b) konieczność stosowania określonych środków prawnych zgodnie z zasadą proporcjonalności wymaga, aby były one niezbędne do osiągnięcia zamierzonego celu. Jako że celem zabezpieczenia wierzytelności jest ochrona interesów wierzyciela, a hipoteka skutecznie realizuje ten cel, to naliczanie odsetek w okresie, gdy wierzyciel jest już zabezpieczony hipoteką, a spór pomiędzy organem podatkowym a podatnikiem trwa zgodnie z ustawową procedurą, nie jest zasadne i nie jest zgodne z zasadą proporcjonalności;
c) hipoteka poprzez swoją funkcję zabezpieczającą eliminuje ryzyko niewypłacalności podatnika i zapewnia realizację zobowiązania podatkowego, a tym samym w takiej sytuacji procesowej zaistniała przesłanka wyłączająca naliczanie odsetek, o której mowa w art. 54 § 1 pkt 1 O.p.;
d) akceptacja przez Dyrektora IAS wykładni prezentowanej przez Naczelnika US prowadzi do sytuacji, w której Skarżący, którzy dobrowolnie dokonali wpłat na poczet zaległości podatkowej, są traktowani mniej korzystnie niż podatnicy, wobec których dokonano przymusowej sprzedaży przedmiotu zabezpieczenia w postępowaniu egzekucyjnym, co jest nie do pogodzenia z konstytucyjną zasadą równości wobec prawa oraz zasadą proporcjonalności;
- co skutkowało błędnym uznaniem, że Naczelnik prawidłowo dokonał zaliczenia wpłat, na poczet odsetek, które nie powinny być naliczane za czas zabezpieczenia ustanowionego na majątku Skarżących, co miało wpływ na rozstrzygnięcie sprawy;
2) art. 62 § 1 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. w zw. z art. 2, art. 8 ust. 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 64 ust. 1 I 2, art. 84 Konstytucji RP oraz art. 1 Protokołu przez błędną wykładnię polegającą na niewłaściwym przyjęciu, że pomimo przewlekłości prowadzenia kontroli celno-skarbowej, której czas przekraczał ustawowy termin 3 miesięcy powinno dojść do naliczania odsetek za cały jej okres (tj. od 4 marca 2022 r. do 6 października 2023 r.), podczas gdy:
a) kontrola celno-skarbowa odpowiada pod względem prawnym, funkcjonalnym i organizacyjnym postępowaniu kontrolnemu uregulowanemu w przepisach ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (tj. Dz.U. 1991 nr 100 poz. 442 ze zm.; dalej "Ustawa o kontroli skarbowej") i brak jest różnic, które uzasadniałyby odmienne traktowanie tych dwóch instytucji prawnych;
b) Trybunał Konstytucyjny w wyroku z dnia 18 października 2011 r., SK 2/10, uznał art. 31 ust. 1 Ustawy o kontroli skarbowej w zakresie, w jakim przepis wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. za niezgodny z przepisami Konstytucji RP, a tezy wynikające z tego wyroku są wciąż aktualne na tle obecnie obowiązującego przepisu, co w zakresie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. zostało potwierdzone przez NSA wyrokiem z dnia 25 listopada 2025 r. III FSK 804/24;
c) art. 94 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (t.j. Dz. U. z 2025 r. poz. 1131 ze zm., dalej "Ustawa o KAS") w stanie prawnym na moment wydania tytułu wykonawczego odpowiadał brzmieniu art. 31 ust. 1 Ustawy o kontroli skarbowej, w konsekwencji czego przepis ten w zakresie w jakim wyłączał odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. objęty jest wtórną niekonstytucyjnością, a zatem nie może stanowić podstawy wyrokowania w sprawie;
d) błąd systemowy w regulacji art. 54 § 1 O.p. został dostrzeżony przez prawodawcę i na mocy nowelizacji z dnia z dnia 12 września 2025 r. (Dz.U.2025.1414), został niezależnie wprowadzony do Ordynacji podatkowej w art. 54 § 1 pkt 7c) O.p., potwierdzając tym samym stanowisko Skarżących;
e) różnicowanie sytuacji podatników w zależności od tego jaki rodzaj postępowania toczy się w ich sprawie (podatkowe bądź kontrolne) jest nieuzasadnione, ze względu na konieczność realizacji zasady równości oraz proporcjonalności;
f) przyjęcie innej wykładni niż wskazana przez Skarżących stoi w sprzeczności z fundamentalnymi zasadami postępowania podatkowego;
- co skutkowało błędnym uznaniem, że Naczelnik prawidłowo dokonał zaliczenia wpłat, na poczet odsetek, które nie powinny być naliczane za czas kontroli celno-skarbowej, która była prowadzona w sposób przewlekły, co miało wpływ na rozstrzygnięcie sprawy.
II. przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, t.j.:
1) art. 2, art. 7, art. 21 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 64 ust. 1 i 2, art. 217 Konstytucji w zw. z art. 6 k.p.a. art. 7, art. 7a w zw. z art. 8 § 1 k.p.a., art. 12 § 1 k.p.a. w zw. z art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. w zw. z art. 1, 20, 21 ust. 1 Karty praw podstawowych Unii Europejskiej (t.j. Dz. U. UE. C. z 2016 r. Nr 202, str. 389, dalej: "k.p.p."), polegające na prowadzeniu postępowania w sposób niebudzący zaufania do organów ze względu na nieuzasadnione naliczenie odsetek w sposób zwiększający zobowiązania podatkowe, co skutkuje nieproporcjonalną ingerencją w przysługujące Skarżącym prawo własności i powoduje obowiązek zapłaty obciążenia podatkowego, w sytuacji kiedy zasady jego określania nie są jasno i precyzyjnie określone w przepisie ustawy oraz powoduje nieuzasadniony obowiązek zapłaty odsetek za czas przedłużającej się kontroli celno-skarbowej, co miało znaczący wpływ na rozstrzygnięcie sprawy;
2) art. 217 § 2 oraz art. 210 § 4 w zw. z art. 219 i art. 124 w zw. z art. 127 oraz w zw. z art. 233 § 2 i art. 239 O.p. przez błędne zaakceptowanie przez Dyrektora IAS, że Naczelnik US prawidłowo sporządził uzasadnienie postanowienia, w którym lakoniczne zauważył jedynie, że art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie znajduje zastosowania w sprawie, nie przedstawiając jednocześnie podstaw na poparcie tej tezy, podczas gdy prawidłowo sporządzone uzasadnienie musi zapewnić podatnikom możliwość poznania zasadności przesłanek, którymi Naczelnik kierował się przy załatwianiu sprawy, co skutkuje pozbawieniem Skarżących możliwości zrozumienia zasadności rozstrzygnięcia, co ma także wpływ na rozstrzygnięcie sprawy;
3) art. 127 w zw. z art. 121 oraz art. 120 O.p. przez nieuchylenie postanowienia, w sytuacji gdy organ pierwszej instancji nie rozpoznał sprawy w jej pełnym zakresie, gdyż w uzasadnieniu nie wskazał motywów, którymi kierował się przy rozstrzygnięciu, wbrew postanowieniu Dyrektora IAS z dnia 22 sierpnia 2025 r., co skutkowało nierozpoznaniem sprawy dwukrotnie;
4) art. 120 oraz 122 O.p. w zw. z art. 152 § 1 p.p.s.a. poprzez nieuwzględnienie w postanowieniu konsekwencji wydania wyroku WSA w Warszawie z dnia 13 listopada 2025 r., III SA/Wa 1075/25, którym Sąd uchylił decyzję Szefa KAS z 19 lutego 2025 r., co z mocy prawa pozbawia ją skutków prawnych do czasu uprawomocnienia się wyroku, podczas gdy wpłacone przez Skarżących środki powinny być im zwrócone w całości, łącznie z naliczanymi odsetkami za opóźnienie, jako że w obrocie prawnym nie ma skutecznej podstawy do ich naliczania, a decyzja Szefa KAS określająca istnienie zaległości podatkowej w podatku dochodowym od osób fizycznych za rok 2018 nie wywołuje skutków prawnych, co skutkowało przyjęciem stanowiska niezgodnego z zasadami konstytucyjnymi, wielokrotnym pomijaniem argumentacji Skarżących oraz w konsekwencji nieprawidłowym, nadmiarowym, ich obciążeniem zobowiązaniem, którego wysokość została ustalona bez rzetelnego rozpoznania sprawy.
4. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie. W replice z dnia 20 maja 2026 r. Skarżący podtrzymali przedstawioną w skardze argumentację.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
5.1. Skarga jest zasadna, chociaż nie wszystkie podniesione w niej zarzuty zasługują na uwzględnienie.
Badając rozpoznawaną sprawę pod względem zgodności z prawem, Sąd stwierdził naruszenie prawa, które skutkuje koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonego postanowienia.
5.2. Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do zgodności z prawem dokonanego przez organ podatkowy rozliczenia wpłaty Skarżących wobec uznania, że naliczanie odsetek za zwłokę nie jest wyłączone za okres zabezpieczenia zobowiązania podatkowego (art. 54 § 1 pkt 1 O.p. nie ma zastosowania) ani za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej przekraczającej ustawowy okres 3 miesięcy (art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie ma zastosowania).
5.3. Zasadny okazał się podniesiony w skardze zarzut naruszenia art. 54 § 1 pkt 7 O.p. wskutek jego błędnej wykładni w odniesieniu do kontroli celno-skarbowej i brak zastosowania przy rozliczaniu dokonanej przez Skarżących wpłaty. Powyższy przepis chroni podatnika w ten sposób, że wprowadza okresy w których nie są naliczane odsetki za zwłokę od zobowiązań podatkowych, w sytuacji w której organy prowadzą postępowanie w sposób przewlekły. Zdaniem organów przepis ten odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego, a nie do kontroli celno-skarbowej, bowiem nie został on wymieniony w art. 94 ust. 1 ustawy o KAS. Tym samym organy uznały, że żaden przepis prawa nie uprawnia do wyłączenia odsetek za zwłokę za okres obejmujący czas trwania kontroli celno-skarbowej, tj. okres od doręczenia upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej do dnia przekształcenia kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe. Powyższe, błędne w ocenie Sądu stanowisko, doprowadziło do bezpodstawnego naliczenia Skarżącym odsetek za zwłokę za okres prowadzenia kontroli celno-skarbowej, której czas trwania przekraczał ustawowe 3 miesiące, co z następstwie skutkowało nieprawidłowym rozliczeniem dokonanej przez Skarżących wpłaty.
Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 O.p., nie nalicza się odsetek za zwłokę za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie trzech miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Zgodnie z poglądem dominującym w orzecznictwie sądów administracyjnych, celem tego przepisu jest zapobieganie przewlekłości postępowania, które mogłoby zapewniać organowi podatkowemu korzyści w postaci "zwiększonych" odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych (por. wyrok NSA z dnia 25 listopada 2025 r. sygn. akt III FSK 804/24, wszystkie przywołane orzeczenia dostępne w CBOSA na stronie internetowej orzeczenia.nsa.gov.pl).
Treść art. 54 § 1 pkt 7 O.p. nie wskazuje, czy wynikająca z niego norma powinna znaleźć zastosowanie także do kontroli celno-skarbowej. Wskazać należy, że instytucja kontroli celno-karbowej określona w ustawie o KAS, obowiązującej od 1 stycznia 2017 r., zastąpiła instytucję postępowania kontrolnego określonego w uchylonej w dniu 1 marca 2017 r. ustawie o kontroli skarbowej. Zgodnie z brzmieniem art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej, obowiązującym do dnia 30 czerwca 2010 r., w zakresie nieuregulowanym w ustawie do postępowania kontrolnego stosuje się odpowiednio przepisy ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa, z wyłączeniem art. 54 i art. 290 § 3 tej ustawy, z zastrzeżeniem art. 14b ust. 1. Z brzmienia powyższego przepisu wynikało, że w przypadku postępowania kontrolnego nie znajdował zastosowania art. 54 O.p., w tym § 1 pkt 7 tego przepisu, który wyłączał naliczanie odsetek w przypadku braku rozstrzygnięcia sprawy podatkowej w ciągu trzech miesięcy.
Kwestia zgodności powyższej regulacji z Konstytucją RP też była przedmiotem analizy Trybunału Konstytucyjnego, który w wyroku z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10 (Dz.U. z 2011 r., Nr 240, poz. 1239) orzekł, że art. 31 ustawy o kontroli skarbowej, w brzmieniu nadanym ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz.U. Nr 137, poz. 1302) w zakresie, w jakim wyłącza odpowiednie stosowanie art. 54 § 1 pkt 1 i 7 O.p. jest niezgodny z art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i 2 Konstytucji RP.
W pisemnych motywach uzasadnienia Trybunał Konstytucyjny wyraził pogląd, że przyjęta w kwestionowanej regulacji zasada naliczania odsetek za zwłokę także za okres zabezpieczenia wykonania zobowiązania podatkowego na mieniu podatnika, gdy uzyskane z zabezpieczenia środki finansowe są zaliczane na poczet zaległości podatkowych, oraz za okres od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji także wtedy, gdy nie została ona doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania kontrolnego, stawia podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej w gorszej sytuacji w porównaniu z sytuacją prawną podatników kontrolowanych przez organy podatkowe, w stosunku do których odsetki nie są za wymienione okresy naliczane.
Zdaniem Trybunału Konstytucyjnego różnicowanie, w ww. przepisie, sytuacji prawnej podatników w zależności od tego, jaki organ ich kontroluje, jest nieuzasadnione i musi być uznane za arbitralny wybór ustawodawcy. Kwestionowana regulacja tym samym stawia w gorszej sytuacji podatników kontrolowanych przez organy kontroli skarbowej, pozbawiając ich prawa nienaliczania odsetek za okres trwającego na ich majątku zabezpieczenia zobowiązania podatkowego. W ocenie Trybunału nie ma bowiem podstaw do stwierdzenia, że zróżnicowanie takie było uzasadnione koniecznością realizacji ważnego interesu publicznego. Za uzasadniony interes publiczny Trybunał uznał egzekwowanie danin publicznych przez administrację podatkową za pomocą przewidzianych przez prawo, jak najbardziej efektywnych, ale także proporcjonalnych, środków. Trybunał zwrócił uwagę, że cel, jakim jest pobranie podatku, nie może przy okazji naruszać innych wartości konstytucyjnych, ponieważ ich realizacja również służy dobru wspólnemu, jakim jest Rzeczpospolita Polska.
W ocenie Sądu, przywołany powyżej wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r., sygn. akt SK 2/10, winien znaleźć zastosowanie w przedmiotowej sytuacji. Nieprawidłowo zatem uznał organ, że nie ma obecnie podstawy prawnej, aby zapisy art. 54 § 1 pkt 7 O.p. rozciągać na czas trwania kontroli celno-skarbowej.
Należy zwrócić uwagę, że uznanie za prawidłowe stanowiska, zgodnie z którym organy prowadzące kontrolę celno-skarbową mogą bez żadnych konsekwencji i ograniczeń czasowych prowadzić kontrolę celno-skarbową i naliczać za jej okres odsetki od zaległości prowadzi do nieuprawnionej korzyści po stronie Skarbu Państwa, kosztem majątku podatnika, w postaci zwiększonej kwoty odsetek za zwłokę od zaległości podatkowych oraz narusza wskazane w skardze normy konstytucyjne.
Za przyjętym przez Sąd sposobem interpretacji art. 54 § 1 pkt 7 O.p. przemawiają także względy celowościowe związane z realizacją określonej w art. 125 § 1 O.p. zasady szybkości postępowania, którą na mocy art. 94 ust. 1 pkt 2 ustawy o KAS stosuje się także do kontroli celno-skarbowej. Jak wynika z art. 125 § 1 O.p., organy podatkowe powinny działać w sprawie wnikliwie i szybko, posługując się możliwie najprostszymi środkami prowadzącymi do jej załatwienia. Brak naliczania odsetek za zwłokę po upływie 3 miesięcy od zainicjowania kontroli celno-skarbowej stanowi w istocie dodatkowy czynnik motywujący organ administracji publicznej do sprawnego i szybkiego załatwienia sprawy podatkowej. Tym samym, zastosowanie art. 54 § 1 pkt 7 O.p. do kontroli celno-skarbowej sprzyja realizacji jednej z zasad ogólnych postępowania, tj. zasady szybkości postępowania prowadzonego przez organ administracji podatkowej.
Jakkolwiek sama literalna wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 O.p. mogłaby godzić w wartości konstytucyjne wskazane w wyroku TK, to w tym kontekście zasadnym jest twierdzenie, że za zastosowaniem art. 54 § 1 pkt 7 O.p. także do kontroli celno-skarbowej (uregulowanej w ustawie o KAS od 1 stycznia 2017 r.) przemawiają zarówno rezultaty wykładni dokonywanej z uwzględnieniem unormowań konstytucyjnych, jak również względy celowościowe (por. wyrok WSA w Krakowie z dnia 19 października 2022 r. sygn. akt I SA/Kr 594/22).
Za zasadny w związku z tym uznać należy zarzut naruszenia przepisów prawa materialnego, tj. art. 62 § 1 w zw. z art. 54 § 1 pkt 7 O.p. przez ich błędną wykładnię polegającą na niewłaściwym przyjęciu, że pomimo przewlekłości prowadzenia kontroli celno-skarbowej, której czas przekraczał ustawowy termin 3 miesięcy, powinno dojść do naliczania odsetek za cały jej okres (tj. od 4 marca 2022 r. do 6 października 2023 r.).
Wskazania na marginesie wymaga, że zgodnie z ugruntowanym stanowiskiem judykatury, wadliwe określenie okresu za jaki należne są odsetki oraz wysokości odsetek, w tym oprocentowania zaległości podatkowej, oznacza objęcie tytułem wykonawczym obowiązku nieistniejącego w części (zob. wyrok NSA z dnia 3 listopada 2020 r., sygn. akt II FSK 1749/18).
5.4. Nie jest zasadny natomiast zarzut naruszenia art. 54 § 1 pkt 1 O.p. poprzez brak jego zastosowania i naliczanie odsetek za zwłokę za okres zabezpieczenia zobowiązań podatkowych na podstawie decyzji zabezpieczającej.
Wspomniany przepis stanowi, iż ogólnej reguły określonej w art. 53 § 1 O.p., zgodnie z którą od zaległości podatkowych naliczane są odsetki za zwłokę, nie stosuje się za okres zabezpieczenia, od zabezpieczonej kwoty zobowiązania, jeżeli objęte zabezpieczeniem środki pieniężne, w tym kwoty uzyskane ze sprzedaży objętych zabezpieczeniem rzeczy lub praw, zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych. Zgodnie z tą regulacją, od zabezpieczonej kwoty zobowiązania podatkowego nie nalicza się odsetek za okres zabezpieczenia. Mimo zabezpieczenia odsetki są naliczane od tej części zaległości podatkowej, która nie została pokryta kwotą uzyskaną z tegoż zabezpieczenia. Warunkiem zastosowania art. 54 § 1 pkt 1 O.p. jest, aby zabezpieczone środki pieniężne zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowej. Do zastosowania art. 54 § 1 O.p. konieczne jest więc faktyczne dokonanie zabezpieczenia. Nie jest wystarczającą przesłanką zastosowania tego przepisu samo rozstrzygnięcie w sprawie zabezpieczenia, wydane przez organ podatkowy. Takie samo stanowisko prawne przedstawione zostało w uzasadnieniu wyroku Trybunału Konstytucyjnego z dnia 18 października 2011 r. wydanego w sprawie sygn. akt SK 2/10, które Sąd orzekający w sprawie niniejszej w pełni podziela. Dokonanie wpisu hipoteki przymusowej bez realizacji egzekucji z nieruchomości objętej tym wpisem nie wyczerpuje przesłanek i wymogów uzasadniających zastosowanie art. 54 § 1 pkt 1 O.p. (por. wyrok NSA z dnia 21 kwietnia 2017 r. sygn. akt II FSK 797/15).
W odniesieniu do przywołanej w skardze okoliczności uchylenia decyzji Szefa KAS z dnia 19 lutego 2025 r. w przedmiocie określenia Skarżącym wysokości zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2018 r. i tym samym braku podstawy do żądania wpłaty należności od Skarżących, Sąd wskazuje, że wyrok ten jest nieprawomocny, a zatem nie doszło jeszcze do wyeliminowania ww. decyzji z obrotu prawnego ani anulowania jej skutków prawnych.
W ponownie prowadzonym postępowaniu, mając na uwadze przedstawione w niniejszym uzasadnieniu rozważania prawne i uwagi Sądu, organy wydając postanowienie w przedmiocie zaliczenia wpłaty rozważą, czy odsetki od zaległości podatkowej Skarżących powinny być naliczane za okres trwania kontroli celno-skarbowej.
5.5. Mając powyższe na uwadze Sąd, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143, dalej "p.p.s.a."), uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie organu pierwszej instancji.
O zwrocie kosztów postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a.