Odnosząc powyższe do sprawy, organ odwoławczy zauważył, że organ podatkowy ustalił Spółce dodatkowe Zobowiązanie w podatku od towarów i usług, za poszczególne miesiące od lipca do grudnia 2019 r. w wysokości odpowiadającej 30% kwot zaniżenia zobowiązania podatkowego i zawyżenia różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe. Jak podkreślił w zaskarżonej decyzji, w wyniku analizy sprawy stwierdził, że w sprawie nie wystąpiła żadna z okoliczności wskazanych w art. 112b ust. 3, a zatem nie ma możliwości odstąpienia od ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego. Ponadto organ podatkowy zaznaczył również, że ustalając dodatkowe zobowiązanie wziął pod uwagę wskazane wyżej tezy wynikające z wyroku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 15 kwietnia 2021 r. w sprawie C-935/19. W szczególności zaś zbadał kwestię proporcjonalności nałożenia dodatkowego zobowiązania w powiązaniu ze stwierdzonymi nieprawidłowościami. Jak zauważył Podatniczka nie stosowała ograniczenia w odliczaniu podatku naliczonego wynikającego z art. 90 u.p.t.u. wyłącznie w odniesieniu do faktur VAT otrzymanych od A. M. za dzierżawę nieruchomości, pomimo tego, iż w innych przypadkach takie ograniczenie zostało przez nią zastosowane. Ponadto organ podatkowy podkreślił, że po zakończeniu kontroli, a przed wszczęciem postępowania Podatniczka nie skorygowała swoich rozliczeń, nawet o oczywiste nieprawidłowości dotyczące importu usług. Wobec powyższego organ podatkowy ustalił dodatkowe zobowiązanie w podatku od towarów i usług w wysokości 30%, za miesiące: lipiec, sierpień, listopad 2019 r. - na podstawie art. 112b ust. 1 pkt 1 lit. a, za miesiące: wrzesień, październik i grudzień 2019 r. - na podstawie art. 112b ust. 1 pkt 1 lit. c u.p.t.u. Dyrektor zauważył, że organ podatkowy powołał się przy tym na brzmienie art. 112b u.p.t.u. w brzmieniu nieobowiązującym w dniu wydania decyzji i choć wskazuje to na wadliwość działania tego organu, zdaniem organu odwoławczego, nie stanowi przesłanki do uznania, że nastąpiło naruszenie prawa w stopniu istotnym dla rozstrzygnięcia, gdyż z okoliczności sprawy wynika, że organ podatkowy mógł wydać zaskarżoną decyzję w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług mając do tego podstawę w znowelizowanym przepisie art. 112b tej samej ustawy czyli u.p.t.u. Nie mnie jednak wskutek dokonania przez Dyrektora odmiennego od organu podatkowego rozliczenia w zakresie korekty podatku naliczonego w związku ze sprzedażą pojazdu Volkswagen Caddy w grudniu 2019 r., koniecznym stało się skorygowanie zaskarżonej decyzji także w zakresie ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za grudzień 2019 r.
Odnosząc się do zarzutów odwołania Dyrektor uznał, że nie zasługują one na uwzględnienie. Nie doszło bowiem do naruszenia art. 86 ust. 1, art. 90 ust. 2-3, art. 112b ust. 2 pkt 1 i art. 9 ust. 1 u.p.t.u. Dodatkowo organ podkreślił, że żadna z okoliczności wskazanych w art. 112b ust. u.p.t.u., która wyłączałaby możliwość ustalenia dodatkowego zobowiązania podatkowego na podstawie art. 112b ust. 1. Spółka również nie wskazała na ziszczenie się takiej przesłanki. Każda ze złożonych przez Podatniczkę deklaracji VAT-7 za okresy: od lipca do grudnia 2019 r. została wypełniona w sposób nierzetelny i niestaranny. Nie była to zatem sytuacja incydentalna, którą można tłumaczyć błędem rachunkowym czy oczywistą omyłką. Po zakończeniu kontroli Podatniczka nie skorygowała wcześniejszych rozliczeń i to pomimo faktu, iż nie kwestionowała wszystkich nieprawidłowości stwierdzonych przez organ podatkowy w toku tej kontroli. Reasumując, zdaniem Dyrektora w niniejszej sprawie niewątpliwie wystąpiły okoliczności uzasadniające zastosowanie art. 112b ust. 1 u.p.t.u., czyli ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług. Ujawnienie nieprawidłowości w dokonanych przez Spółkę w rozliczeniach z całą pewnością oznacza, iż nie tylko nie wykazała się starannością w realizowaniu obowiązku w tym zakresie, ale także działała wbrew obowiązującym przepisom prawa w zakresie prawa do odliczenia podatku naliczonego. Działanie to nie dotyczyło jednej deklaracji. e. Skutkiem tych nieprawidłowości było m. in. zawyżenie nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następne okresy rozliczeniowe za miesiące: wrzesień, październik 1 grudzień 2019 r. oraz zaniżenie wpłaty należnych zobowiązań za miesiące: lipiec, sierpień i listopad 2019 r., tj. uszczuplenie wpływów do Skarbu Państwa. Organ odwoławczy stwierdził także, że kontrola podatkowa w zakresie podatku dochodowego od osób prawnych nie ma znaczenia dla rozliczeń w podatku od towarów i usług. Odnosząc się natomiast do zarzutów naruszenia przepisów postępowania, tj. art. 120 i art. 121 § 1 O.p., Dyrektor stwierdził, że zarzuty te są całkowicie bezpodstawne. W toku postępowania podatkowego organ podatkowy ma obowiązek podejmować niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy zgodnie z zasadą prawdy materialnej (obiektywnej) wyrażoną w art. 122 O.p., gdyż ustalenie stanu faktycznego sprawy jest niezbędnym elementem prawidłowego zastosowania norm prawa materialnego, co wiąże się z kolei z realizacją zasady praworządności wyrażonej w art. 120 ww. ustawy. Wspomniane normy ogólne mają odzwierciedlenie w szczegółowych przepisach procesowych, w tym m.in. w art. 187 O.p., zgodnie z którym organ podatkowy winien podejmować określone czynności procesowe mające na celu zebranie i w sposób wyczerpujący rozpatrzenie materiału dowodowego. Dowodem w sprawie podatkowej jest przy tym wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem (art. 180 O.p.). Organ podatkowy uczynił zadość powyższym wymogom. Zaznaczył przy tym, że ustalenia kontroli podatkowej, a następnie postępowania podatkowego nie muszą być tożsame, choćby z uwagi na możliwość pojawienia się po kontroli podatkowej czy w trakcie postępowania podatkowego nowych dowodów wpływających na ostateczne ustalenia.
W skardze na powyższą decyzję Spółka, reprezentowana przez pełnomocnika w osobie doradcy podatkowego, zarzuciła naruszenie:
1. Błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj.:
- art. 86 ust. 1 u.p.t.u. poprzez jego nieprawidłowe zastosowanie, gdzie w istocie Stronie przysługiwało prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego z tytułu dzierżawionych nieruchomości.
- art. 90 ust. 3 u.p.t.u., poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, w momencie gdy Skarżącej przysługiwało w pełni odliczenie podatku naliczonego.
- art. 112b ust. 2 pkt 1 u.p.t.u. poprzez jego bezzasadne zastosowanie, podczas gdy podatnik rozliczał podatek od towarów i usług zgodnie z obowiązującymi przepisami prawa, w tym zgodnie z aktualną wówczas linią orzeczniczą sądów administracyjnych oraz z utrwaloną praktyką interpretacyjną organów KAS
- art. 9 ust. 1 u.p.t.u., poprzez niewłaściwe zastosowanie, gdyż nie doszło w istocie do transakcji WNT.
2. prawa procesowego, tj.:
- niezastosowanie art. 2a O.p. w zw. z art. 43 ust. 1 pkt. 36 oraz w zw. z art. 86 ust. 1 u.p.t.u. w sytuacji gdy wobec niedających się rozwiać wątpliwości dotyczących przepisów prawa i rozbieżności linii wykładniczej sprawa została rozstrzygnięta na niekorzyść Podatnika
- art. 121 § 1, art. 180 § 1 oraz art. 191 O.p. poprzez naruszenie zasady zaufania i wydanie decyzji sprzecznej z korzystnymi dla podatników rozstrzygnięciami organów administracji skarbowej oraz sądów administracyjnych w tożsamym lub podobnym stanie faktycznym.
Spółka wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji w części, w której Organ:
- zakwestionował pełne prawo do odliczenia podatku od towarów i usług z tytułu faktur za dzierżawę,
- ustalił kwotę dodatkowego zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług,
- zakwestionował sposób rozliczenia sprzedaży samochodu osobowego Volkswagen Caddy poprzez uznanie, że podatnik nieprawidłowo zastosował procedurę VAT-marża.
W uzasadnieniu skargi pełnomocnik Spółki przedstawił historię sprawy i uznał, że organ podatkowy sam posiadał wątpliwości co do stosowania prawa materialnego dokonując różnej wykładni spornego przepisu art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u., gdzie niejednokrotnie analizując wykładnie organów podatkowych oraz sądów administracyjnych, negował zastosowanie zwolnienia, a następnie przychylał się ku temu, iż jest to prawidłowe, mimo, że stan prawny nie ulegał zmianom, a wykładnia wówczas była jednolita, a Spółka zgodnie z nią postępowała dokonując transakcji najmu lokali mieszkalnych. W związku z powyższym, sankcje VAT nałożone na Skarżącą w tym wypadku, okazują się bezzasadne, bowiem to rolą organu podatkowego było właściwe określenie zastosowania przepisów prawa, a jego zmienność interpretacyjna i konfundowanie w zakresie właściwego stosowania prawa nie może być przerzucana bezkarnie na Spółkę. Analogicznie w przypadku umów dzierżawy, bowiem organ wszczął postępowanie podatkowe w 2022 r. w zakresie podatku od towarów i usług za rok 2019 i zakwestionował w decyzji pełne prawo do odliczenia podatku od towarów i usług z faktur za dzierżawę co w efekcie było zajęciem odmiennego stanowiska niż to przedstawione w Protokole VAT oraz Protokole CIT organu podatkowego. Rozbieżność ta, zdaniem Skarżącej, rażąco to wzbudza niepewność co do zasady zaufania do organów, gdzie zajmuje odmienne stanowisko, niżeli to przedstawione w poprzednim postępowaniu, a w następnej kolejność z tego tytułu nakłada sankcję. Nie sposób twierdzić, że organ stosował się do zasady zgodnie z którą postępowanie podatkowe powinno być prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych. Jak bowiem można "mieć" zaufanie do organu, który w krótkich odstępach czasu zmienia swoje podejście i nie dość, że kwestionuje pełne prawo do odliczenia podatku od towarów i usług, to jeszcze dodatkowo nakłada na podatnika sankcję (dodatkowe zobowiązanie podatkowe). Zdaniem pełnomocnika jest to działanie niedopuszczalne, by karać podatnika poprzez nałożenie sankcji w sytuacji, w której to organ sam nie wie jak interpretować przepisy prawa podatkowego o czym świadczą odmienne stanowiska zajęte przez ten sam organ w Protokole VAT oraz w Decyzji. Sankcja nie powinna być nakładana na podatnika, który działa zgodnie z literą prawa, bowiem są nią objęte tylko celowe i świadome nadużycia, co w przedmiotowej sprawie nie miało miejsca. Jak wynika z dotychczasowych ustaleń Spółka, na żadnym etapie prowadzenia działalności nie miała na celu dokonania oszustwa podatkowego, a jedynie działała w oparciu o prezentowane przez organ podatkowy stanowisko, zatem stosowanie w tym wypadku sankcji okazuje się bezzasadne, bowiem to w wyniku pierwotnego błędu tego organu, wynikającego z możliwości stosowania przez Spółkę zwolnienia z podatku od towarów i usług, a następnie poprzez przeprowadzenie kontroli podatkowej, w której nie została podważona prawidłowa stawka tego podatku, w stosunku do możliwości zaliczenia faktur dzierżaw do kosztów uzyskania przychodu. Spółka działała w dobrej wierze i przekonaniu, iż słusznym jest odliczanie podatku w pełnej wysokości. Spółka odwołała się także do orzecznictwa sądów administracyjnych.
Wskazała również, że jeżeli transakcja została już opodatkowana poza terytorium kraju tut. Niemczech, to wobec tego, nie może to prowadzić to sytuacji, gdy ta sama czynność, ten sam przedmiot będzie ponownie podlegał opodatkowaniu. Taka sytuacja, prowadziłaby więc do naruszenia zasady neutralności podatku od wartości dodanej i prowadziła to bezpodstawnego podwójnego opodatkowania jednego przedmiotu. Organ, ustalając podstawę opodatkowania pominął powyższy aspekt, stwierdziwszy, iż właściwym jest wzięcie całościowej kwoty transakcji, gdyż faktura wystawiona na kwotę brutto, w tym przypadku nie ma znaczenia. Sytuacja taka stoi na sprzeczności wykazanych powyżej aspektów, a podstawą opodatkowania w tym przypadku, w ocenie Skarżącej winna być wynikająca kwota netto, określona na fakturze zakupowej. Podsumowując, w ocenie Skarżącej zasadnym było nie rozpoznanie spornej transakcji jako WNT. Ponadto, jeśli zatem nie doszło do transakcji WNT, to Skarżąca miała prawo do zastosowania procedury specjalnej VAT-Marża, gdyż środek transportu zakupiony został jako używany.
Końcowo Spółka zaznaczyła, iż w momencie wnoszenia powyższej skargi upłynął bieg terminu przedawnienia za okres lipiec - listopad 2019, gdyż w ocenie Skarżącej nie zostały spełnione przesłanki wynikające z art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p.
W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył, co następuje:
Skarga jedynie w części zasługiwała na uwzględnienie.
W pierwszej kolejności należy zauważyć, że skarga dotyczy przede wszystkim dotyczy ustalenia Skarżącej dodatkowego zobowiązania podatkowego w wysokości 30% na podstawie art. 112b ust. 1 i ust. 2 u.p.t.u. Kolejną kwestią jest poprawność przyjęcia przez organ podatkowy, co zaakceptował organ odwoławczy konieczności zastosowania art. 90 ust. 3 u.p.t.u. do faktur z tytułu dzierżawy nieruchomości wobec uznania przez organ podatkowy, że skarżąca miała prawo zastosować zwolnienie z art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. w zakresie dotyczącym faktur najmu tych nieruchomości. Ostatnią kwestią sporną jest zaś zastosowanie przez organ podatkowy korekty podatku wynikającego z faktury sprzedaży samochodu osobowego Volkswagen Caddy.
Należy zatem zauważyć, że kwestia zastosowania w sprawie art. 90 ust. 3 u.p.t.u. do faktur dzierżawy była konsekwencją zastosowania przez organ podatkowy zasady uzasadnionych oczekiwań wynikającej zarówno z doktryny, jak i orzecznictwa TSUE i sądów administracyjnych.
Należy zatem przypomnieć tezę Naczelnego Sądu Administracyjnego, który w wyroku z 17 kwietnia 2019 r., sygn. akt I FSK 494/17, wskazał, że "Zasada zaufania (ochrony uzasadnionych oczekiwań) wyrażona w art. 121 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613 ze zm.), jako jedna z podstawowych zasad demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji RP), wyklucza możliwość żądania zapłaty a posteriori podatku VAT, którego podatnik w związku z będącymi przedmiotem sporu usługami nie naliczał swojemu partnerowi handlowemu oraz nie wpłacał na rachunek administracji podatkowej, w sytuacji gdy utrwalona wykładnia i praktyka stosowania prawa podatkowego przez organy podatkowe, na podstawie której podatnik ukształtował długoterminowe zobowiązanie do świadczenia usługi, dawały podstawy do wywołania u tego podatnika uzasadnionego przekonania, że nie jest zobowiązany do naliczania rzeczonego podatku". Z kolei w wyroku z 25 lutego 2025 r., sygn. akt I FSK 1909/21, NSA przypomniał, że "W orzecznictwie sądów administracyjnych wielokrotnie powtarzano, że zasada wynikająca z art. 121 § 1 O.p. nie nakłada na organ podatkowy obowiązku powielania błędnej interpretacji, czy wadliwego stosowania prawa, nawet w odniesieniu do tego samego podatnika (por. wyroki NSA: z 24 lutego 2015 r., I FSK 1783/13; z 27 kwietnia 2016 r., I GSK 1138/14, publik. CBOSA). Poglądy takie wyrażane były także w piśmiennictwie (por. A. Hanusz, Kontrola sądowoadministracyjna stosowania zasady zaufania do organów podatkowych, Państwo i Prawo z 2013 r., nr 8, s. 20-35). Jednocześnie jednak zwracano uwagę, że zasada wynikająca z art. 121 § 1 O.p. nie może być wyłącznie postulatem, a obowiązkiem sądów jest wyważanie tej zasady i zasady praworządności, wynikającej z art. 120 O.p. Sądy wielokrotnie podkreślały, że uchybienia organu prowadzącego postępowanie nie mogą wywoływać ujemnych następstw dla podatnika, jeżeli działał on w dobrej wierze i zaufaniu do otrzymanej decyzji bądź interpretacji (por. wyroki NSA: z 9 listopada 1987 r., III SA 702/187, opubl. w ONSA z 1987 r. Nr 2, poz. 79; z 24 maja 2016 r., II FSK 692/14, publik. CBOSA) lub do utrwalonej i znanej praktyki organów podatkowych (por. wyrok NSA z 17 kwietnia 2019 r., I FSK 494/17, publik. CBOSA). W orzecznictwie sądowym utrwala się zatem pogląd, że w niektórych przypadkach, gdy po stronie podatnika istnieje uzasadnione oczekiwanie, wywołane działaniem organu podatkowego, że zachowanie podatnika odpowiada prawu, zasada pogłębiania zaufania do organów podatkowych powinna mieć pierwszeństwo przed zasadą legalizmu.
W tym zakresie należy mieć na uwadze także – ściśle łączącą się z zasadą zaufania (art. 121 § 1 O.p.) zasadę pewności prawa, którą uznać należy za naruszoną, gdy przy niejednoznaczności zakresu opodatkowania danej czynności organy państwa, w tym wyspecjalizowane w zakresie wykładni i stosowania prawa podatkowego, określają stanowczo zakres tego opodatkowania (poprzez interpretację podatkową wydaną na wniosek podatnika) i wymagają od uczestników obrotu gospodarczego dostosowania się do tej wykładni, po czym zmieniają tę wykładnię i wobec stosujących się do niej podmiotów gospodarczych wszczynają działania egzekwujące prawo podatkowe według zmienionej wykładni tego samego zagadnienia.
Zasada zaufania obywatela do państwa i stanowionego przez nie prawa opiera się na pewności prawa, a więc takim zespole cech przysługujących prawu, które zapewniają jednostce bezpieczeństwo prawne i umożliwiają jej decydowanie o swoim postępowaniu w oparciu o pełną znajomość przesłanek działania organów państwowych oraz konsekwencji prawnych, jakie jej działania mogą pociągnąć za sobą. Podmioty gospodarcze mają prawo oczekiwać, że organy podatkowe jednolicie prezentujące stanowisko odnośnie zakresu opodatkowania określonych zdarzeń, nie zmienią tego stanowiska w sposób arbitralny i nie obciążą skutkami tej zmiany stosujących się do tej wykładni i praktyki podatników. Bezpieczeństwo prawne podmiotów gospodarczych związane z pewnością prawa i zasadą zaufania do organów państwa, sprzeciwia się zatem praktyce przerzucania na podatników negatywnych skutków zmiany utrwalonej wykładni i stosowania danych przepisów podatkowych".
Przytoczenie powyższych wyroków w niniejszej sprawie jest konieczne, albowiem organ podatkowy stosując powyższą zasadę uznał, że pomimo treści art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. skarżącej przysługiwało prawo do zastosowania ze zwolnienia wynikającego z tego przepisu do faktur dokumentujących najem nieruchomości dzierżawionych. Zwrócono bowiem uwagę na interpretację ogólną Ministra Finansów z dnia 8 października 2021 r., w której wyrażono wykładnię art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. odmienną od wykładni prezentowanej przez organy interpretacyjne uprzednio. Minister Finansów w interpretacji ogólnej stwierdził, że usługa wynajmu lub dzierżawy nieruchomości o charakterze mieszkalnym świadczona na rzecz podmiotu gospodarczego podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, a zwolnienie, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. nie ma w tym przypadku zastosowania. Organ podatkowy wskazał jednak, że w końcowej części interpretacji ogólnej Minister Finansów zwrócił uwagę na przepisy O.p. dotyczące utrwalonej praktyki interpretacyjnej. Jak zaznaczono, zgodnie z art. 14n § 4 pkt 2 O.p. w przypadku zastosowania się przez podatnika w danym okresie rozliczeniowym do utrwalonej praktyki interpretacyjnej organów Krajowej Administracji Skarbowej stosuje się odpowiednio przepisy art. 14k-14m O.p. W konsekwencji, pomimo wykładni art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. zaprezentowanej w ww. interpretacji ogólnej, mając na uwadze wydawane wcześniej interpretacje Dyrektora KIS w zakresie wynajmu nieruchomości mieszkalnych w sytuacji analogicznej do sytuacji skarżącej (w których zajmowano stanowisko odmienne od ostatecznie przyjętego przez Ministra Finansów w interpretacji ogólnej), organy w niniejszej sprawie uznały, że spółka mogła zastosować zwolnienie z podatku od towarów i usług na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. Powyższe stanowisko organu nie stanowi przedmiotu sporu pomiędzy stronami. Jednakże kwestia ta istotna jest w świetle art. 112b u.p.t.u.
To właśnie konsekwencją powyższego stanowiska organów było skorygowanie podatku naliczonego dotyczącego dzierżawy ww. nieruchomości. skorzystanie przez spółkę z prawa do stosowania zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. z podatku od towarów i usług z tytułu sprzedaży usług w zakresie wynajmowania lub wydzierżawiania nieruchomości o charakterze mieszkalnym podmiotom gospodarczym, pociąga za sobą konsekwencję w postaci możliwości odliczenia tylko takiej części podatku naliczonego we wcześniejszych fazach obrotu, jaka była uzasadniona wykorzystywaniem danego towaru lub usługi do działalności opodatkowanej.
Podkreślić należy, iż stosownie do postanowień art. 86 ust. 1 u.p.t.u. w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124. Natomiast kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług, o czym stanowi art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a u.p.t.u.
Dokonując zakupu towaru lub usługi, które są następnie tylko częściowo związane z działalnością opodatkowaną, podatnik może odliczyć tylko taką część podatku naliczonego we wcześniejszych fazach obrotu, jaka jest uzasadniona wykorzystywaniem danego towaru lub usługi do działalności opodatkowanej. Jeżeli podatnik jest w stanie określić, w jakiej części wykorzystuje zakupiony towar (usługę) do działalności podlegającej opodatkowaniu, a w jakiej nie, to odrębnie określa kwoty podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje mu prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Jeżeli z jakichś powodów obliczenie tej proporcji nie jest możliwe, podatnik stosuje proporcję wyliczoną na podstawie osiągniętych obrotów (art. 90 u.p.t.u.).
Stosownie bowiem do art. 90 ust. 1 u.p.t.u. w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Z art. 90 ust. 2 tej ustawy wynika, że jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10. Natomiast w myśl art. 90 ust. 3 u.p.t.u. proporcję, o której mowa w ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.
W realiach rozpoznanej sprawy na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego niemożliwe było wyodrębnienie w sposób niebudzący wątpliwości kwot podatku naliczonego związanego odpowiednio z czynnościami opodatkowanymi podatkiem od towarów i usług oraz z czynnościami zwolnionymi z tego podatku, dlatego prawidłowo przyjęto, iż skarżącej przysługuje odliczenie podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wystawionych przez A. M. w proporcji wynoszącej 89%, tj. w wysokości obliczonej w sposób wskazany w art. 90 ust. 3 u.p.t.u. na podstawie danych za 2018 r.
W konsekwencji prawidłowe jest stanowisko, że w każdym z poszczególnych okresów rozliczeniowych od lipca do grudnia 2019 r. Spółka zawyżyła podatek naliczony wynikający z faktur VAT wystawionych przez A. M. o 2.530,00 zł (tj. 11% wartości podatku od towarów i usług z faktury).
Stąd też Sąd uznał, że nie doszło do naruszenia zarówno art. 86 ust. 1, jak i art. 90 ust. 3 u.p.t.u. Zasada uzasadnionych oczekiwań w powyższym względzie nie może mieć zastosowania, bowiem przyznanie skarżącej prawa do pełnego odliczenia podatku naliczonego, w sytuacji, gdy korzysta one ze zwolnienia z podatku od towarów i usług na zasadzie art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. prowadziłoby po stronie spółki do uzyskania nieuzasadnionej korzyści kosztem Skarbu Państwa. Tymczasem ratio legis art. 14n § 4 pkt 2 O.p. to wykluczenie po stronie podatnika ewentualnej szkody wywołanej zmianą utrwalonej praktyki interpretacyjnej. W konsekwencji mając na uwadze ewentualną korzyść po stronie skarżącej, przyznanie spółce w realiach rozpoznanej sprawy prawa do pełnego odliczenia podatku naliczonego stanowiłoby działanie contra legem. Wbrew temu co twierdzi skarżąca, skutki zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej nie mogą być nawet w drodze analogii porównywane ze skutkami nieprawidłowej implementacji przepisów prawa unijnego. W przypadku art. 14n § 4 pkt 2 O.p. nie doszło bowiem do stwierdzenia, aby powyższy przepis naruszył jakąkolwiek normę prawa unijnego.
Także za niezasadny należało uznać zarzut naruszenia art. 9 ust. 1 u.p.t.u. W tym zakresie należy zauważyć, że stosownie do powyższego przepisu przez wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 4, rozumie się nabycie prawa do rozporządzania jak właściciel towarami, które w wyniku dokonanej dostawy są wysyłane lub transportowane na terytorium państwa członkowskiego inne niż terytorium państwa członkowskiego rozpoczęcia wysyłki lub transportu przez dokonującego dostawy, nabywcę towarów lub na ich rzecz.
W niniejszej sprawie skarżąca argumentuje, że nie było WNT dotyczącej nabycia samochodu osobowego Volkswagen Caddy, a zatem mogła zastosować VAT marża. Należy zatem zauważyć, że dokonanie przez organ korekty podatku należnego z tytułu sprzedaży tego samochodu, było wynikiem ustaleń poczynionych w decyzji organu podatkowego z 13 czerwca 2023r. nr [...], utrzymanej w mocy decyzją Dyrektora 31 października 2024 r. nr 2401-IOV2.4103.60.2023/MŚ UNP: 2401-24-252509, w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od stycznia 2019 r. do czerwca 2019 r. Decyzja ta podlegała kontroli tutejszego Sądu, który wyrokiem z 23 lipca 2025 r., sygn. akt I SA/Gl 51/25, oddalił skargę Spółki w tym zakresie, uchylając zaskarżoną decyzję w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od stycznia do czerwca 2019 r. W postępowaniu tym ustalono bowiem, że nabycie ww. samochodu nastąpiło od podmiotu unijnego (F GmbH, DE [...] ), który był w czasie transakcji zarejestrowany jako podatnik podatku od wartości dodanej. Co więcej, nabycie nastąpiło na podstawie faktury nr [...] z 8 kwietnia 2019 r. wystawionej przez F GmbH, [...], [...] F., DE [...] , na kwotę 3.927,00 euro, w tym 627,00 euro podatku od wartości dodanej. W Polsce samochód został zarejestrowany 17 kwietnia 2019 r. pod numerem [...] i został on zaliczony do środków trwałych. Samochód wprowadzono do ewidencji środków trwałych z datą przekazania do użytkowania - 17 kwietnia 2019 r. Ustalenie to nie podlega zatem kontroli w niniejszym postępowaniu, a tym samym podnoszenie zarzutu naruszenia art. 9 ust. 1 u.p.t.u. jest nieuzasadnione.
Konsekwencją jest zatem zastosowanie do sprzedaży tego samochodu zasad ogólnych, albowiem przepisy dotyczące VAT marża nie miały zastosowania w sprawie.
Zgodnie z brzmieniem art. 120 ust. 4 u.p.t.u. w przypadku podatnika dokonującego dostawy towarów używanych, dzieł sztuki, przedmiotów kolekcjonerskich lub antyków nabytych uprzednio przez tego podatnika w ramach prowadzonej działalności, w celu odprzedaży, podstawą opodatkowania podatkiem jest marża stanowiąca różnicę między kwotą sprzedaży a kwotą nabycia, pomniejszona o kwotę podatku. Podmiotem od którego następuje nabycie odsprzedawanych towarów musi być wyłącznie wymieniony w art. 120 ust. 10 u.p.t.u. tj.:
1) osoba fizyczna, osoba prawna lub jednostka organizacyjna niemającej osobowości prawnej, niebędąca podatnikiem, o którym mowa w art. 15 tej ustawy, lub niebędąca podatnikiem podatku od wartości dodanej; podatnik, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113 u.p.t.u.;
2) podatnik, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana zgodnie z ust. 4 i 5 art. 120 u.p.t.u.;
3) podatnik podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była zwolniona od podatku na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w art. 43 ust. 1 pkt 2 lub art. 113 u.p.t.u. oraz
4) podatnik podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem od wartości dodanej na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w ust. 4 i 5, a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.
W orzecznictwie ugruntowany jest obecnie pogląd, że zastosowanie procedury VAT marża wymaga spełnienia przez podatnika określonych przesłanek o charakterze zarówno przedmiotowym, jak i podmiotowym (por. min. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 kwietnia 2020 r., sygn. akt I FSK 416/20). W pierwszej kolejności art. 120 ust. 4 u.p.t.u. ogranicza możliwość rozliczenia podatku według zasad opisanych w tym przepisie do pewnych kategorii towarów, w tym towarów używanych w rozumieniu podanym w art. 120 ust. 1 pkt 4 ustawy o VAT. Kwestia ta nie była w sprawie sporna, dlatego przesłanka o charakterze przedmiotowym nie stanowiła dla organów podatkowych podstawy do kwestionowania stosowanej przez podatnika metody opodatkowania.
W rozpatrywanej sprawie zastosowana przez Skarżącego metoda opodatkowania została zakwestionowana ze względu na przesłanki podmiotowe. Zastosowanie procedury VAT-marża uzależnione jest, bowiem również od tego, czy podatnik nabył towary używane od podatników podatku od wartości dodanej, jeżeli dostawa tych towarów była opodatkowana podatkiem od wartości dodanej na zasadach odpowiadających regulacjom zawartym w ust. 4 i 5 art. 120 u.p.t.u., a nabywca posiada dokumenty jednoznacznie potwierdzające nabycie towarów na tych zasadach.
Jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 6 kwietnia 2017 r., sygn. akt I FSK 1616/15, podatnik podlega wprawdzie opodatkowaniu w systemie VAT marża z mocy prawa, ale tylko przy spełnieniu przesłanek wymienionych w art. 120 ust. 10 i 11 u.p.t.u., co należy odczytywać jako obowiązek wykazania, że zakup towarów nastąpił od podmiotów wymienionych w tych przepisach. Wynika to bowiem z faktu, że towary opodatkowane w systemie VAT marża nie mogły być, w momencie zakupu, opodatkowane podatkiem liczonym od obrotu, co rodziłoby ryzyko w postaci powstania prawa do odliczenia w związku ich nabyciem, potrącanym de facto od podatku liczonego wyłącznie od wartości dodanej - od marży (por. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 30 sierpnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1313/16).
Zatem w świetle powyższego koniecznym było zastosowanie w sprawie art. 90b ust. 1 pkt 2 u.p.t.u., zgodnie z którym w przypadku gdy w ciągu 60 miesięcy, licząc od miesiąca, w którym odpowiednio nabyto, dokonano importu lub oddano do używania pojazd samochodowy w odniesieniu do którego kwotę podatku naliczonego stanowiła kwota, o której mowa w art. 86a ust. 1, nastąpi zmiana jego wykorzystywania na wykorzystywanie wyłącznie do działalności gospodarczej, podatnik jest uprawniony do dokonania korekty kwoty podatku naliczonego odliczonej przy nabyciu, imporcie lub wytworzeniu tego pojazdu. Zgodnie zaś z art. 90b ust. 6 tej ustawy w przypadku pojazdów samochodowych o wartości początkowej nieprzekraczającej 15 000 zł korekty, o której mowa w ust. 1, dokonuje się, jeżeli zmiana ich wykorzystywania nastąpiła w okresie 12 miesięcy, licząc od miesiąca, w którym odpowiednio nabyto, dokonano importu lub oddano do używania ten pojazd samochodowy. Przepisy ust. 2-5 stosuje się odpowiednio. Z art. 91 ust. 4 tej ustawy wynika z kolei, że w przypadku gdy w okresie korekty nastąpi sprzedaż pojazdu samochodowego, uznaje się, że wykorzystanie tego pojazdu zostało zmienione na wykorzystanie wyłącznie do działalności gospodarczej, aż do końca okresu korekty
Jak stanowi zaś art. 86a ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. w przypadku wydatków związanych z pojazdami samochodowymi kwotę podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, stanowi 50% kwoty podatku wynikającej z faktury otrzymanej przez podatnika. Zgodnie z art. 86a ust. 2 pkt 1 tej ustawy do wydatków związanych z pojazdami samochodowymi, o których mowa w ust. 1, zalicza się wydatki dotyczące nabycia, importu lub wytworzenia tych pojazdów oraz nabycia lub importu ich części składowych.
Ponieważ wartość samochodu wynikająca z faktury zakupu wynosiła 3.927,00 euro, to jego wartość wyniosła ponad 15.000 zł, co oznacza, że organ drugiej instancji zasadnie skorygował rozliczenie za grudzień 2019 r. w sposób odmienny uznając, że okres korekty wynosi 60 miesięcy (od kwietnia 2019 r. do marca 2024 r.), a zatem liczba pozostałych miesięcy do końca korekty (t.j. od grudnia 2019 r. do marca 2024 r. wynosi 52 miesiące). Zatem kwota podlegająca korekcie winna być wyliczona jako (1.998,36 zł/60) x 52 = 33,306 x 52 = 1.731,91, tj. wynosi 1.732,00 zł. Tym samym korekta zwiększająca podatek naliczony wynosi 1.732,00 zł (a nie - jak wskazał - organ pierwszej instancji 500,00 zł) i należy ją rozliczyć w deklaracji VAT-7 za grudzień 2019 r.
Końcowo Sąd zauważa, że w zakwestionowanej decyzji rozliczono w sposób odmienny podatek VAT z tytułu nabycia usług od podmiotów unijnych. Skarżąca wykazała faktury z tego tytułu w miesiącach ich otrzymania, nie zaś ich wystawienia korzystając z prawa wynikającego z art. 86 ust. 10a u.p.t.u.
W tym kontekście należy wskazać na wyrok TSUE z 18 marca 2021 r. w sprawie C-895/19. W orzeczeniu tym TSUE zakwestionował obowiązujące w Polsce od 2017 r. przepisy o tzw. "szyku rozstawnym" w podatku należnym i naliczonym. Trybunał uznał, iż niezgodne z dyrektywą VAT są polskie przepisy uzależniające prawo do "neutralnego" rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów od tego, aby podatek należny był wykazany w prawidłowej deklaracji podatkowej złożonej w terminie trzech kolejnych miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy.
Trybunał zajął stanowisko, zgodnie z którym prawo unijne (artykuły 167 i 178 dyrektywy VAT) należy interpretować w ten sposób, że stoi na przeszkodzie stosowaniu przepisów krajowych, zgodnie z którymi wykonanie prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej związanego z nabyciem wewnątrzwspólnotowym w tym samym okresie rozliczeniowym, w którym podatek ten jest należny, jest uzależnione od wykazania należnego podatku od wartości dodanej w deklaracji podatkowej, złożonej w terminie trzech miesięcy od upływu miesiąca, w którym w odniesieniu do nabytych towarów powstał obowiązek podatkowy.
W uzasadnieniu tego orzeczenia TSUE przypomniał, że w ramach wewnątrzwspólnotowych nabyć towarów na podstawie systemu odwrotnego obciążenia żadna zapłata podatku od wartości dodanej nie jest dokonywana pomiędzy sprzedawcą a nabywcą towaru; w odniesieniu do nabycia towaru nabywca jest zobowiązany do uiszczenia naliczonego podatku, a jednocześnie może co do zasady odliczyć ten sam podatek, tak że żadna kwota nie jest należna na rzecz organu podatkowego (zob. podobnie wyrok z dnia 11 grudnia 2014 r., I., C-590/13, EU:C:2014:2429, pkt 33).
TSUE podkreślił także, że zgodnie z utrwalonym orzecznictwem Trybunału prawo podatników do odliczenia od VAT, który są zobowiązani zapłacić, podatku należnego lub zapłaconego z tytułu otrzymanych przez nich towarów i usług powodujących naliczenie podatku stanowi podstawową zasadę wspólnego systemu podatku od wartości dodanej ustanowionego przez prawo Unii (wyroki: z dnia 11 grudnia 2014 r., I., C-590/13, EU:C:2014:2429, pkt 30 i przytoczone tam orzecznictwo; z dnia 15 września 2016 r., S., C-518/14, EU:C:2016:691, pkt 26 i przytoczone tam orzecznictwo). Jak wielokrotnie podkreślił Trybunał, prawo to stanowi integralną część mechanizmu VAT i co do zasady nie podlega ograniczeniu (wyrok z dnia 15 września 2016 r., S., C-518/14, EU:C:2016:691, pkt 37 i przytoczone tam orzecznictwo). System odliczeń ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od ciężaru podatku należnego bądź zapłaconego w ramach całej prowadzonej przez niego działalności gospodarczej. Wspólny system zapewnia w ten sposób neutralność działalności gospodarczej w zakresie obciążeń podatkowych, bez względu na jej cel i rezultaty, pod warunkiem że działalność ta, co do zasady, sama podlega opodatkowaniu VAT (wyrok z dnia 15 września 2016 r., S., C-518/14, EU:C:2016:691, pkt 27 i przytoczone tam orzecznictwo).
W uzasadnieniu wyroku wskazano, że zgodnie z art. 167 dyrektywy VAT prawo do odliczenia naliczonego powstaje w momencie, gdy podatek, który podlega odliczeniu, staje się wymagalny. Zgodnie z art. 69 omawianej dyrektywy w przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów podatek od wartości dodanej staje się wymagalny z chwilą wystawienia faktury lub, jeżeli przed tym dniem nie wystawiono faktury, z upływem terminu, o którym mowa w art. 222 akapit pierwszy owej dyrektywy.
Ponadto prawo do odliczenia podatku od wartości dodanej jest uzależnione od przestrzegania warunków materialnych i formalnych przewidzianych przez dyrektywę VAT (zob. podobnie wyrok z dnia 26 kwietnia 2018 r., Z., C-81/17, EU:C:2018:283, pkt 35). Warunki materialne powstania prawa do odliczenia podatku należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów zgodnie z art. 2 ust. 1 lit. b ppkt (i) owej dyrektywy zostały wyliczone w jej art. 168 lit. c). Zgodnie z nimi konieczne jest, aby nabycia te zostały dokonane przez podatnika, aby podatnik ten był także zobowiązany do zapłaty podatku od wartości dodanej związanego z tymi nabyciami oraz aby rozpatrywane towary były wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Warunki formalne powstania wspomnianego prawa do odliczenia tego podatku regulują natomiast szczegółowe zasady i kontrolę jego wykonywania, a także prawidłowe funkcjonowanie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, takie jak obowiązki dotyczące rachunkowości, wystawiania faktur i składania deklaracji (wyrok z dnia 11 grudnia 2014 r., I., C-590/13, EU:C:2014:2429, pkt 42).
W odniesieniu do podatku należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów z art. 178 lit. c dyrektywy VAT wynika, że wykonanie prawa do odliczenia jest uzależnione od uwzględnienia przed podatnika w jego deklaracji przewidzianej w art. 250 owej dyrektywy wszystkich danych niezbędnych do obliczenia podatku należnego z tytułu dokonanych przez niego wewnątrzwspólnotowych nabyć towarów oraz posiadania przez niego faktury sporządzonej zgodnie z tytułem XI rozdział 3 sekcje 3-5 rzeczonej dyrektywy. Ponadto zgodnie z art. 179 akapit pierwszy dyrektywy VAT podatnik dokonuje odliczenia poprzez potrącenie od całkowitej kwoty podatku należnego za dany okres rozliczeniowy kwoty "dającej w tym samym okresie prawo do odliczenia stosowane zgodnie z art. 178".
Z powyższego wynika, zgodnie z orzecznictwem Trybunału, że z prawa do odliczenia VAT należy co do zasady skorzystać za okres, w którym, po pierwsze, to prawo powstało, i po drugie, w którym podatnik jest w posiadaniu faktury (zob. podobnie wyroki: z dnia 29 kwietnia 2004 r., T., C-152/02, EU:C:2004:268, pkt 34, oraz z dnia 15 września 2016 r., S., C-518/14, EU:C:2016:691, pkt 35). Tak więc prawo do odliczenia podlega wykonaniu co do zasady w tym samym okresie, w którym powstało, to znaczy - w świetle art. 167 dyrektywy VAT - z chwilą, gdy podatek stał się wymagalny (zob. podobnie wyrok z dnia 26 kwietnia 2018 r., Z., C-81/17, EU:C:2018:283, pkt 36).
Niemniej TSUE zauważył, że na podstawie art. 180 i 182 dyrektywy VAT podatnik może zostać upoważniony do dokonania odliczenia, nawet jeśli nie wykonał swego prawa w okresie, w którym prawo to powstało, z zastrzeżeniem spełnienia określonych warunków i wymogów proceduralnych ustalonych przez prawo krajowe (wyroki: z dnia 12 lipca 2012 r., E., C-284/11, EU:C:2012:458, pkt 46 i przytoczone tam orzecznictwo; a także z dnia 26 kwietnia 2018 r., Z., C-81/17, EU:C:2018:283, pkt 37). W tym względzie państwa członkowskie mogą przyjąć, na podstawie art. 273 dyrektywy VAT, środki w celu zapewnienia prawidłowego poboru podatku i zapobiegania oszustwom podatkowym. Środki te nie mogą jednak wykraczać poza to, co jest konieczne dla osiągnięcia tych celów, i nie mogą podważać neutralności podatku od wartości dodanej (wyroki: z dnia 2 lipca 2012 r., E., C-284/11, EU:C:2012:458, pkt 47 i przytoczone tam orzecznictwo; a także z dnia 15 września 2016 r. B., C-516/14, EU:C:2016:690, pkt 47 i przytoczone tam orzecznictwo). Odnosząc zaprezentowane uwagi do polskiej ustawy podatkowej, TSUE wskazał, że po pierwsze, w zakresie, w jakim takie uregulowanie wydaje się uzależniać samo powstanie prawa do odliczenia od spełnienia warunków uzyskania faktury i złożenia deklaracji, należy zauważyć, że powstanie prawa do odliczenia może być uzależnione wyłącznie od materialnych warunków, które są przewidziane w dyrektywie VAT i które w odniesieniu do nabycia wewnątrzwspólnotowego są wymienione w art. 168 lit. c tej dyrektywy. Natomiast nie zależy ono koniecznie od uzyskania faktury ani od złożenia deklaracji czy rozliczenia VAT należnego z tytułu takiego nabycia w określonym terminie. Po drugie, przepisy krajowe mogą skutkować tym, że rozliczenie kwoty wymagalnego podatku od wartości dodanej i tej samej kwoty tego podatku podlegającego odliczeniu, związanych z jednym i tym samym nabyciem wewnątrzwspólnotowym, nie będzie miało miejsca w tym samym okresie rozliczeniowym, niezależnie od okoliczności danej sprawy, dobrej wiary podatnika i powodów opóźnienia w złożeniu deklaracji VAT należnego z tytułu takiego nabycia. Stosowanie tego uregulowania opóźnia, z uwagi na samo naruszenie warunku formalnego, wykonanie prawa do odliczenia podatku należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Tym samym czasowo obarcza ono podatnika ciężarem VAT.
TSUE stwierdził, że z utrwalonego orzecznictwa Trybunału wynika, że w ramach systemu odwrotnego obciążenia podstawowa zasada neutralności podatku od wartości dodanej wymaga, aby odliczenie naliczonego podatku zostało przyznane, jeżeli zostały spełnione wymogi materialne, nawet wówczas, gdy niektóre wymogi formalne zostały pominięte przez podatnika. Jeżeli organ podatkowy posiada informacje niezbędne do ustalenia, że zostały spełnione wymogi materialne, to nie może on nakładać dodatkowych warunków dotyczących przysługującego podatnikowi prawa do odliczenia tego podatku, które mogłyby w efekcie praktycznie uniemożliwić wykonanie tego prawa (wyroki: z dnia 12 lipca 2012 r., E., C-284/11, EU:C:2012:458, pkt 62 i przytoczone tam orzecznictwo; a także z dnia 11 grudnia 2014 r., I., C-590/13, EU:C:2014:2429, pkt 38, 40 i przytoczone tam orzecznictwo). Inaczej może być w przypadku, gdy naruszenie takich wymogów formalnych skutkuje uniemożliwieniem dostarczenia pewnych dowodów na spełnienie wymogów materialnych (wyroki: z dnia 12 lipca 2012 r., E., C-284/11, EU:C:2012:458, pkt 71 i przytoczone tam orzecznictwo; a także z dnia 11 grudnia 2014 r., C-590/13, EU:C:2014:2429, pkt 39).
Ponadto TSUE zauważył, że wymóg, zgodnie z którym prawo do odliczenia jest wykonywane co do zasady w okresie, w którym podatek stał się wymagalny, może zagwarantować neutralność podatkową. Pozwala on bowiem zagwarantować, że zapłata VAT i jego odliczenie następują w tym samym okresie, tak aby podatnik został całkowicie uwolniony od ciężaru VAT należnego bądź lub zapłaconego w ramach całej prowadzonej przez niego działalności gospodarczej (zob. podobnie wyrok z dnia 29 kwietnia 2004 r., T., C-152/02, EU:C:2004:268, pkt 35-37).
W ocenie TSUE sprzeczne z tą logiką byłoby czasowe obarczenie podatnika ciężarem podatku należnego z tytułu nabycia wewnątrzwspólnotowego, tym bardziej że żadna kwota nie jest należna organom podatkowym z tytułu takiego nabycia.
W związku z tym, z zastrzeżeniem spełnienia materialnych warunków powstania prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej, których zbadanie należy do sądu odsyłającego, stosowanie przepisów krajowych nie może uniemożliwiać w sposób automatyczny i z powodu naruszenia wymogu formalnego wykonania prawa do odliczenia podatku należnego z tytułu nabycia wewnątrzwspólnotowego w tym samym okresie co rozliczenie tej samej kwoty podatku od wartości dodanej bez uwzględnienia wszystkich istotnych okoliczności, a w szczególności dobrej wiary podatnika.
Żaden inny wniosek nie wynika z orzecznictwa Trybunału, w myśl którego państwa członkowskie mogą - ze względu na pewność prawa - ustanowić termin zawity, którego upływ wiąże się - dla niewystarczająco starannego podatnika, który nie zgłosił chęci odliczenia naliczonego - z sankcją w postaci utraty prawa do odliczenia, o ile, po pierwsze, termin ten ma zastosowanie w taki sam sposób do analogicznych praw w zakresie podatków wynikających z prawa krajowego i z prawa Unii (zasada równoważności), a po drugie, praktycznie nie uniemożliwia lub nadmiernie nie utrudnia wykonywania prawa do odliczenia (zasada skuteczności) (zob. podobnie wyrok z dnia 26 kwietnia 2018 r., Z., C-81/17, EU:C:2018:283, pkt 38 i przytoczone tam orzecznictwo).
TSUE przyznał, że z przedstawionych okoliczności wynika, że trzymiesięcznego terminu, ustanowionego w przepisach krajowych będących przedmiotem postępowania głównego do celów rozliczenia podatku od wartości dodanej związanego z nabyciem wewnątrzwspólnotowym, nie można utożsamiać z terminem zawitym w rozumieniu tego orzecznictwa, powodującym utratę prawa do odliczenia.
Niemniej jednak państwa członkowskie są upoważnione do ustanowienia, z poszanowaniem zasady proporcjonalności, sankcji w przypadku nieprzestrzegania formalnych warunków wykonywania prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej zgodnie z art. 273 dyrektywy VAT. W szczególności prawo Unii nie stoi na przeszkodzie, by państwa członkowskie nakładały w odpowiednich przypadkach, jako sankcje za naruszenie warunków formalnych, grzywny lub kary pieniężne proporcjonalne do wagi naruszenia (wyrok z dnia 15 września 2016 r., B., C-516/14, EU:C:2016:690, pkt 48 i przytoczone tam orzecznictwo).
Natomiast, zdaniem TSUE, uregulowanie krajowe, które zakazuje w sposób systematyczny wykonywania prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej związanego z nabyciem wewnątrzwspólnotowym w tym samym okresie, w którym ta sama kwota tego podatku powinna zostać rozliczona, nie przewidując uwzględnienia wszystkich istotnych okoliczności, a w szczególności dobrej wiary podatnika, wykracza poza to, co jest konieczne, po pierwsze, do zapewnienia prawidłowego poboru ww. podatku w sytuacji gdy żadna kwota nie jest należna na rzecz organu podatkowego, a po drugie - do zapobiegania oszustwom podatkowym.
Zatem rozliczenie podatku od WNT przez Skarżącą było wynikiem niezgodnego z dyrektywą VAT uregulowania krajowego. To zaś oznacza, że tak jak nie ma podstaw do kwestionowania dokonanego przez organ podatkowy rozliczenia, tak w niniejszej sprawie istotna jest powyższa okoliczność w świetle art. 112b u.p.t.u.
Zdaniem Sądu, decyzja organu odwoławczego w zakresie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od towarów i usług za miesiące od lipca 2018 r. do grudnia 2019 r., w świetle powyższego jest prawidłowa.
Natomiast przedstawione powyżej okoliczności, w ocenie Sądu, wskazują, że zaskarżona decyzja organu w części dotyczącej ustalenia Spółce dodatkowego zobowiązania podatkowego za wskazane powyżej miesiące jest wadliwa.
Należy wskazać, że od 6 czerwca 2023 r., art. 112b ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. otrzymał następujące brzmienie:
"W razie stwierdzenia, że podatnik w złożonej deklaracji podatkowej wykazał:
a) kwotę zobowiązania podatkowego niższą od kwoty należnej,
b) kwotę zwrotu różnicy podatku lub kwotę zwrotu podatku naliczonego wyższą od kwoty należnej,
c) kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe wyższą od kwoty należnej,
d) kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub kwotę różnicy podatku do obniżenia kwoty podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe, zamiast wykazania kwoty zobowiązania podatkowego podlegającej wpłacie do urzędu skarbowego,
- naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego określa odpowiednio wysokość tych kwot w prawidłowej wysokości oraz ustala dodatkowe zobowiązanie podatkowe w wysokości do 30% kwoty zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwoty zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe".
Zgodnie z art. 25 ustawy zmieniającej do postępowań podatkowych, kontroli podatkowych lub kontroli celno-skarbowych, wszczętych i niezakończonych przed dniem wejścia w życie niniejszego przepisu, stosuje się przepisy art. 112b i art. 112c u.p.t.u., w brzmieniu nadanym niniejszą ustawą.
Na mocy art. 112b ust. 2b u.p.t.u., ustalając dodatkowe zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w ust. 1-2a, naczelnik urzędu skarbowego lub naczelnik urzędu celno-skarbowego bierze pod uwagę:
1) okoliczności powstania nieprawidłowości;
2) rodzaj i stopień naruszenia ciążącego na podatniku obowiązku, które skutkowało powstaniem nieprawidłowości;
3) rodzaj, stopień i częstotliwość stwierdzanych dotychczas nieprawidłowości dotyczących nieprzedawnionych zobowiązań w podatku;
4) kwotę stwierdzonych nieprawidłowości, w tym kwotę zaniżenia zobowiązania podatkowego, kwotę zawyżenia zwrotu różnicy podatku, zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku do obniżenia podatku należnego za następne okresy rozliczeniowe;
5) działania podjęte przez podatnika po stwierdzeniu nieprawidłowości w celu usunięcia skutków nieprawidłowości.
Jak wynika z treści art. 112b ust. 1 pkt 1 u.p.t.u. decyzja ustalająca dodatkowe zobowiązanie podatkowe jest decyzją uznaniową. Z użytego przez ustawodawcę sformułowania "w wysokości do 30%" wynika, że decyzje w przedmiocie sankcji zapadają w ramach uznania administracyjnego. Uznanie to nie wyraża się jednak w swobodzie ustalenia w danym stanie faktycznym sprawy okoliczności odpowiadających kryteriom z art. 112 ust. 2b u.p.t.u. (ponieważ ustalenia w tym zakresie są obligatoryjne oraz muszą być jednoznaczne i pewne), ale w możliwości miarkowania sankcji, które ma na celu przeciwdziałanie dysproporcjom pomiędzy wysokością ustalonej sankcji a rzeczywistą szkodliwością stwierdzonego naruszenia prawa.
Legalność decyzji uznaniowej podlega kontroli sądu w ograniczonym zakresie. Sąd administracyjny nie jest bowiem organem trzeciej instancji w postępowaniu podatkowym i nie rozstrzyga o tym, w jakiej wysokości sankcja powinna być nałożona. Takie rozstrzygnięcie należy wyłącznie do organów podatkowych. Decyzja uznaniowa organu podatkowego podlega jednak w pełnym zakresie badaniu w jej aspekcie proceduralnym, a więc ocenie sądu podlega to, czy organ podatkowy zgromadził materiał dowodowy wystarczający do rozstrzygnięcia sprawy i prawidłowo go ocenił, czy w stanie faktycznym sprawy zaistniały okoliczności, w których prawnie dopuszczalne jest ustalenie dodatkowego zobowiązania podatkowego, czy organ rozstrzygając w sprawie, wziął pod uwagę wszystkie przesłanki miarkowania sankcji, czy wnioski organu w zakresie merytorycznym sprawy znajdują uzasadnienie w zebranym materiale dowodowym, a także czy są logiczne i poprawne oraz, czy dokonana przez organ ocena mieści się w ustalonych prawem granicach.
Stosując instytucję miarkowania, organ powinien mieć na względzie przesłanki z art. 112 ust. 2b u.p.t.u., a także podstawowe funkcje dodatkowego zobowiązanie podatkowego, jakimi są funkcja stymulująca podatnika do prawidłowego wywiązywania się ze zobowiązań podatkowych, a także funkcja represyjna w postaci sankcji za niewykonanie lub nienależyte wykonanie zobowiązania podatkowego. W ujęciu generalnym sankcja z u.p.t.u. realizuje więc przede wszystkim cel prewencyjny i ochronny w stosunku do porządku ustanowionego przez normy regulujące zagadnienia związane z opodatkowaniem podatkiem od towarów i usług, a dopiero w ostatniej kolejności spełnia funkcję represyjną, co powinno zostać uwzględnione w procesie miarkowania stawki sankcji. Jak wynika z wyroku Trybunału Sprawiedliwości z dnia 15 kwietnia 2021r. w sprawie C-935/19, organ jest zobowiązany do miarkowania sankcji nie tylko ze względu na obowiązujące przepisy u.p.t.u., ale także regulacje prawne Unii Europejskiej.
Zgodnie z powyższym wyrokiem Trybunału Sprawiedliwości na podstawie art. 273 dyrektywy VAT państwa członkowskie są upoważnione do przyjęcia przepisów w celu zapewnienia prawidłowego poboru VAT i zapobiegania oszustwom podatkowym. W szczególności w braku przepisów prawa Unii w tej kwestii państwa członkowskie mają kompetencję do dokonania wyboru sankcji, które uznają za odpowiednie, w przypadku nieprzestrzegania warunków przewidzianych w przepisach Unii w celu skorzystania z prawa do odliczenia VAT. Państwa członkowskie są jednak zobowiązane wykonywać swe kompetencje z poszanowaniem prawa Unii i jego ogólnych zasad, a zatem z poszanowaniem zasady proporcjonalności. Sankcje takie nie mogą zatem wykraczać poza to, co jest niezbędne do osiągnięcia celów obejmujących zapewnienie prawidłowego poboru podatku i zapobieganie oszustwom podatkowym. Dla dokonania oceny czy sankcja jest zgodna z zasadą proporcjonalności, należy uwzględnić w szczególności charakter i wagę naruszenia, którego ukaraniu służy ta sankcja, oraz sposób ustalania jej kwoty.
Przechodząc do zagadnień miarkowania sankcji, należy stwierdzić, iż organ nieprawidłowo odniósł ustalony stan faktyczny do przesłanek z art. 112b ust. 2b u.p.t.u.
W ramach procesu miarkowania sankcji organ nie ocenił całego zebranego w sprawie materiału dowodowego i nie wziął po uwagę wszystkich okoliczności zgodnie z wskazaniami art. 112b ust. 2b u.p.t.u.
Przede wszystkim w zakresie okoliczności powstania nieprawidłowości organ nie wziął pod uwagę faktu, iż w ramach wykładni art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. Dyrektor KIS kilkukrotnie zmieniał wykładnię przepisów prawa podatkowego. Przy czym dopiero wydanie interpretacji ogólnej Ministerstwa Finansów ostatecznie ustaliło jednolitą wykładnię organu interpretacyjnego w spornym zakresie. Co istotne w w realiach rozpoznanej sprawy, prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego wynikającego z otrzymanych faktur VAT za dzierżawę spornych nieruchomości było wprost uzależnione od ostatecznej wykładni art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u. Tymczasem wykładnia tegoż przepisu była, jak podkreślono powyżej, kilkukrotnie zmieniana przez organ interpretacyjny. W szczególności organ interpretacyjny prezentował odmienne stanowisko niż sądy administracyjne. Powodowało to niewątpliwie po stronie podatników poczucie niepewności, co do sposobu stosowania zwolnienia z art. 43 ust. 1 pkt 36 u.p.t.u.
Sąd stwierdza, iż organ nie wziął pod uwagę i nie rozpatrzył powyższych okoliczności, co powoduje, iż w procesie miarkowania nie został rozpatrzony cały zebrany w sprawie materiał dowodowy oraz nie dokonano stosowanej oceny powyższych okoliczności. W ponownie prowadzony postępowaniu organ obowiązany będzie dokonać analizy powyższych okoliczności oraz zbadać czy nie miały one wpływu na dokonane przez spółkę nieprawidłowości w ramach dokonanego rozliczenia podatkowego. Nie sposób bowiem wykluczyć, że w realiach rozpoznanej sprawy odliczenie przez skarżącą podatku naliczonego w pełnej wysokości, choć błędne to stanowiło w istocie działanie asekuracyjne uzasadnione kilkukrotną zmianą stanowiska przez organ interpretacyjny. Ten brak stabilności i pewności prawa po stronie skarżącej w zakresie wykładni normy prawa podatkowego winien być rozważony i przeanalizowany w kontekście ewentualnego wpływu na przyjęty przez spółkę sposób rozliczenia podatku od towarów i usług.
Dalej organ nie uwzględnił, że dokonał rozliczenia WNT (nabycia usług od podmiotów unijnych) na skutek uznania przez TSUE z 18 marca 2021 r. w sprawie C-895/19, że regulacja krajowa (art. 43 ust. 10a u.p.t.u.) niezgodna jest z prawem unijnym. Zastosowanie się podatnika do wadliwej regulacji krajowej, jak już zostało to wskazane, nie może obciążać podatnika.
W konsekwencji Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024r., poz. 935 ze zm., dalej: p.p.s.a.) uchylił zaskarżoną decyzję w części dotyczącej ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług za poszczególne miesiące od lipca do grudnia 2019 r. W pozostałej części na zasadzie art. 151 p.p.s.a. Sąd skargę oddalił.