3) art. 2a o.p. poprzez naruszenie zasady in dubio pro tributario, która to zasada nakazuje przyjąć w procesie stosowania prawa korzystną dla podatnika nie tylko wykładnię przepisów prawa, ale również nakazuje rozstrzygać na korzyść podatnika wątpliwości do stanu faktycznego. W analizowanej sprawie wątpliwości te (co do rzetelności faktur) zostały rozstrzygnięte na niekorzyść podatnika, mimo iż dysponował on typowym w obrocie gospodarczym materiałem dokumentującym zaistniałe zdarzenia gospodarcze wpływające na rozliczenia podatkowe (umowy, faktury, protokoły zdawczo-odbiorcze, sprawozdania z badań i opracowania technologii). Organy podatkowe nie wskazały, jakie inne dowody miałyby urzeczywistnić przeprowadzone transakcje, skoro według nich niewystarczające okazały się typowe dowody przedstawione przez podatnika (mając dodatkowo na uwadze znaczny upływ czasu, co uniemożliwia cofnięcie się do rejestru rozmów telefonicznych i maili);
4) art. 121 § 1 o.p. poprzez naruszenie zasady zaufania podatnika do organów podatkowych i wykreowanie niezgodnego z rzeczywistością wizerunku podatnika, jako podmiotu działającego w sposób nierzetelny.
Skarżąca wniosła o uchylenie decyzji organów obu instancji, przeprowadzenie przez sąd załączonych do skargi dowodów, rozpatrzenie skargi na rozprawie oraz zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania.
2.5. W odpowiedzi na skargę DIAS wniósł o jej oddalenie.
2.6. W piśmie z 22 września 2025 r. (k. 172-173 akt sądowych) w odpowiedzi na pytania Sądu, DIAS podał, że:
- bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego skarżącej z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2017 r. został zawieszony 9 września 2022 r., zgodnie z art. 70 § 6 pkt 4 o.p., przez doręczenie spółce zarządzenia zabezpieczenia z 19 sierpnia 2022 r. w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym,
- zakończenie zawieszenia biegu terminu przedawnienia nastąpiło 19 czerwca 2023 r., zgodnie z art. 70 § 7 pkt 4 o.p. w dniu wygaśnięcia decyzji o zabezpieczeniu z 5 lipca 2022 r., tj. w dniu doręczenia spółce decyzji NUS z 31 maja 2023 r. określającej wysokość zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2017 r.,
- wobec powyższego data przedawnienia ww. zobowiązania podatkowego przypadała na 11 października 2024 r.,
- na etapie wydawania decyzji zabezpieczającej wobec skarżącej nie posiadała ona ustanowionego pełnomocnika,
- spółka 3 sierpnia 2022 r. udzieliła pełnomocnictwa radcy prawnemu D.N., tj. dopiero na etapie złożenia odwołania od decyzji zabezpieczającej (data wpływu odwołania do urzędu: 8 sierpnia 2022 r.), do reprezentowania spółki w tej sprawie przed organami podatkowymi obu instancji, jak również przed sądami administracyjnymi obu instancji,
- w związku z wezwaniem DIAS z 9 września 2022 r. pełnomocnik spółki D.N. przy piśmie z 22 września 2022 r. przedłożyła pełnomocnictwo szczególne na druku PPS-1 (uwierzytelnioną kopię) z 20 września 2022 r. wraz z dowodem uiszczenia opłaty skarbowej, upoważniające ją do złożenia w imieniu spółki odwołania od decyzji NUS z 5 lipca 2022 r. o zabezpieczeniu wykonania zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych za 2017 r. oraz do reprezentowania spółki w tej sprawie przed organami podatkowymi obu instancji, jak również przed sądami administracyjnymi obu instancji,
- spółka nie ustanowiła pełnomocnika na etapie kontroli podatkowej, jak i w toku postępowania podatkowego prowadzonego przed organem pierwszej instancji w przedmiocie podatku dochodowego od osób prawnych za 2017 r.,
- w związku z prawomocnym wyrokiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 9 kwietnia 2024 r., I SA/Gl 752/23, który uchylił w całości decyzję organu pierwszej i drugiej instancji w przedmiocie określenia przybliżonej kwoty zobowiązania podatkowego w podatku dochodowym od osób prawnych wraz z przybliżoną kwotą odsetek za zwłokę i zabezpieczenie ich na majątku podatnika, ww. zarządzenie zabezpieczenia utraciło swoją podstawę prawną,
- wobec powyższego NUS postanowieniem 17 września 2025 r., umorzył postępowanie zabezpieczające prowadzone na podstawie zarządzenia zabezpieczenia.
Do tego pisma organ załączył kopie wymienionych pełnomocnictw, zarządzenia zabezpieczenia i postanowienia o umorzeniu postępowania zabezpieczającego (k. 175-183), z których Sąd przeprowadził na rozprawie dowód w trybie art. 106 § 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935, ze zm. - dalej: p.p.s.a.).
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
3. Skarga okazała się skuteczna, ale z innych powodów aniżeli w niej zawarte. Stosownie bowiem do art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem art. 57a, który w tej sprawie nie ma zastosowania). Niezwiązanie granicami skargi oznacza, że sąd ma prawo, a jednocześnie obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został podniesiony w skardze. Sąd nie jest przy tym skrępowany sposobem sformułowania skargi, przytoczonymi argumentami, a także zgłoszonymi wnioskami, zarzutami i żądaniami (uchwała NSA z 26 października 2009 r., I OPS 10/09; powoływane orzeczenia sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl).
4. Zgodnie z art. 208 § 1 o.p., gdy postępowanie podatkowe z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania.
Przed przystąpieniem do rozpoznania istoty sprawy, w tym przypadku prawidłowości ustalenia przez skarżącą kosztów uzyskania przychodu oraz rozliczenia ulgi badawczo-rozwojowej, należy zatem ustalić, czy doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego. DIAS podjął taką próbę na początkowym etapie swoich rozważań (str. 9-13), jednak nie wyjaśnił w tej mierze wszystkich istotnych (relewantnych) okoliczności faktycznych, a w konsekwencji tego nie poddał ich prawnej ocenie.
5. Przedmiot sprawy stanowi rozliczenie podatku dochodowego od osób prawnych za 2017 r., a zatem zasadniczy termin przedawnienia tego zobowiązania podatkowego upływał z dniem 31 grudnia 2023 r. (art. 70 § 1 o.p. i art. 27 ust. 1 u.p.d.o.p.).
DIAS jako przesłankę zawieszającą bieg tego terminu na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. wskazał doręczenie spółce (podatnikowi) 9 września 2022 r. zarządzenia zabezpieczenia. Zostało ono wystawione 19 sierpnia 2022 r. w wykonaniu decyzji NUS z 5 lipca 2022 r. o zabezpieczeniu wydanej na podstawie art. 33 o.p.
6.1. Naczelny Sąd Administracyjny 16 czerwca 2025 r., w sprawie III FPS 1/25, podjął następującą uchwałę: "Doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2025 r. poz. 132) w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111), powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej)."
Na mocy art. 269 § 1 p.p.s.a. stanowisko zajęte w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego wiąże pośrednio wszystkie składy orzekające sądów administracyjnych. Dopóki więc nie nastąpi zmiana stanowiska zajętego w uchwale, dopóty sądy administracyjne powinny je respektować w sprawach dotyczących danego typu stanu faktycznego i prawnego (por. wyrok NSA z 24 września 2024 r., III FSK 778/24).
Konsekwencją wymienionej uchwały NSA jest stanowisko, że jeśli zarządzenie zabezpieczenia doręczono do rąk podatnika, a nie jego pełnomocnika, to doręczenie jest bezskuteczne, co oznacza, że nie zaistniało zdarzenie powodujące zawieszenie biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. (wyrok NSA z 2 lipca 2025 r., I FSK 655/22).
6.2. Z pisma DIAS z 22 września 2025 r. oraz załączonych do niego dokumentów wynika, że w postępowaniu podatkowym w przedmiocie wydania decyzji na podstawie art. 33 o.p. spółka ustanowiła pełnomocnika na etapie składania odwołania od decyzji o zabezpieczeniu z 5 lipca 2022 r.
Otóż, 3 sierpnia 2022 r. upoważniła radcę prawnego do złożenia w jej imieniu odwołania oraz reprezentowania jej w sprawie zabezpieczającej przez organami podatkowymi obu instancji, jak również przez sądami administracyjnymi obu instancji. Dokument pełnomocnictwa wpłynął do Urzędu Skarbowego w S. 4 sierpnia 2022 r.
W tej sytuacji prawnej, jak wynika z uchwały NSA z 16 czerwca 2025 r., III FPS 1/25, organ wystawiwszy 19 sierpnia 2022 r. zarządzenie zabezpieczenia powinien mieć na uwadze jego doręczenie pełnomocnikowi podatnika, o ustanowieniu którego już wiedział. Postępowanie zabezpieczające, chociaż jest dwuetapowe (najpierw wydanie decyzji o zabezpieczeniu a potem jej przymusowe wykonanie inicjowane wystawieniem i doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia) stanowi bowiem integralną całość.
Sąd zauważa, że to pełnomocnictwo nie zostało złożone na urzędowym formularzu, o którym stanowi art. 138e § 2 o.p. i przepisy wykonawcze wydane na podstawie art. 138j § 1 pkt 2 o.p. Niemniej, w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego jest prezentowane stanowisko, że jeżeli pełnomocnictwo zostało sporządzone w poszanowaniu wymogów prawnych i pozwala na poczynienie ustaleń co do osoby mandanta, osoby umocowanego oraz zakresu jego działania, to brak zachowania formy w postaci złożenia pełnomocnictwa na formularzu PPS-1 nie niweczy skuteczności udzielonego pełnomocnictwa, bowiem nie dotyczy istoty stosunku prawnego, jakim jest pełnomocnictwo. Wskazuje się bowiem, że jedną z dopuszczalnych przez ustawodawcę form pełnomocnictwa szczególnego, bynajmniej nie dyskredytowaną, jest forma ustna, w sposób oczywisty niemogąca być złożona na formularzu urzędowym. Nie należy również tracić z pola widzenia, że ustawodawca nie wprowadził w omawianym zakresie sankcji braku skuteczności na okoliczność niezachowania formy pełnomocnictwa, jak np. w art. 257 p.p.s.a. w odniesieniu do wniosku o prawo pomocy (por. wyroki NSA z 3 października 2021 r., III FSK 2551/21 i III FSK 2552/21 oraz 14 kwietnia 2023 r., III FSK 2197/21 i III FSK 2198/21).
6.3. Organ, ani w decyzji, ani w piśmie z 22 września 2025 r., nie odniósł się do przyczyn i skutków (na gruncie art. 70 § 6 pkt 4 o.p.) doręczenia zarządzenia zabezpieczenia z 19 sierpnia 2022 r. tylko skarżącej spółce.
7. W obecnej sytuacji procesowej, nie jest pełne twierdzenie organu nie tylko o zaistnieniu, ale również o ewentualnym trwaniu (braku unicestwienia) materialnoprawnych skutków doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.).
Na mocy wyroku WSA z 9 kwietnia 2024 r., I SA/Gl 752/23, doszło bowiem do uchylenia decyzji zabezpieczających wydanych w obu instancjach. Sąd z obrotu prawnego wyeliminował więc decyzję NUS z 5 lipca 2022 r. stanowiącą podstawę do wystawienia zarządzenia zabezpieczenia. DIAS wydając 5 sierpnia 2024 r. kontrolowaną obecnie decyzję w sprawie wymiarowej znał treść wskazanego wyroku WSA w sprawie zabezpieczającej, a także treść art. 152 § 1 p.p.s.a., który stanowi, że w razie uwzględnienia skargi na akt lub czynność, nie wywołują one skutków prawnych do chwili uprawomocnienia się wyroku, chyba że sąd postanowi inaczej. Trzeba dodać, że tego rodzaju konsekwencje dla decyzji zabezpieczających zostały podtrzymane wyrokiem NSA z 26 listopada 2024 r., III FSK 1060/24. Poza tym, aktualnie, postanowieniem z 17 września 2025 r. organ umorzył postępowanie zabezpieczające prowadzone wobec skarżącej, ponieważ (cytat) "zarządzenie zabezpieczenia utraciło swoją podstawę prawną".
Organ opierając swoje stanowisko o trwaniu stanu zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. powinien zatem wyjaśnić i ten aspekt sprawy. Art. 60 § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz.U. z 2025 r. poz. 132, ze zm. – dalej: u.p.e.a.) stanowi bowiem, że: "Umorzenie postępowania egzekucyjnego powoduje uchylenie czynności egzekucyjnych. Pozostają jednak w mocy prawa osób trzecich nabyte na skutek tych czynności." Ten przepis stosuje się odpowiednio w postępowaniu zabezpieczającym na podstawie art. 166b u.p.e.a.
DIAS powinien zatem się wypowiedzieć, czy niewywoływanie skutków prawnych przez decyzję zabezpieczającą na podstawie której wystawiony został dokument zarządzenia zabezpieczenia miał wpływ, a jeśli tak to jaki, na materialnoprawne konsekwencje doręczenia tegoż zarządzenia zabezpieczenia, w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.).
8. DIAS błędnie określił także końcowy moment (ewentualnego) stanu zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Odwołał się w tym zakresie do zdarzenia prawnego w postaci doręczenia spółce decyzji z 31 maja 2023 r., tj. decyzji wydanej w pierwszej instancji przez NUS w sprawie wymiarowej. W związku z tym, że doręczenie spółce tej decyzji nastąpiło 19 czerwca 2023 r., organ wyraził pogląd, że z tym dniem wygasła decyzja o zabezpieczeniu z 5 lipca 2002 r., a zatem zmaterializował się skutek przewidziany w art. 70 § 7 pkt 4 o.p.
Jak jednak wyjaśnił Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 2 grudnia 2024 r., III FPS 4/24: "W przypadku zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2023 r. poz. 2505 z późn. zm.), o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 4 in fine ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 z późn. zm.), termin ten biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 70 § 7 pkt 5 Ordynacji podatkowej).
9.1. Akta kontrolowanej sprawy wskazują także na potrzebę odniesienia się do innej podstawy zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania (art. 70 § 6 pkt 1 o.p.).
9.2. Prokurator Prokuratury Rejonowej w S. 12 października 2023 r. wszczął bowiem śledztwo ([...]) w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 62 § 2a w zb. z art. 56 § 2 w zb. z art. 61 § 1 w zw. z art. 6 § 2 przy zast. art. 7 § 1 k.k.s., dotyczące posłużenia się w ramach działalności skarżącej, w celu obniżenia zobowiązań podatkowych, nierzetelną fakturą VAT zakupu na kwotę netto 498.998,78 zł i podatek VAT 114.769,72 zł, wystawioną przez spółkę S (właśnie to postępowanie zakończyło się skazaniem prezesa zarządu skarżącej na mocy wyroku z 13 sierpnia 2024 r., [...], wydanego przez Sąd Rejonowy w S.).
Działając w trybie art. 70c o.p. NUS wystosował do spółki zawiadomienie o zawieszeniu z dniem 12 października 2023 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych w związku z ww. wszczęciem postępowania karnego skarbowego. Zawiadomienie zostało doręczone spółce 27 grudnia 2023 r.
Należy jednak dostrzec, że w tym czasie spółka w postępowaniu podatkowym w sprawie określenia zobowiązania podatkowego działała już przez pełnomocnika (radcę prawnego D. N.), który został ustanowiony 30 czerwca 2023 r., zaś dokument pełnomocnictwa wpłynął do NUS 3 lipca 2023 r. (k. 850 akt adm. odwoławczych).
Zawiadomienie pełnomocnika spółki o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia na skutek wszczęcia 12 października 2023 r. postępowania karnego skarbowego nastąpiło jednak dopiero 25 marca 2024 r. (akta adm. odwoławcze, karta bez numeru). Na konieczność doręczenia w takiej sytuacji zawiadomienia w trybie art. 70c o.p. pełnomocnikowi podatnika zwrócił bowiem uwagę organowi pierwszej instancji - organ odwoławczy (pismo z 8 marca 2024 r. – akta adm. odwoławcze, karta bez numeru). Była to trafna sygnalizacja, zważywszy na treść podjętej przez Naczelny Sąd Administracyjny 18 marca 2019 r., w sprawie I FPS 3/18, następującej uchwały: "1. Dla skuteczności zrealizowania obowiązku wynikającego z art. 70c ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613 ze zm., dalej: Ordynacja podatkowa) zawiadomienie, o którym mowa w tym przepisie należy doręczyć pełnomocnikowi, który został ustanowiony w postępowaniu kontrolnym lub podatkowym, nawet jeżeli zawiadomienia tego dokonuje organ podatkowy, przed którym nie toczy się żadne postępowanie z udziałem pełnomocnika strony. 2. Uchybienie w realizacji powyższego obowiązku winno być traktowane jako brak ziszczenia się materialnoprawnego skutku przewidzianego w art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji podatkowej."
9.3. W tym stanie rzeczy, trudno poszukiwać skutecznej podstawy zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego przed upływem 5-letniego terminu z art. 70 § 1 o.p. (tj. do 31 grudnia 2023 r.) w wymienionym wszczęciu 12 października 2023 r. postępowania karnego skarbowego. Wymagane zawiadomienie (w trybie art. 70c o.p.) pełnomocnika spółki nastąpiło dopiero 25 marca 2024 r.
10. Dlatego dla niniejszej sprawy kluczowego znaczenia nabiera pełna i prawidłowa analiza okoliczności związanych z zakłóceniem biegu terminu przedawnienia na skutek doręczenia zarządzenia zabezpieczenia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.), o czym była mowa w punktach 6-8 uzasadnienia. Dotyczy to:
- skutecznego zaistnienia stanu zawieszenia biegu terminu przedawnienia, i ewentualnie
- trwania tego stanu, pomimo uchylenia decyzji zabezpieczającej stanowiącej podstawę wystawienia zarządzenia zabezpieczenia, a także
- ustalenia właściwego momentu "wznowienia" biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 7 pkt 5 o.p.).
Jak Sąd wskazał wyżej, stanowisko zaprezentowane przez DIAS w tych obszarach jest niepełne albo nieprawidłowe. Potwierdziły to wyniki przeprowadzonego z urzędu przez Sąd na rozprawie uzupełniającego postępowania dowodowego (art. 106 § 3 p.p.s.a.). Jednakże postępowanie dowodowe przeprowadzone przed sądem administracyjnym nie może polegać na dokonywaniu ustaleń faktycznych w sprawie i rozstrzyganiu sprawy podatkowej niejako za organ, gdyż jest to obowiązek organów podatkowych (A. Hanusz, Dowód z dokumentu w postępowaniu przed sadami administracyjnymi, Państwo i Prawo 2/2009, str. 53).
W tym przypadku organ podatkowy nie ustalił i nie ocenił wszystkich faktów związanych z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia spółce a nie jej pełnomocnikowi, co ma znaczenie dla zaistnienia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.). Nie zajął stanowiska w przedmiocie trwania (unicestwienia) skutków zawieszenia biegu terminu przedawnienia (jeśli takie skutki w ogóle zaistniały) z powodu uchylenia przez sąd decyzji stanowiącej podstawę wystawienia zarządzenia zabezpieczenia (art. 60 § 1 w zw. z art. 166b u.p.e.a. oraz art. 154 §§ 4-7 u.p.e.a.). Wreszcie, błędnie ustalił przesłankę i w konsekwencji termin ewentualnego "wznowienia" biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 7 pkt 4 o.p. zamiast art. 70 § 7 pkt 5 o.p.).
Te niedostatki i błędy w ustaleniach oraz ocenach prawnych są tak rozległe, że nie mogły zostać wyeliminowane przez Sąd. Dotyczą bowiem całości wątku sprawy związanego z przedawnieniem zobowiązania podatkowego. Rolą sądu administracyjnego nie jest załatwianie spraw za organ, lecz kontrolowanie działalności administracji publicznej w aspekcie zgodności jej działań albo zaniechań z prawem (art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych; Dz.U. z 2024 r. poz. 1267). "Sprawowanie kontroli" oznacza przecież pewnego rodzaju wtórność działań sądu wobec działań organu administracyjnego. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania (korygowania) działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie do zastępowania ich w załatwianiu spraw.
Sąd podkreśla, że ustalenie i ocena materiału dowodowego w zakresie wszystkich istotnych dla rozstrzygnięcia aspektów sprawy podatkowej, stanowi kompetencję organów prowadzących postępowanie podatkowe. To do nich należy zebranie materiału dowodowego w stopniu wystarczającym dla potrzeb rozstrzygnięcia (art. 122 i 187 § 1 o.p.), a następnie jego ocena, zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów (art. 191 o.p.). Dotyczy to nie tylko istoty sprawy (tu: prawidłowości zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu), ale również innych kwestii, które tak jak przedawnienie albo brak przedawnienia zobowiązania podatkowego, determinują sposób załatwienia sprawy. W tym przypadku organy nie sprostały temu zadaniu przez co naruszyły wskazane regulacje postępowania dowodowego w sposób, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a.
11. W związku z powyższym, obecnie byłoby przedwczesne rozpoznanie przez Sąd zarzutów skargi dotyczących prawidłowości zaliczenia wydatków spółki do kosztów uzyskania przychodu.
12.1. W postępowaniu ponownym organ powinien ustalić, czy doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego skarżącej, mając na uwadze oceny prawne Sądu zawarte w niniejszym uzasadnieniu (art. 153 p.p.s.a.).
12.2. W zakresie zaistnienia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.) należy wyjaśnić przyczyny i skutki braku doręczenia zarządzenia zabezpieczenia z 19 sierpnia 2022 r. pełnomocnikowi spółki, pomimo tego, że w postępowaniu zabezpieczającym 4 sierpnia 2022 r. wpłynęło do Urzędu Skarbowego w S. pełnomocnictwo. W tych ramach organ wypowie się czy, a jeśli tak, to jakie znaczenie ma to, że pełnomocnictwo nie zostało udzielone na druku PPS-1.
W razie ustalenia braku podstaw do przyjęcia, że nastąpiło skuteczne zawieszenie biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p., oraz w razie braku ustalenia jakiegokolwiek innego (i skutecznego) zakłócenia biegu tego terminu, postępowanie podatkowe będzie podlegało umorzeniu.
12.3. Natomiast w przypadku ustalenia skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia z 19 sierpnia 2022 r., powinnością organu będzie odniesienie się do znaczenia uchylenia przez Sąd decyzji zabezpieczającej wydanej przez NUS 5 lipca 2022 r., a więc decyzji stanowiącej podstawę wydania zarządzenia zabezpieczenia, a także skutków umorzenia postępowania zabezpieczającego (jeśli postanowienie w tej kwestii z 17 września 2025 r. jest ostateczne).
W tej mierze należałoby bowiem ocenić, czy stosowanie "odpowiednie" w postępowaniu zabezpieczającym art. 60 § 1 w zw. z art. 166b u.p.e.a. wywołuje takie konsekwencje, jak wynika to z uchwał NSA z 28 kwietnia 2014 r., I FPS 8/13 oraz z 26 lutego 2018 r., I FPS 5/17 - co do unicestwienia skutków materialnoprawnych zastosowania środka egzekucyjnego wobec uchylenia postanowienia o nadaniu decyzji nieostatecznej rygoru natychmiastowej wykonalności i w konsekwencji umorzenia postępowania egzekucyjnego oraz co do unicestwienia skutków materialnoprawnych zastosowania środka egzekucyjnego wobec uchylenia decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. Czy jednakże, argumentacja wynikająca z wymienionych uchwał NSA, nie znajduje zastosowania w odniesieniu do omawianej teraz materii, a to z uwagi na treść (szczególnie) art. 154 § 6 u.p.e.a., który pomimo uchylenia przez sąd decyzji stanowiącej podstawę do dokonania zabezpieczenia, przewiduje możliwość przekształcenia się zajęcia zabezpieczającego w zajęcie egzekucyjne, a po wtóre, z uwagi na "odpowiednie" a nie "wprost" stosowanie art. 60 § 1 u.p.e.a. w postępowaniu zabezpieczającym (por. wyrok NSA z 6 maja 2025 r., II FSK 1075/22).
12.4. Ustalenie przez organ skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia oraz ustalenie braku unicestwienia wynikających stąd skutków wobec uchylenia decyzji zabezpieczającej, zaktualizuje kolejny obowiązek organu. Dotyczy on poprawnego zidentyfikowania ram czasowych zawieszenia biegu terminu przedawnienia, ponieważ, jak to już wyjaśniono, w takiej sytuacji prawnej termin ten biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 70 § 7 pkt 5 o.p.).
12.5. Dopiero przeprowadzenie przez organ wszechstronnego postępowania wyjaśniającego, ukierunkowanego na wszystkie okoliczności rzutujące na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a następnie wyprowadzenie należycie umotywowanej konkluzji, że do przedawnienia nie doszło, pozwolą organowi na ocenę istoty sprawy (zasadności zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu).
W tym przedmiocie, co do wydatków wynikających z faktury wystawionej przez spółkę S organ powinien mieć w polu widzenia art. 11 p.p.s.a. i prawomocny wyrok skazujący prezesa zarządu skarżącej (por. wyrok NSA z 14 grudnia 2024 r., I FSK 1650/18), co może przyczynić się do zredukowania prezentowanej argumentacji.
Z kolei, w odniesieniu do wydatków wynikających z faktur wystawionych przez spółkę P1 organ powinien wzbogacić swoje dotychczasowe stanowisko - jeśli w dalszym ciągu będzie je podtrzymywał - o wyjaśnienie dlaczego uznaje te faktury za nierzetelne, pomimo tego, że prokurator nie objął ich postanowieniem o wszczęciu postępowania karnego a później aktem oskarżenia, w rezultacie czego nie zostały objęte procesem przed sądem karnym.
13. O kosztach postępowania sądowego orzeczono na podstawie art. 200, 205 § 2 i art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę 7.752 zł złożył się wpis od skargi (2.335 zł), opłata skarbowa od dokumentu stwierdzającego udzielenie pełnomocnictwa (17 zł) oraz koszty zastępstwa procesowego (5.400 zł) ustalone na podstawie § 2 pkt 7 w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1935) przy zastosowaniu art. 206 p.p.s.a. Ustalając wynagrodzenie pełnomocnika Sąd zastosował art. 206 p.p.s.a. i przyjął połowę stawki, zważywszy na to, że do uchylenia decyzji doszło wyłącznie z przyczyn uwzględnionych przez Sąd z urzędu (art. 134 § 1 p.p.s.a.).