Wyrok WSA z dnia 23 września 2025, sygn. I SA/Gd 402/25

Sygnatura: I SA/Gd 402/25
Data orzeczenia: 23 września 2025
Sąd: Wojewódzki Sąd Administracyjny (WSA)
Status: Nieprawomocne
Podatnik: spółka z o.o.

Streszczenie

Spółka C. sp. z o.o. prowadziła działalność handlu zbożem, dokonując transakcji łańcuchowych z kontrahentami z Niemiec i Holandii. W deklaracji VAT-7 za wrzesień 2014 r. spółka zadeklarowała nadwyżkę podatku naliczonego do zwrotu w kwocie 950.000 zł. Organy podatkowe zakwestionowały prawidłowość rozliczeń, uznając że część transakcji błędnie została zakwalifikowana jako wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów. Naczelnik Urzędu Skarbowego w decyzji z 21 listopada 2019 r. określił zobowiązanie podatkowe spółki w kwocie 818.155 zł, odmawiając prawa do…

odliczenia podatku naliczonego w kwocie 445.886,86 zł. W sprawie wszczęto również postępowanie karne skarbowe, co wpłynęło na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Spółka kwestionowała decyzje organów podatkowych, zarzucając naruszenie przepisów proceduralnych i materialnych, w szczególności w zakresie prawa do odliczenia podatku naliczonego oraz błędnej kwalifikacji transakcji jako wewnątrzwspólnotowych dostaw towarów. Spółka domagała się uchylenia zaskarżonych decyzji i uznania swojego prawa do odliczenia podatku naliczonego, kwestionując również kwestię przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej, uznając że organ odwoławczy naruszył zasadę dwuinstancyjności poprzez przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia zamiast samodzielnego rozstrzygnięcia kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego. Sąd wskazał, że organ odwoławczy miał obowiązek samodzielnie rozstrzygnąć sprawę, w tym zbadać okoliczności wszczęcia postępowania karnego skarbowego w kontekście instrumentalnego wykorzystania go do zawieszenia biegu przedawnienia. Sąd podkreślił obowiązek stosowania się do zasady związania oceną prawną wyrażoną w poprzednich orzeczeniach sądowych.

jeszcze 144 słowa

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia NSA Zbigniew Romała (spr.), Sędziowie Sędzia NSA Alicja Stępień, Sędzia NSA Elżbieta Rischka, Protokolant Specjalista Dorota Pellowska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 23 września 2025 r. sprawy ze skargi C. sp. z o.o. z siedzibą w G. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku z dnia 10 kwietnia 2025 r., nr 2201-IOV-1.4103.55.2025/10/13 w przedmiocie podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r. 1. uchyla zaskarżoną decyzję, 2. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku na rzecz strony skarżącej kwotę 997 (dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Uzasadnienie

Zaskarżoną decyzją z 10 kwietnia 2025 r. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku, na podstawie art. 233 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.) dalej "O.p.", po rozpatrzeniu odwołania C. sp. z o.o. z siedzibą w G. (dalej "Skarżąca") od decyzji Naczelnika Pierwszego Urzędu Skarbowego w Gdańsku z 21 listopada 2019 r., określającej w podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r. nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy w kwocie 818.155 zł oraz do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy w kwocie 0 zł, uchylił

w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia, bowiem rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.

W uzasadnieniu decyzji wskazano następujący stan faktyczny:

Spółka złożyła za wrzesień 2014 r. deklarację VAT-7, w której zadeklarowała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek bankowy

w kwocie 950.000 zł i do przeniesienia na następny miesiąc w kwocie 22.011 zł.

W wyniku przeprowadzonej wobec Spółki kontroli podatkowej, a następnie postępowania podatkowego, Naczelnik Pierwszego Urzędu Skarbowego w Gdańsku (dalej: "Naczelnik US") zakwestionował prawidłowość zadeklarowanego przez Spółkę rozliczenia. W wydanej w dniu 21 listopada 2019 r. decyzji organ ten określił Spółce za wrzesień 2014 r. zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług

w kwocie 818.155 zł.

Zasadniczym powodem dokonania odmiennego od zadeklarowanego przez Spółkę rozliczenia podatku od towarów i usług było zakwestionowanie prawidłowości rozpoznania wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów w przypadku tzw. transakcji łańcuchowych.

W deklaracji VAT-7 za wrzesień 2014 r. w zakresie nabyć towarów i usług, Spółka wykazała zakupy zbóż, usług transportowych i spedycyjnych, usług serwisu informacyjnego, artykułów biurowych, środków czystości, usług doradztwa inwestycyjnego i urządzeń laboratoryjnych.

Spółka uwzględniła faktury zakupu zboża z opodatkowaniem według stawki 5% lub 8%. Spółka dokonywała też zakupu zbóż od rolników ryczałtowych, wystawiając faktury VAT RR.

W zakresie dostaw towarów i usług w okresach objętych postępowaniem, Spółka wykazała w deklaracji VAT-7 opodatkowaną według stawki 5% sprzedaż zbóż takich jak żyto, pszenica, pszenżyto, owies, kukurydza i jęczmień; dostawę towarów ze stawką 8% dotyczącą sprzedaży śruty rzepakowej na rzecz krajowych nabywców; wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów z tytułu sprzedaży zbóż dla kontrahentów

z Niemiec i z Holandii.

Do zawarcia i realizacji kontraktu na dostawę zboża z kontrahentem z Niemiec lub z Holandii dochodziło wskutek otrzymania przez Spółkę od brokera rynku zbóż informacji o ofercie zakupu zboża o określonych parametrach, po określonej cenie,

z określonym terminem oraz miejscem dostawy. Po wyszukaniu w Polsce dostawców oferujących zboża o pożądanych parametrach i cenie, która pozwoli, po dodaniu kosztów transportu, na uzyskanie zysku, Spółka zawierała, za pośrednictwem firmy brokerskiej, kontrakt na dane zboże, z określonym terminem dostawy, na warunkach Incoterms CPT i DDP - na niektórych kontraktach występuje formuła FRANCO miejsce przeznaczenia. Kontrakty z dostawcą/dostawcami na zakup żądanego zboża, Spółka zawierała na warunkach FCA lub CPT. Spółka organizowała transport zboża od dostawcy do odbiorcy. Realizacja kontraktu zależała od warunków dostawy.

Jak wynikało ze zgromadzonego w sprawie materiału dowodowego,

w badanych okresach Spółka wystawiła faktury na rzecz podmiotów z Niemiec

i z Holandii - z rozpoznaniem WDT ze stawką 0%. W przypadku transportu drogą lądową, samochodami ciężarowymi, dostawa była dokonywana bezpośrednio od dostawcy Spółki (lub jeszcze wcześniejszego dostawcy) do jej nabywcy (lub kolejnego nabywcy), co wypełnia definicję dostawy łańcuchowej, gdzie kilku dostawom towarzyszy tylko jedno przemieszczenie towarów.

Naczelnik US stwierdził, że w przypadku transakcji zawartych przez Spółkę

z kontrahentami z krajów UE, prawo do rozporządzenia towarem jak właściciel zostało przeniesione na unijnych nabywców z chwilą, kiedy przeszło na nich ryzyko przypadkowej utraty towaru, niezależnie od tego, czy towar został fizycznie im przekazany, a więc przenoszone było w zależności od warunków, na jakich poszczególne transakcje były zawarte. Organ stwierdził, że Spółka weszła

w posiadanie prawa do dysponowania towarem jak właściciel przed rozpoczęciem transportu transgranicznego (części ruchomej transakcji), gdyż, jak ustalono w toku postępowania, Spółka nabywała zboże od swoich dostawców na terenie kraju na warunkach FCA (określone miejsce) i CPT, a tym samym, w miejscach załadunku towarów doszło do przeniesienia na Spółkę prawa do towaru, czyli że doszło do dostawy towarów na rzecz Spółki.

W transakcjach sprzedaży zawartych na zasadach CIF i CPT, gdy władztwo nad towarem zostało przeniesione na nabywców z krajów UE jeszcze przed rozpoczęciem jego transportu, a więc na terytorium kraju, Spółka prawidłowo określiła tzw. transakcję ruchomą, poprzez przypisanie transportu do jej dostawy

i tym samym właściwie rozliczyła te transakcje jako wewnątrzwspólnotową dostawę towarów. W przypadku zaś transakcji zawartych na zasadach DDP lub zgodnie

z regułą FRANCO miejsce przeznaczenia, prawo do rozporządzania towarem jak właściciel zostało przeniesione na unijnych nabywców w państwie członkowskim przeznaczenia transportu i to od prawidłowego przypisania transportu uzależnione było, którą dostawę w kraju (Polsce) uzna się za tzw. "ruchomą", stanowiącą wewnątrzwspólnotową dostawę towarów.

W przypadkach, gdzie organizację transportu można było wprost przypisać Spółce, dostawami ruchomymi, którym przypisano transport były transakcje pomiędzy Spółką a kontrahentami z UE i to one stanowiły dla Spółki wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów. Natomiast w sytuacjach, gdy za organizację transportu odpowiadały inne podmioty, będące zarazem dostawcami towarów na rzecz Spółki, organ stwierdził, że transport należy przypisać do dostaw na rzecz Spółki i to te transakcje stanowiły WDT, nie jak wykazała to Spółka, transakcje z kontrahentami z krajów UE.

Naczelnik US uznał ponadto, że w przypadku transakcji pomiędzy dostawcami zbóż a Spółką, w których strony transakcji błędnie rozpoznały tzw. ruchomość, a tym samym, miejsce świadczenia usługi, mylnie opodatkowały te transakcje jako dostawy krajowe, opodatkowując je według stawki właściwej dla danego towaru, tj. 5% lub 8%, a nie jak dla WDT według stawki 0% - przez co, wykazane w tych fakturach kwoty podatku stały się należne do zapłaty, zgodnie z art. 108 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2011 r. poz. 1054), dalej "ustawa o VAT", nie zaś kwotami podatku należnego, które dla Spółki stanowiłyby kwoty podatku naliczonego. Organ stwierdził, że sposób opodatkowania sprzedaży przez tych dostawców na rzecz Spółki pozostaje bez wpływu na kwoty podatku naliczonego przysługujące Spółce do odliczenia, bowiem prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego powstaje w odniesieniu do nabytych przez podatnika towarów, u których powstał obowiązek podatkowy,

a w negowanych transakcjach właściwą stawką podatku dla WDT jest 0% i podatek należny wyniósł dla nich 0 zł. W związku z tym, że Spółce przysługiwało prawo do podatku naliczonego tylko w kwotach 0 zł, organ odmówił jej prawa do odliczenia podatku naliczonego (wykazanego w fakturach wymienionych w tabeli na str. 16 decyzji organu pierwszej instancji) w łącznej kwocie 445.886,86 zł.

Dodatkowo organ wskazał, że w postępowaniu podatkowym w sprawie rozliczenia podatku VAT za sierpień 2014 r. stwierdzono, że Spółka zawyżyła z tego tytułu wysokość WDT za wrzesień 2014 r. o kwotę 40.574,63 zł. Organ pierwszej instancji za wrzesień 2014 r. zakwestionował rozpoznanie WDT w stosunku do wystawionych przez Spółkę faktur w łącznej kwocie 486.461,49 zł.

W dokonanym ponownie rozliczeniu podatku VAT za wrzesień 2014 r., organ pierwszej instancji uwzględnił również, że w decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego

z 21 listopada 2019 r. za sierpień 2014 r. określono nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy, tj. na wrzesień 2014 r., w kwocie 0 zł, w miejsce zdeklarowanej przez Spółkę nadwyżki w kwocie 133.978 zł.

Po rozpatrzeniu wniesionego przez Stronę odwołania, Dyrektor Izby Administracji Skarbowej (dalej: "Dyrektor IAS") decyzją z 25 maja 2020 r. utrzymał

w mocy zaskarżoną decyzję organu pierwszej instancji.

Uzasadniając wydane rozstrzygnięcie organ podał, że w przedmiotowej sprawie dostawy realizowane były przez Spółkę w ramach tzw. transakcji łańcuchowych, co decyduje o szczególnym sposobie określania miejsca świadczenia, determinującego wskazanie kraju, którego przepisy podatkowe, dla prawidłowego opodatkowania przeprowadzonych transakcji, należy w danym przypadku zastosować. Przywołując przepisy art. 7 ust. 8, art. 22 ust. 1 pkt 1, art. 22 ust. 2 oraz art. 22 ust. 3 pkt 1 ustawy o VAT, oraz dokonując ich wykładni organ wskazał, że kluczowym w sprawie jest określenie warunków przyporządkowania wysyłki lub transportu do konkretnego miejsca w "łańcuchu" dostaw. Mając na uwadze treść wyroku TSUE z dnia 21 lutego 2018 r., w sprawie C-628/16 oraz przepisy art. 32 zd. 1 i art. 138 dyrektywy VAT, Dyrektor IAS stwierdził, że regulacje unijne określają w sposób ogólny miejsce opodatkowania transakcji towarowych,

w przypadku których występuje wysyłka lub transport i jednocześnie wskazują, że tylko ta dostawa, której taki transport lub wysyłka zostanie przypisana, może korzystać z preferencji uznania jej jako transakcji wewnątrzwspólnotowej (czyli stanowić dla jednej ze stron dostawę wewnątrzwspólnotową zwolnioną od podatku od wartości dodanej z prawem do odliczenia, w Polsce opodatkowanej wg 0% stawki VAT). W związku z tym, jak ocenił organ, powstaje problem, której z tych dostaw

(w wielu następujących po sobie transakcjach) należy ten transport lub wysyłkę przyporządkować, a więc opodatkować ją na zasadzie dostawy wewnątrzwspólnotowej. Tylko bowiem ta transakcja będzie korzystała z ww. preferencji podatkowej, a wszystkie pozostałe będą traktowane jako dostawy krajowe, opodatkowane w miejscu rozpoczęcia albo zakończenia wysyłki lub transportu, czyli według lokalnych stawek podatku od wartości dodanej - zgodnie

z zasadą terytorialności opodatkowania.

Analizując dalej wyrok TSUE organ zwrócił uwagę, że transport można przyporządkować tylko tej jednej dostawie, a przypisanie transportu bądź wysyłki

w głównej mierze zależy od określenia, w którym momencie doszło do drugiego przeniesienia prawa do rozporządzania towarem jak właściciel na rzecz końcowego nabywcy. W sytuacji, w której drugie przeniesienie władztwa do rozporządzania rzeczą jak właściciel nastąpiłoby przed transportem wewnątrzwspólnotowym, transport ten nie mógłby już zostać przypisany pierwszej dostawie na rzecz pierwszego nabywcy.

Dyrektor mając na uwadze przywoływany wyrok TSUE oraz przepis art. 22 ust. 2 ustawy o VAT podkreślił, że w przypadku, gdy za transport odpowiada pośrednik, transport należy przypisać jego nabyciu, chyba że z warunków dostawy wynika, iż wysyłkę lub transport towaru należy przyporządkować jego dostawie. Zatem należy określić, który z podmiotów jest odpowiedzialny za wywóz towarów. Jeśli odpowiada za to pośrednik, to należy ustalić, w którym miejscu (czyli państwie członkowskim UE) nastąpiło przeniesienie prawa do rozporządzania towarem jak właściciel i czy nastąpiło to przed, czy po transporcie wewnątrzwspólnotowym. Jeśli za transport odpowiada ostateczny nabywca (nabył prawo do rozporządzania towarem jak właściciel przed samym transportem, tak jak w rozpatrywanej przez Trybunał sprawie), to transport należy przypisać do drugiej dostawy - ostateczny nabywca (odpowiedzialny za transport) bierze bowiem udział tylko w tej jednej transakcji (nabycia) i nie odsprzedaje dalej towaru.

Organ odwoławczy wskazał dalej, że w niniejszej sprawie, w transakcjach zawartych z odbiorcami zbóż z krajów UE, prawo do rozporządzenia towarem jak właściciel zostało przeniesione na unijnych nabywców z chwilą przeniesienia na nich ryzyka przypadkowej utraty towaru - niezależnie od tego, czy towar został fizycznie im przekazany. W transakcjach zawartych na warunkach CIF i CPT, transport należało przypisać dostawie dokonanej przez Spółkę na rzecz unijnych kontrahentów, gdyż jeszcze przed jego rozpoczęciem przeszło władztwo nad towarem na rzecz nabywców z krajów UE - co oznaczało prawo Spółki do rozpoznania WDT. Organ uznał, że Spółka prawidłowo rozliczyła swoją dostawę, jako WDT w Polsce, także w sytuacjach, gdy dostawcą dla Spółki był rolnik ryczałtowy. Natomiast w przypadku transakcji zawartych zgodnie z regułami DDP

i FRANCO miejsce przeznaczenia, prawo do rozporządzania towarem jak właściciel zostało przeniesione na unijnego nabywcę w państwie członkowskim przeznaczenia transportu i zatem od prawidłowego przypisania transportu uzależnione było, którą dostawę w kraju (Polsce) uzna się za tzw. ruchomą, stanowiącą WDT.

Zdaniem Dyrektora IAS Naczelnik US prawidłowo stwierdził, że

w przypadkach, gdzie organizację transportu można było wprost przypisać Spółce, dostawami ruchomymi, którym przypisano transport były transakcje pomiędzy Spółką

a kontrahentami z UE i to one stanowiły dla Spółki wewnątrzwspólnotowe dostawy towarów. Natomiast w sytuacjach, gdy za organizację transportu odpowiadały inne podmioty, będące zarazem dostawcami towarów na rzecz Spółki, transport należy przypisać do dostaw na rzecz Spółki. W przypadku tych łańcuchów transakcji,

w których transport był wykonywany na zlecenie Spółki przez firmy zewnętrzne,

w tym przez działającego jako przewoźnik M. P., organizację transportu można było wprost przypisać Spółce - zatem, dostawami ruchomymi były transakcje pomiędzy Spółką a kontrahentami z UE i to one stanowiły dla Spółki WDT. Natomiast

w sytuacjach, gdy transport wykonywały inne podmioty, będące zarazem dostawcami towarów na rzecz Spółki, tj. P1i P2, należało uznać, że za organizację transportu odpowiadały te podmioty, czyli, że transport należy przypisać do ich dostaw na rzecz Spółki i to te transakcje stanowiły WDT, nie zaś, jak wykazała to Spółka, jej transakcje z kontrahentami z krajów UE.

Dalej organ stwierdził, że w przypadku łańcuchów transakcji, w których Spółka nabywała zboże od A., ustalono, że to właśnie ta firma faktycznie organizowała transport, w związku z czym mianem tzw. dostaw ruchomych należało określić transakcje A. na rzecz Spółki. W łańcuchach transakcji to te dostawy stanowiły WDT, a nie dostawy Spółki na rzecz nabywców zagranicznych.

W ocenie Dyrektora, w przypadku transakcji błędnie uznanych przez Spółkę za WDT (wymienionych w tabeli w decyzji organu pierwszej instancji), to dostawcy na rzecz Spółki powinni byli rozpoznać WDT, natomiast Spółka uznać swoje transakcje jako takie, które nastąpiły po dokonaniu transportu (dostawy transgranicznej),

tj. stosownie do art. 22 ust. 3 pkt 2 ustawy o VAT, za dokonane w miejscu zakończenia transportu, poza terytorium Polski i tam podlegające opodatkowaniu.

Zdaniem organu odwoławczego ocena, że transakcje rozpoznane

i zadeklarowane przez Spółkę jako WDT, stanowiły dostawy poza terytorium kraju, niepodlegające opodatkowaniu w ramach polskiego systemu podatku VAT, wyklucza odliczenie podatku VAT z faktur wystawionych przez dostawców Spółki, w sytuacji, gdy powinni byli rozpoznać WDT, zamiast sprzedaży krajowej.

Dyrektor IAS stwierdził, że organ pierwszej instancji prawidłowo uznał, iż to firmie A.należy przyznać miano organizatora transportu, pomimo ponoszenia kosztów przewozu przez Spółkę. To A.ustalała bowiem relacje z przewoźnikami zboża dokonującymi faktycznego transportu towarów sprzedanych na rzecz Spółki, delegowała pracowników-kierowców do realizacji transportu lub dokonywała wyboru zewnętrznego przewoźnika, przekazując bezpośrednio przewoźnikowi lub osobom świadczącym usługi transportu dane niezbędne do realizacji przewozu towarów (np. wymiary ładunku, ilość towaru, wymogi jakie muszą spełniać środki transportu, w jaki sposób należy towar przewozić, itp.) oraz informacje o dacie, miejscu oraz godzinie załadunku, formie transportu i miejscu przeznaczenia - przez co to jej dostawom na rzecz Spółki należało przypisać miano WDT.

Organ odwoławczy nie stwierdził przy tym, aby Naczelnik dopuścił się wskazywanych przez stronę naruszeń przepisów Ordynacji podatkowej w zakresie gromadzenia i oceny materiału dowodowego.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji Dyrektora IAS oraz o zasądzenie kosztów postępowania.

Zaskarżonemu rozstrzygnięciu zarzuciła naruszenie:

1) art. 122, art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 O.p. polegające na dowolnej ocenie przez organ odwoławczy zebranego materiału dowodowego, co doprowadziło do błędnego przyjęcia, iż transakcje dokumentowane spornymi fakturami VAT nie potwierdzają rzeczywistego przebiegu transakcji gospodarczych w zakresie miejsca dostawy towarów,

2) art. 120, art. 121 § 1 O.p. poprzez zaniechanie wyjaśnienia wszystkich okoliczności stanu faktycznego, selektywną ocenę dowodów i faktów oraz naruszenie zasady rozstrzygania wątpliwości stanu faktycznego na korzyść podatnika,

3) art. 5 ust. 1 pkt 1 oraz art. 86 ust. 1 ustawy o VAT w zw. z art. 1 ust. 2 Dyrektywy Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. (Dz.Urz.UE.L 347/1 z 11 grudnia 2006 r., dalej powoływana jako: dyrektywa VAT) poprzez odmowę przyznania Podatnikowi prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającego z faktur dokumentujących nabycie towarów,

4) art. 168, art. 169, art. 169 lit. a) Dyrektywy VAT poprzez odmowę przyznania Podatnikowi prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, w sytuacji gdy nie jest sporne, że nabyty towar został wywieziony

z terytorium kraju.

Uzasadniając postawione zarzuty w treści skargi wskazano, że

w rozpoznawanej sprawie organy stanęły na stanowisku, zgodnie z którym dostawa zboża dokonana na rzecz Spółki była dostawą wewnątrzwspólnotową, a nie krajową, a w związku z tym Spółka nie była uprawniona do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez M. P. Strona zwróciła uwagę, że za takim stanowiskiem organów przemawia stwierdzenie, iż to M. P. ustalał relacje z przewoźnikami zboża dokonującymi faktycznego transportu towarów sprzedanych na rzecz Spółki, delegował kierowców do realizacji transportu lub dokonywał wyboru zewnętrznego przewoźnika. Skarżąca zwróciła dalej uwagę, że zgodnie z ustaleniami organów, organizowaniem transportu zboża sprzedawanego przez A. do Spółki zajmował się M.K., przy czym źródłem umocowania tej osoby do takich czynności był M.P., skupiający narzędzia i wiedzę niezbędne do prawidłowego wykonania przewozów. Z takim stanowiskiem, zdaniem Spółki, nie można się jednak zgodzić albowiem M. K. nigdy nie był zatrudniony w A. lecz był związany

z T.Sp. z o.o. (dalej "spółka T."), która została powołana m.in. po to by organizować transport towarów dla Spółki oraz zagospodarować samochody należące do M. P. Wnosząca skargę podkreśliła, że zlecenia na zorganizowanie transportu A. N. przekazywał M. K. ze spółki T. Zlecenia organizacji transportu nie były natomiast przekazywane M. P. Za gołosłowne skarżąca uznała założenie poczynione przez organy, że źródłem umocowania M. K. do organizowania transportu towarów był M. P.

Zdaniem Spółki, wbrew temu, co przyjął organ podatkowy, nie można twierdzić, że podatek naliczony wynikający z faktur dokumentujących dostawy, które w ocenie organu podatkowego zostały dokonane na terytorium innego kraju członkowskiego, jest podatkiem, o którym mowa w art. 108 ust. 2 ustawy o VAT.

Z treści wyniku kontroli przeprowadzonej przez Naczelnik Zachodniopomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Szczecinie u M. P. za okres od stycznia do grudnia 2014 roku wynika, że nie stwierdzono żadnych nieprawidłowości

w zakresie rozliczenia podatku od towarów i usług. Skoro organ ten przeprowadzając kontrolę w A.stwierdził, że kontrahent ten prawidłowo uznał sprzedaż dokonaną na rzecz Spółki za sprzedaż krajową opodatkowaną właściwymi stawkami podatku VAT, to brak jest podstaw by inny organ podatkowy dokonał odmiennej oceny tych transakcji. Strona podniosła ponadto, że ustawa o VAT nie pozbawia prawa do odliczenia zawyżonego podatku naliczonego, brak możliwości odliczenia podatku ma miejsce wtedy, gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku (art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT), co nie miało miejsca w niniejszej sprawie.

Dyrektor IAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z 28 października 2020 r., sygn. akt I SA/Gd 611/20 oddalił skargę.

Następnie Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 10 lipca 2024 r., sygn. akt I FSK 1099/21, orzekł o uchyleniu zaskarżonego wyroku w całości i przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania przez WSA w Gdańsku.

W wyniku ponownego rozpoznania skargi na decyzję Dyrektora IAS z 25 maja 2020 r., WSA w Gdańsku wyrokiem z 26 listopada 2024 r., sygn. akt I SA/Gd 769/24, uznając skargę za zasadną uchylił zaskarżoną decyzję. W pisemnych motywach uzasadnienia Sąd wskazał, że rozpoznając ponownie sprawę organ powinien odnieść się m. in. do kwestii przedawnienia zobowiązania w świetle uchwały NSA

z 24 maja 2021 r., sygn. I FPS 1/21.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku po przeanalizowaniu zebranego w sprawie materiału dowodowego, argumentów przedstawionych

w odwołaniu, kierując się obowiązującymi przepisami prawa procesowego

i materialnego, biorąc pod uwagę wytyczne zawarte w wyroku WSA w Gdańsku z 26 listopada 2024 r., sygn. akt I SA/Gd 769/24, decyzją z 10 kwietnia 2025 r. uchylił

w całości decyzję organu pierwszej instancji, przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, ponieważ rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części.

Zdaniem organu odwoławczego przedawnienie zobowiązania w podatku VAT za objęty niniejszą sprawą miesięczny okres rozliczeniowy nastąpiłoby z końcem

2019 r., gdyż za ten okres, standardowy termin zwrotu różnicy podatku, przeniesionego do rozliczenia w formie potrącenia z podatkiem należnym, wykazany w deklaracji VAT-7 za wrzesień 2014 r., upływał w 2014 r.

W aktach sprawy znajduje się postanowienie Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni z 21 listopada 2019 r., nr 328000-CZS.800.721.2019.RKS o wszczęciu dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowe, doręczone pełnomocnikowi i Stronie w dniu 28 listopada 2019 r. oraz zawiadomienie z listopada 2019 r. o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia. Dostępne na obecnym etapie postępowania materiały dowodowe nie pozwalają jednak na dokonanie oceny, czy wszczęcie to nie miało charakteru instrumentalnego, co skutkuje przekazaniem sprawy do ponownego rozpatrzenia. Dokonanie bowiem takiej oceny w zgodzie z uchwałą NSA i wskazaniem WSA w Gdańsku z wyroku z 26 listopada 2024 r. wymaga przeprowadzenia postępowania w rozmiarach

i charakterze mogących mieć na tyle istotny wpływ na rozstrzygnięcie w niniejszej sprawie, że zagraża to zachowaniu zasady dwuinstancyjności z art. 127 O.p.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wskazał, że w ponownie prowadzonym postępowaniu organ pierwszej instancji winien pozyskać do akt sprawy podatkowej dokumenty z akt sprawy karnej skarbowej, co również pozwoli uwzględnić złożony przez pełnomocnika Strony wniosek dowodowy z 25 marca 2025 r., o włączenie do materiału dowodowego informacji dotyczących działań podjętych przez finansowy organ postępowania przygotowawczego w ramach dochodzenia o przestępstwo skarbowe, wszczętego na podstawie postanowienia Naczelnika Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni z 21 listopada 2019 r., sygn. akt 328000-CZS.800.721.2019.RKS (aktualna sygn. akt RKS-615/2019/32800), w szczególności informacji, czy postępowanie weszło w fazę ad personam, a następnie dokonać ich oceny pod kątem kwestii braku wygaśnięcia zobowiązania podatkowego objętego zaskarżoną decyzją z uwzględnieniem uchwały NSA oraz zaleceń WSA zawartych

w prawomocnym wyroku z 26 listopada 2024 r. Ponownie rozpoznając sprawę, organ powinien także wyjaśnić w uzasadnieniu decyzji okoliczności związane z momentem

i przesłankami wszczęcia postępowania karnego skarbowego. Dopiero rozważenie kwestii związanych z przedawnieniem zobowiązania podatkowego, w sposób potwierdzający skuteczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia, pozwoli na odniesienie się do kwestii merytorycznych. Nie jest bowiem możliwe rozważanie tych kwestii w sytuacji, gdy nie jest przesądzona dopuszczalność prowadzenia postępowania podatkowego.

Nie zgadzając się z powyższym rozstrzygnięciem Strona wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego, w którym wniosła o uchylenie decyzji organu odwoławczego i zasądzenie na rzecz Spółki zwrotu kosztów postępowania,

w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.

Przedmiotowej decyzji Strona zarzuca naruszenie:

1) art. 233 § 2 O.p., polegające na jego zastosowaniu, podczas gdy do wydania decyzji na tej podstawie muszą być spełnione przesłanki określone w tym przepisie tj. organ pierwszej instancji albo w ogóle nie przeprowadził postępowania wyjaśniającego albo przeprowadzone postępowanie wyjaśniające nie jest wystarczające do prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy i jednocześnie brak jest podstawy do zastosowania przez organ odwoławczy art. 229 O.p. oraz nie istnieją podstawy do merytorycznego rozpatrzenia sprawy w sytuacji gdy decyzja organu

I instancji została wydana przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania,

a zalecenia organu odwoławczego nakazują organowi I instancji zgromadzenie dowodów i ich ocenę na okoliczność ewentualnego przedawnienia tego zobowiązania;

2) art. 127 O.p. polegające na przyjęciu, że okoliczność wystąpienia przedawnienia powinna być ustalona przez organ I instancji, podczas gdy upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w trakcie postępowania podatkowego musi być uwzględniony z urzędu przez organ podatkowy, przed którym postępowanie się toczy, niezależnie od tego, czy dotyczy postępowania przed organem pierwszej instancji, czy postępowania odwoławczego, organ stwierdzając ujemną przesłankę kontynuowania postępowania, jest zobligowany do jego zakończenia przez jego umorzenie (art. 208 § 1 Op.);

3) art. 233 § 1 pkt 2 lit. a i art. 208 § 1 O.p. w zw. z 59 § 1 pkt 9 oraz art. 70 § 1 O.p., poprzez jego niezastosowanie w sytuacji ustalenia, do czego był zobowiązany organ odwoławczy, że zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r. przedawniło się;

4) art. 120, art. 121 § 1, art. 122, w zw. z art. 187 § 1, art. 188 i art. 229 O.p. polegające na niewyczerpującym zebraniu i rozpatrzeniu całego materiału dowodowego i niepodjęciu wszelkich kroków niezbędnych do dokładnego wyjaśnienia czy wszczęte na podstawie postanowienia Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni dochodzenie w sprawie o przestępstwo skarbowe przekształciło się w fazę ad personam co skutkowało całkowicie błędną oceną stanu faktycznego i nieprawidłową oceną zgromadzonego materiału dowodowego, niewyjaśnieniu wątpliwości na etapie postępowania odwoławczego,

a w rezultacie wydanie wadliwego rozstrzygnięcia m.in. ze względu na nierozpoznanie istoty sprawy wskutek błędnego przyjęcia, że w sprawie zachodzi konieczność przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części - pominięcie przez organ odwoławczy obowiązku badania upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego również na etapie postępowania odwoławczego z urzędu.

Spółka w uzasadnieniu skargi podała, że Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku zwrócił się do finansowego organu postępowania przygotowawczego, którym w niniejszej sprawie jest Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni, z wnioskiem o udzielenie informacji czy postępowanie w sprawie o przestępstwo skarbowe zostało prawomocnie zakończone. W odpowiedzi na powyższy wniosek Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni udzielił następującej odpowiedzi "przedmiotowe postępowanie nie zostało prawomocnie zakończone (aktualna sygnatura sprawy RKS-615/2019/328000)".

W odpowiedzi na wystąpienie organu odwoławczego pismem z 25 marca 2025 r. Skarżąca wniosła o uzupełnienie w przedmiotowej sprawie materiału dowodowego o informacje jakie czynności zostały przeprowadzone przez organ w ramach wszczętego na podstawie postanowienia Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni z 21 listopada 2019 r. sygn. akt RKS-615/2019/32800 dochodzenia o przestępstwo skarbowe, w tym w szczególności o informacje czy postępowanie weszło w fazę ad personom.

Organ odwoławczy ograniczył się jednak wyłącznie do oceny, czy postępowanie wszczęte na podstawie postanowienia Naczelnika zostało prawomocnie zakończone. Zarówno z urzędu, jak i na wniosek Skarżącej, nie uzupełnił on materiału dowodowego w zakresie wskazanym w piśmie Skarżącej z 25 marca 2025 r., co uniemożliwiło mu dokonanie prawidłowej oceny zgromadzonego materiału oraz ustalenie, czy w niniejszej sprawie doszło do instrumentalnego wszczęcia postępowania karno-skarbowego, czego skutkiem było wydanie przez ten organ zaskarżonej decyzji.

W ocenie Skarżącej stwierdzenie nieprzedawnienia zobowiązania podatkowego spoczywa na organie, przed którym sprawa zawisła, a w sytuacji, gdy organem tym jest organ odwoławczy niedopuszczalne jest uchylenie decyzji organu

I instancji i zobowiązanie go do ustalenia tej okoliczności.

Ponadto decyzja organu I instancji została wydana 21 listopada 2019 r.,

a więc przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r. Oznacza to, że przy jej wydaniu organ ten nie miał możliwości, a tym samym obowiązku przedstawienia w wydanej decyzji, stosownych dowodów i chronologii czynności karno-procesowych wskazujących, że w danym przypadku wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało jedynie "instrumentalnego" charakteru. To organ odwoławczy wydał decyzję 25 maja 2020 r., a więc po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r., który upływał 31 grudnia 2019 r. Tym samym był on zobowiązany przed przystąpieniem do merytorycznego rozpoznania sprawy do ustalania okoliczności, o których mowa w uchwale NSA z 24 maja 2021 r., sygn. akt

I FPS 1/21.

Spółka wskazała również, że ograniczając zakres żądanych od organu finansowego informacji wyłącznie dla celów określenia okresu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego organ odwoławczy pominął postanowienia art. 44 § 1 k.k.s. Jeżeli postępowanie przeciwko sprawcy nie zostało wszczęte, według Strony nigdy to nie nastąpiło, to karalność przestępstwa skarbowego popełnionego w 2014 r. przedawniała się 31 grudnia 2024 r. Dlatego też Strona wniosła o ustalenie przez organ odwoławczy, czy postępowanie karne skarbowe znajduje się w fazie ad personom. Przedstawienie przez organ finansowy zarzutów, jeżeli czynność ta zostanie dokonana już po upływie przedawnienia karalności zarzucanego czynu, co jak wskazano miało miejsce w dniu 31 grudnia 2024 r. powoduje, że co najmniej w tej dacie organ finansowy prowadzący postępowanie karne skarbowe, winien mając na uwadze upływ terminu przedawnienia karalności zarzucanego czynu, dokonać oceny formalnej prowadzonego postępowania, w aspekcie jego umorzenia w odniesieniu do okresów rozliczeniowych od grudnia 2013 r. do września 2014 r.

W tej sytuacji za niedopuszczalne Strona uznała wywodzenie przez organ podatkowy skutku zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z faktu prowadzenia postępowania karno- skarbowego. Biorąc pod uwagę, że postępowanie karne skarbowe w sprawie podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r. zostało wszczęte 21 listopada 2019 r. to do upływu terminu przedawnienia tego zobowiązania (31 grudnia 2019 r.) pozostało 40 dni. W sytuacji, gdy akta postępowania sądowego wpłynęły do organu odwoławczego 24 lutego 2025 r. to pozostały do końca terminu przedawnienia okres 40 dni upływał w dniu

5 kwietnia 2025 r. Tymczasem decyzja organu odwoławczego uchylająca sprawę do ponownego rozpatrzenia została wydana 10 kwietnia 2025 r., a więc po upływie terminu przedawnienia zobowiązania. Tylko ustalenie, że przed 31 grudnia 2024 r. postępowanie karne skarbowe przeszło w fazę ad personam - pomijając instrumentalne wszczęcie postępowania przygotowawczego - skutkuje tym, że karalność za przestępstwo skarbowe nie jest przedawniona. Pomimo wniosku Strony o ustalenie tego faktu, organ odwoławczy nie dokonał tego ustalenia.

Organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę wniosło o jej oddalenie, podtrzymując argumentację i stanowisko, jak w zaskarżonej decyzji.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:

Skarga zasługuje na uwzględnienie. Badając rozpoznawaną sprawę

w ramach własnej kognicji, Sąd stwierdził naruszenie prawa skutkujące koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji.

Kontroli Sądu poddano decyzję organu odwoławczego uchylającą decyzję organu pierwszej instancji i przekazującą sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, z uwagi na konieczność przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego

w zakresie okoliczności biegu terminu przedawnienia zobowiązania Skarżącej

w podatku od towarów i usług za wrzesień 2014 r.

Jednocześnie podkreślić należy, że organ odwoławczy rozpatrując kwestię biegu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania działał w wyniku ponownego rozpatrzenia odwołania Skarżącej od decyzji organu pierwszej instancji, na skutek uchylenia uprzedniej decyzji organu odwoławczego wyrokiem WSA

w Gdańsku z 26 listopada 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 769/24. W związku z tym orzekanie w sprawie odbywa się w warunkach związania oceną prawną, o których mowa w art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 poz. 935 ze zm.) dalej: "p.p.s.a.".

Zgodnie z treścią art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

W orzecznictwie podkreśla się, że ustanowiona w art. 153 p.p.s.a. zasada związania oceną prawną powoduje, że skutki wyroku sądu administracyjnego dotyczą każdego nowego postępowania prowadzonego w zakresie danej sprawy

i obejmują zarówno postępowanie sądowoadministracyjne, w którym orzeczenie zostało wydane, postępowanie administracyjne, w którym zapadło zaskarżone rozstrzygnięcie administracyjne, jak i wszystkie przyszłe postępowania administracyjne oraz sądowoadministracyjne dotyczące danej sprawy administracyjnej (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 stycznia 2006 r., sygn. akt I FSK 505/05, z 16 maja 2007 r., sygn. akt I FSK 857/06, z 16 października 2014 r., sygn. akt II FSK 2506/12, wszystkie przywołane orzeczenia dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie orzeczenia.nsa.gov.pl). Art. 153 p.p.s.a. ma charakter bezwzględnie obowiązujący

i wywiera skutki w dwóch płaszczyznach, mianowicie ani organ administracji publicznej, ani sąd administracyjny orzekając ponownie w tej samej sprawie nie mogą pominąć oceny prawnej wyrażonej wcześniej w orzeczeniu. Zasadniczym kryterium legalności decyzji wydanej w postępowaniu ponowionym wskutek wyroku sądu administracyjnego jest więc zastosowanie się do wyrażonej przez ten sąd oceny prawnej oraz podporządkowanie się wytycznym co do dalszego postępowania (por. wyrok NSA z 21 lutego 2018 r., sygn. akt II FSK 353/16).

Przez "ocenę prawną" rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpoznanej sprawie. Pojęcie to obejmuje zarówno krytykę sposobu zastosowania normy prawnej w zaskarżonym akcie, jak

i wyjaśnienie, dlaczego stosowanie tej normy przez organ, który wydał dany akt, zostało uznane za błędne, bądź za prawidłowe. Natomiast "wskazania co do dalszego postępowania" dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu uniknięcie błędów już popełnionych oraz wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości

w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (por. A. Kabat [w:] B. Dauter i in., Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Warszawa 2018). Pomiędzy oceną prawną

a wskazaniami co do dalszego postępowania zachodzi ścisły związek. Ocena prawna dotyczy dotychczasowego postępowania organów administracyjnych

w sprawie, podczas gdy wskazania określają sposób ich postępowania w przyszłości. Wskazania stanowią więc konsekwencje oceny prawnej, zwłaszcza oceny przebiegu postępowania przed organami administracji i rezultatu tego postępowania w postaci materiału procesowego zebranego w sprawie. Wskazania sądu administracyjnego co do dalszego postępowania wytyczają kierunek działania organu przy ponownym rozpoznaniu sprawy (por. wyrok NSA z 1 lutego 2022 r., sygn. akt II FSK 1393/21).

Podkreślenia wymaga, że związanie sądu i organu oceną prawną wyrażoną

w orzeczeniu sądu trwa w danej sprawie dopóty, dopóki nie zostanie ono uchylone lub zmienione lub nie ulegną zmianie przepisy, czyniąc pogląd prawny nieaktualnym. Podobny skutek (tj. ustanie mocy wiążącej wspomnianej oceny), może spowodować zmiana (po wydaniu orzeczenia sądowego) istotnych okoliczności faktycznych. Niezastosowanie się przez organ administracji publicznej przy ponownym wydaniu decyzji (bądź innego aktu czy czynności) do oceny prawnej wyrażonej przez sąd

w wyroku narusza zasadę związania organu oceną prawną i oznacza, że podjęty akt lub czynność są wadliwe. Jednocześnie, w orzecznictwie i doktrynie wskazuje się, że naruszenie przez organy administracyjne zasady związania oceną prawną wyrażoną w wyroku sądu powoduje konieczność uchylenia zaskarżonej decyzji (bądź innego aktu czy czynności) (por. T. Woś [w:] H. Knysiak-Sudyka, M. Romańska, T. Woś, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. VI, Warszawa 2016; wyrok NSA z dnia 20 stycznia 2006 r. sygn. akt I FSK 506/05).

Przenosząc powyższe rozważania na grunt niniejszej sprawy wskazać należy, że w uzasadnieniu prawomocnego wyroku z 26 listopada 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 769/24, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wskazał, że – w związku

z brakiem dokonania pogłębionej analizy i oceny niektórych okoliczności, w tym podniesionych przez Skarżącą – organ winien uzupełnić materiał dowodowy,

a w konsekwencji także ocenić okoliczności sprawy z uwzględnieniem argumentacji Skarżącej i przedstawić je w uzasadnieniu podjętego rozstrzygnięcia. Sąd wskazał, że "rozpoznając sprawę ponownie organ odwoławczy odniesie się także do podniesionej obecnie przez Stronę Skarżącą kwestii przedawnienia zobowiązania", zaś okoliczności wszczęcia postępowania karno-skarbowego powinny zostać ocenione w świetle uchwały NSA z 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21.

Zdaniem Sądu, powyższe wskazania nie zostały uwzględnione w toku ponownie przeprowadzonego postępowania odwoławczego. Dyrektor IAS bowiem wydając zaskarżoną decyzję i uchylając decyzję organu pierwszej instancji oraz zobowiązując ten organ do zbadania i oceny okoliczności biegu terminu przedawnienia w świetle uchwały NSA, nie uwzględnił zawartych w ww. prawomocnym wyroku wskazań co do przeprowadzenia postępowania w powyższym zakresie, z których wprost wynika, że kwestię przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego miał ocenić i rozstrzygnąć organ odwoławczy, a zatem Dyrektor IAS, nie zaś Naczelnik US. Wbrew wywodom przedstawionym w treści zaskarżonej decyzji oraz odpowiedzi na skargę, przekazanie rozstrzygnięcia kwestii przedawnienia organowi pierwszej instancji w istocie doprowadziło do naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania.

Przedmiotem postępowania odwoławczego jest ponowne rozpoznanie

i rozstrzygnięcie sprawy administracyjnej rozstrzygniętej decyzją organu pierwszej instancji. Druga instancja postępowania podatkowego to także instancja merytoryczna, co wynika m.in. z treści art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p., zgodnie z którym organ odwoławczy wydaje decyzję, w której uchyla decyzję organu pierwszej instancji w całości lub w części - i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub umarza postępowanie w sprawie. Przyznanie przez ustawodawcę temu organowi uprawnień reformatoryjnych oznacza, że organ ten ma obowiązek oceny nie tylko ustaleń dokonanych przez organ pierwszej instancji, ale również rozpatrzenia sprawy

w pełnym zakresie. Podkreślić ponadto należy, że organ odwoławczy rozpatruje sprawę, a nie odwołanie (zażalenie). Zasada dwuinstancyjności oznacza, że

w wyniku złożenia odwołania lub zażalenia sprawa administracyjna będzie w całości przedmiotem postępowania przed organem drugiej instancji. Rodzi to obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa (por. wyrok NSA z 5 stycznia 2011 r., sygn. akt II FSK 1561/09).

Zasada ta nie wyklucza przy tym dokonania odmiennej oceny materiału dowodowego zgromadzonego już w postępowaniu pierwszoinstancyjnym. Organ odwoławczy nie jest bowiem organem stricte kontrolującym prawidłowość rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji, ale samodzielnie, w oparciu o już zgromadzone (ewentualnie uzupełnione) dowody, ponownie rozstrzyga sprawę. Ponowne rozstrzygnięcie sprawy oznacza zatem dokonanie ponownych ustaleń faktycznych, a nie tylko przyjęcie tych, które wynikają z rozstrzygnięcia organu pierwszej instancji. Podkreślenia w tym kontekście wymaga przyznanie organowi odwoławczemu uprawnienia do przeprowadzenia na podstawie art. 229 O.p. postępowania uzupełniającego, czyli dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie – samodzielnie lub za pośrednictwem organu pierwszej instancji. Tym samym, organ odwoławczy nie jest ograniczony do orzekania wyłącznie na podstawie zgromadzonego w postępowaniu pierwszoinstancyjnym materiału dowodowego, lecz może go w koniecznym (choć wyłącznie uzupełniającym) zakresie poszerzyć. Z regulacją tą koresponduje również przepis art. 233 § 2 O.p., który umożliwia organowi odwoławczemu podjęcie decyzji kasatoryjnej, jeśli konieczny do zgromadzenia materiał dowodowy okaże się przekraczać znacznie ilość dotychczas zgromadzonego w sprawie materiału, bądź też organ pierwszej instancji nie zebrał go w ogóle, a rozstrzygnięcie sprawy tego wymaga.

Innymi słowy, wyrażona w art. 127 O.p. zasada dwuinstancyjności postępowania oznacza, że każda sprawa, jeżeli zawiśnie przed organem drugiej instancji na skutek wniesienia przez stronę środka zaskarżenia, wymaga przede wszystkim ponownego rozpoznania i rozstrzygnięcia. Obowiązujący model postępowania odwoławczego nie ma zatem charakteru kasacyjnego, co wyklucza ograniczenie postępowania przed organem drugiej instancji jedynie do kontroli orzeczenia wydanego przez organ pierwszej instancji. Zasada dwuinstancyjności jest zrealizowana, gdy rozstrzygnięcia obu organów zostały poprzedzone przeprowadzeniem przez nie postępowania umożliwiającego osiągnięcie celów, dla których postępowanie to jest prowadzone, czyli postępowania merytorycznego

w zakresie ustalenia stanu faktycznego, zebrania oraz oceny dowodów, przeanalizowania wszystkich argumentów i żądań strony oraz rozważań prawnych stosownych dla rozstrzygnięcia, a wszystko to powinno znaleźć dodatkowo odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji.

Tak rozumianą zasadę dwuinstancyjności powinien mieć na uwadze również organ wydający – jak w rozpatrywanej sprawie – rozstrzygnięcie na podstawie art. 233 § 2 O.p. Przepis ten stanowi, że "organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy." Konieczność podjęcia takiego rozstrzygnięcia jest zatem równoznaczna z nieprzeprowadzeniem przez organ pierwszej instancji postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części, co uniemożliwia rozstrzygnięcie sprawy przez organ odwoławczy zgodnie z zasadą dwuinstancyjności postępowania.

Regulacja art. 233 § 2 O.p. stanowi wyjątek od omówionej powyżej zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego, zgodnie z którą każda sprawa podatkowa rozpoznana i rozstrzygnięta decyzją organu pierwszej instancji podlega

w wyniku wniesienia odwołania przez legitymowany podmiot, ponownemu rozpoznaniu i rozstrzygnięciu przez organ drugiej instancji. Powyższe rozumieć należy w ten sposób, że w sytuacji, gdy nie ma przeszkód do ponownego rozpatrzenia sprawy i zakończenia jej merytorycznym rozstrzygnięciem drugoinstancyjnym, niedopuszczalne – jako niezgodne z zasadą dwuinstancyjności postępowania – jest podejmowanie rozstrzygnięcia kasacyjnego, tj. decyzji uchylającej decyzję organu pierwszej instancji i przekazującej sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

Istotne jest również to, że decyzja kasacyjna może zapaść, jeżeli wątpliwości organu drugiej instancji co do stanu faktycznego nie można wyeliminować w trybie przywołanego powyżej art. 229 O.p., czyli przeprowadzonego przez organ odwoławczy (bądź pośrednio przez organ pierwszej instancji na zlecenie organu odwoławczego) uzupełniającego postępowania dowodowego. Niewątpliwie konieczność uzupełnienia w niewielkim zakresie postępowania dowodowego, np. przeprowadzenia określonego dowodu bądź rozstrzygnięcia pojedynczego zagadnienia lub pomniejszej kwestii, mieści się w kompetencjach organu odwoławczego, wyłączając wówczas dopuszczalność decyzji kasacyjnej.

Podkreślić przy tym należy, że instytucja uchylenia rozstrzygnięcia celem ponownego rozpatrzenia sprawy ma charakter wyjątkowy. Należy mieć bowiem również na uwadze przywołaną w art. 125 O.p. zasadę szybkości postępowania, która choć nie może być wyłącznym wyznacznikiem postępowania organów, to jednak należąc do zasad ogólnych postępowania podatkowego winna zostać uwzględniona w toku ich postępowania, w tym także w toku postępowania odwoławczego.

Reasumując, podkreślenia wymaga, że postępowanie odwoławczego organu podatkowego ma charakter merytoryczny i reformatoryjny, zaś powrót postępowania na etap przed organem pierwszej instancji dopuszczalny jest wyłącznie w przypadku istotnych naruszeń, tj. braku właściwości organu pierwszej instancji (art. 233 § 1 pkt 2 lit. b O.p.), bądź braku przeprowadzenia przez organ pierwszej instancji postępowania dowodowego całkowicie lub w znacznej części (art. 233 § 2 O.p.), a nadto w przypadku samorządowego kolegium odwoławczego – gdy przepisy prawa pozostawiają sposób rozstrzygnięcia sprawy uznaniu organu pierwszej instancji (art. 233 § 3 O.p.). Żadne inne okoliczności nie powinny prowadzić do uchylenia decyzji organu pierwszej instancji i skierowania sprawy do ponownego rozpatrywania.

Zdaniem Sądu, w rozpatrywanej sprawie nie wystąpił, przy uwzględnieniu zgromadzonego materiału dowodowego oraz związania organu zapadłym w sprawie prawomocnym orzeczeniem sądu, przypadek uzasadniający uchylenie decyzji organu pierwszej instancji i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania. W niniejszej sprawie, podstawą rozstrzygnięcia Dyrektora IAS o charakterze kasacyjnym było stwierdzenie, że dostępne materiały dowodowe nie pozwalają na dokonanie oceny, czy wszczęcie postępowania karno-skarbowego nie miało charakteru instrumentalnego, a dokonanie takiej oceny wymaga przeprowadzenia postępowania w rozmiarach i charakterze mogących mieć na tyle istotny wpływ na rozstrzygnięcie, że zagraża to zachowaniu zasady dwuinstancyjności.

W ocenie Sądu braki dowodowe w zakresie koniecznym do oceny instrumentalnego charakteru wszczęcia postępowania karno-skarbowego nadawały się do usunięcia w postępowaniu odwoławczym. Co więcej, dokonanie takiej oceny zostało wprost zlecone organowi odwoławczemu we wskazaniach zawartych

w zapadłym w niniejszej sprawie prawomocnym wyroku Sądu z 26 listopada 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 769/24 ("organ odwoławczy odniesie się także do [...] kwestii przedawnienia zobowiązania"). Przy czym wbrew wywodom Dyrektora IAS, postępowanie w powyższym zakresie wcale nie wymagało zgromadzenia dowodów, których ilość, w kontekście pozostałego materiału dowodowego w sprawie, można by ocenić w kategorii "znacznej". Sąd zauważa, że w aktach sprawy znajdowało się już postanowienie o wszczęciu dochodzenia w sprawie o przestępstwo skarbowej, jak również zawiadomienie o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia (doręczone Skarżącej oraz jej pełnomocnikowi). Jak wskazano w treści zaskarżonej decyzji, włączenia do akt postępowania wymagały dowody wykazujące czynności podjęte przez organ prowadzący postępowanie karno-skarbowe, a także informujące, czy doszło do zakończenia postępowania karno-skarbowego (o którą to informację Dyrektor IAS zwrócił się do Naczelnika Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni i na co uzyskał odpowiedź, iż postępowanie to nie zostało prawomocnie zakończone, a nadto połączono je z innymi postępowaniami i obecnie jest prowadzone w formie śledztwa).

W świetle powyższego, jedynym koniecznym do pozyskania materiałem dowodowym, niezbędnym do dokonania przez organ odwoławczy oceny okoliczności wszczęcia postępowania karno-skarbowego pod względem instrumentalnego wykorzystania go wyłączenie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego, była lista czynności podjętych w ramach postępowania w sprawie o przestępstwo karno-skarbowe, zawierająca m.in. informacje o sporządzeniu aktu oskarżenia. Nie ma zatem racji organ odwoławczy, że brak jednego pisma, zawierającego ww. dane, może stanowić o uznaniu, że

w rozpatrywanej sprawie doszło do zaniechania zgromadzenia materiału dowodowego w znacznej części, co uzasadniałoby konieczność zwrotu sprawy do organu pierwszej instancji. Zgromadzenie wskazanego dowodu (pisma organu prowadzącego postępowanie karno-skarbowe) mogło bowiem zostać dokonane przez organ odwoławczy w ramach dostępnego mu uzupełniającego postępowania dowodowego.

Niewątpliwie, rozstrzygnięcie kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego objętego niniejszym postępowaniem, może mieć istotny wpływ na rozstrzygnięcie sprawy, powodując dopuszczalność merytorycznego orzekania przez organ (w przypadku braku upływu terminu przedawnienia), bądź skutkując koniecznością umorzenia postępowania, z uwagi na jego bezprzedmiotowość

(w przypadku stwierdzenia upływu terminu przedawnienia). Jednakże nawet

w przypadku ziszczenia się tej drugiej okoliczności, na skutek dokonanej przez organ odwoławczy analizy okoliczności towarzyszących wszczęciu i prowadzeniu postępowania karno-skarbowego, organ ten jest wyposażony w kompetencję pozwalającą zakończyć takie postępowanie poprzez wydanie decyzji uchylającej rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji i umarzającej postępowanie w sprawie (art. 233 § 1 pkt 2 lit. a O.p.). A zatem, konieczność rozpatrzenia kwestii biegu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania przez organ odwoławczy nie doprowadziłaby do uchybienia zasadzie dwuinstancyjności postępowania.

Reasumując, uzupełnienie materiału dowodowego w zakresie koniecznym dla dokonania oceny instrumentalności wszczęcia postępowania karno-skarbowego

w rozpatrywanej sprawie mieściło się w granicach uprawnień przysługujących organowi odwoławczemu, z uwagi na możliwość przeprowadzenia uzupełniającego postępowania dowodowego, jak i z uwagi na wynikającą z zasady dwuinstancyjności konieczność ponownego merytorycznego rozpoznania sprawy w jej całości.

W niniejszej sprawie istotnym jest również podkreślenie, że konieczność odniesienia się do kwestii upływu biegu terminu przedawnienia nie zaistniała przed organem pierwszej instancji, albowiem wydanie przezeń decyzji (21 listopada 2019 r.) bez wątpliwości miało miejsce przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za wrzesień 2014 r. Tym samym, skoro kwestia przedawnienia pojawiła się dopiero na etapie postępowania drugoinstancyjnego, to właśnie na organie odwoławczym spoczywał obowiązek odniesienia się do tejże kwestii i rozstrzygnięcia, czy doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia, a zatem istnieje możliwość merytorycznego orzekania przez ten organ, czy też instrumentalny charakter wszczęcia postępowania karno-skarbowego przesądza o konieczności umorzenia postępowania podatkowego w sprawie. Rolą organu, w postępowaniu przed którym pojawiła się kwestia upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, jest tą kwestię rozstrzygnąć. W rozpatrywanej sprawie zaś konieczność dokonania rozstrzygnięcia tejże kwestii właśnie przez organ odwoławczy wynikała również z prawomocnego wyroku Sądu z 26 listopada 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 769/24, którego zaleceń i wytycznych organ zobowiązany był przestrzegać z uwagi na wynikającą z art. 153 p.p.s.a. zasadę związania, do której Sąd odniósł się we wstępie niniejszego uzasadnienia.

Zaniechanie dokonania przez Dyrektora IAS ponownego, samodzielnego rozpatrzenia sprawy w jej całości w sposób merytoryczny naruszało zasadę dwuinstancyjności. Skoro bowiem pozyskanie niezbędnych dowodów było możliwe

i prawnie dopuszczalne do dokonania przez organ odwoławczy, a nadto wynikało

z zaleceń prawomocnego wyroku sądowego, to nie ziściła się przesłanka uzasadniająca podjęcie rozstrzygnięcia kasacyjnego i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania organowi pierwszej instancji. Tym samym, bezzasadne zastosowanie przez organ odwoławczy przepisu art. 233 § 2 O.p. skutkowało naruszeniem zasady dwuinstancyjności poprzez zaniechanie ponownego merytorycznego rozpatrzenia sprawy w jej całości, w tym kwestii upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. W tym zakresie Sąd rozpoznający niniejszą sprawę przychyla się do stanowiska zaprezentowanego w wyrokach Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 19 sierpnia 2025 r., sygn. akt

I SA/Gd 460/25 oraz z 12 sierpnia 2025 r. sygn. akt I SA/Gd 411/25 oraz I SA/Gd 412/25.

W świetle powyższych ustaleń zasadne okazały się podniesione w skardze zarzuty naruszenia przepisów prawa proceduralnego, tj. art. 233 § 2 O.p. poprzez jego zastosowanie oraz art. 127, art. 122 w zw. z art. 187 § 1 i art. 229 O.p. poprzez brak ich zastosowania. Mając to na uwadze, Sąd działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a., uchylił zaskarżoną decyzję Dyrektora IAS, albowiem wskazane naruszenia przepisów postępowania mogły mieć istotny wpływ na wynik sprawy.

Ponownie prowadząc postępowanie organ odwoławczy, stosując się do zaleceń prawomocnego wyroku Sądu z 26 listopada 2024 r. sygn. akt I SA/Gd 769/24, uzupełni materiał dowodowy w koniecznym zakresie i rozstrzygnie kwestię upływu terminu przedawnienia przedmiotowego zobowiązania podatkowego oraz jego wpływu na możliwość merytorycznego rozpatrzenia sprawy. Ponownie rozpoznając sprawę organ odwoławczy winien uwzględnić wyrażoną w niniejszym orzeczeniu ocenę prawną.

O zwrocie kosztów postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w związku z art. 205 § 2 p.p.s.a.

jeszcze 5135 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo