Wyrok WSA z dnia 17 czerwca 2025, sygn. I SA/Gl 1579/24

Utrzymując w mocy zaskarżone postanowienie organ interpretacyjny stwierdził, że analiza treści zażalenia na ww. postanowienie wykazała, że zarzuty wysunięte w zażaleniu nie są zasadne i nie znajdują oparcia w przepisach prawa. W wyniku ponownej analizy uznano, że zakres przedmiotowy wniosku dotyczy zagadnienia, o którym mowa w interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. Nr DD8.8203.1.2021 oraz stanu prawnego tożsamego z tym, w którym wydano ww. interpretację ogólną. Stanowisko przedstawione w interpretacji z 26 lipca 2023 r., jest niezgodne z interpretacją Ministra Finansów, dlatego stwierdzono, że interpretacja ta wygasła. Organ interpretacyjny wskazał przy tym na art. 14e § 3, art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Wyjaśnił, że przepisy O.p. nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części i w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, należy ją wygasić w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 tejże ustawy. Dotyczy to wygaszania wszystkich interpretacji indywidualnych. W sytuacji gdy:

- stan faktyczny (zdarzenie przyszłe) przedstawiony we wniosku odpowiada zagadnieniu będącemu przedmiotem interpretacji ogólnej wydanej w takim samym stanie prawnym,

- rozstrzygnięcie co do zakresu oraz sposobu stosowania przepisów prawa podatkowego w interpretacji indywidualnej jest niezgodne (nawet w niewielkiej części z interpretacją ogólną),

to zachodzi podstawa do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w tym trybie, a obowiązujące przepisy nie dają podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jedynie w części. Podobnie Szef KAS może zmienić interpretację jeśli stwierdzi jej nieprawidłowość (w domyśle nieprawidłowa jest cała interpretacja, choćby nawet w części organ interpretacyjny miał rację), a jego decyzja poprzedzona jest analizą wniosku wnioskodawcy oraz analizą i weryfikacją interpretacji wydanej przez organ interpretacyjny. Niewątpliwie przesłanka warunkująca stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, o której mowa w art. 14e § 1a pkt 2 O.p., tj. interpretacja indywidualna jest niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, jest spełniona również w przypadku, gdy interpretacja indywidualna dotyczy także innych zagadnień podatkowych (pozostających poza zakresem interpretacji ogólnej).

W związku z powyższym, mając na uwadze, że akty te - chociażby w części - zostały podjęte w tożsamym stanie prawnym oraz fakt, że przepisy O.p. nie przewidują możliwości wygaszania interpretacji w części uznano, że organowi przysługuje prawo do stwierdzenia wygaśnięcia takiej interpretacji indywidualnej. Tym samym, w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości. Stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności interpretacji indywidualnej oraz ogólnej, musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości.

Odnosząc się do powołanych wyroków sądów administracyjnych organ interpretacyjny wskazał, że nie są one wiążące dla organu podatkowego. Orzeczenia te dotyczą tylko konkretnych, indywidualnych spraw, osadzonych w określonych stanach faktycznych/zdarzeniach przyszłych i tylko w tych sprawach wydane rozstrzygnięcia są wiążące. Nie negując, że orzecznictwo jest cennym źródłem wskazującym kierunki wykładni norm prawa podatkowego, zauważono, że moc obowiązująca wyroków zamyka się w obrębie spraw, w których zostały wydane. Wynika to również z treści art. 153 p.p.s.a.

W skardze na powyższe postanowienie Spółka zarzuciła naruszenie:

- art. 14e § 3 O.p. w zw. z art. 14e §1a pkt 2, art.14b § 5a, art. 14b § 3 tej ustawy w związku z utrzymaniem w mocy, a więc zaaprobowaniem postanowienia o wygaszeniu interpretacji indywidualnej, które nastąpiło z naruszeniem ww. przepisów polegającym na bezprawnym wygaszeniu interpretacji indywidualnej nie będącej niezgodną z interpretacją ogólną;

- art. 120 i 121 § 1 O.p. poprzez wygaszenie interpretacji indywidualnej w całości pomimo, iż nie została spełniona dyspozycja art. 14e § 1a pkt 2 O.p.,

- art. 32 Konstytucji Rzeczypospolitej poprzez naruszenie zasady równego traktowania obywateli poprzez pozbawienie skarżącego ochrony jaką uzyskał w związku z wydaną interpretacją indywidualną.

Alternatywnie do tych zarzutów, jeżeli uznać, że interpretacja indywidualna obejmowała swoim zakresem zagadnienie poruszone w interpretacji ogólnej wskazano na naruszenie:

- art. 14e § 3 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2, art.14b § 5a, art. 14b § 3 O.p. poprzez wygaszenie całości interpretacji indywidualnej, zamiast wygaszenia interpretacji wyłącznie w zakresie niezgodnym z interpretacją ogólną.

W oparciu o te zarzuty skarżący domagał się uchylenia obu postanowień i zasądzenia na swoją rzecz zwrotu kosztów postępowania.

W odpowiedzi na skargę organ interpretacyjny wniósł o jej oddalenie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył co następuje:

Skarga jest zasadna.

Przede wszystkim Sąd zwrócił uwagę na zakres pytań postawionych we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej. Pytania te były następujące:

1. czy prawidłowe jest stanowisko wnioskodawcy zgodnie z którym opisany projekt spełnia przesłanki działalności badawczo-rozwojowej z art. 4a pkt 26 updop w zw. z pkt 28?

2. czy poniesione przez wnioskodawcę na rzecz pracowników zaangażowanych w realizację projektu koszty pracownicze opisane w stanie faktycznym oraz pozostałe koszty, w tym zwłaszcza koszty materiałów i surowców, stanowią koszty kwalifikowane w rozumieniu art. 18d usta., 2 pkt 1 i 2 updop?

3. czy fakt posiadania wyodrębnionej ewidencji kosztów kwalifikowanych opisanej w stanie faktycznym spełnia warunki prowadzenia ewidencji określone art. 9 ust. 1b updop i tym samym uprawnia do skorzystania z ulgi B+R, tj. odliczenia, o którym mowa w art. 18d ust. 1 updop?

4. czy dofinansowanie do wynagrodzeń pracowniczych uzyskane przez Spółkę na podstawie art. 15zzb ust. 1 Tarczy Antykryzysowej pozwala na uznanie części wynagrodzeń pracowniczych wraz z ubezpieczeniem społecznym i zdrowotnym wynikającym ze stosunku pracy pracowników realizujących Projekt uprawnia Spółkę do zakwalifikowania kosztów pracowniczych w zakresie nieobjętym dofinansowaniem jako kosztów kwalifikowanych w rozumieniu art. 18d ust. 2 updop?

Przedstawiając własne stanowisko w sprawie, Spółka stwierdziła, że projekt spełnia wymogi stawiane działalności badawczo-rozwojowej wymienione w art. 4a pkt 26 updop. Stanowisko Spółki w tej części zostało uznane za prawidłowe w opisanej wyżej interpretacji indywidualnej.

Co do drugiej kwestii Spółka stwierdziła we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, że koszty poniesione w celu wykonania Projektu, tj. koszty pracownicze oraz koszty materiałów i surowców spełniają przesłanki kosztów kwalifikowanych, o których mowa w art. 18d ust. 2 pkt 1 i 2 updop. Spółka zamierzała odliczyć jako koszt kwalifikowany wyłącznie proporcjonalną cześć wynagrodzenia zasadniczego, nadgodzin oraz przypadających od nich składek na ubezpieczenie społeczne. Wynagrodzenie tak określone zaliczane miało być do ogólnego czasu pracy, w proporcji w jakiej pracownik przeznaczył czas na faktyczny wymiar realizowania obowiązków z zakresu działalności B+R. Ponadto Spółka planowała odliczyć wynagrodzenie pracownika z etapu oferowania produktu polegającego na wstępnym opracowaniu rozwiązań technicznych, ustaleniu kosztów materiałowych oraz harmonogramu pracy nad urządzeniem. Nadto Spółka chciała odliczyć wynagrodzenie pracowników odpowiedzialnych za koordynację Projektu, pracowników ogólnej administracji w zakresie w jakim wykonywali zadania na rzecz projektów badawczo-rozwojowych, pracowników odpowiedzialnych za właściwe zarządzanie działalnością B+R oraz nabycia materiałów i surowców bezpośrednio związanych z prowadzoną działalnością badawczo-rozwojową.

DKIS w wydanej interpretacji uznał stanowisko Spółki w tym zakresie co do zasady za prawidłowe. Wskazał jednak, że odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika, tj. wynagrodzeń za czas choroby lub innej usprawiedliwionej nieobecności, czy też urlopu wypoczynkowego oraz wynagrodzenie za inne zwolnienia od pracy. Dalej wskazał organ, że wynagrodzenie za czas pracowników przeznaczony na szkolenia dla utrzymania ruchu dla operatorów również nie stanowi kosztu kwalifikowanego.

Co do pytania trzeciego Spółka podała, że będzie prowadziła ewidencję kosztów kwalifikowanych. Organ w wydanej interpretacji indywidualnej stwierdził, że fakt posiadania takiej ewidencji spełnia warunki prowadzenia ewidencji określone w art. 9 ust. 1b updop i uprawnia do skorzystania z ulgi B+R.

W kwestii objętej pytaniem nr 4 Spółka wskazała, że w ramach szeroko opisywanych powyżej kosztów pracowniczych, zamierza również odliczyć jako koszt kwalifikowany część wynagrodzenia pracowniczego powiększonego o wynikające ze stosunku pracy ubezpieczenie społeczne i zdrowotne, w zakresie kosztów pracowniczych nieobjętych dofinansowaniem do wynagrodzeń pracowniczych, o którym mowa w art. 15zzb Tarczy Antykryzysowej, co wynika z art. 18d ust. 5 updop.

Wnioskodawca nie zamierza jednak traktować jako kosztu kwalifikowanego kosztów ubezpieczenia społecznego i zdrowotnego w zakresie, w jakim były one objęte dofinansowaniem, gdyż koszty te nie zostały de facto przez Wnioskodawcę poniesione. Organ interpretacyjny aprobując to stanowisko stwierdził, że literalne brzmienie artykułu 18d ust. 5 u.p.d.o.p., wskazuje jednoznacznie, że okolicznością, która wyklucza odliczenie kosztów kwalifikowanych jest ich zwrot w jakiejkolwiek formie lub odliczenie ich w jakiejkolwiek postaci od podstawy opodatkowania.

Spółka nie wniosła skargi do sądu na opisaną wyżej interpretację indywidualną.

Tymczasem powołana przez organ interpretacja ogólna dotyczyła wyłącznie jednej kwestii. Minister Finansów stwierdził, że zarówno czas urlopu jak i czas zwolnienia chorobowego, za które przysługuje wynagrodzenie chorobowe, nie są bezpośrednim czasem wykonywania pracy, ale są czasem zatrudnienia pracownika, za który to czas przysługują pracownikowi należności wynikające z zatrudnienia, a na pracodawcy ciążą obowiązki związane, czy to z wypłatą wynagrodzenia, czy z odprowadzaniem składek z tytułu zatrudnienia. W świetle powyższego nie ma zatem podstaw prawnych do wyłączenia z katalogu kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej należności poniesionych przez pracodawcę, stanowiących, zgodnie z art. 12 ust. 1 ustawy o PIT, przychód pracownika realizującego działalność badawczo-rozwojową, a uzyskanych, gdy nie świadczy on pracy z powodu usprawiedliwionej nieobecności. Zarówno wynagrodzenia za czas urlopu jak i choroby stanowią przychód pracownika, o którym mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT.

Jak słusznie podniesiono w uzasadnieniu skargi, Spółka nie pytała o możliwość zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzenia pracowników za czas ich usprawiedliwionej nieobecności w pracy. Owszem, zagadnienie to było przedmiotem rozważań DKIS, jednak stanowiło ono wyłącznie część rozważań organu. W konsekwencji w ocenie Sądu organ nieprawidłowo stwierdził wygaśnięcie wydanej interpretacji indywidualnej w całości.

Zgodnie z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.

W postępowaniu dotyczącym stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 2 OP organ zobowiązany jest wyłącznie porównać treść interpretacji indywidualnej i ogólnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych. Należy mieć na uwadze przede wszystkim literalne brzmienie powołanego przepisu. Przepis ten przewiduje tylko jedną, pozytywną przesłankę warunkującą zasadność stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej - jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Równocześnie przepisy O.p. nie wskazują żadnych przesłanek negatywnych, które uniemożliwiałyby organowi wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej po zmianie stanu prawnego, w którym została ona wydana. Wypełnienie jednoznacznej pozytywnej normy z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. przez organ podatkowy nie powinno być uznawane za naruszenie prawa, tym bardziej, że w ten sposób dochodzi do wyeliminowania z obrotu prawnego interpretacji, która z uwagi na zmianę stanu prawnego i utraty funkcji gwarancyjnej, stała się bezużyteczna.

Jednakże nie można podzielić poglądu, że organ nie miał prawa stwierdzić wygaśnięcia tylko części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Nieracjonalne by było, gdyby za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ miałby stwierdzić jej wygaśnięcie w całości (tak NSA w wyroku z 8 sierpnia 2023 r., sygn. akt II FSK 1157/21). Przesłanką zastosowania wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. W konsekwencji to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Gdyby przyjąć, że interpretacja indywidualna jest niezgodna z ogólną tylko w części, a organ zobligowany jest stwierdzić jej wygaśnięcie w całości - to orzekałby o wygaśnięciu interpretacji również w części prawidłowej, w zakresie, w jakim daje możliwość skorzystania z przypisanej jej ochrony.

Tak zaś postąpił organ w niniejszej sprawie. Analiza przywołanych wyżej zakresów interpretacji indywidualnej i interpretacji ogólnej prowadzi do wniosku, że stanowisko Ministra Finansów dotyczyło wyłącznie kwestii zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wydatków na wynagrodzenia pracownika za czas jego usprawiedliwionej nieobecności w pracy. Zakres interpretacji indywidualnej zaś dotyczył czterech kwestii – uznania działalności Spółki za badawczo-rozwojową, wynagrodzenia pracowników wykonujących te czynności, prawidłowości proponowanej metodyki ewidencji kosztów oraz uznania za koszty kwalifikowane dofinansowania do wynagrodzeń pracowniczych uzyskanych przez Spółkę na podstawie art. 15zzb ust. 1 Tarczy Antykryzysowej

W znacznej części stanowisko Spółki DKIS uznał za prawidłowe, a oceny tej nie zmieniła wydana później interpretacja ogólna. Stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości było zatem nieuprawnione i pozbawiło Spółkę ochrony wynikającej z zastosowania się do interpretacji.

Jednakże nie ma racji skarżąca twierdząc, że interpretacja ogólna nie miała żadnego wpływu na treść interpretacji indywidualnej. Kwestia zaliczenia do kosztów kwalifikowanych wynagrodzenia pracowników za czas ich usprawiedliwionej nieobecności w pracy była jednym z wątków poruszonych przez DKIS, mimo że Spółka we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej wprost nie zadała takiego pytania. Organ zawarł stanowisko niekorzystne dla Spółki w tym zakresie stwierdzając, że koszty te nie podlegają zaliczeniu do kosztów kwalifikowanych. Rzeczywiście interpretacja ogólna zmienia to zapatrywanie. Jak wskazano w interpretacji ogólnej, pojedyncze elementy składowe wynagrodzenia pracownika, tj. wynagrodzenia urlopowe i chorobowe, powinny być traktowane jako składniki kosztu wynagrodzenia kwalifikowanego do ulgi badawczo-rozwojowej, w takiej części, w jakiej do ich poniesienia, pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów oraz przy zachowaniu wszystkich pozostałych wymogów nakładanych na podatnika poprzez treść art. 26e ustawy o PIT i odpowiednio art. 18d ustawy o CIT.

Mając na uwadze powyższe organ dopuścił się naruszenia art. 14e § 1a pkt 2 OP, ponieważ nie porównał zakresu interpretacji indywidualnej z ogólną stwierdzając konieczność wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości. Wobec przedstawionych argumentów Sąd orzekł jak w sentencji na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r., poz. 935).

Ponownie rozpatrując sprawę organ weźmie pod uwagę przedstawioną wyżej argumentację i zbada zasadność stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części.

W punkcie drugim sentencji Sąd orzekł o kosztach postępowania w oparciu o art. 200 w zw. z art. 205 ppsa. Na zasądzoną kwotę składa się uiszczony wpis oraz wynagrodzenie pełnomocnika ustalone w oparciu o § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935).