Wyrok WSA z dnia 25 lutego 2026, sygn. I SA/Kr 780/25

Sygnatura: I SA/Kr 780/25
Data orzeczenia: 25 lutego 2026
Sąd: Wojewódzki Sąd Administracyjny (WSA)
Status: Nieprawomocne
Podatnik: spółka akcyjna

Streszczenie

Spółka A. S.A. w D. była w 2019 roku właścicielem nieruchomości w Krakowie, w tym infrastruktury kolejowej. W deklaracjach podatkowych za ten rok spółka zastosowała zwolnienie od podatku od nieruchomości na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, co organ uznał za zaniżenie zobowiązania. Prezydent Miasta Krakowa wszczął postępowanie podatkowe i w 2023 roku wydał decyzję określającą wyższe zobowiązanie. Spółka wniosła odwołanie, a Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie w 2025 roku uchwaliło decyzję Prezydenta i umorzyło postępowanie, stwierdzając, że zobowiązanie podatkowe za 2019 rok przedawniło…

się z dniem 31 grudnia 2024 roku. W toku postępowania spółka składała pisma w czerwcu i lipcu 2023 roku, w których żądała uwzględnienia nadpłaty. Spółka skarżyła się do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie, twierdząc, że organ naruszył przepisy Ordynacji podatkowej, nie rozpatrując jej żądania stwierdzenia nadpłaty złożonego przed upływem terminu przedawnienia. Spółka argumentowała, że zgodnie z art. 79 § 3 O.p., organ jest zobowiązany do wydania decyzji w sprawie nadpłaty nawet po upływie terminu przedawnienia, jeśli wniosek został złożony przed tym terminem, a umorzenie postępowania wymiarowego nie powinno pozbawiać jej prawa do merytorycznego rozpatrzenia nadpłaty. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie uznał skargę za uzasadnioną. Sąd stwierdził, że organ podatkowy naruszył prawo, nie rozpatrując żądania nadpłaty złożonego przed przedawnieniem. Sąd podkreślił, że wykładnia przepisów Ordynacji podatkowej, zwłaszcza art. 79 § 1-3, musi uwzględniać cel tych przepisów i nie może prowadzić do sytuacji, w której organ poprzez opieszałe prowadzenie postępowania wymiarowego uniemożliwia podatnikowi dochodzenie nadpłaty. Sąd wskazał, że żądanie nadpłaty złożone przed upływem terminu przedawnienia musi być merytorycznie rozpatrzone, a umorzenie postępowania wymiarowego z powodu przedawnienia nie zwalnia organu z tego obowiązku. WSA uchylił decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego i skierował sprawę do ponownego rozpoznania.

jeszcze 192 słowa

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

|Sygn. akt I SA/Kr 780/25 | [pic] W Y R O K W IMIENIU RZECZYPOSPOLITEJ POLSKIEJ Dnia 25 lutego 2026 r., Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie, w składzie następującym:, Przewodniczący Sędzia: WSA Paweł Dąbek, Sędzia: WSA Piotr Głowacki (spr.), Sędzia: WSA Wiesław Kuśnierz, Protokolant: Specjalista Renata Trojnar, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 lutego 2026 roku, sprawy ze skargi A. S.A. w D., na decyzję Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie, z dnia 6 października 2025 roku nr SKO.Pod/4140/1130/2023, w przedmiocie umorzenia postępowania w sprawie podatku od nieruchomości, za 2019 rok, I. uchyla zaskarżoną decyzję, II. zasądza od Samorządowego Kolegium Odwoławczego w Krakowie na rzecz strony skarżącej koszty postępowania w kwocie 108 385 zł (sto osiem tysięcy trzysta osiemdziesiąt pięć złotych).

Uzasadnienie

A. S.A. w D. (skarżąca) w 2019 roku była właścicielem m.in. nieruchomości gruntowych oraz budynków i budowli zlokalizowanych na terenie K. W skład gruntów, budynków oraz budowli wykazywanych do opodatkowania podatkiem od nieruchomości wchodziły m.in. grunty wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, w rozumieniu art. 4 pkt 1 w zw. z załącznikiem nr 1 do ustawy z dnia 28 marca 2003 r. o transporcie kolejowym, tworzącej bocznicę kolejową. W następstwie przeprowadzonych przez organ I instancji - Prezydenta Miasta Krakowa czynności sprawdzających ustalono, że w złożonych deklaracjach za 2019 r. spółka zaniżyła wysokość zobowiązania podatkowego podatkiem od nieruchomości poprzez w/w zwolnienie od podatku budynków i budowli w oparciu o art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. W związku z powyższym organ wszczął postępowanie podatkowe w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego za 2019 r. W toku postępowania podatkowego w pismach z dnia 5 czerwca i 4 lipca 2023 r. wniosła spółka o uwzględnienie w decyzji skorygowanej powierzchni zwolnionych gruntów i wynikającej z niej nadpłaty za 2019 r., przyjmując, iż prawidłowa wysokość zobowiązania podatkowego wynosi 50 546 460 zł.

W dniu 15 września 2023 r. Prezydent wydał decyzję nr PD-01-4.3120.4.68.2023.KJ, w której określił wysokość zobowiązania podatkowego z tytułu podatku od nieruchomości za rok 2019 r. w kwocie 60 227 793 zł w związku z przyjętym zaniżeniem przez spółkę podstawy opodatkowania w odniesieniu do gruntów, budynków i budowli związanych z infrastrukturą kolejową, gdyż w ocenie organu z uwagi na unijne przepisy o pomocy publicznej nie znajdowało wobec nich zastosowania zwolnienie wynikające z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l.; a także zawyżeniem przez spółkę podstawy opodatkowania w odniesieniu do części budynku zlokalizowanego na [...] oraz części działki [...], gdyż jak ustalono w trakcie postępowania istniały wszelkie przesłanki dla zastosowania zwolnienia z tytułu art. 7 ust. 2 pkt. 2 u.p.o.l.; zawyżeniem przez spółkę podstawy opodatkowania w odniesieniu do budynków i budowli objętych inwentaryzacją przeprowadzoną w maju 2018 r. przez B. sp. z o.o., której wyników nie uwzględniała złożona deklaracja.

Nie zgadzając się z decyzją spółka wniosła od niej odwołanie, po którego rozpatrzeniu Samorządowe Kolegium Odwoławcze w Krakowie decyzją z dnia 6 października 2025 r., znak: SKO.Pod/4140/1130/2023 uchyliło w całości decyzję Prezydenta Miasta Krakowa i umorzyło postępowanie w sprawie.

W uzasadnieniu tego rozstrzygnięcia wskazano, że termin płatności spornego zobowiązania podatkowego za 2019 r. upływał co do zasady w 2019 r., a zatem pięcioletni termin przedawnienia tego zobowiązania rozpoczął swój bieg w dniu 1 stycznia 2020 r. i upłynął z dniem 31 grudnia 2024 r. Jednocześnie, SKO stwierdziło, że w przedmiotowej sprawie Kolegium posiada wiedzę że nie nastąpiły żadne zdarzenia, które zawiesiłyby, bądź przerwały bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, o których mowa w art. 70 § 2-6 O.p. Biorąc pod uwagę powyższe ustalenia, organ skonkludował, że z uwagi na upływ terminu przedawnienia, zasadnym jest – działając na podstawie art. 208 § 1 w związku z art. 70 § 1 O.p. – uchylenie w całości decyzji Prezydenta i umorzenie postępowanie w sprawie.

Na ww. decyzję spółka wniosła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Krakowie., zarzucając naruszenie:

1. art. 79 § 2 i § 3 oraz art. 74a O.p. poprzez brak zawarcia w zaskarżonej decyzji rozstrzygnięcia w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty za 2019 rok, pomimo przedstawienia przez spółkę przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, tj. w pismach z dnia 5 czerwca oraz 4 lipca 2023 r., w toku postępowania podatkowego, żądania uwzględnienia okoliczności skutkujących wystąpieniem nadpłaty , podczas gdy zgodnie z art. 79 § 3 O.p., jeśli - tak jak w przypadku spółki - żądanie stwierdzenia nadpłaty zostało przedstawione przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, organ podatkowy jest zobowiązany do wydania decyzji w sprawie stwierdzenia nadpłaty nawet po tym terminie;

2. art. 122 i art. 187 § 1 w zw. z art. 210 § 1 pkt 5 i 6 oraz art. 74a O.p. poprzez brak uwzględnienia okoliczności faktycznych sprawy, przedstawionych przez spółkę w toku postępowania podatkowego, które prowadziły do powstania nadpłaty: (i) wyników inwentaryzacji ujawnionych w ewidencji gruntów i budynków (zgodnie z pismem spółki z 5 czerwca 2023 r.) oraz (ii) prawa do zastosowania zwolnienia, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) u.p.o.l., względem większej powierzchni gruntów (zgodnie z pismem spółki z 4 lipca 2023 r.) niż powierzchnia ujęta w ostatniej korekcie deklaracji na podatek od nieruchomości za 2019 rok, co doprowadziło do pominięcia przez organ części materiału dowodowego zgromadzonego w sprawie a w konsekwencji – do braku rozpatrzenia żądania spółki o stwierdzenie nadpłaty za 2019 rok i nie wydania stosownego rozstrzygnięcia w tym zakresie;

3. art. 208 § 1 w zw. z art. 79 § 3 i art. 70 § 1 O.p. poprzez bezpodstawne umorzenie postępowania w sprawie w całości, z uwagi na upływ terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego spółki w podatku od nieruchomości za 2019 rok, pomimo że spółka złożyła przed upływem terminu przedawnienia, w toku postępowania przed organem I instancji, pisma z dnia 5 czerwca 2023 r. oraz 4 lipca 2023 r. zawierające żądanie stwierdzenie nadpłaty, które to żądanie powinno być obecnie rozpatrzone; organ powinien był umorzyć postępowanie jedynie w zakresie dotyczącym określenia wysokości zobowiązania podatkowego spółki, a jednocześnie rozstrzygnąć merytorycznie w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z żądaniem wyrażonym w ww. pismach.

W uzasadnieniu skargi podkreślono, iż w trakcie postępowania podatkowego w sprawie określenia zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za rok 2019 strona nie mogła złożyć skutecznej korekty deklaracji (art. 81b § 1 pkt 1 O.p.) a biorąc pod uwagę zakończenie tego postepowania po upływie terminu przedawnienia, strona została pozbawiona tego prawa na skutek działania organu podatkowego; - jakkolwiek przepis art. 75 § 3 O.p.co do zasady przewiduje obowiązek złożenia skorygowanej deklaracji wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty to wykluczenie tej możliwości w szczególnym przypadku toczącego się postępowania podatkowego (kontroli podatkowej) należy uznać za działanie racjonalnego ustawodawcy. Fakt, że podatnik ze względu na - z jednej strony - ograniczenia zawarte w przepisach dotyczących korekty deklaracji, z drugiej strony - ograniczenia spowodowane faktycznym działaniem organu na które nie miał wpływu (wszczęcie i prowadzenie postepowania) nie mógł złożyć "standardowego" wniosku o stwierdzenie nadpłaty na podstawie art. 75 § 1 i 3 O.p.nie może pozbawiać go jego praw, jeśli wprost wyraził żądanie uwzględnienia okoliczności wskazujących na nadpłatę zobowiązania i wyraził je przed upływem terminu przedawnienia, w jedynym dopuszczalnym w tej sytuacji trybie, to jest w ramach pisma składanego w toku postepowania podatkowego. Jednocześnie przepisy art. 79 § 2 i 3 O.p. przewidują jednoznacznie, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty może być złożony przez stronę aż do dnia upływu przedawnienia zobowiązania podatkowego i winien być rozpatrzony przez organ także po upływie tego terminu; przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują przy tym żadnej specjalnej formy dla wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Różnicowanie sytuacji podatnika, w stosunku do którego nie wszczęto jeszcze postępowania podatkowego i który mógł złożyć skuteczną korektę deklaracji podatkowej wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty w stosunku do podatnika, który na skutek działania organu został pozbawiony takiej możliwości byłoby nie do pogodzenia z zasadą równości wynikającej z art. 32 ust. 1 Konstytucji RP i zasadą zaufania do państwa (art. 2 Konstytucji RP). Organ, do którego w trakcie postępowania podatnik złożył żądanie wskazujące na nadpłatę podatku przed upływem terminu przedawnienia ma zatem obowiązek je rozpatrzyć podobnie jak w sytuacji, w której żądanie to zostało zgłoszone przed wszczęciem postępowania (jak w art. 79 § 1 O.p.) i zastosować reguły wynikające łącznie z powołanych przepisów art. 74a i art. 79 § 1, 2 i 3 O.p.to jest: rozstrzygnąć zasadność żądań w toku prowadzonego postępowania, także po upływie terminu przedawnienia, niezależnie od skutków upływu tego terminu w stosunku do samego wymiaru podatku w drodze decyzji dotyczącej zasadności żądania nadpłaty.

Wniesiono o uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji ją poprzedzającej i zasądzenie kosztów.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie i podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Sąd administracyjny w ramach kontroli działalności administracji publicznej, przewidzianej w art. 3 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r.- Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U 2019, poz. 2325 ze zm. - oznaczanej dalej jako "p.p.s.a."), uprawniony jest do badania czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia przepisów prawa materialnego i przepisów postępowania, nie będąc przy tym związanym granicami skargi (art. 134 p.p.s.a.). Orzekanie - w myśl art. 135 p.p.s.a. - następuje w granicach sprawy będącej przedmiotem kontrolowanego postępowania administracyjnego, w której został wydany zaskarżony akt lub podjęta została czynność i odbywa się z uwzględnieniem wówczas obowiązujących przepisów prawa. Wady skutkujące koniecznością uchylenia decyzji lub postanowienia, wskazane są w przepisie art. 145 § 1 p.p.s.a. Natomiast w wypadku nieuwzględnienia skargi, sąd, w myśl art. 151 p.p.s.a., skargę oddala.

Skarga jest uzasadniona.

Istota rzeczy w poddanej sądowej kontroli sprawie koncentrowała się na kwestii, czy w przedmiotowym postępowaniu podatkowym, wobec stwierdzenia upływu terminu przedawnienia w zaistniałych okolicznościach faktycznych złożenia wniosku o nadpłatę przed przedawnieniem, strona skarżąca może żądać de facto merytorycznego rozpatrzenia takiego wniosku w ramach prowadzonego postępowania odnoszącego się do pierwotnego sporu w zakresie ustalenia wysokości zobowiązania.

W zaistniałych okolicznościach nie budzi wątpliwości, iż wszczęcie postępowania podatkowego w celu określenia zobowiązania podatkowego w podatku od nieruchomości za 2019 r. spowodowało, że od dnia wszczęcia tego postępowania podatnik, co do zasady, nie mógł skutecznie doprowadzić do wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty w tym podatku, ponieważ zgodnie z art. 79 § 1 O.p., postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. W razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Równocześnie według art. 79 § 2 O.p. prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty oraz wniosku o zwrot nadpłaty wygasa po upływie terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, chyba że ustawy podatkowe przewidują inny tryb zwrotu podatku, a nadto termin do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty jest terminem prawa materialnego o charakterze prekluzyjnym, który nie podlega przywróceniu, odroczeniu ani przedłużeniu, jak również nie może zostać przerwany lub zawieszony. Od dnia 1 stycznia 2016 r. zgodnie z nowym brzmieniem art. 79 § 3 O.p. decyzję w sprawie stwierdzenia nadpłaty na wniosek złożony przed upływem terminu przedawnienia można wydać także po upływie tego terminu. W przypadku wniosku o nadpłatę złożonego przed upływem terminu przedawnienia, należy orzec również po jego upływie. W tym przypadku upływ terminu ma wyłącznie charakter procesowy.

Należy zauważyć, że celem zakazu sformułowanego w art. 79 § 1 O.p. jest unikanie dublowania się postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty z prowadzonym już postępowaniem podatkowym (por. str. 15 uzasadnienia rządowego projektu ustawy o zmianie ustawy Ordynacja podatkowa oraz o zmianie niektórych innych ustaw - druk nr 414 Sejmu RP IV kadencji). Taki zakaz jest co do zasady celowy, ponieważ postępowanie podatkowe zakończone decyzją wymiarową, powoduje, że zbędne jest i niedopuszczalne prowadzenie innego postępowania mającego na celu prawidłowe określenie wysokości podatku. Organ podatkowy odmawia wszczęcia postępowania podatkowego na podstawie art. 165a § 1 o.p. w przedmiocie stwierdzenia nadpłaty, jeżeli wcześniej w odniesieniu do tego samego podatku została wydana decyzja określająca lub ustalająca wysokość zobowiązania podatkowego.

Jednak przepis art. 79 § 1 O.p., wykładany tylko literalnie, przestaje prawidłowo spełniać swoją funkcję, jeżeli na skutek umorzenia postępowania podatkowego z powodu przedawnienia zobowiązania, postępowanie podatkowe nie zostanie zakończone decyzją określającą lub ustalającą wysokość zobowiązania podatkowego. Wówczas podatnik z jednej strony jest pozbawiony możliwości zweryfikowania swojego zobowiązania podatkowego w postępowaniu podatkowym, a z drugiej strony nie może skutecznie doprowadzić do wszczęcia postępowania innego rodzaju, także prowadzącego do weryfikacji zobowiązania podatkowego, to jest postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Nie można zaakceptować takiej wykładni wymienionych wyżej przepisów, która pozwala organom podatkowym na uniemożliwienie podatnikowi zweryfikowanie jego żądania o stwierdzenie nadpłaty na skutek tego, że z powodu postępowania podatkowego ostatecznie umorzonego po upływie terminu przedawnienia, nie było możliwości prawnej wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty, pomimo nienaruszenia przez podatnika terminu z art. 79 § 2 O.p. do złożenia takiego wniosku.

W ocenie sądu trafne jest stanowisko skarżącej spólki wyrażające się w stwierdzeniu, że organ błędnie utożsamia zakaz wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty w toku postępowania wymiarowego z brakiem możliwości skutecznego złożenia przez podatnika przed upływem terminu przedawnienia wniosku o stwierdzenie w toku postępowania wymiarowego. Tymczasem złożenie wniosku przed upływem terminu przedawnienia, ale w toku postępowania wymiarowego wywołuje skutek materialnoprawny w postaci określonej w art. 79 § 1 O.p. Nie wywołuje natomiast skutku w postaci wszczęcia postępowania w sprawie stwierdzenia nadpłaty do czasu zakończenia postępowania podatkowego. Jeżeli podatnik przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania złoży wniosek o stwierdzenie nadpłaty, w taki sposób, że wniosek ten zostanie doręczony organowi podatkowemu nawet po upływie terminu przedawnienia zobowiązania, a więc wszczynając postępowanie o stwierdzenie nadpłaty w czasie kiedy istnieje już podstawa do umorzenia postępowania podatkowego ze względu na przedawnienie zobowiązania, to wówczas nie jest możliwa odmowa wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty. Wykładnia celowościowa art. 79 § 1 O.p. nie pozwala więc na odmowę wszczęcia postępowania o stwierdzenie nadpłaty, jeżeli wniosek w tym przedmiocie był złożony przed upływem terminu przedawnienia. Przeciwne stanowisko prowadziłoby do możliwości niedopuszczalnego uniemożliwienia podatnikowi efektywnego skorzystania z uprawnienia do wystąpienia z wnioskiem do stwierdzenie nadpłaty przez organ podatkowy przez wykorzystanie instrumentu prowadzenia postępowania wymiarowego aż do czasu upływu terminu przedawnienia, co rzeczywiście miało miejsce w niniejszej sprawie. Wydanie decyzji organu I instancji miało miejsce 15 września 2023 r. a do czasu stwierdzonego przez skarżony organ przedawnienia z dnia 31 grudnia 2024r. organ ten nie wydał swojego rozstrzygnięcia., co de facto umożliwiło mu umorzenie postępowania z powodu przedawnienia. Zaakceptowanie więc stanowiska, zgodnie z którym w każdej sytuacji konieczne jest umorzenie postępowania wymiarowego po upływie terminu przedawnienia, a wniosek o stwierdzenie nadpłaty złożony przed upływem tego terminu nie może być skutecznie rozpatrzony do czego prowadzi umorzenie postępowania bez rozpatrzenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, prowadziłoby do nadużycia prawa, które nie podlegałyby żadnej kontroli - a nie taki jest zamysł ustawodawcy. Organy podatkowe byłyby uprawnione do wszczynania i długotrwałego prowadzenia postępowań wymiarowych wyłącznie w celu doprowadzenia danego zobowiązania podatkowego do przedawnienia i pozbawienia w ten sposób podatników prawa uzyskania przysługującej im nadpłaty. Opieszałość organów w prowadzeniu postępowań oraz nieefektywność instytucji ponaglenia, doprowadziłyby do sytuacji, w której organy, w przypadku wystąpienia nadpłaty, mogłyby prowadzić postępowanie wymiarowe aż do upływu terminu przedawnienia i uniemożliwić w ten sposób zwrot nadpłaty zubożonemu podatnikowi. Opieszały organ podatkowy czerpałby w takiej sytuacji korzyści z faktu, że przed upływem terminu przedawnienia nie zdołał wydać decyzji określającej wysokość zobowiązania podatkowego i wysokość nadpłaty, bez względu na treść i charakter następnie podnoszonej argumentacji o skomplikowaniu sprawy czy kierowaniu wniosków prejudycjalnych jak w niniejszej sprawie. W przedmiotowej sprawie postępowanie wymiarowe w zakresie wysokości zobowiązania w podatku od nieruchomości za 2019 r. zostało wszczęte w kwietniu 2023r. Pomimo prowadzenia postępowania przez ponad 1,5 roku, organ nie zakończył go przed upływem terminu przedawnienia. Z tego względu, logicznym było, że na wypadek umorzenia postępowania wymiarowego z uwagi na upływ terminu przedawnienia, spółka w toku tego postępowaniu wskazała na kwestie konieczności stwierdzenia nadpłaty przed upływem przedawnienia występując ze stosownymi pismami.

W sytuacji kiedy SKO w Krakowie postępowanie wymiarowe umorzyło z uwagi na upływ terminu przedawnienia, konsekwencją było tym samym pozbawienie spółki możliwości merytorycznego rozpatrzenia zidentyfikowanych tytułów nadpłatowych. W konsekwencji doszło do sytuacji w której spółka nie miała możliwości złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, który podlegałby rozpoznaniu. Zatem przyjęta przez skarżony organ interpretacja jest nie do pogodzenia z konstytucyjną zasadą demokratycznego państwa prawnego i wynikającą z niej zasadą zaufania jednostki do państwa i stanowionego przezeń prawa. Z zasady demokratycznego państwa prawnego określonej w art. 2 Konstytucji RP wywodzona jest zasada sprawiedliwości proceduralnej, która określa również sposób stosowania obowiązujących reguł postępowania administracyjnego. Trybunał Konstytucyjny wielokrotnie podkreślał, że z zasady demokratycznego państwa prawnego wynika ogólny wymóg, aby wszelkie postępowania prowadzone przez organy władzy publicznej w celu rozstrzygnięcia spraw indywidualnych odpowiadały standardom sprawiedliwości proceduralnej. Regulacje prawne tych postępowań muszą w związku z tym zapewnić wszechstronne i staranne zbadanie okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy oraz gwarantować wszystkim stronom i uczestnikom postępowania prawo do wysłuchania, tj. prawo przedstawiania i obrony swoich racji. Na sprawiedliwość proceduralną składa się m.in. zapewnienie jednostce wysłuchania polegające przynajmniej na możliwości przedstawienia swoich racji oraz zgłaszania wniosków dowodowych (por. zapadły w sprawie odnoszącej się do odmowy wszczęcia postępowania w zakresie stwierdzenia nadpłaty w podobnych okolicznościach wyrok NSA z dnia 11 czerwca 2025 r. sygn. III FSK 373/24 oraz wyroki TK z 15 grudnia 2008 r., P 57/07; z 14 czerwca 2006 r., K 53/05, z 11 czerwca 2002 r., SK 5/02).

Niedopuszczalna była zatem wykładnia art. 79 § 2 O.p., że prawo do złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty może być skutecznie zablokowane przez organ podatkowy poprzez prowadzenie postępowania wymiarowego aż do momentu upływu przedawnienia zobowiązania podatkowego, co prowadzi do uchylenia zaskarżonej decyzji. Sąd podziela przy tym stanowisko wyrażone przy podobnym zagadnieniu w sprawie pomiędzy tymi samymi stronami w prawomocnym wyroku WSA w Krakowie z dnia 27 sierpnia 2025r., sygn. I SA/Kr 163/24, a to że organ podatkowy, na podstawie art. 74a O.p., jest zobowiązany do określenia z urzędu nadpłaty w każdym przypadku jej stwierdzenia, z wyjątkami tam wskazanymi. Jeżeli zatem w postępowaniu w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego organ podatkowy stwierdza, że podatnik zapłacił za wysoki podatek, powinien nie tylko określić niższą kwotę podatku, ale również kwotę nadpłaty, która w związku z tym powstała. Może to nastąpić w jednej decyzji, gdzie w podstawie prawnej wskazany zostanie art. 74a O.p. (Brolik Jacek i in., Ordynacja podatkowa. Komentarz, wyd. V. Opublikowano: LEX 2013). Jeżeli w toku postępowania podatkowego wszczętego z urzędu podatnik sygnalizuje istnienie nadpłaty organ musi tę okoliczność wziąć pod uwagę rozstrzygając sprawę (por. wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 6 marca 2020 r., sygn. III SA/Wa 1777/19).

Wobec zatem wszczęcia przez organ podatkowy pierwszej instancji postępowania podatkowego z urzędu, skarżąca utraciła w dacie wszczęcia tego postępowania możliwość wnioskowania o wszczęcie odrębnego postępowania podatkowego dotyczącego stwierdzenia nadpłaty. Brak było również możliwości skutecznego złożenia korekty deklaracji, co stanowi czynność niezbędną dla skuteczności wnioskowania o stwierdzenie nadpłaty.

W ponownie prowadzonym postępowaniu organ podatkowy winien rozstrzygnąć kwestię istnienia bądź nie nadpłaty w podatku od nieruchomości. W razie ujawnienia się przesłanki do umorzenia postępowania wymiarowego jako bezprzedmiotowego, postępowanie to należy ograniczyć do rozstrzygnięcia w przedmiocie żądania nadpłaty, skoro żądanie nadpłaty zostało złożone przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania. Wymiarowe postępowanie podatkowe pozostaje wówczas tylko postępowaniem nadpłatowym, a w każdym przypadku, gdy podatnik zgłasza istnienie nadpłaty przed upływem terminu przedawnienia to organ musi merytorycznie rozpatrzyć to żądanie.

Mając na uwadze powyższe, orzeczono jak w punkcie I sentencji wyroku na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. "a" i "c" ustawy o p.p.s.a.

O kosztach orzeczono w pkt II w oparciu o art. 200 w zw. z art. 205 § 4 p.p.s.a.

jeszcze 1814 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo