Słusznie zdaniem SKO Organ I instancji odmówił wszczęcia postępowania w zakresie stwierdzenia nadpłaty i jej zwrotu, bowiem wskazać należy, że nadpłata już została zwrócona poprzez ej zaliczenie na poczet bieżących zobowiązań podatkowych w podatku od nieruchomości za rok 2024. Organ odwoławczy wskazał, że zgodnie z art. 77 §1 pkt 3 z urzędu dokonuje się zwrotu nadpłaty w przypadku uchylenia decyzji wymiarowej, co miało miejsce w niniejszej sprawie. Dokonano zatem zwrotu poprzez zarachowanie na poczet bieżących zobowiązań, a przedmiotowa nadpłata, zgodnie z brzmieniem art. 72 O.p. powstała z mocy prawa i warunkiem jej powstania nie jest jej stwierdzenie przez organy podatkowe w jakiejkolwiek formie. Kolegium podziela również pogląd organu I instancji, że w razie uchylenia decyzji wymiarowej organ I instancji dokonuje zwrotu nadpłaty z urzędu w wyznaczonym ustawowo terminie. Z art. 76 § 1 O.p. wynika niewątpliwie ograniczenie swobody dysponowania przez podatnika kwotą nadpłaconego podatku. Zwrot nadpłaty możliwy jest zatem wyłącznie wtedy, gdy na podatniku nie ciążą zaległe daniny, odsetki, o których mowa w tym przepisie oraz nie ma on bieżących zobowiązań. W przepisie posłużono się sformułowaniem "nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu", tym samym zaliczenie nadpłaty nie zależy od uznania organu podatkowego jak również dyspozycji podatnika (tak NSA w wyroku z dnia 12 grudnia 2023 r., sygn. I FSK 1477/23). A zatem stwierdziwszy istnienie bieżącego zobowiązania Skarżącej w podatku od nieruchomości za 2024 r. słusznie dokonano zarachowania nadpłaty na jego poczet. Ponieważ zdarzenie to miało miejsce 8 maja 2024 r., wniosek o stwierdzenie nadpłaty i jej zwrot z dnia 22 maja 2024 r. stał się bezprzedmiotowy, nie było bowiem nadpłaty o której można by rozstrzygać.
Ponadto w ocenie SKO zaistniała również inna przeszkoda do wszczęcia postępowania we wskazanym zakresie. Z art. 79 §2 O.p. wynika, że z upływem terminu przedawnienia wygasa prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W niniejszej sprawie zobowiązanie w podatku od nieruchomości za 2017 r. uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2022 r. Tym samym wniosek z dnia 22 maja 2024 r. złożony został po upływie terminu przedawnienia i był bezprzedmiotowy również z tej przyczyny.
SKO wskazało ponadto, że zarzuty podniesionych w odwołaniu koncentrują się wokół zagadnienia zasadności oprocentowania nadpłaty, które nie było przedmiotem niniejszego rozstrzygnięcia, gdyż w kwestii tej organ I instancji wydał odrębne rozstrzygnięcie.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Spółka zaskarżyła w całości postanowienie z 20 lutego 2026 r. i wniosła o jego uchylenie oraz zasądzenie od organu podatkowego na jej rzecz kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, wg norm przypisanych.
Zaskarżonemu postanowieniu Skarżąca zarzuciła naruszenie art. 165a § 1 i 2 w zw. z art. 165 § 3, art. 216 § 1 i 2 O.p. poprzez ich wadliwe zastosowanie, i przyjęcie, że w sprawie zachodziła przeszkoda uniemożliwiająca wszczęcie postępowania, podczas gdy w sprawie nierozstrzygnięta pozostawała kwestia nadpłaty podatku od nieruchomości wynikająca z korekty deklaracji DN-1 za 2017 r. złożonej 23 listopada 2022 r.; organy pozbawiły tym samym Spółkę prawa do uzyskania wiążącego stanowiska w kwestii nadpłaconego podatku, w tym daty wymagalności naliczania oprocentowania nadpłaty. Spółka wyjaśniła, że wniosek ten został złożony w trakcie trwania postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2017 wszczętego postanowieniem z 9 listopada 2022 r., a Organ I instancji przeprowadził postępowanie wyjaśniające i wydał postanowienie z 6 grudnia 2022 r., w sprawie sygn. PO.3120.4.17.2022, w którym odmówił Spółce wszczęcia przedmiotowego postępowania wskazując na treść przepisu art. 79 § 1 O.p.
Skarżąca przedstawiła, że SKO w Gdańsku postanowieniem z 19 kwietnia 2024 r. uchyliło postanowienie Organu I instancji odmawiające wszczęcia postępowania i uchyliło przedmiotowe postępowanie oraz SKO w Gdańsku w tym samym dniu decyzją w sprawie sygn. SKO Gd 430/23 w sprawie wymiarowej uchyliło decyzję Organu I instancji i umorzyło postępowanie wskutek upływu terminu przedawnienia.
Skarżąca wskazała, że równocześnie, z niniejszą sprawą powiązane jest inne rozstrzygnięcie SKO (decyzja z 20 lutego 2026 r.) będące przedmiotem odrębnej skargi, wnoszonej równolegle z niniejszą skargą. W efekcie wniosku Spółki z 22 maja 2024 r. o stwierdzenie nadpłaty w kwocie 239 380 zł Organ I instancji wydał dwa odrębne rozstrzygnięcia - decyzję z 24 czerwca 2024 r. odmawiającą zwrotu oprocentowania nadpłaty oraz postanowienie odmawiające wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty.
Zdaniem Skarżącej zważywszy na sztuczne rozdzielenie przedmiotu sprawy na dwa odrębne akty, niniejszą skargę Skarżąca składa z ostrożności procesowej, traktując ją jako komplementarną względem skargi na decyzję z 20 lutego 2026 r.
W odpowiedzi na skargę SKO podtrzymało dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniosło oddalenie skargi.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
Skarga podlega oddaleniu, albowiem zaskarżone postanowienie nie narusza prawa.
Istota sporu sprowadza się do rozstrzygnięcia czy organy prawidłowo w sprawie niniejszej zastosowały normę wynikająca z art. 165a § 1 O.p., tj. czy zasadnie odmówiły wszczęcia postępowania w tej sprawie.
Organ podatkowy odmawia wszczęcia postepowania o stwierdzenie nadpłaty, gdy wcześniej w odniesieniu do tego samego podatku została wydana decyzja wymiarowa, w tym również gdy decyzja wymiarowa organu pierwszej instancji została uchylona przez organ odwoławczy i postępowanie umorzono wskutek upływu terminu przedawnienia. (por. wyrok WSA w Warszawie z 28 września 204 r., III SA 3279/03)
Taka też sytuacja zaszła w sprawie niniejszej, gdy decyzja wymiarowa Burmistrza została uchylona przez SKO a postępowanie umorzono (decyzja z 19 kwietnia 2024 r. w sprawie SKO Gd 430/23),. Zatem w sprawie niniejszej postępowanie nie mogło być wszczęte, tym samym prawidłowo organy zastosowały normę wynikająca z art. 165a § 1 O.p..
Ponadto wskazać należy, że postępowanie nie mogło być wszczęte również z uwagi na brak przedmiotu postępowania na chwilę złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, gdyż nadpłata owa została przed ww. datą, z urzędu zarachowana na bieżące zobowiązania podatkowe za rok 2024. Wskazać należy, że w toku postępowania w przypadku następczego braku przedmiotu postępowania organ umarza postępowanie, a w wypadku pierwotnego braku przedmiotu postępowania, odmawia jego wszczęcia. NSA w wyroku w sprawie III FSK 1222/25 z dnia 28 maja 2026 r. wyjaśnił, że bezprzedmiotowość postępowania oznacza brak któregoś z elementów stosunku materialnoprawnego, skutkującego tym, że nie można załatwić sprawy przez rozstrzygnięcie jej co do istoty. Jest to orzeczenie formalne, kończące postępowanie bez jego merytorycznego rozstrzygnięcia. Bezprzedmiotowość może wynikać z przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych, ale zawsze oznacza brak przedmiotu postępowania.
W sprawie niniejszej wystąpił pierwotny brak przedmiotu postepowania, bowiem na dzień złożenia wniosku przez Stronę nie istniała nadpłata należna Skarżącej, gdyż stosowna kwota została zarachowana na bieżące zobowiązania podatkowe.
W ocenie Sądu, wbrew zarzutom skargi, organy obu instancji prawidłowo oceniły, że sprawa dotycząca oprocentowania nadpłaty i sprawa dotycząca stwierdzenia nadpłaty i jej zwrotu, w tym konkretnym przypadku nie może toczyć się razem, albowiem sprawa dotycząca oprocentowania nadpłaty powinna być rozpoznana merytorycznie a sprawa dotycząca stwierdzenia nadpłaty i jej zwrotu nie może się toczyć, gdyż brak jest podstaw do wszczęcia postępowania.
W konsekwencji należało stwierdzić, że skarga jest bezzasadna. Sąd rozpoznając przedmiotową skargę nie stwierdził też z urzędu naruszeń prawa, które mogłyby stanowić podstawę do wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonego postanowienia.
Mając powyższe na względzie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, na podstawie art. 151 z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j.: Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.), skargę oddalił.