Uzasadnienie
1. Zaskarżoną decyzją nr SKO.F/41.4/282/2025/6739 Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Katowicach (dalej: SKO) z dnia 5 września 2025 r., uchyliło w całości decyzję nr [...] Prezydenta Miasta K. (dalej: Prezydent) z dnia 17 marca 2025 r. w sprawie odmowy oprocentowania nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2004 dla S. S.A (następcy prawnego K.. S.A. z/s w K1., dalej: Spółka, Skarżąca) oraz odmowy zwrotu nadpłaty w kwocie 1.779.975,41 zł wraz z oprocentowaniem, a następnie orzekło o prawie do oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania, tj. od dnia wyegzekwowania nienależnego podatku wraz z odsetkami za zwłokę, do dnia jej zwrotu.
2. Stan sprawy przedstawia się następująco:
2.1. Prezydent decyzją nr [...] z dnia 30 października 2009 r. określił ówczesnemu podatnikowi tj. K.. S.A. z/s w K1. wysokość zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za rok 2004. Decyzji tej, postanowieniem nr [...], nadano rygor natychmiastowej wykonalności. Następnie w dniach 23-29 grudnia 2009 r. wyegzekwowano część niezapłaconych zaległości podatkowych. 13 lutego 2018 r. Spółka wpłaciła kwotę 10,60 zł tytułem zwrotu zaległości za 2004 r. Z dniem 23 grudnia 2009 r., na podstawie art. 70 § 4 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. (tj. Dz.U. z 2026, poz. 622, w brzmieniu obowiązującym w rozpoznawanej sprawie, dalej: O.p.), nastąpiło przerwanie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za rok 2004 wskutek zastosowania środka egzekucyjnego, o którym podatnik został powiadomiony w postaci doręczenia tytułów wykonawczych wraz z pobraniem należności u zobowiązanego.
2.2. W wyniku ponownego rozpoznania sprawy Prezydent, mając na względzie wyrok Trybunału Konstytucyjnego z dnia 13 września 2011 r. sygn. P 33/09 wydał decyzje z 2 kwietnia 2013 r. nr [...], która została uchylona przez SKO 19 listopada 2014 r.
2.3. Ostatecznie prawomocnym wyrokiem WSA w Gliwicach z 27 lutego 2017 r. I SA/Gl 1348/16 uchylona została decyzja SKO z dnia 16 sierpnia 2016 r. oraz decyzja Prezydenta z dnia 10 kwietnia 2015 r. określająca podatnikowi wysokość zobowiązania podatkowego za rok 2004, a postępowanie zostało umorzone z uwagi na przedawnienie zobowiązania za ten rok.
W konsekwencji powyższego na koncie Spółki powstała nadpłata z tytułu podatku od nieruchomości za rok 2004 w wysokości 3.813.437,81 zł, która została zwrócona na konto Spółki w dniu 13 lipca 2018 r.
2.4. W związku z powyższym Spółka wnioskiem z dnia 30 lipca 2018 r. zwróciła się do organu o zwrot nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2004 w kwocie 1.779.975,41 zł wraz z oprocentowaniem. Zdaniem Spółki przysługuje jej oprocentowanie od dnia powstania nadpłaty, stosownie do postanowień art. 78a § 3 pkt 1 O.p., gdyż organ przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia decyzji organu.
2.5. Decyzją z dnia 17 marca 2025 r. organ I instancji postanowił odmówić oprocentowania nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2004 w kwocie 3.813.437,81 zł oraz odmówić zwrotu nadpłaty w kwocie 1.779.975,41 zł wraz z oprocentowaniem. W uzasadnieniu decyzji organ wskazał, iż należna nadpłata została zwrócona w całości w terminie i w konsekwencji nie ma zastosowania art. 78a § 3 O.p. w brzmieniu obowiązującym do dnia 31.12.2016 r., a zaprezentowany przez Spółkę sposób zarachowania zwróconej nadpłaty jest nieprawidłowy.
W decyzji organ zaznaczył, iż nadpłata podlega oprocentowaniu, które przysługuje jedynie w ściśle określonych przez prawo przypadkach. Zamknięty katalog tych przypadków reguluje art.78 § 3 O.p. W niniejszej sprawie, kluczowe znaczenie ma art.78 § 3 pkt. 1 i pkt. 2 ustawy w brzmieniu obowiązującym do dnia 31.12.2016 r. Przepis art. 78 § 3 pkt. 1 O.p. wiąże przyznanie oprocentowania nadpłaty z podważeniem wadliwej decyzji organu podatkowego, tzn. z przypadkiem, gdy błędnie nałożono na podatnika zobowiązanie w wysokości wyższej niż wynikająca z prawa podatkowego, a następnie taka decyzja została uchylona lub zmieniona. Natomiast art. 78 § 3 pkt. 2 O.p. uzależnia przyznanie oprocentowania nadpłaty od podważenia wadliwej decyzji podatkowej, z tym, że nakazuje naliczanie oprocentowania nie od dnia nadpłaty, ale od dnia uchylenia lub zmiany takiej decyzji i to wyłącznie wtedy, gdy organ nie przyczynił się do powstania przesłanki uchylenia lub zmiany decyzji oraz gdy nadpłata nie została zwrócona w terminie. Zdaniem organu w przedmiotowej sprawie zachodzą obydwie wskazane w art. 78 § 3 pkt.1 przesłanki wyłączające oprocentowanie nadpłaty. Bowiem Prezydent zwrócił nadpłatę w ustawowym terminie, jak również nie przyczynił się w żaden sposób do powstania przesłanki uchylenia decyzji wymiarowej, gdyż decyzję oparł on na ówczesnej wykładni przepisów prawa prezentowanych przez NSA, podkreślając, iż SKO uwzględniło fakt przedawnienia po tym, jak w dniu 26 lutego 2018 r. NSA w składzie 7 sędziów podjął uchwałę o sygnaturze I FPS 5/17. W związku z tym, zdaniem organu, nie można czynić organom podatkowym zarzutu, iż przyczyniły się do powstania przesłanki uchylenia decyzji w postaci przedawnienia. Do zaistnienia tej przesłanki z mocą wsteczną przyczyniło się wyłącznie zmienne orzecznictwo NSA.
2.6. Spółka, za pośrednictwem pełnomocnika, wniosła od powyższej decyzji odwołanie. Pełnomocnik Spółki zarzucił wydanej decyzji naruszenie art. 78 § 1 i § 3 O.p. Spółka przyznała, że w dniu 13 lipca 2018 r. została jej zwrócona cała wyegzekwowana na poczet zaległości podatkowych za rok 2004 wraz z odsetkami za zwłokę - kwota podatku od nieruchomości wynosząca łącznie 3.813.437,81 zł. Jednakże, według Spółki, organ podatkowy I instancji powinien dokonać zwrotu nadpłaty wraz z oprocentowaniem, od dnia jej powstania, tj. od dnia 30 listopada 2009 r. do dnia jej zwrotu na rachunek bankowy, tj. do dnia 13 lipca 2018 r. Według Podatnika łączne oprocentowanie za ten okres wyniosło 3.338.055,00 zł, co oznacza, że zwrócona nadpłata powinna być zaliczona na poczet należności głównej w kwocie 2.115.271,00 zł, a pozostała część w kwocie 1.779.975,41 zł podlega zaliczeniu na poczet oprocentowania nadpłaty
2.7. Po rozpatrzeniu odwołania SKO zaskarżoną decyzją uchyliło decyzję Prezydenta nr [...] z dnia 17 marca 2025 r. w sprawie odmowy oprocentowania nadpłaty w podatku od nieruchomości za rok 2004 w całości zwróconej w dniu 13 lipca 2018 r. w kwocie 3.813.437,81 zł oraz odmowy zwrotu nadpłaty w kwocie 1.779.975.41 zł wraz z oprocentowaniem i orzekło o prawie do oprocentowania nadpłaty od dnia jej powstania, tj. od dnia wyegzekwowania nienależnego podatku wraz z odsetkami za zwłokę, do dnia jej zwrotu.
SKO wskazało, iż nadpłata powstała z dniem wyegzekwowania nienależnego podatku wraz z odsetkami za zwłokę stwierdzonego wyrokiem WSA w Gliwicach z dnia 27 lutego 2017 r. I SA/Gl 1348/16 uchylającym decyzję Prezydenta z 10 kwietnia 2015 r. oraz SKO z 16 sierpnia 2016 r. oraz umarzającym postepowanie w sprawie.
Jak podało SKO postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2004 r., toczyło się w swoich ramach czasowych, a organy podatkowe były przekonane, że doszło do skutecznego, w myśl art. 70 § 4 O.p. przerwania biegu terminu przedawnienia, albowiem w latach 2009-2015, kiedy wydawane były decyzje podatkowe, w orzecznictwie sądów utrwalona była jednolita interpretacja art. 70 § 4 O.p., zgodnie z którą uchylenie nieostatecznej decyzji, w oparciu o którą przeprowadzono postępowanie egzekucyjne, nie niweczy przerwania biegu terminu przedawnienia. Takie stanowisko jednolicie prezentował NSA w licznych wyrokach. Natomiast w dniu 26 lutego 2018 r., w sprawie o sygnaturze I FPS 5/17 została podjęta uchwała 7 sędziów NSA, zgodnie z którą, "uchylenie decyzji ostatecznej w zakresie określenia zobowiązania w podatku od towarów i usług i przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania powoduje unicestwienie materialnoprawnego skutku zastosowania środka egzekucyjnego w postaci przerwania biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 4 O.p. SKO podzieliło pogląd organu I instancji, że w sytuacji, w której nie dochodzi do zmiany samych przepisów, a zmienia się linia orzecznicza na przeciwną w stosunku do dotychczasowej, następuje naruszenie zasady pewności prawa. W takim przypadku działalność NSA niesie ze sobą skutki dalej idące niż zmiana samych przepisów - przepisy wchodzą bowiem w życie najwcześniej z chwilą ich publikacji, a podejmowane przez NSA uchwały wiążą we wszystkich dotychczas niezakończonych prawomocnie sprawach, a więc mają moc wsteczną. Co więcej, zgodnie z uchwałą 7 sędziów NSA z dnia 30 czerwca 2008 r. (I FPS 1/08): Naczelny Sąd Administracyjny przy rozpatrywaniu ponownej skargi kasacyjnej obowiązany jest - w związku z art. 269 § 1 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi odstąpić od zastosowania art. 190 tej ustawy, z uwagi na podjęcie uchwały przez Naczelny Sąd Administracyjny w składzie siedmiu sędziów, zawierającej stanowisko dotyczące wykładni prawa, odmienne od wyrażonego w poprzednim wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, do którego to stanowiska zastosował się wojewódzki sąd administracyjny. Oznacza to, że nawet jeśli w danej sprawie sąd administracyjny sformułował ocenę prawną i wskazówki co do dalszego toku postępowania, to jeśli ocena ta, czy wskazówki są sprzeczne z późniejszą uchwałą 7 sędziów NSA, uchwała ta "przełamuje" wcześniejsze wytyczne, od których Sąd ma obowiązek odstąpić. Taka sytuacja miała miejsce w niniejszej sprawie, gdzie Sądy na wcześniejszym etapie postępowania nie dostrzegły przedawnienia i nakazały merytoryczne jej rozpoznania, a po wydaniu uchwały 7 sędziów NSA z dnia 26 lutego 2018 r. (I FPS 5/17) w sprawie należało przyjąć, że doszło do przedawnienia zobowiązania z końcem 2011 r.