Wyrok WSA z dnia 13 sierpnia 2025, sygn. I SA/Gl 169/25

b) art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. poprzez naruszenie zasady zaufania do organów podatkowych oraz zasady przekonywania o trafności ustaleń organu podatkowego, poprzez utrzymanie w mocy postanowienia I instancji w sytuacji, gdy postanowienie to nie zawierało uzasadnienia z czego wynika i w jakim zakresie zachodzi niezgodność interpretacji indywidualnej, w której potwierdzono Jedynie ogólnie prawo Skarżącej do uznania za koszty kwalifikowane ulgi B+R wynagrodzeń pracowników zaangażowanych w prace B+R, z interpretacją ogólną, dotyczącą kwalifikowalności do kosztów B+R tzw. wynagrodzeń urlopowych i chorobowych,

c) art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. poprzez wadliwe uzasadnienie faktyczne i prawne zaskarżonego postanowienia polegające na pominięciu okoliczności, że podatnik we wniosku o interpretację stanowiącym podstawę do wydania wygaszonej interpretacji w stanie faktycznym zawarł informację, że nie zamierza zaliczać do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń związanych z nieobecnościami pracowników, co oznacza że kwestia ta w istocie nie była przedmiotem interpretacji, wobec czego niemożliwym jest stwierdzenie jej niezgodności z interpretacją ogólną, co powinno doprowadzić do uchylenia przez Organ postanowienia wydanego w I instancji.

Mając powyższe na uwadze pełnomocnik wniósł o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia Dyrektora i poprzedzającego go postanowienia Dyrektora, ewentualnie o uchylenie w całości zaskarżonego postanowienia oraz przekazanie sprawy do organu celem ponownego rozpatrzenia, zasądzenie na rzecz Skarżącego kosztów postępowania.

Zdaniem Skarżącej, uzyskana przez nią interpretacja indywidualna nie jest sprzeczna z interpretacją ogólną w zakresie stanu faktycznego będącego przedmiotem postawionego pytania. Fakt, iż Organ niejako przy okazji wyraził zapatrywanie na pojęcie "ogólny czas pracownika" nie może doprowadzić do wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości.

Dyrektor zaczął w 2024 r. masowo wygaszać indywidualne interpretacje podatkowe w przedmiocie możliwości skorzystania z ulgi badawczo-rozwojowej. Wydawane postanowienia są praktycznie identyczne i tak samo lapidarne w przedmiocie uzasadnienia. Pojawiły się jednak pierwsze orzeczenia Wojewódzkich Sądów Administracyjnych w tym przedmiocie, przyznające słuszność skarżącym (np. wyrok WSA z Gorzowa Wielkopolskiego z 12.12.2024 r. I SA/Go 294/24).

W kwestii wykładni przepisu art. 14e § 1a pkt 2 O.p. wypowiadał się także NSA, który w wyroku z dnia 8 sierpnia 2023 r. II FSK1158/21 stwierdził, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcie tylko części interpretacji indywidualnej, skoro interpretacje te mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości Jest bezzasadne.

Zdaniem pełnomocnika Organ całkowicie zaniechał analizy ewentualnej niezgodności między interpretacjami oraz kwestią istotności ewentualnej niezgodności na cel i charakter wydanej interpretacji. Za brakiem wygaszenia interpretacji przemawiają dodatkowo następujące okoliczności:

1) Nawet w przypadku stwierdzenia niezgodności interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną nie zachodzi ryzyko, że dojdzie do potencjalnych negatywnych skutków podatkowych dla Skarbu Państwa (w szczególności zaniżenia kwot zobowiązań podatkowych) i poszukiwania przez Podatnika nieuzasadnionej ochrony w uzyskanej interpretacji indywidualnej niezgodnej z interpretacją ogólną. W niniejszej sprawie mamy bowiem do czynienia z kwestią stosowania ulgi podatkowej, czyli uprawnienia podatnika do obniżenia obciążeń podatkowych, gdzie podatnik sam Jednoznacznie wskazał, że w pewnym zakresie nie zamierza z tego uprawnienia korzystać, a następnie interpretacja ogólna wskazała, że w takim zakresie również to uprawnienie przysługuje. Z tej perspektywy wygaszenie interpretacji nie jest celowe ani racjonalne. Wygaszenie byłoby uzasadnione, gdyby podatnik uzyskał interpretację potwierdzającą możliwość zaliczania do kosztów kwalifikowanych wynagrodzeń za czas nieobecności, a następnie została wydana interpretacja ogólna która takiej możliwości nie przewiduje. W takiej sytuacji uzasadnione byłoby wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej sprzecznej z interpretacją ogólną.

Po drugie, wygaszona interpretacja obejmowała także inne zagadnienia i na skutek jej wygaszenia w całości pozbawia podatnika ochrony interpretacyjnej w całości, a nie tylko w zakresie zagadnienia niezgodnego z interpretacją ogólną. Podkreślić należy, że podatnik wstanie faktycznym wskazał, że nie zamierza zaliczać do ulgi badawczo-rozwojowej wynagrodzeń za czas nieobecności pracowników.

Po trzecie, jak wynika z uzasadnienia zaskarżonego postanowienia, mimo wygaszenia interpretacji podatnik może poszukiwać analogicznej ochrony na podstawie interpretacji ogólnej, ale pomija fakt, że traci ochronę w zakresie pozostałych zagadnień objętych interpretacją indywidualną. I to zagadnień będących jedynym przedmiotem pytania we wniosku o wydanie Indywidualnej Interpretacji. Jest to rażący przejaw naruszenia zasady zaufania. Trudno nie odnieść wrażenia, że w ten sposób zastawiana Jest swoista pułapka na podatnika, który może nie być świadomy, że ochrona wynikająca z interpretacji ogólnej dotyczy tylko zagadnienia objętego tą interpretacją ogólną, a na skutek wygaszenia interpretacji indywidualnej podatnik straci ochronę w całym pozostałym zakresie. 

W konsekwencji, prawidłowe działanie Organu powinno polegać na pozostawieniu w obrocie uzyskanej przez Skarżącą interpretacji indywidualnej, skoro i tak może na podstawie interpretacji ogólnej uzyskać analogiczną ochronę w sprawie zagadnienia, które daje mu potencjalnie większe uprawnienia. Innymi słowy, gdyby podatnik w przyszłości zmienił zdanie i zamierzał uwzględniać w uldze B+R koszty wynagrodzeń za czas nieobecności, to mógłby to zrobić w oparciu o interpretację ogólną, a nie występować o interpretację indywidualną.

2.6. W odpowiedzi na skargę Dyrektor, podtrzymując dotychczasowe stanowisko, wniósł o jej oddalenie.

3. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:

3.1. Skarga okazała się zasadna, albowiem zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora naruszają przepisy prawa procesowego w stopniu skutkującym koniecznością ich eliminacji z obrotu prawnego.

3.2. Istota sporu sprowadza się do odpowiedzi na pytanie czy zasadnie Dyrektor wygasił interpretację indywidualną w całości na podstawie art. 14 e § 1a pkt 2 O.p. z uwagi na jej sprzeczność z Interpretacją Ogólną Ministra Finansów.

Rozważając sporne zagadnienie Sąd podzielił stanowisko Skarżącej, zgodnie z którym uzyskana przez nią interpretacja indywidualna nie jest sprzeczna z interpretacją ogólną w zakresie stanu faktycznego będącego przedmiotem postawionego pytania.

3.3. Uzasadniając takie rozstrzygnięcie na wstępie wskazać należy, że w przypadku postanowień wydanych w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p., sądowe kompetencje kontrolne ograniczają się do oceny, czy organ dokonał prawidłowego porównania interpretacji ogólnej i indywidualnej pod kątem stanu prawnego oraz tożsamości zagadnień podatkowych poruszanych w obu interpretacjach, czy prawidłowo uznał, że pomiędzy obiema interpretacjami zachodzi sprzeczność uzasadniająca zastosowanie art. 14e § 1a pkt 2 O.p., a także, czy stwierdzając o wygaśnięciu interpretacji indywidualnej organ dopełnił wymogu formalnego z art. 14e § 5 O.p., tj. wskazało znaczenie interpretacji ogólnej wraz z podaniem miejsca jej publikacji.

Dalej przypomnieć należy, że sporna pomiędzy stronami problematyka była już przedmiotem rozważań w sądownictwie administracyjnym, w tym w przywołanych przez stronę skarżącą wyrokach NSA (np. wyrok NSA z dnia 8 sierpnia 2023 r. II FSK 1157/21) i WSA. Skład orzekający podziela poglądy w tych judykatach wyrażone i w dalszej części uzasadnienia posłuży się zawartą w nich argumentacją.

W tych ramach wskazać należy, że zgodnie z art. 14e § 1a pkt 2 O.p. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśniecie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.

W literaturze uznaje się, że wprowadzone rozwiązanie ma istotne znaczenie i wynika z jednoznacznego ustalenia w przepisach Ordynacji podatkowej relacji między interpretacją ogólną a interpretacjami indywidualnymi. Kluczowe znaczenie ma tu art. 14b § 5a O.p., który wskazuje na brak możliwości wydania interpretacji indywidualnej, jeżeli w takim samym stanie prawnym została wydana interpretacja ogólna. Przyjęcie tej zasady powoduje przyznanie przez ustawodawcę prymatu wykładni dokonanej w interpretacji ogólnej (por. K. Teszner (w:) Ordynacja podatkowa. Komentarz aktualizowany, red. L. Etel, LEX/el. 2021, art. 14 (e).

3.4. W realiach rozpoznawanej sprawy nie jest sporne, że 3 lutego 2024 r. Minister Finansów wydał interpretacje ogólną nr DD8.8203.1.2021, w takim samym stanie prawnym. Interpretacja ta dotyczy możliwości zaliczenia do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej poniesionych przez podatnika w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 u.p.d.o.f. oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tych należności określonych w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych w związku z usprawiedliwioną nieobecnością pracownika.

Natomiast przedmiotem wniosku złożonego przez Skarżącą były zadane pytania w zakresie potwierdzenia, że opisana działalność Skarżącej stanowi działalność badawczo-rozwojową w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tj. Dz. U. z 2022 r. poz. 2647 z późn. zm., dalej: u.p.d.o.f.) oraz sfinansowanych przez płatnika składek z tytułu tego tytułu, która to działalność uprawnia Skarżącą do odliczenia wydatków kwalifikowanych ponoszonych w związku z tą działalnością. Organ uznał stanowisko Skarżącej za prawidłowe, potwierdzając, że działalność traktowana jest jako B+R.

Jednocześnie Dyrektor wskazał w uzasadnieniu interpretacji indywidualnej, że przez "ogólny czas pracy pracownika w danym miesiącu'', należy rozumieć wyłącznie czas faktycznie przepracowany. W konsekwencji dla obliczenia proporcji kosztów kwalifikowanych nie należy brać pod uwagę czasu, w jakim pracownik nie wykonywał pracy, np. w związku z urlopem, zwolnieniem lekarskim czy też opieką nad dzieckiem". Organ stwierdził zatem, że odliczeniu nie będą podlegały kwoty wynagrodzeń oraz składek proporcjonalnie przypisanych do dni nieobecności pracownika tj. wynagrodzeń za czas urlopu, wynagrodzeń za czas niezdolności do pracy, co nie było przedmiotem pytania skierowanego przez Skarżącą we wniosku. Tymczasem Skarżąca wyjaśniła we wniosku, że nie zamierzała uwzględniać tych kosztów.

Mając na uwadze powyższe Sąd nie podzielił stanowiska Dyrektora o konieczności wygaśnięcia powołanej wyżej interpretacji z uwagi na Interpretację Ogólną Ministra Finansów. Zasadnie bowiem podniesiono w skardze, że nie jest ona sprzeczna z interpretacją indywidualną wydaną w stosunku do Wnioskodawcy. Po pierwsze przedmiotem pytania zawartego we wniosku o interpretację nie była kwestia uznania za koszty kwalifikowane wynagrodzeń pracowników za czas urlopu, choroby. Niemniej jednak Dyrektor wypowiedział się w tym zakresie uznając, że ww. koszty nie mogły stanowić kosztów kwalifikowanych.

3.5. Niezależnie od powyższego Sąd nie podzielił poglądu Dyrektora co do braku możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części. W interpretacjach indywidualnych bowiem organ dokonuje wykładni wielu przepisów prawa podatkowego, często dotyczących różnych kwestii. Zatem nieuprawnione byłoby stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości, tj. również w zagadnieniach prawidłowo zinterpretowanych, w sytuacji, kiedy konieczność ta pojawiła się w związku z jednym elementem sprawy (jednym przepisem), który to element nie miał znaczenia dla pozostałych kwestii poruszonych w danej interpretacji. Należy mieć bowiem na uwadze przede wszystkim literalne brzmienie art. 14e § 1a pkt 6 O.p. Przepis ten przewiduje tylko jedną, pozytywną przesłankę warunkująca zasadność stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej: jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Równocześnie przepisy Ordynacji podatkowej nie ustanawiają żadnych przesłanek negatywnych, które uniemożliwiałyby organowi wyeliminowanie z obrotu prawnego interpretacji indywidualnej po zmianie stanu prawnego, w którym została ona wydana.

Zdaniem Sądu właściwa wykładnia art. 14e § 1a pkt 2 O.p. prowadzi do wniosku, że organ ma prawo stwierdzić wygaśnięcia również w części interpretacji indywidualnej. Interpretacje indywidualne mogą swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele przepisów oraz zagadnień. Stąd też przyjęcie, że za każdym razem, gdy interpretacja indywidualna straci na aktualności tylko w określonym zakresie, organ może stwierdzić jedynie jej wygaśnięcie w całości jest bezzasadne.

Przede wszystkim, jak już była o tym mowa powyżej, przesłanką zastosowania wspomnianego przepisu jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których organ jest władny stwierdzić wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. W sytuacji, gdy zachodzi niezgodność tylko części interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną - organ powinien stwierdzić wygaśnięcie tej pierwszej w części, a nie w całości, albowiem w określonym zakresie jest wciąż adekwatna względem obowiązujących przepisów i daje możliwości skorzystania z przypisanej jej ochrony.

Interpretując art. 14e § 1a pkt 6 O.p. należy mieć na uwagę, że dotyczy on zarówno interpretacji indywidualnych, jak i interpretacji ogólnych, stąd też nie można go wykładać z pominięciem chociażby art. 14c § 1 oraz art. 14a § 1a O.p. - czyli przepisów mających zasadnicze znaczenie dla zrozumienia obu rodzajów interpretacji.

W świetle art. 14a § 1a O.p. interpretacja ogólna wydawana jest na tle abstrakcyjnie ujętego zdarzenia (zagadnienia) w powiązaniu z konkretnym problemem prawnym powstałym w związku z interpretacją przepisów prawa podatkowego. Natomiast treść art. 14a § 2 pkt 2 O.p. wyraźnie wskazuje, że instytucja ta ma służyć zachowaniu jednolitości stosowania prawa przez organy podatkowe. Tego rodzaju interpretacja nie ma jednak sama z siebie żadnej mocy wiążącej, zarówno dla organów, jak i podatników. Tym niemniej można w sposób pośredni przypisać jej funkcje ochronne. Przede wszystkim w art. 14k § 2 O.p. przewidziano, że zastosowanie się do interpretacji ogólnej przed jej zmianą nie może szkodzić temu, kto się do niej zastosował, jak również w przypadku nieuwzględnienia jej w rozstrzygnięciu sprawy podatkowej. Ponadto podatnik może wywodzić ją z ogólnych zasad Ordynacji podatkowej, chociażby z zasady zaufania do organów (art. 121 § 1 O.p.).

Powyższe oznacza jednak, że tak długo, jak w obrocie prawnym pozostaje interpretacja indywidualna odnosząca się do stanu faktycznego bądź zdarzenia przyszłego, jak również stanowiska prawnego strony, które odpowiadają zagadnieniu, o którym jest mowa w art. 14a § 1a pkt 1 O.p. - jej adresat korzysta z ochrony przewidzianej w art. 14k § 1 O.p. Ustaje ona dopiero wraz ze stwierdzeniem wygaśnięcia interpretacji indywidualnej na podstawie art. 14e § 1a pkt 6 O.p.

Ponadto podnieść należy, że art. 14e § 1a pkt 6 O.p. pozostaje w takiej relacji względem interpretacji indywidualnych i ogólnych, że w pełni zasadnym jest posłużenie się jedną z podstawowych reguł interpretacyjnych, tj. wnioskowania a fortiori w postaci argumentum a maiori ad minus. Dla tego rodzaju rozumowania podstawą są przepisy uprawniające, a przebiega ono w ten sposób, że skoro komuś wolno więcej, tym bardziej wolno mniej. W rozpoznawanej sprawie oznacza to tyle, że skoro organ mógł stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w całości, tym bardziej mógł to uczynić tylko w stosunku do części z niej.

Reasumując, jakkolwiek zasadnie twierdzi Dyrektor, iż przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części, to jednak z powołanego powyżej przepisu wynika, iż w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów, brak podstaw prawnych do jej wygaszenia w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 O.p.

W konsekwencji, zdaniem Sądu zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie Dyrektora wydane w I instancji zostało wydane z naruszeniem art. 14e § 1a pkt 2 O.p.

3.6. Sąd nie podzielił natomiast podniesionych w skardze zarzutów naruszenia pozostałych przepisów prawa procesowego w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. W ocenie Sądu nie może zostać uznany za trafny zarzut naruszenia art. 121 § 1 w zw. z art. 124 O.p. w zw. z art. 14e § 1a pkt 2 i art. 14h O.p. oraz art. 217 § 2 w zw. z art. 127 O.p. w sposób w skardze wskazany.

Podkreślić także trzeba, iż wygaśnięcie interpretacji indywidualnej pozbawi Stronę wynikającej z tej interpretacji ochrony. Z art. 14k § 1, § 2, § 3 O.p. wynika bowiem "zasada nieszkodzenia" - i to w okolicznościach, kiedy stwierdzono wygaśnięcie pierwotnie wydanej interpretacji (A. Kabat (w:) S. Babiarz, B. Dauter, R. Hauser, M. Niezgódka-Medek, J. Rudowski, A. Kabat, Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. XI, Warszawa 2019, art. 14k).

3.7. Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) i art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.) uchylił zaskarżone postanowienie oraz poprzedzające je postanowienie wydane w I instancji. Wyeliminowanie powyższych aktów z obrotu prawnego oznacza, że nie zachodzi konieczność ponownego rozstrzygnięcia w sprawie, tj. wydania postanowienia o wygaszeniu interpretacji indywidualnej.

O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 p.p.s.a. Na zasądzoną kwotę składa się uiszczony wpis od skargi w wysokości 200 zł, wynagrodzenie pełnomocnika w wysokości 480 zł oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa.