Rozwijając zarzuty skargi Spółka podniosła, że zgodnie z art. 78 § 1 o.p. nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art 56 § 1 o.p., pobieranych od zaległości podatkowych". Ww. przepis sam nie wprowadza dodatkowych warunków lak również nie referuje do innych przepisów, zawierających dodatkowe warunki dla oprocentowania nadpłat. Przepis art. 78 § 1 o.p. nie zawiera sformułowania "Nadpłaty powstałe w sytuacjach lub o których mowa w art. 78 § 3". Gdyby ustawodawca chciał wprowadzić dodatkowe warunki, to dałby temu wyraźny wyraz w treści przepisów. Skoro takie warunki nie zostały wyraźnie wskazane bezpośrednio w samym art. 78 § 1 lub poprzez referencję do innych przepisów (w szczególności do § 3), to interpretując ww. przepisy nie można dokonywać ich wykładni zawężającej poprzez wprowadzenie dodatkowych ograniczeń, ani uznawać kolejnych jednostek redakcyjnych (do których nie odsyła § 1), jako wprowadzających dodatkowe wymogi, ale należy je interpretować w tej sytuacji jako wyjątki od zasady określonej w § 1. Przepis art. 78 § 1 o.p. jest jasny i nie budzi wątpliwości Skarżącej. Przepis ten ustanawia ogólną zasadę, a więc że (każda) nadpłata podlega oprocentowaniu, a że § 1 nie wprowadza ograniczeń co do okresu, to zasadą jest że oprocentowanie jest za cały okres kiedy nadpłata występuje, chyba że kolejne przepisy szczególne wprowadzają w tym zakresie wyjątki. W ocenie Spółki art. 78 § 1 o.p. powinien być interpretowany literalnie, a nie zawężająco. Jeśli natomiast organ interpretujący ma wątpliwości, to powinien zastosować regułę, zgodnie z którą prawo należy interpretować przeciwko temu, kto powinien mówić jaśniej.
Spółka argumentowała, że interpretacja DIAS nie jest poprawna, gdyż podstawą prawną oprocentowania jest art. 78 § 1 o.p. Przepis art. 78 § 3 o.p. dotyczy natomiast określenia szczególnych okresów oprocentowania i wskazuje jedynie na te sytuacje, w których okres liczenia oprocentowanie należy kalkulować w określony sposób, odmienny od standardowego (czyli gdy oprocentowanie jest należne za nieco inaczej liczony okres niż po prostu za cały okres nadpłaty - od dnia powstania nadpłaty do dnia jej zwrotu).
Dokonując wykładni art. 78 § 1 i § 3 o.p., nie można pomijać zasad wykładni systemowej, według której jednostki redakcyjne ustanawiające zasady poprzedzają jednostki wprowadzające wyjątki. Taką relację należy też dostrzegać właśnie w usytuowaniu § 1 i § 3 (a także § 2) Ordynacji podatkowej. Pierwszy z tych przepisów (§ 1) wprowadza zatem ogólną zasadę, że nadpłaty podlegają oprocentowaniu (a przy okazji wskazuje w jakiej wysokości to oprocentowanie przysługuje), a kolejne z nich (§ 2 i § 3) wprowadzają wyjątki od tej zasady, że oprocentowanie należne jest zawsze i w pełnej wysokości. Strona podniosła, że gdyby celem art. 78 § 1 o.p. było jedynie określenie wysokości oprocentowania, to: Po pierwsze przepis ten nie powinien znajdować się "nad" § 3, ale powinien znajdować się w osobnym artykule, niż artykuł regulujący przypadki kiedy oprocentowanie jest należne; Po drugie, i chyba nawet ważniejsze, przepis ten brzmiały inaczej, gdyż brzmiałby "Oprocentowanie nadpłat jest równe wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 56 § 1, pobieranych od zaległości podatkowych.". Tymczasem przepis ten w pierwszej swoje części posługuje się czasownikiem "podlegać", więc w pierwszej części wskazuje na zasadę, że (każda - z wyjątkami o których mowa dalej w art. 78) nadpłata podlega oprocentowaniu (w pełnym zakresie).
Spółka powołała się na wyrok WSA w Gorzowie Wielkopolskim z 5 czerwca 2025 r. sygn. akt I SA/Go 102/25 (, w którym wyjaśniono że "Pomimo więc braku wyraźnego odniesienia w art. 77 Ordynacji podatkowej do art. 97 ust. 1 ustawy o DRM (ustawy z 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawieraniu uprzednich porozumień cenowych – wyjaśnienie WSA w Gliwicach), to na zasadzie art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej oraz analogii legis, zasadnym jest zrekompensowanie Skarżącej czasu, w którym jej środki pieniężne były nienależnie dysponowane przez budżet państwa, tj. od momentu powstania nadpłaty związanej z wszczęciem procedury APA do chwili wydania decyzji potwierdzającej rynkowy charakter rozliczeń między podmiotami powiązanymi. Całokształt sprawy pozwala także na stwierdzenie, że organy podatkowe odmawiając stronie prawa do oprocentowania z wynikłej różnicy w rozliczeniu podatkowym naruszyły zasadę proporcjonalności. W orzecznictwie sądów administracyjnych wielokrotnie wyjaśniano w kontekście prawa wspólnotowego i krajowego, czym jest ta zasada i jak powinna być stosowana.". Spółka powołała się również na zdanie NSA wyrażone w wyrokach z 5 października 2021 r., sygn. akt II FSK 408/19 oraz II FSK 409/19, zgodnie z którym "przepis art. 78 § 1 Ordynacji podatkowej należy rozumieć jako wskazujący na to, że oprocentowaniu podlegają wszystkie nadpłaty, a nie tylko te, które zostały wskazane w § 3 art. 78 Ordynacji podatkowej."
Strona podniosła, że DIAS naruszył art. 120, art. 121 § 1 i 2, art. 122 oraz art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p., gdyż dokonał zawężającej wykładni przepisu art. 78 § 1 o.p. i niezasadnie w sprawie Spółki odniósł się do art. 78 § 3 o.p, a także nie uwzględnił wytycznych, wynikających z dorobku orzecznictwa unijnego w sprawach odszkodowań z tytułu straty spowodowanej nienależną zapłatą podatku, czym spowodował, że w ocenie skarżącej naruszył ww. przepisy.
Strona podniosła, że z zasady prowspólnotowej wykładni prawa krajowego wynika, by wszelkie przepisy prawa krajowego były interpretowane z uwzględnieniem treści przepisów prawa Unii Europejskiej. W ocenie Spółki przejawiało się to w tym, że przy dokonywaniu interpretacji art. 78 § 1 o.p. DIAS nie wziął pod uwagę powoływanego przez nią art. 17 KKP oraz orzecznictwa TSUE.
Zaakcentowano, że strona w postępowaniu podatkowym powoływała się na to, że Trybunał Sprawiedliwości w wyroku z 18 kwietnia 2013 roku w sprawie C-565/11 (pkt 29) wskazał, że zasada skuteczności wymaga, by w sytuacji zwrotu podatku pobranego przez państwo członkowskie z naruszeniem prawa Unii krajowe przepisy dotyczące między innymi obliczania ewentualnie należnych odsetek nie skutkowały pozbawieniem podatnika stosownego odszkodowania z tytułu straty spowodowanej nienależną zapłatą podatku. Wspomniana strata zależy bowiem w szczególności od czasu trwania niedostępności kwoty nienależnie zapłaconej z naruszeniem prawa Unii i zachodzi co do zasady w okresie między dniem nienależnej zapłaty spornego podatku a dniem jego zwrotu. Wskazano, że w wyroku z dnia 8 czerwca 2023 r. w sprawie C-322/22 Trybunał Sprawiedliwości podkreślił, iż zasady wypłaty odsetek nie powinny prowadzić do pozbawienia podmiotu podlegającego władztwu administracyjnemu stosownego odszkodowania z tytułu straty, jaką on poniósł, co zakłada w szczególności, że wypłacone na jego rzecz odsetki obejmują cały okres od dnia, w którym zapłacił on daną kwotę pieniężną, do dnia, w którym została ona mu zwrócona, także w innych wyrokach Trybunał orzekł, że w przypadku gdy państwo członkowskie pobrało podatki z naruszeniem przepisów prawa Unii, podmiotom prawa przysługuje uprawnienie do zwrotu nie tylko nienależnie pobranego podatku, lecz także kwot zapłaconych na rzecz tego państwa lub zatrzymanych przez to państwo w bezpośrednim związku z tym podatkiem.
Dotyczy to również strat spowodowanych utratą możliwości dysponowania środkami finansowymi (wyroki: z 8 marca 2001 r. w sprawach połączonych C-397/98 i C-410/98 Metallgesellschaft i in., Rec. s. 1-1727, pkt 87-89; z 12 grudnia 2006 r. w sprawie C-446/04 Test Claimants in the Fil Group Litigation, Zb.Orz. s. i-11753, pkt 205; ww. wyrok w sprawie Littlewoods Retail i in., pkt 25; a także wyrok z 27 września 2012 r. w sprawach połączonych C-113/10, C-147/10 i C-234/10 Zückerfabrik Julich i in., dotychczas nieopublikowany w Zbiorze, pkt 65).
W ocenie skarżącej w sprawie, będącej przedmiotem skargi, doszło do sytuacji, w której organ podatkowy doprowadził do wyegzekwowania nieistniejącego od 1 stycznia 2024 r., a zatem fikcyjnego zobowiązania podatkowego, co oznacza, że działanie to było sprzeczne z prawem własności, o którym mowa w art. 17 KPP. Skoro natomiast zobowiązanie nie istniało wskutek jego przedawnienia, a mimo wszystko organ podatkowy w tym czasie dalej dążył do wyegzekwowania przedawnionego podatku, to oznacza ponosi on winę za powstanie nadpłaty, gdyż obiektywnie po upływie terminu przedawnienia, organy nie były uprawnione do prowadzenia egzekucji zobowiązania podatkowego, gdyż te już nie istniało.
Spółka podkreśliła, że oprocentowanie ma charakter kompensacyjny oraz że organ podatkowy który doprowadził do powstania nadpłaty (wyegzekwował pieniądze po terminie przedawnienia), wykorzystał przepisy do pozornego przerwania biegu przedawnienia. Jej zdaniem skoro organ podatkowy działał instrumentalnie (co zostało przesądzone) to znaczy, że powinien zrekompensować skarżącej poniesioną przez nią stratę. Organ podatkowy nie może odnieść korzyści w postaci darmowego, bezprawnego obracania środkami pieniężnymi (będącymi własnością Spółki) przez ponad rok. Spółka wskazała na wyrażone w uchwale składu 7 sędziów NSA z 26 lutego 2018 roku o sygn. I FPS 5/17 zdanie w myśl, którego "nie do pogodzenia z zasadą państwa prawa, wyrażoną w art. 2 Konstytucji RP, jest sytuacja, gdy naruszenie prawa przez organy państwa (...) powodowałoby konsekwencje korzystne dla państwa (...), a niekorzystne dla podatnika".
W kontekście stwierdzonego instrumentalnego działania organów podatkowych Spółka zwróciła uwagę, że gdyby całościowo przeanalizować sposób działania organu podatkowego w sprawie p.t.u. za wrzesień 2018 roku (tj. postępowania prowadzone od 2023 roku do teraz), to można skonkludować, że gdyby Spółka nie otrzymała oprocentowania od bezprawnie przetrzymywanych przez organ podatkowy środków pieniężnych, to stanowiłoby to wyraz akceptacji działań, które zasługują na krytykę jako takie, które nie powinny mieć miejsca w państwie prawa. Strona nawiązała do zasady praworządności uregulowanej w art. 7 Konstytucji RP i mającą swoje odzwierciedlenie w art. 120 o.p.) podnosząc, że działania organów podatkowych powinny mieć oparcie w przepisach prawa.
Dyrektor w odpowiedzi na skargę Spółki udzielonej pismem z 25 września 2025 r. wniósł o jej oddalenie. Organ odwoławczy wskazał, że nadpłata powstała w wyniku wyegzekwowania podatku po upływie okresu przedawniania nie mieści się, w żadnej z kategorii nadpłat, których zwrot rodzi obowiązek naliczania oprocentowania określony w przepisach Ordynacji podatkowej. Zwrot kwot wpłaconych w styczniu 2024 r. został dokonany zasadnie bez oprocentowania. Nie doszło do naruszenia wskazanych w skardze przepisów prawa, tj. art. 78 § 1 i § 3 w związku z art. 72 § 1 pkt 1 i art. 73 § 1 pkt 1 o.p., z uwagi na ich nieprawidłową interpretację i nieprawidłowe zastosowanie w przedmiotowej sprawie. Zdaniem DIAS subiektywne przeświadczenie o słuszności twierdzeń Skarżącej o należnym jej oprocentowaniu jest niewystarczające, wobec tego że w obowiązujących przepisach nie dawały podstawy prawnej do wypłaty oprocentowania od zwróconej nadpłaty. Organ odwoławczy zaznaczył, że podane przez skarżącą przepisy art. 2 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej oraz art. 17 KPP w związku z art. 6 TFUE nie mogą być w tym przypadku uważane za dodatkową, niezależną od przepisów podatkowych i samoistną podstawę prawną do wypłaty oprocentowania od zwróconej nadpłaty. Dyrektor podkreślił, że WSA w Gliwicach dopiero 25 września 2024 r. wydał wyrok o sygn. akt I SA/GI 179/24, w którym m.in. uznał, że bieg terminu przedawnienia zobowiązania za wrzesień 2018 r. nie został skutecznie zawieszony, gdyż w jego ocenie wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało instrumentalny charakter, a zobowiązanie przedawniło się 1 stycznia 2024 roku. Natomiast Naczelnik już 5 stycznia 2024 r. wystawił tytuł wykonawczy na podstawie ostatecznej decyzji. Dochodzona należność była wymagalna a jej wyegzekwowanie było zgodne z obowiązującymi przepisami.
W piśmie z 13 kwietnia 2026 r. Spółka przedstawiła podsumowanie prezentowanego przez nią stanowiska. Strona skarżącą powołała się na wyroki NSA z 4 marca 2026 r. sygn. akt II FSK 1022/25, II FSK 1332/25 oddalające skargi na przytaczane przez nią wcześniej orzeczenia WSA w Gorzowie Wielkopolskim z 5 stycznia 2025 r. sygn. akt I SA/Go 97/25 oraz I SA/Go 101/25. Z powyższego Spółka wywiodła, że słuszność jej zapatrywania na oprocentowanie nadpłaty powstałej w wyniku ściągnięcia przez organy podatkowe przedawnionych zobowiązań podatkowych ma potwierdzenie w wyrokach NSA.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje.
Skarga wniesiona została na decyzję wymienioną w art. 3 § 2 pkt 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 134 – dalej: "p.p.s.a.") podlegającą kontroli sprawowanej przez właściwy sąd administracyjny. Wspomniana kontrola wykonywana jest pod względem zgodności z prawem poddanych jej działań administracji publicznej – art. 1 § 1 i 2 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267 ze zm.).
Stosownie do art. 134 § 1 p.p.s.a. rozpoznając skargę sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a. (skarga na interpretację indywidualną przepisów prawa podatkowego).
Okoliczności faktyczne sprawy są niekwestionowane. Przesadzone i niesporne pomiędzy stronami jest to, że: zobowiązanie podatkowe z tytułu p.t.u. za wrzesień 2018 r. zostało prawidłowo określone przez organy podatkowe; zobowiązanie to wygasło wraz z dniem 31 grudnia 2023 r.; organy podatkowy w części uzyskały środki na pokrycie tego zobowiązania po dniu w jakim uległo ono przedawnieniu. Nie budzi również zastrzeżeń stron, że wspomniane środki zostały zwrócone bez ich oprocentowania w kwotach w jakich zostały przeznaczone na wygaszenie zaległości podatkowej (zobowiązania podatkowego wraz z odsetkami za zwłokę).
Spór dotyczy natomiast następstw prawnych ww. okoliczności, a mianowicie tego czy Podatniczce przysługuje prawo do oprocentowania nadpłaty za okres w jakim organy podatkowe dysponowały pieniędzmi uzyskanymi na poczet zobowiązania podatkowego, które istniało w dochodzonej kwocie lecz przed uzyskaniem środków od Podatniczki wygasło na skutek przedawnienia. Strona skarżąca powołuje się na literalne brzmienie art. 78 § 1 o.p. z którego wywodzi zasadę, że nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę. Strona wskazuje na względy natury słusznościowej przemawiające, za tym aby oprocentowanie nadpłaty kompensowało nieuzasadnione i zawinione przez organy podatkowe czasowe pozbawienie jej majątku.
W przeciwieństwie do strony skarżącej organy podatkowe uważają, że z art. 78 § 1 o.p. nie wynika ogólna zasada oprocentowania nadpłaty. Organy podatkowe opierają się na wypracowanej w orzecznictwie wykładni, zgodnie z którą oprocentowanie nadpłaty w wysokości wskazanej w art. 78 § 1 o.p. przysługuje w wyłącznie w przypadkach wyliczonych w art. 78 § 3 o.p. Skoro natomiast w zawartym tym ostatnim przepisie katalogu okoliczności, w których przysługuje oprocentowanie nie wymieniono zdarzenia odpowiadającego sytuacji występującej w niniejszej sprawie, to według organów podatkowych w świetle obowiązującej regulacji oprocentowanie nadpłaty jest Spółce nienależne. Organy podatkowe akcentują, że nadpłata nie powstała w wyniku uchylenia decyzji (art. 77 § 1 pkt 1 o.p.), która w zakresie wymiaru zobowiązania podatkowego została zaaprobowana przez Sąd, lecz w następstwie wykonania decyzji co z kolei nastąpiło po tym jak prawidłowo wymierzone zobowiązanie podatkowe uległo przedawnieniu.
Problem występujący w sprawie ogniskuje się na wykładni przepisów normujących oprocentowanie nadpłaty stąd należy przytoczyć ich treść. Stosownie do art. 78 § 1 o.p. nadpłaty podlegają oprocentowaniu w wysokości równej wysokości odsetek za zwłokę, o których mowa w art. 56 § 1 o.p., pobieranych od zaległości podatkowych. Zgodnie z art. 78 § 3 o.p. oprocentowanie przysługuje:
Pkt 1 w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 1 i 3 - od dnia powstania nadpłaty, a jeżeli organ podatkowy nie przyczynił się do powstania przesłanki zmiany lub uchylenia decyzji, a nadpłata nie została zwrócona w terminie - od dnia wydania decyzji o zmianie lub uchyleniu decyzji;
Pkt 3) w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 2 (decyzja stwierdzająca nadpłatę lub określająca wysokość nadpłaty) i pkt 6 (wniosek o stwierdzenie nadpłaty wraz korektą) - od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze skorygowanym zeznaniem (deklaracją):
a) jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 30 dni od dnia wydania decyzji stwierdzającej nadpłatę,
b) jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana w terminie 2 miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent,
c) jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6, chyba że do opóźnienia w zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent;
Pkt 4) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 1 pkt 5 (nadpłata z deklaracji) i § 2 pkt 2 i 3 (nadpłata z zeznania rocznego PIT, sprzeciw przy korekcie z urzędu w ramach czynności sprawdzających) - od dnia powstania nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 3 miesięcy od dnia złożenia zeznania lub deklaracji, o których mowa w art. 73 § 2 pkt 1-3, lub od dnia skorygowania zeznania lub deklaracji w trybie art. 274 lub art. 274a;
Pkt 4a) w przypadkach przewidzianych w art. 77 § 1 pkt 5a i § 2 pkt 1 - od dnia powstania nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie 45 dni od dnia złożenia zeznania, o którym mowa w art. 73 § 2 pkt 1, lub od dnia skorygowania zeznania w trybie art. 274 lub art. 274a.
Pkt 6) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 2a pkt 1 - od dnia wszczęcia lub przejęcia postępowań określonych w art. 119g § 1 pkt 3, jeżeli decyzja stwierdzająca nadpłatę nie została wydana albo nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w tym przepisie, chyba że do opóźnienia w wydaniu decyzji albo zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent;
Pkt 7) w przypadku przewidzianym w art. 77 § 2a pkt 2 (postępowanie w sprawie unikania opodatkowania)- od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli nadpłata nie została zwrócona w terminie, o którym mowa w tym przepisie, chyba że do opóźnienia w zwrocie nadpłaty przyczynił się podatnik, płatnik lub inkasent.
W orzecznictwie sądów administracyjnych oraz literaturze formułuje się pogląd, w myśl którego oprocentowanie nadpłaty przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach. Katalog przypadków, w których przysługuje oprocentowanie nadpłaty zawarty jest w art. 78 § 3 o.p. Z art. 78 § 1 o.p. nie można odczytywać w oderwaniu od pozostałych unormowań dotyczących oprocentowania nadpłat, które poprzez wyliczenie przypadków naliczania oprocentowania, przesądzają w istocie, czy w danym stanie faktycznym oprocentowanie nadpłaty będzie należne, czy też nie. W szczególności przepisu art. 78 § 1 o.p. nie można postrzegać jako zawierającego bezwzględny obowiązek (faktycznego) naliczenia oprocentowania od nadpłaty podatku w każdym przypadku jej powstania. Oprocentowanie nadpłaty nie występuje, gdy nadpłata nie wynika z decyzji określającej lub wymiarowej. Oprocentowanie innych nadpłat oraz okres ich oprocentowania zostały uzależnione od zaistnienia określonych przesłanek. Oprocentowanie nadpłaty nie jest zasadą, tylko wyjątkiem (por. m.in. wyrok NSA z 16 lipca 2024 r. sygn. akt II FSK 1271/21 – powołane orzeczenia dostępne poprzez Centralną Bazę Orzeczeń Sądów Administracyjnych, w tym tonie J. Rudowski w: S. Babiarz, B. Dauter, W. Gurba, R. Hauser, A. Kabat, M. Niezgódka-Medek, A. Olesińska, Ordynacja podatkowa. Komentarz, Warszawa 2024 r., s. 623-624). Przedstawione zapatrywanie dominuje w orzecznictwie sądów administracyjnych stojącym na stanowisku, że sam fakt czasowego dysponowania przez organy podatkowe środkami nienależnymi (występowania nadpłaty) nie stanowi podstawy do wypłaty oprocentowania za okres przetrzymywania środków.
Odnotowania wymaga również stanowisko odmienne wyrażone w wyroku NSA z 5 października 2021 r. sygn. akt II FSK 408/19 (oraz w powołanych tamże orzeczeniach), w którym to skład rozpoznający sprawę, wyraził pogląd, że przepis art. 78 § 1 o.p. należy rozumieć jako wskazujący na to, że oprocentowaniu podlegają wszystkie nadpłaty, a nie tylko te, które zostały wskazane w § 3 art. 78 o.p. W art. 78 § 3 o.p. wskazano te przypadki oprocentowania nadpłat, które określają inny termin początkowy naliczania oprocentowania niż data powstania nadpłaty (art. 73 § 1 pkt 1 o.p.). Wyjaśnić należy w tym miejscu, że teza wyroku sygn. akt I FSK 408/19 została sformułowana na tle art. 78 § 1 - § 3 o.p. w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2016 r., a sądowa wykładnia przepisu art. 78 § 1 -3 w brzmieniu obowiązującym od 1 stycznia 2016 r. obrała kierunek odmienny (por. NSA w wyroku z 25 października 2025 r. sygn. akt II FSK 910/25).
W judykaturze dostrzega się, że obowiązująca regulacja kwestii oprocentowania nadpłaty jest niedoskonała. Widoczne jest to zwłaszcza w sprawach dotyczących oprocentowania nadpłat powstałych w następstwie zastosowania się przez podatnika do indywidualnej interpretacji przepisów prawa podatkowego, która następnie została uchylona. Istotny jest nurt orzecznictwa, w którym w drodze wykładni przepisów ustawy w art. 78 § 3 pkt 1 o.p. usunięto dostrzeżoną lukę aksjologiczną w regulacji kwestii oprocentowania nadpłaty. Doszło do tego w drodze stosowania interpretacji "per analogiam legis". Sądy w celu realizacji art. 14k § 1 o.p. sankcjonującego funkcję ochronną interpretacji indywidulanej uznały za konieczne zrównanie sytuacji podmiotów działających w oparciu o interpretację indywidualną z sytuacją podatników działających w oparciu o decyzję podatkową. W konsekwencji pomimo braku wyrażonej wprost w art. 78 § 3 pkt 1 o.p. możliwości oprocentowania nadpłaty w przypadku gdy była ona wynikiem zastosowania się do interpretacji indywidualnej uznanej następnie przez sąd za niezgodną z prawem przyjęto, że również w takiej sytuacji oprocentowanie będzie przysługiwać podmiotowi na rzecz którego wydano interpretację indywidualną (por. np. wyroki NSA z 13 grudnia 2017 r. sygn. akt I FSK 128/16, 5 października 2021 r. sygn. akt II FSK 408/19 i II FSK 409/19, 1 czerwca 2022 r. sygn. akt II FSK 2683/19, 20 kwietnia 2023 r. sygn. akt II FSK 2587/20, 5 czerwca 2024 r. sygn. akt II FSK 1135/21, 4 września 2024 r. sygn. akt II FSK 1441/20, z 31 stycznia 2025 r., sygn. akt III FSK 1174/24, z 7 marca 2025 r., sygn. akt II FSK 904/22). Wspólne dla tych orzeczeń jest stanowisko, że pomimo nie wyrażenia tego wprost w treści art. 78 § 3 pkt 1 o.p. oprocentowanie nadpłaty przysługuje od dnia jej powstania, również w przypadku uchylenia przez sąd administracyjny interpretacji indywidualnej.
W orzecznictwie – na co zwróciła uwagę strona skarżąca - akcentuje się również kompensacyjny charakter oprocentowania nadpłaty. Stanowi ono formę naprawienia szkody w majątku podatnika związanej z nieuprawnionym zatrzymaniem przez organy podatkowe środków. Potrzeba zastosowania oprocentowania środków pozyskanych przez organy podatkowe aktualizuje się zwłaszcza wówczas, gdy doszło do tego w następstwie niezgodnych z prawem działań organów podatkowych. Okoliczność tą uwypuklono w powołanych przez Spółkę wyrokach WSA w Gorzowie Wielkopolskim z 5 czerwca 2025 r. sygn. akt I SA/Go 101/25 oraz I SA/Go 97/25 i powołanym tamże orzecznictwie. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gorzowie Wielkopolskim szeroko nawiązał z kolei do wyjaśnień zaprezentowanych w wyrokach WSA w Warszawie sygn. akt: III SA/WA 2746/24, III SA/Wa 2751/24, III SA/Wa 2667/24 (nieprawomocne uchylone wyrokami NSA z 25 października 2025 r. sygn. akt II FSK 910/25, II FSK 911/25, II FSK 912/25). Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie wskazał tamże między innymi, że w demokratycznym państwie prawnym (art. 2 Konstytucji RP), strona nie może ponosić konsekwencji ewidentnych błędów i zaniedbań prawodawcy, w tym zwłaszcza takich, które powodują lukę w prawie naruszającą podstawowe zasady porządku konstytucyjnego. Lukę taką w wyjątkowych przypadkach wypełnić można w drodze analogii. Sąd dostrzegając mankamenty art. 78 § 3 pkt 1 i pkt 3 o.p. prowadzące do naruszenia wartości konstytucyjnych poprzez brak wyrażonej wprost podstawy do oprocentowania nadpłaty za czas trwania procedury uzyskania decyzji dotyczącej porozumienia cenowego w transakcjach z podmiotem powiązanym, wskazał na potrzebę usunięcia tego braku w drodze stosowania wykładni.
Z analizy art. 78 § 1 i art. 78 § 3 o.p. na tle przedstawionych wyżej poglądów orzecznictwa oraz doktryny wynikają następujące wnioski. Po pierwsze wykładni art. 78 § 1 o.p. nie można dokonywać w sposób oderwany od treści art. 78 § 3 o.p. Przepisy te są wzajemnie komplementarne i dopiero ich łączna analiza daje odpowiedź na pytanie kiedy i w jakiej wysokości przysługuje oprocentowanie nadpłaty. W art. 78 § 1 o.p. unormowano wysokość odsetek od nadpłaty poprzez odesłanie do odsetek od zaległości podatkowych. Natomiast w art. 78 § 3 o.p. wskazano w jakich sytuacjach nadpłaty nie przysługują. Sąd nie podzielił tym samym argumentacji Spółki, w myśl której z literalnego brzmienia art. 78 § 1 o.p. oraz jego umiejscowienia na początku tej jednostki redakcyjnej aktu prawnego wynika, że zasadą jest oprocentowanie nadpłaty. Zgodzić należy się w tej kwestii z DIAS, że przyjęcie stanowiska Spółki prowadziłoby do podważenia sensu utrzymywania w obrocie art. 78 § 3 o.p. w obecnym jego brzmieniu. W przepisie tym literalnie podano w jakich przypadkach wystąpienia nadpałty "oprocentowanie przysługuje". Skoro ustawodawca zawarł w art. 78 § 3 o.p. kategoryczną wypowiedź podając pozytywne wyliczenie przypadków oprocentowania nadpłaty, to niedopuszczalne jest wychodzenie poza zamknięty katalog wynikający z przepisu ustawy. Ustawodawca nie zdecydował się na użycie w art. 78 § 3 o.p. zwrotu w rodzaju "w szczególności", a zatem nie wprowadził katalogu otwartego.
Drugi doniosły dla rozpoznawanej sprawy wniosek sprowadza się do uznania, że oprocentowania nadpłaty będzie przysługiwać również w sytuacjach nie wymienionych wprost w art. 78 § 3 pkt 1-7 o.p. Do "uzupełnienia" katalogu przypadków oprocentowania nadpłaty dojść może w drodze wykładni ukierunkowanej na ochronę istotnych dla porządku prawnego wartości takich jak zasada praworządności, równego traktowania przez organy władzy publicznej, zaufania do organów władzy. Nie w każdej sytuacji uzasadnione przeprowadzenie takich zabiegów interpretacyjnych. Oprocentowanie nadpłaty winno służyć kompensacie, a nie stanowić formę uzyskania nieuzasadnionego przysporzenia majątkowego. Innymi słowy oprocentowanie nadpłaty ma prowadzić do naprawy stanu wywołanego niezgodnym z prawem zachowaniem organu podatkowego, a nie "zarabianiu" przez podatnika kosztem wierzyciela podatkowego. Stosowanie analogii warunkowanego jest przy tym możliwością przyporządkowania (podobieństwa) stanów nieobjętych literalnym brzmieniem art. 78 § 3 o.p. do jednej z kategorii wymienionych w tym przepisie, tak aby podstawa prawna oprocentowania nadpłaty była w pełni ukształtowana (por. wyrok sygn. akt II FSK 911/25).
Przenosząc powyższe na realia rozpoznawanej sprawy stwierdzić przychodzi, że trafnie zauważyły organy podatkowe iż literalne brzmienie art. 78 § 3 pkt 1 o.p. nie obejmuje przewidzianego w niniejszej sprawie przypadku wystąpienia nadpłaty w następstwie uzyskania od podatnika pieniędzy na pokrycie zobowiązania podatkowego wynikającego z decyzji, które okazało się być przedawnione. Wymienienie takiej sytuacji wśród okoliczności, z którymi związane jest przysługiwanie oprocentowania nadpłaty stanowi zaniedbanie ustawodawcy. Nie do pogodzenia z zasadą demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji RP) jest aby organy podatkowe nie odpowiadały za zachowanie które okazało się niezgodne z prawem. W niniejszej sprawie zachowaniem niezgodnym z prawem było wykonanie decyzji podatkowej w zakresie dotyczącym zobowiązania podatkowego po terminie jego przedawnienia, co z kolei było następstwem nadużycia prawa jakiego dopuściły się organy podatkowe. Odpowiedzialność natomiast wyraża się w konieczności wypłaty oprocentowania nadpłaty za okres dysponowania nadpłaconymi środkami.
W ocenie Sądu w niniejszej sprawie należało odpowiednio zastosować art. 78 § 3 pkt 1 o.p. w zw. z art. 77 § 1 pkt 1 o.p. jako, że nadpłata z tytułu p.t.u. za wrzesień 2018 r. powstała w związku z wykonaniem decyzji po okresie w jakim - zgodnie z prawomocnym wyrokiem Sądu - doszło do przedawnienia zobowiązania, co odpowiada przypadkowi gdy nadpłata powstała w następstwie uchylenia decyzji. Przewidziany w art. 59 § 1 pkt 9 o.p. skutek prawny w postaci przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku od towarów i usług za wrzesień 2018 r. nastąpił z mocy prawa z dniem 31 grudnia 2023 r.
W toku kontroli sądowej (sygn. I SA/Gl 179/24) decyzja w zakresie wymierzenia zobowiązania podatkowego stanowiącego p.t.u. za wrzesień 2018 r. okazała się wadliwa, nie co do istnienia i wysokości samego zobowiązania, lecz w zakresie w jakim organ podatkowy wywodził o wystąpieniu okoliczności powodujących zawieszenie biegu terminu przedawnienia w oparciu o art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach stwierdził, że działania organów podatkowych zmierzające do zawieszenia biegu terminu przedawnienia w trybie art. 70 § 6 pkt 1 o.p. miały charakter instrumentalny (nadużycie prawa), a zobowiązanie podatkowe wynikające z decyzji uległo przedawnieniu z dniem 31 grudnia 2023 r. Orzeczenie WSA w Gliwicach z 25 września 2024 r. sygn. I SA/Gl 179/24 jako stwierdzające nielegalność działań organów w tym zakresie stanowi odpowiednik uchylenia decyzji, w części dotyczącej granic czasowych istnienia zobowiązania podatkowego. W obliczu powyższego niemożliwe stało się traktowania jako zgodnego z prawem zachowania organów podatkowych przyjmujących, że po tej dacie zobowiązanie z tytułu p.t.u. za wrzesień 2018 r. nadal istniało. Przypomnieć należy, że prawu podatkowemu obca jest cywilistyczna kategoria zobowiązań naturalnych, do których zaliczają się m.in. przedawnione roszczenia. W przypadku tego typu zobowiązań cywilnych ich wykonanie przez dłużnika po terminie przedawnienia roszczenia nie daje podstawy do domagania się zwrotu świadczenia od wierzyciela. Brak możliwości sądowego dochodzenia wykonania świadczenia przez wierzyciela nie oznacza bowiem, że zobowiązanie naturalne przestało istnieć. W prawie podatkowym wraz z wystąpieniem zdarzeń przewidzianych w art. 59 § 1 o.p. dochodzi natomiast do definitywnego ustania bytu prawnego zobowiązania podatkowego. W obliczu tego działania organu podatkowego zmierzające do przymusowego ściągnięcia należności oraz zaliczenia wpłat na poczet nieistniejącego zobowiązania podatkowego nie mogły być legalne i skuteczne.
Przyjąć należy, że przesłanką powstania nadpłaty było nieuprawnione traktowanie przez organy podatkowe działań podejmowanych przez nie na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 o.p. za skuteczne i prowadzące do zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania. Wobec tego, że stanowisko organów podatkowych, co do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia oparte było o działania zakwalifikowane przez Sąd jako instrumentalne stosowanie art. 70 § 6 pkt 1 o.p., to w okolicznościach niniejszej sprawy nie może być mowy o braku przyczynienia się organów podatkowych do uznania zobowiązania podatkowego za przedawnione. Na początku ciągu relewantnych prawnie zdarzeń prowadzących do powstania spornej nadpłaty leżało zachowanie organu podatkowego stanowiące nadużycie prawa. Nie wystąpiły w sprawie okoliczności wyłączające możliwość naliczenia odsetek od nadpłaty wskazane w art. 78 § 3 pkt 1 o.p.
Bez znaczenia dla sprawy jest to, że do uznania przez Sąd iż nastąpiło przedawnienie zobowiązania podatkowego z dniem 31 grudnia 2023 r. doszło po tym jak organ odwoławczy doręczył decyzję (przed terminem przedawnienia), a następnie wystawiono tytuły wykonawcze. Odpowiedzialności organów podatkowych nie można rozpatrywać w tym przypadku w oparciu o zasadę winy (organy podatkowe działały w przekonaniu o legalności swojego postępowania), lecz na zasadzie obiektywnego związku przyczynowo-skutkowego pomiędzy niezgodnym z prawem zachowaniem organu a wystąpieniem nadpłaty. Ważne jest, że działania organów podatkowych związane z wykonaniem decyzji ostatecznej dotyczyły nieistniejącego zobowiązania podatkowego. W istocie po 31 grudnia 2023 r. organy podatkowe nie były uprawnione do traktowania decyzji podatkowej jako wykonalnej, a zatem nie mogły zaliczać na poczet określonego nią zobowiązania podatkowego wpłat, a tym bardziej nie mogły dochodzić tego zobowiązania w drodze stosowania przymusu państwowego. Nie wyłącza odpowiedzialności organów podatkowych to, że o niezgodności z prawem swojego zachowania dowiedziały się po tym jak podjęły działania.
Warto w tym miejscu nawiązać do wyroku NSA z 25 sierpnia 2021 r., sygn. akt II FSK 124/19 jaki zapadł na tle sporu dotyczącego oprocentowania nadpłaty powstałej w związku uchyleniem postanowienia o nadaniu nieostatecznej decyzji podatkowej rygoru natychmiastowej wykonalności i prowadzonej na jego podstawie egzekucji. Otóż w powołanym orzeczeniu NSA stwierdził m.in. że podstawowym elementem uzasadniającym wynagrodzenie podatnikom szkody, jaka powstała przez nieuprawnione korzystanie przez państwo z ich środków finansowych, jest pobranie od nich nienależnego podatku, które było wynikiem niezgodnych z prawem działań organów państwa. Sąd II instancji uznał, za konieczne uchylenie skutków prawnych wywołanych wadliwym postanowieniem o nadaniu decyzji rygoru natychmiastowej wykonalności, w tym również skutku jakim było wyegzekwowanie nienależnego podatku. Spostrzeżenia NSA przedstawione w tym wyroku zachowują aktualność oraz mogą zostać przeniesione na potrzeby niniejszego postępowania. Sprawa rozstrzygnięta powołanym wyrokiem NSA z 25 sierpnia 2021 r. zapadła w zbliżonym do występującego w niniejszej sprawie stanu faktycznego. Spór związany był z oprocentowaniem nadpłaty będącej wynikiem uzyskania przez organ podatkowy środków na pokrycie zobowiązania podatkowego, którego prawidłowość wymiaru nie budziła wątpliwości (została przesądzona wyrokiem NSA z 28 listopada 2013 r. sygn. akt II FSK 106/12), lecz nie było podstaw prawnych do ich ściągnięcia.
Za zastosowaniem przedstawionej wyżej wykładni przemawia to, że służy ona ochronie wartości konstytucyjnych takich jak zaufanie do organów władzy publicznej (art. 2 Konstytucji RP), zasady praworządności (art. 7 Konstytucji RP) oraz równego traktowania przez organy władzy publicznej (art. 32 ust. 1 Konstytucji RP). Oprocentowanie nadpłaty na którą składały się środki uzyskane po tym jak zobowiązanie podatkowe uległo przedawnieniu będzie kompensować stronie nieuprawnione korzystanie przez wierzyciela podatkowego ze uzyskanych w ten sposób środków.
W tym stanie rzeczy Sąd stwierdził, że zasadny okazał się zarzut naruszenia zaskarżaną decyzją art. 78 § 3 pkt 1 o.p. w zw. z art. 73 § 1 pkt 1 o.p. w zw. z art. 2 oraz art. 32 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię i niewłaściwe zastosowanie, co polegało na przyjęciu, iż w okolicznościach występujących w niniejszej sprawie nie istnieje podstawa prawna, w oparciu o którą orzec można o przysługiwaniu stronie skarżącej odsetek od nadpłaty.
Nie potwierdził się natomiast zarzut uchybienia art. 120, art. 121 § 1 i 2, art. 122 oraz art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p., przez dokonanie zawężającej wykładni przepisu art. 78 § 1 o.p. Jak objaśniono wcześniej przepis art. 78 § 1 o.p. wbrew stanowisku Spółki nie tworzy samoistnej podstawy prawnej do naliczenia odsetek za zwłokę od nadpłaty. Przyjęta przez organy podatkowe wykładnia i sposób zastosowania samego art. 78 § 1 o.p. w brzmieniu obowiązującym w dacie powstania nadpłaty była prawidłowa. Zaskarżona decyzja godziła natomiast w art. 120, art. 121 § 1 i 2, art. 122 oraz art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p. w zw. z art. 78 § 3 pkt 1 o.p. z przyczyn już wcześniej wskazanych.
Stwierdzone naruszenia pośrednio godziły w art. 17 ust. 1 KPP, bowiem doprowadziły do odmowy przyznania Spółce kompensaty w drodze wypłaty oprocentowania nadpłaty szkody w majątku Spółki jaki powstał w związku z niezgodnym z prawem działaniem organu podatkowego.
Skarga zasługiwała na uwzględnienie, a Sąd działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a przy zastosowaniu art. 135 p.p.s.a. orzekł o uchyleniu zaskarżonej decyzji DIAS wraz z poprzedzającą ją decyzją Naczelnika, co przyczyni się do sprawnego końcowego załatwienia sprawy. Rozstrzygnięcia organów podatkowych zapadłe w sprawie współdzielą wymienione wcześniej naruszenia przepisów prawa materialnego oraz procesowego.
Ponownie rozpoznając sprawę organy podatkowe uwzględnią stanowisko przedstawione w uzasadnieniu niniejszego wyroku. Organy podatkowe stosując odpowiednio art. 78 § 3 pkt 1 w zw. z art. 73 § 1 pkt 1 o.p. winny przyjąć, że Spółce należne jest oprocentowanie nadpłaty z tytułu podatku od towarów i usług za wrzesień 2018 r., od dnia jej powstania (od poszczególnych kwot uzyskiwanych po 31 grudnia 2023 r. na pokrycie zaległości podatkowej) do dnia jej zwrotu nadpłaty.
O kosztach postępowania Sąd rozstrzygnął na podstawie art. 200 oraz art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a., zasądzając od organu odwoławczego na rzecz strony skarżącej z tego tytułu kwotę 7.417 zł, na którą składa się uiszczony wpis sądowy w wysokości - 2.000 zł, koszty opłaty skarbowej uiszczonej od pełnomocnictwa - 17 zł oraz koszty wynagrodzenia pełnomocnika, będącego doradcą podatkowym - 5.400 zł ustalone zgodnie z § 2 ust. 1 pkt 1 lit. f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi.