Zdaniem organu umowa cywilnoprawna przewidująca możliwość udostępnienia infrastruktury prywatnej na rzecz innego podmiotu jest nieważna. To powołany wyżej art. 4 ust. 1c u.t.k., ma wpływ na ograniczenie zakresu i celu, w jakim infrastruktura ta może być używana przez osoby trzecie na podstawie umów cywilnoprawnych, wyłączając ją z możliwości udostępnienia na rzecz przewoźników, którzy mieliby przy jej użyciu wykonywać przewozy na potrzeby osób innych, niż właściciel lub zarządca. W konsekwencji, w przypadku gdy umowy cywilnoprawne naruszają przepisy prawa administracyjnego, są dotknięte sankcją nieważności.
Zdaniem Burmistrza, cały transport kolejowy, jaki miał miejsce z wykorzystaniem bocznicy dotyczył albo przywozu węgla i innych surowców potrzebnych do produkcji energii, albo wywozu ubocznych produktów spalania (UPS), które podatnik sprzedawał innym odbiorcom. Oznacza to, że przewoźnicy kolejowi, którzy wykonywali przewozy po infrastrukturze prywatnej, nie korzystali z jej "udostępnienia" przez podatnika, ale mogli jedynie wykorzystywać tę infrastrukturę realizując usługi na własne potrzeby podatnika.
W dalszym wywodzie Burmistrz powołał się na art. 199a O.p., z którego wynika, że organ podatkowy dokonując ustalenia treści czynności prawnej, uwzględnia zgodny zamiar stron i cel czynności, a nie tylko dosłowne brzmienie oświadczeń woli złożonych przez strony czynności. celem umów zawartych przez podatnika, nie było udostępnienie infrastruktury kolejowej przewoźnikom kolejowym, aby mogli oni z jej wykorzystaniem wykonać usługę przewozową na rzecz swoich kontrahentów. W zakresie przejazdu po infrastrukturze kolejowej, celem umów było umożliwienie przejazdu, aby przewoźnik mógł się wywiązać z ciążącego na nim obowiązku wobec samego podatnika.
Z tym rozstrzygnięciem nie zgodziła się Spółka wnosząc odwołanie do SKO. Organ odwoławczy, decyzją zaskarżoną do tutejszego Sądu, utrzymał w mocy decyzję Burmistrza. W uzasadnieniu w pełni podzielił rozważania organu I instancji co do niemożności udostępnienia infrastruktury kolejowej prywatnej. W konsekwencji stwierdził, że wskazywane we wniosku o stwierdzenie nadpłaty budynki, budowle i grunty nie mogą korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.
Nadto SKO przedstawiło dodatkową argumentację dotyczącą możliwości zastosowania tego przepisu z uwagi na regulacje dotyczące pomocy publicznej. Organ stwierdził, że nawet gdyby uznać racje Spółki, iż przysługuje jej ww. zwolnienie to zastosowanie spornego zwolnienia oznaczałoby uzyskanie przez Spółkę korzyści o charakterze selektywnym, czyli takiej, która sprzyja tyko niektórym przedsiębiorcom, niemożliwej do uzyskania w normalnych warunkach rynkowych (por. wyrok TSUE C-74/16, pkt 65). Spółka jako beneficjent zwolnienia uzyskałaby znaczną korzyść ekonomiczną, co stawiałoby ją w porównaniu z przedsiębiorstwami, które nie dysponują elementami infrastruktury kolejowej, a prowadzą podobną działalność w dużo lepszej sytuacji. Ulga ta została przyznana w oparciu o kryterium indywidualizujące przedsiębiorstwa, które nie mieści się ani w przepisach art. 107 TFUE, ani rozporządzeniu Komisji (UE) nr 651/2014 z dnia 17 czerwca 2014 r. uznające niektóre rodzaje pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym w zastosowaniu art. 107 i 108 Traktatu. Zwolnienie to prowadzi do znacznego zmniejszenia obciążeniem podatkiem od nieruchomości. Inni przedsiębiorcy, którzy takiej infrastruktury nie posiadają, z pomocy takiej skorzystać nie mogą, choćby zajmowali się tego samego rodzajem działalności. Korzyść wynikająca ze zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. pochodzi ze środków publicznych, kosztem budżetu gminy. Niewątpliwie może mieć wpływ na wymianę handlową i grozić zakłóceniem konkurencji. Zwolnienie infrastruktury kolejowej w rozpatrywanej sprawie oznaczałoby naruszenie unijnych przepisów o pomocy publicznej, poprzez zastosowanie przepisów realizujących taką pomoc, które nie zostały notyfikowane Komisji Europejskiej. Niemożność skorzystania przez Spółkę ze zwolnienia od podatku do czasu wydania stosownej decyzji przez Komisję Europejską, stanowi zadośćuczynienie obowiązkowi wyciągnięcia "wszelkich konsekwencji" odnośnie do pomocy publicznej wprowadzonej z naruszeniem wymagań określonych w art. 107 i 108 TFUE.
W skardze wywiedzionej do tutejszego Sądu Spółka zarzuciła zaskarżonej decyzji naruszenie prawa materialnego, tj.:
- art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. oraz Załącznikiem nr 1 do u.t.k., poprzez jego niewłaściwe niezastosowanie wynikające z błędnej wykładni, wskutek uznania, iż w odniesieniu do posiadanych przez Spółkę gruntów, budynków i budowli nie jest możliwe zastosowanie zwolnienia z podatku od nieruchomości wskazanego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. ze względu na ocenę, że zgodnie z obowiązującymi regulacjami prywatna infrastruktura kolejowa nie mogła podlegać udostępnianiu, podczas gdy przepisy u.p.o.l. nie przewidują takich ograniczeń, w związku z czym Organ zastosował rozszerzające, nieznajdujące oparcia w przepisach podatkowych kryteria dla zastosowania zwolnienia;
- art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. oraz Załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (dalej: TFUE) oraz art. 7 i art. 217 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 2 kwietnia 1997 r. (dalej: Konstytucja RP poprzez jego niewłaściwe niezastosowanie wskutek uznania, iż w odniesieniu do posiadanych przez Spółkę gruntów, budynków i budowli stanowiących infrastrukturę kolejową w rozumieniu u.t.k. nie jest możliwe zastosowanie zwolnienia z podatku od nieruchomości wskazanego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. ze względu na ocenę, że przyznanie zwolnienia wiązałoby się z udzieleniem niedozwolonej pomocy publicznej, w szczególności ze względu na jej selektywny charakter.
Zarzuciła nadto naruszenie przepisów postępowania, które miało istotny wpływ na wynik sprawy, tj.:
- art. 120 O.p., poprzez wydanie decyzji z naruszeniem ww. przepisów prawa materialnego oraz wskazanych w tym punkcie przepisów postępowania, tj. art. 121 § 1 i art. 2a O.p., a także art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 121 § 1, art. 122 i art. 124 tej ustawy;
- art. 121 § 1 O.p. i art. 2a tej ustawy poprzez zastosowanie przy rozstrzyganiu w przedmiotowej sprawie wykładni profiskalnej, zawężającej możliwość skorzystania ze zwolnienia podatkowego, mimo wyraźnego brzmienia mających zastosowanie przepisów oraz poprzez interpretację istniejących wątpliwości wyłącznie na niekorzyść podatnika (in dubio pro fisco), co w konsekwencji doprowadziło do naruszenia uregulowanej w art. 121 § 1 o.p. zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie;
- art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 w zw. z art. 121 § 1, art. 122 i art. 124 O.p. poprzez wydanie decyzji niezawierającej prawidłowego uzasadnienia prawnego, a w konsekwencji naruszenie zasady przekonywania, zasady prawdy obiektywnej oraz zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie.
W oparciu o te zarzuty skarżąca domagała się uchylenia decyzji organów obu instancji i zasądzenia na jej rzecz zwrotu kosztów postępowania według norm przepisanych.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
Postanowieniem z 1 grudnia 2023 r., tutejszy Sąd zawiesił postępowanie w sprawie ze względu na postanowienie NSA z 19 kwietnia 2023 r., sygn. akt III FSK3/22, w którym to Sąd skierował do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej następujące pytania:
- czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym?
- czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?
Zawieszone postępowanie zostało podjęte postanowieniem z 1 września 2025 r.
SKO 20 października 2025 r. złożyło pismo procesowe do sprawy, w którym odniosło się do argumentacji zawartej w wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23. Organ wskazał, że z treści uzasadnienia tego wyroku wynika, że dla oceny zakresu zwolnienia podatkowego istotne znaczenie ma cel, jaki przyświecał jego wprowadzeniu. Zmiana art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.l. wprowadzona od 1 stycznia 2017 r. nie miała na celu zwolnienia z podatku infrastruktury prywatnej.
Organ stwierdził, że w opisanym wyżej pytaniu prejudycjalnym, NSA podał, że polski prawodawca przewidział mechanizm motywujący przedsiębiorców do remontowania nieczynnych bocznic i rzeczywistego korzystania z zeroemisyjnego i bezpiecznego transportu kolejowego. Zdaniem SKO takie stwierdzenie pozostaje w oczywistej sprzeczności z celem zmodyfikowanego w 2017 r. zwolnienia z podatku od nieruchomości. Jak wynika z uzasadnienia projektu ustawy nowelizującej przepisy z dniem 1 stycznia 2022 r., celem regulacji obowiązującej w latach 2017-2022 nie było zwolnienie z podatku gruntów, budynków i budowli stanowiących infrastrukturę prywatną, ani motywowanie podatników do remontowania nieczynnych bocznic. Jak wskazano w uzasadnieniu nowelizacji, która weszła w życie od 1 stycznia 2022 r., projektowane rozwiązania w zakresie art. 7 ust. 1 u.p.o.l. uszczelniały system zwolnień od podatku od nieruchomości w sytuacji wykorzystywania gruntów kolejowych do prowadzenia działalności w obszarze niezwiązanym z kolejnictwem. Projektowane rozwiązania miały wyeliminować nadużycia interpretacji aktualnie obowiązujących przepisów przez część przedsiębiorców, którzy nie prowadząc działalności zarządcy na rynku kolejowym, wykorzystywali przepis do unikania opodatkowania i powodowali uszczuplenie wpływów z podatku od nieruchomości do budżetów gmin.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył co następuje:
Skarga jest zasadna.
Zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r., poz. 935 – dalej jako p.p.s.a.), sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy.
W niniejszej sprawie nie budził wątpliwości stan faktyczny sprawy. Spór zaś koncentrował się na wykładni prawa materialnego. Co prawda skarżąca podniosła w skardze zarzuty naruszenia przepisów postępowania, jednak koncentrowały się one na przyjęciu profisalnej wykładni prawa materialnego i wydaniu decyzji bez prawidłowego uzasadnienia prawnego. Stwierdzić jednak należy, że przyjęcie odmiennej od skarżącej interpretacji przepisów prawa nie świadczy jeszcze o naruszeniu przepisów postępowania.
Zasadne jednakże okazały się zarzuty naruszenia prawa materialnego.
Przechodząc zaś do spornej kwestii należy stwierdzić, że sprowadza się ona do odpowiedzi na pytanie, czy prywatna infrastruktura kolejowa, jaką dysponuje skarżąca, w stanie faktycznym niniejszej sprawy może korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu nadanym przez art. 2 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2016 r., poz. 1923). Zgodnie z tym przepisem zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.
Organy obu instancji stanęły na stanowisku, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu. Nawet, jeśli wykorzystuje ją przewoźnik kolejowy, to i tak wykonuje wówczas czynności na rzecz właściciela infrastruktury prywatnej.
Z takim stanowiskiem Sąd się nie zgadza.
W najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (np. wyrok z 6 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 747/22), które tutejszy Sąd w pełni podziela, przyjmuje się, że art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. odsyła do ustawy o transporcie kolejowym wyłącznie w zakresie zwrotu "infrastruktura kolejowa", nie zaś sposobu rozumienia pozostałych przesłanek zwolnienia. Dla prawidłowego zdekodowania pojęcia "jest udostępnienia przewoźnikom kolejowym" nie ma zatem podstaw do sięgania do przepisów o transporcie kolejowym. W kontekście przesłanki określonej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w orzecznictwie i w piśmiennictwie jednolicie wskazuje się, że użyty zwrot "jest udostępniana przewoźnikom kolejowym" oznacza faktyczne umożliwienie korzystania z infrastruktury przez przewoźnika kolejowego (por. L. Etel, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, Podatki i opłaty lokalne. Komentarz, LEX 2020, art. 7), co stanowi istotną zmianę względem stanu prawnego sprzed 1 stycznia 2017 r., w którym obowiązek udostępnienia mógł mieć charakter wyłącznie potencjalny. W takiej sytuacji przesłankę tę należy interpretować literalnie, w oparciu o gramatyczne brzmienie przepisu, uwzględniając przyjęte w języku polskim znaczenie słowa "udostępnia". Udostępnienie zaś to możliwość skorzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem (por. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., III FSK 610/21).
Z tego względu celem wypełnienia przesłanki, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w badanym roku podatkowym musi wystąpić faktyczne udostępnienie infrastruktury przewoźnikowi kolejowemu.
Po nowelizacji art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. obowiązującej od początku 2017 r., uregulowane tym przepisem zwolnienie dotyczy również tzw. prywatnej infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1c u.t.k. (zob. np. wyroki: WSA w Opolu z 19 lutego 2020 r., I SA/Op 533/19, WSA w Poznaniu z 4 października 2018 r., I SA/Po 490/18, WSA w Białymstoku z 6 czerwca 2018 r., I SA/Bk 222/18). Stosownie do art. 4 pkt 1c u.t.k. infrastruktura prywatna jest to infrastruktura kolejowa wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób. Przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie wyłącza jednak możliwości zwolnienia infrastruktury kolejowej, będącej infrastrukturą prywatną, jeśli tylko wchodzi w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów ustawy o transporcie kolejowym. Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest zwolnieniem przedmiotowym, w związku z czym własność infrastruktury kolejowej nie stanowi kryterium zwolnienia.
Podkreślić również należy, że w powołanej wyżej ustawie nowelizującej nadano nowe brzmienie m.in. definicjom infrastruktury kolejowej, drogi kolejowej, linii kolejowej oraz bocznicy kolejowej (art. 1 pkt 4 ustawy nowelizującej) oraz art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l (art. 2 ustawy nowelizującej). Istota tych zmian sprowadzała się do zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej oraz uznania użytkownika bocznicy kolejowej za zarządcę tej infrastruktury (por. uzasadnienie projektu ustawy Sejm RP VIII kadencji, druk nr 840). Zmiany te, stosownie do art. 21 pkt 3 ustawy nowelizującej, miały zastosowanie od dnia 1 stycznia 2017 r. Zauważyć ponadto należy, że w art. 20 tej ustawy jednoznacznie wskazano, że do dnia 31 grudnia 2016 r. użytą w u.p.o.l. definicję infrastruktury kolejowej należy rozumieć zgodnie z art. 4 pkt 1 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu dotychczasowym. Brzmienie tego przepisu przejściowego jednoznacznie potwierdza charakter normatywny wprowadzanych zmian w zakresie zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej z dniem 1 stycznia 2017 r. oraz skutków podatkowych z tym związanych po tym dniu. Zatem, jak wyjaśniono, w okresie wcześniejszym zaprezentowane rozumienie tych przepisów nie pozwalało na zaliczenie bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej objętej zwolnieniem podatkowym na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2017 r. (tak NSA wyroku z 27 kwietnia 2022 r., sygn. akt III FSK 506/21).
Jak już jednak wyżej wskazano, sytuacja uległa zmianie z dniem 1 stycznia 2017 r. Z tego względu rację ma skarżąca podnosząc zarzut naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. Podkreślić należy, że udostępnienie to możliwość korzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem. A skoro tak, to nie można zgodzić się z organem, że tylko wtedy dojdzie do udostępnienia infrastruktury kolejowej, gdy podmiot, któremu ta infrastruktura zostanie udostępniona skorzysta z niej dla zaspokojenia potrzeb innych podmiotów niż podmiot udostępniający infrastrukturę. Taki wniosek nie wynika z treści umówionych przepisów. W ocenie Sądu nawet jeśli przewoźnik kolejowy wykorzystując infrastrukturę świadczy usługi na rzecz udostępniającego, to i tak spełniona jest przesłanka udostępnienia wynikająca z powołanego przepisu. Bez wykorzystania tej infrastruktury ów przewoźnik nie byłby w stanie wykonać umowy na rzecz skarżącej.
Odnośnie drugiej spornej kwestii należy przywołać wyrok TSUE z 29 kwietnia 2025 r., sygn. akt C-453/23, z którego wynika, że art. 107 ust. 1 TFUE należy intepretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści.
Wyrok ten stał się już podstawą rozstrzygnięcia w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego, np., w wyroku z 8 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 831/23, w którym to Sąd nie miał wątpliwości, co do tego, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorcom będącym beneficjentami tego zwolnienia. NSA zastrzegł jednak, że w każdej sprawie kwestia ta winna podlegać weryfikacji i ocenie. Tymczasem w niniejszej sprawie organ odwoławczy takiej weryfikacji nie przeprowadził przyjmując założenie, że zwolnienie z opodatkowania stanowi niedozwoloną pomoc.
Tymczasem w uzasadnieniu wyroku, TSUE miedzy innymi wskazywał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne (tak wyrok z dnia 10 września 2024 r., Komisja/Irlandia i in., C-465/20 P, EU:C:2024:724, pkt 75 i przytoczone tam orzecznictwo), (pkt 43).
W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" – podkreślał TSUE należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (zob. podobnie wyroki: z dnia 19 grudnia 2018 r., A-Brauerei, C-374/17, EU:C:2018:1024, pkt 36, 44; a także z dnia 10 września 2024 r., Komisja/Irlandia i in., C-465/20 P, EU:C:2024:724, pkt 76 i przytoczone tam orzecznictwo), (pkt 44).
W uzasadnieniu omawianego wyroku TSUE również zauważał, że w przypadku gdy przewidziane przez system zwolnienia podatkowego przesłanki nie odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, nierozerwalnie związanych z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności, system ten podlega "normalnemu" systemowi podatkowemu. Przesłanki przyznania takiego zwolnienia podatkowego wydają się bowiem neutralne z punktu widzenia konkurencji, a fakt, że niektóre przedsiębiorstwa spełniają te przesłanki, podczas gdy inne ich nie spełniają, stanowi okoliczność niemającą znaczenia w świetle przepisów w dziedzinie pomocy państwa (pkt 56).
Dalej TSUE podnosił, że w niniejszej sprawie to w świetle powyższych rozważań sąd odsyłający powinien zbadać, czy art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, który zwalnia z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, może przyznawać selektywną korzyść przedsiębiorstwom korzystającym z tego zwolnienia w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE (pkt 61). W tym względzie, po pierwsze, z akt sprawy, którymi dysponuje Trybunał, wynika, że system prawny podatku od nieruchomości wynikający z tej ustawy stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w niniejszej sprawie (pkt 62).
Jak wskazuje rząd polski, stwierdzał TSUE w swoim wyroku, że na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 rzeczonej ustawy wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Po drugie, z pkt 54 niniejszego wyroku wynika, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) omawianej ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 64).
Zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego przyznaje się osobom podlegającym opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości, pod warunkiem że posiadają one grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym (pkt 65). Tymczasem, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, przesłanka ta nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 niniejszego wyroku (pkt 66).
Zdaniem TSUE wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. Wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67). Jak wskazuje sąd odsyłający, zwolnienie to wydaje się zatem opierać na neutralnym kryterium, które ma zastosowanie niezależnie między innymi od sektorów lub rodzajów działalności gospodarczej przedsiębiorstw będących beneficjentami lub od ich formy prawnej (pkt 68).
W konsekwencji tych rozważań Sąd w niniejszej sprawie za błędne uznaje założenie, że wynikające z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu obowiązującym w latach 2017-2021, nie może mieć zastosowania w przypadku skarżącej, bowiem stanowi niedozwoloną pomoc publiczną, o której mowa w art. 107 ust. 1 TFUE, w szczególności na jej selektywny charakter.
Zdaniem Sądu nie może znaleźć uznania twierdzenia przedstawione w piśmie procesowym organu z 20 października 2025 r. Przede wszystkim organ swoje stanowisko opiera na uzasadnieniu do nowelizacji u.p.o.l. dokonanej 1 stycznia 2022 r. Rzeczywiście, to w uzasadnieniu ustawy nowelizującej u.p.o.l. z tą datą postawiona została teza o nadużywaniu w latach 2017-2021 zwolnienia z omawianego przepisu przez przedsiębiorców, którzy posiadali infrastrukturę kolejową, jednak przedmiot ich działalności nie mieścił się w zakresie działalności kolejowej.
W ocenie Sądu uzasadnienie nowelizacji dokonanej 1 stycznia 2022 r. nie może jednak wywierać wpływu na wykładnię przepisów obowiązujących w latach 2017-2021, tym bardziej, że wykładni przepisów prawa unijnego rzutującej na wykładnię omawianego przepisu dokonał TSUE w powołanym wyżej wyroku. Dostrzeżenie przez ustawodawcę niedoskonałości przepisu wymagającej ingerencji ustawodawcy nie prowadzi do wniosku, że przepis w brzmieniu sprzed nowelizacji utracił moc powszechnie obowiązującą. Jeżeli przepis w określonym brzmieniu był częścią porządku prawnego, to podlega on stosowaniu.
Sąd dostrzega, że postanowieniem z 2 września 2025 r., sygn. akt III FSK 1020/23 Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a., przedstawił składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.: czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową.
Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę nie był zobowiązany oczekiwać na rozstrzygnięcie przez NSA powyższej kwestii, z dwóch przyczyn, po pierwsze, decyzja SKO i tak podlegała uchyleniu ze względu na stwierdzone wyżej naruszenie prawa materialnego, a po drugie, kwestia ta nie była sporna na etapie wydawania zaskarżonej decyzji. W tych okolicznościach tutejszy Sąd nie był zobowiązany do merytorycznego rozstrzygnięcia powyższego problemu.
Mając na uwadze powyższe, Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a., ponieważ organ dopuścił się błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. poprzez przyjęcie, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu. Nadto organ z góry błędnie założył, że przyznanie zwolnienia z podatku od nieruchomości w okolicznościach niniejszej sprawy stanowiłoby środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści.
Ponownie rozpoznając sprawę organ weźmie pod uwagę zaprezentowaną przez TSUE i tutejszy Sąd wykładnię przepisów prawa materialnego.
Rozstrzygnięcie o kosztach postępowania znajduje oparcie w art. 200, art. 205 i art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną w punkcie drugim wyroku kwotę składa się uiszczony wpis od skargi oraz połowa wynagrodzenia pełnomocnika obliczona na podstawie § 2 ust. 1 pkt 1 lit. g rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687). Sąd uznał za zasadne miarkowanie wynagrodzenia pełnomocnika, które winno wynosić 10.800 zł, ponieważ przed tutejszym Sądem zawisło w sumie pięć spraw skarżącej dotyczących poszczególnych lat podatkowych 2017-2021 r. Stan faktyczny i prawny we wszystkich tych sprawach był tożsamy, podobnie jak rozstrzygnięcia organów ich uzasadnienia i sporządzone przez pełnomocnika skargi.