Uzasadnienie
1. Zaskarżoną decyzją z dnia 21 listopada 2025 r. Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Gdańsku (dalej "Kolegium", "SKO"), na podstawie art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 72 § 1 pkt 1 i art. 75 § 4a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111, dalej "O.p.") oraz art. 1a ust. 1 pkt 3, art. 3 ust. 1 pkt 1, art. 5 i art. 6 ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2014 r. poz. 849 ze zm., dalej "u.p.o.l."), po rozpatrzeniu odwołania P. S.A. z siedzibą w W. (dalej "Skarżąca", "Spółka") od decyzji Wójta Gminy Liniewo (dalej "Wójt Gminy") z dnia 2 stycznia 2024 r. w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2016-2021, utrzymało w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
2. Rozstrzygnięcie zapadło na tle następującego stanu faktycznego sprawy:
2.1. Decyzją z dnia 25 stycznia 2022 r. Wójt Gminy odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2016-2021 w kwocie 588.285 zł. Decyzją z dnia 8 września 2022 r. SKO utrzymało w mocy ww. decyzję. Wyrokiem z dnia 7 lutego 2023 r. sygn. akt I SA/Gd 1193/22 Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku uchylił ww. decyzję SKO z dnia 8 września 2022 r. (pełna treść wyroku, jak i wszystkich przywołanych w uzasadnieniu orzeczeń dostępna w bazie CBOSA na stronie internetowej orzeczenia.nsa.gov.pl) Decyzją z dnia 2 czerwca 2023 r. SKO uchyliło decyzję Wójta Gminy z dnia 25 stycznia 2022 r.
Decyzją z dnia 2 stycznia 2024 r. Wójt Gminy odmówił Spółce stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości za lata 2016-2021 w kwocie 588.285 zł. W uzasadnieniu organ wskazał, że nieruchomość Skarżącej jest związana z prowadzoną przez nią działalnością gospodarczą. Przejściowe niewykorzystywanie nieruchomości w zakresie świadczenia usług transportu kolejowego, nie zmienia charakteru nieruchomości, która może być wykorzystywana w innych rodzajach prowadzonej przez Skarżącą działalności i uzasadnia zastosowanie najwyższych stawek podatkowych. Organ ustalił także, że sporne nieruchomości ujęte były w ewidencji środków trwałych skarżącej, a wydatki na ich utrzymanie zaliczano do kosztów działalności. W tych okolicznościach trudno przyjąć, że nieruchomości nie są związane z prowadzoną przez Skarżącą działalnością. Stąd organ uznał, że zobowiązania za lata 2016-2021 określone zostały w prawidłowej wysokości i nie powstała nadpłata.
2.2. W wyniku rozpatrzenia wniesionego przez Spółkę odwołania, decyzją z dnia 21 listopada 2025 r. Kolegium utrzymało w mocy decyzję organu pierwszej instancji.
W pierwszej kolejności SKO uznało za niezasadny zarzut nieprawidłowego doręczenia decyzji. W ocenie Kolegium nie wystąpiła żadna z przesłanek powstania nadpłaty, ponieważ kwoty zobowiązań podatkowych w podatku od nieruchomości za lata 2016-2021 uiszczono w prawidłowej wysokości. Ze zgormadzonego materiału dowodowego, złożonej deklaracji na podatek od nieruchomości, kolejnych korekt do niej oraz wypisów z ewidencji gruntów i budynków wynika, że Skarżąca w latach 2016-2021 była użytkownikiem wieczystym gruntów stanowiących własność Skarbu Państwa (oznaczonych w ewidencji symbolami B- tereny mieszkaniowe oraz Tk - tereny kolejowe) położonych na terenie gminy L. (obręb geodezyjny L., G., I., M.) oraz właścicielem posadowionych na tych gruntach budynków. Fakt ten pozostaje bezsporny, podobnie jak fakt, że Skarżąca jest przedsiębiorcą oraz położenie i powierzchnia opodatkowanych nieruchomości. Spór w sprawie koncentruje się na zasadności opodatkowania nieruchomości gruntowych z zastosowaniem stawek właściwych dla gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej (budynki opodatkowano jako mieszkalne oraz pozostałe). W ocenie Skarżącej (co wynika z treści wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz dokonanych korekt deklaracji) grunty winny być opodatkowane wg stawki przewidzianej dla gruntów pozostałych. Zdaniem Skarżącej na gruntach nie jest prowadzona działalność gospodarcza, ponieważ likwidacja linii kolejowej powoduje, że nie jest możliwe wykonywanie transportu kolejowego stąd grunty nie są i nie mogą być tak wykorzystywane ze względów technicznych.
Kolegium, przywołując treść art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l., wyroków Trybunału Konstytucyjnego z dnia 12 grudnia 2017 r., sygn. SK 13/15 i z dnia 24 lutego 2021 r., sygn. SK 39/19, a także wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 15 grudnia 2021 r. sygn. akt III FSK 4061/21, stwierdziło, że zaszły przesłanki do uznania, że sporne nieruchomości są związane z prowadzoną przez Skarżącą działalnością gospodarczą. Po pierwsze Skarżąca jest osobą prawną zajmującą się wyłącznie prowadzeniem działalności gospodarczej. Przedmiot tej działalności - o czym świadczą zapisy działu 3 KRS - zakrojony jest niezwykle szeroko, obejmuje obok świadczenia usług transportowych, zagospodarowanie i sprzedaż nieruchomości na własny rachunek, wynajem nieruchomości na własny rachunek, zarządzanie nieruchomościami niemieszkalnymi, zarządzenie nieruchomościami na zlecenie. Grunty po zlikwidowanych liniach kolejowych mogą zatem potencjalnie służyć innego rodzaju działalności niż świadczenie usług transportowych. Zdaniem Kolegium z dokonanych w dniu 8 listopada 2023 r. oględzin oraz analizy poszczególnych działek wynika, że mogą być one przedmiotem podziału, łączenia, samodzielnego zagospodarowania. Na żadnej z działek nie ma wiaduktów lub innych elementów linii kolejowej, która powodowałaby niemożność ich wykonywania w innej działalności niż kolejowa. Jako przykładowe (potencjalne) możliwości wykorzystania działek można wskazać ich sprzedaż bądź dzierżawę właścicielom okolicznych gospodarstw rolnych, graniczących z gruntami Skarżącej. Podkreślany przez Skarżącą fakt, że w ciągu lat ubiegłych takich transakcji nie dokonywano, możliwości takiej nie wyłącza definitywnie (znaczenie mogą mieć również oferowane warunki transakcji i intensywność działań w tym kierunku podejmowanych). Działki gruntu mogą być również przedmiotem dzierżawy na instalacje fotowoltaiczne, wiatrowe (występują sprzyjające warunki związane z położeniem działek), instalacji masztów antenowych. Ponadto, jak wynika z przedstawionych kart ewidencji środków trwałych Skarżąca ujmowała sporne nieruchomości w tej ewidencji w latach 2016-2021. Jednocześnie w kosztach uzyskania przychodów wykazywała podatek od tych nieruchomości (stosownych korekt dokonała dopiero w związku ze złożeniem wniosku o stwierdzenie nadpłaty). Tym samym organ przyjął, że Skarżąca wypełniła trzy niezależne kryteria uznania nieruchomości za związaną z prowadzoną działalnością gospodarczą - grunty wchodzą w skład prowadzonego przez nią przedsiębiorstwa, prowadzi ona wyłącznie działalność gospodarczą i istnieje potencjalna możliwość wykorzystania nieruchomości dla celów tej działalności.
3. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku Skarżąca, reprezentowana przez profesjonalnego pełnomocnika, wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji oraz zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, zarzucając naruszenie:
- art. 200 O.p. przez niezastosowanie się przez SKO do wymogu powiadomienia strony o możliwości zapoznania akt sprawy przed wydaniem decyzji ostatecznej, co skutkowało tym,, że Skarżąca nie zaoferowała wydruku ze Specjalistycznej Mapy Obiektów Kolejowych pokazującej, że na części działek ewidencyjnych występuje ich przecięcie drogami publicznymi;
- art. 75 § 4a O.p., gdyż organ podatkowy nie określił w decyzji najpierw wysokości zobowiązania podatkowego mimo skorygowania znacznej jego części, a przy tym inny pogląd o wysokości korekty miał organ podatkowy, a inny Skarżąca, a to zobowiązywało organ, aby najpierw określił wysokość zobowiązania podatkowego za lata 2016-2021, a dopiero potem ustosunkował się do kwestii zasadności wniosku w przedmiocie istnienia nadpłaty;
- art. 122, art. 187 i art. 191 O.p. przez organy obu instancji, z uwagi na brak podjęcia wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjawienia stanu faktycznego bądź wyciągnięcia oczywiście wadliwych wniosków z ustalonego przez siebie niepełnego stanu faktycznego.
Skarżąca wniosła ponadto o przeprowadzenie dowodu ze Specjalistycznej Mapy Obiektów Kolejowych pokazującej, że na części działek ewidencyjnych występuje ich przecięcie drogami publicznymi.
4. W odpowiedzi na skargę Kolegium wniosło o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
5.1. Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.
Badając rozpoznawaną sprawę w ramach swej kognicji, Sąd nie stwierdził naruszeń prawa, które skutkowałyby koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonej decyzji.
5.2. W pierwszej kolejności, dokonując sądowej kontroli zaskarżonej decyzji należy zaznaczyć, że Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku wyrokiem z dnia 7 lutego 2023 r., sygn. akt I SA/Gd 1193/22, uchylił decyzję SKO z dnia 8 września 2022 r. W związku z tym orzekanie w niniejszej sprawie odbywa się w warunkach związania oceną prawną, o których mowa w art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 143, dalej "p.p.s.a."). Zgodnie z treścią art. 153 p.p.s.a. ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.
W orzecznictwie podkreśla się, że ustanowiona w art. 153 p.p.s.a. zasada związania oceną prawną powoduje, że skutki wyroku sądu administracyjnego dotyczą każdego nowego postępowania prowadzonego w zakresie danej sprawy i obejmują zarówno postępowanie sądowoadministracyjne, w którym orzeczenie zostało wydane, postępowanie administracyjne, w którym zapadło zaskarżone rozstrzygnięcie administracyjne, jak i wszystkie przyszłe postępowania administracyjne oraz sądowoadministracyjne dotyczące danej sprawy administracyjnej (por. wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 20 stycznia 2006 r., sygn. akt I FSK 505/05, z dnia 16 maja 2007 r., sygn. akt I FSK 857/06, z dnia 16 października 2014 r., sygn. akt II FSK 2506/12). Art. 153 p.p.s.a. ma charakter bezwzględnie obowiązujący i wywiera skutki w dwóch płaszczyznach, mianowicie ani organ administracji publicznej, ani sąd administracyjny orzekając ponownie w tej samej sprawie nie mogą pominąć oceny prawnej wyrażonej wcześniej w orzeczeniu. Zasadniczym kryterium legalności decyzji wydanej w postępowaniu ponowionym wskutek wyroku sądu administracyjnego jest więc zastosowanie się do wyrażonej przez ten sąd oceny prawnej oraz podporządkowanie się wytycznym co do dalszego postępowania (por. wyrok NSA z 21 lutego 2018 r., sygn. akt II FSK 353/16).
Przez "ocenę prawną" rozumie się wyjaśnienie istotnej treści przepisów prawnych i sposobu ich zastosowania w rozpoznanej sprawie. Pojęcie to obejmuje zarówno krytykę sposobu zastosowania normy prawnej w zaskarżonym akcie, jak i wyjaśnienie, dlaczego stosowanie tej normy przez organ, który wydał dany akt, zostało uznane za błędne, bądź za prawidłowe. Natomiast "wskazania co do dalszego postępowania" dotyczą sposobu działania w toku ponownego rozpoznania sprawy i mają na celu uniknięcie błędów już popełnionych oraz wskazanie kierunku, w którym powinno zmierzać przyszłe postępowanie dla uniknięcia wadliwości w postaci np. braków w materiale dowodowym lub innych uchybień procesowych (por. A. Kabat [w:] B. Dauter i in., Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, Warszawa 2018). Pomiędzy oceną prawną a wskazaniami co do dalszego postępowania zachodzi ścisły związek. Ocena prawna dotyczy dotychczasowego postępowania organów administracyjnych w sprawie, podczas gdy wskazania określają sposób ich postępowania w przyszłości. Wskazania stanowią więc konsekwencje oceny prawnej, zwłaszcza oceny przebiegu postępowania przed organami administracji i rezultatu tego postępowania w postaci materiału procesowego zebranego w sprawie. Wskazania sądu administracyjnego co do dalszego postępowania wytyczają kierunek działania organu przy ponownym rozpoznaniu sprawy (por. wyrok NSA z dnia 1 lutego 2022 r. sygn. akt II FSK 1393/21).