Z wyjaśnień spółki wynika, że wymieniona kwota podatku VAT w minionym okresie dotyczyła zakupów związanych z budową i modernizacją nieruchomości przeznaczonej na cele wynajmu, w związku z czym podatek od towarów i usług podlegał odliczeniu. Spółka wskazała, że obecnie nastąpiła zmiana przeznaczenia nieruchomości i jest ona wykorzystywana dla działalności zwolnionej
z opodatkowania. Zmiana prawa do odliczenia podatku od towarów i usług od zakupów związanych ze sprzedażą opodatkowaną zgodnie z art. 91 ust. 7 ustawy
o VAT spowodowała złożenie deklaracji korygującej i zwrot podatku do urzędu skarbowego. W przedstawionym przez spółkę wykazie faktur inwestycyjnych do korekty deklaracji [...] za luty 2017 r. w poz. 48 oraz wśród załączonych do tego wykazu faktur VAT znajdują się m. in. dwie faktury wystawione przez G. 1 K. G., kwestionowane w niniejszym postępowaniu, tj. faktura z 20 listopada 2015 r. nr [...] na wartość netto [...] zł, VAT [...] zł oraz faktura z 3 grudnia 2015 r. na wartość netto z [...] zł, VAT [...] zł.
W ocenie dyrektora przedstawione w odwołaniu okoliczności dotyczące korekty podatku naliczonego w związku ze zmianą przeznaczenia środka trwałego, nie skutkują bezprzedmiotowością toczącego się postępowania wymiarowego za grudzień 2015 r. Kwestionowane faktury zostały wykorzystane przez spółkę w złej wierze i nigdy nie powinny być elementem jakichkolwiek rozliczeń podatkowych. Ich wystawieniu nie towarzyszyło powstanie obowiązku podatkowego u wystawcy faktur - do dokumentów tych znalazł zastosowanie art. 108 ustawy o VAT, co potwierdza ostateczna decyzja Dyrektora z 12 listopada 2024 r. Przedmiotem korekty w ramach art. 91 ustawy o VAT mogą być jedynie rzetelne faktury, dokumentujące rzeczywiste transakcje, a kwestionowane przez organy podatkowe faktury takimi dokumentami nie są. Umorzenie postępowania w zakresie VAT za grudzień 2015 r., tak jak oczekuje tego strona, spowodowałoby prawne usankcjonowanie rozliczenia za grudzień 2015 r. w oparciu o nierzetelne faktury, co jest prawnie niedopuszczalne.
Wobec przedstawionych w uzasadnieniu niniejszej decyzji, stwierdzonych
w toku postępowania podatkowego nieprawidłowości w rozliczeniu przez spółkę podatku od towarów i usług za grudzień 2015 r., tj. nieuprawnionego odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktur VAT wystawionych przez G. 1 K. G. - wykazane przez spółkę w deklaracji [...] za grudzień 2015 r. rozliczenie za ten miesiąc nie było prawidłowe i należało je wyeliminować, poprzez wydanie decyzji określającej prawidłowe kwoty podatku od towarów i usług. Stwierdzenie natomiast bezprzedmiotowości w tym zakresie i umorzenie postępowania, czego żąda strona oznaczałoby, że wykazane przez spółkę wartości w deklaracji [...] za grudzień 2015 r. są prawidłowe, co zostało skutecznie podważone w prowadzonym postępowaniu.
Na powyższą decyzję spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Kielcach. Zarzuciła naruszenie przepisów postępowania mające wpływ na wynik sprawy, a tj. art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej poprzez przyjęcie, że prawidłowo określono skarżącemu kwotę do zwrotu na rachunek bankowy za grudzień 2015 r. w zakresie podatku od towarów i usług, podczas gdy skarżący skorygował ten podatek w drodze deklaracji [...] złożonej 13 kwietnia 2017 r. i zwrócił na rzecz US w całości podatek od towarów i usług określony w zaskarżonej decyzji, a tym samym wydawanie decyzji w tym zakresie było zbędne i należało umorzyć postępowanie. Wniosła o uchylenie zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz zasądzenie kosztów postępowania.
W uzasadnieniu spółka podniosła, że zarzuty skarżącego sprowadzają się do wskazania, że organ podatkowy na skutek zaskarżonej decyzji pobrał od skarżącego środki, które skarżący, jako podatnik, wcześniej już rozliczył, a tym samym podatek od towarów i usług za grudzień 2015 r. nie jest już odliczany. Jak wykazał skarżący
w odwołaniu, deklaracją [...] wysłaną 13 kwietnia 2017 r., skorygował podatek od towarów i usług w taki sposób, że do zwrotu na rzecz Urzędu Skarbowego podlegała kwota podatku od towarów i usług w wysokości [...] zł. W tej-kwocie znalazł się m.in. podatek VAT od faktur nr [...], [...], opisanych w zaskarżonej decyzji. Decyzją z 25 kwietnia 2017 r. Naczelnik Ś. Urzędu Skarbowego w K. potwierdził dokonanie korekty, gdyż rozłożył na raty tak powstałe zaległości podatkowe. Zaległość ta została w całości zapłacona.
W rezultacie skarżący zwrócił już Urzędowi Skarbowemu podatek od towarów i usług za miesiąc grudzień 2025 r., również w części zakwestionowanej przez organ
I instancji w zaskarżonej decyzji. Na stronie 41 uzasadnienia decyzji organ II instancji potwierdza, że powyższa korekta była skuteczna, obejmowała VAT ze spornych faktur, a tym samym stanowisko skarżącego o zwrocie kwoty podatku VAT, odliczonego uprzednio, jest prawidłowe. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji na stronach 41 i 42 organ II instancji wskazuje, że powyższe nie powoduje bezprzedmiotowości postępowania, gdyż faktury nr [...], [...] zostały wykorzystane przez skarżącego w złej wierze i nigdy nie powinny być elementem jakichkolwiek rozliczeń podatkowych, a ich wystawieniu nie towarzyszyło powstanie obowiązku podatkowego u wystawcy faktur. Skarżąca zauważyła, że jednak na skutek dokonanych przez skarżącego korekt, faktury [...], [...] nie są już elementem jakichkolwiek rozliczeń podatkowych, a skarżący zwrócił dobrowolnie do Urzędu skarbowego kwoty podatku od towarów i usług, które pierwotnie na ich podstawie odliczył.
Skarżąca nie zgodziła się ze stanowiskiem organu II instancji, że umorzenie postępowania w zakresie VAT za grudzień 2025 r. spowodowałoby "prawne usankcjonowanie rozliczenia za grudzień 2015 r. w oparciu o nierzetelne faktury, co jest prawnie niedopuszczalne". Po pierwsze, umorzenie postępowania ma charakter procesowy, a nie materialny, a tym samym nie kreuje żadnego stosunku prawnego
(w tym przypadku - nie stanowi o żadnym "usankcjonowaniu" takiego stosunku). Po drugie, nie można mówić obecnie o rozliczeniu faktur za grudzień 2015 r., skoro, jak wskazano powyżej (a co organ II instancji potwierdził), VAT z kwestionowanych przez organ podatkowy faktur został już zwrócony.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie podtrzymując argumentację zawartą w zaskarżonej decyzji.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach zważył, co następuje:
Zgodnie z zasadami wyrażonymi w art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo
o ustroju sądów administracyjnych (j. t. Dz. U. z 2024 r., poz. 1267) i art. 134 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j. t. Dz.U. z 2026 r., poz. 143), dalej "p.p.s.a.", sąd bada zaskarżone orzeczenie pod kątem jego zgodności z obowiązującym prawem, zarówno materialnym, jak
i procesowym, nie jest przy tym, co do zasady, związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Realizując wyżej określone granice kontroli, sąd stwierdził, że skarga nie zasługuje na uwzględnienie, ponieważ zaskarżona decyzja nie narusza prawa. Stan faktyczny ustalony przez organy obu instancji znajduje potwierdzenie w zebranym materiale dowodowym. Ustalenia te sąd w całości podziela, uznając je za niewadliwe.
Przedmiotem kontroli sądu jest decyzja w przedmiocie m.in. określenia spółce za grudzień 2015 r. w zakresie podatku od towarów i usług kwoty do zwrotu na rachunek bankowy.
Wymieniona decyzja stanowi konsekwencję zakwestionowania przez organ prawa skarżącej do odliczenia w grudniu 2015 r. podatku naliczonego wynikającego z dwóch faktur wystawionych przez firmę G. 1 K. G., dotyczących dostaw usług i robót budowlanych, tj. faktury z 20 listopada 2015 r.
nr [...] oraz z 3 grudnia 2015 r. nr [...] - jako faktur nieodzwierciedlających faktycznych zdarzeń gospodarczych, na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy
o VAT. Organ ustalił bowiem, że ww. faktury dotyczące rzekomo wykonanych robót budowlanych w budynku szpitala na podstawie umowy nr [...]/2014 - nie dokumentują rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, dokumentują bowiem dostawy usług, które były zrealizowane już wcześniej w oparciu o umowę nr [...]/2014 przez firmę G. B. G.. Czynności ujęte w zakwestionowanych fakturach nie zostały zatem dokonane. Organ ustalił przy tym, że przedstawiciele spółki, w szczególności prezes zarządu, świadomie posługiwali się fakturami wystawionymi przez G. 1 w celu nie tylko nieuzasadnionego skorzystania
z prawa do odliczenia VAT i uzyskania tym samym nieuprawnionej korzyści podatkowej, ale również uzyskania wsparcia finansowego ze środków unijnych.
Powyższych ustaleń organ dokonał w wyniku prawidłowo przeprowadzonego postępowania dowodowego, uwzględniającego treść przepisów art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 Ordynacji podatkowej. Organy zebrały bowiem potrzebny dla rozstrzygnięcia sprawy materiał dowodowy i wyczerpująco go rozpatrzyły. Analiza materiału dowodowego niniejszej sprawy i opartego na nim procesu decyzyjnego organu podatkowego doprowadziła sąd do wniosku o prawidłowości stanowiska organu, które poparte zostało przekonywującą argumentacją faktyczną i prawną.
W kontekście całej sprawy nie budzi również wątpliwości sądu, że organ dokonał prawidłowej wykładni przepisów prawa materialnego oraz właściwie je zastosował.
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Kwotę podatku naliczonego stanowi zaś suma kwot podatku określonych w fakturach otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów
i usług (art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy o VAT). Prawo do odliczenia podatku naliczonego nie ma jednak nieograniczonego charakteru. Przepis art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT wskazuje bowiem, że faktury nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego
w przypadku, gdy stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane. Dla odliczenia podatku naliczonego istotne jest zatem, by przyjęta do rozliczenia faktura VAT dokumentowała rzeczywisty obrót. Warunek taki zachodzi wtedy, gdy dana faktura odzwierciedla zdarzenie gospodarcze dokonane między podmiotami wymienionymi na fakturze, której przedmiotem jest towar bądź usługa opisana w tym dokumencie pod względem ilościowym, jakościowym.
Wyjątkiem od tej zasady jest możliwość odliczenia podatku naliczonego wynikającego z faktury, która nie odzwierciedla rzeczywistości, przez podatnika, który nie wiedział lub nie mógł wiedzieć, że bierze udział w czynnościach mających na celu oszustwa (nadużycia) w podatku od towarów i usług, co z kolei ocenia się
z uwzględnieniem podjętych przez niego aktów należytej staranności. W przypadku, gdy dostawa jest realizowana na rzecz podatnika, który nie wiedział, lub nie mógł wiedzieć o tym, że dana transakcja była wykorzystana do celów oszustwa, które zostało popełnione przez sprzedawcę, nie można odebrać nabywcy prawa do odliczenia podatku zapłaconego przez tego podatnika (wyrok z 6 lipca 2006 r.
w sprawach połączonych C-439/04 i C-440/04). Istotne też jest, czy mamy do czynienia z tzw. pustą fakturą sensu stricto, czyli jedynie samym dokumentem, któremu w rzeczywistości w ogóle nie towarzyszy transakcja w nim wskazana, czy też taką pustą fakturą, której w tle towarzyszy realna transakcja, ale z udziałem innego podmiotu niż wystawca tej faktury (jeden podmiot faktycznie realizuje transakcje, a zupełnie inny podmiot wystawia fakturę mającą rzekomo dokumentować tę transakcję), albo wreszcie fakturą wystawioną przez firmanta,
a zatem dotyczącą w istocie rzeczywistego obrotu towarami lub usługami, ale
z zatajeniem wobec osób trzecich (nabywców) prawdziwego podmiotu realizującego tenże obrót. Ustalenie, że w danej sprawie miało miejsce wystawianie tzw. pustych faktur (w takim rozumieniu jaki przedstawiony został powyżej) oznacza, że dobra wiara ze swej istoty nie może być uwzględniona. Nie sposób bowiem przyjąć, że podatnik odliczający podatek z takiej faktury nie jest świadomy swojego oszukańczego działania czy nadużycia prawa, skoro wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy w ogóle żadna dostawa towaru lub świadczenie usług przez podmiot ją wystawiający, ani żaden inny (obrót istnieje tylko na fakturze), albo tego rodzaju transakcję nabywca realizuje z jednym podmiotem, a dokumentuje u innego podmiotu.
Z kolei zgodnie z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT w przypadku, gdy osoba prawna, jednostka organizacyjna niemająca osobowości prawnej lub osoba fizyczna wystawi fakturę, w której wykaże kwotę podatku, jest obowiązana do jego zapłaty.
W wyrokach z 29 sierpnia 2012 r. I FSK 1537/11; z 16 czerwca 2010 r. I FSK 1030/09; z 11 grudnia 2009 r. I FSK 1149/08, z 17 lipca 2014 r. 1252/13 stwierdzono, że art. 108 ust. 1 ustawy o VAT dotyczy między innymi faktur wystawionych przez osoby, które wystawiły fakturę z podatkiem dla udokumentowania czynności niedokonanych (fikcyjnych), co powoduje, że w tym zakresie osoby te nie mają przymiotu podatnika w rozumieniu art. 15 ust. 1 ustawy o VAT. Ten bowiem rodzaj aktywności nie można kwalifikować jako działalność gospodarczą w rozumieniu
art. 15 ust. 2 ustawy o VAT.
Zdaniem sądu organ prawidłowo wykazał, że skarżąca nie miała prawa do odliczenia podatku naliczonego wynikającego z zakwestionowanych 2 faktur Uprawnione stało się twierdzenie, że czynności udokumentowane ww. fakturami wystawionymi przez firmę G. 1 nie zostały wykonane, czego strona była świadoma. Świadczą o tym szczegółowo przedstawione i omówione przez organ w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji okoliczności, których ocenę dokonaną przez organ należy w pełni zaakceptować, jako spełniającą wymogi z art. 191 Ordynacji podatkowej.
Na potwierdzenie wyżej opisanych ustaleń organy podatkowe obu instancji przedstawiły w uzasadnieniach swoich decyzji szereg argumentów. Wskazały na konkretne środki i źródła dowodowe (w tym m.in. zeznania świadków, protokoły kontroli kontrahentów K. G., protokoły z czynności sprawdzających, odpowiedzi z innych organów podatkowych, dzienniki budowy, opinia biegłej sądowej, protokoły zdawczo - odbiorcze, umowy na wykonanie prac budowlanych, porozumienia, protokół kontroli przeprowadzonej przez Ministerstwo Zdrowia w szpitalu, umowy subskrypcji prywatnej, rachunek bankowy szpitala, ostateczna decyzja, obejmująca zakwestionowane faktury, wydana wobec K. G. z zastosowaniem art. 108 ust. 1 ustawy o VAT) oraz kryteria, jakimi się kierowały dokonując oceny dowodów.
Opisane ustalenia nie są kwestionowane przez skarżącą.
Sąd z urzędu ponadto, na mocy art. 134 § 1 p.p.s.a. stwierdził, że organy obu instancji mogły procedować w sprawie, ponieważ bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego został skutecznie zawieszony 27 listopada 2020 r. do
18 grudnia 2024 r., na podstawie przesłanki z art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c Ordynacji podatkowej, a następnie przerwany 17 grudnia 2025 r. przez zastosowanie środka egzekucyjnego (art. 70 § 4 Ordynacji podatkowej). Sąd stwierdza, że pomiędzy zobowiązaniem będącym przedmiotem postępowa podatkowego,
a czynem stanowiącym podstawę wszczęcia 27 listopada 2020 r. dochodzenia
w sprawie o przestępstwo skarbowe istnieje związek bezpośredni. Ponadto organ, mając na uwadze uchwałę Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r. sygn. akt I FPS 1/21, w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji szczegółowo przedstawił
i omówił okoliczności wszczęcia ww. postępowania oraz później podejmowane czynności. Rodzaj i chronologia opisanych przez organ czynności, zdaniem sądu, uzasadnia stanowisko, że w momencie wszczęcia dochodzenia istniały dostateczne przesłanki materialnoprawne uzasadniające jego prowadzenie, a przy tym nie zaistniały negatywne wówczas negatywne przesłanki procesowe, o których mowa w art. 17 § 1 K.p.k. O tym, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego było uzasadnione świadczy okoliczność, że postępowanie o sygn. RKS [...] dot. szpitala wszczęte 27 listopada 2020 r. zostało połączone ze śledztwem Prokuratury Okręgowej w K. o sygn. PO II Ds. [...] Śledztwo to obejmuje swoim zakresem przedmiotowym przestępstwa powszechne
z art. 286 § 1 kk, art. 297 § 1 kk, art. 271 § 1 kk i inne, polegające na wyłudzeniu dotacji unijnych przyznanych na realizację inwestycji związanej z modernizacją
i rozbudową szpitala oraz przestępstwa skarbowe, pozostające w związku podmiotowoprzedmiotowym z ww. czynami kodeksu karnego. W tym zakresie najistotniejszą okolicznością jest przejęcie i prowadzenie postępowania przez prokuratora, tj. przez zewnętrzny, niezależny, niepowiązany strukturalnie z organami podatkowymi organ stanowi. W wyroku z 6 kwietnia 2023 r., I FSK 319/23, Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że "uchwała NSA z dnia 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21 odnosi się tylko do instrumentalnego wszczęcia przez organy administracyjne, gdyż sądy administracyjne nie są władne oceniać pracy Prokuratury, a Prokuratura nie ma obowiązku informowania organów o podejmowanych czynnościach (nie jest instytucjonalnie powiązana z organem prowadzącym postępowanie). Ze względu na pozycję i kompetencje prokuratora, jako organu pełniącego szczególną rolę w postępowaniu karnym, w tym karnoskarbowym, nie sposób przyjąć, że miałby on uczestniczyć czy przyczyniać się do "pozorowanego" czy "instrumentalnego" prowadzenia sprawy karnoskarbowej dla potrzeb wstrzymania biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych".
W konsekwencji należy podzielić stanowisko organu, że w sprawie nie można dostrzec "instrumentalności" w zastosowaniu wskazanych tu przepisów, jedynie
w celu zagwarantowania sobie przez organ możliwości orzekania w sprawie. Wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie wyprzedza ustaleń dowodowych wobec spółki i jej kontrahenta, tj. G.1 K. G., ale jest ich konsekwencją.
Spór w sprawie dotyczy odmowy zastosowania przez organ art. 208 § 1 Ordynacji podatkowej. W ocenie skarżącej bowiem organ nieprawidłowo określił jej kwotę do zwrotu na rachunek bankowy za grudzień 2015 r. w zakresie podatku od towarów i usług, ponieważ skarżąca skorygowała, na podstawie art. 91 ust. 7 ustawy o VAT, ten podatek w drodze deklaracji VAT – 7 złożonej 13 kwietnia 2017 r.
i zwróciła na rzecz urzędu skarbowego w całości VAT określony w zaskarżonej decyzji, a tym samym wydawanie decyzji było zbędne, co w ocenie spółki powinno skutkować umorzeniem postępowania.
Odnosząc się do powyższego należy podzielić stanowisko organu, że przedmiotem korekty w ramach art. 91 ustawy o VAT mogą być tylko rzetelne faktury.
Wymaga wyjaśnienia, że art. 91 ustawy o VAT reguluje zasady rocznej lub wieloletniej korekty podatku naliczonego (np. przy zmianie przeznaczenia środków trwałych). Dotyczy on wyłącznie transakcji i zakupów, od których podatnikowi pierwotnie przysługiwało legalne prawo do odliczenia VAT. Jak już wyżej wyjaśniono faktury nierzetelne z mocy prawa nie dają żadnego prawa do odliczenia podatku naliczonego. Skoro z faktury nierzetelnej nigdy nie przysługiwało legalne prawo do obniżenia podatku należnego, to kwota z niej wynikająca w ogóle nie wchodzi do puli podatku naliczonego, który mógłby podlegać procedurze rocznej korekty z art. 91.
W konsekwencji jeżeli w rozliczeniach ujęto fakturę nierzetelną właściwym działaniem nie jest roczna korekta z art. 91, lecz złożenie deklaracji podatkowej dokładnie za ten okres, w którym podatnik bezprawnie odliczył podatek z takiej faktury. W sprawie skarżąca nie złożyła korekty deklaracji VAT – 7 za grudzień
2015 r. W związku z tym organ zobowiązany był do wydania decyzji na podstawie
art. 21 § 3a Ordynacji podatkowej. Stosownie do powołanej regulacji jeżeli
w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że w złożonej deklaracji wykazano nieprawidłową kwotę zwrotu podatku lub kwotę podatku naliczonego przeniesionego do rozliczenia lub kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w rozumieniu przepisów o podatku od towarów i usług do odliczenia
w następnych okresach rozliczeniowych, w deklaracji nie wykazano tych kwot albo podatnik nie złożył deklaracji, mimo ciążącego na nim obowiązku, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa prawidłową wysokość zwrotu podatku lub nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do odliczenia w następnych okresach rozliczeniowych.
Sąd, mając na uwadze argumentację skarżącej podkreśla również, że poza granicami rozpoznawanej sprawy pozostaje prawidłowość prowadzonego postępowania egzekucyjnego wobec spółki, w związku z którym organ, jak twierdzi skarżąca, nakazał zwrot i pobrał już od niej kwotę [...]zł wraz z odsetkami, którą podatnik uprzednio wpłacił do urzędu. Stosowne środki zaskarżenia w tym zakresie, skarżąca jest bowiem uprawniona podnosić w postępowaniu egzekucyjnym.
Z tych względów sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji wyroku.