4. art. 120 O.p. zobowiązującego organ podatkowy do działania na podstawie i w granicach przepisów prawa oraz przyjęcie za podstawę wydania zaskarżonej decyzji Zawiadomienia Komisji w sprawie pojęcia pomocy państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, pisma Dyrektora Urzędu Konkurencji i Konsumentów z dnia 9 kwietnia 2021 r. [...].
2.6. Zaskarżoną decyzją Kolegium utrzymało w mocy decyzję Prezydenta. Kolegium wskazało, że spór w sprawie sprowadza się do odpowiedzi na pytanie, czy możliwym jest zastosowanie wobec podatnika będącego przedsiębiorcą zwolnienia przewidzianego w ustawie podatkowej, w sytuacji, gdy zwolnienie to zostało wprowadzone do krajowego porządku prawnego bez uprzedniej notyfikacji pomocy publicznej wymaganej na mocy przepisów wspólnotowych. Okoliczności faktyczne sprawy dotyczące podmiotu (w tym statusu wnioskodawcy jako przedsiębiorcy), przedmiotu oraz stawki podatku od nieruchomości pozostają niesporne. Zastosowanie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. przez Spółkę nie może być zrealizowane. Stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie oznaczałoby naruszenie unijnych przepisów o pomocy publicznej, poprzez zastosowanie przepisów realizujących taką pomoc, które nie zostały notyfikowane Komisji Europejskiej.
2.7. W skardze na ww. decyzję pełnomocnik Spółki zarzucił, że decyzja ta została wydana z naruszeniem:
1. art. 7 pkt ust. 1 u.p.o.l. w zw. z art. 75 § 4a O.p. poprzez ich niezastosowanie, podczas gdy stan faktyczny i zgromadzona w toku postępowania dowodowego dokumentacja wprost wskazuje, iż nieruchomość będącą działką ewidencyjną oznaczoną nr [...] objęta wpisem do księgi wieczystej nr [...] nosi cechy, o których mowa w wymienionym przepisie ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, w konsekwencji czego wniosek Spółki w zakresie stwierdzenia nadpłaty podatku od nieruchomości powinien zostać w całości uwzględniony.
2. art. 108 ust. 3 w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 108 ust. 3 TFUE i art. 216 w zw. z art. 6 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego jest przesłanką do odmowy stwierdzenia takiej nadpłaty pomimo wystąpienia ustawowych przesłanek zwolnienia podatkowego, podczas gdy niedochowanie obowiązku notyfikacji nie może wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego.
3. art. 122 O.p., art. 187 § 1 O.p. i art. 191 O.p., w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE, to jest nie dochowanie obowiązku zebrania i rozpatrzenia dowodów oraz dostatecznego wyjaśnienia stanu faktycznego sprawy, w rezultacie czego wydano decyzję podatkową przy błędnej ocenie w zakresie sprzyjania zwolnienia podatkowego niektórym przedsiębiorstwom łub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi, które w świetle celu tego systemu znajdują się w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej (selektywność zwolnienia podatkowego).
W skardze przedstawiono argumentację nawiązującą do wcześniej przedstawionej w odwołaniu od decyzji.
Strona wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji administracyjnej oraz poprzedzającej ją decyzję Prezydenta, zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego wg norm przepisanych.
2.8. W odpowiedzi na skargę Kolegium, wnosząc o jej oddalenie, podtrzymało dotychczasową argumentację.
2.9. Postanowieniem z dnia 6 lipca 2023 r. Sąd zawiesił postępowanie sądowe z uwagi na wniesione przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 19 kwietnia 2023 r. III FSK 3/22 pytanie prejudycjalne do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej: "1) Czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym? 2) Czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?" (wszystkie przywołane orzeczenia sądów administracyjnych dostępne są na stronie: www.orzeczenia.nsa.gov.pl.).
2.10. Postanowieniem z dnia Sąd podjął zawieszone postępowanie z uwagi na rozstrzygnięcie pytania prejudycjalnego wyrokiem Trybunału z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23.
3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:
3.1. Skarga okazała się zasadna.
3.2. Na wstępie wskazać należy, że zadaniem sądu administracyjnego jest zbadanie prawidłowości zastosowania przez organy administracji przepisów obowiązującego prawa, zarówno prawa materialnego, jak też przepisów postępowania. Uwzględnienie skargi następuje w przypadku stwierdzenia przez sąd naruszenia przepisów prawa materialnego, jeżeli miało ono wpływ na wynik sprawy lub naruszenia przepisów prawa procesowego, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także dające podstawę do wznowienia postępowania - art. 145 § 1 pkt 1ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm., dalej: p.p.s.a.). W razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części – art. 151 p.p.s.a. Zgodnie natomiast z art. 134 § 1 p.p.s.a. Sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (który to wyjątek nie ma w niniejszej sprawie zastosowania).
3.3. Przedmiotem sporu jest możliwość zastosowania wobec Skarżącej zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l.
Zdaniem Kolegium powyższe zwolnienie zostało wprowadzone do porządku krajowego bez notyfikacji, a zatem nie może być zastosowane.
Skarżąca nie podziela stanowiska Kolegium, wskazując, iż doszło do spełnienia przesłanek z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. warunkujących zastosowanie zwolnienia od podatku od nieruchomości zgodnie z jej wnioskiem.
3.4. Dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji Sąd uznał, iż stanowisko Kolegium nie zasługuje na akceptację, albowiem wyrokiem z dnia 29 kwietnia 2025 r. Trybunał Sprawiedliwości w sprawie C‑453/23 mającej za przedmiot wniosek o wydanie, na podstawie art. 267 TFUE, orzeczenia w trybie prejudycjalnym, złożony przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z dnia 19 kwietnia 2023 r., uznał, iż art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści (orzeczenia TSUE na stronie https://curia.europa.eu.).
W konsekwencji błędne jest stanowisko Kolegium, iż zastosowanie zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. przez Spółkę nie może być zrealizowane, albowiem stwierdzenie nadpłaty w rozpoznawanej sprawie oznaczałoby naruszenie unijnych przepisów o pomocy publicznej, poprzez zastosowanie przepisów realizujących taką pomoc, które nie zostały notyfikowane Komisji Europejskiej.
Skład orzekający podziela wyrażony w wyroku z dnia 30 sierpnia 2025 r. III FSK 3/22 pogląd, zgodnie z którym zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ma charakter ogólny i abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz.Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47), przy czym dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej.
Skoro przedmiotem opodatkowania w rozumieniu art. 2 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest grunt, to z tej perspektywy jego powierzchnia winna wyznaczać zarówno podstawę opodatkowania od nieruchomości, jak i wyłączenie i zwolnienie z tej daniny, w takim zakresie, w jakim ten grunt jest faktycznie związany (zajęty) na prowadzenie preferowanej przez prawodawcę działalności gospodarczej; tylko wówczas, gdy z ustalonego stanu faktycznego jednoznacznie wynika, że wymieniony w nim preferowany podatkowo obiekt budowlany zajmuje grunt obejmujący całą działkę geodezyjną, dopuszczalne jest objęcie takiej działki zakresem zwolnienia z podatku od nieruchomości dla infrastruktury kolejowej, spełniającej kryteria z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.
Zasadny okazał się zatem podniesiony w skardze zarzut naruszenia art. 108 ust. 3 w zw. z art. 107 ust. 1 TFUE w zw. z art. 108 ust. 3 TFUE i art. 216 w zw. z art. 6 Konstytucji RP poprzez ich błędną wykładnię i w konsekwencji odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego jest przesłanką do odmowy stwierdzenia takiej nadpłaty pomimo wystąpienia ustawowych przesłanek zwolnienia podatkowego, podczas gdy niedochowanie obowiązku notyfikacji nie może wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego.
W konsekwencji przesądzenie przez Sąd czy w istocie Skarżącej przysługuje prawo do zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. uznać należy za przedwczesne. Sąd, dokonując kontroli legalności zaskarżonej decyzji we wskazanych powyżej granicach, nie może zastępować organu podatkowego w tym zakresie.
3.5. Mając na uwadze powyższe Sąd wyeliminował z obrotu prawnego zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 a) p.p.s.a.
Rozpoznając sprawę ponownie Kolegium dokona oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego oraz zastosuje właściwe w sprawie przepisy prawa materialnego. Celem postępowania odwoławczego będzie ustalenie czy zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. znajdzie w sprawie zastosowanie. Rozpoznając sprawę ponownie Kolegium uwzględni wyrażoną przez Sąd ocenę prawną opartą na wyroku Trybunału w sprawie C-453/23 oraz wyroku NSA w sprawie III FSK 3/22.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 1 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę 6917 zł składa się wpis w wysokości 1500 zł, opłata od dokumentu pełnomocnictwa w kwocie 17 zł oraz koszty zastępstwa procesowego w kwocie 5400 zł.