Wyrok WSA z dnia 02 września 2025, sygn. I SA/Ke 142/25

Odnosząc się do wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10, na który powołuje się strona w odwołaniu, organ odwoławczy stwierdził, że zapadł w odmiennym stanie prawnym niż mający zastosowanie w tej sprawie. Z uwagi na obecną regulację prawną dotyczącą kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej nie mają zastosowania skutki tegoż wyroku w tej sprawie, bowiem obecnie nie występuje wskazywane w tym wyroku przez TK różnicowanie sytuacji podatników w zależności od tego, czy w sprawie była prowadzona kontrola czy postępowanie podatkowe. Na gruncie stanu prawnego mającego zastosowanie w tej sprawie odmiennie jest ukształtowana kontrola celno-skarbowa niż kontrola w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał w tym wyroku.

Wprowadzenie kontroli celno-skarbowej, zakończonej wynikiem i dopiero ewentualnym jej przekształceniem w postępowanie podatkowe, zrównało sytuację podatników. W rezultacie niezależnie od tego, czy kontrolę prowadzi naczelnik urzędu skarbowego czy naczelnik urzędu celno-skarbowego procedury dla kontrolowanego podatnika są zbieżne. W przypadku kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej kontrola kończy się sporządzeniem protokołu, a jeśli podatnik nie skorzysta z praw gwarantujących złożenie korekty deklaracji na zasadach określonych w art. 81 i art. 81b Ordynacji podatkowej, to wszczyna się postępowanie podatkowe. Do kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej również nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej.

Dyrektor wskazał, że na podstawie art. 83 ust. 1 ustawy o KAS, w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe, jeżeli kontrolowany nie złożył korekty deklaracji, o której mowa w art. 82 ust. 3, albo organ nie uwzględnił złożonej korekty deklaracji, albo organ uwzględnił złożoną korektę deklaracji i istnieją przesłanki do ustalenia dodatkowego zobowiązania w podatku od towarów i usług lub istnieją przesłanki do określenia kwoty podatku do zapłaty na podstawie art. 108 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług. W tym zakresie organ wydaje odrębne postanowienie.

Natomiast do postępowania podatkowego mają odpowiednie zastosowanie przepisy ustawy Ordynacja podatkowa, w tym również art. 54 § 1 pkt 7, stosownie do art. 94 ust. 2 ustawy o KAS, którego treść organ przytoczył. Zdaniem Dyrektora, bez względu na to, jaki organ prowadzi postępowanie podatkowe, na podstawie art. 54

§ 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania. Natomiast brak jest regulacji prawnych, które wyłączałyby naliczanie odsetek, zarówno za czas trwania kontroli celno-skarbowej prowadzonej w trybie przepisów ustawy o KAS, jak również kontroli podatkowej prowadzonej w trybie przepisów Ordynacji podatkowej. Na potwierdzenie stanowiska organ powołał się na orzecznictwo sądowe. Końcowo odniósł się do zarzutów odwołania, uznając je za bezpodstawne.

Na powyższą decyzję Spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach. Wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz poprzedzającej ją decyzji organu I instancji. Zarzuciła naruszenie:

1. art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej w zw. z art. 84 w zw. z art. 64 ust. 1 i 2, art. 31 ust. 3, art. 32 ust. 1 i art. 2 Konstytucji RP, poprzez ich błędną wykładnię, polegającą na przyjęciu, że długotrwałe prowadzenie kontroli celno-skarbowej nie skutkuje zawieszeniem naliczania odsetek podatkowych za okres od dnia wszczęcia kontroli do dnia jej zakończenia nawet wówczas, gdy do opóźnienia w zakończeniu takiej kontroli nie przyczyniła się strona, jej przedstawiciel lub okoliczności niezależne od organu, podczas gdy zgodna z wymogami konstytucyjnymi wykładnia art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej wymaga zastosowania tego przepisu także do kontroli celno - skarbowej. W wyniku błędnej wykładni wskazanych przepisów organ odmówił ich zastosowania, co skutkowało bezpodstawnym zawyżeniem odsetek podatkowych należnych od Spółki za okres od 9 maja 2018 r. do 28 grudnia 2020 r.;

2. art. 55 § 2 Ordynacji podatkowej poprzez jego niezastosowanie, co skutkowało nieprawidłowym, tj. nieproporcjonalnym zaliczeniem wpłat dokonanych przez Spółkę na poczet kwoty zaległości podatkowych oraz kwoty odsetek za zwłokę w podatku VAT za poszczególne okresy rozliczeniowe 2015 r.

W uzasadnieniu skargi Spółka przedstawiła przebieg postępowania w sprawie oraz powtórzyła argumentację zawartą we wniosku o zwrot odsetek. Opisała okoliczności sprawy, w których jej zdaniem doszło do nadpłacenia spornych odsetek. Następnie powołując się na wyroki sądowe wyjaśniła, że kwestia istnienia obowiązku uwzględnienia przez organ podatkowy okresów zawieszenia naliczania odsetek podatkowych za czas trwania kontroli celno-skarbowej była przedmiotem rozstrzygnięć sądów administracyjnych. Następnie wskazała na treść art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej oraz art. 63 ust. 1 i 94 ust. 1 ustawy o KAS oraz orzecznictwo w spornym obszarze. Odniosła się ponownie do wyroku Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r. sygn. akt SK 2/10 oraz powołała poglądy doktryny.

Podniosła, że opóźnienie w rozpoznaniu sprawy nie jest konsekwencją postępowania Spółki, jak też nie wystąpiły okoliczności niezależne od organu postępowania, które uzasadniałyby długotrwałe prowadzenie postępowania. Jej zdaniem, organ podatkowy powinien uwzględnić okres zawieszenia naliczania odsetek za czas trwania kontroli celno-skarbowej, tj. od dnia 9 maja 2018 r. do dnia 28 grudnia 2020 r. (łącznie 965 dni).

W odpowiedzi na skargę organ podtrzymał stanowisko przedstawione

w decyzji i wniósł o oddalenie skargi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach zważył, co następuje:

Zgodnie z zasadami wyrażonymi w art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo

o ustroju sądów administracyjnych (j. t. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267) i art. 134 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j. t. Dz.U. z 2024 r., poz. 935), dalej "p.p.s.a.", sąd bada zaskarżone orzeczenie pod kątem jego zgodności z obowiązującym prawem, zarówno materialnym, jak i procesowym, nie jest przy tym, co do zasady, związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.

Przedmiotem kontroli sądu jest decyzja w sprawie odmowy zwrotu odsetek podatkowych zapłaconych przez Spółkę w związku z uregulowaniem zobowiązań podatkowych określonych decyzją Naczelnika ŚUCS z 6 maja 2022 r. dotyczącą rozliczeń Spółki z tytułu podatku od towarów i usług za poszczególne okresy rozliczeniowe 2015 r.

Orzekając w wyżej zakreślonych ramach kontroli sądowoadministracyjnej stwierdzić należy, że zaskarżona decyzja nie narusza prawa, a zarzuty skargi są niezasadne.

Istota sporu sprowadza się do oceny, czy Spółce należy się zwrot odsetek za okres trwania kontroli celno-skarbowej przekraczającej trzy miesiące tj. od 9 maja 2018r. do 28 grudnia 2020 r. z zastosowaniem art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej.

Zgodnie z art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej odsetek za zwłokę nie nalicza się za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu I instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania.

W ocenie skarżącego organ powinien zastosować wskazany przepis również do prowadzonej wobec podatnika, na podstawie ustawy o KAS, kontroli celno-skarbowej. Uzasadniając swoje stanowisko Spółka powołała się na wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., SK 2/10, podnosząc, że wyrok ten ma zastosowanie również do obecnie obowiązującej regulacji w zakresie prowadzenia kontroli celno-skarbowej. W przeciwnym razie bowiem doszłoby do różnicowania sytuacji podatników, w stosunku do których była prowadzona taka kontrola i w stosunku do których od razu wszczęto postępowanie podatkowe.

Zdaniem organów natomiast, art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej nie ma zastosowania do kontroli celno-skarbowej, a ww. wyrok Trybunału Konstytucyjnego zapadł w odmiennym stanie prawnym, odmiennym niż w tej sprawie. Podkreślono, że zważywszy na obecną regulację prawną dotyczącą kontroli podatkowej i kontroli celno-skarbowej skutki tego wyroku nie mają zastosowania w sprawie, bowiem obecnie nie występuje wskazywane w tym wyroku przez Trybunał różnicowanie sytuacji podatników w zależności od tego, czy w sprawie była prowadzona kontrola czy postępowanie podatkowe. W obecnym stanie prawnym, jak wyjaśniły organy, naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową. W myśl art. 83 ust. 1 tej ustawy, zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe. Do tego postępowania podatkowego, stosownie do art. 94 ust. 2 ustawy o KAS, mają odpowiednie zastosowanie przepisy Ordynacji podatkowej, w tym art. 54 § 1 pkt 7.

Zdaniem sądu prawidłowe jest stanowisko organu.

Stosownie do art. 94 ust. 1 ustawy o KAS, obowiązującej od 1 marca 2017 r. (Dz. U. z 2018 r., poz. 508 ze zm.) , w zakresie nieuregulowanym do kontroli celno-skarbowej przepisy: 1) art. 3e, art. 12, art. 102 § 3, art. 135, art. 138, art. 139 § 4, art. 140 § 2, art. 141-143, art. 165b, art. 165c, art. 175-177; 2) działu IV rozdziałów 1, 2, 3a, 5, 6, 10, 11, z wyjątkiem art. 182-185, art. 189 § 3, art. 190 § 1, art. 193 § 6-8, art. 198 i art. 200, oraz rozdziałów 12, 14, 16, 22 i 23; 3) art. 281, art. 282a, art. 283 § 4 i 5, art. 284a § 5-6, art. 284ab § 1-3, art. 286 § 3, art. 286a § 1 i 2, art. 289,

art. 290 § 4-6, art. 291a, art. 291d oraz działu VII - Ordynacji podatkowej stosuje się odpowiednio. Wobec tego nie ma wątpliwości, literalnie odkodowując treść przepisu, że do kontroli celno-skarbowej nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej, bowiem nie został on wymieniony w katalogu przepisów mających odpowiednie zastosowanie. Przepis ten znajduje się w dziale III rozdziale 6 Ordynacji podatkowej.

Ustawodawca nie przewiduje zatem w ustawie o KAS, ani też w Ordynacji podatkowej przerw w naliczaniu odsetek za zwłokę za czas trwania kontroli celno-skarbowej. Do kontroli celno-skarbowej mają zastosowanie jedynie te przepisy Ordynacji podatkowej, które wyraźnie zostały wymienione w art. 94 ust. 1 ustawy

o KAS, a wśród nich nie ma art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej. Oznacza to w konsekwencji, że organ podatkowy nie może takiego wyłączenia zastosować.

Zdaniem sądu, w niniejszej sprawie nie ma też zastosowania, wbrew stanowisku skarżącego, wyrok Trybunału Konstytucyjnego z 18 października 2011 r., SK 2/10. Jak bowiem prawidłowo uargumentował organ w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji, wyrok ten zapadł w zupełnie innym stanie prawnym niż mający zastosowanie w tej sprawie. Obecnie nie występuje wskazywane w tym wyroku przez Trybunał różnicowanie sytuacji podatników w zakresie sposobu naliczania odsetek od zaległości podatkowych w zależności od tego, który organ - kontroli skarbowej czy podatkowy - prowadził wobec danego podmiotu postępowanie w sprawie zobowiązań podatkowych. W sytuacji, gdy kontrolę podatnika prowadził organ kontroli skarbowej, wyłączona była - na podstawie kwestionowanej regulacji - możliwość nienaliczania odsetek za zwłokę za okresy określone w art. 54 § 1 pkt 1 i 7 Ordynacji podatkowej. Podatnicy byli wówczas obciążeni odsetkami z tytułu zaległości podatkowych za pełny okres pozostawania w zwłoce. Gdy postępowanie było prowadzone przez organ podatkowy, podatnikom nie naliczano natomiast odsetek za okresy wymienione w art. 54 Ordynacji podatkowej.

Na gruncie stanu prawnego mającego zastosowanie w tej sprawie zgoła odmiennie jest ukształtowana kontrola celno-skarbowa niż w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał w ww. wyroku. Na mocy art. 63 ust. 1 ustawy o KAS, kontrola celno-skarbowa powinna być zakończona bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w terminie 3 miesięcy od dnia jej wszczęcia. Stosownie do art. 63 ust. 2 ustawy o KAS, o każdym przypadku niezakończenia kontroli celno-skarbowej we właściwym terminie zawiadamia się na piśmie kontrolowanego, podając przyczyny przedłużenia terminu zakończenia kontroli celno-skarbowej i wskazując nowy termin jej zakończenia. Naczelnik urzędu celno-skarbowego po zakończeniu czynności kontrolnych dokonanych w czasie kontroli celno-skarbowej prowadzonej w zakresie, o którym mowa w art. 54 ust. 1 pkt 1 ustawy o KAS, sporządza wynik kontroli. Doręczenie wyniku kontroli kończy kontrolę celno-skarbową. Stosownie zaś do art. 83 ust. 1 ustawy o KAS, w określonych w tym przepisie przypadkach zakończona kontrola celno-skarbowa przekształca się w postępowanie podatkowe. W zakresie nieuregulowanym do postępowania podatkowego, o którym mowa w art. 83 ust. 1, przepisy Ordynacji podatkowej, z wyjątkiem art. 165, stosuje się odpowiednio (art. 94 ust. 2 ustawy o KAS).

Na gruncie tej regulacji zatem, odmiennie niż w stanie prawnym ocenianym przez Trybunał, obowiązuje nowa procedura kontroli podatników – kontrola celno-skarbowa, która zastąpiła poprzednio obowiązującą procedurę postępowania kontrolnego prowadzonego na podstawie ustawy o kontroli skarbowej. Różnica między tymi uregulowaniami jest zasadnicza i diametralnie zmienia ona sytuację podatników. Wprowadzenie kontroli celno-skarbowej, zakończonej wynikiem i dopiero ewentualnym jej przekształceniem w postępowanie podatkowe, zrównało sytuację podatników. W rezultacie, niezależnie od tego, czy kontrolę prowadzi naczelnik urzędu skarbowego czy naczelnik urzędu celno-skarbowego procedury dla kontrolowanego podatnika są zbieżne. W przypadku kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej kontrola kończy się sporządzeniem protokołu, a jeśli podatnik nie skorzysta z praw gwarantujących złożenie korekty deklaracji na zasadach określonych w art. 81 i art. 81b Ordynacji podatkowej, to wszczyna się postępowanie podatkowe. Do kontroli podatkowej prowadzonej na podstawie przepisów ww. ustawy również nie ma zastosowania art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej.

Z uwagi na wskazywaną zmianę nie jest możliwe odnoszenie uwag Trybunału o niekonstytucyjności badanych wówczas przepisów (w szczególności art. 31 ust. 1 ustawy o kontroli skarbowej) do obecnie obowiązującej regulacji prawnej zawartej w ustawie o KAS. Zaakceptowanie poglądu przeciwnego byłoby nie tylko naruszeniem obowiązującego porządku prawnego, ale również prowadziłoby do różnicowania sytuacji podatników w zależności od tego, czy prowadzona byłaby wobec nich kontrola podatkowa czy kontrola celno-skarbowa, co przecież zakwestionował Trybunał na gruncie poprzednio obowiązującej ustawy o kontroli skarbowej.

Skład orzekający podziela dominujący w orzecznictwie sądowoadministracyjnym pogląd, w którym opowiedziano się przeciwko odpowiedniemu stosowaniu art. 54 § 1 pkt 7 Ordynacji podatkowej do kontroli celno skarbowej (tak np. wyroki WSA w Kielcach sygn. akt I SA/Ke 435/24; WSA w Łodzi sygn. akt I SA/Łd 769/23, I SA/Łd 205/24, I SA/Łd 516/24, I SA/Łd 512/24, I SA/Łd 517/24; WSA w Warszawie sygn. akt III SA/Wa 918/24, III SA/Wa 830/24, III SA/Wa 1468/24, III SA/Wa 1469/24; WSA w Szczecinie sygn. akt I SA/Sz 563/23; WSA w Białymstoku sygn. akt I SA/Bk 60/24; WSA w Gdańsku sygn. akt I SA/Gd 372/24, I SA/Gd 383/24; WSA w Gliwicach sygn. akt I SA/Gl 103/25, CBOSA). Przeciwne stanowisko wyrażone w wyrokach przywołanych w skardze jest odosobnione.

Z tych względów sąd nie podzielił zarzutów Spółki i argumentacji przedstawionej w skardze na jej poparcie, która to stanowi wyraz polemiki z prawidłowymi ustaleniami natury faktycznej oraz prawnej organów podatkowych orzekających w sprawie.

Mając powyższe na uwadze sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., orzekł jak

w sentencji wyroku.