W uzasadnieniach wskazano, że organ I instancji nie objął opodatkowaniem gruntów, które spółka wykazała do opodatkowania, a także pominięto budowle o wartość początkowej 399 426,00 zł - wykazane w złożonej deklaracji przez P. P.2 S.A. Jeżeli zdaniem organu działki oznaczone jako użytki RII, Rllla i b, Lslll, Pslll, LIII, Ws nie powinny być objęte opodatkowaniem podatkiem od nieruchomości z uwagi na ich sklasyfikowane w ewidencji gruntów i budynków, jako użytki rolne, to powinno to zostać również wyrażone przez organ w odrębnej decyzji określającej wysokości podatku rolnego.
Zarzucono również, że Wójt Gminy T. uznał, że przedmiotem opodatkowania najwyższą stawką podatku od nieruchomości, winny być grunty związane z linią [...] nr [...] z całkowitym pominięciem faktu, że na spornych gruntach znajdowały się budowle infrastruktury kolejowej, tworzące z gruntem budowlę. W toku postępowania podatkowego spółka przesłała do organu zestawienie środków trwałych posadowionych na gruntach linii [...] nr [...], z którego wynika, że w skład budowli linii kolejowej wchodziły oprócz gruntów: tory zasadnicze, perony, wiaty peronowe, oświetlenie zewnętrzne przystanku [...] i przystanku [...], sieć trakcyjna szlaków kolejowych, przepusty i mosty. Tym samym Wójt Gminy T. dokonuje ustaleń sprzecznych ze zgromadzonym materiałem dowodowym, co narusza podstawowe zasady prowadzenia postępowania podatkowego — art. 120, art. 121, art. 180, art. 181 Ordynacji podatkowej.
Wskazano, że wszystkie sporne działki położone są na terenie zamkniętym - TK, którego pojęcie zawiera art. 2 ust. 9 ustawy z dnia 17 maja 1989 r. Prawo geodezyjne i kartograficzne. Tereny zamknięte są ustalane w drodze decyzji przez właściwych ministrów i kierowników urzędów centralnych, w których określa się ich granice. Nie jest zatem możliwe wykorzystanie tego majątku inaczej niż na przewozy kolejowe, gdyż stanowi on tereny o szczególnym statusie prawnym.
Podano, że P. S.A. jest spółką [...], holdingiem, utworzonym w celu powołania do życia szeregu spółek prawa handlowego, których zadaniem jest prowadzenie przewozów pasażerskich i towarowych (art. 14 ustawy o komercjalizacji P.) oraz zarządzanie liniami kolejowymi i pozostałą infrastrukturą kolejową (art. 15 ustawy o komercjalizacji P.). Sama P. S.A. nie prowadzi działalności w zakresie transportu kolejowego, a skupia się jedynie na zarządzaniu majątkiem nie wniesionym do innych spółek. Zgodnie z postanowieniami ustawy o komercjalizacji, infrastruktura stanowiąca linie kolejowe, powinna być w pierwszej kolejności przekazana do zarządzania spółce P.2 S.A., poprzez wniesienie aportem nieruchomości, które mają uregulowany stan prawny (art. 17 ust. 5 ustawy o komercjalizacji P.). W przypadku natomiast nieruchomości, które nie mają uregulowanego stanu prawnego, tzn. tych, co do których P. S.A. nie jest właścicielem lub użytkownikiem wieczystym lub co do których zostały, co prawda, wydane decyzje uwłaszczeniowe, jednak w stosunku do nich toczą się postępowania administracyjne lub cywilne zmierzające do podważenia tytułu prawnego P. S.A. do tych nieruchomości — są one jedynie oddawane do użytkowania P.2 S.A. W celu wykonania założeń ustawowych, spółki P. S.A. i P.2 S.A. zawarły w dniu 27 września 2001 r. umowę [...] wykonując art. 17 ust. 1 ustawy o komercjalizacji P. Umowa ta przewiduje, iż P. odda na rzecz P.2 "do odpłatnego korzystania składniki majątkowe składające się na linie kolejowe w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 27 czerwca 1997 r. o transporcie kolejowym oraz inne nieruchomości niezbędne do zarządzania liniami kolejowymi". W zamian P.2 zobowiązały się do zapłaty ustalonego czynszu, przy czym płatność czynszu zgodnie z art. 17 ust. 9 ustawy (w brzmieniu przed 25 maja 2003 r.) oraz postanowieniami umowy [...] stanowi niewymagalną wierzytelność P. do chwili objęcia przez P. w zamian za te wierzytelności akcji w podwyższonym kapitale akcyjnym P.2. W dniu 25 maja 2003 r. weszła w życie ustawa z dnia 28 marca 2003 r. o zmianie ustawy o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego "P." oraz o zmianie ustawy o gospodarce nieruchomościami, która zmieniała zasady wnoszenia linii kolejowych przez P. do P.2. Znowelizowane przepisy stanowią, że przedmiotem oddania przez P. do P.2 w nieodpłatne korzystanie są grunty wchodzące w skład linii kolejowych nie mające uregulowanego stanu prawnego. W związku ze zmianą przepisów P.2 korzystają zatem nieodpłatnie z oddanych jej przez P. składników majątku. Taki sposób zarządzania majątkiem został ukształtowany niezależnie od samego P. S.A. i wynika częściowo z zaszłości historycznych a częściowo z funkcji publicznych, jaką pełni P. S.A. i spółki powstałe w wyniku jej komercjalizacji. Tym samym twierdzenie organu, że "podatnik uzyskuje przychód w postaci opłaty uiszczanej przez P.2 S.A.", jest wręcz nieprawdziwe.
Wskazano również, że linia kolejowa, na którą składają się będące przedmiotem sporu działki gruntu wraz z pozostałymi elementami budowli, jako przedmiot umowy [...] są ujęte w ewidencji pozabilansowej P. S.A. i w ewidencji bilansowej P.2 S.A. Stąd też twierdzenie, że sporne działki gruntu zostały ujęte w ewidencji środków trwałych jest niezgodne ze stanem faktycznym zaistniałym w sprawie. Błędne jest tym samym twierdzenie organu, iż nastąpiło ujęcie prawa użytkowania wieczystego gruntów związanych z linią [...] nr [...] objętych umową [...] zawartą z P. P.2 w ewidencji środków trwałych odwołującej. Spółka nie dokonuje odpisów amortyzacyjnych od wartości prawa użytkowania wieczystego gruntów oddanych do użytkowania zarządcy infrastruktury P. P.2, ujętych w ewidencji pozabilansowej.
Odwołująca wskazała również, że Wójt Gminy T. nie odniósł się do stanu faktycznego zaistniałego w sprawie i nie wskazał jakie przesłanki spowodowały opodatkowanie działek nr: [...], które zostały zajęte przez drogi powiatowe i gminne. Skoro na gruntach oznaczonych w ewidencji gruntów jako "dr", znajdują się budowle drogi, to nie powinny one podlegać opodatkowaniu na podstawie art. 2 ust. 3 pkt 4 u.p.o.l., gdyż przepis ten wyłącza z opodatkowania podatkiem od nieruchomości pasy drogowe i umiejscowione na nich drogi.
Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie decyzjami z dnia 11 lutego 2025r. nr SKO.Pod/4140/1426/2024, SKO.Pod/4140/1427/2024 oraz SKO.Pod/4140/1428/2024, na podstawie art. 2, art. 3, art. 4, art. 5, art. 6, art. 7 ust. l pkt 1 u.p.o.l. oraz art. 21 § 3 i art. 233 § 1 pkt 1 O.p. utrzymało zaskarżone decyzje w mocy.
W uzasadnieniu podzielono ustalenia i ocenę prawną organu I instancji podkreślając, iż organ podatkowy nie wydał odrębnej decyzji określającej wysokość podatku rolnego dla gruntów oznaczonych w ewidencji gruntów i budynków jako użytki RII, RIIIa i b, LsIII, PsIII, LIII, Ws, gdyż przedmiotem zaskarżenia jest decyzja określająca wysokość podatku od nieruchomości, tak więc ewentualne zarzuty dotyczące podatku rolnego nie mogą rzutować na prawidłowość wydanej decyzji Wójta Gminy T.. W uzasadnieniu decyzji organ podatkowy I instancji podał, że podatnik wykazywał do opodatkowania podatkiem od nieruchomości grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej. Ponieważ na wskazanych działkach (poza działką nr [...]) nie znajdują się elementy infrastruktury kolejowej, to zgodnie z art. 2 ust. 2 u.p.o.l. grunty te nie powinny być opodatkowane podatkiem od nieruchomości. Tym samym nie będą one przedmiotem decyzji.
Podnoszony przez spółkę zarzut naruszenia art. 2 ust. 1 pkt 3 związku z art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l., przez pominięcie tych przepisów w sprawie i uznanie, że grunt związany z linią kolejową stanowi odrębny przedmiot opodatkowania a nie budowla - linia kolejowa, nie został również uznany za zasadny przez Naczelny Sąd Administracyjny, m. in. w wyrokach z dnia 6 września 2024 r., sygn. akt III FSK 294/24, III FSK 301/24 czy III FSK 440/24. W powołanych wyrokach NSA podkreślił, że należy podzielić ocenę zaprezentowaną przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyrokach: z 7 lutego 2024 r. sygn. akt III FSK 1084/13; z 9 listopada 2021 r. sygn. akt III FSK 3364/21 czy z 8 grudnia 2023 r. sygn. akt III FSK 1211/23, że już z samej treści art. 2 ust. 1 wynika zasadność objęcia opodatkowaniem gruntu odrębnie względem infrastruktury kolejowej (budowli) nań posadowionej, co znajduje potwierdzenie również w regulacji art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.L, w którym prawodawca różnicuje budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym oraz zajęte pod nie grunty. Nie może być więc wątpliwości co do przyjętej praktyki traktowania poszczególnych rodzajów nieruchomości (i obiektów budowlanych) w rozumieniu art. 2 ust. 1 u.p.o.l. jako odrębnych obiektów zachowania podmiotu podatkowego.
Zaskarżoną decyzją organ podatkowy I instancji opodatkował grunty związane z nieczynną linia kolejową nr [...], skalsyfikowane w ewidencji gruntów i budynków jako "Tk" - tereny kolejowe oraz jako "dr" - drogi o łącznej powierzchni 137 008 m2.
Są to następujące działki: nr [...].
Z zaświadczenia Starosty Wadowickiego z dnia 5 lipca 2022 r. wynika, że wszystkie opodatkowane działki stanowią własność Skarbu Państwa, a użytkownikiem wieczystym jest P. S.A. z siedzibą w W. Odwołująca powyższej okoliczności nie kwestionuje.
Podnoszona na wcześniejszym etapie postępowania kwestia ewentualnego zwolnienia gruntów z podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. l pkt l ustawy o podatkach i opłatach lokalnych została przesądzona w wyroku z dnia 16 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Kr 249/24.
NSA zaznaczył, że w konsekwencji podzielić należy stanowisko, że należące do spółki grunty, nawet gdyby były położone w części lub całości, w pasie drogowym drogi publicznej, nie są wyłączone z opodatkowania podatkiem od nieruchomości, ponieważ pozostają w posiadaniu podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą inną niż utrzymanie dróg publicznych lub eksploatacja autostrad płatnych, co wynika chociażby z informacji wynikającej z Krajowego Rejestru Sądowego.
Takie samo stanowisko zaprezentowane zostało w wyrokach NSA z dnia 6 września 2024 r., sygn. akt III FSK 294/24 i III FSK 301/24.
Jednocześnie WSA w Krakowie w wyroku z dnia 16 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Kr 247/24, podzielił stanowisko organów podatkowych, że w sprawie został wykazany związek spornych gruntów z prowadzoną przez spółkę działalnością gospodarczą.
Działki związane z linią kolejową nr [...] zostały przekazane w zarząd P. P.2 S.A. na podstawie umowy [...] z dnia 27 września 2001 r. Umowa ta została zawarta na podstawie ustawy z dnia 8 września 2000 r. o komercjalizacji, restrukturyzacji i prywatyzacji przedsiębiorstwa państwowego "P." i na jej mocy przekazano P.2 S.A. do odpłatnego korzystania majątek niezbędny do prowadzenia działalności. Jak ustalił organ I instancji, zgodnie z wpisem do KRS przedmiotem przeważającej działalności gospodarczej jest działalność oznaczona kodem 52.51.Z - działalność usługowa wspomagająca transport lądowy, w szczególności prowadzenie ruchu kolejowej i administrowanie liniami kolejowymi, a także utrzymanie linii kolejowych w stanie zapewniającym sprawny i bezpieczny przewóz osób i rzeczy, regularność i bezpieczeństwo ruchu kolejowego, ochronę przeciwpożarową, ochronę środowiska oraz mienia na obszarze kolejowym. Tak więc opodatkowane działki są wykorzystywane w działalności gospodarczej P.2 S.A., o czym świadczy m. in. wprowadzenie działek do ewidencji środków trwałych. Potwierdzeniem powyższej okoliczności jest przesłany wykaz środków trwałych P.2 S.A. W piśmie z 14 lipca 2021 r. P. S.A. wskazała, że przepisy ustawy o komercjalizacji i restrukturyzacji przedsiębiorstwa państwowego "P." regulują również zasady dokonywania odpisów amortyzacyjnych od majątku objętego umową [...]. Zgodnie z art. 17 ust. 8 ustawy przed nowelizacją przekazany P.2 S.A. majątek zaliczany był do środków trwałych P.2 S.A. i to tej Spółce przysługiwało prawo do dokonywania amortyzacji.
W skargach do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie podatnik zarzucił naruszenie:
- art. 153 i art. 170 p.p.s.a. w zw. z art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. - poprzez nieuwzględnienie przez SKO, a wcześniej Wójta Gminy T. - przy ponownym rozpoznaniu sprawy - oceny prawnej oraz wskazań co do dalszego postępowania wyrażonych w wiążących organy podatkowe - SKO i Wójta - prawomocnych wyrokach WSA w Krakowie z dnia 16 kwietnia 2024r., sygn. akt I SA/Kr 247-249/24, w których Sąd już raz wiążąco wypowiedział się w sprawie wprost wskazując m.in., że: "uchybieniem popełnionym w rozpatrywanej sprawie, jest w ocenie Sądu błędne określenie przedmiotu opodatkowania (...) grunty zostały jednak opodatkowane jako odrębny przedmiot w oderwaniu od okoliczności, że mogą one stanowić element budowli";
- art. 233 § 1 pkt 1 w zw. z art. 21 § 3 i art. 207 § 2 O.p., polegające na nieuchyleniu decyzji organu I instancji rozstrzygających sprawę podatku od nieruchomości jedynie w części, tj. w zakresie tylko niektórych przedmiotów opodatkowania znajdujących się na terenie właściwości miejscowej organu podatkowego, podczas gdy z wspomnianych przepisów prawa podatkowego wynika, że organ ten powinien był wydać decyzje rozstrzygające sprawę tego podatku co do istoty, obejmujące wszystkie znajdujące się na terenie Gminy przedmioty opodatkowania, w zakresie których na podatniku spoczywa obowiązek podatkowy;
- art. 120, art. 121, art. 122, art. 180, art. 187 § 1 i art. 191 O.p., poprzez niewyjaśnienie wszystkich okoliczności w sprawie, nieprzeprowadzenie dowodów na okoliczności istotne do rozstrzygnięcia sprawy, przeprowadzenie postępowania w sposób podważający zaufanie do organów podatkowych oraz przez nierozpoznanie całości materiału dowodowego w sposób wyczerpujący i w konsekwencji błędne ustalenie stanu faktycznego;
- art. 210 § 1 pkt 6 w związku z art. 191 O.p. z powodu wadliwości sporządzonego uzasadnienia faktycznego i prawnego, z uwagi na brak wyczerpującego rozpatrzenia całości materiału dowodowego sprawy i wszechstronnej oceny dowodów;
- art. 210 § 4 O.p. polegające na braku należytego wyjaśnienia w uzasadnieniu skarżonej decyzji zasadności przesłanek, którymi kierował się organ wydając decyzje o utrzymaniu zaskarżonych decyzji podatkowej w mocy, w sytuacji gdy przepis ten nakazuje organowi administracyjnemu sporządzenie uzasadnienia w sposób wyjątkowo staranny, tak aby strona miała pełną wiedzę co do przesłanek zastosowania określonych w rozstrzygnięciu przepisów;
- art. 2 ust. 1 pkt 3 w związku z art. 1a ust. 1 pkt 2 u.p.o.l., przez pominięcie tych przepisów w sprawie i uznanie, że grunt związany z linią kolejową stanowi odrębny przedmiot opodatkowania a nie budowla - linia kolejowa, na którą składają się tory kolejowe oraz grunt zajęty pod te tory, a także przyległy pas gruntu oraz budynki, budowle i urządzenia przeznaczone do prowadzenia ruchu kolejowego wraz z zajętymi pod nie gruntami;
- art. 2 ust. 3 pkt 4 u.p.o.l., przez ich niewłaściwe zastosowanie i przyjęcie, że grunty oznaczone symbolem "dr" podlegają opodatkowaniu, mimo że są zajęte przez drogi publiczne.
W oparciu o powyższe wniesiono o uchylenie decyzji organów obu instancji, oraz o zasądzenie kosztów postepowania.
Odpowiadając na skargi Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie wniosło o ich oddalenie.
Na rozprawie w dniu 20.05.2025 r. zarządzono połączenie spraw I SA/Kr 218/25 do I SA/Kr 220/25 celem ich łącznego rozpoznania i rozstrzygnięcie do sygn. akt I SA/Kr 218/25.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje:
Stosownie do treści art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz.U. z 2019r. poz. 2325 ze zm.; dalej: "p.p.s.a.") sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego i przepisów postępowania.
Z kolei zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych niepodnoszone w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Uwzględnienie skargi następuje w przypadkach naruszenia prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. a p.p.s.a.), naruszenia prawa, dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego (art. 145 § 1 pkt. 1 lit. b p.p.s.a.), oraz innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy (art. 145 § 1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.). W przypadkach, gdy zachodzą przyczyny określone w art. 156 Kodeksu postępowania administracyjnego lub w innych przepisach, sąd stwierdza nieważność decyzji lub postanowienia (art. 145 § 1 pkt. 2 p.p.s.a.). Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi w całości albo w części sąd oddala skargę odpowiednio w całości albo w części (art. 151 p.p.s.a.).
W niniejszych sprawach, sądowa kontrola decyzji organów obu instancji przeprowadzona z uwzględnieniem powyższych reguł, doprowadziła do uznania, że skargi zasługują na uwzględnienie, z powodu naruszenia art. 6 ust. 9 pkt 1 w zw. z art. 2 u.p.o.l. i art. 21 § 3 O.p. przez wydanie decyzji określających wysokość zobowiązania podatkowego, lecz nie obejmującej wszystkich przedmiotów opodatkowania, przy jedynie częściowym zakwestionowaniu złożonej deklaracji na podatek od nieruchomości.
Podkreślić należy, że co do zasady przedmiotem obowiązku podatkowego w podatku od nieruchomości, a z tego powodu również przedmiotem samoobliczenia wskazanego podatku i składanych w nim deklaracji podatkowych, są przedmioty opodatkowania, o których mowa w art. 6 ust. 9 pkt 1 w zw. z art. 2 u.p.o.l. Z przywołanych przepisów nie wynika więc, że wszystkie, to jest także różne, odrębne i niezależne od siebie przedmioty opodatkowania bezwzględnie winny zostać zadeklarowane w wyłącznie jednej deklaracji podatkowej lub wskazane w jednej informacji. Tylko więc w zależności od tego jeśli podatnik, do którego należy kilka przedmiotów opodatkowania podatkiem od nieruchomości we właściwości tego samego organu podatkowego, bądź w jednej deklaracji, obejmującej wszystkie przedmioty opodatkowania we właściwości tego organu, bądź poprzez złożenie osobnej deklaracji dla każdego odrębnego przedmiotu opodatkowania podatkiem od nieruchomości, wykona ten obowiązek to odpowiednio organ podatkowy jest uprawniony zakwestionować jedną z kilku deklaracji danego podatnika, niektóre z nich bądź wszystkie, stosownie do konkretnego stanu faktycznego i prawnego. Zatem w stosunku do podatnika podatku od nieruchomości może zostać wydanych kilka decyzji dotyczących poszczególnych przedmiotów opodatkowania, które bądź to zastępują samoobliczenie (art. 21 § 3 O.p.), bądź też dokonują ustalenia wysokości zobowiązania podatkowego (art. 21 § 1 pkt 2 O.p.) – por. wyroki NSA z 30 listopada 2010 r., sygn. akt II FSK 2120/09; 13 maja 2015r., sygn. akt II FSK 1833/13; 13 maja 2015r., sygn. akt II FSK 1833/13; 3 marca 2017r., sygn. akt II FSK 469/15, z 20 września 2017r., sygn. akt II FSK 2259/15, 20 czerwca 2018r., sygn. akt II FSK 1770/16.
W konsekwencji, w realiach rozpatrywanej sprawy, jeśli strona skarżąca złożyła jedną deklarację podatkową (co do poszczególnych lat podatkowych) to organ podatkowy nie mógł jej zakwestionować jedynie w części. Możliwość odrębnego deklarowania opodatkowania poszczególnych nieruchomości, nie daje podstaw do częściowego modyfikowania niektórych jej elementów przy równoczesnym nie odnoszeniu się do zadeklarowanego w niej zobowiązania do zapłaty. Znajduje to potwierdzenie w art. 21 § 3 O.p., który to przepis daje podstawę do weryfikacji złożonej deklaracji podatkowej między innymi wówczas, gdy wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji. Wówczas organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego. Wydanie decyzji deklaratoryjnej na podstawie art. 21 § 3 O.p. określającej wysokość zobowiązania podatkowego w sytuacji, gdy podatnik złożył deklarację z wykazaną kwotą podatku do zapłaty oznacza, że organ kwestionuje wyliczoną przez podatnika kwotę i w decyzji wskazuje kwotę prawidłową, którą powinien podatnik uiścić w celu należytego wywiązania się ze zobowiązania podatkowego. Decyzja taka "eliminuje" z obrotu prawnego złożoną przez podatnika deklarację w takim znaczeniu, że podatnik jest zobowiązany do zapłaty podatku w wysokości wynikającej z decyzji nie zaś ze złożonej deklaracji. Kwestionując deklarację, organ podatkowy jest zobowiązany do odniesienie się do niej w całości, czyli, co należy podkreślić, do wszystkich jej elementów i określenia kwoty podatku do zapłaty "zamiast" kwoty wyliczonej przez podatnika. Dopiero w takim przypadku deklaracja nie rodzi żadnych skutków prawnych. Taki sposób weryfikacji deklaracji podatkowej należy również zastosować do deklaracji składanej przez podatnika podatku od nieruchomości, jeżeli wykazuje w niej wszystkie przedmioty opodatkowania. Dochodzi wówczas do wyraźnego określenia kwoty podatku od nieruchomości, jaką podatnik jest zobowiązany do zapłaty konkretnemu organowi podatkowemu od zindywidualizowanych w deklaracji przedmiotów opodatkowania.
Innymi słowy jeśli podatnik wykazuje w deklaracji przedmiot opodatkowania i powołuje się w tym zakresie na zwolnienie podatkowe, to - jak miało miejsce w kontrolowanych sprawach, niedopuszczalnym jest aby organ podatkowy określił wysokość zobowiązania podatkowego tylko od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, gdyż w odniesieniu do tych przedmiotów funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja, jak i decyzja. Zobowiązanie podatkowe dotyczące tego samego przedmiotu opodatkowania może wynikać albo z deklaracji podatnika, albo z decyzji określającej. Tymczasem w decyzjach określającej wysokość podatku od nieruchomości za lata 2019-2021 r. Wójt Gminy T. w pkt II wskazał działki oznaczone jako użytki RM, Rllla i b, Lslll, Psill, ŁIII,Ws oraz TK i uznał, że "powyższe działki, poza działką nr [...], oznaczone są w Ewidencji Gruntów i Budynków jako "R"- grunty orne, "Ł" - łąki trwałe, "Ps"- pastwiska trwałe, "Ls" oraz "W"
grunty pod rowami, które znajdują się obok linii [...] nr [...]. Ponieważ na przedmiotowych gruntach nie znajdują się elementy infrastruktury kolejowej, to zgodnie z ort. 2 ust. 2 UPiOP grunty te nie powinny być opodatkowane podatkiem od nieruchomości. Tym samym nie będą one przedmiotem niniejszej decyzji." W złożonych odwołaniach strona skarżąca wskazywała na tą nieprawidłowość podkreślając, iż decyzją zostały objęte grunty wykazane jako zwolnione z opodatkowania przez P.2 S.A., jednocześnie nie objęto opodatkowaniem gruntów, które spółka wykazała do opodatkowania, a także pominięto budowle wykazane w złożonej deklaracji przez P.2 S.A. Zatem pomijając w/w działki wydane przez organ I instancji decyzje, zaaprobowane przez organ odwoławczy, określiły zobowiązanie podatkowe w stosunku do części nieruchomości objętych jedną deklaracją podatkową. Decyzje nie obejmują opisanych w tej deklaracji gruntów oznaczonych jako "R", "Ł", Ps" i "Ls" wykazanych do opodatkowania podatkiem od nieruchomości jako grunty związane z działalnością gospodarczą. Powyższe stanowi także naruszenie art. 153 i art. 170 p.p.s.a. w związku z art. 122, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. poprzez nieuwzględnienie oceny prawnej i wskazań z wyrokach WSA w Krakowie z dnia 16 kwietnia 2024 r., sygn. akt I SA/Kr 247 do 249/24, gdzie wyraźnie podkreślono, że "dopuszczenie do sytuacji w której organ podatkowy określa wysokość zobowiązania podatkowego od części przedmiotów opodatkowania wykazanych w deklaracji, prowadzi do tego, że w odniesieniu do tych samych przedmiotów funkcjonowałaby w obrocie zarówno deklaracja jak i decyzja, zaś sytuacja taka jest niedopuszczalna." Ponownie podkreślić należy, że zgodnie z art. 21 § 2 O.p. jeżeli przepisy prawa podatkowego nakładają na podatnika obowiązek złożenia deklaracji, a zobowiązanie podatkowe powstaje w sposób określony w § 1 pkt 1, podatek wykazany w deklaracji jest podatkiem do zapłaty, z zastrzeżeniem § 3. Zgodnie zaś z art. 21 § 3 O.p. jeżeli w postępowaniu podatkowym organ podatkowy stwierdzi, że podatnik, mimo ciążącego na nim obowiązku, nie zapłacił w całości lub w części podatku, nie złożył deklaracji albo że wysokość zobowiązania podatkowego jest inna niż wykazana w deklaracji, albo powstałego zobowiązania nie wykazano, organ podatkowy wydaje decyzję, w której określa wysokość zobowiązania podatkowego.
Z powyższego wynika, że zobowiązanie podatkowe, o którym mowa w art. 21 § 1 pkt 1 O.p., powinno wynikać albo ze złożonej przez podatnika deklaracji podatkowej (art. 21 § 2 o.p.) albo z decyzji określającej wysokość tego zobowiązania (art. 21 § 3 o.p.). Nie można natomiast przyjąć, że zobowiązanie to w części wynika z deklaracji podatkowej a w części z decyzji organu podatkowego. Decyzja organu podatkowego wydana na podstawie art. 21 § 3 O.p. zastępuje w całości złożoną przez podatnika deklarację podatkową. Kwestionując deklarację, organ podatkowy jest zobowiązany do odniesienia się do niej w całości, czyli do wszystkich jej elementów i określenia kwoty podatku do zapłaty "zamiast" kwoty wyliczonej przez podatnika. Dopiero w takim przypadku deklaracja nie rodzi żadnych skutków prawnych. Taki sposób weryfikacji deklaracji podatkowej należy również zastosować do deklaracji składanej przez podatnika podatku od nieruchomości, jeżeli wykazuje w niej wszystkie przedmioty opodatkowania. Dochodzi wówczas do wyraźnego określenia kwoty podatku od nieruchomości, jaką podatnik jest zobowiązany do zapłaty konkretnemu organowi podatkowemu od zindywidualizowanych w deklaracji przedmiotów opodatkowania (por. wyrok NSA z 9 czerwca 2020 r., II FSK 1752/19).
Z tych względów niedopuszczalnym było wydanie decyzji obejmujących tylko część przedmiotów opodatkowania wykazanych przez stronę skarżącą w deklaracji podatkowej z pominięciem części gruntów oznaczonych jako użytki Rll, Rllla i b, Lslll, PsIll, ŁIII, Ws.
Wobec tych naruszeń przedwczesnym byłoby odnoszenie się do meritum decyzji w zakresie podstaw opodatkowania pozostałych spornych przedmiotów opodatkowania, skoro decyzje okazały się w powyżej wskazanym zakresie wadliwe, a sprawa wymaga wydania decyzji obejmujących nieruchomości objętych jedną deklaracją podatkową.
Mając powyższe na uwadze sąd uznał, że organy obu instancji naruszyły art. 6 ust. 9 pkt 1 w zw. z art. 2 u.p.o.l. i art. 21 § 3 O.p. przez wydanie decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego, nie obejmującej wszystkich przedmiotów opodatkowania, przy jedynie częściowym zakwestionowaniu złożonej deklaracji na podatek od nieruchomości. Wobec tego nie można ostatecznie zweryfikować czy organy prawidłowo ustaliły przedmiot i podstawę opodatkowania, co jest kluczowe dla wymiaru spornego podatku od nieruchomości.
W ponownie prowadzonym postępowaniu, organ usunie spostrzeżone uchybienia i ponownie określi wysokość zobowiązania podatkowego.
Wobec powyższego sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c w związku z art. 135 p.p.s.a. uchylił zaskarżone decyzje, a także poprzedzające je decyzje organu pierwszej instancji. - jak w pkt I wyroku.
O zwrocie kosztów postępowania sąd orzekł w pkt II wyroku, działając na podstawie art. 200 oraz 205 § 2 p.p.s.a. ), a zważywszy na jednorodność materii prawnej połączonych spraw i tożsamość skarg, a zwłaszcza zarzutów, których uwzględnienie legło u podstaw rozstrzygnięcia, stosując miarkowanie wynagrodzenia pełnomocnika i przyjmując jedno wynagrodzenie od sprawy z najwyższą wartością przedmiotu sporu.( art. 206 p.p.s.a.)