2.5. Po rozpatrzeniu odwołania Skarżącego, Dyrektor IAS decyzją z dnia 29 września 2025 r. utrzymał w mocy decyzję Naczelnika US z dnia 22 maja 2025 r.
W uzasadnieniu organ odwoławczy wskazał, że termin zwrotu nadpłaty, zgodnie z art. 77 § 1 pkt 3 O.p., upłynął dnia 9 października 2023 r., zatem bieg terminu do wypłaty oprocentowania rozpoczął się dnia 1 stycznia 2024 r.
W ocenie organu istotą sprawy jest spór czy zachodzą przesłanki do wypłaty oprocentowania nadpłaty od momentu jej powstania czy od dnia wydania decyzji o uchyleniu decyzji, a także kwestia czy powstała nadpłata została zwrócona w wynikającym z przepisów terminie i czy w związku z tym istnieje obowiązek wypłaty oprocentowania z tego tytułu.
Materiał dowodowy zgromadzony w toku postępowania podatkowego, zakończonego decyzją Naczelnika US oraz postępowania odwoławczego, zakończonego decyzją Dyrektora IAS, wyraźnie przeczył stanowisku Skarżącego, iż osiągane przez niego dochody z tytułu zatrudnienia w Spółce nie podlegają opodatkowaniu w Polsce, wyrażonemu także we wniosku o interpretację indywidualną, złożonym w 2015 r. Organy podatkowe dokonały swoich ustaleń nie tylko w oparciu o treść umowy o pracę, ale również na podstawie innych dowodów, w szczególności oświadczeń złożonych przez przedstawicieli pracodawcy. Skarżący nie przedłożył żadnych dowodów, które potwierdzałyby jego wskazania co do świadczenia pracy w trybie home office, a dokumenty, na które się powoływał, świadczyły jedynie o uprawnieniu do wykonywania pracy w ten sposób, a nie o faktycznym jej świadczeniu, z wykazaniem liczby dni pobytu w kraju macierzystym. Przesądzające dla sprawy okazały się dowody ujawnione przez Stronę podczas składania skargi kasacyjnej oraz w toku ponownego postępowania odwoławczego, na końcowym jego etapie (pismo Spółki z dnia 20 grudnia 2018 r. podważyło sporadyczne wykonywanie pracy w sposób zdalny i równocześnie wskazało na jej systematyczność, pismo Skarżącego z dnia 21 lipca 2023 r. pozwoliło ustalić przez ile dni i w jakich miejscach Strona faktycznie pracowała w trybie home office). Organ stwierdził, że na podjęcie ostatecznego rozstrzygnięcia w sprawie określenia zobowiązania w podatku dochodowym od osób fizycznych nie miały wpływu zeznania świadków, o które wnioskowała Strona. W ocenie Dyrektora IAS stwierdzone w sprawie okoliczności przemawiają za uznaniem, że pomiędzy działaniami organów i przesłanką uchylenia decyzji nie zachodzi związek przyczynowo-skutkowy, który uzasadniałby wypłatę oprocentowania nadpłaty na podstawie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Wobec ujawniania przez Stronę nowych dowodów istotnych dla podjęcia rozstrzygnięcia, po rozpatrzeniu sprawy w administracyjnym toku instancji, organ uznał, że wystąpiły niezależne od organów okoliczności, które stanowiły podstawę do uchylenia decyzji wymiarowych, a organy nie przyczyniły się do powstania przesłanki ich uchylenia, w szczególności oddalając wnioski dowodowe Strony.
Organ stwierdził również, iż zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych został dokonany w terminie ustawowym i nie istnieje obowiązek wypłaty oprocentowania z tego tytułu. W dniu 27 lutego 2025 r. organ dokonał faktycznego zwrotu nadpłaty. Przyczyna uniemożliwiająca dokonanie zwrotu nadpłaty przestała istnieć z dniem 20 lutego 2025 r., gdyż w tym dniu organ otrzymał zgłoszenie aktualizacyjne w zakresie danych rachunku bankowego. Zatem zwrot powinien nastąpić nie później niż 20 marca 2025 r.
3. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku, Skarżący, reprezentowany przez profesjonalnego pełnomocnika, wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji i zasądzenie kosztów postępowania, zarzucając naruszenie:
- art. 233 § 2 O.p. na skutek nie uchylenia przez Dyrektora IAS decyzji Naczelnika US i braku orzeczenia co do istoty sprawy przez wypłatę oprocentowania nadpłaty, powstałej w związku z wydaną decyzją Dyrektora IAS określającą dochód niepowodujący powstania zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób fizycznych, pomimo że decyzja Naczelnika US naruszała przepisy w stopniu, który miał istotny wpływ na wynik sprawy, poprzez obrazę:
- art. 78 § 3 pkt 1 O.p. przez jego niewłaściwe zastosowanie i odmówienie wypłaty oprocentowania nadpłaty podatku, w sytuacji, gdy organ podatkowy przynajmniej przyczynił się do przesłanki uchylenia pierwotnej decyzji - na co wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku sygn. akt II FSK 656/19 uchylającym decyzję Dyrektora IAS z dnia 8 czerwca 2018 r. w całości;
- art. 122 § 1 O.p. przez niepodjęcie niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy;
- art. 124 § 1 O.p. przez niedostateczne wyjaśnienie w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przesłanek, którymi organ kierował się przy negatywnym załatwianiu sprawy;
- art. 187 § 1 w zw. z art. 191 w zw. z art. 197 O.p. przez niedostateczne rozpoznanie i analizę zebranego materiału dowodowego i przekroczenie swobodnej oceny dowodów w wyniku ustalenia, że:
a) dopiero pełny materiał dowodowy uzupełniony przez Skarżącego podczas ponownego rozpatrzenia sprawy przez organ drugiej instancji, pozwolił przyjąć ilość dni przepracowanych przez Skarżącego w Polsce i poza nią (w tym home office) w wielkościach wskazanych w zestawieniu tabelarycznym przedłożonym przez Skarżącego w 2017 r.;
b) wystąpiły niezależne od organów okoliczności, które stanowiły podstawę do uchylenia decyzji wymiarowych, a organy nie przyczyniły się do powstania przesłanki ich uchylenia, w szczególności oddalając wnioski dowodowe Strony
podczas gdy to na organie podatkowym spoczywa obowiązek podejmowania wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym, czy też obowiązek zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący materiału dowodowego, a organy w uchylonych na podstawie wyroku NSA z dnia 1 grudnia 2021 r. decyzjach nie tylko nie dążyły do realizacji ww. dyrektyw postępowania, ale wręcz odmówiły przeprowadzenia zarówno rozprawy administracyjnej jak i przeprowadzenia dowodów zawnioskowanych przez Skarżącego.
4. W odpowiedzi na skargę Dyrektor IAS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku zważył, co następuje:
5.1. Skarga zasługuje na uwzględnienie.
5.2. Spór w rozpoznawanej sprawie dotyczy tego, czy w analizowanym przypadku zachodziły przesłanki do zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem.
Jest on zatem sporem o wykładnię i w konsekwencji prawidłowe zastosowanie art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Zgodnie z jego treścią oprocentowanie przysługuje w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 - od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji.
Prawidłowa interpretacja powołanego przepisu prowadzi do wniosku, że pomimo zastosowanego w art. 78 O.p. zabiegu legislacyjnego w postaci wyliczenia przypadków, kiedy oprocentowanie przysługuje, opisany w pkt 1 ustępu 3 artykułu 78 O.p. przypadek – przez zaprzeczenie w nim użyte (nie przyczynił się) – konstruuje zasadę, zgodnie z którą w przypadku uchylenia decyzji oprocentowanie przysługuje od momentu powstania nadpłaty (por. wyrok NSA z dnia 12 kwietnia 2023 r. sygn. akt II FSK 2455/20). Dopiero w sytuacji, gdy organ podatkowy wykaże, że nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji oprocentowanie przysługuje od dnia wydania decyzji o uchyleniu decyzji. Ustawodawca w przypadku uchylenia decyzji ustanowił zatem domniemanie oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania.
W orzecznictwie sądów administracyjnych wskazuje się, że ponieważ omawiany przepis nie zakreśla sposobów, w jaki organ mógł "przyczynić się", termin ten należy rozumieć jako każde działanie lub zaniechanie, które wpływa na wynik postępowania podatkowego (por. wyroki NSA z dnia 22 sierpnia 2025 r. sygn. akt III FSK1424/24, z dnia 23 sierpnia 2024 r. sygn. akt III FSK 4853/21). Oprocentowanie nadpłaty ma niwelować negatywne skutki związane z niemożnością dysponowania przez podatnika kwotą nadpłaty wpłaconą na skutek działania organów podatkowych. Oprocentowanie takie pełni więc funkcję odszkodowawczą, tj. naprawienia szkody w zakresie utraconych korzyści – lucrum cessans (por. wyrok NSA z dnia 1 czerwca 2016 r. sygn. akt II FSK 1454/14). Oprocentowanie nadpłaty stanowi formę zrekompensowania podatnikowi uprawnionemu do otrzymania zwrotu nadpłaty, dysponowania przez wierzyciela podatkowego nieprzysługującymi mu środkami finansowymi (por. wyrok NSA z dnia 18 sierpnia 2023 r. sygn. akt III FSK 4840/21). Przesłankę "przyczynienia się" organu podatkowego do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia błędnej decyzji może stanowić uprzednie wydanie przez organ nieprawidłowej decyzji zawierającej błędną interpretację przepisu (por. wyrok NSA z dnia 22 sierpnia 2025 r. sygn. akt III FSK1424/24). Istota przesłanek określonych w art. 78 § 3 pkt 1 O.p. wiąże oprocentowanie nadpłaty z uchyleniem (bądź zmianą) decyzji wadliwej, a więc innymi słowy z wadą tkwiącą w samej tej decyzji, czyli sytuacją, gdy organ podatkowy prowadząc postępowanie uchybił przepisom postępowania bądź też przepisom prawa materialnego, które to naruszenia przyczyniły się do wzruszenia wadliwej decyzji. Tym samym, przez przyczynienie się, o którym mowa w ww. przepisie należy rozumieć taką sytuację, w której działanie lub zaniechanie organu podatkowego pozostawało w bezpośrednim związku z wadą decyzji, którą może być naruszenie przepisów prawa materialnego lub procesowego (por. wyrok NSA z dnia 18 listopada 2016 r. sygn. akt I GSK 1074/16).
5.3. Odnosząc powyższe do stanu faktycznego sprawy należy stwierdzić, że skoro decyzja wymiarowa została uchylona, zastosowanie znajduje reguła, zgodnie z którą oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania. Strona nie musiała zatem wykazywać, że w toku postępowania wymiarowego organ przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji. To organ uznając, że oprocentowanie Skarżącemu się nie należało od dnia powstania nadpłaty powinien wykazać, że nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji.
Zdaniem Sądu organ takiej okoliczności nie wykazał, bowiem wbrew argumentacji przedstawionej w zaskarżonej decyzji, to działanie (a precyzyjniej – zaniechanie) organu doprowadziło do ziszczenia się przesłanki uchylenia decyzji wymiarowej. W postępowaniu wymiarowym decyzję wydano przed ustaleniem zaistniałego w sprawie stanu faktycznego w sposób zupełny i niewątpliwy. Powodem tego stanu rzeczy był brak prawidłowego przeprowadzenia przez organ postępowania dowodowego, co skutkowało naruszeniem przepisów proceduralnych ujętych w Ordynacji podatkowej. Wynika to wprost z treści wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 1 grudnia 2021 r. sygn. akt II FSK 656/19, którym uchylono wyrok WSA w Gdańsku z dnia 10 października 2018 r. sygn. akt I SA/Gd 786/18 oraz decyzję Dyrektora IAS z dnia 8 czerwca 2018 r. W wyroku tym NSA wskazał, że organ podatkowy dopuścił się wad postępowania, które skutkowały naruszeniem swobodnej oceny dowodów, naruszeniem zasady zgromadzenia i zbadania materiału dowodowego w sposób wyczerpujący, wobec braku podjęcia wszelkich kroków niezbędnych do dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego (pkt 5 ww. wyroku). Kolejno NSA wymienił, jakimi brakami dotknięte było przeprowadzone przez organ postępowanie (pkt 6 ww. wyroku): organ nie zauważył sprzeczności w stanowisku i oświadczeniu pracodawcy Skarżącego w zakresie świadczenia pracy w trybie home office; organ pominął okoliczności zawarcia umowy o pracę, dokonanej w wykonaniu porozumienia między Spółką, pracodawcą przekazującym a Skarżącym, z których to dokumentów wynikało, że domem dla Skarżącego była niewątpliwie L., a nie G.; organ - wbrew zobowiązaniu do tego - nie podjął działań z urzędu w zakresie ustalenia, czy porozumienie było później realizowane poprzez kontakt pracownika z bezpośrednim przełożonym i ile dni praca była wykonywana przez Skarżącego w ramach home-office z jego miejsca zamieszkania w Niemczech; organ bezpodstawnie oddalił złożone w powyższym zakresie wnioski dowodowe Skarżącego o przeprowadzenie rozprawy administracyjnej i przesłuchanie świadków; organ nie przesłuchał zgodnie z wnioskiem Skarżącego bezpośredniego przełożonego Skarżącego z Norwegii, który ustalał kwestie dotyczące podróży i przebywania Skarżącego w Niemczech. Sąd końcowo uznał, że przeprowadzenie rozprawy administracyjnej i przesłuchanie świadków oraz Skarżącego są nieodzowne, wobec czego w sprawie został także naruszony art. 200a § 1 w zw. z art. 199 O.p. NSA w pkt 7 ww. wyroku odniósł się również do nieprawidłowości organu w zakresie wykładni przepisów prawa materialnego dotyczących miejsca wykonywania pracy oraz podróży służbowych (art. 27 § 1 i art. 29 § 1 pkt 2 Kodeksu pracy). Sąd wskazał, że w ponownym rozpoznaniu sprawy organ odwoławczy przeprowadzi rozprawę z udziałem stron, zawnioskowanych przez Skarżącego świadków i wyjaśni, jakie było rzeczywiste miejsce wykonywania pracy przez Skarżącego, w jakim trybie tę pracę miał wykonywać, a także uwzględni dotychczas zebrane dowody i wyjaśni ewentualne sprzeczności wynikające z przedłożonych w sprawie dokumentów i zeznań świadków.
Powyższe orzeczenie skutkowało uchyleniem przez organ odwoławczy decyzji wymiarowej organu pierwszej instancji z dnia 6 lutego 2018 r. w całości i określeniem Skarżącemu dochodu niepowodującego powstania zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób fizycznych za wskazany rok.
W świetle powyższego, w zaskarżonej decyzji organ odwoławczy nieprawidłowo przyjął, że organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przyczyny uchylenia decyzji wymiarowej, co skutkowało naruszeniem przepisu art. 78 § 3 pkt 1 O.p. Wbrew stanowisku organu, irrelewantna w świetle wskazanego przepisu pozostaje kwestia wpływu podatnika (Skarżącego) na ziszczenie się przesłanki uchylenia decyzji wymiarowej. W rozpatrywanej sprawie, w ocenie Sądu, pomiędzy działaniami organów a przesłanką uchylenia decyzji zachodzi związek przyczynowo-skutkowy, który uzasadnia wypłatę na rzecz Skarżącego oprocentowania nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za wskazany rok na podstawie ww. przepisu.
W tych okolicznościach trudno inaczej ocenić przyczyny powstania uchylenia decyzji skutkujących powstaniem po stronie Skarżącego nadpłaty, niż przez pryzmat uchybień w stosowaniu prawa przez organy podatkowe. Sąd jeszcze raz podkreśla, że uchybienia które zostały dostrzeżone i zaakcentowane przez Naczelny Sąd Administracyjny we wskazanym powyżej wyroku stanowią wprost o przyczynieniu się organów do powstania przesłanki uchylenia błędnych decyzji wymiarowych.
5.4. W ponownie prowadzonym postępowaniu rzeczą organu będzie uwzględnienie oceny prawnej Sądu zawartej w uzasadnieniu niniejszego wyroku.
Mając powyższe na uwadze Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.), uchylił zaskarżoną decyzję, uznając to za wystarczające do ponownego, właściwego załatwienia sprawy. Dyrektor IAS posiada bowiem kompetencje merytoryczno-reformacyjne umożliwiające wydanie prawidłowego rozstrzygnięcia w sprawie, zgodnego z wiążącą oceną prawną wyrażoną przez Sąd w uzasadnieniu niniejszego wyroku, dotyczącą interpretacji przepisu art. 78 § 3 pkt 1 O.p. dokonanej na tle okoliczności niniejszej sprawy.