Zdaniem dyrektora nie doszło także do naruszania art. 79 ust. 1 Konstytucji RP – skarżący skorzystał z prawa wniesienia skargi do TK, na skutek czego sąd ten wydał wyrok, a dalej postępowanie zostało wznowione i po jego przeprowadzeniu została wydana decyzja w oparciu o obowiązujące w tym zakresie przepisy prawa.
Na powyższą decyzję S. B. złożył skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach zarzucając:
1) niewłaściwe zastosowanie art. 245 § 1 pkt 3 lit. b Ordynacji podatkowej, ponieważ nie upłynął termin przedawnienia 9 kwietnia 2025 r. w dniu złożenia wniosku
o wznowienie postępowania, a niezależnie od tego postępowanie podatkowe dotyczące opodatkowania dochodu w roku 2013 z objęcia udziałów w spółce za wkład niepieniężny było bezprzedmiotowe, zatem przedawnienie nie stoi na przeszkodzie uchyleniu decyzji ostatecznej w celu umorzenia postępowania; organ powinien zastosować art. 245 § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej;
2) naruszenie art. 121 § 1 i art. 125 § 1 i 2 oraz art. 139 § 1 i 2 Ordynacji podatkowej - zasady zaufania do organów podatkowych oraz zasady szybkości postępowania - przez zaniechanie wydania decyzji w terminie do 16 maja 2025 r., czyli 1 miesiąca
i tygodnia od złożenia wniosku o wznowienie postępowania w sprawie, w której czynności organu wymagały jedynie zapoznania się z wnioskiem i aktami zakończonej sprawy;
3) naruszenie art. 79 ust. 1 i art. 190 ust. 4 Konstytucji przez odmowę ponownego rozpoznania sprawy zakończonej ostateczną decyzją, mimo że jej adresat skorzystał z prawa do skargi konstytucyjnej, a dzień po uwzględnieniu skargi wyrokiem Trybunału Konstytucyjnego złożył wniosek o wznowienie postępowania.
W uzasadnieniu skarżący m.in. wskazał, że w niniejszej sprawie postępowanie podatkowe dotyczące opodatkowania za rok 2013 dochodu z objęcia udziałów
w spółce za wkład niepieniężny powinno zostać umorzone jako bezprzedmiotowe. Jeżeli efektem wznowienia postępowania jest stwierdzenie, że decyzja ostateczna była bezprzedmiotowa już w momencie jej wydania, to upływ terminu przedawnienia w sprawie o wznowienie postępowania nie może być przeszkodą do uchylenia tej decyzji i umorzenia postępowania w sprawie, bo umorzenie postępowania następuje w wyniku decyzji niemerytorycznej.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach zważył, co następuje:
Zgodnie z zasadami wyrażonymi w art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo
o ustroju sądów administracyjnych (j. t. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267) i art. 134 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j. t. Dz.U. z 2026 r., poz. 143), dalej "p.p.s.a.", sąd bada zaskarżone orzeczenie pod kątem jego zgodności z obowiązującym prawem, zarówno materialnym, jak
i procesowym, nie jest przy tym, co do zasady, związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Realizując wyżej określone granice kontroli, sąd stwierdził, że skarga zasługuje na uwzględnienie.
Przedmiotem kontroli sądu jest decyzja odmawiająca uchylenia decyzji ostatecznej wydanej wobec skarżącego w przedmiocie podatku dochodowego
od osób fizycznych za 2013 r. Decyzja została wydana na podstawie
art. 245 § 1 pkt 3 lit. b Ordynacji podatkowej.
W art. 245 § 1 Ordynacji podatkowej określone zostały sposoby rozstrzygnięcia organu podatkowego po zakończeniu drugiego etapu postępowania wznowieniowego, tj. po przeprowadzeniu postępowania co do przesłanek wznowienia. W myśl tego przepisu organ: 1) uchyla w całości lub w części decyzję dotychczasową, jeżeli stwierdzi istnienie przesłanek określonych w art. 240 i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub umarza postępowanie w sprawie;
2) odmawia uchylenia decyzji dotychczasowej w całości lub w części, jeżeli nie stwierdzi istnienia przesłanek określonych w art. 240 § 1; 3) odmawia uchylenia decyzji dotychczasowej w całości lub w części, jeżeli stwierdzi istnienie przesłanek określonych w art. 240 § 1, lecz: a) w wyniku uchylenia mogłaby zostać wydana wyłącznie decyzja rozstrzygająca istotę sprawy tak jak decyzja dotychczasowa albo b) wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie mogłoby nastąpić
z uwagi na upływ terminów przewidzianych w art. 68 lub 70.
Z regulacji tej wynika, że dopuszczalność uchylenia decyzji ostatecznej
w wyniku wznowienia postępowania uzależnione jest od istnienia przesłanki pozytywnej i braku przesłanek negatywnych. Przesłanką pozytywną jest istnienie jednej z podstaw wznowienia określonych w art. 240 § 1 Ordynacji podatkowej. Przesłanki negatywne określone zostały w pkt 3 art. 245 § 1 tej ustawy. Mimo zaistnienia przesłanki pozytywnej w postaci podstawy do wznowienia określonej
w art. 240 § 1 Ordynacji podatkowej ustawodawca wykluczył możliwość uchylenia decyzji dotychczasowej w przypadkach określonych w art. 245 § 1 pkt 3 Ordynacji podatkowej. Zarówno wykładnia gramatyczna jak i systemowa wewnętrzna świadczy o tym, że istnienie przesłanki pozytywnej nie zawsze skutkuje uchyleniem decyzji dotychczasowej. Musi być bowiem jednocześnie brak przesłanek negatywnych. Porównując treść art. 245 § 1 pkt 1) z treścią art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej należy stwierdzić, że ten ostatni przepis jest przepisem szczególnym
w stosunku do tego pierwszego. Ten pierwszy wskazuje sposób rozstrzygnięcia organu w razie stwierdzenia istnienia przesłanek wznowienia określonych w art. 240 § 1, ten drugi natomiast określa pewne sytuacje, w których, mimo zaistnienia przesłanek wznowienia, niemożliwe jest uchylenie dotychczasowej decyzji.
Sporna na tym tle jest wykładnia art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej,
tzn. czy stoi on, czy też nie stoi na przeszkodzie, aby organ podatkowy po wznowieniu postępowania uchylił ostateczną decyzję ustalającą wysokość zobowiązania podatkowego i umorzył postępowanie w sprawie, mimo upływu terminu przedawnienia, o którym mowa w art. 70 Ordynacji podatkowej.
Zdaniem sądu, jeżeli efektem wznowienia postępowania jest stwierdzenie, że wydanie nowej decyzji orzekającej co do istoty sprawy nie mogłoby nastąpić z uwagi na upływ terminu określonego w art. 70, jednak decyzja ostateczna była bezprzedmiotowa już w momencie jej wydania, upływ terminu z art. 70 Ordynacji podatkowej w sprawie o wznowienie postępowania nie może być przeszkodą do uchylenia tej decyzji i umorzenia postępowania w sprawie, czyli do wydania decyzji niemerytorycznej.
Powyższy wniosek uzasadnia wykładnia literalna komentowanego przepisu. Należy mieć bowiem na uwadze, że przepis art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej w swej treści odnosi się do pojęcia "decyzja orzekająca co do istoty sprawy". Pojęcie to nie zostało zdefiniowane w przepisach Ordynacji podatkowej.
Z art. 207 § 2 tej ustawy wynika jednak, że obok decyzji rozstrzygającej sprawę co do istoty, w sprawach podatkowych wydawane są także decyzje, które w inny sposób kończą postępowanie w danej instancji. W piśmiennictwie wskazuje się, że do pierwszych rodzajów decyzji zaliczane są takie rozstrzygnięcia, które powodują dla podmiotów stosunków prawnopodatkowych określone skutki prawne o charakterze materialnym, np. ustalenie wysokości zobowiązania podatkowego, określenie wysokości zobowiązania podatkowego, stwierdzenie nadpłaty, odmowa stwierdzenia nadpłaty, odroczenie terminu płatności podatku, odmowa odroczenia terminu płatności podatku itp. Na drugi rodzaj decyzji składają się orzeczenia formalnie jedynie kończące wszczęte i prowadzone postępowanie podatkowe, np. decyzja
o umorzeniu postępowania podatkowego (zob. S. Presnarowicz, komentarz do
art. 207 O.p., w: L. Etel [red.], Ordynacja podatkowa. Tom II. Procedury podatkowe. Art. 120-344. Komentarz aktualizowany, LEX/el. 2024).
W świetle powyższego należy przyjąć, że ograniczenie zawarte w art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej nie dotyczy decyzji o umorzeniu postępowania podatkowego. O tym, że decyzja o umorzeniu postępowania nie jest decyzją rozstrzygającą sprawę co do istoty wskazuje treść art. 245 § 1 pkt 1) Ordynacji podatkowej. Z przepisu tego wynika, że organ podatkowy po przeprowadzeniu postępowania określonego w art. 243 § 2 tej ustawy wydaje decyzję, w której uchyla w całości lub w części decyzję dotychczasową, jeżeli stwierdzi istnienie przesłanek określonych w art. 240 § 1 Ordynacji podatkowej i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub umarza postępowanie w sprawie (tak w wyroku NSA z 11 marca 2025 r., sygn. akt III FSK 1687/23; dostępny na CBOSA).
W niniejszej sprawie poza sporem jest, że S. B. złożył zeznanie PIT-38 za rok 2013, w którym wykazał w części dotyczącej przychodów z tytułu objęcia udziałów w spółkach mających osobowość prawną w zamian za wkład niepieniężny w innej postaci niż przedsiębiorstwo lub jego zorganizowana część kwotę [...]zł, a w części dotyczącej kosztów uzyskania tego rodzaju przychodów, tę samą kwotę (10.688.000 zł), co dało zerowy dochód. Rozliczenie stanowiło konsekwencję nabycia przez podatnika udziałów o wartości 10.688.000 zł stanowiącej równowartość całości podwyższonego kapitału zakładowego Matbudex sp. z o.o., której był jedynym udziałowcem, których to wartość pokrył wnosząc do tej spółki w zamian za te udziały, aport w postaci wierzytelności jakie posiadał wobec Przedsiębiorstwa Wielobranżowego [...] sp. z o.o. z tytułu pożyczek, których udzielił w łącznej wysokości 10.688.811,98 zł. Wierzytelności te przeniesione zostały na ww. spółkę, a skarżący objął udziały w kapitale zakładowym tej spółki w kwocie 10.688.000 zł, zaś kwota 811,98 zł przekraczająca nominalną wartość objętych przez niego udziałów została przelana na jej kapitał zapasowy.
Dyrektor Urzędu Kontroli Skarbowej w K. po przeprowadzonym postępowaniu kontrolnym w decyzji z 22 września 2016 r. określił S. B. zobowiązanie w podatku dochodowym od osób fizycznych za rok 2013
z tytułu kapitałów pieniężnych w kwocie 2.030.720 zł, którego podstawą był dochód
w wysokości 10.688.000 zł, stanowiący równowartość przychodów, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 9 u.p.d.o.f. i z uwagi na nieuwzględnienie kwoty wykazanej
w zeznaniu PIT-38 za rok 2013, uznanej za koszt uzyskania przychodu, o którym mowa w art. 22 ust. 1e pkt 3 tej ustawy (10.688.000 zł).
W związku z wniesioną przez skarżącego skargą konstytucyjną Trybunał Konstytucyjny wydał w sprawie o sygn. akt SK 53/218 kwietnia 2025 r. Trybunał stwierdził, że przepis art. 22 ust. 1e pkt 3 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (Dz. U. z 2025 r. poz. 163, z późn. zm.)
w brzmieniu obowiązującym do dnia 31 grudnia 2014 r., w zakresie w jakim uniemożliwia zaliczenie do kosztu uzyskania przychodu, o którym mowa
w art. 17 ust. 1 pkt 9 ustawy, wydatków na nabycie składników majątku, które powstają jednocześnie z ich nabyciem, jest niezgodny z art. 32 ust. 1 w związku
z art. 84 i art. 217 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej.
Oznacza to, że ostateczna decyzja z 22 czerwca 2017 r.
nr [...] została wydana na podstawie przepisów, o których niezgodności z Konstytucją orzekł Trybunał Konstytucyjny w ww. wyroku.
W związku z powyższym sąd podziela stanowisko skarżącego zawarte
w skardze, zgodnie z którym w niniejszej sprawie postępowanie podatkowe dotyczące opodatkowania za rok 2013 dochodu z objęcia udziałów w spółce za wkład niepieniężny powinno zostać umorzone jako bezprzedmiotowe.
Zgodnie z art. 21 § 2 i 3 Ordynacji podatkowej organ nie może wydać decyzji potwierdzającej prawidłowość deklaracji podatnika. Jeżeli w postępowaniu podatkowym okaże się, że deklaracja podatnika jest zgodna ze stanem faktycznym, to postępowanie podatkowe powinno zostać umorzone jako bezprzedmiotowe. Bezprzedmiotowość wynika z faktu, że deklaracja jest prawidłowa, a zgodnie
z art. 21 § 2 Ordynacji podatkowej podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty. Organ może wydać decyzję określającą wysokość zobowiązania
(tzw. decyzję wymiarową) tylko wtedy, gdy stwierdzi, że podatnik nieprawidłowo określił zobowiązanie, zwrot podatku, wysokość straty lub w ogóle nie złożył deklaracji (art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej). Jeśli postępowanie wykaże, że deklaracja nie zawiera błędów, organ nie ma uprawnienia, by wydawać decyzję określającą podatek w tej samej wysokości. Taka decyzja byłaby prawnie wadliwa, ponieważ dublowałaby istniejący już w obrocie prawnym prawidłową deklarację.
W takiej sytuacji decyzja o umorzeniu postępowania potwierdza, że nie ma podstaw do zmiany rozliczenia podatnika. Pozostaje w mocy to, co podatnik zadeklarowałeś pierwotnie, czyli w tej sprawie nie powstanie zobowiązania podatkowego wobec braku dochodu. Decyzja o umorzeniu postępowania oznacza że organ podatkowy rezygnuje z procedowania, uznając poprawność złożonej deklaracji.
Podsumowując wskazać należy, że z treści art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej wynika, że sprzeciwia się on uchyleniu decyzji ostatecznej, jeżeli przesłanka wznowienia postępowania otwiera drogę do możliwości orzeczenia
w sprawie ponownie co do jej istoty, lecz z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego - nie jest to jednak możliwe. Upływ przedawnienia zobowiązania podatkowego stanowi bowiem ujemną przesłankę procesową do ponownego rozstrzygania sprawy w sposób merytoryczny.
W sytuacji jednak, jak w niniejszej sprawie, gdy po wznowieniu postępowania okazuje się, że przesłanka wznowienia postępowania wskazuje, że decyzja wymiarowa (ostateczna), w przedmiocie ustalenia zobowiązania w podatku od nieruchomości nie powinna zostać w ogóle wydana z przyczyn formalnych (bezprzedmiotowość spowodowana brakiem opodatkowania gruntu podatkiem od nieruchomości), przepis art. 245 § 1 pkt 3 lit. b) Ordynacji podatkowej nie stoi na przeszkodzie jej uchyleniu, skoro uznanie przesłanki wznowienia postępowania za zasadną jest równoznaczne ze stwierdzeniem bezprzedmiotowości decyzji ostatecznej już z momentem jej wydania.
Stanowisko zaprezentowane przez sąd w niniejszym wyroku znajduje potwierdzenie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego, np. w wyroku
z 30 października 2025 r. sygn. akt III FSK 322/25, z 30 października 2025 r. sygn. akt III FSK 199/25 (dostępne na CBOSA). W uzasadnieniu sąd posłużył się argumentacją przedstawioną w tych wyrokach.
Ponownie rozpoznając sprawę organ uwzględni wyrażoną w niniejszym uzasadnieniu ocenę prawną.
Z tych względów sąd, na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. c w zw. z art. 135 p.p.s.a. orzekł jak w punkcie pierwszym sentencji wyroku. O kosztach postępowania (punkt 2 sentencji wyroku), na które składa się kwota wpisu od skargi - 200 zł, wynagrodzenie pełnomocnika – 480 zł, sąd orzekł na podstawie art. 200
w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. w zw. z § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. r. w sprawie opłat za czynności adwokackie (t.j. Dz.U. z 2026 r. poz. 215).