W zakresie braku rozstrzygnięcia w przedmiocie nadpłaty (uzasadnienie zarzutu naruszenia art 74a w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej), skarżąca wskazała, że w pierwszej kolejności należy odnieść się do kwestii braku rozstrzygnięcia w zakresie żądania w przedmiocie nadpłaty zaistniałej z uwagi na zawyżenie podstawy opodatkowania.
W toku postępowania podatkowego Spółka zidentyfikowała, że w ostatniej korekcie deklaracji zawyżyła podstawę opodatkowania gruntów z uwagi na zastosowanie zwolnienia wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. jedynie w odniesieniu do części gruntów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej (o powierzchni [...] m2), podczas gdy zwolnieniu podlegać powinny całe działki ewidencyjne, o powierzchni [...] m2.
Jako że zgodnie z art. 8ib § 1 pkt 1 Ordynacji podatkowej uprawnienie do skorygowania deklaracji ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego. Spółka nie miała możliwości złożenia stosownej korekty deklaracji oraz wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
W dniu 4 lipca 2023 r. Spółka złożyła więc w toku postępowania podatkowego dodatkowe pismo, w którym zawarła żądanie uwzględnienia w decyzji Organu skorygowanej powierzchni zwolnionych gruntów i wynikającej z niej nadpłaty w PoN za 2018 r.
W piśmie Spółka wskazała na jednolite orzecznictwo sądów administracyjnych potwierdzające możliwość zwolnienia całych działek ewidencyjnych na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. (m.in. wyroki NS.A. z 22 grudnia 2020 r., sygn. II FSK 2167/18 i z 4 lutego 2020 r., sygn. II FSK 1627/19) i przedłożyła wykaz gruntów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej.
Podobnie, Spółka zidentyfikowała również powstanie nadpłaty zaistniałej wobec zawyżenia podstawy opodatkowania w związku z nieuwzględnieniem w rozliczeniach Spółki wyników inwentaryzacji przeprowadzonej w 2018 r., które Spółka przedłożyła do akt postępowania oraz które zostały ujawnione w danych zawartych w ewidencji gruntów i budynków. Z tego względu w toku postępowania podatkowego pismem z dnia 5 czerwca 2023 r. Spółka zgłosiła, że dane wykazywane w deklaracjach nie obejmują ustaleń stanu faktycznego poczynionego w toku inwentaryzacji, co powinno było zostać uwzględnione w decyzji Prezydenta. Z treści uzasadnienia decyzji Prezydenta można wnioskować, że wyniki inwentaryzacji zostały uwzględnione przy określaniu podstawy opodatkowania (powstanie i wysokość nadpłaty zdają się być w sprawie bezsporne), jednak w decyzji tej nie znalazło się odrębne rozstrzygnięcie w tym zakresie.
Zdaniem Spółki, Prezydent powinien był odnieść się do jej żądań stosownie do art. 74a Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym w przypadkach niewymienionych w art. 73 § 2 (nadpłata powstająca w dniu złożenia zeznania lub deklaracji) i art. 74 (nadpłata podatku powstała wskutek orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego lub Europejskiego Trybunału Sprawiedliwości) wysokość nadpłaty określa organ podatkowy.
W związku z powyższym, Prezydent w decyzji powinien był odrębnie rozstrzygnąć o wysokości zobowiązania podatkowego Spółki i odrębnie wypowiedzieć się, czy stwierdza nadpłatę (i w jakiej wysokości), czy też odmawia stwierdzenia nadpłaty w całości lub w części. Jakkolwiek postępowanie wymiarowe i postępowanie dotyczące nadpłaty za ten sam rok podatkowy są ze sobą w pewien sposób powiązane, to jednak pozostają w dużej mierze odrębne. Spółka zwróciła choćby uwagę na fakt, iż postępowanie nadpłatowe, odmiennie niż postępowanie wymiarowe, może być prowadzone nawet po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (jeśli tylko sam wniosek nadpłatowy został złożony skutecznie przed upływem tego terminu). Już z tego względu, przy braku możliwości przewidzenia dalszego przebiegu postępowania podatkowego, za jasnym i odrębnym wypowiedzeniem się organów podatkowych w sprawie wnioskowanej nadpłaty przemawia nie tylko treść art. 74a Ordynacji podatkowej, ale również uzasadniony interes podatnika (Spółki).
Skarżąca podniosła, że jakkolwiek Prezydent oraz Organ (słusznie) zdają się potwierdzać prawo Spółki do nadpłaty wynikającej z przeprowadzonej inwentaryzacji, wobec braku wyodrębnienia rozstrzygnięć w zakresie wymiaru zobowiązania podatkowego oraz żądania nadpłatowego, i tak konieczne było zaskarżenie decyzji w całości. W dalszym ciągu rozpoznania wymaga bowiem żądanie stwierdzenia nadpłaty zgłoszone przez Spółkę w terminie (tj. jeszcze przed upływem przedawnienia) w trakcie trwania postępowania podatkowego. Nie ulega wątpliwości skarżącej, że orzeczenie o wysokości nadpłaty jest możliwe także po upływie terminu przedawnienia, o ile tylko wniosek był złożony jeszcze przed upływem tego terminu", co ma miejsce w rozpoznawanej sprawie. Z kolei w sytuacji umorzenia postępowania podatkowego, w którym zgłoszono wniosek o stwierdzenie nadpłaty, w całości doszłoby do odebrania Skarżącej późniejszej możliwości dochodzenia nadpłaty (Spółka nie będzie miała możliwości ponownie zwrócić się z tym żądaniem w związku z upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego). Okoliczność ta powinna była zostać dostrzeżona przez Kolegium w kontekście zarzutów odwołania, które odnosiły się do niepełnego (jednorodnego) rozstrzygnięcia decyzji I instancji - tym bardziej, że Organ wydał decyzję na mniej niż miesiąc przed upływem terminu przedawnienia które ma odmienne skutki procesowe dla wymiaru podatku i dla nadpłaty. W przedmiotowej sprawie zgłoszenie żądania stwierdzenia nadpłaty, choć ze względu na toczące się postępowanie, dokonane w formie pisma procesowego w sprawie a nie w formie wniosku połączonego z korektą (nieskuteczną w takim przypadku) deklaracji podatkowej, niewątpliwie miało miejsce i powinno być rozstrzygnięte w ramach zaskarżonej decyzji zgodnie z art. 74a Ordynacji podatkowej.
Utrzymanie w mocy decyzji Prezydenta, w której brak jest rozstrzygnięcia w przedmiocie zaistniałej nadpłaty świadczy, w ocenie Spółki, o naruszeniu art. 74a w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej, co uzasadnia uchylenie decyzji Kolegium oraz poprzedzającej ją decyzji Prezydenta.
W zakresie zwolnienia z PoN jako środka niestanowiącego pomocy publicznej (uzasadnienie zarzutu naruszenia art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a) u.p.o.l. w zw. z art 4 pkt 1 u.t.k. i załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art 107 ust 1 i art 108 ust 1,2 i 3 TFUE), w opinii Spółki, Organ naruszył przepisy prawa materialnego poprzez dopuszczenie się błędnej wykładni art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. i załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107. ust 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE, odmawiając Spółce prawa do zastosowania zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., z uwagi na błędne uznanie, że stanowiłoby to niedozwoloną pomoc publiczną. Wadliwy pogląd Organu wynikał z nieprawidłowej oceny co do wystąpienia przesłanki selektywności, która miałaby zmaterializować się w przypadku Spółki.
Kluczowym stwierdzeniem, które zostało wprost wyrażone w decyzji oraz w konsekwencji którego Spółce odmówiono prawa do zastosowania zwolnienia podatkowego na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. było uznanie przez Organ, iż zastosowanie zwolnienia uniemożliwiają przepisy o pomocy publicznej.
Niezależnie od dalszych zarzutów skargi, dotyczących zakresu stosowania zwolnienia i braku swobody Organu stosującego prawo w określaniu jego przesłanek, w pierwszej kolejności Spółka przedstawiła argumentację potwierdzającą, że zastosowanie zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie stanowi pomocy publicznej.
Zgodnie z Zawiadomieniem Komisji w sprawie pojęcia pomocy państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE (2016/C 262/01; dalej: "Zawiadomienie" oraz art. 107 ust. 1 TFUE, aby dany środek krajowy został uznany za pomoc publiczną konieczne jest jednoczesne spełnienie wszystkich przesłanek definiujących wystąpienie pomocy publicznej. Tym samym, zdaniem Spółki, ocenę charakteru przedmiotowego zwolnienia przedstawioną w decyzji należy uznać za niezasadną, ze względu na nieprawidłową ocenę przesłanki selektywności, wynikającą z błędnego wskazania, że przesłanka ta zachodzi z uwagi na rozróżnienie przedsiębiorców uwarunkowane faktem, że nie każdy podmiot w porównywalnej sytuacji ma dostęp do infrastruktury kolejowej wpisującej się w zakres art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l.
Zdaniem Spółki nie ulega wątpliwości, że w przypadku stosowania wszelkich zwolnień podatkowych, a za taki środek należy uznać zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l, za spełnione mogłyby zostać uznane przesłanki świadczące o: - Publicznym charakterze zwolnienia - następuje w tym przypadku brak obowiązku uiszczenia należności publicznoprawnych, które bez zastosowania tego zwolnienia przysługiwałyby organowi podatkowemu, - Korzyści ekonomicznej – podatnik jest zwolniony z obowiązku zapłaty podatku, - Wpływie na konkurencję i wymianę handlową UE - w związku z przyznanym zwolnieniem można argumentować, że podatnik uzyskuje przewagę w tym zakresie, nawet jeśli jest to korzyść czysto hipotetyczna.
Niezależnie od powyższych przesłanek, zdaniem Spółki, w opisywanym przypadku nie nastąpi wypełnienie przesłanki selektywności wsparcia, a tym samym, nie zostaną spełnione wszystkie przesłanki pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE.W efekcie w ocenie Spółki, zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie stanowi pomocy publicznej.
Organ stoi na stanowisku, że uprzywilejowanie może polegać na samym fakcie posiadania infrastruktury kolejowej względem podmiotów, które takiej infrastruktury nie posiadają. Pogląd taki prowadzi jednak do wypaczenia pojęcia selektywności w zakresie, w jakim oceniana jest sytuacja podmiotów niebędących w sytuacji porównywalnej - selektywność mogłaby wystąpić dopiero wtedy, gdyby podmioty spełniające takie same warunki podstawowe (czyli posiadające infrastrukturę kolejową) były w jakiś sposób dyskryminowane co do możliwości skorzystania ze zwolnienia (np. z uwagi na obszar, na którym prowadzą działalność).
Sam fakt zajęcia bądź posiadania infrastruktury kolejowej przez jednego z konkurujących przedsiębiorców, niezależnie od tego czy wykorzystuje tę infrastrukturę do prywatnych celów gospodarczych, nie może stanowić o selektywności pomocy, skoro potencjalnie każdy przedsiębiorca może wejść w posiadanie takiej infrastruktury, a następnie - może skorzystać ze zwolnienia podatkowego.
Organ pomija, iż omawiane zwolnienie jest zwolnieniem przedmiotowym, a nie podmiotowym. W konsekwencji dla jego zastosowania nie mają znaczenia cechy podatnika, a cechy posiadanego przez niego majątku (przedmiotu opodatkowania). Zwolnienie to jest dostępne dla wszystkich przedsiębiorców, którzy posiadają przedmioty opodatkowania spełniające warunki określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. - to, że muszą zostać spełnione określone przez ustawodawcę warunki, aby skorzystać ze zwolnienia, nie świadczy o istnieniu selektywności, a stanowi podstawowy mechanizm konstrukcyjny ograniczenia stosowania danego podatku.
Zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 29 marca 2012 r. sygn. C-417/10, okoliczność, iż jedynie podatnicy spełniający warunki zastosowania danego środka mogą z niego skorzystać, nie może sama w sobie przyznawać temu środkowi selektywnego charakteru. Tego rodzaju błędne rozumowanie przedstawia natomiast Organ, skoro jedyne rozróżnienie, prowadzące według Prezydenta do uprzywilejowania (polegającego na zwolnieniu z PoN infrastruktury kolejowej), to fakt posiadania bądź nie infrastruktury kolejowej.
Uzyskanie każdej korzyści podatkowej jest uzależnione od spełnienia pewnych warunków, co w sposób oczywisty i kategoryczny wyłącza niektórych podatników z możliwości jej uzyskania. Samo istnienie jednego lub większej liczby warunków nie jest natomiast wystarczające dla zakwalifikowania korzyści podatkowej jako selektywnej, gdyż w przeciwnym razie wszystkie rozwiązania podatkowe wprowadzone przez dane państwo zostałyby uznane za pomocą publiczną w rozumieniu art. 107 TFUE.
Zwolnienie na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. jest zwolnieniem podatkowym, które jest dostępne dla każdego przedsiębiorcy niezależnie od sektora prowadzonej działalności gospodarczej. Tym samym, bez względu na to, czy dany przedsiębiorca prowadzi działalność w sektorze hutniczym, stalowniczym, wydobywczym, samochodowym czy papierniczym (oraz każdym innym), jeśli spełni przesłanki ustanowione ww. przepisie, to bez konieczności wypełniania jakichkolwiek innych warunków przysługuje mu zwolnienie z PoN.
Przepis ten nie wprowadza żadnego uwarunkowania, które w jakikolwiek sposób prowadziłoby do dyskryminacji potencjalnych adresatów tej regulacji (przedsiębiorców z różnych sektorów gospodarczych). Ponadto, nie wprowadzono również żadnego rozróżnienia dostępności tego zwolnienia w odniesieniu do wielkości danego przedsiębiorcy, liczby zatrudnionych przez niego pracowników, obrotów gospodarczych lub innych specyficznych kryteriów, które mogłyby wprowadzać pewne zawężenie w obrębie wymienionych przesłanek. Tym samym, warunki wskazane powyżej wyznaczają jedynie ramy zastosowania instrumentu w postaci zwolnienia a nie determinują selektywnego charakteru tego instrumentu.
Oczywiście zwolnienie to uzależnione jest od zaistnienia pewnych okoliczności faktycznych, niemniej uzyskanie go nie jest uwarunkowane spełnieniem przez przedsiębiorcę pewnych niezmiennych (lub trudnych do zmiany) cech - przykładowo nie jest zarezerwowane jedynie dla sektora małych lub średnich przedsiębiorców. Ponadto, zwolnienie podatkowe z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie jest również w jakikolwiek sposób ograniczone geograficznie, tj. nie jest zawężone do wskazanych obszarów terytorialnych w Polsce. Wręcz przeciwnie, jest ono powszechne - można z niego skorzystać bez względu na położenie infrastruktury kolejowej w Polsce.
Tym samym, zdaniem skarżącej, Organ niezasadnie uznał kwestię kwalifikacji omawianego zwolnienia podatkowego jako pomocy publicznej za kwestię już rozstrzygniętą.
Jak słusznie zostało wskazane w orzecznictwie TSUE, np. w wyrokach:
- z dnia 29 marca 2012 r. sygn. C-417/10,
- z dnia 21 grudnia 2016 r. sygn. C-20/15 P i C-21/15 P,
- z dnia 28 czerwca 2018 r. sygn. C-203/16 P,
nie można określić selektywności danego środka krajowego tylko i wyłącznie dlatego, że jedynie podatnicy spełniający warunki zastosowania danego środka mogą z niego skorzystać. Jednocześnie, korzyść nie jest selektywna, jeśli działanie ukierunkowane na osiągnięcie tej korzyści może zostać podjęte przez każde przedsiębiorstwo.
Stanowisko Kolegium zaprezentowane w decyzji i sposób przeprowadzenia analizy co do kwestii spełnienia przesłanki selektywności stoi w sprzeczności z powyższym poglądem Trybunału i nie znajduje uzasadnienia w treści Zawiadomienia.
Zgodnie z pkt 117 Zawiadomienia, aby wsparcie ze środków publicznych udzielane podmiotowi prowadzącemu działalność gospodarczą mogło zostać uznane za pomoc publiczną niezgodną z rynkiem wewnętrznym, musi ono być selektywne, a więc sprz3jać niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów. Ponadto, zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 21 grudnia 2016 r. sygn. C-20/15 P i C-21/15 P, powyższe należy ustalić w porównaniu z innymi przedsiębiorcami, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi podatkowemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennym traktowaniu, które może zostać zasadniczo uznane za dyskryminacyjne. Natomiast, w sytuacji gdy sporny środek jest pomyślany jako system pomocy, a nie pomoc indywidualna - co abstrakcyjnie ma miejsce w przedmiotowej sprawie - na Komisji spoczywa obowiązek udowodnienia, że nawet jeśli środek ten przewiduje korzyść o charakterze generalnym, przyznaje on wyłączną korzyść niektórym przedsiębiorstwom lub niektórym sektorom działalności.
W dalszej kolejności, zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 19 grudnia 2018 r. sygn. C-374/17 zakwalifikowanie krajowego środka podatkowego jako “selektywny" zakłada najpierw określenie systemu podatkowego jako powszechny lub “normalny" w danym państwie członkowskim, a następnie wykazanie, że dany środek stanowi odstępstwo od owego powszechnego systemu, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego temu powszechnemu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej.
W przeciwieństwie do powyższego stoi tzw. środek o charakterze ogólnym, który jest dostępny dla przedsiębiorców na takich samych zasadach. Wobec tego, błędnym jest założenie, stanowiące, iż wszystkie środki sprzyjające podmiotom gospodarczym wchodzą w zakres pojęcia pomocy państwa, gdyż dotyczy to tylko tych środków, które w sposób selektywny przynoszą korzyść określonym kategoriom przedsiębiorstw bądź sektorom gospodarki.
Tym samym, aby odpowiednio ustalić czy zwolnienie podatkowe przyznane na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1) u.p.o.l. wprowadza selektywność należy w pierwszej kolejności przeprowadzić analizę opartą na podstawie metody ram odniesienia lub/i teście ogólnej dostępności. Przy czym, niezależnie od metody oceny, należy podkreślić, że Państwa Członkowskie posiadają autonomię w zakresie stanowienia podatków. Jak również, zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 19 grudnia 2018 r. sygn. C-374/17 do uprawnień Komisji nie należy wypowiadanie się, w kontekście zakazu pomocy państwa, w przedmiocie każdego przypadku odmiennego traktowania wynikającego z rozkładu obciążenia podatkowego ustalanego przez każde państwo członkowskie. Wobec powyższego, należy mieć na uwadze uprawnienie Państw Członkowskich do kreowania własnego systemu podatkowego, a tym samym zwolnień w nim zawartych.
Test ogólnej dostępności należy przeprowadzić przed podjęciem decyzji o zrealizowaniu danej inwestycji, podjęciem danego działania. Zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 19 grudnia 2018 r. sygn. C-374/17, korzyść nie jest selektywna, jeśli działanie ukierunkowane na osiągnięcie tej korzyści może zostać podjęte przez każde przedsiębiorstwo.
Natomiast, metoda ram odniesienia powinna zostać przeprowadzona w zakresie selektywności po powzięciu decyzji poprzez porównanie sytuacji przedsiębiorstw, które faktycznie uzyskały korzyść ze względu na podjęcie ukierunkowanego na nią działania, z sytuacją przedsiębiorstw, które jej nie uzyskały ze względu na to, że takiego działania nie podjęły (a potencjalnie mogły).
Odnosząc sytuację Spółki oraz treść decyzji do testu ogólnej dostępności należy wskazać, że zgodnie z tą analizą selektywny jest każdy środek przysparzający korzyści, której dostępność jest zarezerwowana dla niektórych przedsiębiorstw lub produkcji niektórych towarów, zgodnie z brzmieniem art. 107 ust. 1 TFUE, nieodnoszącym się do pojęcia dyskryminacji (C374/17). Z tej perspektywy, środek o charakterze ogólnym, stosuje się jedynie do korzyści dostępnych dla wszystkich przedsiębiorców niezależnie od ich sektora działalności, a zatem do korzyści międzysektorowych. Ponadto, zgodnie z wyrokiem TSUE z dnia 29 marca 2012 r. sygn. C-417/10, okoliczność, iż jedynie podatnicy spełniający warunki zastosowania danego środka mogą z niego skorzystać, nie może sama w sobie przyznawać temu środkowi selektywnego charakteru.
Przenosząc powyższe rozważania na grunt zwolnienia na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1) u.p.o.l., należy stwierdzić, że bezdyskusyjnie jest to forma zwolnienia podatkowego, która jest dostępna dla każdego przedsiębiorcy niezależnie od sektora prowadzonej działalności gospodarczej, tym samym, bez względu na to czy dany przedsiębiorca prowadzi działalność w sektorze hutniczym, stalowniczym, wydobywczym, samochodowym czy papierniczym (oraz każdym innym), jeśli spełni przesłanki ustanowione ww, artykule, to bez konieczności wypełniania jakichkolwiek innych zobowiązań przysługuje mu zwolnienie.
Prawidłowa, literalna wykładnia powyższego przepisu prowadzi do jednoznacznego wniosku, że zwolnieniu z PoN podlegają grunty, budynki i budowle, które łącznie spełniają przynajmniej następujące przesłanki:
1. wchodzą w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, oraz
a. są udostępniane przewoźnikom kolejowym, łub
b. są wykorzystywane do przewozu osób, lub
c. tworzą linie kolejowe o szerokości torów większej niż 1435 mm.
Jak Spółka już wskazywała, przepis ten nie wprowadza, żadnego innego rozróżnienia, które w jakikolwiek sposób prowadziłoby do dyskryminacji potencjalnych, abstrakcyjnych przedsiębiorców z różnych sektorów gospodarczych. Zwolnienie to uzależnione jest od zaistnienia pewnych okoliczności faktycznych, niemniej uzyskanie go nie jest uwarunkowane od spełnienia przez przedsiębiorcę pewnych niezmiennych (lub trudnych do zmiany) cech. Fakt zajęcia lub posiadania infrastruktury kolejowej przez jednego z konkurujących przedsiębiorców, niezależnie czy wykorzystuje tę infrastrukturę do prywatnych celów gospodarczych czy też nie, nie może stanowić o selektywności pomocy, z uwagi na to, że potencjalnie każdy przedsiębiorca może wejść w posiadanie takiej infrastruktury oraz wówczas w zależności od swojej decyzji skorzystać, bądź też nie z tego zwolnienia podatkowego. Ponadto, bezsprzecznie zwolnienie podatkowe z art. 7 ust. 1 pkt 1) u.p.o.l. nie jest również ograniczone w jakikolwiek sposób geograficznie, tj. nie jest zawężone do wskazanych obszarów terytorialnych w Polsce. Wręcz przeciwnie, jest ono powszechne - można z niego skorzystać bez względu na położenie infrastruktury kolejowej w Polsce. Konsekwentnie, zdaniem Spółki nie można wykluczyć zakwalifikowania zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1) u.p.o.l. jako środek ogólny z tego tylko względu, że nie wszystkie przedsiębiorstwa korzystają faktycznie z tego zwolnienia, albo dlatego, że nie prowadzą działalności w oparciu o infrastrukturę kolejową, której posiadanie umożliwia w tym przypadku skorzystanie z przedmiotowego zwolnienia. Wobec powyższego nie można określić selektywności danego środka krajowego jedynie poprzez spełnienie warunków zastosowania danego środka przez przedsiębiorcę.
Skarżąca podkreśliła, że od samego początku obowiązywania u.p.o.l. funkcjonowały w jej ramach przedmiotowe zwolnienia podatkowe - tj. zwolnienia odnoszące się do majątku o określonej charakterystyce. Obok zwolnienia dla infrastruktury kolejowej obowiązują m.in.:
- zwolnienie dla infrastruktury portowej przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 2 u.p.o.l. - polegające na zwolnieniu z opodatkowania budowli infrastruktury portowej, budowli infrastruktury zapewniającej dostęp do portów i przystani morskich oraz zajętych pod nie gruntów;
- zwolnienie dla infrastruktury lotniczej przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. - polegające na zwolnieniu z opodatkowania gruntów, budynków i budowli na obszarze części lotniczych lotnisk użytku publicznego.
Oba te zwolnienia wyraźnie wskazują na charakter publiczny infrastruktury, jednak tego zastrzeżenia nie wprowadzono co do infrastruktury kolejowej. Wobec tego podmioty, które chcą prowadzić działalność gospodarczą niezwiązaną z transportem kolejowym, ale wykorzystują infrastrukturę kolejową, nie są wyłączone z grona adresatów zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a) u.p.o.l.
Dokonując analizy uzasadnienia decyzji, zdaniem skarżącej, można wysnuć wniosek, iż - według Kolegium - każde zwolnienie w u.p.o.l. dotyczące przedmiotu opodatkowania (np. infrastruktury morskiej lub lotniczej) stanowiłoby niedozwoloną pomoc publiczną, co prowadziłoby do oczywiście nieprawidłowych konkluzji. Systemowo i konstrukcyjnie jest bowiem nie do przyjęcia, aby uznać, że podatnik posiadający określoną infrastrukturę, która podlega zwolnieniu z opodatkowania PoN korzysta z niedozwolonej pomocy publicznej.
Jako przykład wskazać można na przepisy dotyczące możliwości zastosowania preferencyjnej stawki podatku w stosunku do jezior i zbiorników sztucznych (art. 5 ust. 1 pkt 1 lit. b) u.p.o.l. lub objęcia preferencyjną stawką podatku obiektów związanych z udzielaniem świadczeń zdrowotnych (art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. d) u.p.ol.). Samo posiadanie takich nieruchomości przez podatników nie determinuje automatycznie, że w przypadku zastosowania zwolnienia z PoN mamy do czynienia z udzieleniem niedozwolonej pomocy publicznej, a do takich wniosków prowadziłoby przyjęcie podejścia prezentowanego przez Organ.
Nieprawidłowość stanowiska Organu wynika z błędnego założenia wyjściowego, że do uprzywilejowania danego podmiotu dochodzi z samego faktu posiadania określonej infrastruktury. Organ pomija bowiem dość oczywistą okoliczność, że podmiot nieposiadający obiektu podlegającego zwolnieniu nie jest zobowiązany do płacenia PoN w odniesieniu do tego obiektu.
PoN jako podatek o charakterze majątkowym dotyczy opodatkowania stricte nieruchomości wskazanych w u.p.o.l. będących we władaniu konkretnego podatnika. Nie można zatem wykładać przepisów w taki sposób, że brak posiadania określonych nieruchomości przez podatnika, co - siłą rzeczy - uniemożliwia skorzystanie ze zwolnienia z PoN, prowadzi do uprzywilejowania podmiotów, które te nieruchomości posiadają. Przenosząc to na grunt sprawy: jeśli dany podmiot nie posiada infrastruktury kolejowe, to, co prawda nie może skorzystać ze zwolnienia określonego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit, al u.p.o.l., ale - przede wszystkim - nie jest zobowiązany do płacenia PoN w odniesieniu do tej infrastruktury. Wniosek ten, zdaniem skarżącej, oczywisty, zdaje się umykać Organowi.
W uzasadnieniu Decyzji Organ nie był w stanie wskazać żadnej sytuacji, w której, choćby potencjalnie, doszłoby do zakłócenia konkurencyjności – w przypadku zastosowania omawianego zwolnienia mielibyśmy bowiem do czynienia z sytuacją, gdy podatku nie płaciłby ani podmiot zwolniony posiadający infrastrukturę kolejową ani podmiot nieposiadający tej infrastruktury. Nie sposób więc mówić o jakiejkolwiek nierówności, jeśli chodzi o konkurencyjność w tym zakresie.
W związku z powyższym, zwolnienia przedmiotowe na gruncie przepisów u.p.o.l., zdaniem skarżącej, stanowią normalną i powszechną konstrukcję podatkową, a zwolnienie dla infrastruktury kolejowej nie stanowi odstępstwa od owego powszechnego systemu zwolnień podatkowych.
Reasumując, biorąc pod uwagę powyżej przedstawione argumenty, a w szczególności mając na względzie, że:
1. nie można określić selektywności danego środka krajowego tylko wyłącznie dlatego, że jedynie podatnicy spełniający warunki zastosowania danego środka mogą z niego skorzystać - co zostało potwierdzone w szeregu wyroków TSUE,
2. nie można wykluczyć zakwalifikowania zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l jako środek ogólny z tylko tego względu, że nie wszystkie przedsiębiorstwa korzystają faktycznie z tego zwolnienia, albo dlatego, że nie prowadzą działalności w oparciu o infrastrukturę kolejową,
3. przedmiotowe zwolnienie nie stanowi odstępstwa od systemu, określonego jako system zwolnień w PoN, jak również zastosowanie miałaby tutaj zasada neutralności podatkowej w odniesieniu do zwolnień z PoN w zakresie infrastruktury,
4. Organ błędnie zidentyfikował zaistnienie przesłanki selektywności przedmiotowego zwolnienia,
Spółka stoi na stanowisku, iż w przypadku zwolnienia z PoN na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie zachodzą konieczne przesłanki determinujące wystąpienie pomocy publicznej w rozumieniu art. 107 TFUE, z uwagi na brak charakteru selektywnego. To, z kolei, wyklucza możliwość uznania – tak jak stara się to wykazać Organ - że przyznanie ww. zwolnienia wiązałoby się z udzieleniem pomocy publicznej.
W konsekwencji, w ocenie skarżącej, Organ naruszył art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 4 pkt 1 u.t.k. i załącznikiem nr 1 do u.t.k. oraz w zw. z art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 1, 2 i 3 TFUE poprzez nieprawidłowe uznanie, że pomimo spełnienia przez Spółkę wszystkich przesłanek wymienionych w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., w odniesieniu do posiadanych przez Spółkę gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów u.t.k., udostępnianych licencjonowanemu przewoźnikowi kolejowemu. Spółka nie jest uprawniona do zastosowania wskazanego zwolnienia bowiem - w ocenie Organu - stanowiłoby to niedozwoloną pomoc publiczną, podczas gdy zastosowanie zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. nie stanowi pomocy publicznej.
W zakresie niedopuszczalnego rozszerzenia przesłanek zastosowania zwolnienia podatkowego (naruszenie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej oraz w zw. z art 2, art. 7 i art 217 Konstytucji RP), w ocenie Spółki, w decyzji dokonano jednak bezpodstawnego rozszerzenia przesłanek zastosowania przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. poprzez uznanie, iż możliwość zastosowania zwolnienia ograniczona jest przez przepisy unijne regulujące reguły przyznawania przez państwa członkowskie pomocy publicznej. W konsekwencji takiego podejścia Organ odmówił zastosowania ww. przepisu z uwagi na warunki, które nie zostały w nim wprost wymienione przez ustawodawcę.
Z treści art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. wynika, że do zastosowania zwolnienia od PoN dla gruntów, niezbędne jest spełnienie łącznie jedynie dwóch warunków:
- uznanie gruntów za wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz
- udostępnienie tej infrastruktury przewoźnikom kolejowym, lub wykorzystywanie jej do przewozu osób, lub tworzenie linii kolejowej o szerokości torów większej niż 1435 mm.
Na podstawie pkt 12 załącznika nr 1 do u.t.k. grunty, oznaczone jako działki ewidencyjne, na których znajdują się elementy wymienione w pkt 1-11 załącznika nr 1 do u.t.k. wchodzą w skład infrastruktury kolejowej, w związku z tym pierwszy z warunków należało uznać za spełniony.
W związku z włączeniem do materiału dowodowego w postępowaniu umowy na wykonywanie przez Y. sp. z o.o. usług przewoźnika kolejowego (umowa nr [...] zawarta z Y. sp. z o.o.), za spełniony uznać należy również drugi warunek (udostępnienie tej infrastruktury przewoźnikom kolejowym). Okoliczność spełnienia przesłanek przewidzianych w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w sprawie spółki zostały wprost potwierdzone w treści Decyzji: "Zdaniem Kolegium, w świetle literalnej wykładni przepisów prawa krajowego Odwołująca spełnia przesłanki kwalifikujące ją do zwolnienia w podatku od nieruchomości przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.".
Mając na uwadze powyższe, w związku z tym, że spełnione zostały obie z wymaganych przesłanek przewidzianych w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. decyzja nie powinna była stwierdzać zaniżenia podstawy opodatkowania w tym zakresie.
Takie działanie Organu stanowi przejaw nieuprawnionego rozszerzenia przesłanek zwolnienia przewidzianego w ustawie podatkowej, podczas gdy:
- przepisy Konstytucji RP stanowią wprost, że istotne elementy konstrukcyjne podatków oraz ulg mogą być kształtowane wyłącznie w drodze ustawy, a nie skierowanej do podatnika decyzji administracyjnej, z kolei zgodnie z orzecznictwem sądów administracyjnych konieczna jest ścisła językowa wykładnia przepisów prawa podatkowego, w tym w zakresie zwolnień podatkowych (a w konsekwencji - obowiązuje zakaz zawężającej wykładni takich przepisów),
- przepis art. 107 TFUE nie wywołuje skutku bezpośredniego, wobec czego organy podatkowe nie mogą powoływać się na jego zastosowanie wobec podatnika z pominięciem przepisów ustawy - w przypadku uzależnienia przyznania określonej preferencji podatkowej od limitów pomocy publicznej polski ustawodawca wprost wskazuje w przepisie na taką konieczność,
- stanowisko Organu godzi w zasadę pewności prawa i zaufania do organów administracji publicznej - zaakceptowanie dokonanej przez Organ wykładni przepisów prowadziłoby bowiem do uznania, iż podatnicy nie są w stanie samodzielnie dokonywać rozliczeń na podstawie obowiązujących przepisów prawa podatkowego (o możliwości zastosowania przepisów prawa podatkowego ostatecznie decydowałby bowiem każdorazowo organ podatkowy w decyzji, a kierunek rozstrzygnięcia byłby nie do przewidzenia dla podatnika).
W zakresie niedopuszczalnej modyfikacji zakresu zwolnienia, Organ odrzucił w decyzji jednoznaczną wykładnię językową przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. i rozszerzył ją o przesłanki nieprzewidziane w ustawie, tj. odwołanie do przepisów o pomocy publicznej. W ocenie Spółki, tego rodzaju działanie Organu jest nieuprawnione -jeżeli bowiem wykładnia językowa przepisu prawa podatkowego nie budzi uzasadnionych wątpliwości i prowadzi do jednoznacznych wyników, nie jest zasadne sięganie po inne metody wykładni.
Niedopuszczalne jest doszukiwanie się intencji ustawodawcy i stwarzanie na tej podstawie norm wykraczających poza literalne i klarowne brzmienie przepisu. Przepisy ustanawiające wyjątki od zasady powszechności opodatkowania stanowią odstępstwo od zasady sprawiedliwości podatkowej, przejawiającej się w powszechności oraz równości opodatkowania. Z tego względu także stosowanie przywilejów podatkowych nie może być dokonywane w drodze wykładni rozszerzającej (por. ww. uchwala siedmiu sędziów NSA z dnia 20 listopada 2006 r., sygn. II FPS 2/06). Powyższa konkluzja jest adekwatna również w przypadku wykładni dokonywanej przez organ podatkowy a jej istotą jest konieczność ścisłej interpretacji przepisów podatkowych, co samo w sobie wyklucza rozszerzanie zakresu przesłanek zwolnienia podatkowego.
W zakresie nieuprawnionego odwoływania się do przepisów o pomocy publicznej zawężającego zakres zwolnienia, skarżąca podniosła, że w decyzji, odnosząc się do zarzutów Spółki przedstawionych w odwołaniu od decyzji Prezydenta, zgodnie z którymi Prezydent w sposób nieuprawniony dokonał zmiany zakresu zastosowania zwolnienia z PoN gruntów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, Organ stwierdził, że: "ponadto, z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej wynika, że nie tylko sąd krajowy, działający pod kontrolą sądów Unii, ale także organy danego państwa członkowskiego, czuwają - do czasu wydania przez Komisję końcowej decyzji - nad ochroną praw jednostek przed ewentualnym naruszeniem zakazu wyrażonego w art. 108 ust. 3. Każdy przepis prawa Unii spełniający przesłanki wymagane, by wywoływać skutek bezpośredni, wiąże wszystkie władze państw członkowskich, to znaczy nie tylko sądy krajowe, lecz również wszystkie organy administracji, w tym władze zdecentralizowane, i władze te są zobowiązane do jego stosowania (zob. wyrok TSUE C-349/17, pkt go-92 i 95)".
Stanowisko Organu w ocenie skarżącej jest jednak błędne, a teza o konieczności każdorazowego (niejako - uzupełniającego) odwołania się do wymogów prawa wspólnotowego, nie znajduje oparcia w przepisach - przepisy prawa wspólnotowego, do których odwołuje się Organ (art. 107 TFUE), nie są bowiem skierowane bezpośrednio do podatników i nie mogą wywoływać wobec nich bezpośredniego skutku - rolą państwa członkowskiego jest zapewnienie ich realizacji w drodze odpowiednich przepisów.
Przepis art. 107 TFUE dotyczy wymogów, które powinien uwzględniać podmiot udzielający pomocy publicznej - jest on adresowany do państw członkowskich i nie tworzy praw ani obowiązków indywidualnych. Możliwe jest przy tym bezpośrednie zastosowanie art. 108 ust. 3 TFUE22 - celem tego przepisu jest jednak ochrona jednostki, która powołuje się na naruszenie prawa unijnego przez udzielenie innemu podmiotowi niedozwolonej pomocy publicznej. Przepis art. 108 ust. 3 TFUE nie służy natomiast generalnemu ograniczaniu uprawnień indywidualnych wynikających z powszechnie obowiązujących przepisów prawa (por. wyrok WSA w Gdańsku z 9 sierpnia 2022 r., sygn. I SA/Gd 470/22).
Analiza, czy udzielona pomoc publiczna jest dopuszczalna, powinna być więc dokonywana na poziomie podmiotu udzielającego pomocy publicznej (który może następnie zwrócić się do Komisji Europejskiej, zgodnie z przewidzianą procedurą).
Samorządowy organ podatkowy nie występował jednak w przedmiotowym postępowaniu jako organ udzielający pomocy publicznej - a tym samym nie był uprawniony do decydowania o legalności jej przyznania. Niezależnie nawet od faktu, że w sprawie nie mamy do czynienia z pomocą publiczną wobec niespełnienia jej przesłanek (brak selektywności), to nie organ podatkowy (tu: Prezydent) “udzielał pomocy" w jakimkolwiek zakresie - preferencji podatkowej określonej w powszechnie obowiązującym przepisie “udzielił" już bowiem ustawodawca wprowadzając zwolnienie określone w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Nawet gdyby (hipotetycznie) przy zastosowaniu tego zwolnienia mogło dojść do udzielenia pomocy publicznej, to kwestia ta powinna była zostać wzięta pod uwagę przez ustawodawcę przy konstrukcji zwolnienia. Organ ma natomiast obowiązek stosować zwolnienie zgodnie z brzmieniem przepisu ustawy i jeśli stwierdzi (jak w sprawie Spółki), że przesłanki zwolnienia zostały spełnione, powinien to zwolnienie zastosować.
Skarżąca podkreśliła, że ocena omawianego przepisu u.p.o.l. pod kątem regulacji dotyczących pomocy publicznej, została już przeprowadzona przez ustawodawcę polskiego, który uznał, że przepis ten nie wymaga notyfikacji. Organ podatkowy nie ma kompetencji do podważenia tej oceny na etapie postępowania podatkowego dot. weryfikacji rozliczeń Spółki w PoN.
W zakresie naruszenia zasad pewności prawa i zaufania do organów administracji publicznej, Spółka wskazała, iż akceptacja stanowiska Organu prowadziłaby do niedopuszczalnej z perspektywy zasady pewności prawa sytuacji, w której podatnik nie miałby możliwości samodzielnego dokonania prawidłowych rozliczeń podatkowych na podstawie treści przepisów prawa podatkowego.
W zakresie w jakim ustawodawca nie uwzględnił w treści u.p.o.l. (w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) konieczności odwołania się do regulacji unijnych o stosowaniu pomocy publicznej, brak jest podstaw do przerzucania na Spółkę (podatnika) obowiązku weryfikacji, interpretacji oraz zrekonstruowania celu normy prawnej (zwolnienia podatkowego) nadanego w ramach procesu legislacyjnego.
W niniejszej sprawie mamy do czynienia ze zwolnieniem, które posiada charakter przedmiotowy. Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. może być stosowane przez podatników dysponujących infrastrukturą kolejową i wykorzystujących ją w bieżącej działalności gospodarczej, jeżeli spełnione zostały wszystkie przesłanki wymienione w omawianym przepisie. Spółka powinna być zatem w stanie samodzielnie określić swoje uprawnienia i obowiązki podatkowe w oparciu o treść przepisów ustawy. Jakkolwiek bowiem zgodnie z art. 6 ust. 7 u.p.o.l. podatek od nieruchomości na rok podatkowy od osób fizycznych ustala w drodze decyzji organ podatkowy, osoby prawne zgodnie z art. 6 ust. 9 pkt 1 u.p.o.l zobowiązane są do samoobliczenia podatku, złożenia deklaracji i wpłacenia kwoty zobowiązania. Tym samym, od ustawodawcy należy oczekiwać tworzenia regulacji kompleksowych w swej treści i zrozumiałych dla adresatów. Trybunał Konstytucyjny niejednokrotnie wskazywał w swoim orzecznictwie (zob. np. wyrok TK z dnia 15 lutego 2005 r., sygn. K 48/04), że wymóg stanowienia jasnego i przewidywalnego prawa znajduje konstytucyjne umocowanie, a ochrona zaufania obywatela do państwa polega na stanowieniu takich regulacji, które nie będą wprowadzać stanu niepewności dla podatnika. Spółka miała prawo opierać swoje rozliczenia w okresie objętym postępowaniem o brzmienie przepisów ustawy podatkowej, bazując pomocniczo na ugruntowanym orzecznictwie sądowym. Przerzucenie na Spółkę obowiązku weryfikacji dodatkowych, nieostrych kryteriów (związanych z udzieleniem pomocy publicznej), które nie zostały przewidziane przez ustawodawcę w treści regulacji, a które miałyby warunkować możliwość zastosowania zwolnienia z opodatkowania posiadanej infrastruktury kolejowej prowadzi z kolei do faktycznego przeniesienia na Spółkę kompetencji zarezerwowanych jedynie dla polskiego ustawodawcy. Podejście zaprezentowane w decyzji doprowadziło więc do naruszenia podstawowych zasad prowadzenia postępowania podatkowego: zasady legalizmu (art. 120 Ordynacji podatkowej) i zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej). W konsekwencji, z uwagi na niedozwolone rozszerzenie przez Organ przesłanek zastosowania zwolnienia podatkowego i wykroczenie poza jednoznaczną treść art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. doszło jednocześnie do naruszenia zasady praworządności i zasady wyłączności ustawowej oraz zasady prowadzenia postępowania podatkowego w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, na podstawie których organy władzy publicznej powinny działać na podstawie i w granicach prawa oraz dokonywać wykładni przepisów, która nie uwzględnia wyłącznie interesów fiskalnych państwa (gminy). Organ, wydając decyzję, naruszył więc zdaniem skarżącej art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. w zw. z art. 120, art. 121 § 1 Ordynacji podatkowej oraz w zw. z art. 2, art. 7 i art. 217 Konstytucji RP, co czyni skargę Spółki zasadną.
W zakresie wadliwego uzasadnienia decyzji i pominięcia orzecznictwa sądów administracyjnych (uzasadnienie zarzutu naruszenia art 210 § 1 pkt 6 w zw. z art 210 § 4 oraz w zw. z art 124 Ordynacji podatkowej), skarżąca podniosła, że zgodnie z wyrażoną w art. 124 Ordynacji podatkowej zasadą przekonywania, organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu.
W tym zakresie Spółka wskazała, iż uzasadnienie decyzji zostało w jej ocenie sporządzone z naruszeniem powyższych przepisów - w szczególności nie spełnia ono wymogów określonych w art. 210 § 4 Ordynacji podatkowej, a w konsekwencji nie realizuje zasady przekonywania, w zakresie w jakim w żaden sposób nie odnosi się do jednego z zarzutów odwołania oraz do ukształtowanej linii orzeczniczej sądów administracyjnych, na którą powoływała się Spółka. Spółka wskazała, że w odwołaniu od decyzji Prezydenta podniosła zarzut naruszenia art. 74a w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 Ordynacji podatkowej poprzez brak odniesienia się w rozstrzygnięciu do żądania Spółki związanego z zaistniałą nadpłatą wynikającą z zawyżenia podstawy opodatkowania z uwagi na (i) prawo do zastosowania zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., względem większej powierzchni gruntów (zgodnie z pismem Spółki z 4 łipca 2023 r.) niż powierzchnia ujęta w ostatniej korekcie deklaracji na podatek od nieruchomości za 2018 rok oraz (ii) wyniki inwentaryzacji ujawnione w ewidencji gruntów i budynków (zgodnie z pismem Spółki z 5 czerwca 2023 r.). Kolegium w zaskarżonej decyzji nie odniosło się w żaden sposób do tego zarzutu, ani do przedstawionego przez Spółkę uzasadnienia. W szczególności, nie wskazało, dlaczego zarzut ten nie został uznany za zasadny, co w zasadzie uniemożliwia jakąkolwiek polemikę merytoryczną ze stanowiskiem Kolegium. Zupełnie pominięcie w decyzji jednego z zarzutów odwołania i zaprezentowanych przez Skarżącą argumentów wykazujących jego prawidłowość, nie realizuje wymogów postawionych decyzjom podatkowym przez art. 210 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej oraz stoi w sprzeczności z zawartą w art. 124 Ordynacji podatkowej zasadą przekonywania.
W zaskarżonej decyzji Kolegium nie odniosło się również do faktu, że rozstrzygnięcie Prezydenta nie zawierało żadnej kalkulacji, z której wynikałaby poszczególne pozycje składające się na łączną kwotę zobowiązania podatkowego Spółki w PoN. Finalne określenie zobowiązania podatkowego nie zostało więc poprzedzone przedstawieniem w decyzji zbiorczego zestawienia (i) kwot z deklaracji podatkowej złożonej przez Skarżącą i żądanych przez nią nadpłat z (ii) kwotami, które Prezydent uznał za prawidłowe. Takie niepełne sformułowanie uzasadnienia decyzji znacząco utrudnia przesiedzenie toku rozumowania organu podatkowego i przeanalizowanie danych stanowiących podstawę do dalszych obliczeń. Spółka nie może mieć też pewności co do aktualnego zakresu sporu (tj. co do zagadnień, które zostały uwzględnione przez Prezydenta) – skarżąca podniosła, że polega w tym przypadku na opisowej części uzasadnienia, opierając swoje wnioski na tym, czy Prezydent przedstawił kontrargumenty względem stanowiska Spółki czy też stanowisko Spółki zaakceptował; Zawarcie w decyzji szczegółowej kalkulacji, byłoby jednak zdecydowanie bardziej precyzyjnym punktem odniesienia. Brak odpowiednich wyliczeń powinien był zdaniem Skarżącej zostać dostrzeżony przez Kolegium jako jeden z aspektów wadliwości rozstrzygnięcia Prezydenta.
Organ jednocześnie pominął w uzasadnieniu decyzji ukształtowaną linię orzeczniczą sądów administracyjnych, w ramach której sądy nie rozszerzały ustawowych przesłanek zastosowania art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l. i nie wskazywały na konieczność odwoływania się do przepisów o pomocy publicznej.
Skarżąca wskazała, że Wojewódzkie Sądy Administracyjne, badając legalność wydanych decyzji administracyjnych, nie są związane zarzutami wniesionej skargi, podniesionymi wnioskami oraz powołaną podstawą prawną (art. 134 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi). Nawet jeśli strony postępowania nie wskazywałyby więc na kwestie związane z pomocą publiczną przy stosowaniu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., sądy odwołałyby się do niej, jeśli byłoby to konieczne dla prawidłowego rozstrzygnięcia sprawy.
Niedopuszczalne, w ocenie Spółki, jest całkowite pominięcie przez Organ orzecznictwa sądowego potwierdzającego stanowisko Spółki, a jednoczesne oparcie rozstrzygnięcia o jednostkowe nieprawomocne wyroki negatywne. Co istotne, Prezydent nie wskazał, dlaczego pozytywne dla Spółki orzecznictwo nie znalazło zastosowania w jego sprawie - co może budzić wątpliwości jeśli chodzi o wszechstronność analizy przeprowadzonej przez Organ. Takie podejście Organu świadczy bowiem w ocenie Spółki o selektywnej ocenie argumentacji przedstawianej w sprawie - tak, aby potwierdzała ona jedynie tezę z góry założoną przez Organ.
Sytuacja tak daleko idącej rozbieżności pomiędzy wyrokami wydawanymi przez sądy administracyjne, a decyzjami wydawanymi przez organy podatkowe - prowadzi de facto wprost do naruszenia zasady prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do władzy publicznej.
Jednocześnie skarżąca stwierdziła, że brak uwzględnienia przez Organ w decyzji omówionego powyżej orzecznictwa sądów administracyjnych doprowadził do naruszenia zasady przekonywania strony w postępowaniu podatkowym oraz świadczy o wadliwości uzasadnienia wydanego rozstrzygnięcia.
Stąd też, zarzut naruszenia art. 210 § 1 pkt 6 w zw. z art. 210 § 4 oraz w zw. z art. 124 Ordynacji podatkowej jest w ocenie skarżącej w pełni zasadny i dodatkowo przemawia za uchyleniem decyzji.
Podsumowując powyższe Spółka wskazała, że z uwagi na bezpodstawną odmowę zastosowania przez nią zwolnienia z PoN przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l, Organ wydał wadliwą decyzję, określając wysokość zobowiązania podatkowego Spółki w kwocie wyższej, niż miałoby to miejsce w przypadku prawidłowego zastosowania przepisów u.p.o.l., z uwzględnieniem aktualnej linii orzeczniczej w tym zakresie.
Odpowiadając na skargę, Kolegium wniosło o jej oddalenie, stwierdzając, iż jest ona bezzasadna.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie zważył, co następuje:
Stosownie do art. 1 § 1 i 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. - Prawo o ustroju sądów administracyjnych (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 1267) w zw. z art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935, dalej p.p.s.a.), sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej, przy czym kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem, co oznacza, że sąd zobowiązany jest zbadać, czy organy administracji w toku postępowania nie naruszyły przepisów prawa materialnego w sposób, który miał wpływ na wynik sprawy, bądź przepisów postępowania w stopniu, który mógł mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a także stosują środki określone w ustawie. Sąd administracyjny, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a p.p.s.a.
Skarga okazała się zasadna.
W kontrolowanej przez Sąd sprawie organy podatkowe uznały, że Skarżąca nie podlega zwolnieniu na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. albowiem zwolnienie to stanowi pomoc publiczną (pomoc państwa), które nie może obowiązywać bez notyfikowania i zatwierdzenia przez Komisję Europejską. Nie budziło natomiast wątpliwości organów to, że zostały spełnione przesłanki zwolnienia wynikające z przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. W tym zakresie Organ odwoławczy wskazał, że w świetle literalnej wykładni przepisów prawa krajowego odwołująca spełnia przesłanki kwalifikujące ją do zwolnienia w podatku od nieruchomości przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.
W analogicznej do niniejszej sprawie zapadł wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gdańsku z dnia 23 lipca 2025 r., sygn. I SA/Gd 75/23, którego uzasadnienie Sąd w niniejszej sprawie w całości podziela, dlatego posłuży się argumentami tam podniesionymi.
W ocenie Sądu dla rozstrzygnięcia zawisłego sporu kluczowy jest wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23, wydany w konsekwencji odpowiedzi na pytanie prejudycjalne zadane przez Naczelny Sąd Administracyjny postanowieniem z 19 kwietnia 2023 r., sygn. akt III FSK 3/22.
Wprawdzie treścią wyroku TSUE jest bezwzględnie związany sąd kierujący w tej sprawie pytanie prejudycjalne, jednakże biorąc pod uwagę autorytet tego sądu oraz jego usytuowanie w systemie prawnym, przejawiające się tym, że TSUE ma swoisty monopol w zakresie wykładni prawa unijnego, sądy powinny respektować wykładnię TSUE.
Interpretacja pojęcia "pomoc państwa" (pomoc publiczna) może powodować wątpliwości interpretacyjne z powodu braku w prawie Unii Europejskiej jego definicji. Pojęcie pomocy państwa, w tym także na gruncie spraw podatkowych, było wprawdzie przedmiotem orzeczeń prejudycjalnych TSUE, ale określona przez Trybunał definicja pomocy państwa – oparta na interpretacji art. 107 ust. 1 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej – jest szeroka i obejmuje szerokie spektrum środków wsparcia przedsiębiorstw przez państwo. W orzecznictwie TSUE wyróżnia się cztery kryteria pozwalające na uznanie danej pomocy (środka pomocowego) za niezgodną ze wspólnym rynkiem. Pomoc musi spełniać kumulatywnie następujące przesłanki (kryteria): 1) odbywać się w ramach interwencji państwa lub przy użyciu zasobów państwowych; 2) stanowić korzyść ekonomiczną dla przedsiębiorcy; 3) mieć charakter selektywny; 4) wpływać na wymianę między państwami członkowskimi oraz zakłócać lub grozić zakłóceniem konkurencji.
Sporny przepis art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w brzmieniu właściwym dla sprawy stanowi, że zwalnia się od podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym.
Dla porządku wypada przypomnieć, że ww. przepis w brzmieniu obowiązującym do końca 2016 r., odnosił się do budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz zajętych pod nie gruntów, jeżeli "zarządca infrastruktury jest obowiązany do jej udostępniania licencjonowanym przewoźnikom kolejowym". Zwolnienie odnosiło się wówczas do infrastruktury ogólnodostępnej, z której każdy mógł na równych zasadach korzystać (po nowelizacji ustawy o podatkach i opłatach lokalnych od 1 stycznia 2022 r. stan ten przywrócono, wskazując wprost, że zwolnienie obejmuje tylko infrastrukturę, która jest udostępniania zgodnie z ustawą o transporcie kolejowym dla wszystkich na równych zasadach).
Od 1 stycznia 2017 r. nastąpiło rozszerzenie zakresu zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. W szczególności zwolniono z podatku od nieruchomości pomijane we wcześniejszym brzmieniu przepisów bocznice kolejowe, również te stanowiące tzw. infrastrukturę prywatną, a więc znajdujące się w kopalniach, zakładach produkcyjnych czy elektrowniach, które stanowią koło zamachowe całego kolejowego ruchu towarowego. Dodatkowo zwolnieniem objęto również budynki wchodzące w skład infrastruktury kolejowej oraz rozszerzono zakres zwolnienia dla gruntów (objęto nim działki ewidencyjne wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, a nie wyłącznie fragmenty gruntów zajęte przez tory, jak miało to miejsce w poprzednim brzmieniu przepisów).
Trzeba przy tym podkreślić, że od 1 stycznia 2017 r. dla zastosowania zwolnienia podatkowego infrastruktury kolejowej nie wystarczy sam fakt posiadania bocznicy na swoich gruntach - niezbędne jest jej faktyczne udostępnianie przewoźnikowi kolejowemu (co zostało potwierdzone w jednolitej linii orzeczniczej sądów administracyjnych). Należy przy tym zauważyć, że nowelizację uzasadniono koniecznością dostosowania krajowych norm prawnych w zakresie transportu kolejowego do zmiany prawa UE, wprowadzonej dyrektywą Parlamentu Europejskiego i Rady 2012/34/UE z dnia 21 listopada 2012 r. w sprawie utworzenia jednolitego europejskiego obszaru kolejowego (Dz. Urz. UE L 343 z 14.12.2012, str. 32). Jednak z definicji infrastruktury kolejowej zawartej w dyrektywie 2012/34/EU wynika, że prywatne linie kolejowe i bocznice, odgałęzienia od torów stacjonarnych i szlakowych, nie są częścią infrastruktury kolejowej. Tym samym prawodawca przewidział mechanizm motywujący przedsiębiorców do remontowania nieczynnych bocznic i rzeczywistego korzystania z transportu kolejowego.
Zwolnienie z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. odnosi się więc od 1 stycznia 2017 r. do nieograniczonego kręgu odbiorców, w konsekwencji nie jest ono skierowane do konkretnie zindywidualizowanych przedsiębiorców, sektora, czy regionu, a także do konkretnej działalności - w wyniku czego następowałoby sprzyjanie produkcji niektórych towarów. Jednakże wątpliwości budziło głównie użyte w tym przepisie kryterium posiadania określonego rodzaju infrastruktury, które w praktyce powoduje, że przedsiębiorcy prowadzący działalność gospodarczą w takich samych sektorach (np. kopalnie, elektrociepłownie, browary) mogą być w różnej sytuacji w aspekcie ich obciążeń podatkowych.
Na tym tle pojawiły się wątpliwości, sygnalizowane w postanowieniu NSA z 19 kwietnia 2023 r., III FSK 3/22. Sąd ten zwrócił uwagę m.in. na potencjalny problem ukrytej selektywności faktycznej, przy której dany instrument odnosi skutek w postaci uprzywilejowania niektórych przedsiębiorstw lub sektorów niezależnie od tego, że nie jest on skierowany tylko do tych przedsiębiorstw (sektorów), co przełożyło się na zakres i treść pierwszego pytania prejudycjalnego do TSUE, dotyczącego zagrożenia zakłócenia konkurencji na rynku wewnętrznym. Od odpowiedzi na to pytanie NSA warunkował odpowiedź na drugie z pytań, tj. co do obowiązku zapłaty przez przedsiębiorców zaległego podatku wraz z odsetkami, w przypadku gdy przedsiębiorca skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury określonej w art. 108 ust. 3 TFUE.
W wyroku z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie C-453/23 TSUE stwierdził (w zakresie pytania pierwszego), że "Art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści". Jednocześnie pytanie drugie Trybunał uznał za niedopuszczalne, bowiem rolą TSUE nie jest formułowanie opinii doradczych w przedmiocie zagadnień ogólnych lub hipotetycznych.
W powołanym orzeczeniu TSUE wskazał, że w celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać "niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów" w porównaniu z innymi, znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne (pkt 43). W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za "selektywny" należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli "normalny" system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie "pomocy państwa" nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44).
Jak wskazał TSUE, system prawny podatku od nieruchomości wynikający z ustawy o podatkach i opłatach lokalnych stanowi "normalny" system podatkowy, a w konsekwencji - ramy odniesienia mające zastosowanie w niniejszej sprawie (pkt 62). Na ów system składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63). Dalej zaś, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ww. ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii (pkt 66).
W oparciu m.in. o powyżej przytoczone rozważania, TSUE stanął na stanowisku, że przesłanka posiadania gruntu, budynku lub budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, nie wydaje się związana pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii w rozumieniu pkt 54 i 64 wyroku (pkt 65 i 66). Wydaje się, że zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności. Wydaje się zatem, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności (pkt 67).
TSUE stanął zatem na stanowisku, że, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd odsyłający, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74).
Skład orzekający w niniejszej sprawie, po uprzedniej analizie omówionego wyżej orzeczenia, doszedł do przekonania, że zgodnie ze stanowiskiem TSUE sporne zwolnienie ma charakter ogólny oraz abstrakcyjny i nie powinno być uznane za niedozwoloną, selektywną pomoc publiczną, a przepisy dotyczące tegoż zwolnienia nie naruszają art. 107 ust. 1 TFUE. W zwolnieniu regulowanym w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. próżno doszukiwać się przesłanek opierających się na dyskryminujących parametrach lub uzależniających przyznanie zwolnienia od szczególnych cech przedsiębiorców będących jej beneficjentami. Podkreślenia przy tym wymaga, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe UE jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub "normalny" system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności.
Biorąc pod uwagę powyższe rozważania TSUE, Sąd stanął na stanowisku, że brak było podstaw do pozbawienia Skarżącej możliwości skorzystania ze zwolnienia przewidzianego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., co w konsekwencji prowadziło do zakwestionowania deklaracji złożonej przez Stronę skarżącą. Organy podatkowe błędnie bowiem stwierdziły, że sporne zwolnienie ma charakter pomocy publicznej, a to poprzez przyznawanie selektywnej korzyści oraz zakłócenie konkurencji, co w dalszej mierze przełożyło się na stwierdzenie niedopełnienia obowiązku notyfikacyjnego tej pomocy.
Uzupełniając jedynie argumentację TSUE, Sąd zauważa, że omawiane zwolnienie skierowane jest do nieokreślonego kręgu adresatów, a możliwość skorzystania z niego przewidziana jest bez ograniczeń dla każdego, co jednocześnie wyklucza stwierdzenie, by było skierowane do zindywidualizowanego kręgu przedsiębiorców, sektora, regionu czy prowadzących konkretną działalność. Zasadniczo może ono dotyczyć niezliczonych stanów faktycznych, zaś dostęp do zwolnienia ma każdy przedsiębiorca, który korzysta z transportu kolejowego przy użyciu posiadanej bocznicy kolejowej. Bez znaczenia pozostaje również to, jakimi środkami finansowymi dysponują potencjalni beneficjenci. Więcej, zwolnienie to skierowane jest nie tylko do przedsiębiorców, ale do każdego podatnika, niezależnie od tego, czy prowadzi działalność gospodarczą. Zwolnienie to opiera się zatem na neutralnym kryterium, dalekim od wykorzystywania parametrów dyskryminujących. Jednocześnie omawiana instytucja, poza celem/funkcją fiskalną, wypełnia również cel o charakterze środowiskowym, polegający na motywowaniu przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy.
Nie sposób wobec tego stwierdzić, że sporne zwolnienie przyznaje selektywną korzyść przedsiębiorcom będącym jego beneficjentami. Skoro dla uznania danego środka za "pomoc państwa" konieczne jest spełnienie kumulatywnie czterech wyżej wspominanych przesłanek, to stwierdzenie, że nie spełniono przesłanki przyznania selektywnej korzyści, zasadniczo niweczy cel badania również przesłanki zakłócenia lub zagrożenia zakłócenia konkurencji.
W konsekwencji powyższego, tj. uznania, że ww. zwolnienie nie spełnia warunków "pomocy państwa", wykluczona zostaje również konieczność badania obowiązku notyfikacji zwolnienia ("nowej pomocy") do Komisji Europejskiej art 108 TFUE.
Jak już wskazano Organy podatkowe nie kwestionowały spełnienia w sprawie Skarżącej przesłanek zwolnienia wynikających z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. W sytuacji, gdy stanowisko organów w zakresie pomocy publicznej należy uznać za wadliwe, konsekwencją tego jest uznanie, że Strona skarżąca podlega zwolnieniu od podatku na podstawie wskazanego przepisu ustawy podatkowej. Stwierdzona wadliwość dotyczyła zarówno decyzji Organu pierwszej instancji jak i Organu odwoławczego, co uzasadniało uchylenie także decyzji Organu I instancji na podstawie art. 135 p.p.s.a.
Skarżąca zarzuciła w skardze, że w trakcie postępowania podatkowego prowadzonego przez Organ pierwszej instancji zidentyfikowała, że w ostatniej korekcie deklaracji zawyżyła podstawę opodatkowania gruntów z uwagi na zastosowanie zwolnienia wynikającego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. jedynie w odniesieniu do części gruntów wchodzących w skład infrastruktury kolejowej (o powierzchni [...] m2), podczas gdy zwolnieniu podlegać powinny całe działki ewidencyjne, o powierzchni [...] m2. W tym zakresie Strona skarżąca powołała się na fakt złożenia 4 lipca 2023 r. dodatkowego pisma, w którym zawarła żądanie uwzględnienia w decyzji Organu skorygowanej powierzchni zwolnionych gruntów i wynikającej z niej nadpłaty w podatku od nieruchomości za 2018 r. Następnie zarzucono w skardze, że także na etapie postępowania przed Organem pierwszej instancji Skarżąca zidentyfikowała powstanie nadpłaty zaistniałej wobec zawyżenia podstawy opodatkowania w związku z nieuwzględnieniem w rozliczeniach Spółki wyników inwentaryzacji przeprowadzonej w 2018 r., które Spółka przedłożyła do akt postępowania oraz które zostały ujawnione w danych zawartych w ewidencji gruntów i budynków. Z tego względu w toku postępowania podatkowego pismem z dnia 5 czerwca 2023 r. Skarżąca zgłosiła, że dane wykazywane w deklaracjach nie obejmują ustaleń stanu faktycznego poczynionego w toku inwentaryzacji, co powinno było zostać uwzględnione w decyzji Organu pierwszej instancji. Skarżąca wskazała, że z treści uzasadnienia decyzji Prezydenta można wnioskować, że wyniki inwentaryzacji zostały uwzględnione przy określaniu podstawy opodatkowania (powstanie i wysokość nadpłaty zdają się być w sprawie bezsporne), jednak w decyzji tej nie znalazło się odrębne rozstrzygnięcie w tym zakresie.
Zgodnie z art. 74a o.p. w przypadkach niewymienionych w art. 73 § 2 i art. 74 wysokość nadpłaty określa organ podatkowy. W myśl art. 79 § 1 o.p. postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. W razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Z kolei z art. 79 § 2 o.p. wynika, że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku.
Jeżeli z przepisów prawa podatkowego wynika obowiązek złożenia zeznania (deklaracji), to podatnik, płatnik lub inkasent równocześnie z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty jest obowiązany złożyć skorygowane zeznanie (deklarację) (art. 75 § 3 o.p.).
Następnie uprawnienie do skorygowania deklaracji: 1) ulega zawieszeniu na czas trwania postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej - w zakresie objętym tym postępowaniem lub kontrolą; 2) przysługuje nadal po zakończeniu: a) kontroli podatkowej, b) postępowania podatkowego - w zakresie nieobjętym decyzją określającą wysokość zobowiązania podatkowego (art. 81b § 1 o.p.). Korekta złożona w przypadku, o którym mowa w § 1 pkt 1 art. 81b § 1 o.p., nie wywołuje skutków prawnych a Organ podatkowy zawiadamia na piśmie składającego korektę o jej bezskuteczności, co wynika z treści § 2 art. 81b o.p.
W orzecznictwie sądów administracyjnych wskazuje się, że "organ podatkowy, na podstawie art. 74a O.p., jest zobowiązany do określenia z urzędu nadpłaty w każdym przypadku jej stwierdzenia, z wyjątkami tam wskazanymi (...). Jeżeli zatem w postępowaniu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego organ podatkowy stwierdza, że podatnik zapłacił za wysoki podatek, powinien nie tylko określić niższą kwotę podatku, ale również kwotę nadpłaty, która w związku z tym powstała. Może to nastąpić w jednej decyzji, gdzie w podstawie prawnej wskazany zostanie art. 74a O.p. (Brolik Jacek i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. V. Opublikowano: LEX 2013). Jeżeli w toku postępowania podatkowego wszczętego z urzędu podatnik sygnalizuje istnienie nadpłaty organ musi tę okoliczność wziąć pod uwagę rozstrzygając sprawę." (wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 6 marca 2020 r., sygn. III SA/Wa 1777/19).
Wobec wszczęcia przez Organ podatkowy pierwszej instancji postępowania podatkowego z urzędu, Skarżąca utraciła w dacie wszczęcia tego postępowania możliwość wnioskowania o wszczęcie odrębnego postępowania podatkowego dotyczącego stwierdzenia nadpłaty. Brak było również możliwości skutecznego złożenia korekty deklaracji, co stanowi czynność niezbędną dla skuteczności wnioskowania o stwierdzenie nadpłaty. Organy podatkowe w wydanych decyzjach nie rozstrzygnęły kwestii nadpłat, na które powołuje się Skarżąca w skardze, jak również brak jest wypowiedzi w tym względzie w uzasadnieniach decyzji, co nie spełnia wymogu należytego uzasadnienia faktycznego i prawnego decyzji (art. 210 § 1 pkt 6 o.p.). Rację należy przyznać Stronie skarżącej, że w przypadku przedawnienia zobowiązania podatkowego brak jest możliwości skutecznego złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty. W ponownie prowadzonym postępowaniu organ podatkowy winien ustalić, czy i w jakim zakresie zostały złożone przed upływem terminu przedawnienia, w toku postępowania przed Organem pierwszej instancji, wnioski o stwierdzenie nadpłaty i po przeprowadzeniu postępowania w tym zakresie rozstrzygnąć kwestię istnienia bądź nie nadpłaty w podatku od nieruchomości. Należy zaakceptować stanowisko, że w razie ujawnienia się przesłanki do umorzenia postępowania wymiarowego jako bezprzedmiotowego, postępowanie to należy ograniczyć do rozstrzygnięcia w przedmiocie żądania nadpłaty, skoro żądanie nadpłaty zostało złożone przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania. Wymiarowe postępowanie podatkowe pozostaje wówczas tylko postępowaniem nadpłatowym oraz, że w każdym przypadku, gdy podatnik zgłasza istnienie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia to organ musi merytorycznie rozpatrzyć to żądanie (wyrok WSA w Warszawie z 6 marca 2020 r., sygn. III SA/Wa 1777/19).
W aktach administracyjnych sprawy znajduje się pismo Skarżącej z 4 lipca 2023 r., w którym powołano się na okoliczność, że przedmiotem zwolnienia powinny zostać objęte całe działki ewidencyjne. W tym zakresie Strona skarżąca podała, jaka powierzchnia gruntu powinna zostać skorygowana w rozliczeniu podatkowym. Brak jest natomiast w aktach sprawy podatkowej pisma Skarżącej z dnia 5 czerwca 2023 r. Wskazać także należy, że Sąd nie wypowiada się w kwestii, czy Skarżąca nadpłaciła podatek, gdyż rozstrzygnięcie tego zagadnienia należy do organu podatkowego.
Biorąc powyższe pod uwagę Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. oraz art. 135 p.p.s.a., orzekł jak w sentencji.
O kosztach postępowania Sąd rozstrzygnął na podstawie art. 200 oraz art. 205 § 2 i 4 p.p.s.a., zasądzając od Organu odwoławczego na rzecz Strony skarżącej koszty postępowania w kwocie 105 939 zł, na które składają się uiszczony wpis sądowy w wysokości 80 922 zł, opłata od pełnomocnictwa w kwocie 17 zł oraz koszty wynagrodzenia pełnomocnika będącego doradcą podatkowym w kwocie 25 000 zł.