Organ odwoławczy uznał, że papierowa korekta deklaracji za marzec 2020 r., dołączona do wniosku nadanego 31 grudnia 2025 r., nie była prawnie skuteczna. Jednocześnie, z uwagi na upływ tego dnia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ I instancji nie mógł wezwać Strony do uzupełnienia braku formalnego poprzez złożenie korekty w wymaganej formie elektronicznej. W konsekwencji brak ten miał charakter niemożliwy do usunięcia, co uzasadniało zastosowanie art. 165a § 1 O.p. i odmowę wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty. Organ odwoławczy nie podzielił przy tym stanowiska Strony o możliwości zastosowania art. 169 § 1 lub art. 2a O.p., wskazując na jednoznaczny obowiązek składania deklaracji VAT w formie elektronicznej.
W wniesionej do tut. Sądu skardze Skarżący zarzucił zaskarżonemu postanowieniu, iż wydane ono zostało z naruszeniem przepisów prawa podatkowego, w tym:
1) art. 70 § 1 O.p. poprzez niezasadne zastosowanie w sprawie;
2) art. 79 § 2 O.p. poprzez niezastosowania w sprawie;
3) art. 12 § 6 pkt 2 O.p. poprzez niezastosowania w sprawie;
4) art. 217 § 2 O.p. poprzez brak właściwego uzasadnienia prawnego postanowienia.
W efekcie w ocenie Skarżącego postanowienie zostało wydane na podstawie błędnie ustalonego stanu prawnego sprawy, co skutkowało błędnym rozstrzygnięciem i niezasadnym utrzymaniem w mocy postanowienia organu I instancji.
W tym stanie rzeczy Strona wniosła o uchylenie zaskarżonego postanowienia w całości oraz zasądzenie na rzecz Skarżącego zwrotu kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych.
W uzasadnieniu skargi pełnomocnik Skarżącego zarzucił, że organ II instancji pominął art. 79 § 2 oraz art. 12 § 6 pkt 2 O.p., z których wynika, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty złożony przed upływem terminu przedawnienia jest prawnie skuteczny, a termin uważa się za zachowany w przypadku nadania pisma w placówce operatora wyznaczonego. Wskazał, że wniosek został nadany 31 grudnia 2025 r., a więc przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania. Podniósł, że art. 165 i art. 165a § 1 O.p. dotyczą wyłącznie momentu wszczęcia postępowania i nie uzależniają skuteczności wniosku od jego wpływu do organu przed upływem terminu przedawnienia. Zdaniem Skarżącego brak odniesienia się przez Organ do powyższych przepisów skutkował niepełnym uzasadnieniem prawnym postanowienia.
Skarżący zarzucił, że organ pominął art. 79 § 2 oraz art. 12 § 6 pkt 2 O.p., mimo że DIAS potwierdził, iż termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty został zachowany, a wniosek został nadany w placówce Poczty Polskiej 31 grudnia 2025 r., przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania. Wskazał, że ewentualny brak formalny wniosku wynikał z nieprawidłowej, w ocenie Organu, formy korekty deklaracji, przy czym korekta stanowi jedynie element wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Zdaniem Skarżącego art. 165 i art. 165a § 1 O.p. regulują jedynie moment wszczęcia postępowania i nie uzależniają skuteczności wniosku od jego wpływu do organu przed upływem terminu przedawnienia. W konsekwencji Skarżący uznał, że wniosek został skutecznie złożony przed upływem terminu przedawnienia, a Organ powinien rozpoznać jego zasadność merytorycznie.
Skarżący podniósł, że zaskarżone postanowienie wydano z pominięciem art. 79 § 2 i art. 12 § 6 pkt 2 O.p., a organ przyjął wykładnię przepisów, która nie znajduje w nich podstawy prawnej, co skutkowało również niewystarczającym uzasadnieniem postanowienia, naruszającym art. 217 § 2 O.p. Z ostrożności procesowej Skarżący podniósł, że obowiązek składania deklaracji VAT w formie elektronicznej JPK_V7 został wprowadzony dopiero od 1 października 2020 r., wobec czego nie powinien być stosowany do korekt deklaracji dotyczących wcześniejszych okresów. Wskazał, że zgodnie z art. 81 § 1 O.p. podatnikowi przysługuje prawo do korekty deklaracji, a brak jest podstaw do uznania korekty dotyczącej wcześniejszego okresu, złożonej w formie papierowej, za nieskuteczną wyłącznie z uwagi na jej formę. Zdaniem Skarżącego Organ powinien ocenić korektę pod względem jej treści i merytorycznej zasadności, a w razie nieusuwalnych wątpliwości zastosować art. 2a O.p.
Ponadto z ostrożności procesowej Skarżący podniósł również, że nawet w przypadku uznania papierowej formy korekty deklaracji za nieprawidłową, Organ powinien zastosować art. 169 § 1 O.p. i wezwać go do usunięcia braku formalnego wniosku poprzez złożenie korekty w wymaganej formie. Wskazał, że do wniosku o stwierdzenie nadpłaty dołączył korektę deklaracji, którą uznawał za prawnie skuteczną, a ewentualne stwierdzenie jej nieprawidłowej formy nie uzasadniało pozostawienia wniosku bez rozpoznania bez uprzedniego wezwania do uzupełnienia braku. Zdaniem Skarżącego obowiązek wezwania do uzupełnienia takiego braku wynika z art. 169 § 1 O.p., a dopiero nieuzupełnienie braku na wezwanie mogłoby uzasadniać zastosowanie przewidzianych prawem skutków.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie.
W piśmie procesowym z dnia [...] sierpnia 2026 r. pełnomocnik Skarżącego powołał się na wyrok NSA z dnia marca 2026 r., sygn. akt I FSK 1343/23, w którym to wskazano, iż brak załączenia do wniosku korekty deklaracji to jedynie brak formalny. W ocenie pełnomocnika, przenosząc tezy powyższego wyroku na grunt niniejszej sprawy, należało wezwać do uzupełnienia rzeczonego braku formalnego w terminie 7 dni, czego organ I instancji nie uczynił a aprobował to organ II instancji.
Końcowo pełnomocnik Skarżącego podkreślił, że złożona korekta deklaracji VAT w formie papierowej przy wniosku o stwierdzenie nadpłaty powinna być uznana za wystarczającą, pokazywała co jest korygowane przez Skarżącego i na jakie kwoty. Została złożona z użyciem formularza i w formie, jakie stosowane były w okresie, w którym złożona została deklaracja pierwotna.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Skarga nie jest zasadna.
Zgodnie z art. 145 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi; Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej: P.p.s.a.), sąd uwzględniając skargę na decyzję lub postanowienie: 1) uchyla decyzję lub postanowienie w całości albo w części, jeżeli stwierdzi: a) naruszenie prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, b) naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, c) inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy; 2) stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia w całości lub w części, jeżeli zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach; 3) stwierdza wydanie decyzji lub postanowienia z naruszeniem prawa, jeżeli zachodzą przyczyny określone w Kodeksie postępowania administracyjnego lub w innych przepisach. Przy tym w myśl art. 134 § 1 P.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a P.p.s.a., które nie ma zastosowania w niniejszej sprawie. Zgodnie natomiast z art. 151P.p.s.a., w razie nieuwzględnienia skargi sąd ją oddala odpowiednio w całości albo w części.
Osią sporu w niniejszej sprawie był brak zachowania właściwej formy korekty deklaracji dla podatku od towarów i usług za marzec 2020 r. Do wniosku o stwierdzenie nadpłaty Strona załączyła korektę deklaracji sporządzoną papierowo i w jej ocenie powinna zostać wezwana przez organ do usunięcia braku formalnego wniosku poprzez wniesienie korekty w formie elektronicznej. Zdaniem organów podatkowych taki brak formalny, z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, stał się nieusuwalny. W sporze rację należało przyznać organowi.
Na wstępie rozważań dotyczących prawidłowości rozstrzygnięcia organów podatkowych trzeba przybliżyć instytucję zwrotu nadpłaty podatku określoną w art. 75 O.p. Zgodnie z art. 75 § 1 O.p., jeżeli podatnik kwestionuje zasadność pobrania przez płatnika podatku albo wysokość pobranego podatku, może złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku. Art. 75 § 3 O.p. wskazuje natomiast, że jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik, płatnik lub inkasent równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację).W myśl art. 79 § 2 O.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku. Z przepisu tego wynika wprost, że termin przedawnienia zobowiązania jest datą graniczną, po której nie można już zgłosić żądania zwrotu nienależnie zapłaconego podatku. Złożenie wniosku o stwierdzenie i zwrot nadpłaty po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego skutkuje koniecznością zastosowania przez organ podatkowy art. 165a § 1 O.p. Przedawnienie zobowiązania podatkowego oraz wygaśnięcie prawa do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty stanowią przesłanki mieszczące się w ustawowym pojęciu "z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte" użytym w art. 165a § 1 O.p. (por. wyrok NSA z dnia 5 lipca 2024 r., sygn. akt II FSK 252/24).
Nie ulega wątpliwości, na co również wskazuje orzecznictwo sądów administracyjnych, że niezłożenie korekty deklaracji powinno być traktowane jako brak formalny wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W tym zakresie zarówno Strona skarżąca oraz organ są co do tego zgodne. W orzecznictwie wskazuje się również, że równoczesność, o której mowa w art. 75 § 3 O.p. należy rozumieć nie temporalnie, lecz funkcjonalnie, tzn. jako konieczność łącznego spełnienia dwóch warunków: złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty i złożenia, niekoniecznie w tej samej chwili, towarzyszącej temu wnioskowi skorygowanej deklaracji (m.in. wyroki NSA: z dnia 3 grudnia 2025 r., sygn. akt I FSK 561/25; z dnia 9 kwietnia 2019 r., sygn. akt II FSK 1407/17 oraz z 15 października 2015 r., sygn. akt I FSK 915/14).
Prawidłowo Organ wskazał, że zgodnie z art. 75 § 3 O.p. równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty Strona miała obowiązek złożenia skorygowanej deklaracji. Skorygowana deklaracja stanowi integralną część wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Złożenie korekty deklaracji jest niezbędne dla stwierdzenia i zwrotu nadpłaty. WSA we Wrocławiu w wyroku z dnia 8 listopada 2023 r., sygn. akt I SA/Wr 50/23 stwierdził, że możliwe jest złożenie korekty deklaracji bez jednoczesnego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, wykluczone jest natomiast złożenie wniosku o stwierdzenie nadpłaty bez jednoczesnego złożenia korekty deklaracji. Zatem słusznie Organy podatkowe wskazały, że bez prawidłowej i prawnie skutecznej korekty deklaracji organ podatkowy nie może stwierdzić wysokość nadpłaty i zwrócić podatku. Nadpłata, aby mogła zostać zwrócona podatnikowi, musi wynikać z korekty deklaracji.
Jeżeli podatnik złoży wniosek o stwierdzenie nadpłaty w przewidzianym prawem terminie, ale wniosek ten jest obarczony brakiem w postaci niezłożenia wraz z nim korekt stosownych deklaracji, to organ powinien wezwać stronę do konwalidacji tego braku w terminie 7 dni, stosownie do dyspozycji art. 169 § 1 O.p. Jednakże prawo podatnika do żądania zwrotu nadpłaconego bądź nienależnie zapłaconego podatku jest ograniczone czasowo.
Do wniosku o stwierdzenie nadpłaty Skarżący załączył korektę deklaracji sporządzoną w formie papierowej. Zauważyć należy, że stosownie do art. 99 ust. 11b ustawy o VAT deklaracje, o których mowa wust. 1-3,3c-6,8-9 i11a [a zatem także deklarację, którą złożył skarżący - dop. Sądu], składa się wyłącznie za pomocą środków komunikacji elektronicznej. Powyższe oznacza, że forma składania ww. informacji i deklaracji za pomocą środków komunikacji elektronicznej jest obligatoryjna, a ustawodawca nie przewidział jakichkolwiek odstępstw od tej zasady i możliwości dokonywania jej modyfikacji (wyrok WSA w Kielcach z 18 lipca 2019 r. sygn. akt I SA/Ke 204/19). Powyższy przepis obowiązuje od 1 stycznia 2018 r. i wbrew zarzutowi skargi, Skarżący był i jest zobowiązany do jego stosowania. Trafnie podnosi organ, że ustawa z dnia 1 grudnia 2016 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów 1 usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. z 2016 r. poz. 2024) wprowadziła obowiązek składania deklaracji VAT w formie elektronicznej, który bezwzględnie obejmuje wszystkie podmioty od 1 stycznia 2018 r. Deklaracje składane w formie papierowej, z pominięciem złożenia ich za pomocą środków komunikacji elektronicznej nie są złożone skutecznie, nie wywołują skutków prawnych. Zgodnie z obowiązującymi przepisami ustawy o podatku od towarów i usług forma papierowa deklaracji przestała obowiązywać od 01.01.2017 r., następnie dla wszystkich podatników od 1.01.2018 r. obowiązywała wyłączenie forma elektroniczna.
Możliwość złożenie korekty deklaracji jest jednak ograniczona w czasie. Art. 70 § 1 O.p. stanowi, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Należy również wskazać, że zgodnie z uchwałą Naczelnego Sądu Administracyjnego z dnia 29 czerwca 2009 r., sygn. I FPS 9/08, przepis art. 70 § 1 O.p. ma zastosowanie również do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług przekształciła się w kwotę zwrotu różnicy podatku, kwotę zwrotu podatku naliczonego lub różnicy podatku, o której mowa w art. 21 ust. 1 ustawy o VAT. Termin przedawnienia takiej kwoty zaczyna biec od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin zwrotu podatku, czyli z pierwszym dniem następnego roku, a kończy się z upływem 5 lat.
Korekta deklaracji podatkowej ma na celu poprawienie błędów deklaracji. Dane wykazane w korekcie zeznania zastępują dane wykazane w zeznaniu korygowanym. Prawo do złożenia korekty istnieje dopóty, dopóki zobowiązanie nie uległo przedawnieniu, a zatem, gdy korekta zobowiązania podatkowego zostanie dokonana w terminie otwartym do weryfikacji zobowiązania przez organ podatkowy. W myśl art. 59 § 1 pkt 9O.p. skutkiem upływu terminu przedawnienia jest wygaśnięcie zobowiązania podatkowego. W konsekwencji, po upływie terminu przedawnienia nie jest możliwe dokonywanie jakichkolwiek zmian w wysokości zobowiązania, czy to przez podatnika przez złożenie korekty zeznania, czy przez organ podatkowy, przez wydanie decyzji weryfikującej zeznanie podatnika, skoro w wyniku przedawnienia nastąpiło wygaśnięcie tegoż zobowiązania.
Bezsporne w sprawie jest, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty podatku od towarów i usług za marzec 2020 r. nadano w ostatnim dniu przedawnienia, tj. 31 grudnia 2025 r. (wpływ do Urzędu Skarbowego w [...] nastąpił 5 stycznia 2026 r.). Do wniosku dołączono jednak korektę deklaracji VAT-7 w formie papierowej, co oznacza, że nie została ona złożona skutecznie. W konsekwencji w 2026 r., gdy organ podatkowy zapoznał się z treścią pisma, zobowiązanie było już przedawnione, a Skarżący utracił możliwość złożenia prawnie wiążącej korekty.
W tych okolicznościach wezwanie do usunięcia braku formalnego wniosku stało się bezprzedmiotowe – z uwagi na przedawnienie podatnik i tak nie mógłby go sanować. Odstąpienie od procedury naprawczej i pozostawienie wniosku bez rozpoznania nie naruszało przepisów, lecz realizowało wyrażoną w art. 125 § 1 O.p. zasadę szybkości postępowania, nakazującą organom działanie wnikliwe, szybkie i przy użyciu możliwie najprostszych środków.
Mając powyższe na względzie za niezasadne należało uznać zarzuty skargi co do naruszenia przepisów ustawy Ordynacja podatkowa, w szczególności art. 70 § 1 oraz 79 § 2 O.p. Organ prawidłowo wskazał na upływ terminu przedawnienia, który skutkował niemożnością procedowania wniosku Strony.
Kwestionowanie przez Stronę braku zastosowania art. 12 § 6 pkt 2 O.p. przez Organ było niezasadne, gdyż jak już wyżej wskazano i nie budziło to wątpliwości zarówno Sądu jak i Organów podatkowych, iż wniosek o stwierdzenie był prawidłowo złożony i prawnie dopuszczalny. Odmiennymi kwestiami od jego nadania w placówce pocztowej byłobadanie jego braków formalnych i możliwości ich uzupełnienia.
W ocenie Sądu również nie został naruszony art. 217 § 2 O.p., gdyż uzasadnienie prawne rozstrzygnięcia organu zawierało wszystkie niezbędne elementy, wobec czego powyższy zarzut również nie jest zasadny.
Mając powyższe na względzie, na podstawie art. 151 P.p.s.a. Sąd oddalił skargę.