SKO w całości zgodziło się z ocenami organu pierwszej instancji, który zauważył, że pomoc w postaci zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1) u.p.o.l., jako instytucja stanowiąca wyjątek od ogólnego układu odniesienia (cały system podatkowy), służy określonym podmiotom.
Organ odwoławczy wskazał, iż z załącznika do deklaracji Spółki wynika, że działki gruntu wyłączone przez nią z podstawy opodatkowania gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej są zajęte przez obiekty budowlane związane z działalnością Spółki tj. produkcją nawozów. Na działkach gruntu objętych wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty znajdują się budynki będące własnością Spółki o łącznej powierzchni ok. 57 tyś m2, jak również budowle: zbiorniki magazynowe, drogi i place, sieci, rurociągi, wiaty itp.
Spółka w przypadku uzyskania pomocy w postaci zwolnienia z podatku od budowli infrastruktury kolejowej i gruntów, na których oprócz bocznicy kolejowej znajduje się większość deklarowanych budowli i budynków, służących do prowadzenia ww. działalności, znalazłaby się w korzystniejszej sytuacji od innych przedsiębiorców prowadzących w Polsce działalność gospodarczą, których obowiązują ogólne przepisy prawa podatkowego. W ocenie SKO powyższe oznacza, że w omawianym przypadku zostaje spełniona przesłanka selektywności.
Wskazując na przesłankę trzecią, organ odwoławczy wyjaśnił, że omawiane zwolnienie pozwala uzyskać korzyści, której dane przedsiębiorstwo nie mogłoby uzyskać w normalnych warunkach rynkowych. Zwolnienie zmniejsza ciężar fiskalny przez co odciąża budżet przedsiębiorcy, który posiada w swoich zasobach majątkowych elementy infrastruktury kolejowej, o jakiej mowa w omawianym przepisie. Inni przedsiębiorcy, którzy takiej infrastruktury nie posiadają z pomocy takiej skorzystać nie mogą, choćby zajmowali się tym samym rodzajem działalności. Zwolnienie powoduje zatem uzyskanie korzyści, której dane przedsiębiorstwo nie mogłoby uzyskać w normalnych warunkach rynkowych.
W kwestii czwartej przesłanki SKO podało, że przesłanka zakłócenia konkurencji oraz wpływu na wymianę handlową między państwami członkowskimi jest spełniona, jeśli środek może powodować poprawę pozycji konkurencyjnej beneficjenta w porównaniu z pozycją innych przedsiębiorstw, z którymi beneficjent konkuruje. W praktyce przesłankę tę uznaje się za spełnioną, jeżeli państwo przyznaje przedsiębiorstwu korzyść finansową w sektorze otwartym na konkurencję, gdzie istnieje lub mogłaby istnieć konkurencja. W przypadku finansowania przez władze publiczne inwestycji, utrzymania i zarządzania główną infrastrukturą kolejową, KE uznaje, ze względu na specyfikę tego rynku oraz przy spełnieniu określonych warunków, że przesłanka wpływu na konkurencję i wymianę handlową między państwami członkowskimi UE może nie być spełniona, jeśli dana infrastruktura kolejowa stanowi część głównej infrastruktury kolejowej zarządzanej przez zarządcę infrastruktury, na którego państwo ma wpływ, oraz gdy zarządca infrastruktury funkcjonuje w ramach monopolu prawnego, zapewniającego mu prawo do zarządzania główną, narodową infrastrukturą kolejową, a zarządca infrastruktury prowadzi rozdzielną rachunkowość dla zadań związanych z infrastrukturą, zaś finansowanie nie służy jego działalności komercyjnej. Aby warunki te zostały spełnione Państwo członkowskie musi jednak zadbać o to, aby finansowanie zapewniane na budowę infrastruktury nie mogło zostać wykorzystane do tzw. subsydiowania skrośnego lub subsydiowania pośredniego innej działalności gospodarczej, w tym eksploatacji infrastruktury.
W podsumowaniu SKO wskazało, że zwolnienie określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie stanowiłoby pomocy publicznej, o ile dotyczyłoby podmiotów prowadzących działalność w zakresie budowania lub zarządzania infrastrukturą kolejową, gdyby podmioty te np. prowadziły rachunkowość w sposób zapewniający, że wsparcie z niego wynikające nie może zostać wykorzystane w ramach innej działalności.
Za pomoc publiczną nie jest uznawane jedynie uzyskanie korzyści przez przedsiębiorcę, którego działalność przynosi korzyść ogółowi społeczeństwa (ogół społeczeństwa może z tej infrastruktury korzystać). Z wyłączenia tego nie korzysta infrastruktura (w tym kolejowa), która została wybudowana dla możliwych do ustalenia przedsiębiorstw i dostosowana do ich potrzeb.
Jak wynika z materiału dowodowego zebranego w sprawie, bocznica kolejowa Spółki stanowi bocznicę prywatną, służącą wyłącznie do prowadzenia działalności gospodarczej Spółki tj. produkcji nawozów. Nie służy zatem ogółowi społeczeństwa, lecz jedynie przedsiębiorcy, który uzyskuje z tej działalności dochody. Z informacji dostępnych na stronie internetowej Spółki wynika, że produkcja nawozów fosforowych jest głównym przedmiotem działalności Spółki.
Odnosząc powyższe do treści art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w brzmieniu od 1 stycznia 2017 r. SKO zauważyło, że nie realizuje on warunków, o których mowa w punkcie 4). Przepis nie jest skierowany wyłącznie do zarządcy narodową (główną) infrastrukturą kolejową, nie zapewnia także tego, aby zwolnienie nie zostało wykorzystane do prowadzenia innej działalności niż zarząd infrastrukturą kolejową. Oznacza to, że spełniony jest wskazany w punkcie 4 warunek uznania zwolnienia za pomoc publiczną, albowiem zwolnienie grozi zakłóceniem konkurencji pomiędzy przedsiębiorcami działającymi na tych samych rynkach przez co wpływa na wymianę handlową pomiędzy państwami UE. Zwolnienie ma wpływ na konkurencję pomiędzy przedsiębiorcami, z których jedni uzyskają korzyść podatkową, a inni nie.
Organ odwoławczy zwrócił uwagę, że już w 2016 r. odnosząc się do zmian art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Prezes UOKiK stwierdził, że zwolnieniem mogą zostać objęte przykładowo bocznice kolejowe, które użytkowane są nie tylko przez przedsiębiorców kolejowych, ale też przez kopalnie, dostawców kruszyw, metali, paliw, chemikaliów i płodów rolnych. Zwracał uwagę, że wsparcie ze środków publicznych wyłącznie głównej (narodowej) infrastruktury kolejowej zarządzanej na zasadzie monopolu nie stanowi pomocy publicznej. Jednak w przypadku, gdy ze zwolnienia korzysta infrastruktura wykorzystywana gospodarczo, to takie wsparcie może stanowić pomoc publiczną, którą należy notyfikować KE. Obawy wyrażane przez Prezesa UOKiK w 2016 r. potwierdziły się, albowiem o zwolnienie podatkowe ubiegać się zaczęły podmioty niebędące zarządcami infrastruktury narodowej, mające z zarządem infrastrukturą kolejową niewiele wspólnego.
SKO wyjaśniło ponadto, że ustawa z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz.U. z 2016 r., poz. 1923) obowiązująca od 1 stycznia 2017 r., dokonała w art. 2 zmiany ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, gdzie odwołano się do definicji zawartych w u.t.k. Zmiana wywarła wpływ na opodatkowanie m.in. przedsiębiorców podatkiem od nieruchomości. Rozszerzono nią zakres zwolnienia, przez co pomoc tę należy w rozumieniu traktatowym uznać za "nową pomoc", podlegającą wymaganiu określonemu w art. 108 ust. 3 TFUE. Na jej podstawie przyznano pewnej grupie podatników, niezależnie od ich statusu i rozmiaru oraz rodzaju prowadzonej działalności, w szczególności bez nawiązania do wymogu świadczenia usług w ogólnym interesie gospodarczym albo zamiarze udzielenia przez ustawodawcę pomocy sektorowej, a nawet bez względu na ich kondycję finansową (np. znajdowania się w trudnej sytuacji, która zasadniczo wyłącza możliwość udzielenia pomocy publicznej), stanowiącą selektywną pomoc publiczną, zwolnienie od podatku od nieruchomości, niezależnie od kwoty należnego podatku, uzależnione tylko od tego, że grunty, budynki i budowle wchodzą w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym lub jest wykorzystywana do przewozu osób lub tworzy linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm, co potwierdza m. in. wyrok WSA w Rzeszowie z dnia 19 października 2021 r., I SA/Rz 563/21, CBOSA.
Podsumowując, SKO stwierdziło, że zwolnienie wprowadzone przez art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w brzmieniu od dnia 1 stycznia 2017 r. w zakresie, w jakim odnosi się do podmiotów niebędących zarządcą krajowej (narodowej) infrastruktury kolejowej, stanowi pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. W tym zakresie plan przyznania pomocy publicznej powinien zostać notyfikowany Komisji w trybie art. 108 ust. 3 TFUE.
Ustawa z dnia 16 listopada 2016 r., nie została jednak zgłoszona Komisji Europejskiej do procedury uprzedniej konsultacji. Dowodzi tego treść wykazu notyfikowanych programów pomocowych oraz pomocy indywidualnej, który nie zawiera przedmiotowego zwolnienia, bowiem w zestawieniu brakuje art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w brzmieniu nadanym mu ustawą z dnia 16 listopada 2016 r. Brak z kolei notyfikacji rodzi dla państwa członkowskiego określone skutki. Zgodnie z art. 6 ust. 2 ustawy o postępowaniu w sprawach dotyczących pomocy publicznej, pomoc publiczna przewidziana w akcie normatywnym, który uzależnia nabycie prawa do otrzymania pomocy wyłącznie od spełnienia przesłanek określonych w tym akcie, bez konieczności wydania decyzji lub zawarcia umowy, albo gdy wydawana decyzja jedynie potwierdza nabycie prawa, może być udzielana, jeżeli akt normatywny jest programem pomocowym zatwierdzonym przez Komisje zgodnie z art. 108 TFUE lub przewidującym udzielanie pomocy, której nie dotyczy obowiązek notyfikacji. Co więcej, z przepisów TFUE oraz art. 3 rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 wynika, że pomocy podlegającej obowiązkowi zgłoszenia zgodnie z art. 2 ust. 1 nie wprowadza się w życie do czasu podjęcia przez Komisję decyzji zezwalającej na taką pomoc lub do czasu uznania takiej decyzji Komisji za podjętą. Przyjęcie niemożności zrealizowania przez spółkę uprawnienia wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. ma zatem legalną podstawę prawną.
Organ podatkowy jest zatem uprawniony do powołania się bezpośrednio na przepisy UE, zarówno na art. 107 i 108 TFUE, jak i na klauzulę zawieszającą, o której mowa w art. 3 rozporządzenia Rady, (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r., ponieważ zidentyfikowana materia dotyczyła zagadnienia selektywnej, nowej pomocy publicznej, udzielanej przez państwo członkowie przedsiębiorstwu, czyli materii przekazanej do kompetencji UE, w ramach zagadnień związanych z ochroną wspólnego rynku i konkurencyjności przedsiębiorstw.
W świetle powyższego, zdaniem SKO, nie może budzić wątpliwości możliwość przeprowadzenia badania dopuszczalności pomocy publicznej ze strony organów administracji publicznej. Nie chodzi tu o ostateczne przesądzenie, czy mamy do czynienia z pomocą publiczną, bo oceny tej dokonać może tylko Komisja Europejska, jednak możliwość, a nawet konieczność odniesienia się przez organ administracji do przepisów 107 i 108 TFUE oraz Rozporządzenia KE powstaje wówczas, gdy zostaje uprawdopodobnione, że dany środek potencjalnie odpowiada warunkom z art. 107 ust. 1 TFUE. Wówczas sąd krajowy, a także organy danego państwa członkowskiego oceniają, czy pomoc publiczna przyznana została zgodnie z prawem, tj. czy nie stanowi niedozwolonej pomocy publicznej, na co przykładowo wskazuje wyrok NSA z dnia 22 września 2020 r., II FSK 3795/18, CBOSA.
SKO zaznaczyło ponadto, że nie podziela zapatrywania Skarżącej na okoliczność kwestionowania przez nią zasadności odwoływania się do przepisów prawa unijnego przy rozstrzyganiu sprawy, co zostało przedstawione w uzasadnieniu decyzji.
Na decyzję SKO, Spółka reprezentowana przez pełnomocnika – doradcę podatkowego wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku zarzucając jej naruszenie:
1) przepisów postępowania, tj.: w szczególności art. 121 § 1, art. 122, art. 123, art. 180 § 1, art. 187 § 1 oraz art. 200 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja Podatkowa (tj. Dz.U. z 2005 r. nr 8, poz. 60 z późn. zm.) - dalej: "O.p.", poprzez jego niezastosowanie w sprawie, czego przejawem jest stanowisko SKO, które to naruszenie prawa procesowego miało istotny wpływ na wynik sprawy;
2) przepisów prawa materialnego, tj.:
a) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) w związku z oraz art. 1a, art. 2 ust. 1, art. 3, art. 4 u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. i załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE poprzez nieprawidłowe uznanie, że pomimo spełnienia przez Spółkę wszystkich przesłanek wymienionych w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w odniesieniu do posiadanych przez Spółkę gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów u.t.k., udostępnianych licencjonowanemu przewoźnikowi kolejowemu, Spółka nie jest uprawniona do zastosowania wskazanego zwolnienia bowiem - w ocenie SKO - stanowiłoby to niedozwoloną pomoc publiczną, podczas gdy zastosowanie zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie stanowi pomocy publicznej;
b) art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 120, art. 121 § 1 O.p. oraz w zw. z art. 2, art. 7 i art. 217 Konstytucji RP poprzez rozszerzenie przesłanek zastosowania zwolnienia podatkowego i wykroczenie poza jednoznaczną treść art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., a w konsekwencji - naruszenie zasady praworządności i zasady wyłączności ustawowej oraz zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, na podstawie których organy władzy publicznej powinny działać na podstawie i w granicach prawa oraz dokonywać wykładni przepisów, która nie uwzględnia wyłącznie interesów fiskalnych państwa (gminy);- które to naruszenia prawa materialnego miały wpływ na wynik sprawy.
Na tle sformułowanych zarzutów wniesiono o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji SKO z dnia 10 czerwca 2024 r. oraz poprzedzającej ją decyzji Prezydenta, a także o zasądzenie od Strony przeciwnej na rzecz Skarżącej zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego.
W odpowiedzi na skargę SKO podtrzymując stanowisko przedstawione w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji wniosło o jej oddalenie, ewentualnie o zawieszenie postępowania w sprawie.
Postanowieniem z 3 września 2024 r. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zawiesił postępowanie sądowe uznając, że skoro w rozpatrywanej sprawie spór dotyczy kwestii zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w kontekście braku zastosowania procedury z art. 108 TFUE przy wprowadzaniu przez ustawodawcę zmian w ww. przepisie krajowej ustawy podatkowej, to przedstawione przez NSA postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r., w sprawie o sygn. III FSK 3/22 pytania prejudycjalne odnoszą się wprost do problematyki prawnej niniejszej sprawy.
Postanowieniem z dnia 14 maja 2025 r., w związku z wydaniem wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, Sąd podjął zawieszone postępowanie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
Skarga jest zasadna.
Na wstępie rozważań należy wskazać, że zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Z kolei, przepis art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej jako "p.p.s.a."), stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na decyzje administracyjne.
W wyniku takiej kontroli decyzja podlega uchyleniu, jeśli Sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a–c p.p.s.a.
Ponadto, zgodnie z art. 145 § 1 pkt 2 p.p.s.a., Sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia w całości lub w części, jeżeli zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach.
W myśl natomiast przepisu art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a., które to ograniczenie nie ma zastosowania w rozpatrywanej sprawie.
Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji, Sąd stwierdził naruszenie przepisów prawa, które skutkowało koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzję organu pierwszej instancji.
Istota sporu między stronami sprowadza się do stwierdzenia, czy przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. zwolnienie od podatku od nieruchomości dotyczące elementów infrastruktury kolejowej stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa) i może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Odpowiedź na powyższe zagadnienie warunkuje prawidłowość dokonanej przez organy podatkowe odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za badany okres, które uznały, że brak notyfikacji zwolnienia wprowadzonego w tym przepisie w brzmieniu od 1 stycznia 2017 r. uprawnia organ podatkowy do odmowy zastosowania względem podatnika zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit.a u.p.o.l.
Dla rozstrzygnięcia sporu w zakresie zagadnienia dotyczącego zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit.a u.p.o.l. kluczowy jest wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez Naczelny Sąd Administracyjny. Postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r., sygn. akt III FSK 3/22, Naczelny Sąd Administracyjny skierował do TSUE pytania prejudycjalne następującej treści:
"1) Czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym?
2) Czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 TFUE (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?".
Wprawdzie treścią wyroku TSUE jest bezwzględnie związany sąd kierujący w tej sprawie pytanie prejudycjalne, jednakże biorąc pod uwagę autorytet tego sądu oraz jego usytuowanie w systemie prawnym, przejawiające się tym, że Trybunał Sprawiedliwości ma swoisty monopol w zakresie wykładni prawa unijnego, sądy powinny respektować wykładnię Trybunału.
Interpretacja pojęcia "pomoc państwa" (pomoc publiczna) może powodować wątpliwości interpretacyjne z powodu braku w prawie Unii jego definicji. Pojęcie pomocy państwa, w tym także na gruncie spraw podatkowych, było wprawdzie przedmiotem orzeczeń prejudycjalnych Trybunału Sprawiedliwości, ale określona przez TSUE definicja pomocy państwa – oparta na interpretacji art. 107 ust. 1 TFUE – jest szeroka i obejmuje szerokie spektrum środków wsparcia przedsiębiorstw przez państwo. W orzecznictwie TSUE wyróżnia się cztery kryteria pozwalające na uznanie danej pomocy (środka pomocowego) za niezgodną ze wspólnym rynkiem. Pomoc musi spełniać kumulatywnie następujące przesłanki (kryteria): 1) odbywać się w ramach interwencji państwa lub przy użyciu zasobów państwowych; 2) stanowić korzyść ekonomiczną dla przedsiębiorcy; 3) mieć charakter selektywny; 4) wpływać na wymianę między państwami członkowskimi oraz zakłócać lub grozić zakłóceniem konkurencji.
W rozpatrywanej sprawie budzi wątpliwości wystąpienie dwóch ostatnio wymienionych przesłanek.
Sporny przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu właściwym dla sprawy stanowi, że zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.
Dla porządku wypada przypomnieć, że ww. przepis w brzmieniu obowiązującym do końca 2016 r., odnosił się do budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz zajętych pod nie gruntów, jeżeli "zarządca infrastruktury jest obowiązany do jej udostępniania licencjonowanym przewoźnikom kolejowym". Zwolnienie odnosiło się wówczas do infrastruktury ogólnodostępnej, z której każdy mógł na równych zasadach korzystać (po nowelizacji ustawy o podatkach i opłatach lokalnych od 1 stycznia 2022 r. stan ten przywrócono, wskazując wprost, że zwolnienie obejmuje tylko infrastrukturę, która jest udostępniania zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym dla wszystkich na równych zasadach).
Od 1 stycznia 2017 r. nastąpiło rozszerzenie zakresu zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. W szczególności zwolniono z podatku od nieruchomości pomijane we wcześniejszym brzmieniu przepisów bocznice kolejowe, również te stanowiące tzw. infrastrukturę prywatną, a więc znajdujące się w kopalniach, zakładach produkcyjnych czy elektrowniach, które stanowią koło zamachowe całego kolejowego ruchu towarowego. Dodatkowo zwolnieniem objęto również budynki wchodzące w skład infrastruktury kolejowej oraz rozszerzono zakres zwolnienia dla gruntów (objęto nim działki ewidencyjne wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, a nie wyłącznie fragmenty gruntów zajęte przez tory, jak miało to miejsce w poprzednim brzmieniu przepisów).
Trzeba przy tym podkreślić, że od 1 stycznia 2017 r. dla zastosowania zwolnienia podatkowego nie wystarczy sam fakt posiadania infrastruktury kolejowej na swoich gruntach - niezbędne jest jej faktyczne udostępnianie przewoźnikowi kolejowemu (co zostało potwierdzone w jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych). Należy przy tym zauważyć, że nowelizację uzasadniono koniecznością dostosowania krajowych norm prawnych w zakresie transportu kolejowego do zmiany prawa UE, wprowadzonej dyrektywą Parlamentu Europejskiego i Rady 2012/34/UE z dnia 21 listopada 2012 r. w sprawie utworzenia jednolitego europejskiego obszaru kolejowego (Dz. Urz. UE L 343 z 14.12.2012, str. 32). Jednak z definicji infrastruktury kolejowej zawartej w dyrektywie 2012/34/EU wynika, że prywatne linie kolejowe i bocznice, odgałęzienia od torów stacjonarnych i szlakowych, nie są częścią infrastruktury kolejowej. Tym samym prawodawca przewidział mechanizm motywujący przedsiębiorców do remontowania nieczynnych bocznic i rzeczywistego korzystania z transportu kolejowego.
Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. odnosi się więc od 1 stycznia 2017 r. do nieograniczonego kręgu odbiorców, w konsekwencji nie jest ono skierowane do konkretnie zindywidualizowanych przedsiębiorców, sektora, czy regionu, a także do konkretnej działalności - w wyniku czego następowałoby sprzyjanie produkcji niektórych towarów. Jednakże wątpliwości budziło głównie użyte w tym przepisie kryterium posiadania określonego rodzaju infrastruktury, które w praktyce powoduje, że przedsiębiorcy prowadzący działalność gospodarczą w takich samych sektorach (np. kopalnie, elektrociepłownie, browary) mogą być w różnej sytuacji w aspekcie ich obciążeń podatkowych.
Na tym tle pojawiły się wątpliwości, sygnalizowane w ww. postanowieniu NSA z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22. Sąd ten zwrócił uwagę m.in. na potencjalny problem ukrytej selektywności faktycznej, przy której dany instrument odnosi skutek w postaci uprzywilejowania niektórych przedsiębiorstw lub sektorów niezależnie od tego, że nie jest on skierowany tylko do tych przedsiębiorstw (sektorów), co przełożyło się na zakres i treść pierwszego z cytowanych wyżej pytań prejudycjalnych do TSUE, dotyczącego zagrożenia zakłócenia konkurencji na rynku wewnętrznym. Od odpowiedzi na to pytanie NSA warunkował odpowiedź na drugie z pytań, tj. co do obowiązku zapłaty przez przedsiębiorców zaległego podatku wraz z odsetkami, w przypadku gdy przedsiębiorca skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury określonej w art. 108 ust. 3 TFUE.
W wyroku z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23 TSUE stwierdził (w zakresie pytania pierwszego), że "Art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści". Jednocześnie cytowane wyżej pytanie drugie Trybunał uznał za niedopuszczalne, bowiem zadaniem Trybunału nie jest formułowanie opinii doradczych w przedmiocie zagadnień ogólnych lub hipotetycznych.
W powołanym judykacie TSUE wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Jak wskazał Trybunał, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w sprawie (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 rzeczonej ustawy wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W oparciu m.in. o powyższe rozważania, TSUE stanął na stanowisku, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. Wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
TSUE stanął zatem na stanowisku, że, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74).
W ocenie Sądu w składzie orzekającym w niniejszej sprawie, mając na uwadze stanowisko TSUE wyrażone w omawianym orzeczeniu, stwierdzić należy, że stanowisko organów podatkowych w zakresie możliwości zastosowania wobec Skarżącej art. 7 ust. 1 pkt 1 lit.a u.p.o.l. jest nieprawidłowe.
Jak wynika z analizy tez orzeczenia TSUE sporne zwolnienie ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE.
W zwolnieniu regulowanym w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit.a u.p.o.l. brak jest podstaw do stwierdzenia przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Podkreślenia wymaga, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub "normalny" system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności.
Biorąc pod uwagę powyższe rozważania TSUE, Sąd stoi na stanowisku, że Skarżąca bezzasadnie została pozbawiona możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. Organy podatkowe błędnie bowiem stwierdziły, że sporne zwolnienie ma charakter pomocy publicznej, a to poprzez przyznawanie selektywnej korzyści ( SKO uznało, że w odniesieniu do omawianego zwolnienia podatkowego spełniona została każda z czterech wymienionych w art. 107 ust. 1 TFUE przesłanek), co w dalszej mierze przełożyło się na stwierdzenie niedopełnienia obowiązku notyfikacyjnego tej pomocy.
Nie sposób wobec tego stwierdzić, że sporne zwolnienie przyznaje selektywną korzyść przedsiębiorcom będącym jego beneficjentami. Skoro dla uznania danego środka za "pomoc państwa" konieczne jest spełnienie kumulatywnie czterech wyżej wspominanych przesłanek, to stwierdzenie, że nie spełniono przesłanki przyznania selektywnej korzyści, zasadniczo niweczy cel badania również pozostałych przesłanek.
Jednak i w tym kontekście wskazać trzeba, że omawiane zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność.
Jakkolwiek zwolnienie podatkowe z zasady ogranicza koszty przedsiębiorstwa, które z niego korzysta, to jednak zostało ono przyznane wszystkim tym podmiotom, które – przy spełnieniu dodatkowych przesłanek – posiadają infrastrukturę kolejową. Tylko zatem takie podmioty mogą stanowić punkt odniesienia dla badania konkurencyjności, a nie wszystkie funkcjonujące na rynku przedsiębiorstwa, które taką infrastrukturą nie dysponują.
W konsekwencji powyższego, tj. uznania, że omawiane zwolnienie nie spełnia warunków "pomocy państwa", wykluczona zostaje również konieczność badania obowiązku notyfikacji zwolnienia ("nowej pomocy") do Komisji Europejskiej.
Konstatacja ta skutkuje koniecznością uznania za zasadne podnoszone w skardze zarzuty naruszenia prawa materialnego tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 TFUE.
W ponownie przeprowadzonym postępowaniu, organ podatkowy rozpoznając wniosek Spółki o stwierdzenie nadpłaty, zobowiązany będzie zastosować się do oceny prawnej przedstawionej w niniejszym wyroku, w zakresie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., mając na uwadze treść powoływanego wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r. wydanego w sprawie C-453/23, w celu zbadania kwestii opodatkowania spornej infrastruktury kolejowej.
Mając zatem na uwadze podane okoliczności, Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a) i c) w zw. z art. 135 p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję oraz poprzedzającą ją decyzję organu pierwszej instancji.
W związku z uwzględnieniem skargi, Sąd na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a., zgodnie ze złożonym wnioskiem, zasądził na rzecz strony skarżącej zwrot kosztów postępowania w kwocie 10.695 zł, w tym kwotę uiszczonego w sprawie wpisu sądowego, kwotę uiszczonej opłaty skarbowej od pełnomocnictwa oraz połowę kwoty według norm przepisanych kosztów wynagrodzenia pełnomocnika, miarkując je na podstawie art. 206 p.p.s.a.
Zamieszczona w art. 206 p.p.s.a. regulacja umożliwia sądowi, w uzasadnionych przypadkach uznaniowe odstąpienie od zasądzenia zwrotu kosztów postępowania w całości lub w części. Niewątpliwym jest, że "uzasadniony przypadek", o którym mowa w art. 206 p.p.s.a. nie jest ograniczony do przykładowego przypadku częściowego uwzględnienia skargi i możliwe jest zastosowanie tego przepisu także w sytuacji uwzględnienia skargi w całości. Przepis art. 206 p.p.s.a. dotyczy kosztów niezbędnych do celowego dochodzenia praw, o których jest mowa w art. 200 p.p.s.a. i obejmuje swoim zakresem także miarkowanie wysokości wynagrodzenia zawodowego pełnomocnika procesowego. Określając wysokość wynagrodzenia zawodowego pełnomocnika sąd uwzględnia stopień zawiłości sprawy, nakład pracy pełnomocnika, przyczyniający się do wyjaśnienia sprawy pod względem faktycznym i prawnym oraz długotrwałość postępowania. W orzecznictwie podkreśla się, że wywiedzenie skarg i reprezentowanie strony w sprawach o podobnym stanie faktycznym oraz objętych jednolitą regulacją prawną uzasadnia miarkowanie wynagrodzenia pełnomocnika, czyli dostosowanie tego wynagrodzenia do stopnia zindywidualizowania sprawy i koniecznego nakładu pracy (por. postanowienia NSA z dnia 7 czerwca 2016 r.; sygn. akt I OZ 544/16; z dnia 25 stycznia 2019 r.; sygn. akt I GZ 502/18; z dnia 18 czerwca 2020 r.; sygn. akt I OSK 2407/19).
W realiach rozpatrywanej sprawy Sąd uznał, że zachodzi "uzasadniony przypadek" przemawiający za częściowym odstąpieniem od zwrotu kosztów zastępstwa procesowego. Dokonując miarkowania wysokości tych kosztów Sąd uwzględnił, że skarga rozpatrywana w niniejszej sprawie jest jedną z kilku skarg wniesionych przez Skarżącą na decyzje organu odwoławczego w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości. Skargi wniesione w tych sprawach zawierały te same zarzuty, we wszystkich sprawach występował ten sam problem prawny, skargi wpłynęły w zbliżonym czasie, a dwie z nich zostały rozpoznane na jednej rozprawie, w związku z połączeniem spraw na podstawie art. 111 § 2 p.p.s.a. do wspólnego rozpoznania i odrębnego rozstrzygnięcia.
W sytuacji, w jakiej pełnomocnik zastępował Skarżącą w analogicznych sprawach charakteryzujących się powtarzalnością rodzajową, zbieżnymi zarzutami i problemami prawnymi, sporządzenie skargi i reprezentowanie Skarżącej niewątpliwe wymagało od pełnomocnika mniejszego nakładu pracy niż przeciętnie wymagany w sprawach tego rodzaju. Uzasadniało to zasądzenie kosztów zastępstwa procesowego w adekwatnej wysokości, ocenionej przez Sąd na połowę stawki minimalnej – wynikającej z przepisów rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r. poz. 1687 ze zm.). Ocena w tym zakresie została dokonana z uwzględnieniem ilości wniesionych skarg, wartości przedmiotu zaskarżenia w każdej z rozpoznanych spraw oraz ich wartości łącznej i wysokości stawek zastępstwa procesowego przewidzianych w § 2 ust. 1 pkt 1 lit.g związku z § 3 ust. 1 ww. rozporządzenia.