2. art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. przez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych oraz zasady przekonywania o trafności ustaleń organu podatkowego, przez utrzymanie w mocy postanowienia pierwszej instancji w sytuacji, gdy postanowienie to nie zawierało uzasadnienia, z czego wynika i w jakim zakresie zachodzi niezgodność interpretacji indywidualnej, w której potwierdzono jedynie ogólnie prawo skarżącego do uznania za koszty kwalifikowane ulgi B+R wynagrodzeń pracowników zaangażowanych w prace B+R, z interpretacją ogólną, dotyczącą kwalifikowalności do kosztów B+R tzw. wynagrodzeń urlopowych i chorobowych;
3. art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. przez wadliwe uzasadnienie faktyczne i prawne zaskarżonego postanowienia polegające na pominięciu okoliczności, że podatnik we wniosku o interpretację stanowiącym podstawę do wydania wygaszonej interpretacji w stanie faktycznym zawarł informację, że nie zamierza zaliczać do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń związanych z nieobecnościami pracowników, co oznacza, że kwestia ta w istocie nie była przedmiotem interpretacji, wobec czego niemożliwym jest stwierdzenie jej niezgodności z interpretacją ogólną, co powinno doprowadzić do uchylenia przez organ postanowienia wydanego w pierwszej instancji.
Skarżący wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia i poprzedzającego go postanowienia oraz o zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego. Skarżący ewentualnie wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz przekazanie sprawy do organu celem ponownego rozpatrzenia.
Skarżący wywodził, że uzasadnienie zarówno zaskarżonego postanowienia, jak również postanowienia go poprzedzającego nie zawiera żadnych rozważań w zakresie niezgodności wydanej interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną. Organ nie wskazuje również zakresu owej niezgodności. Organ stwierdził jedynie, że w sytuacji gdy stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym, rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną), to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Zatem organ interpretacyjny uznał, że w sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów prowadzonych przez siebie rozważań, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - to interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości.
Zdaniem skarżącego, uzyskana przez niego interpretacja nie jest sprzeczna z interpretacją ogólną w zakresie stanu faktycznego będącego przedmiotem postawionego pytania. Fakt, iż organ niejako przy okazji wyraził zapatrywanie na pojęcie "ogólny czas pracownika" nie może doprowadzić do wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości.
Dalej skarżący zauważył, że organ interpretacyjny w zasadzie z automatu i masowo zaczął w 2024 r. wygaszać indywidualne interpretacje podatkowe w przedmiocie możliwości skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej. Wydawane postanowienia wygaszające interpretacje są praktycznie identyczne i tak samo lapidarne w przedmiocie uzasadnienia. Pojawiły się jednak pierwsze orzeczenia wojewódzkich sądów administracyjnych w tym przedmiocie, przyznające słuszność skarżącym.
Skarżący podkreślił, że przedmiotem sporu jest w istocie zakres zastosowania przepisu art. 14e § 1a pkt 2 O.p. - a w szczególności przesądzenie, czy wygaśnięcie interpretacji dotyczyć może tylko całości interpretacji, o ile w ogóle doszłoby do stwierdzenia sprzeczności między interpretacjami.
Dalej skarżący wskazał, że w kwestii wykładni przepisu art. 14e § 1a pkt 2 O.p. wypowiadał się także Naczelny Sąd Administracyjny, który w wyroku z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK1158/21 stwierdził, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji indywidualnej skoro interpretacje te mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne.
Skarżący podniósł także, że organ całkowicie zaniechał analizy ewentualnej niezgodności między interpretacjami oraz kwestii istotności ewentualnej niezgodności na cel i charakter wydanej interpretacji. W tym aspekcie powołał się na w wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 13 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 224/21.
Organ interpretacyjny w odpowiedzi na skargę wniósł o jej oddalenie, podtrzymując w całości dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:
Skarga zasługuje na uwzględnienie.
Skarga okazała się zasadna, albowiem zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie organu interpretacyjnego naruszają przepisy prawa procesowego w stopniu skutkującym koniecznością ich eliminacji z obrotu prawnego.
Istota sporu sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy zasadnie organ interpretacyjny wygasił interpretację indywidualną z 14 kwietnia 2023 r. w całości na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 O.p. z uwagi na jej niezgodność z interpretacją ogólną Ministra Finansów z 13 lutego 2024 r. nr DD8.8203.1.2021
Na wstępie rozważań wskazać należy, że w przypadku postanowień wydanych w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p. sądowe kompetencje kontrolne ograniczają się do oceny, czy organ dokonał prawidłowego porównania interpretacji ogólnej i indywidualnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych poruszanych w obu interpretacjach, czy prawidłowo uznał, że pomiędzy obiema interpretacjami zachodzi sprzeczność uzasadniająca zastosowanie art. 14e § 1a pkt 2 O.p., a także, czy stwierdzając o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej organ dopełnił wymogu formalnego z art. 14e § 5 O.p., tj. wskazał znaczenie interpretacji ogólnej wraz z podaniem miejsca jej publikacji.
Dalej przypomnieć należy, że sporna pomiędzy stronami problematyka była już przedmiotem rozważań w sądownictwie administracyjnym, w tym w przywołanych przez stronę skarżącą wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego (por. np. wyroki: z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 1158/21; z 13 lipca 2023 r., sygn. akt II FSK 224/21 - wszystkie wyroki sądów administracyjnych powołane w uzasadnieniu dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych) i wojewódzkich sądów administracyjnych, chociażby w wyroku tut. Sądu z dnia 22 października 2025 r., sygn. akt I SA/Gl 517/25. Skład orzekający podziela poglądy w tych judykatach wyrażone i w dalszej części uzasadnienia posłuży się zawartą w nich argumentacją.
W tych ramach wskazać należy, że zgodnie z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. organ interpretacyjny może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.
W literaturze uznaje się, że wprowadzone rozwiązanie ma istotne znaczenie i wynika z jednoznacznego ustalenia w przepisach Ordynacji podatkowej relacji między interpretacją ogólną a interpretacjami indywidualnymi. Kluczowe znaczenie ma tu art. 14b § 5a O.p., który wskazuje na brak możliwości wydania interpretacji indywidualnej, jeżeli w takim samym stanie prawnym została wydana interpretacja ogólna. Przyjęcie tej zasady powoduje przyznanie przez ustawodawcę prymatu wykładni dokonanej w interpretacji ogólnej (por. K. Teszner (w:) Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 14 (e).
W realiach rozpoznawanej sprawy nie jest sporne, że 3 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretacje ogólną nr DD8.8203.1.2021. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. (t.j. Dz.U. z 2022 r. poz. 2647 z późn. zm.), dalej: u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.
Natomiast przedmiotem wniosku złożonego przez skarżącego była odpowiedź na następujące pytanie:
Czy prawidłowe jest stanowisko wnioskodawcy, zgodnie z którym opisana we wniosku działalność badawczo-rozwojowa realizowana w przedstawionych cyklach badawczo-rozwojowych w roku 2022 jak i analogiczna działalność realizowana w przyszłości stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu art. 5a pkt 38 w zw. z art. 5a pkt 40 u.p.d.o.f., co w konsekwencji uprawniało (i będzie uprawniać) wnioskodawcę do odliczenia od podstawy opodatkowania wydatków kwalifikowanych ponoszonych w związku z tą działalnością z uwzględnieniem limitów określonych w art. 26e ust. 7 u.p.d.o.f. wykazane w deklaracji podatkowej za rok 2022 oraz w deklaracjach podatkowych za lata kolejne?
Jednocześnie organ interpretacyjny wskazał w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej, że przepis art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. odnosi się do czasu faktycznie poświęconego. W rozumieniu wnioskodawcy pojęcie czasu pracy przeznaczonego na realizację działalności badawczo-rozwojowej, o którym mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f., odnosi się do czasu faktycznie poświęconego. Oznacza to, że w przypadku takiego pracownika należy ustalić, ile godzin w ogólnym miesięcznym czasie pracy poświęcił na działalność B+R.
Reasumując, organ interpretacyjny stwierdził, że prawidłowe jest stanowisko wnioskodawcy, zgodnie z którym przedstawione w opisie stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego koszty pracownicze obejmujące wynagrodzenia zasadnicze za okres wykonywania pracy premie, bonusy i nagrody (pieniężne), dodatki oraz składki z tytułu tych należności, w części finansowanej przez wnioskodawcę jako płatnika składek, tj.: składki na ubezpieczenie emerytalne, składki na ubezpieczenie rentowe, składki na ubezpieczenie wypadkowe, poniesione w odniesieniu do poszczególnych pracowników zespołu badawczo-rozwojowego, w części w jakiej ich czas przeznaczony na realizację działalności B+R pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu zgodnie z przedstawionym powyżej kluczem alokacji oraz takie koszty ponoszone w przyszłości będą stanowiły koszty kwalifikowane o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 u.p.d.o.f. i podlegały odliczeniu od podstawy opodatkowania.
Ponadto skarżący pytał także organ interpretacyjny o odpisy amortyzacyjne dokonywane od środków trwałych wykorzystywanych w prowadzonej działalności B+R, w części w jakiej są one wykorzystywane do działalności B+R zgodnie z zastosowanymi kluczami alokacji i czy takie odpisy amortyzacyjne dokonywane w przyszłości będą stanowiły koszty kwalifikowane i podlegały odliczeniu od podstawy opodatkowania zgodnie z art. 26e ust. 3 u.p.d.o.f.
Przedmiotem wątpliwości była również kwestia zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wydatków na nabycie materiałów i surowców związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową.
Porównując zakres wydanej interpretacji indywidualnej z zakresem interpretacji ogólnej Ministra Finansów stwierdzić należy, że zakres interpretacji indywidualnej jest znacznie szerszy. Interpretacja indywidualna swoim zakresem przedmiotowym obejmuje wiele przepisów oraz zagadnień. Zatem wygaszona interpretacja obejmowała także inne zagadnienia i na skutek jej wygaszenia w całości pozbawiła podatnika ochrony interpretacyjnej w całości, a nie tylko w zakresie zagadnienia niezgodnego z interpretacją ogólną.
Mając na uwadze powyższe Sąd nie podzielił stanowiska organu interpretacyjnego o konieczności wygaśnięcia powołanej wyżej interpretacji w całości z uwagi na interpretację ogólną Ministra Finansów. Przede wszystkim przedmiotem pytania zawartego we wniosku o interpretację nie była kwestia uznania za koszty kwalifikowane wynagrodzeń pracowników za czas urlopu, choroby. Niemniej jednak organ interpretacyjny wypowiedział się w tym zakresie uznając, że ww. koszty nie mogły stanowić kosztów kwalifikowanych.
Niezależnie od powyższego Sąd nie podziela poglądu, że właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. powinna prowadzić do wniosku, iż organ nie miał prawa stwierdzić wygaśnięcia tylko części interpretacji indywidualnej. W interpretacjach indywidualnych bowiem organ dokonuje wykładni wielu przepisów prawa podatkowego, często dotyczących różnych kwestii. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Nieracjonalne by było, gdyby za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ miałby stwierdzić jej wygaśnięcie w całości.
Przesłanką zastosowania wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Gdyby przyjąć, że interpretacja indywidualne jest niezgodna z ogólną tylko w części, a organ zobligowany jest stwierdzić jej wygaśnięcie w całości - to orzekałby o wygaśnięciu interpretacji również w części prawidłowej, w zakresie, w jakim daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony.
Zatem nieuprawnione byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w zagadnieniach prawidłowo zinterpretowanych, w sytuacji, kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem sprawy (jednym przepisem), który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w danej interpretacji. Należy mieć bowiem na uwadze przede wszystkim literalne brzmienie art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Przepis ten przewiduje tylko jedną, pozytywną przesłankę warunkująca zasadność stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej: jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Równocześnie przepisy Ordynacji podatkowej nie ustanawiają żadnych przesłanek negatywnych, które uniemożliwiałyby organowi wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej po zmianie stanu prawnego, w którym została ona wydana.
Zdaniem Sądu właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. prowadzi do wniosku, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcia również w części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne.
Przede wszystkim, jak już była o tym mowa powyżej, przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. W sytuacji, gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w części, a nie w całości, albowiem w określonym zakresie jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony.
W świetle art. 14a § 1a O.p. interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 O.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 O.p. przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 O.p.).
Powyższe oznacza jednak, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 O.p. - jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 O.p. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 O.p.
Ponadto podnieść należy, że art. 14e § 1a pkt 2 O.p. pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej.
W konsekwencji, zdaniem Sądu, zaskarżone postanowienie organu interpretacyjnego oraz poprzedzające je postanowienie wydane w pierwszej instancji zostało wydane z naruszeniem art. 14e § 1a pkt 2 O.p.
Sąd nie podzielił natomiast podniesionych w skardze zarzutów naruszenia pozostałych przepisów prawa procesowego w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W ocenie Sądu nie może zostać uznany za trafny zarzut naruszenia art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. oraz art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. w sposób w skardze wskazany.
Podkreślić także trzeba, iż wygaśnięcie interpretacji indywidualnej pozbawi stronę wynikającej z tej interpretacji ochrony. Z art. 14k § 1, § 2, § 3 O.p. wynika bowiem "zasada nieszkodzenia" - i to w okolicznościach, kiedy stwierdzono wygaśnięcie pierwotnie wydanej interpretacji (A. Kabat (w:) S. Babiarz, B. Dauter, R. Hauser, M. Niezgódka-Medek, J. Rudowski, A. Kabat, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XI, Warszawa 2019, art. 14k).
Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r. poz. 935 z późn. zm.), dalej: P.p.s.a. uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie wydane w pierwszej instancji.
O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 P.p.s.a., zasądzając od organu interpretacyjnego na rzecz skarżącego koszty postępowania w kwocie 680 zł, na którą składają się: uiszczony wpis od skargi w wysokości 200 zł, wynagrodzenie pełnomocnika, będącego radcą prawnym w wysokości 480 zł.