Mając na względzie wyżej zacytowany przepis art. 24d ust. 12 u.p.d.o.p. Spółka stoi na stanowisku, że ulga IP BOX znajduje zastosowanie do dochodu uzyskanego z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej począwszy od dnia złożenia (zgłoszenia) do Urzędu Statystycznego wniosku o uzyskanie prawa ochronnego. W odniesieniu do wniosku mającego za przedmiot słupek i sposób jego wytwarzania będzie to dochód uzyskany począwszy od 24 lutego 2022 r. Inaczej przedstawia się sytuacja w przypadku wniosku z 18 maja 2018 r. mającego za przedmiot belkę. W tym przypadku ulga IP BOX ma zastosowanie do dochodu uzyskanego począwszy od 1 stycznia 2019 r. Wynika to z art. 44 ust. 1 ustawa z dnia 23 października 2018 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawa - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 2192 ze zm.). W świetle tego przepisu ulga IP BOX nie znajduje zastosowania do dochodu uzyskanego wcześniej (przed 1 stycznia 2019 r.).
Jednak zgodnie z dyspozycją art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p., od dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej podatnik może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 18d ust. 2-3b, które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa, przy czym przepisy art. 18d ust. 1 zdanie drugie i ust. 3c-9 stosuje się odpowiednio. Cytowany art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p. obowiązuje od 1 stycznia 2022 r., zgodnie z ustawą z dnia 29 października 2021 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych oraz niektórych innych uchwał (Dz. U. poz. 2105 z późn. zm.). Z tym, że w myśl art. 70 ust. 1 przywołanej wyżej ustawy z 29 października 2021 r. jej przepisy stosuje się wyłącznie w odniesieniu do przychodu (w tym z kwalifikowanych praw własności intelektualnej) uzyskanego do 1 stycznia 2022 r., lecz nie w odniesieniu do poniesionych kosztów (w tym kwalifikowanych, określonych w art. 18d ust. 2-3b u.p.d.o.p.).
Z tych względów Spółka stoi na stanowisku, że od dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, uzyskanych począwszy od roku podatkowego 2022 r. i w latach następnych Spółka może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 18d ust. 2-3b, które to koszty doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia tych praw, lecz zostały poniesione przed 1 stycznia 2022 r. Założenie jak wyżej nie koliduje z treścią art. 24d ust. 7 i 10 u.p.d.o.p. Według art. 24d ust. 10, o wysokość straty z kwalifikowanych praw własności intelektualnej poniesionej w roku podatkowym obniża się dochód osiągnięty w najbliższych kolejno następujących po sobie 5 latach podatkowych z tego samego kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, tego samego rodzaju produktu lub usługi lub tej samej grupy produktów lub usług, w których zostało wykorzystane kwalifikowane prawo własności intelektualnej.
Wynika z tego, że Spółka powinna najpierw ustalić wysokość dochodu (ewentualnie straty) ze źródła w postaci kwalifikowanego prawa własności intelektualnej na podstawie art. 7 ust. 2 u.p.d.o.p. (czyli obniżając przychód z tego źródła o koszty jego uzyskania), a następnie tak obliczony dochód Spółka powinna obniżyć o koszty kwalifikowane, jak to wynika z art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p., także jeśli zostały poniesione przed 1 stycznia 2022 r.
Przedstawiając stanowisko wobec pytania nr 2 Spółka oparła się na założeniu, że prawidłowe jest stanowisko w zakresie pytania pierwszego. Spółka przyjęła, że może rozliczyć ulgę IP BOX na bieżąco, a także wstecznie za rok podatkowy 2022 r. W tym drugim przypadku Spółka na zasadach ogólnych powinna złożyć korektę rocznego zeznania podatkowego. Zgodnie bowiem z brzmieniem art. 81 § 1 o.p., jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację.
Przepisy dotyczące ulgi IP BOX nie zawierają w tym zakresie szczególnych ograniczeń, zatem rozliczenie ulgi poprzez korektę jest dopuszczalne. Natomiast za lata następne Spółka może rozliczyć ulgę IP BOX po zakończeniu danego roku podatkowego w zeznaniu podatkowym dotyczącym tego roku.
Warunkiem koniecznym rozliczenia ulgi IP BOX jest prowadzenie dokumentacji zgodnie ze specyficznymi wymogami art. 24e ust. 1 pkt 1-4 u.p.d.o.p. Spółka przyjmuje przy tym, że jak wynika z orzecznictwa sądowo administracyjnego: "przepisy o IP Box nie narzucają podatnikom konkretnej formy ewidencjonowania zdarzeń na cele stosowania preferencji IP BOX. Jednak dla celów obliczenia dochodu z kwalifikowanego IP istotne jest, by ewidencja ta była prowadzona w sposób należyty tak, aby móc w rocznym zeznaniu podatkowym wykazać łączną sumę przychodów, kosztów podatkowych, dochodów, strat, dochodów podlegających opodatkowaniu stawką 5%, oraz dochodu, który nie będzie podlegał preferencyjnemu opodatkowaniu. Mając na względzie powołany przepis art. 24e ust. 1 u.p.d.o.p. brak było podstaw do uznania za prawidłowe stanowiska organu, że stworzenie w przyszłości odrębnej ewidencji tylko po to, aby wypełnić obowiązek wynikający z powołanego przepisu, nawet w sytuacji kiedy na jej podstawie możliwe będzie prawidłowe określenie podstawy opodatkowania stawką 5%, przekreśla uprawnienie do zastosowania preferencyjnej stawki opodatkowania uzyskiwanych dochodów." (wyrok WSA w Rzeszowie z 9 lutego 2023 r., sygn. akt I SA/Rz 739/22).
Innymi słowy, właściwa dokumentacja może zostać sporządzona czy uzupełniona także po upływie danego roku podatkowego. Tak jednak, aby na jej podstawie możliwe było "ustalenie dochodu (straty) z kwalifikowanych praw własności intelektualnej" (vide: art. 24e ust. 2 u.p.d.o.p.).
Przechodząc do stanowiska odnośnie pytania nr 3 Spółka wskazała, że biorąc pod uwagę specyfikę jej działalności dochodem z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu jest wartość całej sprzedaży (po odliczeniu kosztów uzyskania przychodu) przypadającej na produkty objęte patentem lub jego ekspektatywą. Zdaniem Spółki, wynika to z następujących uwarunkowań prawnych i faktycznych.
W myśl art. 24d ust. 7 pkt. 3 u.p.d.o.p., dochodem (stratą) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej jest osiągnięty przez podatnika w roku podatkowym dochód (strata) [...] z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu lub usługi. Z kolei w myśl art. 24d ust. 8 u.p.d.o.p., do ustalenia dochodów (strat), o których mowa w ust. 7 pkt 3, przepisy art. 11 c i art. 11 d stosuje się odpowiednio. Z kolei "według ugruntowanych reguł wykładni "odpowiednie" stosowanie przepisów może polegać na zastosowaniu przepisu wprost lub z odpowiednimi modyfikacjami albo pominięciu zastosowania przepisu, który nie przystaje do warunków, w których ma być zastosowany" (wyrok WSA w Gdańsku z 31 maja 2023 r., sygn. akt III SAB/Gd 52/23).
Zdaniem Spółki, nie ulega wątpliwości, że ceny sprzedaży produktów, które są objęte patentem lub jego ekspektatywą, są cenami rynkowymi. Są to bowiem ceny, które Spółka ustaliła w toku negocjacji handlowych z kontrahentami w żaden sposób niepowiązanymi ze Spółką (chodzi o brak powiązań w rozumieniu przepisów UPDP). Inaczej rzecz ujmując, cena rynkowa (w ujęciu funkcjonalnym) to taka cena, którą w negocjacji między sobą ustalają podmioty niezależne (niepowiązane). W tych okolicznościach przepis art. 11c u.p.d.o.p. jako że, jak to ujął wyżej zacytowany WSA w Gdańsku "nie przystaje do warunków, w których ma być zastosowany" w odniesieniu do Spółki powinien zostać pominięty. To samo i z tych samych powodów dotyczy art. 11d u.p.d.o.p. Nie sposób stwierdzić, na czym w przypadku Spółki miałoby polegać odpowiednie stosowanie tych przepisów. Jednocześnie materia ustawowa nie daje żadnych innych wytycznych co do rozumienia pojęcia dochodu "z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu". Nie ma żadnych ustawowych wytycznych, jaką metodą obliczyć prawo (kwalifikowane) w cenie (jako składową ceny). Nie nadaje się to tego metoda proporcji, albowiem ilekroć na elementy konstrukcji podatku wpływ ma metoda liczenia proporcji, tylekroć ustawodawca wyraźnie tę metodę wprowadza (por. art. 16 ust. 1 pkt 8c lit. c), art. 16g ust. 8 u.p.d.o.p. i wiele innych przykładów z tej ustawy). Brak ustawowych wytycznych co do metody obliczenia dochodu rozumianego jako udział prawa w cenie prowadzi do przekonania, że jest to celowy zabieg ustawodawcy, który w tym zakresie jest związany z normą art. 217 Konstytucji RP. W myśl tego przepisu; "Nakładanie podatków, innych danin publicznych, określanie podmiotów, przedmiotów opodatkowania i stawek podatkowych, a także zasad przyznawania ulg i umorzeń oraz kategorii podmiotów zwolnionych od podatków następuje w drodze ustawy".
W tych okolicznościach z uwagi na milczenie ustawodawcy co do metody, należy przyjąć, że dochód z "kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży" w rozumieniu art. 24d ust. 7 pkt 3 u.p.d.o.p. oznacza 100% tej ceny po odliczeniu kosztów uzyskania przychodu według dyspozycji art. 7 ust. 2 u.p.d.o.p. Kwalifikowanym dochodem z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, który Spółka uzyskuje i będzie uzyskiwała jest więc dochód z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu w myśl art. 24d ust. 7 pkt 3 u.p.d.o.p. Dochody z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu są ustalane w oparciu o zasadę ceny rynkowej w myśl art. 11c i art. 11d u.p.d.o.p.
Natomiast przechodząc do kwestii wskaźnika nexus Spółka wskazała, że nie korzysta jeszcze z ulgi IP BOX i z tego powodu jeszcze nie obliczyła wskaźnika nexus (art. 24d ust. 4 ustawy). W razie ustalenia, że Spółka ma prawo do ulgi IP BOX, wskaźnik nexus Spółka obliczy z uwzględnieniem wzoru zgodnie z treścią art. 24d ust. 4 ustawy, mając na względzie stan faktyczny wskazany we wniosku.
Dyrektor w interpretacji indywidualnej z 12 listopada 2024 r. uznał stanowisko wnioskodawczyni za nieprawidłowe.
Na wstępie organ interpretacyjny wyjaśnił, że od 1 stycznia 2019 r. obowiązują przepisy ustawy z dnia 23 października 2018 r. o zmianie ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych, ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych, ustawy - Ordynacja podatkowa oraz niektórych innych ustaw (t. j. Dz. U. z 2018 r. poz. 2193). Na podstawie regulacji wprowadzonych ww. ustawą zmieniającą, do systemu prawa podatkowego implikowano przepisy dotyczące preferencyjnego rozwiązania w podatkach dochodowych - tzw. lnnovation Box.
Następnie Dyrektor przytoczył treść przepisów art. 24d ust. 1-7 oraz 11-13, art. 24e ust. 1 i ust. 2 u.p.d.o.p. Wskazując jakie prawa uważa się z prawa kwalifikowane, z których dochód może zostać opodatkowany w ramach IP BOX. Zaznaczył, że podatnik chcący skorzystać z preferencji będzie zobowiązany prowadzić szczegółową ewidencję rachunkową w sposób umożliwiający obliczenie podstawy opodatkowania, w tym powiązanie ponoszonych kosztów prac badawczo-rozwojowych z osiąganymi dochodami z praw IP powstałymi w wyniku przeprowadzenia tych prac. Odnotował że do kwalifikowanych praw własności intelektualnej, zgodnie z art. 24d ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.p., zalicza się patent.
Następnie Dyrektor omówił regulację art. 18d u.p.d.o.p. wskazując, że podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych.
Dyrektor wskazał, że w stanie prawnym obowiązującym do końca 2021 r. ulga B+R nie podlegała uwzględnieniu w obliczeniu podstawy opodatkowania podlegającej 5% podatkowi z IP Box, a więc podatnik nie mógł równocześnie stosować ulgi B+R oraz 5% opodatkowania w stosunku do jednego (tego samego) dochodu.
Podatnikowi przysługiwało wprawdzie prawo do skorzystania z obu rozwiązań w tym samym roku podatkowym, jednak wobec różnych kategorii dochodu (tj. ulga B+R w odniesieniu do dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych, natomiast opodatkowanie 5% stawką podatku do dochodu z kwalifikowanych praw własności).
Odliczeniu w ramach ulgi B+R mogły więc podlegać koszty kwalifikowane, o ile koszty te nie były rozliczone w ramach ustalenia dochodu podlegającego opodatkowaniu IP Box. Warunkiem dokonania odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R, było ich uwzględnienie w obliczeniu dochodu objętego opodatkowaniem wg zasad ogólnych.
Od 1 stycznia 2022 r. do u.p.d.o.p. wprowadzono przepis art. 24d ust. 9a, z którego wynika, że: od dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej podatnik może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 18d ust. 2-3b, które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa, przy czym przepisy art. 18d ust. 1 zdanie drugie i ust. 3c-9 stosuje się odpowiednio.
Z uzasadnienia wprowadzenia powyższej regulacji wynika, że przepis ten umożliwia podatnikowi, który osiąga dochody z kwalifikowanych IP i opodatkowuje je preferencyjną 5% stawką podatku, korzystanie jednocześnie z odliczenia w ramach ulgi B+R. Przepis wprowadza możliwość odliczania kosztów uzyskania przychodów poniesionych na działalność B+R (kosztów kwalifikowanych) od dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, ustalonego zgodnie z art. 24d ust. 7 u.p.d.o.p. Odliczenie kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R możliwe będzie w stosunku do tych kosztów uzyskania przychodu, które są związane z danym kwalifikowanym IP, poniesionych na działalność badawczo-rozwojową, która doprowadziła do jego wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia.
Organ interpretacyjny podkreślił, że te same koszty kwalifikowane poniesione na działalność B+R nie mogą być rozliczone dwukrotnie, obniżając podstawę opodatkowania w obu kategoriach dochodów jednocześnie. Przeczy temu art. 18d ust. 5 u.p.d.o.p., zgodnie z którym: koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym.
Nie można również wykorzystać tych samych kosztów uzyskania przychodu do ustalenia podstawy opodatkowania przy obliczaniu dochodu w obu kategoriach jednocześnie (art. 18 ustawy o CIT). Podatnik musi zdecydować, czy koszty uzyskania przychodu były związane z osiągnięciem przychodu opodatkowanego na zasadach ogólnych, czy na podstawie preferencyjnej stawki IP Box.
Dyrektor zauważył również, że obowiązki ewidencyjne ciążące na podatnikach korzystających z preferencji IP Box (art. 24e u.p.d.o.p.) obligują podatnika do rozdzielania dochodów z poszczególnych kwalifikowanych IP na oddzielne "koszyki" i monitorowania ich osobno, w tym szczególnie na potrzeby rozliczania strat.
W przedstawionym przez Dyrektora podejściu związano dochód, w stosunku do którego można skorzystać z ulgi B+R, z tym do której kategorii dochodu przypisano w pierwszej kolejności koszty uzyskania przychodu (w których zawarte są koszty kwalifikowane ulgi B+R), co zdaniem organu interpretacyjnego jest logiczną konsekwencją obowiązujących dotychczas zasad. Jak wskazał DKIS ulga kosztowa, jaką jest ulga B+R, pozwala na dodatkowe odliczenie od podstawy opodatkowania raz już uwzględnionych w tej podstawie kosztów uzyskania przychodu. Sama jej konstrukcja zakłada więc konieczność uprzedniego zakwalifikowania kosztów kwalifikowanych jako kosztów uzyskania przychodu przy obliczeniu dochodu, którego ta ulga dotyczy. Co do zasady ulga B+R dotyczy możliwości odliczenia od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18 u.p.d.o.p., kosztów kwalifikowanych. Ustawodawca, wprowadzając regulacje dotyczące IP Box, wyraźnie wyłączył w art. 18 u.p.d.o.p., podstawę opodatkowania określoną w art. 24d u.p.d.o.p., tj. dochody dotyczące kwalifikowanych praw własności intelektualnej (art. 24d) zostały wyłączone z możliwości uwzględnienia ich przy ustaleniu podstawy opodatkowania na zasadach ogólnych.
Dyrektor na podstawie przedstawionego opisu sprawy nie zgodził się ze Spółką co do tego, że ma ona prawo do zastosowania preferencji IP Box, poprzez odliczenie od dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej uzyskanych począwszy od 2022 r. i w latach następnych, kosztów kwalifikowanych określonych wart. 18d ust. 2-3b, które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia tych praw, poniesionych przed 1 stycznia 2022 r.
Zwrócił uwagę, że Spółka w uzupełnieniu wniosku z 17 października 2024 r., wyjaśniła, iż ramach preferencji IP BOX zamierza odliczyć od dochodu kwalifikowanego prawa własności intelektualnej tylko te koszty kwalifikowane, które zostały już przez nią odliczone w ramach ulgi badawczo-rozwojowej. Dyrektor powołał się na art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p., który daje szczególne prawo do skorzystania z ulgi B+R w przypadku kosztów działalności B+R prowadzącej do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia kwalifikowanego IP oraz jednoczesnego opodatkowania kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanych IP preferencyjną stawką. Rozwiązanie to jednak nie pozwala na swobodne przenoszenie kosztów B+R związanych z IP (będących jednocześnie KUP związanym z IP) do kategorii kosztów uzyskania przychodów ujętych w kalkulacji dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Podatnik nie może dwukrotnie ująć tych samych kosztów uzyskania przychodów w ramach obliczania dochodu z dwóch różnych kategorii. Każdorazowo podatnik musi mieć na względzie, że aby wydatek można było uznać za koszt uzyskania przychodu, musi między tym wydatkiem a osiągnięciem przychodu istnieć związek przyczynowo-skutkowy. Wedle Dyrektora uwzględnienie kosztów kwalifikowanych w kalkulacji określonego dochodu (jako kosztów uzyskania przychodu), wyznacza dochód w ramach którego może zostać rozliczona ulga B+R związana z tymi kosztami kwalifikowanymi.
W świetle powyższego Dyrektor stwierdził, że stanowisko Spółki w zakresie pytania oznaczonego we wniosku nr 1 jest nieprawidłowe. Odnosząc się do pytań oznaczonych we wniosku nr 2 i 3 wskazał, że odpowiedzi na nie uzależnione była od odpowiedzi na pytanie nr 1. W związku z uznaniem, że wnioskodawczyni nie może zastosować preferencji IP Box, odpowiedź na pytania nr 2 i 3 stała się bezzasadna.
Spółka w skardze z 27 grudnia 2024 r. zarzuciła, że została ona wydana z naruszeniem art. 24d ust. 1 - 9a w zw. z art. 7 ust. 1 i 2, art. 18 ust. 1, art. 18d ust. 1, ust.2, ust. 2a, ust. 3, ust. 5 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych poprzez błędną wykładnię.
Strona skarżąca wniosła o: uchylenie wydanej interpretacji oraz zasądzenie na rzecz Spółki kosztów postępowania według norm przepisanych, rozpoznanie sprawy na rozprawie.
W uzasadnieniu skargi pełnomocnik Spółki wskazał, że nie można zgodzić się ze stanowiskiem Dyrektora, zgodnie z którym koszty kwalifikowane poniesione na działalność B + R ,,nie mogą być rozliczone dwukrotnie", czyli także w ramach IP BOX. Stanowisko jest błędne i stoi w sprzeczności z obowiązującymi przepisami prawa oraz orzecznictwem sądów administracyjnych, które jednoznacznie wskazują, że podatnicy mogą dokonywać odliczenia kosztów kwalifikowanych również od dochodów opodatkowanych w ramach preferencyjnego opodatkowania na zasadach IP Box.
Skarżący zwrócił uwagę, że inna jest konstrukcja ulgi B+R, inna ulgi IP BOX. Podniesiono, że Dyrektor nie dostrzegł, iż przepis art. 18d ust. 5 u.p.d.o.p. dotyczy podstawy opodatkowania ustalonej na zasadach ogólnych. Z przepisu wynika tylko tyle, że jeżeli wydatek został wcześniej odliczony od dochodu, to nie można go uwzględnić w ramach ulgi B+R. Zasady kształtowania tej podstawy opodatkowania są określone w przepisach poprzedzających. W świetle art. 7 ust. 1 i 2 u.p.d.o.p. podstawą opodatkowania jest suma dochodów w której nie uwzględnia się dochodu kwalifikowanego, o którym mowa w art. 24d ust.1 u.p.d.o.p. Kwalifikowany dochód, o którym mowa w art. 24d ust. 1 i n u.p.d.o.p. jest czym innym. Nie jest to dochód, lecz kwalifikowany dochód czyli taki, który pochodzi ze wskazanych w ustawie (kwalifikowanych) praw. Wysokość tego kwalifikowanego dochodu uzależniona jest od współczynnika nexus, który nie występuje w przypadku dochodu ustalanego na zasadach ogólnych. Strona powołała się na wyrok WSA w Rzeszowie z 26 lutego 2023, sygn. I SA/Rz 634/22, w którym wskazano na możliwość odliczenia kosztów kwalifikowanych od dochodów uzyskanych w ramach preferencyjnego opodatkowania na zasadach IP Box. W uzasadnieniu powołanego wyroku WSA wskazał, że ,,wzajemna relacja cytowanych przepisów art. 18 ust. 1, art. 18d ust. 1 i art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p., wyraża się w tym, że art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p. wprowadza wyjątek od nakazu odliczania kosztów kwalifikowanych wyłącznie od dochodów opodatkowanych na zasadach ogólnych. Podatnicy mogą obecnie dokonywać takiego odliczenia także od dochodów opodatkowanych w ramach preferencji IP Box. Skarżący wskazał, że wyjątki od reguły nie mogą być odczytywane rozszerzające (exceptiones non sunt extendendae). Dlatego też opisanego wyjątku nie wolno interpretować rozszerzające jako zakazu odliczania kosztów kwalifikowanych od dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych w przypadku, gdy "zwykłe" koszty zostały odliczone od dochodu opodatkowanego na zasadzie preferencji IP Box (por. wyrok WSA w Lublinie z 11 stycznia 2023 r., sygn. akt. I SA/Lu 534/22)".
W skardze powołano się na stanowisko wyrażone w wyroku NSA z 7 grudnia 2023 r., sygn. akt II FSK 696/23, w którym wskazano, że ulgi B+R oraz IP BOX to dwie różne, konstrukcyjnie odmienne instytucje prawa podatkowego. Zdaniem NSA ,,przepisy regulują dwie instytucje prawa podatkowego. Pierwsza z nich to element odliczeń, czyli ulgi w postaci odliczenia kosztów kwalifikowanych. Ustawodawca zdecydował, że koszty te pomniejszać będą podstawę opodatkowania, a nie dochód, jak to ma miejsce przykładowo w przypadku darowizn. IP BOX to z kolei nie jest konkurencyjne odliczenie od dochodu, bądź też od podstawy opodatkowania, tylko możliwość opodatkowania dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej preferencyjną stawką wynoszącą 5% podstawy opodatkowania". W skardze podkreślono, że NSA wyjaśnił, iż w podstawie opodatkowania uwzględnia się zatem co do zasady sumę dochodów z zysków kapitałowych oraz dochodów z innych źródeł (art. 7 ust. 1 u.p.d.o.p.). W podstawie tej nie uwzględnia się jednakże m.in. dochodów, o których mowa w art. 24d u.p.d.o.p. Strona skarżąca wywiodła, że tym samym art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p. należy rozumieć jako wyraźne uprawnienie podatników do rozliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi IP BOX także wówczas gdy zostały one rozliczone w ramach ulgi B+R.
Dyrektor w odpowiedzi na skargę udzielonej pismem z 24 stycznia 2025 r. wniósł o odrzucenie skargi, a w razie jej przyjęcia do merytorycznego rozpoznania o jej skargi podtrzymując przy tym swoje dotychczasowe stanowisko. Argumentując za odrzuceniem skargi DKIS wskazał, że pismo strony z 27 grudnia 2024 r. nazwane "skargą" nie spełnia wymogów jakie zgodnie z przepisami postępowania sądowoadministracyjnego cechować powinny skargę.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje.
Skarga wniesiona została na interpretację indywidualną przepisów prawa podatkowego, o jakiej mowa w art. 3 § 2 pkt 4a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tj. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 – dalej "p.p.s.a."), a zatem podlegała kontroli sądowej wykonywanej przez sądy administracyjne. Stosownie do art. 1 pkt 1 i 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) kontrola działalności administracji publicznej sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, z zastrzeżeniem przypadków w których ustawy stanowią inaczej.
Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a. Stosownie do treści art. 57a p.p.s.a. skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Przywołany powyżej art. 57a p.p.s.a. stanowi odstępstwo od reguły wyrażonej w art. 134 § 1 tej samej ustawy, który to przewiduje że sąd przy rozpoznaniu skargi nie jest związany zarzutami i wnioskami oraz powołaną w niej podstawą prawną. W praktyce orzeczniczej wskazuje się, że rozpoznając skargę na interpretację indywidulaną, sąd nie może poszukiwać i uwzględnić innych naruszeń prawa aniżeli zostały wskazane w skardze (por. wyrok NSA z 27 stycznia 2023 r. sygn. akt I FSK 2021/19, wyrok WSA w Gliwicach z 4 kwietnia 2022 r. sygn. akt I SA/Gl 136/22 - powołane orzeczenia dostępne poprzez Centralną Bazę Orzeczeń Sądów Administracyjnych).
Na wstępie Sąd wyjaśnia, że zawodowy pełnomocnik Spółki skierował drogą elektroniczną (EPUAP) za pośrednictwem organu pismo zatytułowane: "Skarga na interpretację indywidualną P Sp. z o.o.". Do pisma tego nie dodano załączników pomimo powołania się na takowe w jego treści.
Zaznaczyć należy, że rachunek bankowy prowadzony dla WSA w Gliwicach został 20 grudnia 2024 r. uznany na kwotę odpowiadającą wpisowi od skargi na interpretację indywidualną. Uznanie nastąpiło kosztem rachunku bankowego Skarżącej (akta sądowe k. 21).
Sąd pismem z 3 lutego 2025 r. wezwał pełnomocnika strony Skarżącej do usunięcia braków formalnych skargi poprzez: podpisanie skargi; podanie siedziby, adresu i nr KRS strony skarżącej, złożenie pełnomocnictwa z którego wynikałoby umocowanie do działania imieniem strony w postępowaniu, złożenie dokumentu lub jego odpisu wykazującego umocowanie do działania w imieniu strony skarżącej i określającego sposób jej reprezentacji (np. odpis KRS); sformułowanie i wskazanie podstawy prawnej zarzutu, na którym oparto skargę (zarzutu naruszenia przepisów postępowania, dopuszczenia się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego).
Pełnomocnik strony skarżącej w terminie wynikającym z wezwania usunął braki formalne skargi (akta sądowe k. 22, 24-38).
Sąd zwraca uwagę, że w art. 45 ust. 1 Konstytucji RP zagwarantowano prawo jednostki do sądu, a zatem do rozpatrzenia sprawy bez nieuzasadnionej zwłoki przez właściwy, niezależny, bezstronny i niezawisły sąd. Prawo to ma swoje umocowanie również w przepisach rangi międzynarodowej tj. art. 6 ust. 1 Konwencji o Ochronie Praw Człowieka I Podstawowych Wolności sporządzonej w Rzymie z 4 listopada 1950 r., (Dz. U. z 1993 r. Nr 61, poz. 284 ze. zm.) i prawie wspólnotowym współtworzącym polski porządek prawny – art. 47 Karty praw podstawowych Unii Europejskiej (Dz. U. UE. C. z 2007 r. Nr 303, str. 1 ze. zm.). Zastrzec należy, że prawo do sądu nie ma charakteru bezwzględnego i bezwarunkowego, co podkreśla się w orzecznictwie sądów administracyjnych. Przysługujące jednostce prawo do sądu nie zwalnia jej z konieczności zachowania aktywnej postawy, a także dochowania wynikającym z przepisów postępowania wymogom formalnym, czy fiskalnym.
Należy również wskazać, że w powołany art. 57a p.p.s.a. ustanowiono dodatkowy charakterystyczny dla skarg na pisemne interpretacje indywidualne przepisów prawa podatkowego wymóg zamieszczenia w niej zarzutu naruszenia prawa procesowego lub materialnego oraz określić formę tego naruszenia. Brak tego elementu skargi podlega usunięciu w trybie art. 49 p.p.s.a. (por. A. Kabat w: B. Dauter, M. Niezgódka-Medek, A. Kabat, Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, wyd. IX, Warszawa 2024, s. 252). Jednocześnie dopuszczalne jest formułowanie prawidłowych zarzutów do czasu rozstrzygnięcia sprawy przez sąd, zarówno w kolejnych pismach procesowych, jak i ustnie do protokołu (por. wyroki NSA z 3 grudnia 2020 r. sygn. akt II FSK 2034/18, z 15 czerwca 2023 r., sygn. akt II FSK 41/21).
W niniejszej sprawie Sąd mając na względzie powołane wartości konstytucyjne, sposób zakwalifikowania pisma strony w wezwaniu, a także wezwanie do usunięcia braków skargi na interpretację indywidualną przepisów prawa podatkowego w zakresie niewskazania w niej zarzutu naruszenia prawa za celowe uznał wezwanie pełnomocnika procesowego Spółki do usunięcia opisanych powyżej braków. W świetle całokształtu okoliczności sprawy nie budziło wątpliwości Sądu, że pismo strony wniesione 27 grudnia 2024 r. pomimo szczątkowej treści stanowiło skargę na interpretację indywidualną skierowaną do Spółki. Negatywna ocena sposobu prowadzenia sprawy przez profesjonalnego pełnomocnika strony skarżącej, jaka została zaprezentowana w trakcie rozprawy przez pełnomocniczkę organu interpretacyjnego pozostaje bez wpływu na ocenę znaczenia procesowego omawianego pisma. Wobec usunięcia, na wezwanie Sądu, mankamentów skargi w terminie 7 dni, skargę jako pozbawioną wad formalnych i opłaconą należało przyjąć do rozpoznania.
Przechodząc do istoty sprawy zauważyć należy, że sprowadza się ona do tego, czy spółka jako podatnik podatku dochodowego od osób prawnych miała możliwość wykorzystania kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R już odliczonych od dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych, do odliczenia ulgi B+R przy opodatkowaniu dochodów kwalifikowanych opodatkowanych w reżimie IP BOX.
Zgodnie z art. 18d ust. 1 u.p.d.o.p. podatnik uzyskujący przychody inne niż przychody z zysków kapitałowych odlicza od podstawy opodatkowania, ustalonej zgodnie z art. 18, koszty uzyskania przychodów poniesione na działalność badawczo-rozwojową, zwane dalej "kosztami kwalifikowanymi". Kwota odliczenia nie może w roku podatkowym przekraczać kwoty dochodu uzyskanego przez podatnika z przychodów innych niż przychody z zysków kapitałowych (ulga B+R).
Przepis art. 18 ust. 1 u.p.d.o.p stanowi, że podstawę opodatkowania, z zastrzeżeniem art. 21, art. 22, art. 24a, art. 24b, art. 24d i art. 24f, stanowi dochód ustalony zgodnie z art. 7 albo art. 7a, pomniejszony o stosowne odliczenia.
Zgodnie z art. 24d ust. 1 u.p.d.o.p. podatek od osiągniętego przez podatnika kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej wynosi 5% podstawy opodatkowania (opodatkowanie IP BOX). W poczet dochodów z kwalifikowanych prawami własności intelektualnej zaliczają się m.in. dochody uzyskiwanie z patentu (art. 24d ust. 1 pkt 1 u.p.d.o.p.).
W art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p. wprost wskazano, że od dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej podatnik może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 18d ust. 2-3b (a zatem składające się na ulgę B+R), a które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa (prawa kwalifikowanego do IP BOX), przy czym przepisy art. 18d ust. 1 zdanie drugie i ust. 3c-9 stosuje się odpowiednio.
Wśród przepisów, do których odsyła art. 24d ust. 9a u.p.p.d.a. znajduje się art. 18d ust. 5 u.p.d.o.p., w myśl którego koszty kwalifikowane podlegają odliczeniu, jeżeli nie zostały podatnikowi zwrócone w jakiejkolwiek formie lub nie zostały odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym. Ostatni z przytoczonych przepisów wprowadza zatem ograniczenie w odliczaniu kosztów kwalifikowanych B+R od podstawy opodatkowania wykluczając taką możliwość jeżeli doszło już do ich odliczenia od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym. Poprzez zwrot ustawowy "odliczenie od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym" należy rozumieć odliczenie danych kosztów kwalifikowanych od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym niezależnie od przyjętego na tle ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych sposobu opodatkowania dochodu. Jeżeli zatem podatnik odliczył dane koszty kwalifikowane od podstawy opodatkowania obliczanej według zasad ogólnych, to traci możliwość wykorzystania tych kosztów kwalifikowanych przy szczególnym sposobie opodatkowania IP BOX.
Rekonstruując normę podatkową na potrzeby opodatkowania IP BOX można zatem stwierdzić, że stosownie do art. 24d ust. 1, art. 24d ust. 9a w zw. z art. 18d ust. 5 u.p.d.o.p. podatnik opodatkowujący dochody z kwalifikowanych praw własności intelektualnych wedle reguł określonych art. 24d-e u.p.d.o.p. może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 18d ust. 2-3b u.p.d.o.p., o ile doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa i nie zostały już odliczone od podstawy opodatkowania podatkiem dochodowym. Niedopuszczalne jest w ocenie Sądu "podwójne" skonsumowanie w ramach ulgi B+R tych samych kosztów kwalifikowanych, raz odliczanych od podstawy opodatkowaniu przy opodatkowaniu dochodu na zasadach ogólnych i ponownie odliczanych od podstawy opodatkowania przy opodatkowaniu dochodów w reżimie IP-BOX stawką 5%.
Podkreślenia wymaga, że Spółka przedstawiając opis stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego, na tle którego wydana została interpretacja wprost podała, iż koszty kwalifikowane w związku z którymi zadała pytanie odliczyła, odlicza i będzie odliczała równocześnie od dochodu ustalanego wg zasad ogólnych - zgodnie z dyspozycją art. 18d ust. 1 u.d.o.p. (odpowiedź na pytania 8 i 9 z wezwania organu interpretacyjnego do uzupełnienia opisu stanu faktycznego). Skarżąca jednoznacznie wskazała na zamiar odliczenia kosztów kwalifikowanych od dochodu do opodatkowania na zasadach ogólnych, a nie tylko ujęcia ich pośród kosztów uzyskania przychodu w ramach dochodu opodatkowanego na zasadach ogólnych. Na tle opisu stanu faktycznego w jakim DKIS wydał zaskarżoną interpretację indywidualna przedstawiona w niej negatywna odpowiedź na pytania Spółki okazała się poprawna.
Należy zaznaczyć, że organ interpretacyjny wyraźnie wskazał, że art. 24d ust. 9a u.p.d.o.p. umożliwia korzystanie podatnikowi uzyskującemu dochody z praw kwalifikowanych (art. 24d ust. 7 u.p.d.o.p.) z ulgi polegającej na odliczeniu od podstawy opodatkowania kosztów kwalifikowanych z art. 18d ust. 2-3b u.p.d.o.p. Nie jest sporne pomiędzy stronami, że Spółka mogła korzystać z odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach zasad ogólnych, nie jest też sporne że mogła korzystać z odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach opodatkowania IP BOX, ale kwestionowane było to, że te same koszty kwalifikowane mogła równocześnie identyfikować jako dające podstawę do odliczenia od podstawy opodatkowania podatkiem obliczanym na zasadach ogólnych oraz od podstawy opodatkowania obliczanej na potrzeby IP BOX. W orzeczeniach powoływanych przez stronę skarżącą problem dotyczył przede wszystkim odmowy przez organ interpretacyjny kosztów kwalifikowanych, z uwagi na ich zaliczenie do kosztów uzyskania przychodu w danej kategorii dochodu.
W obliczu zarzutu skargi i przedstawionej w niej argumentacji istotne jest, że DKIS dostrzega różnicę pomiędzy odliczeniem kosztów B+R jako stanowiących koszty uzyskania przychodu, czyli będących elementem kalkulacji dochodu do opodatkowania (art. 7 ust. 1, art. 24d ust. 4 u.p.d.o.p.), a odliczeniem tych samych kosztów jako podlegających odliczeniu od podstawy opodatkowania. Odróżnia również ulgę B+R (art. 18b u.p.d.o.p.) od sposobu opodatkowania IP-BOX (art. 24d-e u.p.d.o.p.). Jednocześnie jednak wadliwie wskazał organ interpretacyjny, że warunkiem odliczenia kosztów kwalifikowanych w ramach ulgi B+R od podstawy opodatkowania dochodu w ramach IP-BOX, było powiązanie ich przychodem składającym się dochód podlegający opodatkowaniu w ten sposób i wyłączeniem tym samym spośród kosztów uzyskania przychodu w ramach dochodów podlegających opodatkowaniu podatkiem na zasadach ogólnych. Warunkiem do skorzystania z ulgi B+R jest poniesienie kosztów kwalifikowanych na doprowadzenie do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika prawa kwalifikowanego (art. 24b ust. 9a u.p.d.o.p.). Z przepisów ustawy podatkowej nie wynika, aby konieczne było zaliczenie kosztów kwalifikowanych wyłącznie do kosztów uzyskania przychodu w ramach tego dochodu opodatkowanego w którym dochodzi do wykorzystania ulgi B+R (por. wyroki NSA z 29 września 2021 r., sygn. akt II FSK 752/21, z 7 grudnia 2023 r. II FSK 696/23).
W tym stanie skarga okazała się bezzasadna, wobec czego na podstawie art. 151 p.p.s.a. należało ją oddalić.