4. Dyrektor IAS w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie.
5.1. Pismem procesowym z 27 lipca 2025 r., stanowiącym replikę na odpowiedź na skargę organu odwoławczego, Skarżący wskazał że próbował złożyć deklarację korygującą po ogłoszeniu wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 15 lutego 2022 r. o sygn. akt I SA/Gd 1240/21. Pracownik Urzędu Skarbowego w Bytowie poinformował go, że jest to jednak niemożliwe w związku z brakiem prawomocności wyroku. Skarżący podniósł, że dochował wystarczającej staranności i korekty zostały złożone w najkrótszym możliwym terminie po otrzymaniu ostatecznej interpretacji podatkowej. Zdaniem Strony organ celowo wycofał skargę kasacyjną, aby ominąć skutki prawomocnego wyroku sądu pierwszej instancji.
5.2. Organ odwoławczy pismem procesowym z 12 sierpnia 2025 r., w pełni podtrzymał stanowisko zawarte w zaskarżonym postanowieniu jak i w odpowiedzi na skargę. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku podkreślił, że wycofanie skargi kasacyjnej przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej jak i wydanie korzystnej dla Skarżącego interpretacji indywidualnej nastąpiło przed przedawnieniem wskazanych w skardze rozliczeń w podatku VAT.
5.3. Kolejnym pismem procesowym z 27 sierpnia 2025 r. Skarżący stwierdził, że termin przedawnienia zobowiązania podatkowego upłynął w czasie, gdy Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej wniósł skargę kasacyjną od wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 15 lutego 2022 r. sygn. akt I SA/Gd 1240/21. Korektę deklaracji złożono w pierwszym możliwym terminie po otrzymaniu nowej interpretacji indywidualnej, a także odpowiedzi Urzędu Skarbowego i wyliczeniu kwot do korekty deklaracji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
6.1. Skarga jest niezasadna.
6.2. Na wstępie rozważań należy wskazać, że zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy
z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz.U. z 2024 r. poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Przepisy art. 3 § 2 pkt 2 i 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.) dalej jako: "p.p.s.a." stanowią, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także na postanowienia rozstrzygające sprawę co do istoty, na postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie.
W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego i przepisów postępowania. Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych nie podnoszonych w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Orzekanie odbywa się z uwzględnieniem wówczas obowiązujących przepisów prawa.
Na podstawie art. 135 p.p.s.a. Sąd stosuje przewidziane ustawą środki w celu usunięcia naruszenia prawa, w stosunku do aktów lub czynności wydanych lub podjętych we wszystkich postępowaniach prowadzonych w granicach sprawy, której dotyczy skarga, jeżeli jest to niezbędne dla końcowego załatwienia sprawy.
Uwzględnienie skargi następuje w przypadkach naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a.), naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. b p.p.s.a.), oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.). W przypadkach, gdy zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia (art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a.).
Sądowa kontrola zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia organu I instancji przeprowadzona z uwzględnieniem powyższych reguł doprowadziła do uznania, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, ponieważ zaskarżone postanowienia nie zostały wydane z naruszeniem prawa.
6.3. Spór w sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia, czy organy zasadnie odmówiły wszczęcia postępowania na podstawie art. 165a § 1 O.p. w przedmiocie wniosku Skarżącego o stwierdzenia nadpłaty w podatku od towarów i usług.
Na wstępie stwierdzić należy, że zgodnie z art. 165a § 1 O.p. gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub
z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Przepis art. 165 § 9 stosuje się odpowiednio.
Jak podkreśla się w orzecznictwie wyrażenie "nie może być wszczęte" należy odnieść do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa bądź poszczególne przepisy, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenia treści żądania w sposób merytoryczny. W takim przypadku organ podatkowy w podstawie prawnej swego rozstrzygnięcia (art. 217 § 1 pkt 4 O.p.) nie może wskazać żadnego przepisu prawa materialnego (skoro nie mógł rozpoznać sprawy merytorycznie z uwagi na stwierdzoną przeszkodę), lecz w uzasadnieniu swojego orzeczenia winien określić te przepisy prawa, których wykładnia uniemożliwia prowadzenie postępowania,
o którego wszczęcie wnosiła strona (por. wyrok NSA z 18 stycznia 2022 r., sygn. akt II FSK 1175/19; powoływane orzeczenia dostępne są na stronie: orzeczenia.nsa.gov.pl, dalej jako: "CBOSA").
W okolicznościach sprawy organy podatkowe przyjęły, że przesłanką z art. 165a § 1 O.p. uprawniającą do odmowy wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty jest inna przyczyna, z powodu której postępowanie nie może być wszczęte tj. art. 79 § 2 O.p., zgodnie z którym prawo do złożenia wniosku
o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku.
6.4. W kontrolowanej przez Sąd sprawie kluczowe jest więc ustalenie, czy wniosek o stwierdzenie nadpłaty Skarżący złożył przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Z art. 79 § 2 O.p. wynika, że z upływem terminu przedawnienia wygasa prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Termin przedawnienia zobowiązania jest datą graniczną, po której nie można już zgłosić skutecznego żądania zwrotu nienależnie zapłaconego podatku. Prawo podatnika do żądania zwrotu nadpłaconego bądź nienależnie zapłaconego podatku jest wobec tego ograniczone czasowo. Z przepisu tego wynika także, że ustawodawca uznał za konieczne wyraźne wskazanie, że tylko w razie zgłoszenia wniosku przed upływem terminu przedawnienia organ ma prawo badania wysokości zobowiązania w celu stwierdzenia, czy podatek nie został nadpłacony bądź zapłacony nienależnie, po upływie terminu przedawnienia. Badanie to będzie ograniczone wyłącznie do tych okoliczności, które wynikają z wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Organ nie ma
w takim wypadku obowiązku, a przede wszystkim możliwości wszczęcia postępowania podatkowego w przedmiocie wysokości zobowiązania podatkowego (por. uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 27 stycznia 2014 r., sygn. akt II FPS 5/13, CBOSA).
Dodatkowo orzecznictwo sądowoadministracyjne wskazuje, że pojęcie nadpłaty w Ordynacji podatkowej ma znaczenie uniwersalne i nie powinno się czynić odmiennej interpretacji przepisów dotyczących terminu do wystąpienia z wnioskiem
o stwierdzenie nadpłaty. Przedawnienie jako instytucja prawa materialnego, skutkująca wygaśnięciem prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty zobowiązania na podstawie art. 79 § 2 O.p. winna być bezwzględnie respektowana w toku postępowania. Skoro nastąpił upływ terminu przedawnienia, to organ podatkowy ma obowiązek odmówić – uwzględniając art. 165a § 1 O.p. – wszczęcia postępowania podatkowego (por. wyrok NSA z 29 sierpnia 2018 r., sygn. akt II FSK 2492/16; z 15 marca 2017 r., sygn. akt II FSK 58/15; z 27 września 2023 r. sygn. akt II FSK 542/22, CBOSA). Zgodnie natomiast z art. 79 § 3 O.p. organ podatkowy może wydać decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania, jedynie wówczas, gdy wniosek zostanie złożony przed upływem tego terminu (por. wyrok NSA z 16 grudnia 2021 r., sygn. akt II FSK 838/19, CBOSA).
Nie jest przedmiotem sporu, że Skarżący za okresy objęte żądaniem stwierdzenia nadpłaty z tytułu tzw. "ulgi za złe długi" zadeklarował kwoty do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy i kwotę podatku podlegającą wpłacie do urzędu skarbowego. Skarżący nie zakwestionował również, że nadwyżka podatku naliczonego nad należnym przeniesiona z okresu wcześniejszego na następny (tzw. kwota zwrotu pośredniego), uległa przedawnieniu na podstawie art. 70 § 1 O.p.
Według powołanego art. 70 § 1 O.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Przedawnienie zobowiązania podatkowego oznacza, że po upływie określonego czasu, zobowiązanie podatkowe wygasa. Dyrektor IAS prawidłowo więc stwierdził, że pięcioletni okres przedawnienia zobowiązań podatkowych w podatku od towarów i usług za okresy objęte wnioskiem Strony za październik 2018 r., listopad 2018 r. rozpoczął swój bieg od 1 stycznia 2019 r.,
a zakończył się 31 grudnia 2023 r. Natomiast za miesiąc grudzień 2018 r., styczeń 2019 r., luty 2019 r., marzec 2019 r., kwiecień 2019 r., maj 2019 r., czerwiec 2019 r. okres przedawniania rozpoczął swój bieg od 1 stycznia 2020 r., a zakończył się 31 grudnia 2024 r.
Mając na uwadze powyższe należy stwierdzić, że prawo Strony do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasło ostatecznie 31 grudnia 2024 r. Skoro wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od towarów i usług został złożony 27 stycznia 2025 r., a więc po upływie terminu przedawnienia należności podatkowych, to oczywistym jest, że w sprawie ma zastosowanie art. 79 § 2 O.p.
6.5. W omawianym stanie faktycznym, jak słusznie wskazał organ odwoławczy, nie wystąpiły żadne przesłanki zawieszające bieg terminu przedawnienia wskazanego zobowiązania podatkowego, o których mowa w art. 70 § 6 O.p., bądź przerywające bieg terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 3 i § 4 tej ustawy. Natomiast okoliczności dotyczące zakończenia postępowania sądowego w zakresie wydanej interpretacji podatkowej zastosowania "ulgi na złe długi" nie mogą mieć wpływu na rozstrzygniecie w zakresie podatku od towarów i usług.
W myśl art. 70 § 6 pkt 2 O.p. bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem wniesienia skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania. Z treści przywołanego przepisu wynika więc, że skutek zawieszenia biegu terminu przedawnienia może wywrzeć wyłącznie wniesienie skargi na decyzję dotyczącą tego zobowiązania. Tymczasem postępowanie ze skargi na interpretację indywidulaną z 7 lipca 2021 r., dotyczyło stanowiska organu co do możliwości skorzystania ze złożenia korekty z tytułu tzw. "ulgi za złe długi" wynikającej z art. 89a ust. 2 ustawy o VAT w odniesieniu do stanu faktycznego przedstawionego przez Stronę, a nie ustalonego w wyniku prowadzonego przez organ podatkowy postępowania podatkowego w zakresie podatku od towarów i usług za sporne okresy.
6.6. Odnosząc się do składanych przez Skarżącego w toku postępowania pism procesowych Sąd zwraca uwagę, że zarzuty Strony nie odnoszą się bezpośrednio do podstaw prawnych zaskarżonego postanowienia. Z treści skargi
i składanych pism procesowych wynika, że zdaniem Skarżącego przedawnienie zobowiązania nastąpiło z przyczyn leżących po stronie organów podatkowych, które starały się objeść wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z 15 lutego 2022 r. sygn. akt I SA/Gd 1240/21. Jak już wyżej wskazano, prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku (art. 79 § 2 O.p.). Jest to termin materialnoprawny, który nie może być ani odroczony, przywrócony ani też przedłużony. Po jego upływie wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie wszczyna postępowania (por. L. Etel (w:) E. Bobrus-Nowińska,
R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, P. Pietrasz, M. Popławski, W. Stachurski,
K. Teszner, L. Etel, Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe.
Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany, LEX/el. 2025, uw. 2 do art. 79).
Skarżący pomija także fakt, że przedawnienie nie jest instytucją zastrzeżoną na korzyść jednej strony stosunku zobowiązaniowego, a mianowicie na rzecz Podatnika. Upływ terminu przedawnienia wywołuje szereg skutków zarówno ze sfery prawa materialnego jak i prawa procesowego. Skutkiem materialnoprawnym przedawnienia zobowiązania podatkowego jest jego wygaśnięcie (art. 59 § 1 pkt 9 O.p.). Ta więź zobowiązaniowa przestaje istnieć. Konsekwencją tego jest to, że zarówno podatnik jak i przede wszystkim organ podatkowy nie może ingerować
w treść takiego zobowiązania podatkowego. Tego stosunku prawnego nie można bowiem reaktywować i odtworzyć. Ponadto, instytucja przedawnienia ma na celu stabilizację stosunków prawnych, przy czym owa stabilizacja działa w obie strony, to znaczy że upływ terminu przedawnienia obowiązuje zarówno organy podatkowe, jak
i podatników (por. wyrok NSA z 11 czerwca 2015 r., sygn. akt I FSK 515/14, CBOSA).
Podkreślenia wymaga również, że Skarżący dysponował możliwością składania wniosku o stwierdzenie nadpłaty jeszcze przed przedawnieniem rozliczeń w podatku VAT. W szczególności mógł to uczynić zarówno po otrzymaniu wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku, bądź korzystnej dla siebie interpretacji indywidualnej. Także przed złożeniem wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej Strona dokonywała korekt deklaracji przywracających stan poprzedni.
Nie mogą odnieść pożądanego przez Skarżącego skutku zarzuty zawarte
w piśmie procesowym z 27 lipca 2025 r. Przytoczony przez Stronę wyrok TSUE z 15 października 2020 r., sygn. akt C-355/19, który pozwalał na pominięcie
2-letniego terminu do złożenia korekty, nie ma zastosowania w realiach niniejszej sprawy, gdyż wniosek o stwierdzenie nadpłaty oraz korekty deklaracji zostały złożone po upływie terminu przedawnienia. Właśnie z uwagi na przedawnienie zobowiązania podatkowego i wygaśnięcie prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty organy podatkowe nie badały czy wskazane przez Skarżącego przepisy dotyczące tzw. "ulgi za złe długi" winny znaleźć zastosowanie w sprawie. Dokonanie analizy
w tym zakresie byłoby dopuszczalne jedynie w przypadku złożenia przedmiotowego wniosku przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
Zaakcentowania przy tym wymaga, że w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego wskazano, iż w przypadku korekty deklaracji nie może być mowy o "nowym", w dosłownym tego słowa znaczeniu, zdarzeniu prawnym, a jedynie
o zmianie uprzednio złożonego rozliczenia za dany okres (zob. wyrok NSA z 28 lipca 2011 r. sygn. akt I FSK 1493/10, CBOSA). Skorygowanie deklaracji polega bowiem na złożeniu deklaracji tego samego rodzaju co deklaracja korygowana, ale o innej treści. Złożenie korekty nie wywołuje skutków materialnoprawnych z dniem jej złożenia, nie prowadzi bowiem do powstania na nowo zobowiązania podatkowego. Zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług powstaje w sposób określony w art. 21 § 1 pkt 1 O.p., tj. z chwilą zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania (z mocy prawa). W związku z tym bieg termin przedawnienia zobowiązania podatkowego nie może być liczony od momentu złożenia korekty deklaracji. Stanowisko, zgodnie z którym termin przedawnienia ulega swego rodzaju przedłużeniu, czy też "odżyciu" od momentu złożenia korekty deklaracji, pozostaje nie tylko w sprzeczności z treścią art. 70 § 1 O.p., ale także z przepisami art. 70 § 2-6, art. 70 i art. 70e tej ustawy, zawierającymi zamknięty katalog przyczyn skutkujących przerwaniem i zawieszeniem biegu terminu przedawnienia. W przepisach tych przewidziano sytuacje, w których wskutek zaistnienia określonych prawnie relewantnych zdarzeń może dojść do faktycznego przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Wśród okoliczności wywołujących taki skutek ustawodawca nie wymienił jednak okoliczności złożenia korekty deklaracji podatkowej (por. wyrok NSA z 12 maja 2021 r., sygn. akt II FSK 3642/18, CBOSA).
6.7. W konsekwencji powyższych rozważań Sąd doszedł do przekonania, że zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Naczelnika US nie naruszają przepisów postępowania ani przepisów prawa materialnego, a co za tym idzie brak jest podstaw do ich uchylenia. W omawianym stanie faktycznym Skarżący wniósł o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług, po upływie terminu przedawnienia. W związku z czym, zobowiązanie podatkowe wygasło razem z prawem do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, co w konsekwencji spowodowało bezprzedmiotowość postępowania.
6.8. Dodatkowo, Sąd, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną w niej podstawą prawną, nie dopatrzył się również innych błędów w ustaleniach faktycznych przyjętych za podstawę rozstrzygnięcia ani też naruszeń przepisów mogących mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
6.9. Mając zatem na względzie wszystkie przedstawione powyżej okoliczności, Sąd uznał, że skarga jest nieuzasadniona i w konsekwencji podlega oddaleniu na podstawie art. 151 p.p.s.a.