Wyrok WSA z dnia 25 lutego 2026, sygn. I SA/Gl 433/25

Pismem z 15 czerwca 2022 r. skarżąca wyjaśniła, że organ podatkowy jest w posiadaniu wszystkich dokumentów związanych z wykonaniem umów zawartych w 2017 r. z P1, tj. umów z 5 i 10 sierpnia 2017 r., raportów z badań potwierdzających wykonanie umów, protokołów zdawczo-odbiorczych z 22 grudnia 2017 r., faktur oraz porozumienia stron z 16 stycznia 2018 r. w zakresie przesunięcia terminu płatności oraz kompensaty wzajemnych roszczeń.

Skarżąca wskazała, że zarząd P1 podczas przesłuchań potwierdził wykonanie umów, a na wcześniejszym etapie dobrowolnie zgodził się na prolongatę płatności za wykonywane umowy, a następnie kompensatę wzajemnych należności tej spółki i skarżącej. Strona skarżąca podniosła, że sam brak opatentowania opracowanych technologii przetwarzania odpadów nie może stanowić dowodu tego, że umowy z tą spółką nie zostały wykonane. Żadna ze stron umowy nie kwestionuje tego faktu. Strona skarżąca uważa, iż nie ma obowiązku wdrożenia opracowanych przez P1 technologii w swoim zakładzie recyklingu odpadów, co nie oznacza, że nie zamierza tego zrobić.

Następnie organ odwoławczy przeszedł do omówienia relewantnych przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, które określają przesłanki odliczenia podatku naliczonego. DIAS wskazał, że odliczyć podatek naliczony może wyłącznie podatnik podatku od towarów i usług. Wystawca faktury otrzymanej przez nabywcę musi być podatnikiem dokonującym dostawy wskazanych na fakturach towarów lub usług w ramach prowadzonej przez siebie samodzielnie działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 u.p.t.u. Nabycie musi mieć związek ze sprzedażą opodatkowaną. Prawo podatnika do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług nie jest bezwzględne, gdyż ustawodawca wymaga spełnienia pewnych warunków, a w określonych przez siebie sytuacjach wyłącza to prawo.

Zgodnie z kolei z treścią art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u., w przypadku gdy wystawiono faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne stwierdzające czynności, które nie zostały dokonane, faktury te i dokumenty celne nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego.

Mając na uwadze wykładnię przywołanych w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji przepisów, DIAS – po analizie akt sprawy – stwierdził, że faktury wystawione przez S i P1 nie odzwierciedlają rzeczywistych transakcji, gdyż dotyczą transakcji, które nie miały miejsca pomiędzy podmiotami wskazanymi na kwestionowanych fakturach.

Odnośnie S z akt sprawy wynika, że zarówno prezes zarządu E.T., jak i pełnomocnik A.K., nie potwierdzili wykonania usług na rzecz skarżącej. Żadna z tych osób nie była w stanie wskazać kto, kiedy i gdzie prowadził zlecone przez stronę skarżącą prace badawczo-rozwojowe.

Organ drugiej instancji zwrócił uwagę, że Prokurator Prokuratury Rejonowej w S. w akcie oskarżenia z 5 lutego 2024 r. oskarżył P.M. m.in. że w okresie od grudnia 2017 r. do kwietnia 2018 r., działając w krótkich odstępach czasu, w wykonywaniu z góry powziętego zamiaru, pełniąc funkcję prezesa zarządu skarżącej użył nierzetelnej faktury VAT z 31 grudnia 2017 r. nr [...] wystawionej przez S, zawierającą kwotę należności ogółem 613 768,50 zł, tj. na kwotę netto 498 998,78 zł i podatek od towarów i usług w kwocie 114 769,72 zł, która nie odzwierciedlała rzeczywistych transakcji gospodarczych, a została wykazana w księgach rachunkowych i rejestrze zakupu VAT, przez co ewidencje te były prowadzone nierzetelnie. Z uzyskanych informacji wynika, że zarówno Sąd Rejonowy w S., jak i Sąd Okręgowy w K. uznał P.M. winnym zarzuconego mu czynu.

W przypadku transakcji z P1 okolicznością przemawiającą za uznaniem, że faktury wystawione na rzecz skarżącej nie odzwierciedlają rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, jest brak wiedzy osób reprezentujących spółkę o wykonywanych usługach, co potwierdzają ze zeznania prezesa oraz wiceprezesa spółki.

DIAS stwierdził, że strona skarżąca nie dysponowała wiarygodnymi dokumentami, że kwestionowane usługi zostały wykonane oraz nie dochowała należytej staranności przy zawieraniu transakcji z kontrahentami. Poza fakturami, umowami i protokołami zdawczo-odbiorczymi oraz opracowaniami skarżąca oraz jej kontrahenci nie przedłożyli żadnych innych materialnych dowodów na potwierdzenie wykonania jakichkolwiek czynności związanych z opracowaniami, chociażby w postaci konspektów, notatek, zestawień, wykazów, tabeli, kto, gdzie, kiedy i w jakim zakresie dokonał poszczególnych czynności związanych z realizacją usług.

W rozpoznawanej sprawie, w ocenie organu odwoławczego, skarżąca nie wykazała należytej staranności przy wyborze kontrahenta. Z zeznań i przedłożonych wyjaśnień prezesa spółki P.M. nie wynika, że miał on wiedzę na temat działalności swoich kontrahentów. W szczególności nie sprawdzał możliwości osobowych i sprzętowych swoich kontrahentów. Nie był zainteresowany ani tym, czy kontrahenci posiadają zaplecze organizacyjne niezbędne do przygotowania zleconych opracowań, ani tym, czy osoby, z którymi się kontaktuje istotnie działają z ramienia jego kontrahentów. Nie wie kto prowadził prace badawczo-rozwojowe, nie pamięta, czy widział pełnomocnictwo udzielone A.K. Nie weryfikował dokumentów rejestrowych swoich kontrahentów, bo wówczas wiedziałby, że S utraciła akredytację Ministerstwa Gospodarki jako centrum badawczo-rozwojowego.

Na powyższą decyzję DIAS strona skarżąca wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach, zarzucając naruszenie:

1. art. 187 § 1 w związku z art. 191 o.p., poprzez brak przeprowadzenia istotnych dla sprawy dowodów oraz brak wyjaśnienia wszystkich istotnych okoliczności, w tym pominięcie faktów, tj.:

a. brak przesłuchania kluczowego świadka A.S., będącego wspólnikiem S, na okoliczność:

- współpracy pomiędzy skarżącą a S, w tym czasookresu jej trwania, jak również współpracy pomiędzy S a innymi spółkami powiązanymi ze skarżącą;

- przedmiotu tej współpracy, w szczególności, wykonywania przez S na rzecz skarżącej prac badawczo-rozwojowych;

- osób, które były wyznaczone do kontaktów pomiędzy stronami oraz które były upoważnione do zawierania umów w imieniu S;

- wzajemnych rozliczeń pomiędzy ww. spółkami;

b. brak uwzględnienia przedłożonej przez stronę skarżącą opinii rzeczoznawcy wskazującej na realną wartość technologii opracowanych przez P1, co wskazuje na to, iż transakcja dokonana z tą spółką nie była fikcyjna oraz w wyniku zawartych umów pozyskano innowacyjne technologie recyklingu odpadów; analogiczna opinia została sporządzona w odniesieniu do technologii opracowanej przez S, co również potwierdza, iż transakcja dokonana z tą spółką była rzeczywista i miała odzwierciedlenie finansowe;

c. brak uwzględnienia faktu, iż kontrahenci strony skarżącej byli spółkami prowadzącymi faktyczną działalność gospodarczą w zakresie wykonywania prac badawczo-rozwojowych oraz opracowywania nowoczesnych technologii, w tym recyklingu odpadów, posiadały status centrum badawczo-rozwojowego, co wskazuje na to, że rzeczywiście świadczyły usługi na rzecz skarżącej opisane w kwestionowanych przez organy fakturach,

d. brak uwzględnienia okoliczności, iż członkowie zarządu P1 potwierdzili podczas przesłuchań wykonywanie usług na rzecz skarżącej;

e. brak uwzględnienia kompensat wzajemnych wierzytelności (pomiędzy skarżącą a jej kontrahentami), jako czynności potwierdzających fakt wykonania usług na rzecz skarżącej;

2. art. 120 o.p. w związku z art. 191 o.p., poprzez wydanie zaskarżonej decyzji z naruszeniem zasady praworządności i zasady swobodnej (a nie dowolnej) oceny materiału dowodowego, na podstawie nieuzasadnionych domniemań co do posługiwania się przez stronę skarżącą nierzetelnymi fakturami, jak również poprzez wybiórczą i fragmentaryczną analizę zebranych w sprawie materiałów dowodowych, z pominięciem okoliczności wskazanych w punkcie 1; postępowanie dowodowe nie wykazało istnienia "nierzetelnych faktur", jest to teza wysunięta przez organ podatkowy, której przeczy całokształt materiału dowodowego, wyjaśnienia spółki oraz materialne dowody wskazujące na wykonanie usług;

3. art. 2a o.p., poprzez naruszenie zasady in dubio pro tributario, która to zasada nakazuje przyjąć w procesie stosowania prawa korzystną dla podatnika nie tylko wykładnię przepisów prawa, ale również nakazuje rozstrzygać na korzyść podatnika wątpliwości co do stanu faktycznego; w analizowanej sprawie wątpliwości te (co do rzetelności faktur) zostały rozstrzygnięte na niekorzyść podatnika, mimo iż dysponował on typowym w obrocie gospodarczym materiałem dokumentującym zaistniałe zdarzenia gospodarcze wpływające na rozliczenia podatkowe (umowy, faktury, protokoły zdawczo-odbiorcze, sprawozdania z badań i opracowania technologii); organy podatkowe nie wskazały, jakie inne dowody miałyby urzeczywistnić przeprowadzone transakcje, skoro według nich niewystarczające okazały się typowe dowody przedstawione przez podatnika (mając dodatkowo na uwadze znaczny upływ czasu, co uniemożliwia cofnięcie się do rejestru rozmów telefonicznych i maili);

4. art. 121 § 1 o.p., poprzez naruszenie zasady zaufania podatnika do organów podatkowych i wykreowanie niezgodnego z rzeczywistością wizerunku podatnika, jako podmiotu działającego w sposób nierzetelny;

5. art. 86 ust. 1 u.p.t.u., poprzez niezasadne uznanie, że faktury wystawione przez S i P1 nie dokumentują rzeczywistych transakcji handlowych, dlatego skarżącej nie przysługiwało prawo do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, wynikający z faktur wystawionych przez jej kontrahentów, podczas gdy zebrana w sprawie dokumentacja przeczy temu ustaleniu.

Podnosząc powyższe zarzuty, skarżąca wniosła o:

1. uchylenie w całości zaskarżonej decyzji;

2. uchylenie w całości poprzedzającej ją decyzji organu pierwszej instancji;

3. zasądzenie na rzecz skarżącej kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm przepisanych.

W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy podtrzymał w całości dotychczasowe stanowisko i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje

Skarga okazała się skuteczna, ale z innych powodów aniżeli w niej zawarte. Stosownie bowiem do art. 134 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j Dz. U. z 2026r., poz. 143, dalej: p.p.s.a.) sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (z zastrzeżeniem art. 57a, który w tej sprawie nie ma zastosowania). Niezwiązanie granicami skargi oznacza, że sąd ma prawo, a jednocześnie obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został podniesiony w skardze. Sąd nie jest przy tym skrępowany sposobem sformułowania skargi, przytoczonymi argumentami, a także zgłoszonymi wnioskami, zarzutami i żądaniami (uchwała NSA z 26 października 2009 r., I OPS 10/09; powoływane orzeczenia sądów administracyjnych są dostępne w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl).

Zgodnie z art. 208 § 1 o.p., gdy postępowanie podatkowe z jakiejkolwiek przyczyny stało się bezprzedmiotowe, w szczególności w razie przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy wydaje decyzję o umorzeniu postępowania.

Przed przystąpieniem do rozpoznania istoty sprawy, należy ustalić, czy doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego. DIAS podjął taką próbę na początkowym etapie swoich rozważań, jednak nie wyjaśnił w tej mierze wszystkich istotnych (relewantnych) okoliczności faktycznych, a w konsekwencji tego nie poddał ich prawnej ocenie.

Przedmiot sprawy stanowi zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług za IV kwartał 2017r., a zatem zasadniczy termin przedawnienia tego zobowiązania podatkowego upływał z dniem 31 grudnia 2023 r. (art. 70 § 1 o.p.).

DIAS jako przesłankę zawieszającą bieg tego terminu na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. wskazał doręczenie spółce (podatnikowi) 4 stycznia 2023r. zarządzenia zabezpieczenia. Zostało ono wystawione 15 grudnia 2022r. w wykonaniu decyzji Naczelnika Urzędu Skarbowego w S. (dalej: NUS) z 28 października 2022r. o zabezpieczeniu wydanej na podstawie art. 33 o.p.

Naczelny Sąd Administracyjny 16 czerwca 2025 r., w sprawie III FPS 1/25, podjął następującą uchwałę: "Doręczenie zarządzenia zabezpieczenia w trybie art. 155b § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2025 r. poz. 132) w wykonaniu decyzji o zabezpieczeniu, o której mowa w art. 33 § 2 w zw. z art. 33 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r. poz. 111), powinno nastąpić do rąk pełnomocnika ustanowionego i zgłoszonego przez podatnika w postępowaniu podatkowym (kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej)."

Na mocy art. 269 § 1 p.p.s.a. stanowisko zajęte w uchwale Naczelnego Sądu Administracyjnego wiąże pośrednio wszystkie składy orzekające sądów administracyjnych. Dopóki więc nie nastąpi zmiana stanowiska zajętego w uchwale, dopóty sądy administracyjne powinny je respektować w sprawach dotyczących danego typu stanu faktycznego i prawnego (por. wyrok NSA z 24 września 2024 r., III FSK 778/24).

Konsekwencją wymienionej uchwały NSA jest stanowisko, że jeśli zarządzenie zabezpieczenia doręczono do rąk podatnika, a nie jego pełnomocnika, to doręczenie jest bezskuteczne, co oznacza, że nie zaistniało zdarzenie powodujące zawieszenie biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. (wyrok NSA z 2 lipca 2025 r., I FSK 655/22).

W realiach rozpoznanej sprawy zarządzenie zabezpieczenia doręczono spółce skarżącej, brak jednak informacji czy w sprawie został ustanowiony pełnomocnik. Jeśli tak to należy przyjąć, iż zarządzenie należało doręczyć pełnomocnikowi. Organ winien odnieść się do powstałych w tym zakresie wątpliwości.

Jak wynika z uchwały NSA z 16 czerwca 2025 r., III FPS 1/25, organ wystawiwszy 19 sierpnia 2022 r. zarządzenie zabezpieczenia powinien mieć na uwadze jego doręczenie pełnomocnikowi podatnika, o ustanowieniu którego już wiedział. Postępowanie zabezpieczające, chociaż jest dwuetapowe (najpierw wydanie decyzji o zabezpieczeniu a potem jej przymusowe wykonanie inicjowane wystawieniem i doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia) stanowi bowiem integralną całość.

W obecnej sytuacji procesowej, nie jest pełne twierdzenie organu nie tylko o zaistnieniu, ale również o ewentualnym trwaniu (braku unicestwienia) materialnoprawnych skutków doręczenia zarządzenia zabezpieczenia w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.).

Na mocy wyroku WSA z dnia 20 marca 2024r., I SA/Gl 942/23, doszło bowiem do uchylenia decyzji zabezpieczających wydanych w obu instancjach. Sąd z obrotu prawnego wyeliminował więc decyzję NUS z 28 października 2022r. stanowiącą podstawę do wystawienia zarządzenia zabezpieczenia. DIAS wydając 20 stycznia 2025r. kontrolowaną obecnie decyzję w sprawie wymiarowej znał treść wskazanego wyroku WSA w sprawie zabezpieczającej, a także treść art. 152 § 1 p.p.s.a., który stanowi, że w razie uwzględnienia skargi na akt lub czynność, nie wywołują one skutków prawnych do chwili uprawomocnienia się wyroku, chyba że sąd postanowi inaczej. Trzeba dodać, że tego rodzaju konsekwencje dla decyzji zabezpieczających zostały podtrzymane wyrokiem NSA z 26 listopada 2024r., III FSK 1061/24.

Organ opierając swoje stanowisko o trwaniu stanu zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 § 6 pkt 4 o.p. powinien zatem wyjaśnić i ten aspekt sprawy. Art. 60 § 1 ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz.U. z 2025 r. poz. 132, ze zm. – dalej: u.p.e.a.) stanowi bowiem, że: "Umorzenie postępowania egzekucyjnego powoduje uchylenie czynności egzekucyjnych. Pozostają jednak w mocy prawa osób trzecich nabyte na skutek tych czynności." Ten przepis stosuje się odpowiednio w postępowaniu zabezpieczającym na podstawie art. 166b u.p.e.a.

DIAS powinien zatem się wypowiedzieć, czy niewywoływanie skutków prawnych przez decyzję zabezpieczającą na podstawie której wystawiony został dokument zarządzenia zabezpieczenia miał wpływ, a jeśli tak to jaki, na materialnoprawne konsekwencje doręczenia tegoż zarządzenia zabezpieczenia, w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.).

Jak jednak wyjaśnił Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 2 grudnia 2024r., III FPS 4/24: "W przypadku zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów ustawy z dnia 17 czerwca 1966 r. o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (Dz. U. z 2023 r. poz. 2505 z późn. zm.), o którym mowa w art. 70 § 6 pkt 4 in fine ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 z późn. zm.), termin ten biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 70 § 7 pkt 5 Ordynacji podatkowej).

Akta kontrolowanej sprawy wskazują także na potrzebę odniesienia się do innej podstawy zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania (art. 70 § 6 pkt 1 o.p.).

Prokurator Prokuratury Rejonowej w S. 12 października 2023 r. wszczął bowiem śledztwo ([...]) w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 62 § 2a w zb. z art. 56 § 2 w zb. z art. 61 § 1 w zw. z art. 6 § 2 przy zast. art. 7 § 1 k.k.s., dotyczące posłużenia się w ramach działalności skarżącej, w celu obniżenia zobowiązań podatkowych, nierzetelną fakturą VAT zakupu na kwotę netto 498.998,78 zł i podatek VAT 114.769,72 zł, wystawioną przez spółkę S (właśnie to postępowanie zakończyło się skazaniem prezesa zarządu skarżącej na mocy wyroku z 13 sierpnia 2024 r., [...], wydanego przez Sąd Rejonowy w S.).

Działając w trybie art. 70c o.p. NUS wystosował do spółki zawiadomienie o zawieszeniu z dniem 12 października 2023 r. biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego z tytułu podatku dochodowego od osób prawnych w związku z ww. wszczęciem postępowania karnego skarbowego. Zawiadomienie zostało doręczone spółce 18 grudnia 2023 r., a pełnomocnikowi skarżącej 12 grudnia 2023r.

W realiach niniejszej sprawy kluczowego znaczenia nabiera pełna i prawidłowa analiza okoliczności związanych z zakłóceniem biegu terminu przedawnienia na skutek doręczenia zarządzenia zabezpieczenia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.). Dotyczy to:

- skutecznego zaistnienia stanu zawieszenia biegu terminu przedawnienia, i ewentualnie

- trwania tego stanu, pomimo uchylenia decyzji zabezpieczającej stanowiącej podstawę wystawienia zarządzenia zabezpieczenia, a także

- ustalenia właściwego momentu "wznowienia" biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 7 pkt 5 o.p.).

Organ podatkowy nie ustalił i nie ocenił wszystkich faktów związanych z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia, co ma znaczenie dla zaistnienia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.). Nie zajął stanowiska w przedmiocie trwania (unicestwienia) skutków zawieszenia biegu terminu przedawnienia (jeśli takie skutki w ogóle zaistniały) z powodu uchylenia przez sąd decyzji stanowiącej podstawę wystawienia zarządzenia zabezpieczenia (art. 60 § 1 w zw. z art. 166b u.p.e.a. oraz art. 154 §§ 4-7 u.p.e.a.).

Te niedostatki i błędy w ustaleniach oraz ocenach prawnych są tak rozległe, że nie mogły zostać wyeliminowane przez Sąd. Dotyczą bowiem całości wątku sprawy związanego z przedawnieniem zobowiązania podatkowego. Rolą sądu administracyjnego nie jest załatwianie spraw za organ, lecz kontrolowanie działalności administracji publicznej w aspekcie zgodności jej działań albo zaniechań z prawem (art. 1 § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych; Dz.U. z 2024 r. poz. 1267). "Sprawowanie kontroli" oznacza przecież pewnego rodzaju wtórność działań sądu wobec działań organu administracyjnego. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania (korygowania) działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie do zastępowania ich w załatwianiu spraw.

Sąd podkreśla, że ustalenie i ocena materiału dowodowego w zakresie wszystkich istotnych dla rozstrzygnięcia aspektów sprawy podatkowej, stanowi kompetencję organów prowadzących postępowanie podatkowe. To do nich należy zebranie materiału dowodowego w stopniu wystarczającym dla potrzeb rozstrzygnięcia (art. 122 i 187 § 1 o.p.), a następnie jego ocena, zgodnie z zasadą swobodnej oceny dowodów (art. 191 o.p.). Dotyczy to nie tylko istoty sprawy (tu: prawidłowości zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu), ale również innych kwestii, które tak jak przedawnienie albo brak przedawnienia zobowiązania podatkowego, determinują sposób załatwienia sprawy. W tym przypadku organy nie sprostały temu zadaniu przez co naruszyły wskazane regulacje postępowania dowodowego w sposób, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy w rozumieniu art. 145 § 1 pkt 1 lit. c) p.p.s.a.

W związku z powyższym, obecnie byłoby przedwczesne rozpoznanie przez Sąd zarzutów skargi dotyczących prawidłowości zaliczenia wydatków spółki do kosztów uzyskania przychodu.

W postępowaniu ponownym organ powinien ustalić, czy doszło do przedawnienia zobowiązania podatkowego skarżącej, mając na uwadze oceny prawne Sądu zawarte w niniejszym uzasadnieniu (art. 153 p.p.s.a.).

W zakresie zaistnienia skutku w postaci zawieszenia biegu terminu przedawnienia (art. 70 § 6 pkt 4 o.p.) należy wyjaśnić ewentualne skutki braku doręczenia zarządzenia zabezpieczenia z pełnomocnikowi spółki.

Na rozprawie pełnomocnik wskazał na zaistnienie kolejnej przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia w niniejszej sprawie na zasadzie art. 70 § 6 pkt 2 o.p. Organ zobowiązany będzie do kompleksowego i precyzyjnego wyjaśnienia powyższej przesłanki zawieszenia biegu terminu przedawnienia w realiach niniejszej sprawy.

W przypadku ustalenia skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia z dnia 15 grudnia 2022r. powinnością organu będzie odniesienie się do znaczenia uchylenia przez Sąd decyzji zabezpieczającej wydanej przez NUS 28 października 2022r., a więc decyzji stanowiącej podstawę wydania zarządzenia zabezpieczenia.

W tej mierze należy ocenić, czy stosowanie "odpowiednie" w postępowaniu zabezpieczającym art. 60 § 1 w zw. z art. 166b u.p.e.a. wywołuje takie konsekwencje, jak wynika to z uchwał NSA z 28 kwietnia 2014 r., I FPS 8/13 oraz z 26 lutego 2018 r., I FPS 5/17 - co do unicestwienia skutków materialnoprawnych zastosowania środka egzekucyjnego wobec uchylenia postanowienia o nadaniu decyzji nieostatecznej rygoru natychmiastowej wykonalności i w konsekwencji umorzenia postępowania egzekucyjnego oraz co do unicestwienia skutków materialnoprawnych zastosowania środka egzekucyjnego wobec uchylenia decyzji określającej zobowiązanie podatkowe. Czy jednakże, argumentacja wynikająca z wymienionych uchwał NSA, nie znajduje zastosowania w odniesieniu do omawianej teraz materii, a to z uwagi na treść (szczególnie) art. 154 § 6 u.p.e.a., który pomimo uchylenia przez sąd decyzji stanowiącej podstawę do dokonania zabezpieczenia, przewiduje możliwość przekształcenia się zajęcia zabezpieczającego w zajęcie egzekucyjne, a po wtóre, z uwagi na "odpowiednie" a nie "wprost" stosowanie art. 60 § 1 u.p.e.a. w postępowaniu zabezpieczającym (por. wyrok NSA z 6 maja 2025 r., II FSK 1075/22).

Ustalenie przez organ skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia oraz ustalenie braku unicestwienia wynikających stąd skutków wobec uchylenia decyzji zabezpieczającej, zaktualizuje kolejny obowiązek organu. Dotyczy on poprawnego zidentyfikowania ram czasowych zawieszenia biegu terminu przedawnienia, ponieważ, jak to już wyjaśniono, w takiej sytuacji prawnej termin ten biegnie dalej po dniu zakończenia postępowania zabezpieczającego w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji (art. 70 § 7 pkt 5 o.p.).

Dopiero przeprowadzenie przez organ wszechstronnego postępowania wyjaśniającego, ukierunkowanego na wszystkie okoliczności rzutujące na bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, a następnie wyprowadzenie należycie umotywowanej konkluzji, że do przedawnienia nie doszło, pozwolą organowi na ocenę istoty sprawy (zasadności zaliczenia wydatków do kosztów uzyskania przychodu).

W tym przedmiocie, co do zobowiązana wynikającego z faktury wystawionej przez spółkę S organ powinien mieć w polu widzenia art. 11 p.p.s.a. i prawomocny wyrok skazujący prezesa zarządu skarżącej. Sąd zwraca uwagę, iż powyższy wyrok dotyczy wyłącznie zobowiązania podatkowego związanego fakturą wystawioną wyłącznie przez spółkę S. Organ winien uwzględnić powyższą okoliczność przy ustalanie zawieszenia biegu terminu przedawnienia w rozpoznanej sprawie.

W konsekwencji Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję.

O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 p.p.s.a. zasądzając od organu na rzecz strony skarżącej kwotę obejmującą uiszczony wpis sądowy (2.616,71 zł), kwotę 10.800 zł na podstawie § 14 ust. 1 pkt 1 lit. a w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (t.j. Dz. U. z 2018r., poz. 265) oraz kwotę 17 zł tytułem opłaty skarbowej od pełnomocnictwa.