3) art. 120 O.p. w zw. z orzecznictwem TSUE, w szczególności z wyrokami z 28 kwietnia 2022 r. w sprawach połączonych C-415/20, C-419/20 i C-427/20 - poprzez działanie w sposób sprzeczny z zasadą legalizmu, która wymaga działania na podstawie i w granicach prawa, w tym prawa unijnego, a w konsekwencji, nieuwzględnienie orzecznictwa TSUE w przedmiocie oprocentowania nadpłat powstałych w związku z naruszeniem prawa Unii Europejskiej;
4) art. 2a O.p. - poprzez jego niezastosowanie i przyjęcie niekorzystnej dla Skarżącej interpretacji przepisów dotyczących oprocentowania nadpłaty, w sytuacji, gdy wystąpiły w sprawie wątpliwości, wprost wyrażone w decyzji, co do właściwej wykładni spornych przepisów prawa podatkowego, w szczególności z uwagi na zgodność
z prawem unijnym i konstytucyjnym;
5) art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 121 § 1, art. 124 i art. 127 O.p. - poprzez wadliwe oraz lakoniczne uzasadnienie decyzji, czym naruszono zasadę zaufania, zasadę przekonywania oraz zasadę dwuinstancyjności, tj. brak odniesienia do argumentacji podnoszonej przez Spółkę w toku postępowania przed organami obu instancji, wskazujących na niezgodność regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu oraz na przedłużające się postępowanie w przedmiocie wydania APA w kontekście zasady proporcjonalności oraz brak odniesienia się do argumentu Spółki, o odpowiednim zastosowaniu przepisów regulujących moment zwrotu nadpłaty oraz należnego oprocentowania, w przypadku przekroczenia terminów na wydanie APA.
W uzasadnieniu skargi podniesiono, że Skarżąca domaga się pełnego oprocentowania już stwierdzonej nadpłaty, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej pełnego zwrotu. Żądanie Spółki oparte jest na dwóch samodzielnych podstawach, tj.: 1. nienależnym pobraniu podatku z uwagi na naruszające prawo unijne, Konstytucję RP oraz umowy o unikaniu podwójnego opodatkowania uregulowanie art. 15e u.p.d.o.p. - co zgodnie z orzecznictwem TSUE jest samodzielną podstawą do wypłaty oprocentowania od dnia zapłaty podatku, oraz 2. zasadzie oprocentowania nadpłaty w przypadku przedłużającego się procesu jej dochodzenia (art. 78 § 1 i 4 w zw. z art. 77 § 1 O.p.), począwszy od przedłużanego ponad niezbędną miarę postępowania w sprawie wydania APA - mając na uwadze uzależnienie przez Ministra Finansów możliwości wystąpienia z wnioskiem
o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku od uprzedniego uzyskania APA przez podatnika.
W celu dodatkowego zabezpieczenia i potwierdzenia prawidłowego sposobu działania (w szczególności uwzględniając konserwatywne podejście Spółki i dużą troskę o zapewnienie prawidłowości jej rozliczeń podatkowych), oraz uzyskania preferencji w zakresie zwolnienia kluczowych nabywanych przez Spółkę usług z limitowania na podstawie art. 15e u.p.d.o.p., Spółka złożyła wniosek o wydanie APA 30 marca 2018 r. Przedmiotem analizowanej transakcji była również wypłata lub otrzymanie płatności wyrównawczej, która wpływała na rozliczenia Spółki w podatku dochodowym od osób prawnych - w tym zakresie decyzja Ministerstwa Finansów była niezbędna dla określenia ostatecznych skutków podatkowych dla Spółki.
W roku podatkowym 2019 Spółka działała zatem w przekonaniu, że jej rozliczenia w ramach [...] w związku z transakcją obejmującą wynagrodzenie za produkcję na zlecenie są prawidłowe, a jednocześnie w stanie niepewności, co do stanowiska Ministerstwa Finansów w zakresie jej rozliczeń. Faktycznie, po przeprowadzonym postępowaniu, wydana APA skutkowała u Spółki stwierdzeniem nadpłat CIT w szeregu występujących po sobie latach podatkowych - zarówno ze względu na dokonanie korekty cen transferowych jak i wyłączenie kosztów usług z limitowania na podstawie art. 15e u.p.d.o.p. Konsekwencją powyższych zmian była też zmiana sposobu wykorzystania posiadanego przez Spółkę zezwolenia na prowadzenie działalności gospodarczej na terenie danej specjalnej strefy ekonomicznej - co wpłynęło na wysokość nadpłat rozpoznawanych w poszczególnych latach.
Niemniej, do czasu uzyskania APA Spółka nie miała możliwości skorygowania swoich rozliczeń:
- do momentu uzyskania stanowiska organu w wiążącej decyzji APA Spółka nie miała możliwości jednoznacznego określenia jaki model [...] Ministerstwo Finansów uzna za najbardziej prawidłowy w sytuacji Spółki, a równocześnie
- Minister Finansów w odpowiedzi z 26 listopada 2018 r. na interpelację nr [...] z 6 listopada 2018 r. wskazał, że w przypadku toczącego się postępowania APA podatnik nie może skorzystać z możliwości złożenia korekty zeznania rocznego - a takie prawo przysługuje jedynie po zakończeniu tego postępowania i wydaniu decyzji APA.
Zatem oczekiwanie na wydanie ARA pozbawiło Spółkę formalnej oraz merytorycznej możliwości skorygowania wcześniejszych rozliczeń. Wydając ARA po trwającym ponad 47 miesiące postępowaniu ([...] marca 2022 r.), Szef Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: "Szef KAS") potwierdził prawidłowość wyboru i stosowania metodologii kalkulacji cen transferowych w transakcji obejmującej wynagrodzenie za produkcję na zlecenie zgodnie z warunkami wskazanymi w APA. Po uzyskaniu APA, Spółka odpowiednio dostosowała swoje rozliczenia do zatwierdzonych warunków - w tym dokonała stosownych korekt dochodowości i dokonała aktualizacji alokacji przychodów/kosztów na działalność strefową i poza-strefową. Zatem dopiero w momencie uzyskania APA Spółka miała możliwość złożenia wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty.
Spółka następnie dokonała korekty deklaracji za rok podatkowy 2019, w której m.in. zaliczyła do kosztów uzyskania przychodów wydatki wyłączone wcześniej na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Na skutek złożonego wniosku o stwierdzenie
i zwrot nadpłaty, [...] marca 2023 r. uzyskała zwrot nadpłaty w wysokości 5.992.313 zł.
W dniu 18 grudnia 2024 r. Spółka złożyła wniosek, w którym wystąpiła o zwrot m.in. - pozostałej, niezwróconej części nadpłaty w CII za lata podatkowe od 1 kwietnia 2017 r. do 31 marca 2018 r., od 1 kwietnia 2018 r. do 31 marca 2019 r., od 1 kwietnia 2019 r. do 31 marca 2020 r. i od 1 kwietnia 2020 r. do 31 marca 2021 r., - pozostałej części należnego Spółce oprocentowania nadpłaty, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu w całości. Spółka wskazała, że mając na uwadze treść art. 78a O.p., uzyskany zwrot pokrył wyłącznie część nadpłaty oraz należnego oprocentowania.
W ocenie Spółki zaskarżona decyzja została wydana z naruszeniem prawa unijnego, Konstytucji RP, umowy międzynarodowej o unikaniu podwójnego opodatkowania oraz utrwalonym orzecznictwem TSUE.
Skarżąca podniosła, że zastosowanie art. 15e u.p.d.o.p. prowadziło do trwałego wyłączenia z kosztów uzyskania przychodów określonych wydatków - i to nawet jeżeli ich wysokość została ustalona zgodnie z zasadą ceny rynkowej, o której mowa w art. 11 c ust. 1 u.p.d.o.p. Co istotne, ograniczenie to dotyczyło wydatków poniesionych bezpośrednio lub pośrednio jedynie na rzecz podmiotów powiązanych z podatnikiem. Ograniczenie z art. 15e u.p.d.o.p. miało charakter dyskryminacyjny i było niezgodne z regulacjami Unii Europejskiej, w szczególności stanowiło ograniczenie zasady swobody przedsiębiorczości (art. 49 TFUE) oraz zasady swobodnego świadczenia usług (art. 58 TFUE).
Na ocenę regulacji art. 15e u.p.d.o.p. znaczący wpływ ma wyrok C-484/19,
w którym TSUE wypowiedział się co do szwedzkich regulacji podatku dochodowego od osób prawnych ograniczających możliwość zaliczania do kosztów uzyskania przychodów odsetek płaconych do podmiotów powiązanych z siedzibą w innym państwie członkowskim w związku z otrzymanym finansowaniem dłużnym. W wyroku wyraźnie wskazano, że gorsza sytuacja podmiotów działających w ramach tej samej grupy kapitałowej jest nieuzasadniona (niezgodna z prawem unijnym), skoro taka sama transakcja (tj. dokonywana na warunkach rynkowych) dokonywana z podmiotem niepowiązanym nie prowadziłaby do ograniczenia zaliczalności kosztów podatkowych. Z powyższego wynika zatem, że w okresie poprzedzającym wydanie APA i zwrot nadpłaconego podatku Spółce, podatek został przez Spółkę nadpłacony z naruszeniem prawa Unii Europejskiej. Spółce oprocentowanie nadpłaty wynikającej z naruszenia prawa Unii przysługuje więc za pełny okres, od dnia powstania nadpłaty do dnia uzyskania pełnego zwrotu podatku od tej części nadpłaty, która jeszcze nie została Spółce zwrócona.
Zdaniem Skarżącej powstanie szkody, która powinno zostać zrekompensowana (wyrównana) poprzez oprocentowanie nadpłaty przyznanej w rezultacie postępowania nadpłatowego. potwierdzone jest przez czasowe podwójne opodatkowanie, które jest niezgodne z wiążącym Polskę prawem międzynarodowym. W zaskarżonej Decyzji Organ pominął ocenę niezgodności art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu, sprowadzając rozważania do konstatacji, że przepis ten co prawda został uchylony, jednak problematyka zgodności art. 15e u.p.d.o.p. "nie była dotychczas przedmiotem rozważań krajowych sądów administracyjnych".
Organ co prawda zauważa dalej, że wprowadzenie przepisu miało na celu "ograniczenie sztucznego generowania kosztów uzyskania przychodów w przypadku transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi", jednak nie odnosi tej analizy do przedstawionej przez Spółkę - już we wniosku inicjującym postępowanie
- argumentacji w zakresie sprzeczności regulacji art. 15e ustawy o GIT m.in. prawem unijnym.
Decyzja z niezrozumiałych powodów pomija więc orzecznictwo TSUE, wiążące jako element prawa unijnego (acąuis communautaire), istotne w zakresie wykładni przepisów analogicznych do zakwestionowanych przez TSUE regulacji szwedzkich. Dyrektor natomiast, opierając się na orzecznictwie sądów administracyjnych (co do zasady niewiążących w sprawie innej niż ta, w której ją wydano, jak również nieobjęta pojęciem unijnego dorobku prawnego), a w istocie na jego braku, wydaje rozstrzygnięcie niezgodne z normami wyższego rzędu.
Także określenie okresu, za jaki przysługuje podatnikowi oprocentowanie, wynika z wyroku C-415/20. W orzeczeniu tym TSUE zakwestionował regulacje dopuszczające ograniczenie oprocentowania do okresu od dnia wniesienia skargi do sądu, mającej na celu uzyskanie zwrotu lub przyznania określonych kwot pieniężnych, do dnia wydania przez właściwy sąd orzeczenia (z wyłączeniem okresu wcześniejszego). Spółce oprocentowanie nadpłaty wynikającej z naruszenia prawa Unii przysługuje więc za pełny okres, od dnia złożenia zeznania podatkowego (art. 73 § 2 pkt 1 O.p.), do dnia uzyskania pełnego zwrotu podatku od tej części nadpłaty, która jeszcze nie została Spółce zwrócona.
Jednocześnie z przedstawionego powyżej stanu faktycznego jednoznacznie wynika, że uzyskanie APA było warunkiem koniecznym do złożenia wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty, a następnie do zwrotu nadpłaty w wysokości 5.992.313 zł. Natomiast uprawnienie do odzyskania tej kwoty zostało zablokowane do momentu uzyskania APA, co zgodnie z ustawą o DRM powinno zostać dokonane w ciągu 6 miesięcy. Zatem Spółka miała prawo oczekiwać, że otrzyma w ciągu 6 miesięcy formalne potwierdzenie, czy podstawne jest dokonanie korekty jej rozliczeń w podatku dochodowym od osób prawnych. Mając powyższe na uwadze, złożenie wniosku o wydanie APA powinno zostać uznane jako pierwszy krok do odzyskania nadpłaty.
Zatem skoro APA została wydana po ponad 47 miesiącach, to okres oczekiwania na wydanie APA powinien zostać Spółce zrekompensowany poprzez wypłatę należnego oprocentowania. Warto przy tym wskazać, że zgodnie ze statystykami Ministerstwa Finansów, wg stanu na dzień 31 grudnia 2021 r., średni czas wydania decyzji w przypadku porozumień jednostronnych przekraczał kilkukrotnie powyższy termin i wynosił 20 miesięcy. Z kolei raport opublikowany przez Ministerstwo Finansów we wrześniu 2024 r. pokazuje, że średni czas pomiędzy złożeniem wniosku o wydanie APA związanej z art. 15e ustawy o GIT a wydaniem APA na przestrzeni lat 2018 - 2023 przewyższa znacznie 20 miesięcy. W sprawie Spółki APA została wydana [...] marca 2022 r., po trwającym ponad 47 miesiące postępowaniu w sprawie wydania jednostronnego porozumienia cenowego. Opóźnienie w wydaniu APA było więc nawet dłuższe niż w innych tego typu sprawach, co dodatkowo potwierdza rażąco długi (przekroczony ponad niezbędną miarę) czas na wydanie porozumienia przez Szefa KAS.
W świetle powyższego, mając na uwadze, że art. 78 § 3 O.p. jest wyłącznie uszczegółowieniem art. 78 § 1 O.p., zgodnie z którego zasadą każda nadpłata podlega oprocentowaniu) nie można zgodzić się ze stanowiskiem Dyrektora, że skoro w art. 78 § 3 O.p. jako przesłanka oprocentowania nadpłaty nie zostało uznane wydanie decyzji APA
z uchybieniem terminu określonego w art. 97 ust. 1 ustawy DRM, to nie można zastosować chociażby na zasadzie analogii art. 77 § 1 pkt 6 lit. a O.p. oraz art. 78 § 3 pkt 3 lit. b O.p.
w przypadku przekroczenia terminów na wydanie APA.
Pomimo więc braku wyraźnego odniesienia w art. 77 O.p. do art. 97 ust. 1 ustawy
DRM, to na zasadzie art. 78 § 1 O.p. oraz analogii legis, zasadnym jest zrekompensowanie Skarżącej czasu, w którym jej środki pieniężne były nienależnie dysponowane przez budżet państwa.
Końcowo Strona podniosła, że w uzasadnieniu organ nie odniósł się w sposób wystraczający do argumentów podnoszonych przez Skarżącą, jednocześnie z nieznanych przyczyn Dyrektor odniósł się do argumentów, których Spółka nie podnosiła w odwołaniu od decyzji I instancji.
W odpowiedzi na skargę Dyrektor Izby Administracji Skarbowej wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczas wyrażone stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
Zgodnie z art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. 2024 r. poz. 1267) sąd administracyjny sprawuje wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem. Ocenie sądu podlega zgodność aktów, w tym kończących postępowanie lub podlegających zaskarżeniu zażaleniem postanowień wydanych
w postępowaniu administracyjnym lub egzekucyjnym, z prawem procesowym
i materialnym, obowiązującym w dacie wydania postanowienia. Zgodnie natomiast
z art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.), dalej "p.p.s.a.", sąd rozstrzyga
w granicach danej sprawy, nie będąc związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem nieistotnym dla sprawy).
Skarga nie zasługiwała na uwzględnienie.
Spór w sprawie koncentruje się wokół przesłanek leżących u podstaw wniosku
o wypłatę oprocentowania w związku z przedłużającym się postępowaniem
w przedmiocie uprzedniego porozumienia cenowego oraz niezgodności regulacji art. 15e u.p.d.o.p. z normami wyższego rzędu, tj. Konstytucją RP, prawem unijnym.
Zgodnie ze stanowiskiem Skarżącej przedstawionym w skardze i w toku postępowania, domaga się ona pełnego oprocentowania już stwierdzonej nadpłaty
w CIT, za okres od dnia powstania nadpłaty do dnia jej pełnego zwrotu. W ocenie Strony zgodnie z orzecznictwa TSUE oraz potrzebą wypełnienia luki prawnej w Ordynacji podatkowej w przepisach dotyczących oprocentowania nadpłaty, w przypadku przedłużanego ponad niezbędną miarę postępowania w sprawie wydania APA .
Organy podatkowe uznały z kolei, że brzmienie art. 78 § 3 O.p. wskazuje na katalog oprocentowania nadpłat oraz ściśle określonych sposobów ich naliczania
w zależności od przyczyn powstania i terminów dokonania zwrotów nadpłaty. Ustawodawca nie przewidział odrębnego sposobu naliczania oprocentowania
w przypadku nadpłaty powstałej w konsekwencji korekty zeznania, w związku
z decyzją APA, w której potwierdzono rynkowy charakter transakcji, poprzez uwzględnianie w kosztach uzyskania przychodów wydatków uprzednio z nich wyłączonych na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p.
Przechodząc do oceny zgodności z prawem zaskarżonej oceny, tytułem przypomnienia wskazać należy, że żądanie spółki w zakresie zwrotu nadpłaty tytułem należnego oprocentowania uprzednio zwróconej nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za rok podatkowy od 1 kwietnia 2018 r. do 31 marca 2019 r. opierało się też na założeniu spółki dotyczącym niezgodności regulacji zawartych w art. 15e u.p.d.o.p – obowiązujących w krajowym porządku prawnym od 1 stycznia 2018 r. do 31 grudnia 2021 r. – z przepisami prawa unijnego, Konstytucji RP i umów o unikaniu podwójnego opodatkowania. Drugim elementem argumentacji skarżącej było zaś długotrwałe (47 miesięcy) prowadzenie przez Szefa KAS postępowania w sprawie APA.
We wcześniejszym orzecznictwie sądów administracyjnych nie kwestionowano zgodności omawianej regulacji z prawe unijnym, orzecznictwem TSUE i Konstytucja RP. Natomiast dostrzegano taką niezgodność w odniesieniu do braku przepisów pozwalających na oprocentowanie, jak się następczo okazało na skutek wydania APA, nadpłaconego przez Skarżącą podatku, którymi przez wiele miesięcy dysponował Skarb Państwa.
Część z tych wyroków była przedmiotem kontroli NSA (wyroki z dnia: listopada 2025 r. sygn. akt: II FSK 910/25/ III FSK 911/25, III FSK 912/25), który uchylając je do ponownego rozpoznania zawarł w uzasadnieniach wskazania odnośnie wykładni przepisów mogących mieć zastosowanie w rozstrzyganiu tych spraw.
WSA w Gdańsku rozpoznając niniejszą sprawę przyjął argumentację zaprezentowaną tam przez Naczelny Sąd Administracyjny. NSA zwrócił uwagę, że art. 82 ustawy o DMR zawiera odesłanie do uzupełniającego stosowania przepisów Ordynacji podatkowej (działu IV). Czyli m.in. do art. 141 O.p., który reguluje uprawnienie do złożenia ponaglenia na niezałatwienie sprawy podatkowej w rozsądnym terminie. Konsekwencją zastosowania art. 141 O.p. mogło zaś być wszczęcie postępowania w trybie art. 149 ppsa, tj. wniesienie skargi na bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania przez organy w sprawach, o których mowa w § 1 ostatnio wskazanego przepisu. Zauważył, że postępowanie prowadzone w trybie przepisów art. 83 – 107 ustawy o DRM dotyczy swego rodzaju umowy zawieranej pomiędzy podatnikiem a organem podatkowym.
Podkreślenia wymaga, że przedmiot sporu dotyczy regulacji zawartych w art. 72 – art. 80 Op (instytucji nadpłaty i jej oprocentowania). Jego tłem są zaś rozważania dotyczące norm prawnych wynikających z art. 15e u.p.d.o.p. NSA wskazał, że niewystarczające jest powołanie się na art. 78 § 1 i § 3 O.p. i wnioskowanie per analogiam (legis) bez wyjaśnienia podstawy prawnej uzasadniającej twierdzenia odnoszące się do nienależnie zapłaconego podatku przez spółkę. Należy wyjaśnić czy przed złożeniem wniosku o zwrot nadpłaty podatek zapłacony przez spółkę był podatkiem nienależnym. Istotą jest wskazanie momentu powstania nadpłaty. Przy czym kluczowe dla sprawy jest dokonanie oceny zasadności twierdzenia skarżącej o niezgodności regulacji zawartych
w art. 15e u.p.d.o.p. (w tym ust. 15 i 16) "z normami wyższego rzędu". Ewentualne rozważania dotyczące "hodowania odsetek" należy poprzedzić także oceną możliwości zastosowania art. 78 § 3 O.p. w odniesieniu do postępowania zakończonego decyzją APA. o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 O.p., do którego stosowania (m.in.) odsyła wprost art. 78 § 3 O.p. W ocenie NSA nieuzasadnione jest założenie jakoby podatek deklarowany przez skarżącą w jej pierwotnym zeznaniu podatkowym był podatkiem nienależnym pomimo tego, że został zapłacony (i zadeklarowany) w zgodzie z obowiązującymi wówczas regulacjami zawartymi w art. 15e u.p.d.o.p.
W tym kontekście dotyczącym zasady równości i zakazu dyskryminacji
w rozumieniu art. 32 Konstytucji RP możliwość zaliczenia do kosztów podatkowych spółki wydatków, o których mowa w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p., miała charakter wyjątkowy, związany wprost z wydaniem decyzji APA. Zasadą – aczkolwiek względną z uwagi na treść art. 15e ust. 15 – było bowiem w latach 2018 – 2021, że wydatki przewidziane w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. podlegały wyłączeniu z kosztów uzyskania przychodów.
NSA wskazał, że dokonując ponownej oceny kompletności regulacji zawartych
w przepisach art. 72 – art. 80 O.p. na tle bezspornego stanu faktycznego rozpoznawanej sprawy należy uwzględnić specyfikę postępowania w zakresie porozumienia cenowego,
a także okoliczność wskazywaną przez organ podatkowy odnośnie do zakresu jego właściwości i braku podstaw prawnych do zbierania oraz stosowania informacji dotyczących działań podejmowanych przez skarżącą i właściwy organ podatkowy (Szefa KAS), w tym także mających znaczenie dla ewentualnego zastosowania regulacji zawartych w art. 78 § 3 oraz 4 O.p., odnośnie do postępowania w sprawie uprzedniego porozumienia cenowego zakończonego decyzją Szefa KAS. Odnośnie argumentacji co do niezgodności prawa krajowego z przepisami prawa unijnego NSA wskazał, że
w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego trafnie wskazuje się na konieczną oczywistość tej sprzeczności z przepisami prawa unijnego, jeżeli nie została ona stwierdzona wyrokiem TSUE (zob. wyrok NSA z 2 lutego 2017 r., II FSK 758/16), czy też konieczność stosownego potwierdzenia istnienia owej sprzeczności poprzez nowelizację prawa krajowego, zmierzającą do usunięcia owej sprzeczności (zob. wyrok NSA z 15 lutego 2022 r., II FSK 1353/19). Wówczas istnieje podstawa do odstąpienia od procedury krajowej ograniczającej należne odsetki.
W ocenie Naczelnego Sądu Administracyjnego błędne jest założenie, że samodzielną podstawą skutecznego żądania pełnego oprocentowania zwróconej nadpłaty stanowi w niniejszej sprawie długotrwałe postępowanie zakończone decyzją APA wydaną przez Szefa KAS. Brak jest bowiem podstaw do wniosku, że jest to ustawowy etap dochodzenia nadpłaty. Nadto spółka nie była pozbawiona możliwości wystąpienia do właściwego miejscowo organu podatkowego z wnioskiem o stwierdzenie i (lub) zwrot nadpłaty bezpośrednio po złożeniu zeznania podatkowego i dokonaniu zapłaty podatku.
Odnosząc się do zarzutów dotyczących niezgodności art. 15e u.p.d.o.p.
z normami wyższego rzędu, to w orzecznictwie Trybunału Konstytucyjnego nie budzi wątpliwości, że ustawodawca posiada szeroką autonomię w kształtowaniu materii prawa podatkowego (zob. np. wyroki TK z: 25 listopada 1997 r., K 26/97, OTK 1997/5-6/64; 25 czerwca 2002 r., OTK-A 2002/4/46). Naczelny Sąd Administracyjny podziela powyższe zapatrywanie (zob. np. wyroki NSA z: 16 stycznia 2025 r., II FSK 663/22 i II FSK 934/24; 3 kwietnia 2025 r., II FSK 756/23 i II FSK 1630/24; 24 września 2025 r., II FSK 33/23).
Z treści art. 84 Konstytucji wynika nadto wprost, że każdy jest obowiązany do ponoszenia ciężarów i świadczeń publicznych, w tym podatków, określonych w ustawie. Warto również zauważyć, że w świetle art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. nie miały bezwzględnego charakteru ograniczenia dotyczące kosztów uzyskania przychodów przewidziane w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p.
Natomiast teza wyroku NSA z 5 października 2021 r. (II FSK 408/19) dotycząca zasady oprocentowania wszystkich nadpłat została sformułowana na tle art. 78 § 1 - § 3 O.p. w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2016 r. Została również poprzedzona stosownym zastrzeżeniem odnośnie do braku charakteru systemowego rozstrzygnięcia owej sprawy. Przeciwny pogląd został wyrażony przez NSA w wyroku z 16 lipca 2024 r. (II FSK 1271/21) na tle regulacji prawnych obowiązujących od 1 stycznia 2016 r., czyli po istotnej nowelizacji art. 78 § 1 O.p. W uzasadnieniu tego wyroku stwierdzono wprost, że oprocentowanie przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach. Czyli art. 78 § 3 O.p. zawiera zamknięty katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty które nie jest zasadą, tylko wyjątkiem, a przepisy w tej kwestii są dość rygorystyczne. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego, Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej.
Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są zatem uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu. Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, rozróżniając stosowanie prawa od tworzenia prawa, że analogia legis polega na ustaleniu podobieństwa między sytuacją uregulowaną wyraźną normą prawa, a sytuacją, która nie została uregulowana. Tymczasem kwestia dotycząca oprocentowania nadpłat powstałych na skutek wniosku podatnika, który w ramach samoobliczenia koryguje swoje zeznanie podatkowe (deklarację) została uregulowana przez ustawodawcę. Konieczne byłoby zastosowanie w takim przypadku analogii iuris, a nie analogii legis. Rozróżniając analogię iuris (z zasad prawa) oraz analogię legis (z przepisu prawa), przyjmuje się, że ta pierwsza powinna być stosowana z maksymalną ostrożnością, a argumenty za tym przemawiające muszą być niezwykle mocne.
W procesie wnioskowania "per analogiam" należy wskazać istnienie dwóch kategorii sytuacji faktycznych, z których jedna podlega reglamentacji prawnej, druga zaś jest prawnie indyferentna. Istotne jest przy tym zwrócenie uwagi, czy w drodze analogii wypełniana ma być luka konstrukcyjna (pomięcie ustawodawcze będące wynikiem oczywistego błędu) czy tzw. luka aksjologiczna (świadome pominięcie ustawodawcze). W przypadku luki aksjologicznej odwoływać się można co najwyżej do ogólnych zasad i wartości systemu prawa, co nie zawsze uznawane jest za dostateczną podstawę do uzupełniania treści tego systemu w procesach stosowania prawa (por. wyrok NSA z 12 grudnia 2023 r., sygn. akt III FSK 3268/21).
Jak już wskazano sytuacje, w których może dojść do oprocentowania nadpłaty wynikającej z korekty zeznania podatkowego, zostały w przepisach O.p. kompleksowo uregulowane.
NSA wskazał, że brak jest normatywnych podstaw do wyłączenia stosowania regulacji zawartych w art. 78 O.p. (w tym § 3) również w sytuacji, gdyby przyjąć, że oprocentowanie nadpłaty przysługuje z tytułu długotrwałego postępowania zakończonego stosowną decyzją APA. Oczywiście z wyjątkiem sytuacji, gdy powstanie nadpłaty jest efektem niezgodności prawa krajowego z przepisami prawa unijnego potwierdzonej stosownym orzeczeniem TSUE lub oczywistej niezgodności danej regulacji z przepisami Konstytucji RP, czy też prawa (w tym umów) międzynarodowego, czy też niezgodności potwierdzonej nowelizacją prawa krajowego, zmierzającą do jej usunięcia. Dopiero wówczas istnieje podstawa do odstąpienia od procedury krajowej ograniczającej należne odsetki. NSA zwrócił tez uwagę, ze brak jest podstaw – m.in. z uwagi na specyfikę postępowania zakończonego decyzją APA i brak materiałów dowodowych z tego postępowania – do formułowania wiążących poglądów dotyczących sytuacji, w których powstanie nadpłaty było efektem wadliwych działań organu podatkowego.
W przypadku braku podstaw do stwierdzenia niezgodności art. 15e u.p.d.o.p.
z przepisami prawa unijnego, Konstytucji RP oraz umów międzynarodowych nie sposób wykluczyć, że świadomym i uzasadnionym działaniem ustawodawcy było odstąpienie od ustanowienia przepisów wprowadzających odrębne oprocentowanie zwracanych nadpłat powstałych w związku z wydaniem przez Szefa KAS stosownej decyzji APA. Podobnie do instytucji zwrotu podatku z tytułu wypłaconych należności uregulowanej w art. 28b u.p.d.o.p., która nie zawiera normatywnego odesłania umożliwiającego stosowanie art. 72 – art. 80 O.p., aczkolwiek zawiera regulacje dotyczące oprocentowania podatku, który nie został zwrócony w stosownym terminie (zob. art. 28b ust. 13 u.p.d.o.p.). Dodać warto, że art. 78 § 3 O.p. był wielokrotnie nowelizowany (ostatnio mocą art. 1 ustawy z 4 kwietnia 2025 r. o zmianie ustawy – Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw, Dz. U. z 2025 r. poz. 497) jednak ustawodawca nie przewidział odrębnego oprocentowania nadpłat powstałych w związku z wydaniem decyzji APA. Pomimo upływu kilku lat od wprowadzenia do obrotu prawnego art. 15e u.p.d.o.p (w tym ust. 15).
Podzielając poglądy zaprezentowane przez Naczelny Sąd Administracyjny
w w/w wyrokach, na wstępie należało odnieść się do zgodności uregulowania z art. 15e i nast. u.p.d.o.p. z "normami wyższego rzędu". W ocenie WSA w Gdańsku taka niezgodność nie występuje. Przepisy te były oceniane przez sądy administracyjne
w dziesiątkach, czy raczej w setkach wyroków. Żaden skład orzekający NSA czy sądów pierwszej instancji nie uznał takiej niezgodności i przepisy te były podstawą orzekania. Także wojewódzkie sądy administracyjne w sprawach związanych z APA nie kwestionowały tej regulacji. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku także uznaje, że przepisy te nie naruszają Konstytucji RP, prawa unijnego i umów o unikaniu podwójnego opodatkowania. Skoro tak, to należało rozważyć, czy odpowiadało opisanym w nich standardom nieuwzględnienie oprocentowania podatku uiszczonego przed wydaniem APA, której wydanie umożliwiało żądanie zwrotu podatku w trybie przepisów o nadpłacie.
Konsekwencją takiego stanowiska jest ocena, czy możliwe było oprocentowanie kwot zapłaconego przez Skarżącego podatku za okres pomiędzy zapłatą o wydaniem APA, względnie za jeszcze dalszy okres, tj. do zwrotu podatku.
W pierwszej kolejności należało wykluczyć taką możliwość posługując się analogią iuris. Sama możliwość posłużenia się w procesie wykładni takim wnioskowaniem jest wysoce wątpliwa, sąd administracyjny kontroluje bowiem jedynie zgodność zaskarżonej decyzji (czy innego aktu stosowania prawa) z prawem, a nie tworzy prawo. W ramach konstytucyjnego podziału władzy, to władza ustawodawcza tworzy przepisy prawa podatkowego, a sąd kontroluje czy przepisy te są prawidłowo stosowane w indywidualnych aktach stosowania prawa, a nie je od podstaw konstruuje (wykładnia to proces rekonstrukcji). To władza wykonawcza i ustawodawcza, a nie sądownicza kształtują politykę podatkową państwa i dbają o stan finansów publicznych. Gdyby jednak dopuścić możliwość stosowania w tej sprawie analogii iuris to jak wskazał NSA w wyżej opisanym wyroku należałoby odwołać się do aksjologii systemu związanego z oprocentowaniem nadpłat. Tymczasem z systemu prawa podatkowego nie można wyprowadzić wniosku, że
z każdą nadpłatą podatku związany jest obowiązek jej oprocentowania.
Pozostaje zatem rozważenie wnioskowania z analogii legis. Do tego jednak krytycznie odniósł się NSA w przywoływanych wyżej wyrokach.
W orzecznictwa Naczelnego Sądu Administracyjnego (m. in. wyrok z dnia 05.04.2016 r., sygn. akt II FSK 462/14) wynika bowiem, że analogia z ustawy, polega na zastosowaniu do stanu rzeczy nieuregulowanego (luki prawnej) regulacji dotyczącej stanu rzeczy podobnego do objętego luką.
W okolicznościach analizowanej sprawy nie występuje jednak stan prawny, który uzasadniałby stwierdzenie luki prawnej. Istnienia luki prawnej w analizowanej sprawie nie uzasadnia podstawowa metoda wykładni aktów normatywnych, czyli wykładnia literalna. Naczelny Sąd Administracyjnego, np. w wyroku z dnia 23 stycznia 2020r., sygn. akt II FSK 896/19, wskazał, że stany faktyczne, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty wymienia szczegółowo przepis art. 78 § 3 O.p. Zaistniała w niniejszej sprawie sytuacja nie została wymieniona w treści przepisów art. 77 i art. 78 O.p., które przewidują zwrot nadpłaty wraz z oprocentowaniem. Oprocentowanie przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach. Art. 78 § 3 O.p. zawiera zamknięty katalog przypadków.
Również wykładnia systemowa wewnętrzna przepisów Ordynacji podatkowej dowodzi, że z woli ustawodawcy, oprocentowanie nadpłaty nie jest zasadą, a przepisy
w tej kwestii są bardzo rygorystyczne. Oprocentowaniu podlegają nadpłaty jedynie
w ściśle określonych sytuacjach, związanych m.in. z podważeniem decyzji organu podatkowego, przekroczeniem przez ten organ terminu wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę, terminu zwrotu nadpłaty lub też z orzeczeniem Trybunału Konstytucyjnego, Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości. Oznacza to, że nie wszystkie nadpłaty korzystają z oprocentowania. Odrębności w ukształtowaniu zasad oprocentowania nadpłat są zatem uzależnione od sposobu ich powstania oraz od realizacji przez organ podatkowy obowiązku zwrotu.
Wykładnia art. 78 § 3 pkt 1 i pkt 3 O.p. wskazuje, że brak oprocentowania przedmiotowych nadpłat nie stanowi luki prawnej, którą należy uzupełniać poprzez zastosowanie analogii, lecz stanowi świadomie przyjęte przez ustawodawcę rozwiązanie, jasno wyrażone w treści przepisu.
Warunkiem stwierdzenia nadpłaty podatku jest złożenie przez podatnika wniosku
o stwierdzenie nadpłaty, a jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację). O ile decyzja APA może stanowić podstawę powstania nadpłaty, o tyle - jeżeli podatnik nie skoryguje zeznania i nie złoży wniosku o stwierdzenie nadpłaty - decyzja APA nie rodzi po stronie organów podatkowych obowiązku stwierdzenia nadpłaty. Zatem w rozumieniu przepisów regulujących kwestie nadpłat i ich oprocentowania okoliczności związane z wydaniem decyzji APA, w tym uchybienie 6 miesięcznemu terminowi określonemu w art. 97 ust. 1 ustawy DRM, nie mogą stanowić o oprocentowaniu nadpłaty.
Raz jeszcze wypada podkreślić, że oprocentowaniu podlegają nadpłaty wyłącznie
w przypadkach określonych w art. 78 O.p. Jednoczenie katalog przypadków, kiedy nadpłaty podlegają oprocentowaniu, jest katalogiem zamkniętym. Przepisu art. 78 § 1 O.p. nie można odczytywać w oderwaniu od pozostałych unormowań dotyczących oprocentowania nadpłat, które poprzez wyliczenie przypadków naliczania oprocentowania, przesądzają w istocie, czy w danym stanie faktycznym oprocentowanie nadpłaty będzie należne, czy też nie. W szczególności przepisu art. 78 § 1 O.p. nie można postrzegać jako zawierającego bezwzględny obowiązek (faktycznego) naliczenia oprocentowania od nadpłaty podatku w każdym przypadku jej powstania.
W wyroku z dnia 24 listopada 2021 roku, sygn. akt I FSK 174/21, NSA uznał, że jeżeli art. 77 Ordynacji podatkowej przewiduje zwrot nadpłaty, ale konkretna jednostka redakcyjna tego przepisu nie została objęta art. 78 § 3 lub 5 O.p., oznacza to, że ustawodawca nie przewidział okresu, za który oprocentowanie przysługuje,
a w konsekwencji nie można uznać, że w tym przypadku oprocentowanie przysługuje. Odmienna wykładnia art. 78 § 3-5 Ordynacji podatkowej jest niezgodna
z zasadą racjonalności ustawodawcy, która nie pozwala domniemywać istnienia luki prawnej w sytuacji, gdy przepisy przewidują katalog zamknięty sytuacji, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty.
W niniejszej sprawie nadpłata wynikała z korekty zeznania, złożenie której wiązało się z otrzymaniem decyzji APA. Postępowanie w przedmiocie nadpłaty zainicjowane zostało złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem. Co za tym idzie organ podatkowy był zobowiązany, zgodnie z art. 77 § 1 pkt 6 O.p., do zwrotu nadpłaty w terminie dwóch miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem.
W takiej sytuacji kwestię oprocentowania nadpłaty reguluje art. 78 § 3 pkt 3 O.p.
i jedynie uchybienie terminowi określonemu w tym przepisie, o ile nie przyczynił się do tego podatnik, może skutkować przyznaniem oprocentowania nadpłaty. Skoro ustawa Ordynacja podatkowa reguluje kwestię oprocentowania w przypadku korekty zeznania
i złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, to brak jest podstaw aby stosować w tego typu przypadkach inne przepisy na zasadzie analogii.
Ustawodawca nie przewidział odrębnego sposobu naliczania oprocentowania
w przypadku nadpłaty powstałej w konsekwencji korekty zeznania, w związku
z decyzją APA, w której potwierdzono rynkowy charakter transakcji, poprzez uwzględnianie w kosztach uzyskania przychodów wydatków uprzednio z nich wyłączonych na podstawie art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. Jako przesłanka oprocentowania nadpłaty nie zostało uznane również wydanie decyzji APA z uchybieniem terminu określonego w art. 97 ust. 1 ustawy DRM, czy też okres trwania tego postępowania. W rozumieniu przepisów regulujących kwestie nadpłat i ich oprocentowania ograniczenie o którym mowa w art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p., okoliczności związane z wydaniem decyzji APA, w tym uchybienie terminowi określonemu w art. 97 ust. 1 ustawy DRM, nie mogą stanowić o prawie do nadpłaty jak też ustalaniu końcowej wysokości nadpłaty w sposób przedstawiony w zaskarżonym wyroku
(o czym w dalszej części skargi kasacyjnej).
Wbrew stanowisku Skarżącej, w sprawie nie wystąpiła sytuacja analogiczna do sytuacji, w której Spółka zapłaciła nienależny podatek i został on wstrzymany.
W stanie prawnym obowiązującym w latach 2018 - 2021, podatnicy nie byli uprawnieni do zaliczenia do kosztów uzyskania przychodów wydatków na rzecz podmiotów powiązanych spełniających kryteria określone w art. 15e u.p.d.o.p., powyżej limitu określonego w tym przepisie. Przy czym regulacja z art. 15e u.p.d.o.p. nie miała unikalnego charakteru. Podobne ograniczenia obowiązywały i obowiązują w Polsce oraz wielu innych krajach
w odniesieniu do kosztów finansowania dłużnego uzyskiwanego od podmiotów powiązanych (tzw. "cienka kapitalizacja"). Wskazane przepisy ograniczają możliwość odliczenia zbyt wysokich kosztów danego rodzaju niezależnie od rynkowego charakteru (por. obecny art. 15c u.p.d.o.p.). Wskazane regulacje przeciwdziałają nadużywaniu transakcji z podmiotami powiązanymi, ale nie poprzez obowiązek stosowania ceny rynkowej, ale poprzez wyłączenie całych kategorii transakcji, uznanych za najbardziej ryzykowne, z kosztów uzyskania przychodów powyżej określonych limitów kwotowych.
Art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. miał charakter antyabuzywny i podobnie jak regulacje dotyczące cienkiej kapitalizacji, był stosowany tak samo wobec wszystkich podatników realizujących transakcje z podmiotami powiązanymi niezależnie od tego czy transakcje były rynkowe czy nie. Natomiast art. 15e ust. 15 u.p.d.o.p. przewidywał możliwość skorzystania z przywileju zaliczenia wydatków objętych art. 15e ust. 1 u.p.d.o.p. do kosztów uzyskania przychodów w razie uzyskania i realizacji przez podatnika APA. Przyznanie tego przywileju nie wiąże się z realizacją transakcji na warunkach rynkowych w danym okresie. APA nie służy bowiem potwierdzeniu, że koszty poniesione przed podatnika są kosztami uzyskania przychodu. APA potwierdza, że cena transferowa w transakcji kontrolowanej została ustalona na warunkach rynkowych, o ile transakcja kontrolowana będzie realizowana na warunkach określonych w decyzji APA (art. 81 pkt 1 ustawy DRM). APA nie potwierdza jednak, że taka cena transferowa faktycznie została zastosowana w transakcji kontrolowanej w danym roku. W decyzji APA Szef KAS nie potwierdza, że podatnik zastosował warunki określone w decyzji w określonym roku podatkowym. To, czy podatnik wykonał ustalenia APA w danym roku podatkowym, podlega następczej kontroli i raportowaniu przez podatnika (art. 103 i nast. ustawy DRM). Posiadania APA stwarza jedynie domniemanie wykonania transakcji kontrolowanej na warunkach rynkowych.
Jeżeli podatnik po uzyskaniu APA nie realizowałby jej zgodnie z jej treścią, APA zostałaby wygaszona przez Szefa KAS niezależnie od tego czy transakcja miałaby w tym czasie charakter rynkowy. W razie niestosowania APA, Szef KAS stwierdza wygaśnięcie APA ze skutkiem od początku okresu obowiązywania (art. 105 ust. 1 ustawy DRM).
Ustawa o podatku dochodowym od osób prawnych i ustawa DRM wskazują zatem, że sam fakt wydania APA nie potwierdza charakteru rynkowego transakcji kontrolowanej
w określonym czasie, ale wskazuje ustalone wspólnie z podatnikiem zasady, na jakich podatnik winien realizować transakcję kontrolowaną, aby była traktowana przez organy podatkowe jako rynkowa. Funkcją APA nie jest określanie kosztów uzyskania przychodu. APA w sposób bezpośredni nie regulują kwestii związanych z opodatkowaniem. Nie określają ani nie ustalają podstawy opodatkowania żadnym podatkiem, nie określają kosztów podatkowych, w szczególności nie regulują kwestii, czy poszczególne koszty mogą zostać uznane za koszty uzyskania przychodów w rozumieniu przepisów dotyczących podatków dochodowych. W trakcie postępowania APA nie można zbadać zasadności ponoszenia danych kosztów, gdyż nie ma możliwości określenia związku kosztów, które będą ewentualnie poniesione w przyszłości z przychodami, które również zostaną uzyskane w przyszłości. Takie badanie może być przeprowadzone wyłącznie następczo. Również, w orzecznictwie wskazuje się, że fakt, że wydatek został poniesiony na warunkach rynkowych nie oznacza, że stanowił on koszt uzyskania przychodu z punktu widzenia art. 15 ust. 1 u.p.d.o.p. (wyrok NSA z 18 maja 2022 r., IIFSK 240/22).
Stwierdzając brak ustawowych przesłanek wypłaty oprocentowania organ podatkowy działał więc w granicach prawa, realizując tym samym zasadę wyrażoną
w art. 120 O.p.
W takiej sytuacji Skarżącemu pozostaje jedynie dochodzenie odszkodowania na zasadach ogólnych, łącznie z pozwem do sądu powszechnego, o ile z winy organu – Szefa KAS (przez nieuzasadnione długotrwałe nie wydawanie APA) poniósł szkodę polegającą na niemożności korzystania (inwestowania) z kwot wpłaconych Skarbowi Państwa.
Mając powyższe na względzie Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, na podstawie art. 151 p.p.s.a oddalił skargę nie znajdując podstaw do jej uwzględnienia. Wszystkie orzeczenia sądów administracyjnych przywołane w niniejszym uzasadnieniu publikowane są na stronie internetowej Naczelnego Sądu Administracyjnego :http://orzeczenia.nsa.gov.pl.[pic]