 2b pkt 1 ustawy o VAT) Spółka dokonała obniżenia podatku należnego za wrzesień 2019 r. (przez co zawyżyła kwotę zwrotu różnicy podatku naliczonego za ten miesiąc) o podatek VAT na podstawie:

- wystawionej na Spółkę przez S. Sp. z o.o. faktury z dnia 20 sierpnia

2019 r., wobec której w I instancji została dokonana ocena, że Strona nie była rzeczywistym nabywcą zafakturowanych usług, zasadniczo z uwagi na treść zebranych w toku kontroli wyjaśnień, z których wynika, że zafakturowane czynności (spotkania, rozmowy) odbywały się zanim w Spółce powołano osoby do reprezentacji, co Spółka uznała, dając temu wyraz złożeniem po kontroli, skorygowanej w tym zakresie, deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. - z wyjaśnień złożonych przez Stronę w toku postępowania wynika, że faktura została wystawiona za konsultacje w związku z przygotowaniem się do zakupu nieruchomości przy ul. [...] - pierwsze rozmowy odbyły się wiosną 2018 r., zakończyły wiosną 2019 r. - spółkę S. reprezentował p. T. Z. - w piśmie z 23.01.2020 r. Skarżąca wskazała, że "rozmowy z firmą S. prowadzone były przez pana L. M." - z umowy spółki komandytowej wynika, że Spółka została zawiązana 17.01.2019 r., w Krajowym Rejestrze Sądowym została zarejestrowana 19.03.2019 r., co wyklucza udział Spółki w zafakturowanych konsultacjach, wiosną 2018 r., tj. ok. 10 miesięcy przed zawiązaniem Spółki i przez kolejne miesiące 2018 r. Spółkę reprezentuje samodzielnie komplementariusz, tj. F. Sp. z o.o., zarejestrowana w KRS w dniu 14.12.2018 r., w której funkcję działającego samodzielnie, członka zarządu, pełni p. L. M., który mógł F. Sp. z o.o. reprezentować, według wpisu do KRS, dopiero od 13.08.2019 r. na podstawie umowy z aktu notarialnego z 24.07.2019 r., co przeczy możliwości udziału p. L. M. w zafakturowanych konsultacjach, jako reprezentującego F. Sp. z o.o. Sp.k.,

- wystawionych na Spółkę przez S1. s.c., dwóch faktur z dnia 20 września 2019 r., które zostały ocenione, jako dokumentujące transakcję, która nie podlegała opodatkowaniu podatkiem VAT, bowiem stanowiła sprzedaż przedsiębiorstwa, do której przepisy ustawy o VAT nie mają zastosowania, zatem u sprzedawcy nie powstał obowiązek podatkowy z tyt. należnego podatku VAT - WSA w Gdańsku w wyroku o sygn. akt I SA/Gd 1338/21, zgodził się z Dyrektorem IAS, że "nabyte nieruchomości, wraz z dokumentacją budowlaną, ruchomości oraz to samo miejsce siedziby działalności, stanowiły całość użytkową, pozwalającą Spółce skarżącej samodzielnie realizować określone zadania gospodarcze, co odpowiada definicji przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 Kodeksu cywilnego. Natomiast, zawarcie umów na świadczenie usług, niezbędnych według Spółki skarżącej do prowadzenia tej działalności, było następstwem przyjęcia określonego modelu funkcjonowania i założonej skali działalności, wynikało też ze zmiany stron umów lub też z rozwoju, osiągnięcia kolejnego etapu przedsięwzięcia, z potrzebami w zakresie kończenia prac budowlanych.";

2) w zakresie rodzaju i stopnia naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości (art. 112b ust. 2b pkt 2 ww. ustawy): Rodzaj i stopień naruszenia obowiązków ciążących na Spółce, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości były istotne i znaczne. Spółka dokonała obniżenia podatku należnego poprzez odliczenie podatku na podstawie faktury dokumentującej świadczenie usług, których nie była rzeczywistym nabywcą - z czym się zgodziła, korygując w tym zakresie deklarację podatkową za wrzesień 2019 r. Jednocześnie dokonała odliczenia podatku na podstawie faktur, które dokumentowały transakcję niepodlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT, tj. sprzedaż przedsiębiorstwa, do której nie stosuje się przepisów ustawy o VAT. W rezultacie, doszło do zawyżenia podatku naliczonego za wrzesień 2019 r. o kwotę 1.193.894 zł, a w konsekwencji, do sankcjonowanego zawyżenia zadeklarowanego za wrzesień 2019 r. zwrotu różnicy podatku. Zasadność oceny o dokonanych przez Spółkę nieprawidłowościach w rozliczeniu za wrzesień 2019 r. potwierdził WSA w Gdańsku wyrokiem z dnia 16 marca 2022 r., którym oddalił skargę Strony w tym zakresie, przez co utrzymana została ostateczność decyzji podatkowej w części merytorycznej, dot. ponownego rozliczenia podatku VAT za wrzesień 2019 r. Zakwestionowanie przez Sąd stwierdzenia, że w niniejszej sprawie doszło do nadużycia art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, nie przeczy przekonaniu organu II instancji, które podtrzymuje, o pełnej świadomości Strony co do nieprawidłowości w zakresie odliczenia podatku VAT z faktury z dnia 20 sierpnia 2019 r., czemu dała wyraz korygując deklarację za wrzesień 2019 r., jak również, co do nieobjętego podatkiem VAT zakupu przedsiębiorstwa, a nie jego części, ujętych w ww. fakturach z dnia 20 września 2019 r., co potwierdził WSA, oddalając skargę Spółki od decyzji z dnia 6 sierpnia 2021 r. w części merytorycznej;

3) w zakresie rodzaju, stopnia i częstotliwości stwierdzonych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku (art. 112b ust. 2b pkt 3 ustawy o VAT): Z pozyskanych w toku postępowania informacji, w tym z odpowiedzi Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Gdańsku, Naczelnika Urzędu Skarbowego w Sopocie oraz Naczelnika Pomorskiego Urzędu Skarbowego w Gdańsku na pisma tut. Organu, wynika, że wobec Spółki nie były prowadzone kontrole podatkowe ani postępowania podatkowe za inne nieprzedawnione okresy rozliczeniowe. Nie stwierdzono również nieprawidłowości w zakresie podatku VAT w ramach czynności sprawdzających. Stwierdzono natomiast opóźnienia w terminowym regulowaniu należności podatkowych względem budżetu państwa - 10 przypadków z opóźnieniem do ok. 1 miesiąca, w okresie od sierpnia 2020 r. do września 2021 r., 1 przypadek opóźnienia ok. 5 mies., w okresie od końca stycznia do końca czerwca 2022 r. oraz 1 przypadek opóźnienia ponad 10 mies. (dot. zapłaty przedmiotowej sankcji ustalonej decyzją Organu I instancji). W późniejszym okresie, po końcu czerwca 2022 r., nie stwierdzono opóźnień w regulowaniu zobowiązań podatkowych, a na dzień wydania decyzji, Spółka zaległości podatkowych nie posiada. Powyższe okoliczności pozwalają uznać, że stwierdzone w niniejszej sprawie uchybienia miały charakter incydentalny i nie świadczą o systemowym naruszaniu obowiązków podatkowych. Oceniając zatem tę przesłankę, w ocenie tut. Organu, ustalone okoliczności faktyczne należy interpretować na korzyść Strony;

4) w zakresie kwoty stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwoty [...] zawyżenia zwrotu różnicy podatku (art. 112b ust 2b pkt 4 ustawy o VAT): Strona zadeklarowała za wrzesień 2019 r. kwotę zwrotu różnicy podatku w wysokości 1.196.039 zł, podczas gdy, zgodnie z ustaleniami Organu podatkowego, powinna była wykazać zwrot w kwocie 2.145 zł. Różnica pomiędzy wartością zadeklarowaną a określoną przez Organ I instancji wynosi 1.193.894 zł. Tak znaczna skala zawyżenia zadeklarowanego zwrotu świadczy o poważnym naruszeniu obowiązków w zakresie prawidłowego rozliczenia podatku VAT i ma bezpośredni wpływ na wysokość należności budżetowych - i okoliczność ta podlega uwzględnieniu przy ocenie skali nieprawidłowości oraz miarkowaniu wysokości dodatkowego zobowiązania podatkowego;

5) w zakresie działań podjętych przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości (art. 112b ust. 2b pkt 5 ustawy o VAT): W odniesieniu do wystawionej na Spółkę przez S. Sp. z o.o., faktury z dnia 20 sierpnia 2019 r. Spółka zgodziła się z ustaleniami protokołu kontroli i skorygowała deklarację za wrzesień 2019 r. w tym zakresie, co należy ocenić pozytywnie. Natomiast, w odniesieniu do wystawionych na Spółkę przez S1. s.c., ww. dwóch faktur z dnia 20 września 2019 r., Spółka nie skorygowała deklaracji, ani po wszczęciu kontroli podatkowej, ani po jej zakończeniu, co podlega negatywnej ocenie. Jednak, w toku przedmiotowego postępowania podatkowego Spółka współpracowała z organem, nie utrudniała przebiegu czynności i na dzień wydania niniejszej decyzji nie posiada zaległości podatkowych, co świadczy o dążeniu do uregulowania sytuacji podatkowej oraz ograniczenia skutków stwierdzonych uchybień, mimo braku korekty deklaracji VAT.

Dyrektor IAS uznał, że biorąc pod uwagę całokształt okoliczności faktycznych i prawnych niniejszej sprawy oraz kierując się zaleceniami Sądu, zastosowanie art. 112b ust. 1 pkt 1 lit .a ustawy o VAT należy uznać jako współmierne do popełnionego przez Spółkę czynu polegającego na zawyżeniu kwoty zwrotu różnicy podatku za wrzesień 2019 r. Uwzględniając jednak dokonaną analizę przesłanek z art. 112 ust. 2b pkt 1-5, zasadnym jest obniżenie wymiaru dodatkowego zobowiązania podatkowego, ustalonego przez Organ I instancji:

- w odniesieniu do wystawionej na Spółkę przez S. Sp. z o.o., ww. faktury z dnia 20 sierpnia 2019 r. - na poziomie 20% zawyżenia zwrotu różnicy podatku za wrzesień 2019 r.,

- w odniesieniu do wystawionych na Spółkę przez S1. s.c., dwóch faktur z dnia 20 września 2019 r. - na poziomie 30% zawyżenia zwrotu różnicy podatku za wrzesień 2019 r.

3. W skardze skierowanej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca, reprezentowana przez pełnomocnika – radcę prawnego, wniosła o:

1) uchylenie zaskarżonej decyzji w całości,

2) przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ I instancji z uwzględnieniem wyroki WSA oraz stanu prawnego obowiązującego w 2019 r.,

3) zasądzenie od organu na rzecz Skarżącej kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa według norm przypisanych.

Zaskarżonej decyzji zarzucono naruszenie:

1) Naruszenie prawa materialnego poprzez:

a) naruszenie art. 112b ustawy o VAT poprzez jego niewłaściwe zastosowanie polegające na nieprawidłowym miarkowaniu sankcji i ustaleniu procentu dodatkowego zobowiązania podatkowego według uznania organu, bez wykazania proporcjonalności sankcji oraz jej powiązania z rzeczywistym zachowaniem podatnika,

b) błędną ocenę okoliczności faktycznych polegającą na ponownej analizie powiązań kapitałowych oraz innych okoliczności sprawy zamiast wykonania wyroku sądu administracyjnego, co pozostaje w sprzeczności z zasadą legalizmu oraz zasadą proporcjonalności sankcji podatkowych;

2) Naruszenie przepisów postępowania, które miały istotny wpływ na wynik sprawy:

a) naruszenie art. 68 § 3 O.p. poprzez wydanie decyzji ustalającej dodatkowe zobowiązanie podatkowe pomimo upływu terminu przedawnienia do jej wydania,

b) naruszenie art. 120 O.p. poprzez naruszenie zasady legalizmu, w szczególności poprzez wydanie decyzji z naruszeniem prawa materialnego wskazanego powyżej oraz błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie art. 112b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT,

c) naruszenie art. 153 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi poprzez przekroczenie granic wykonania wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku polegające na ponownym merytorycznym rozpoznaniu sprawy i dokonaniu własnej analizy faktur i okoliczności faktycznych zamiast zastosowania się do oceny prawnej i faktycznej sądu,

d) naruszenie zasady niedziałania prawa wstecz poprzez zastosowanie do zdarzenia z 2019 r. przepisów art. 112b ustawy o VAT w brzmieniu obowiązującym od 2023 r.,

e) naruszenie art. 127 O.p., tj. zasady dwuinstancyjności postępowania,

f) naruszenie art. 234 O.p., tj. zakazu reformationis in peius – poprzez wydanie decyzji pogarszającej sytuację strony pomimo tego, że postępowanie toczyło się wyłącznie na skutek odwołania strony,

g) naruszenie zasady proporcjonalności wynikającej z prawa Unii Europejskiej oraz orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.

4. Dyrektor IAS w odpowiedzi na skargę podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:

5.1. Skarga jest zasadna.

5.2. Zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei, przepis art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2026 r. poz. 143 ze zm., dalej jako: "p.p.s.a."), stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne.

W wyniku takiej kontroli decyzja podlega uchyleniu w razie stwierdzenia przez Sąd: naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, naruszenia prawa dającego podstawę wznowienia postępowania administracyjnego, lub innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a, b i c p.p.s.a.).

Z przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a, który w niniejszej sprawie nie ma zastosowania.

Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji Sąd stwierdził, że doszło do naruszenia przepisów prawa, w stopniu który skutkuje koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS.

5.3. Na wstępie należy wskazać, że kwestia prawidłowości decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień 2019 r. Spółki była już przedmiotem rozstrzygnięcia Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku, który wyrokiem z dnia 16 marca 2022 r. sygn. akt I SA/Gd 1338/21 po rozpoznaniu skargi strony uchylił decyzję Dyrektora IAS z dnia 6 sierpnia 2021 r. nr 2201-IOV-1.4103.294.2020/10/05 w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego, w pozostałym zakresie oddalił skargę.

W tym miejscu należy wskazać, że zgodnie z art. 153 p.p.s.a., ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

Stosownie zaś do treści art. 170 p.p.s.a. orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby.

W orzecznictwie sądowoadministracyjnym podkreśla się, że ustanowiona w art. 153 p.p.s.a. zasada związania oceną prawną powoduje, że skutki wyroku sądu administracyjnego dotyczą każdego nowego postępowania prowadzonego w zakresie danej sprawy i obejmują zarówno postępowanie sądowoadministracyjne, w którym orzeczenie zostało wydane, postępowanie administracyjne, w którym zapadło zaskarżone rozstrzygnięcie administracyjne, jak i wszystkie przyszłe postępowania administracyjne i sądowoadministracyjne dotyczące danej sprawy administracyjnej (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 stycznia 2006 r., sygn. akt I FSK 505/05, z dnia 16 maja 2007 r., sygn. akt I FSK 857/06, z dnia 16 października 2014 r., sygn. akt II FSK 2506/12 oraz z dnia 26 czerwca 2024 r., sygn. akt I OSK 757/21 - wszystkie przywołane orzeczenia dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie orzeczenia.nsa.gov.pl, zwanej dalej jako "CBOSA").

Przepis art. 153 p.p.s.a. ma charakter bezwzględnie obowiązujący i wywiera skutki w dwóch płaszczyznach, mianowicie ani organ administracji publicznej, ani sąd administracyjny orzekając ponownie w tej samej sprawie nie mogą pominąć oceny prawnej wyrażonej we wcześniejszym orzeczeniu. Zasadniczym kryterium legalności decyzji (postanowienia) wydanej w postępowaniu ponowionym wskutek wyroku sądu administracyjnego jest więc zastosowanie się do wyrażonej przez ten sąd oceny prawnej oraz podporządkowanie się wytycznym co do dalszego postępowania. Dodatkowo, wskazania co do dalszego postępowania, o których mowa w art. 153 p.p.s.a., są konsekwencją oceny prawnej i dotyczą sposobu procedowania w toku ponownego rozpatrzenia sprawy, w celu uniknięcie popełnionych błędów. Wytyczają one kierunek, w którym powinno zmierzać ponowione postępowanie, dla uniknięcia wadliwości w postaci np. uchybień procesowych związanych z wyjaśnieniem sprawy (por. wyroki NSA z dnia 21 lutego 2018 r., sygn. akt II FSK 353/16 oraz z dnia 22 czerwca 2021 r., sygn. akt III FSK 63/21, CBOSA).

Przez "ocenę prawną" rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpoznanej sprawie. Pojęcie to obejmuje zarówno krytykę sposobu zastosowania normy prawnej w zaskarżonym akcie, jak i wyjaśnienie, dlaczego stosowanie tej normy przez organ, który wydał dany akt, zostało uznane za błędne, bądź za prawidłowe. Natomiast "wskazania co do dalszego postępowania", dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu uniknięcie błędów już popełnionych oraz wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (por. A. Kabat (w:) B. Dauter i in., Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Warszawa 2018, uw. 3 i 5 do art. 153).

Związanie sądu oceną prawną wyrażoną w wyroku wydanym w danej sprawie oznacza, że przy niezmienionym stanie faktycznym i prawnym nie może on formułować ocen odmiennych od wiążącej go oceny prawnej, ale musi się do niej zastosować oraz konsekwentnie reagować na naruszenie tych zasad przez organ przy rozpoznawaniu skargi na akt wydany po wyroku formułującym ocenę prawną.

Obowiązek podporządkowania się ocenie prawnej wyrażonej w wyroku sądu może być wyłączony tylko w wypadku zmiany stanu prawnego lub istotnej zmiany okoliczności faktycznych, a także po wzruszeniu wyroku zawierającego ocenę prawną, w przewidzianym do tego trybie.

Przenosząc powyższe na grunt niniejszej sprawy wskazać należy, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w wyroku z dnia 16 marca 2022 r. o sygn. akt I SA/Gd 1338/21, wydanym w niniejszej sprawie uznał, że zaskarżona decyzja w części w jakiej ustala Spółce dodatkowe zobowiązanie podatkowe narusza prawo, albowiem została wydana w oparciu o przepis art. 112b ust. 1 i 2 ustawy o VAT, sprzeczny z przepisami prawa wspólnotowego. W związku z tym istniała konieczność uchylenia zaskarżonego aktu w tym zakresie. Za prawidłowe Sąd uznał natomiast rozstrzygnięcie organu odwoławczego w części odnoszącej się do pozbawienia Spółki prawa do odliczenia podatku naliczonego z faktur wystawionych w związku z nabyciem przedsiębiorstwa, dlatego też oddalił skargę w pozostałym zakresie.

W uzasadnieniu wydanego wyroku Sąd dokonując oceny zastosowania przepisów sankcyjnych zgodził się ze Spółką skarżącą, że przyjęty model transakcji miał charakter wyłącznie biznesowy i nie miał na celu osiągnięcia korzyści podatkowych. Sąd wskazał, że z niekwestionowanych ustaleń organów wynika, że spółka cywilna S1. podatek należny wynikający z faktur nr [...] i [...] w kwocie 1.193.204,10 wykazała w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2019 r. i dokonała wpłaty do budżetu państwa. Ponadto postępowanie poprzedzające zawarcie umowy sprzedaży pomiędzy Syndykiem, a spółką cywilną prowadzone było na podstawie regulacji ustawy z dnia 28 lutego 2003 r. Prawo upadłościowe (Dz.U.2020 poz.1228), w szczególności art. 320-324, natomiast sprzedaż przez Syndyka odbywała się po przeprowadzeniu przetargu oraz po uzyskaniu zgody sędziego komisarza na zawarcie umowy ze zwycięzcą przetargu - taki tryb postępowania nie dawał możliwości zmiany nabywcy objętych postępowaniem składników majątkowych i dokonania cesji praw wynikających z wygranego przetargu na Spółkę.

Powyższe okoliczności związane z nabyciem przedsiębiorstwa, zdaniem Sądu skutkowało przyjęciem, za nieuprawnione stanowisko Dyrektora IAS , że transakcja została dokonana w warunkach nadużycia prawa. Ponadto w odniesieniu do zakwestionowanej faktury wystawionej z tytułu konsultacji związanych z przygotowaniem nieruchomości do zbycia (podatek wynikający z tej faktury został wyłączony z odliczenia w złożonej korekcie) Sąd uznał, zważywszy na powiązania kapitałowo – osobowe Spółki skarżącej oraz spółki cywilnej S1., że nie sposób przyjąć, ze faktura wystawiona przez spółkę S. została ujęta w pierwotnie złożonej deklaracji VAT-7 w celu uzyskania korzyści podatkowej, a raczej w wyniku błędnej oceny prawnopodatkowej zaistniałych zdarzeń.

Natomiast podstawę materialnoprawną zaskarżonej obecnie decyzji, stanowił przepis art. 112b u.p.t.u., który został znowelizowany na mocy ustawy z dnia 26 maja 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2023 r. poz. 1059). Zmiany w tym zakresie weszły w życie dnia 6 czerwca 2023 r.

W art. 25 ustawy zmieniającej przewidziano, że do postępowań podatkowych, kontroli podatkowych lub kontroli celno-skarbowych, wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszego przepisu, stosuje się przepisy art. 112b i art. 112c ustawy zmienianej w art. 1, w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą.

W związku z powyższym organ odwoławczy ponownie rozpoznając odwołanie Spółki w części dotyczącej uchylonej decyzji, na podstawie powołanego przepisu art. 25 ustawy zmieniającej, zasadnie zastosował art. 112b w brzmieniu obowiązującym od dnia 6 czerwca 2023 r. Zatem mając na uwadze treść powołanego przepisu art. 25 ustawy zmieniającej, zarzut skargi kwestionujący zastosowania nowych przepisów do zdarzenia z 2019 r. jest bezzasadny.

W zaskarżonej decyzji Dyrektor IAS dokonując oceny w zakresie rodzaju i stopnia naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości (art. 112b ust. 2b pkt 2 ww. ustawy): stwierdził, że rodzaj i stopień naruszenia obowiązków ciążących na Spółce, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości były istotne i znaczne. Bowiem Spółka dokonała obniżenia podatku należnego poprzez odliczenie podatku na podstawie faktury dokumentującej świadczenie usług, których nie była rzeczywistym nabywcą - z czym się zgodziła, korygując w tym zakresie deklarację podatkową za wrzesień 2019 r. Jednocześnie dokonała odliczenia podatku na podstawie faktur, które dokumentowały transakcję niepodlegającą opodatkowaniu podatkiem VAT, tj. sprzedaż przedsiębiorstwa, do której nie stosuje się przepisów ustawy o VAT. W rezultacie, doszło do zawyżenia podatku naliczonego za wrzesień 2019 r. o kwotę 1.193.894 zł, a w konsekwencji, do sankcjonowanego zawyżenia zadeklarowanego za wrzesień 2019 r. zwrotu różnicy podatku.

W ocenie Dyrektora IAS zakwestionowanie przez Sąd stwierdzenia, że w niniejszej sprawie doszło do nadużycia art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, nie przeczy przekonaniu organu II instancji, które podtrzymuje, o pełnej świadomości Strony co do nieprawidłowości w zakresie odliczenia podatku VAT z faktury z dnia 20 sierpnia 2019 r., czemu dała wyraz korygując deklarację za wrzesień 2019 r., jak również, co do nieobjętego podatkiem VAT zakupu przedsiębiorstwa, a nie jego części, ujętych w ww. fakturach z dnia 20 września 2019 r., co zdaniem organu potwierdził WSA, oddalając skargę Spółki od decyzji z dnia 6 sierpnia 2021 r. w części merytorycznej.

Zdaniem Sądu orzekającego w niniejszej sprawie, stwierdzenie to nie uwzględnia stanowiska zawartego w prawomocnym wyroku z dnia 16 marca 2022 r., sygn. akt I SA/Gd 1338/21. Podkreślenia wymaga, że ocena Sądu dotyczyła rodzaju naruszenia przepisu art. 86 ust. 1 u.p.t.u., a więc regulacji nieobjętej powołaną nowelizacją, co oznacza że organ był związany oceną w tym zakresie, zawartą w wydanym wyroku.

W wyroku z dnia 16 marca 2022 r. Sąd jednoznacznie uznał, że model przyjętej transakcji zakupu nieruchomości nie miał na celu osiągnięcia korzyści podatkowych, a w zakresie zakwestionowanej faktury z tytułu konsultacji związanych z przygotowaniem nieruchomości do zbycia, Sąd stwierdził, że nie sposób przyjąć, że faktura wystawiona przez spółkę S. została ujęta w pierwotnie złożonej deklaracji VAT-7 w celu uzyskania korzyści podatkowej, a raczej w wyniku błędnej oceny prawnopodatkowej zaistniałych zdarzeń.

W związku z powyższym Dyrektor IAS dokonując oceny rodzaju i stopnia naruszenia art. 86 ust. 1 u.p.t.u. ze względu na dokonane odliczenie podatku naliczonego i stwierdzając pełną świadomość Strony co do nieprawidłowości w zakresie odliczenia podatku VAT z faktury z dnia 20 sierpnia 2019 r., jak również co do nieobjętego podatkiem VAT zakupu przedsiębiorstwa, przeczy powyższej ocenie Sądu dokonanej w prawomocnym wyroku, że faktura wystawiona przez spółkę S. została ujęta w pierwotnie złożonej deklaracji VAT-7 w wyniku błędnej oceny prawnopodatkowej zaistniałych zdarzeń oraz zakwestionowaniu stanowiska Dyrektora IAS, że sporne transakcje zostały dokonane w warunkach nadużycia prawa w celu uzyskania korzyści podatkowej.

W związku z powyższym w ocenie Sądu, Dyrektor IAS naruszył art. 153 p.p.s.a., poprzez nieuwzględnienie w przedstawionym zakresie, oceny prawnej zawartej w prawomocnym wyroku tut. Sądu z dnia z dnia 16 marca 2022 r. sygn. akt I SA/Gd 1138/21.

Zdaniem Sądu, w konsekwencji powyższe naruszenie mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy tj. na ustalenie dodatkowego zobowiązania w oparciu o przepisy art. 112 b u.p.t.u. w brzmieniu obowiązującym od 6 czerwca 2023 r.

5.4. Natomiast niezasadny jest zarzut dotyczący naruszenia art. 68 § 3 O.p., poprzez wydanie decyzji ustalającej zobowiązanie podatkowe po upływie terminu przedawnienia do jej wydania.

Przepis art. 68 § 3 O.p. stanowiący, że dodatkowe zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług nie powstaje, jeżeli decyzja ustalająca to zobowiązanie została doręczona po upływie 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym powstał obowiązek podatkowy, odnosi się do przedawnienia tzw. sankcji, kształtowanych decyzjami ustalającymi.

W orzecznictwie jednolicie prezentowany jest pogląd, który podziela Sąd orzekający w rozpoznanej sprawie, że do powstania zobowiązania w drodze decyzji ustalającej wystarczające jest zachowanie terminu do doręczenia takiej decyzji przez organ pierwszej instancji. Zobowiązanie powstaje bowiem z chwilą doręczenia przez ten organ decyzji ustalającej. Termin przedawnienia prawa do wymiaru podatku nie ogranicza zatem możliwości rozpoznania odwołania, a nawet wydania decyzji reformatoryjnej.

W przypadku wydania przez organ odwoławczy decyzji reformatoryjnej dopuszczalne jest wyłącznie obniżenie kwoty zobowiązania ustalonego przez organ pierwszej instancji. Inaczej mówiąc, decyzja organu odwoławczego nie może być mniej korzystna dla podatnika niż uchylona. Skorygowanie przez organ odwoławczy decyzji wymiarowej nie jest ustaleniem zobowiązania podatkowego - ono już istnieje po doręczeniu decyzji wymiarowej organu pierwszej instancji, ale jest przejawem kontroli poprawności tego ustalenia i w razie stwierdzenia uchybień, ich wyeliminowania. Korekta decyzji organu pierwszej instancji wymaga jej uchylenia w całości lub w części i orzeczenia co do meritum przez organ odwoławczy na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p., por. wyroki NSA z 30 stycznia 2015 r., II FSK 3232/12; 23 lutego 2022 r., III FSK 4779/21; 5 maja 2023 r., III FSK 342/22 , CBOSA).

W niniejszej sprawie decyzja organu pierwszej instancji ustalająca dodatkowe zobowiązanie podatkowe za wrzesień 2019 r. w kwocie 358.089 zł została wydana w dniu 15 października 2020 r. i doręczona pełnomocnikowi strony w dniu 5 listopada 2020 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 68 § 3 O.p. Natomiast zaskarżona decyzja Dyrektora IAS wydana na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p., uchyliła decyzję Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Gdańsku, w części i ustaliła dodatkowe zobowiązanie podatkowe za wrzesień w kwocie 179.016, a więc w wysokości niższej niż w decyzji organu pierwszej instancji.

W związku z powyższym wydanie przez Dyrektora IAS w dniu 23 lutego 2026 r. decyzji reformatoryjnej ustalającej niższe, dodatkowe zobowiązanie podatkowe za wrzesień 2019 r. nie stanowi o naruszeniu przepisu art. 68 § 3 O.p.

Wbrew twierdzeniu skargi nie doszło do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania, bowiem organ odwoławczy miał obowiązek uwzględnienia zmiany stanu prawnego sprawy, jaka nastąpiła po wydaniu decyzji przez organ pierwszej instancji, co również wynika z treści art. 25 ustawy z dnia 26 maja 2023 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2023 r. poz. 1059).

Bezzasadny jest również zarzut skargi dotyczący naruszenia art. 234 O.p. i zawartej w nim zasady zakazu reformationis in peius, poprzez wydanie decyzji pogarszającej sytuację strony pomimo tego, że postępowanie toczyło się wyłącznie na skutek odwołania strony.

Zakaz reformationis in peius oznacza, że organ odwoławczy nie może pogarszać ustalonej decyzją organu pierwszej instancji sytuacji prawnej strony odwołującej się. Istota tego zakazu polega więc na stworzeniu podmiotowi odwołującemu się gwarancji procesowej polegającej na tym, że w - uruchomionym z woli tego podmiotu postępowaniu odwoławczym - organ nie zmieni zaskarżonego rozstrzygnięcia na jego niekorzyść. Podkreślić przy tym należy, że nie chodzi tu o jakiekolwiek postępowanie odwoławcze, ale to, które toczy się przed organem drugiej instancji, w związku ze złożonym odwołaniem w danej sprawie i na konkretne rozstrzygnięcie. Postępowanie odwoławcze kończy się wraz z wydaniem rozstrzygnięcia, które może przyjąć jedną z form przewidzianych w art. 233 O.p..

W niniejszej sprawie organ odwoławczy wydając decyzję w oparciu o art. 233 § 1 pkt 2 lit.a O.p., uchylił decyzję Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Gdańsku, w części i ustalił dodatkowe zobowiązanie podatkowe za wrzesień w kwocie 179.016 tj. niższej niż w decyzji organu pierwszej instancji.

Zatem brak jest podstaw do przyjęcia, że Dyrektor IAS orzekł na niekorzyść strony odwołującej się.

Mając na uwadze wskazane powyżej naruszenie przepisu art. 153 p.p.s.a. przedwczesna jest ocena pozostałych zarzutów skargi.

5.5. Ponownie rozpoznając sprawę, organ odwoławczy zobowiązany będzie uwzględnić ocenę prawną i wskazania Sądu zawarte w uzasadnieniu niniejszego wyroku oraz w prawomocnym wyroku WSA w Gdańsku z dnia 16 marca 2022 r. r., sygn. akt I SA/Gd 1338/21, w zakresie wynikającym z art. 153 p.p.s.a.

5.6. Mając zatem na uwadze podane okoliczności, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit c) uchylił zaskarżoną decyzję.

O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a., w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a) w zw. z § 2 pkt 6 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1935 ze zm,), zasądzając od organu na rzecz Strony skarżącej zwrot kosztów postępowania w kwocie 7.417 zł, na którą składają się; kwota uiszczonego w sprawie wpisu sądowego w wysokości 2000 zł, wynagrodzenie pełnomocnika w kwocie 5400 zł. oraz uiszczona opłata od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł.