Wojewódzki Sąd Administracyjny w Kielcach zważył, co następuje:
Zgodnie z zasadami wyrażonymi w art. 1 ustawy z 25 lipca 2002 r. Prawo
o ustroju sądów administracyjnych (j. t. Dz. U. z 2022 r., poz. 2492) i art. 134 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (j. t. Dz.U. z 2026 r., poz. 143), dalej "p.p.s.a.", sąd bada zaskarżone orzeczenie pod kątem jego zgodności z obowiązującym prawem, zarówno materialnym, jak
i procesowym, nie jest przy tym, co do zasady, związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
W myśl art. 119 pkt 3 p.p.s.a. sprawa może być rozpoznana w trybie uproszczonym, jeżeli przedmiotem skargi jest postanowienie wydane
w postępowaniu administracyjnym, na które służy zażalenie albo kończące postępowanie, a także postanowienie rozstrzygające sprawę co do istoty oraz postanowienia wydane w postępowaniu egzekucyjnym i zabezpieczającym, na które służy zażalenie.
Badając rozpoznawaną sprawę w tak zakreślonej kognicji, sąd nie stwierdził naruszenia prawa, które skutkowały koniecznością wyeliminowania z obrotu prawnego zaskarżonego postanowienia.
Przedmiotem kontroli sądu jest postanowienie w przedmiocie odmowy wszczęcia postępowania w sprawie przywrócenia spółki do rejestru jako podatnika VAT czynnego i VAT UE z dniem 8 listopada 2024 r. Wymienione rozstrzygnięcie, jest konsekwencją złożonego wniosku przez skarżącą 28 maja 2025 r. i jednocześnie zakreśla granice sprawy.
Uwzględniając powyższe oraz mając na uwadze treść zarzutów przedstawionych przez skarżącą w zażaleniu oraz obecnie w skardze skierowanej do sądu – podkreślenia wymaga, że przedmiotem sądowej kontroli jest jedynie zasadność odmowy wszczęcia postępowania mającego zmierzać do przywrócenia zarejestrowania skarżącej spółki jako podatnika VAT i VAT UE. Dlatego też
w zakresie kontroli nie mieszczą się inne opisane okoliczności, na które spółka wskazała w toku postępowania, w tym związane z zasadnością jej wykreślenia
z rejestru podatników VAT. Otóż weryfikowanie przez sąd administracyjny legalności wykreślenia z rejestru podatników VAT - jako czynności, o której mowa w art. 3 § 2 pkt 4 p.p.s.a. – nastąpiło już w toku odrębnego postępowania wywołanego przez spółkę. Otóż kwestie związane z zasadnością wykreślenia spółki i wywiedzionej do sądu administracyjnego skargi, a następczo upływ terminu 2 miesięcznego, o którym mowa w art. 96 ust. 9h ustawy o VAT, pozostają bez wpływu na wynik niniejszej sprawy. Ubocznie w kontekście stanowiska spółki zauważenia wymaga, że
z prawomocnego wyroku tut. sądu sygn. akt I SA/Ke 23/25 oddalającego jej skargę na czynność naczelnika z 8 listopada 2024 r. w przedmiocie wykreślenia z rejestru podatników VAT – strona została poinformowana, że na podstawie art. 96 ust. 9h ustawy o VAT może złożyć wniosek w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia
z rejestru jako podatnika VAT o przywrócenie jej zarejestrowania jako podatnika VAT czynnego bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku o przywrócenie zarejestrowania złoży brakujące deklaracje. Dlatego konstruowana w tym zakresie argumentacja skarżącej nie przekonuje sądu o jej zasadności. Otóż spółka miała prawną możliwość złożenia wniosku w terminie 2 miesięcy od dnia jej wykreślenia o jej przywrócenie jej zarejestrowania jako podatnika VAT i wbrew jej stanowisku nie stał temu na przeszkodzie fakt wywiedzenia skargi do sądu na czynność naczelnika z 8 listopada 2024 r.
Odnosząc się do istoty sprawy wyjaśnienia wymaga, że zgodnie z art. 165 § 1 Ordynacji podatkowej postępowanie wszczyna się z urzędu lub na żądanie strony. Jednakże zgłoszenie przez stronę żądania wszczęcia postępowania nie oznacza bezwzględnej konieczności jego przeprowadzenia. Natomiast w myśl art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej gdy żądanie, o którym mowa w art. 165, zostało wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wydaje postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania. Natomiast w zgodzie z art. 165a oraz 165 § 3 Ordynacji podatkowej można wskazać, że postępowanie wszczynane na wniosek toczy się w dwóch fazach. Stosownie do treści art. 165 § 3 Ordynacji podatkowej z dniem doręczenia organowi podatkowemu żądania strony następuje faza wstępna, w której organ podatkowy bada, czy podanie pochodzi od osoby posiadającej legitymację procesową oraz czy nie zachodzą inne przyczyny uniemożliwiające wszczęcie postępowania podatkowego. Użyty w art. 165a Ordynacji podatkowej zwrot
"z jakichkolwiek innych przyczyn nie może być wszczęte" należy odnieść przede wszystkim do sytuacji, gdy wszczęciu postępowania podatkowego stoi na przeszkodzie przepis prawa bądź poszczególne przepisy, których interpretacja uniemożliwia prowadzenie tego postępowania i rozpatrzenie treści żądania w sposób merytoryczny. Wyrażenie "z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte" dotyczy również sytuacji braku w przepisach ustaw podatkowych podstawy do rozpatrzenia treści żądania w trybie postępowania podatkowego, gdy
w danej sprawie toczy się postępowanie podatkowe oraz przypadków, gdy w sprawie zapadła już decyzja (również nieostateczna).
Postanowienie wydane na podstawie przepisu art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej ma charakter wyłącznie proceduralny. Instytucja odmowy wszczęcia postępowania kończy się bowiem aktem formalnym, a nie merytorycznym. Należy także podkreślić, że powołany przez organy podatkowe obu instancji art. 165a § 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie tylko w przypadku, gdy z żądania wszczęcia postępowania w sposób oczywisty wynika, że postępowanie to nie może być wszczęte.
Wobec powyższego organy prawidłowo uznały, że w realiach niniejszej sprawy zaistniała przeszkoda do wszczęcia postępowania, w sprawie przywrócenia zarejestrowania jako podatnika VAT i VAT UE z datą wskazaną we wniosku. Wszczęcie postępowania z wniosku spółki jest bowiem niedopuszczalne ze względu na niezachowanie wskazanego w art. 96 ust. 9h ustawy o VAT terminu przewidzianego na złożenie przedmiotowego wniosku. Zgodnie z tym przepisem naczelnik urzędu skarbowego, na wniosek podmiotu, o którym mowa w ust. 9 pkt 1-4 i ust. 9a pkt 2, złożony w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia z rejestru jako podatnika VAT, przywraca zarejestrowanie podmiotu jako podatnika VAT czynnego bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą, a w przypadku nieskładania deklaracji pomimo takiego obowiązku - jeżeli najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku
o przywrócenie zarejestrowania złoży brakujące deklaracje. Z przepisu tego wynika, że w przypadku wyrejestrowania przywrócenie statusu czynnego podatnika (bez ponownej rejestracji) jest możliwe wyłącznie wówczas, gdy podatnik złoży stosowny wniosek nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wyrejestrowania,
a w przypadku nieskładania deklaracji, pomimo takiego obowiązku, jeżeli najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku o przywrócenie rejestracji podmiot złoży wszystkie brakujące deklaracje. Przepis ten nie pozostawia wątpliwości od jakiego momentu rozpoczyna bieg termin na złożenie przedmiotowego wniosku – jest nim dzień wykreślenia z rejestru, a nie dowiedzenia się przez podatnika o wykreśleniu. Sąd wskazuje, że termin dwóch miesięcy daje możliwość przywrócenia zarejestrowania
w krótkim terminie po wykreśleniu z rejestru. Pozwala również utrzymać rejestr
w miarę w aktualnym stanie i na rzetelnym poziomie, aby chronić interesy rzetelnych podatników. W innych przypadkach podatnik może ponownie dokonać rejestracji jako czynny podatnik VAT.
W realiach niniejszej sprawy wykreślenie skarżącej z rejestru podatników VAT nastąpiło 8 listopada 2024 r. i właśnie od tej daty należało liczyć dwumiesięczny termin, o którym mowa w art. 96 ust. 9h ustawy o VAT, na złożenie wniosku
o przywrócenie do ww. rejestru. Skarżąca przedmiotowy wniosek złożyła dopiero
28 maja 2025 r., a więc po ponad sześciu miesiącach od dnia wykreślenia, co tłumaczy wniesieniem skargi do WSA na czynność naczelnika. Upływ ww. dwumiesięcznego terminu bezwzględnie uniemożliwił naczelnikowi rozpatrzenie żądania podatnika. Termin, o którym mowa w art. 96h ust. 9h ustawy o VAT, jest terminem prawa materialnego. Upływ terminu o charakterze materialnym powoduje natomiast wygaśnięcie praw i obowiązków materialnoprawnych jednostki. Co istotne terminy prawa materialnego nie podlegają przywróceniu, chyba że taką możliwość przewiduje przepis określający dany termin. W przedmiotowej sprawie ta szczególna sytuacja jednak nie wystąpiła. W razie uchybienia terminu prawa materialnego, odnośnie którego ustawodawca nie przewidział dopuszczalności jego przywrócenia - administracyjny stosunek materialnoprawny nie może być nawiązany, nie ma zatem przedmiotu postępowania podatkowego, postępowanie nie może być wszczęte,
a wszczęte jako bezprzedmiotowe podlega umorzeniu.
Uwzględniając powyższe, zdaniem sądu, organy prawidłowo przyjęły, że postępowanie w sprawie przywrócenia skarżącej spółki do rejestru podatników VAT czynnych nie mogło być wszczęte z uwagi na upływ ww. terminu przewidzianego na złożenie wniosku w tym zakresie. Upływ tego terminu uniemożliwił naczelnikowi przywrócenie zarejestrowania podatnika jako podatnika VAT czynnego bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego.
Mając powyższe na uwadze sąd, na podstawie art. 151 p.p.s.a., oddalił skargę.