Mając na uwadze powyższe przepisy prawa podatkowego, trzeba uznać, że Naczelnik nie miał podstaw do zaliczenia przedmiotowej nadpłaty - zgodnie ze złożonym wnioskiem - na poczet zobowiązania z tyt. podatku od towarów i usług za I kwartał 2025 roku oraz zwrotu pozostałej części nadpłaty na konto Skarżacej.
Odnosząc się do podniesionego w zażaleniu zarzutu, dotyczącego naruszenia przepisów o właściwości organu podatkowego, Dyrektor wskazał, że przepisy O.p. (art. 18b § 1 oraz § 2 O.p.), jednoznacznie wskazują, że organ podatkowy właściwy w dniu wszczęcia postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej do określenia lub ustalenia zobowiązania podatkowego, pozostaje właściwy we wszystkich sprawach związanych ze zobowiązaniem podatkowym, będącym przedmiotem postępowania lub kontroli, nawet jeśli w trakcie postępowania lub kontroli nastąpiła zmiana właściwości miejscowej. W przypadku zmiany właściwości organu podatkowego następującej po zakończeniu kontroli podatkowej, organem właściwym w sprawie, której kontrola dotyczyła, jest organ właściwy w dniu wszczęcia kontroli. W niniejszej sprawie doszło zatem do utrwalenia właściwości organu podatkowego w zakresie będącym przedmiotem postępowania podatkowego oraz kontroli podatkowej tj. zobowiązania z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2020 rok.
W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca wniosła o uchylenie postanowienia Dyrektora oraz poprzedzającego je postanowienia Naczelnika, zarzucając naruszenie art. 76 § 1 O.p. w zw. z art. 120 O.p.
W uzasadnieniu Skarżąca podkreśliła, że swą odmowę organ pierwszej instancji uzasadnił koniecznością zakończenia postępowania, co wiąże się z wydaniem nowej decyzji i ustaleniem kwoty ewentualnej nadpłaty. W przedstawionym stanie faktycznym organ podatkowy odmówił zaliczenia nadpłaty z podatku CIT za 2020 rok na poczet podatku VAT za pierwszy kwartał 2025 roku, argumentując to koniecznością wydania nowej decyzji wymiarowej, lecz nadal nie wydał takiej decyzji, a następnie zwrócił Spółce środki pieniężne na rachunek bankowy. Pomimo, że zdaniem organów wniosek Spółki nie mógł być rozpatrzony, do czasu wydania nowej decyzji organ podatkowy zwrócił Spółce na kontro środki pieniężne.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor wniósł o jej oddalenie podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonego postanowienia.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
Na wstępie rozważań należy wskazać, że zgodnie z art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024 r., poz. 1267 ze zm.) sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem.
Z kolei przepis art. 3 § 2 pkt 2 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.) – zwanej w dalszej części "P.p.s.a" – stanowi, że kontrola działalności administracji publicznej przez sądy administracyjne obejmuje orzekanie w sprawach skarg na postanowienia wydane w postępowaniu administracyjnym.
W wyniku takiej kontroli postanowienie może zostać uchylone w razie stwierdzenia, że naruszono przepisy prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy lub doszło do takiego naruszenia przepisów prawa procesowego, które mogłoby w istotny sposób wpłynąć na wynik sprawy, ewentualnie w razie wystąpienia okoliczności mogących być podstawą wznowienia postępowania (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a), b) i c) P.p.s.a.).
Z przepisu art. 134 § 1 P.p.s.a. wynika z kolei, że Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Wykładnia powołanego wyżej przepisu wskazuje, że Sąd ma prawo ale
i obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego, nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został w skardze podniesiony.
Oceniając zaskarżone postanowienie organu odwoławczego z punktu widzenia wskazanych powyżej kryteriów stwierdzić należy, że odpowiada ono prawu, a skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Spór w sprawie sprowadza się do rozstrzygnięcia prawidłowości sposobu rozpoznania wniosku o zaliczenie nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2020 r., powstałej w wyniku wydania przez Dyrektora decyzji z 23 kwietnia 2025 r., uchylającej w całości decyzję Naczelnika z dnia 16 września 2014 r. i przekazującej sprawę do ponownego rozpatrzenia organowi pierwszej instancji.
Mając na uwadze tak zarysowaną płaszczyznę sporu i zastosowane przez organy podatkowe przepisy prawa krajowego, na wstępie rozważań wyjaśnić należy, że zgodnie z art. 72 § 1 pkt 1 O.p. za nadpłatę uważa się kwotę nadpłaconego lub nienależnie zapłaconego podatku.
W myśl art. 76 § 1 O.p. nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
W myśl art. 77 § 1 pkt 1 O.p., nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania nowej decyzji - jeżeli nadpłata powstała w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji. Z kolei art. 77 § 1 pkt 3 Op. stanowi, że nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji o zmianie, uchyleniu albo stwierdzeniu nieważności decyzji - jeżeli w związku z uchyleniem albo stwierdzeniem nieważności decyzji nie wystąpi obowiązek wydania nowej decyzji.
Według kluczowego w tej sprawie art. 77 § 4 Op. w przypadku niewydania nowej decyzji w terminie 3 miesięcy (od dnia uchylenia albo stwierdzenia nieważności przez organ podatkowy lub od dnia doręczenia organowi podatkowemu odpisu orzeczenia sądu administracyjnego ze stwierdzeniem jego prawomocności, uchylającego decyzję albo stwierdzającego jego nieważność) nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylającej albo decyzji, której nieważność stwierdzono, podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki.
W orzecznictwie sądów administracyjnych podkreśla się, że ten przepis w żadnym stopniu nie uzależnia zwrotu podatku w przypadku w nim określonym od losów postępowania podatkowego i wydanej decyzji wymiarowej (wyrok NSA z 24 lutego 2023 r. I FSK 1933/22). Przepis ten opisuje szczególną sytuację powstania nadpłaty m.in. w przypadku, gdy w terminie 3 miesięcy od dnia uchylenia decyzji wymiarowej nie zostanie wydana nowa decyzja - nowa decyzja wymiarowa. Normuje on bowiem sytuację, w której decyzja wymiarowa nie zostanie wydana w określonym w tym przepisie terminie. Ratio legis tego przepisu jest w istocie zwrot podatnikowi uiszczonej kwoty na podstawie decyzji uchylonej, w sytuacji gdy organ nadal prowadzi postępowanie w sprawie określenia zobowiązania podatkowego i nie jest jeszcze możliwe ustalenie, czy nadpłata rozumiana jako różnica pomiędzy kwotą wpłaconą przez podatnika a kwotą rzeczywiście należną rzeczywiście zaistniała, ponieważ w obrocie prawnym brak jest nowej decyzji. W konsekwencji jako nową decyzję na gruncie ww. przepisu rozumieć należy decyzję wymiarową lub inną decyzję definitywnie kończącą postępowanie podatkowe.
Mając na uwadze przedstawione wyjaśniania w pełni zasługuje na aprobatę pogląd sformułowany przez NSA w wyroku z 17 kwietnia 2013 r., I GSK 154/12, wyrażony także w wyroku NSA z 24 lutego 2023 r. I FSK 1933/22, w którym stwierdzono, że z art. 77 § 4 Ordynacji podatkowej wynika, że w przypadku niewydania nowej decyzji, nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylonej lub decyzji, której nieważność stwierdzono, podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki. Innymi słowy brak ostatecznej decyzji wymiarowej w tym wypadku nie pozbawia możliwości zwrotu kwoty wpłaconej tytułem podatku, wręcz przeciwnie nakazuje bezzwłoczny zwrot tej kwoty. Powyższe potwierdza konieczność zastosowania art. 77 § 4 Op. w przypadku braku ostatecznej decyzji wymiarowej.
Sąd dostrzega przy tym, że pomimo wprowadzonych w 2016 r. zmian w brzmieniu art. 77 § 1 pkt 1 Op. utrzymane zostały terminy zwrotu nadpłaty w przypadku, gdy nadpłata jest wynikiem zmiany, uchylenia lub stwierdzenia nieważności decyzji ustalającej lub określającej wysokość zobowiązania podatkowego oraz odpowiedzialności płatnika, inkasenta, osoby trzeciej lub spadkobiercy. Termin zwrotu nadpłaty wynosi 30 dni od dnia wydania tej decyzji. Data wydania decyzji rozpoczyna bieg tego terminu. Jednak w orzecznictwie i judykaturze nie budzi wątpliwości, że jest to termin, który obliguje organ do zwrotu nadpłaty, wówczas gdy postępowanie w sprawie kończy się definitywnie poprzez wydanie decyzji zmieniającej, uchylającej i umarzającej postępowanie lub stwierdzającej nieważność decyzji i umarzającej postępowanie w sprawie. Jeżeli natomiast po uchyleniu lub stwierdzeniu nieważności decyzji organ podatkowy nadal prowadzi postępowanie w sprawie (nie umarza postępowania i nie wydaje decyzji wymiarowej), termin ten jest liczony inaczej, tj. w oparciu o przepis szczególny, jakim jest art. 77 § 4 Op. Decydujące znaczenie ma w tym przypadku wydanie nowej decyzji definitywnie kończącej postępowanie w sprawie. Gdy organ podatkowy w ciągu 3 miesięcy od dnia uchylenia lub stwierdzenia nieważności wyda nową decyzję w tej samej sprawie, nadpłata podlega zwrotowi w terminie 30 dni, ale od wydania nowej decyzji. Nadpłatą jest w takim przypadku różnica pomiędzy kwotą wpłaconą przez podatnika a kwotą wynikającą z nowej decyzji. Jeżeli w terminie 3 miesięcy organ podatkowy nie wyda nowej decyzji, nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie uchylonej lub unieważnionej decyzji podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki (por. Etel Leonard (red.), Ordynacja podatkowa. Tom I. Zobowiązania podatkowe. Art. 1-119zzk. Komentarz aktualizowany Opublikowano: LEX/el. 2025)
Podsumowując powyższe, kluczowym elementem warunkującym zastosowanie art. 77 § 1 pkt 1 Op. jest możliwość ustalenia nadpłaty, która stanowi różnicę pomiędzy kwotą wpłaconą przez podatnika a kwotą wynikającą z nowej decyzji. Wydanie decyzji kasatoryjnej nie spełnia powyższego wymogu. Wówczas nadpłata stanowiąca kwotę wpłaconą na podstawie decyzji uchylonej lub decyzji, której nieważność stwierdzono, podlega zwrotowi bez zbędnej zwłoki (zob. art. 77 § 4 Op.). Jest to szczególne uregulowanie i dotyczy sytuacji, gdy zwrot nadpłaty nie jest konsekwencją materialnego zaistnienia nadpłaty, lecz wynika z niewydania nowej decyzji w określonym w tym przepisie terminie.
Prawidłowo zatem uznały orzekające w sprawie organy, że tak w dacie złożenia wniosku, jak i w datach wydania zaskarżonych postanowień nie istniała nadpłata w rozumieniu art. 72 § 1 pkt 1 O.p., która w myśl art. 76 § 1 O.p. mogłaby zostać zaliczona zgodnie z wnioskiem Skarżącej.
Natomiast w sytuacji, gdy organ pierwszej instancji w terminie trzech miesięcy od dnia uchylenia decyzji z dnia 16 września 2024 r., nie wydał nowej decyzji zgodnie z treścią art. 77 § 1 O.p. zobligowany był do zwrotu kwoty wpłaconej na podstawie uchylonej decyzji bez zbędnej zwłoki, co miało miejsce w dniu 25 lipca 2025 r.
Prawidłowo także uznał Dyrektor, co nie jest kwestionowane na etapie skargi, że w sprawie doszło do utrwalenia właściwości miejscowej Naczelnika, który był właściwy w dniu wszczęcia kontroli podatkowej wobec Skarżącej, która zmieniła siedzibę dopiero w dniu 18 listopada 2014 r, a więc już po wszczęciu kontroli podatkowej i postępowania podatkowego.
W tym stanie rzeczy, na podstawie art. 151 P.p.s.a., Sąd orzekł jak w sentencji.