Zaskarżonej decyzji zarzucono błędną wykładnię art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) upol, polegającą na przyjęciu, że skarżąca nie jest uprawniona do skorzystania ze zwolnienia z opodatkowania infrastruktury kolejowej, ponieważ należąca do niej infrastruktura posiada charakter prywatny, jest wykorzystywana do realizacji celów gospodarczych Spółki i na jej zlecenie, a w związku z tym jako taka w ogóle nie może podlegać udostępnieniu, o którym mowa w tym przepisie, podczas gdy przewoźnicy kolejowi w 2020 r. faktycznie regularnie realizowali przejazdy w oparciu o tę infrastrukturę.
Skarga zawiera wniosek o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego, według norm prawem przepisanych. Zastrzeżono zarazem, że nie ma potrzeby uchylenia decyzji organu pierwszej instancji w całości, skoro odwołanie dotyczyło wyłącznie odmowy stwierdzenia nadpłaty, a materiał dowodowy jest kompletny i pozwala SKO na wydanie merytorycznego rozstrzygnięcia w postaci stwierdzenia nadpłaty.
W uzasadnieniu skargi jej autor po przedstawieniu dotychczasowego przebiegu postępowania wytknął SKO powielenie stanowiska organu pierwszej instancji i nieodniesienie się do argumentacji zawartej w odwołaniu. Następnie zauważył, że SKO z jednej strony przeprowadziło analizę pojęcia "udostępniania" przez pryzmat przepisów utk, a z drugiej przywiązało znaczenie do jego znaczenia językowego, i to tworząc jego własną definicję, która z tego znaczenia nie wynika. Rozwijając tę myśl, zaakcentował w szczególności, że art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a upol uzależnia zwolnienie od tego, by przejazdy były realizowane przez licencjonowanych przewoźników kolejowych, nie od tego, na czyją rzecz są one wykonywane. Skarżąca zresztą nie zaprzeczała, że przewoźnicy wykonują usługę na jej rzecz, w ramach umowy bocznicowej, gdyż świadczy to o udostępnianiu bocznicy podmiotom zewnętrznym.
Pełnomocnik zaznaczył, że SKO nawiązało do orzecznictwa, lecz nie przywołało sygnatur żadnych wyroków sądów administracyjnych czy konkretnych przepisów, z których wynikałyby jego tezy, i to w sytuacji, gdy w odwołaniu wymieniono orzeczenia potwierdzające wyrażone tam stanowisko przeciwne. Nietrafnie powołało się przy tym na wcześniej wydany w sprawie wyrok z 11 kwietnia 2023 r., I SA/Gl 1537/22, który jedynie zwrócił uwagę na konieczność weryfikacji przesłanek zwolnienia podatkowego.
Prezentując to stanowisko, pełnomocnik zaakcentował, że w sprawie bezsporne jest, iż bocznica należąca do skarżącej stanowi infrastrukturę kolejową w rozumieniu art. 7 ust. 1 pkt 1 upol. Podzielił jednocześnie pogląd, zgodnie z którym przewidziana w tym przepisie przesłanka udostępniania takiej infrastruktury powinna być interpretowana w sposób literalny, bez uwzględniania przepisów utk, jako pojęcie odnoszące się do czynności faktycznej. Infrastruktura ma przy tym być udostępniona przewoźnikom, a ustawodawca nie zdecydował się na ustanowienie dodatkowych kryteriów mających wprowadzać ograniczenia co do charakteru czynności, które przewoźnik ma dokonywać, czy ich formalnoprawnych podstaw. W konsekwencji organy dokonały niedopuszczalnej rozszerzającej interpretacji przepisów, które przecież nie przewidują również jakiekolwiek wyłączeń odnoszących się do charakteru udostępnianej infrastruktury kolejowej, w szczególności wskazujących, że art. 7 ust. 1 pkt 1 upol nie dotyczy infrastruktury prywatnej. W efekcie infrastruktura ta nie podlega opodatkowaniu, gdy jest udostępniana przewoźnikom, niezależnie od tego, że wykonują oni usługi na rzecz jej właściciela.
Pełnomocnik przywołał orzecznictwo sądów administracyjnych, podkreślając, że ewentualne odmienne rozstrzygnięcia organów podatkowych powinny być oceniane w sposób wykluczający różnicowanie sytuacji podatników wedle kryteriów pozaprawnych.
SKO w odpowiedzi na skargę wniosło o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasową argumentację.
W piśmie procesowym z 20 maja 2026 r. Spółka podniosła, że wydana 8 grudnia 2025 r. przez Naczelny Sąd Administracyjny uchwała o sygn. III FPS 3/25 nie znajdzie zastosowania w niniejszej sprawie, ponieważ stan faktyczny sprawy, w której została ona podjęta różni się od tego ustalonego w niniejszym postępowaniu. Powołując się na art. 269 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2026 r., poz. 143 - dalej jako p.p.s.a.), domagała się wystąpienia do NSA z zagadnieniem prawnym dotyczącym stosowania uchwał tegoż Sądu w sprawach o odmiennym stanie faktycznym.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach zważył co następuje:
Skarga jest zasadna.
Zgodnie z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a. sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy.
W niniejszej sprawie pierwszą chronologicznie wydaną wobec Spółki decyzję SKO z 3 października 2022 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach, uwzględniając skargę skarżącej, uchylił wyrokiem z 11 kwietnia 2023 r., I SA/Gl 1537/22. Spór wówczas koncentrował się zarówno na opodatkowaniu zarówno składników stanowiących infrastrukturę kolejową jak i elektrofiltrów i instalacji odsiarczania spalin. Na obecnym etapie przedmiot sporu koncentruje się na infrastrukturze kolejowej, ponieważ pozostałym zakresie Prezydent Miasta uznał za zasadne żądanie Spółki, co było konsekwencją wydanego w sprawie wyroku tutejszego Sądu. Powołanym wyrokiem Sąd, w zakresie dotyczącym zwolnienia z opodatkowania infrastruktury kolejowej, stwierdził, że przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ dokona wyczerpującej analizy w zakresie tego, które obiekty budowlane wskazane przez skarżącą spełniają wymogi uznania ich za infrastrukturę kolejową, po weryfikacji, czy w rozpatrywanym okresie należały do skarżącej i były udostępniane przewoźnikom kolejowym.
Organ i instancji w wyniku przeprowadzonego postępowania dowodowego ustalił, że Spółka posiada infrastrukturę kolejową, która powstała z racji wielkości zakładu produkcyjnego i zasięgu jego działania. W celu utrzymania ciągłości dostaw Spółka zatrudniła wyspecjalizowane w tym zakresie podmioty.
W konsekwencji należy przyjąć, że spór między stronami nie dotyczy już kwalifikacji składników do infrastruktury kolejowej, lecz koncentruje się wyłącznie na wykładni prawa materialnego i przesłanek zwolnienia z opodatkowania.
Przechodząc do spornej kwestii należy stwierdzić, że sprowadza się ona do odpowiedzi na pytanie, czy prywatna infrastruktura kolejowa, jaką dysponuje skarżąca, w stanie faktycznym niniejszej sprawy może korzystać ze zwolnienia z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu nadanym przez art. 2 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o zmianie ustawy o transporcie kolejowym oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2016 r., poz. 1923). Zgodnie z tym przepisem zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.
Organy obu instancji stanęły na stanowisku, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu. Nawet, jeśli wykorzystuje ją przewoźnik kolejowy, to i tak wykonuje wówczas czynności na rzecz właściciela infrastruktury prywatnej. Organy przyjęły rozumienia udostępnienia jako możliwości skorzystania z infrastruktury przez inny podmiot niż władający tym obiektem, ale na własny rachunek tego podmiotu, bez ograniczenia restrykcjami umowy biznesowej.
Z takim stanowiskiem Sąd się nie zgadza.
W najnowszym orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (np. wyrok z 6 sierpnia 2025 r., sygn. akt III FSK 747/22), które tutejszy Sąd w pełni podziela, przyjmuje się, że art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. odsyła do ustawy o transporcie kolejowym wyłącznie w zakresie zwrotu "infrastruktura kolejowa", nie zaś sposobu rozumienia pozostałych przesłanek zwolnienia. Dla prawidłowego zdekodowania pojęcia "jest udostępnienia przewoźnikom kolejowym" nie ma zatem podstaw do sięgania do przepisów o transporcie kolejowym. W kontekście przesłanki określonej w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w orzecznictwie i w piśmiennictwie jednolicie wskazuje się, że użyty zwrot "jest udostępniana przewoźnikom kolejowym" oznacza faktyczne umożliwienie korzystania z infrastruktury przez przewoźnika kolejowego (por. L. Etel, R. Dowgier, G. Liszewski, B. Pahl, Podatki i opłaty lokalne. Komentarz, LEX 2020, art. 7), co stanowi istotną zmianę względem stanu prawnego sprzed 1 stycznia 2017 r., w którym obowiązek udostępnienia mógł mieć charakter wyłącznie potencjalny. W takiej sytuacji przesłankę tę należy interpretować literalnie, w oparciu o gramatyczne brzmienie przepisu, uwzględniając przyjęte w języku polskim znaczenie słowa "udostępnia". Udostępnienie zaś to możliwość skorzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem (por. wyrok NSA z 25 maja 2022 r., III FSK 610/21).
Z tego względu celem wypełnienia przesłanki, o której mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w badanym roku podatkowym musi wystąpić faktyczne udostępnienie infrastruktury przewoźnikowi kolejowemu.
Po nowelizacji art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. obowiązującej od początku 2017 r., uregulowane tym przepisem zwolnienie dotyczy również tzw. prywatnej infrastruktury kolejowej w rozumieniu art. 4 pkt 1c u.t.k. (zob. np. wyroki: WSA w Opolu z 19 lutego 2020 r., I SA/Op 533/19, WSA w Poznaniu z 4 października 2018 r., I SA/Po 490/18, WSA w Białymstoku z 6 czerwca 2018 r., I SA/Bk 222/18). Stosownie do art. 4 pkt 1c u.t.k. infrastruktura prywatna jest to infrastruktura kolejowa wykorzystywana wyłącznie do realizacji własnych potrzeb jej właściciela lub jej zarządcy innych niż przewóz osób. Przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. nie wyłącza jednak możliwości zwolnienia infrastruktury kolejowej, będącej infrastrukturą prywatną, jeśli tylko wchodzi w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów ustawy o transporcie kolejowym. Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. jest zwolnieniem przedmiotowym, w związku z czym własność infrastruktury kolejowej nie stanowi kryterium zwolnienia.
Podkreślić również należy, że w powołanej wyżej ustawie nowelizującej nadano nowe brzmienie m.in. definicjom infrastruktury kolejowej, drogi kolejowej, linii kolejowej oraz bocznicy kolejowej (art. 1 pkt 4 ustawy nowelizującej) oraz art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l (art. 2 ustawy nowelizującej). Istota tych zmian sprowadzała się do zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej oraz uznania użytkownika bocznicy kolejowej za zarządcę tej infrastruktury (por. uzasadnienie projektu ustawy Sejm RP VIII kadencji, druk nr 840). Zmiany te, stosownie do art. 21 pkt 3 ustawy nowelizującej, miały zastosowanie od dnia 1 stycznia 2017 r.
Zauważyć ponadto należy, że w art. 20 tej ustawy jednoznacznie wskazano, że do dnia 31 grudnia 2016 r. użytą w u.p.o.l. definicję infrastruktury kolejowej należy rozumieć zgodnie z art. 4 pkt 1 ustawy, o której mowa w art. 1, w brzmieniu dotychczasowym. Brzmienie tego przepisu przejściowego jednoznacznie potwierdza charakter normatywny wprowadzanych zmian w zakresie zaliczenia bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej z dniem 1 stycznia 2017 r. oraz skutków podatkowych z tym związanych po tym dniu. Zatem, jak wyjaśniono, w okresie wcześniejszym zaprezentowane rozumienie tych przepisów nie pozwalało na zaliczenie bocznicy kolejowej do infrastruktury kolejowej objętej zwolnieniem podatkowym na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., w brzmieniu obowiązującym przed 1 stycznia 2017 r. (tak NSA wyroku z 27 kwietnia 2022 r., sygn. akt III FSK 506/21).
Jak już jednak wyżej wskazano, sytuacja uległa zmianie z dniem 1 stycznia 2017 r. Z tego względu rację ma skarżąca podnosząc zarzut naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. Podkreślić należy, że udostępnienie to możliwość korzystania z danego obiektu przez inne podmioty niż władający obiektem. A skoro tak, to nie można zgodzić się z organem, że tylko wtedy dojdzie do udostępnienia infrastruktury kolejowej, gdy podmiot, któremu ta infrastruktura zostanie udostępniona skorzysta z niej dla zaspokojenia potrzeb innych podmiotów niż podmiot udostępniający infrastrukturę. Taki wniosek nie wynika z treści omówionych przepisów. W ocenie Sądu nawet jeśli przewoźnik kolejowy wykorzystując infrastrukturę świadczy usługi na rzecz udostępniającego, to i tak spełniona jest przesłanka udostępnienia wynikająca z powołanego przepisu. Bez wykorzystania tej infrastruktury ów przewoźnik nie byłby w stanie wykonać umowy na rzecz skarżącej.
Sąd dostrzega również, że postanowieniem z 2 września 2025 r., sygn. akt III FSK 1020/23 Naczelny Sąd Administracyjny na podstawie art. 187 § 1 p.p.s.a., przedstawił składowi siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego do rozstrzygnięcia zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości, tj.: czy sformułowanie ustawowe zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. (tj. Dz. U. z 2017 r., poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017–2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia cały obszar tych gruntów, czy też ich część, która została faktycznie zajęta pod infrastrukturę kolejową.
Naczelny Sąd Administracyjny 8 grudnia 2025 r., w sprawie o sygn. akt III FSK 3/25 podjął uchwałę, zgodnie z którą sformułowanie zawarte w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz.U. z 2017 r. poz. 1785 ze zm.), zgodnie z którym "zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która: jest udostępniana przewoźnikom kolejowym", stanowi w stanie prawnym obowiązującym w latach 2017-2021 podstawę do objęcia zakresem tego zwolnienia jedynie tych części gruntu, które zostały zajęte pod budynki i budowle tworzące infrastrukturę kolejową (usytuowane na obszarze kolejowym.
To w związku z koniecznością oczekiwania na rozstrzygnięcie tego zagadnienia skarżąca złożyła wniosek o zawieszenie postępowania w niniejszej sprawie, który to wniosek Sąd uwzględnił. Wobec rozstrzygnięcia tej kwestii, zasadnym było podjęcie zawieszonego postępowania i rozpoznanie wniesionej skargi.
Mając na uwadze powyższe, Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a., ponieważ organ dopuścił się błędnej wykładni przepisów prawa materialnego, tj. art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. poprzez przyjęcie, że prywatna infrastruktura kolejowa nie może podlegać udostępnieniu.
Ponownie rozpoznając sprawę organ weźmie pod uwagę zaprezentowaną wykładnię przepisów prawa materialnego oraz wskazaną już wyżej uchwałę NSA. Wypełniając ten obowiązek to organ ponownie rozpatrujący sprawę będzie zobowiązany dokonać oceny znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 8 grudnia 2025 r., sygn. akt III FPS 3/25 i jej ewentualnego wpływu na treść rozstrzygnięcia. Ponieważ w toku postępowania nie było prowadzone postępowanie dowodowe co do powierzchni podlegającej ewentualnemu zwolnieniu z opodatkowania, ani strony w tym wątku nie przedstawiły żadnej argumentacji prawnej, Sąd nie był w stanie tej kwestii jednoznacznie przesądzić. Brak bowiem było postępowania dowodowego dotyczącego tego zagadnienia i przedstawienia stosownej argumentacji prawnej. Do ustalenia stanu faktycznego i prawnego w pierwszej kolejności zobowiązany jest bowiem organ. Sąd nie zamknął tym samym skarżącej drogi do składania wniosków dowodowych, ani też przedstawienia argumentacji prawnej co do powierzchni działek podlegających zwolnieniu z opodatkowania i stosowania uchwały NSA do stanu faktycznego sprawy.
Jednocześnie Sąd nie uwzględnił żądania skarżącej zwrócenia się do NSA z wnioskiem o rozpoznanie zagadnienia prawnego w trybie art. 269 § 1 p.p.s.a. Skoro kwestia powierzchni działek korzystających ze zwolnienia w ogóle nie była przedmiotem rozważań stron w postępowaniu przed organem podatkowym, nie przeprowadzono postępowania dowodowego w tym zakresie, a Spółka nie podniosła stosownej argumentacji co do obszaru podlegającego zwolnieniu, nie było podstaw do zajęcia stanowiska, czy powołana wyżej uchwała znajdzie zastosowanie do stanu faktycznego niniejszej sprawy. Sąd zastąpiłby w tym zakresie organ, na którym to spoczywa obowiązek gromadzenia materiału dowodowego i jego prawnopodatkowej oceny. Dopiero pełna ocena podlega kontroli Sądu administracyjnego.
Rozstrzygnięcie o kosztach postępowania znajduje oparcie w art. 200, art. 205 i art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną w punkcie drugim wyroku kwotę składa się uiszczony wpis od skargi oraz wynagrodzenie pełnomocnika obliczone na podstawie § 2 ust. 1 pkt 1 lit. f rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018 r., poz. 1687). Sąd uznał za zasadne miarkowanie wynagrodzenia pełnomocnika, ponieważ na tej samej rozprawie były rozpoznawane trzy sprawy skarżącej, dotyczące zbieżnego stanu faktycznego i prawnego. Zbliżone były również rozstrzygnięcia organów, ich uzasadnienia i sporządzone przez pełnomocnika skargi.