Wyrok WSA z dnia 19 sierpnia 2025, sygn. I SA/Gd 473/25

Przenosząc powyższe do stanu faktycznego w niniejszej sprawie Dyrektor wskazał, że Strona po otrzymaniu wyniku kontroli celno-skarbowej dokonała korekty deklaracji VAT-7 za marzec 2020 roku zgodnie z ustaleniami kontroli i wpłaciła należny podatek. Tym samym zrezygnowała z możliwości ponownego badania prawidłowości rozliczenia w postępowaniu podatkowym. Przy czym w niniejszej sprawie nie zachodziła żadna z przesłanek zawartych w art. 83 ust. 1d ustawy o KAS. Wobec tego Dyrektor zgodził się z Naczelnikiem, że postępowanie wymiarowe w zakresie objętym żądaniem Strony nie mogło być wszczęte. Nie istnieje bowiem prawna możliwość ponownego badania rozliczenia podatkowego Strony w postępowaniu podatkowym. Korekta deklaracji dokonana w trybie art. 82 ust. 3 ustawy o KAS po otrzymaniu wyniku kontroli ma charakter trwały i nieodwracalny. Uniemożliwia również podważanie ustaleń dokonanych w wyniku kontroli celno-skarbowej w postępowaniu wymiarowym.

Dyrektor wskazał, że podstawy do wszczęcia postępowania nie może stanowić art. 254 § 1 O.p., gdyż zawarta w nim procedura dotyczy wyłącznie postępowań zakończonych decyzją ostateczną. Nie może mieć ona więc zastosowania do postępowań zakończonych wynikiem kontroli.

W ocenie Dyrektora bezzasadne są twierdzenia Strony, że konieczność wszczęcia postępowania wynika wprost z uzasadnienia wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 11 września 2024 r., sygn. akt I SA/GI 360/24. We wskazanym orzeczeniu Sąd wskazuje tylko na okoliczności uzasadniające oddalenie skargi na postanowienie DKIS.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca zaskarżyła ww. postanowienie w całości, podnosząc zarzut naruszenie przepisów postępowania mającego istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:

art. 233 § 1 pkt 1 i 2 w zw. z art. 239 O.p. poprzez utrzymanie w mocy postanowienia Organu I instancji w sprawie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego - podczas gdy Organ powinien uchylić to postanowienie w całości;

art. 165 § 1 O.p. poprzez uznanie, iż w sprawie z wniosku o wszczęcie postępowania podatkowego złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji, postępowanie nie powinno zostać wszczęte - podczas gdy postępowanie w przedmiotowej sprawie powinno zostać wszczęte,

art. 21 § 3 O.p. poprzez brak zastosowania wskazanego przepisu - podczas gdy Organ powinien był przeprowadzić postępowanie podatkowe, w rezultacie którego wysokość zobowiązania podatkowego zostałaby określona w innej wysokości niż wykazana przez Skarżącą w deklaracji,

art. 254 § 1 O.p. poprzez uznanie, że wysokość zobowiązania podatkowego określona w postępowaniu zakończonym wynikiem kontroli nie może ulec zmianie - podczas gdy należało uznać, że skoro wysokość zobowiązania podatkowego określona w postępowaniu podatkowym w drodze decyzji ostatecznej może być zmieniona przez organ podatkowy, to tym bardziej powinna istnieć taka możliwość w przypadku postępowania zakończonego wynikiem kontroli,

art. 165a § 1 O.p. poprzez błędną interpretację zapisu "z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte", iż stanowi podstawę do odmowy wszczęcia postępowania,

art. 165b § 3 pkt 2 O.p. poprzez brak wszczęcia postępowania w sytuacji przedstawionej przez Skarżącą, pomimo powzięcia informacji o nowych okolicznościach faktycznych, jakie zaistniały w sprawie - podczas gdy Organ (podobnie jak Organ I instancji), powziąwszy informację o tych okolicznościach, powinien odpowiednio wszcząć postępowanie,

art. 217 § 1 pkt 4 O.p. poprzez brak powołania przez Organ podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji,

art. 99 ust. 12 o podatku od towarów i usług poprzez błędne przywołanie wskazanej regulacji jako podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego przez Skarżącą do Organu I instancji.

Mając na względzie postawione zarzuty, Skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia oraz poprzedzającego je postanowienia i zasądzenie na jej rzecz kosztów postępowania według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę Dyrektor podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie i wniósł o oddalenie skargi.

Skarżąca w piśmie z 23 lipca 2025 r. podtrzymała swoje stanowisko, wnosząc i wywodząc jak we wniesionej skardze. Podkreślała, że przepis art. 165 § 5 pkt 1 O.p. może mieć zastosowanie do spraw, w których nie ustalono bezspornie staniu faktycznego. Natomiast zamiana stanu faktycznego nie została zakwestionowana przez organy. Dlatego też w jej ocenie organ był obowiązany do wszczęcia i przeprowadzenia postępowania podatkowego, celem ustalenia nowego stanu faktycznego i określenia jego konsekwencji prawnopodatkowych. Skoro organ powziął informację, że stan faktyczny w sprawie uległ zmianie, to powinien on – jeśli nie na wniosek Skarżącej – z urzędu wszcząć takie postępowanie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:

Skarga podlega oddaleniu, gdyż zaskarżone postanowienia nie naruszają prawa w stopniu nakazującym ich uchylenie.

Istota sporu sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy zasadnie Dyrektor utrzymał w mocy postanowienie Naczelnika w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług za marzec 2020 roku.

Zgodnie z art. 165 § 1 O.p. postępowanie podatkowe wszczyna się na żądanie strony lub z urzędu). Stosownie do art. 165a § 1 O.p. gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Przepis art. 165 § 9 stosuje się odpowiednio.

W niniejszej sprawie podstawę odmowy wszczęcia postępowania stanowiło stwierdzenie, że zaistniały "inne przyczyny" uniemożliwiające wszczęcie postępowania. Istnienie tej przesłanki powinno być badane przede wszystkim w odniesieniu do kompetencji organu a w szczególności do tego, czy organ posiada uprawnienie do wszczęcia danego postępowania (tj. czy przepis prawa upoważnia organ do wydawania wiążącego rozstrzygnięcia w danej sprawie). Jednocześnie czynnością poprzedzającą wydanie rozstrzygnięcia każdorazowo powinna być ocena treści żądania.

Sąd podziela przywołane w zaskarżonym postanowieniu stanowisko Naczelnego Sądu Administracyjnego, zgodnie z którym wyrażenie "nie może być wszczęte" należy odnieść do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa bądź poszczególne przepisy, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenia treści żądania w sposób merytoryczny. W takim przypadku organ podatkowy w podstawie prawnej swego rozstrzygnięcia (art. 217 § 1 pkt 4 Ordynacji podatkowej) nie może wskazać żadnego przepisu prawa materialnego (skoro nie mógł rozpoznać sprawy merytorycznie z uwagi na stwierdzoną przeszkodę), lecz w uzasadnieniu swojego orzeczenia winien określić te przepisy prawa, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie postępowania, o którego wszczęcie wnosiła strona (wyrok NSA z 18 stycznia 2022 r., sygn. akt II FSK 1175/19).

Przenosząc powyższe uwagi do stanu faktycznego niniejszej sprawy należy zgodzić się z organami, że postępowanie w zakresie zawartym w żądaniu Strony nie może być skuteczne zainicjowane ze względu na istnienie szczególnych przepisów, których wykładnia uniemożliwia w zaistniałym stanie faktycznym wszczęcie postępowania na wniosek.

Należy przypomnieć, że Strona Skarżąca zażądała wszczęcia postępowania wymiarowego mającego na celu ustalenia zobowiązania podatkowego - nadwyżki zapłaconego podatku w podatku od towarów i usług za okres marzec 2020 roku.

Zaznaczyć należy, że uprawnienie dla organu podatkowego do wszczęcia postępowania mającego na celu weryfikację dokonanego przez Podatnika samoobliczenia wynika z art. 21 § 3 O.p. i art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług. Zgodnie z art. 21 § 3 O.p. jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Ponadto stosowanie do art. 99 ust. 12 ustawy o podatku od towarów i usług, zobowiązanie podatkowe, kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1, przyjmuje się w kwocie wynikającej z deklaracji podatkowej, chyba że organ podatkowy określi je w innej wysokości.

Z powyższych przepisów nie można więc wywodzić obowiązku organu podatkowego do prowadzenia postępowania wymiarowego na żądanie strony. Wynika z nich natomiast, że może być ono wszczęte wyłącznie z urzędu.

Mając na uwadze powyższe należało uznać zarzut Skarżącej, dotyczący błędnej wykładni art. 165a § 1 O.p., w tym w szczególności wyrażenia "nie może być wszczęte", za bezzasadny, gdyż na przeszkodzie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług na wniosek Skarżącej stoi treść art. 21 § 3 oraz art. 99 ust. 12 ustawy o VAT. Z powyższych przepisów wynika wprost, że postępowanie wymiarowe we wskazanym we wniosku zakresie mogłoby być wszczęte wyłącznie z urzędu. Jeżeli więc organ podatkowy może podjąć postępowania w sytuacji, gdy podatnik nie złożył rozliczenia, albo gdy zachodzi przypuszczenie nieprawidłowego rozliczenia podatku. Rację mają zatem organy, że w świetle powołanych przepisów, Strona nie może skutecznie zainicjować postępowania podatkowego zmierzającego do wymiaru zobowiązania powstającego z mocy prawa, skoro trybem jego określenia jest samoobliczenie.

Zatem skoro postępowanie podatkowe zmierzające do weryfikacji rozliczenia podatnika może być wszczęte jedynie z urzędu, to jak słusznie przyjęły organy podatkowe obu instancji, Skarżąca takiego postępowania nie mogła ani zainicjować ani też uruchomić (tak też WSA w Gdańsku w wyroku I SA/Gd 23/24 z 10 kwietnia 2024 r.).

Bezzasadny jest zarzut Skarżącej odnośnie naruszenia art. 99 ust. 12 ustawy o VAT, poprzez błędne przywołanie wskazanej regulacji jako podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania z wniosku złożonego do organu pierwszej instancji. Z powyższego bowiem przepisu wprost wynika wyłączne uprawnienie organu podatkowego do określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług w innej wysokości niż wynika to z deklaracji podatkowej.

Kolejno odnosząc się do zarzutu naruszenia przepisu art. 254 § 1 O.p., który zdaniem Skarżącej stanowi podstawą do wszczęcia postępowania, zaakcentować należy, że wskazany przepis stanowi, że: decyzja ostateczna, ustalająca lub określająca wysokość zobowiązania podatkowego na dany okres, może być zmieniona przez organ podatkowy, który ją wydał, jeżeli po jej doręczeniu nastąpiła zmiana okoliczności faktycznych mających wpływ na ustalenie lub określenie wysokości zobowiązania, a skutki wystąpienia tych okoliczności zostały uregulowane w przepisach prawa podatkowego obowiązujących w dniu wydania decyzji.

Z treści tego przepisu wynika, że powyższa procedura dotyczy wyłącznie postępowań zakończonych decyzją ostateczną. Oznacza to, że nie ma ona zastosowania do postępowań zakończonych wynikiem kontroli, które nie mają charakteru decyzji. Stanowisko to znajduję aprobatę w orzecznictwie. Naczelny Sąd Administracyjny w wyrok z 18 stycznia 2022 r., sygn. akt II FSK 1175/19 skonstatował, że wynik kontroli stanowi czynność, która nie kształtuje praw i obowiązków strony, a jedynie stanowi środek dowodowy, który może być wykorzystany w innym postępowaniu, a ustalenia w nim zawarte mogą być kwestionowane przez stronę w toku ewentualnego postępowania podatkowego.

Mając na uwadze powyższe, przepis na który powołuje się Skarżąca, nie mógł mieć w żaden sposób zastosowania w niniejszej sprawie.

W sprawie nie doszło także do naruszenia art. 165b § 3 pkt 2 O.p. poprzez brak wszczęcia postępowania, pomimo powzięcia informacji o nowych okolicznościach faktycznych, jakie zaistniały w sprawie.

Zgodnie z art. 165b O.p.: § 1. W przypadku ujawnienia przez kontrolę podatkową nieprawidłowości co do wywiązywania się przez kontrolowanego z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego oraz niezłożenia przez podatnika deklaracji lub niedokonania przez niego korekty deklaracji w całości uwzględniającej ujawnione nieprawidłowości, organ podatkowy wszczyna postępowanie podatkowe w sprawie, która była przedmiotem kontroli podatkowej, nie później niż w terminie 6 miesięcy od zakończenia kontroli. § 2 tego ww. artykułu stanowi, że przepisu § 1 nie stosuje się w przypadku, gdy złożone przez kontrolowanego wyjaśnienia lub zastrzeżenia do protokołu kontroli zostały w całości uwzględnione przez kontrolujących. Jak wynika z § 3 art. 165b O.p., w przypadku, o którym mowa w § 1, postępowanie podatkowe może być wszczęte także po upływie 6 miesięcy od zakończenia kontroli podatkowej, jeżeli: 1) podatnik dokona ponownej korekty deklaracji, w której nie zostaną uwzględnione nieprawidłowości ujawnione w kontroli podatkowej; 2) organ podatkowy otrzyma informacje od organów podatkowych lub od innych organów, uzasadniające wszczęcie postępowania podatkowego.

Z powyższego wynika więc wprost, że zawarte w nim regulacje dotyczą wyłącznie wszczęcia postępowania podatkowego po zakończeniu kontroli podatkowej. Nie ma on więc zastosowania w niniejszej sprawie biorąc pod uwagę, że wobec Skarżącej była prowadzona kontrola celno-skarbowa zakończona wynikiem kontroli i złożeniem przez nią korekty uwzględniającej zawarte w nim ustalenia. Rację mają organy, że w takim przypadku w niniejszej sprawie mają zastosowanie regulacje szczególne zawarte w art. 83 ustawy o KAS, które uniemożliwiają wszczęcie postępowania w przypadku złożenia korekty uwzględniającej ustalenia zawarte w wyniku kontroli. Jednocześnie nie przewidziano w tych przepisach również wszczęcia postępowania podatkowego na wniosek podatnika w przypadku pojawienia się nowych okoliczności w sprawie.

Całkowicie bezzasadny jest zarzut dotyczący naruszenia art. 217 § 1 pkt 4 O.p. przez brak powołania podstawy prawnej uzasadniającej odmowę wszczęcia postępowania na wniosek Skarżącej, gdyż w postanowieniu wyraźnie wskazano, że podstawą odmowy wszczęcia postępowania był art. 165a O.p. Wskazano również, że na przeszkodzie wszczęcia postępowania podatkowego w sprawie podatku od towarów i usług stoi przedstawiona w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia wykładnia przepisów art. 21 § 3 O.p. oraz art. 99 ust. 12 ustawy o VAT. Ponadto w samym uzasadnieniu postanowienia szeroko odniesiono się do zarzutów Skarżącej zawartych w samym zażaleniu.

Sąd stwierdza, że ocena zaistniałych w sprawie okoliczności została dokonana zgodnie z regułami określonymi w Ordynacji podatkowej. Nie doszło do naruszenia przepisów wymienione w skardze. Sąd kontrolując zaskarżone postanowienie nie stwierdził też innych naruszeń z urzędu.

Mając powyższe na uwadze, Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj.: Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.), skargę oddalił.