Odnosząc się do zarzutu spółki, że zwolnienie ma charakter przedmiotowy Kolegium stwierdziło, że brak elementów podmiotowych zwolnienia nie zmienia tego, że należy je oceniać w kontekście pomocy publicznej przez pryzmat ich beneficjenta. Analogiczne rozumowanie wynika ze znowelizowanego 19 września 2018 r. przepisu art. 2 ust. 3 pkt 4 u.p.o.l. W tym przypadku zastrzeżono wprost w art. 2 ust. 4 u.p.o.l., że ust. 3 pkt 4 stosuje się z uwzględnieniem przepisów o pomocy publicznej lub pomocy de minimis. Ustawodawca uznał zatem, że kryterium zastosowania zwolnienia podatkowego w postaci posiadania przez przedsiębiorców określonych przedmiotów opodatkowania może prowadzić do selektywności preferencji podatkowej, a przez to do wystąpienia przesłanek przewidzianych w art. 107 ust. 1 TFUE, uzasadniających uznanie jej za pomoc publiczną.
W skardze na decyzję Kolegium spółka, wnosząc o uchylenie tej decyzji oraz poprzedzającej ja decyzji organu pierwszej instancji i zasądzenie kosztów postępowania, zarzuciła naruszenie:
- art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w zw. z 21 § 3 oraz w zw. z art. 233 o.p. poprzez ich niezastosowanie i utrzymanie w mocy decyzji określającej stronie zobowiązanie w podatku od nieruchomości za 2018 r. w wysokości 721.816 zł, podczas gdy w wyniku prawidłowego zastosowania tych przepisów, wysokość zobowiązania podatkowego powinna zostać określona na kwotę nie większą niż 313.140 zł co powinno spowodować uchylenie decyzji Wójta;
- art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. w zw. z art. 108 ust. 3 w zw. z 107 ust. 1 TFUE poprzez ich błędną wykładnię i odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku od nieruchomości w wyniku uznania, że brak notyfikacji Komisji Europejskiej domniemanego środka pomocowego jest przesłanką do odmowy stwierdzenia takiej nadpłaty pomimo wystąpienia ustawowych przesłanek zwolnienia podatkowego, podczas gdy niedochowanie obowiązku notyfikacji nie może wpływać na prawa i obowiązki podatnika wynikające z obowiązujących norm prawa krajowego, co doprowadziło do niedozwolonej prawotwórczej wykładni przepisów prawa podatkowego;
- art. 122, art. 127, art. 187 § 1 i art. 191 o.p. w zw. z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. oraz w zw. z art. 107 ust. 1 i 3 TFUE w postaci braku jakichkolwiek samodzielnych ustaleń w kierunku wykazania kumulatywnych przesłanek pozwalających uznać zwolnienie podatkowe za pomoc publiczną w szczególności selektywnego charakteru tego zwolnienia, pomimo że zgodnie z zasadą dwuinstancyjności postępowania podatkowego organ odwoławczy powinien ponownie przeanalizować cały materiał dowodowy i ocenić, czy wszystkie okoliczności i fakty istotne w sprawie zostały udowodnione oraz czy dokonano ich właściwej oceny, czego nie uczynił.
W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy, podtrzymując stanowisko przedstawione w zaskarżonej decyzji, wniósł o oddalenie skargi.
W piśmie z 16 maja 2024 r. organ wniósł zaś o zawieszenie postępowania sądowego do czasu rozstrzygnięcia przez TSUE sprawy zainicjowanej pytaniami prejudycjalnymi skierowanymi przez NSA w postanowieniu z 19 kwietnia 2023 r., sygn. akt III FSK 3/22. Postanowieniem z 6 czerwca 2024 r. Sąd zawiesił postępowanie w sprawie do czasu rozstrzygnięcia przedstawionych wyżej pytań prejudycjalnych.
Wyrokiem z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23, TSUE rozstrzygnął wskazane pytania prejudycjalne. W związku z ustaniem przyczyny uzasadniającej zawieszenie postępowania, Sąd postanowił je podjąć postanowieniem z 8 maja 2025 r.
Na rozprawie przed Sądem pełnomocnicy stron poparli stanowiska w sprawie, przy czym reprezentant organu pozostawił kwestię zastosowania zwolnienia podatkowego do oceny Sądu z uwzględnieniem tez wspomnianego wyroku TSUE.
Zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Lublinie skarga jest zasadna.
W pierwszej kolejności konieczne jest odniesienie się do przebiegu postępowania podatkowego zakończonego zaskarżoną decyzją. Należy bowiem zauważyć, że przedmiotem rozstrzygnięcia zawartego w tej decyzji, wydanej 12 marca 2024 r., jest określenie zobowiązania podatkowego skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r.
W odniesieniu do podatników podatku od nieruchomości będących osobami prawnymi zobowiązanie podatkowe w tym podatku powstaje z mocy samego prawa, z chwilą zaistnienia zdarzenia, z którym ustawa podatkowa wiąże powstanie takiego zobowiązania, a zatem w sposób unormowany w art. 21 § 1 pk1 o.p. Wynika to z treści przepisu art. 6 ust. 9 u.p.o.l. Stanowi on bowiem, że m.in. osoby prawne są obowiązane (1) składać, w terminie do dnia 31 stycznia, organowi podatkowemu właściwemu ze względu na miejsce położenia przedmiotów opodatkowania, deklaracje na podatek od nieruchomości na dany rok podatkowy, sporządzone na formularzu według ustalonego wzoru, a jeżeli obowiązek podatkowy powstał po tym dniu - w terminie 14 dni od dnia zaistnienia okoliczności uzasadniających powstanie tego obowiązku; (2) odpowiednio skorygować deklaracje w razie zaistnienia zdarzenia, o którym mowa w ust. 3, w terminie 14 dni od dnia zaistnienia tego zdarzenia; (3) wpłacać obliczony w deklaracji podatek od nieruchomości - bez wezwania - na rachunek właściwej gminy, w ratach proporcjonalnych do czasu trwania obowiązku podatkowego, w terminie do dnia 15. każdego miesiąca, a za styczeń do dnia 31 stycznia.
Deklaracja skarżącej spółki na podatek od nieruchomości za 2018 r. wpłynęła do organu pierwszej instancji 18 stycznia 2018 r. Wykazywała ona w jej treści obiekty objęte opodatkowaniem i kwotę podatku do zapłaty w wysokości 721.816 zł. Obliczając we wskazanej deklaracji wysokość podatku skarżąca nie uwzględniła zwolnienia przewidzianego w treści art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l.
25 czerwca 2020 r. organ pierwszej instancji wydał postanowienie o wszczęciu z urzędu postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r. Doręczone zostało ono stronie 26 czerwca 2020 r. Zgodnie z art. 165 § 4 o.p., z tym dniem nastąpiło wszczęcie z urzędu postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r. Postępowanie to zakończyło się w pierwszej instancji decyzją Wójta z dnia 12 grudnia 2022 r. określającą wysokość zobowiązania spółki w podatku od nieruchomości za 2018 r. w wysokości 721.816 zł, tj. zgodnie z deklaracją podatkową złożoną 18 stycznia 2018 r. W ocenie organu pierwszej instancji wskazana deklaracja wykazuje prawidłową powierzchnię gruntów objętych opodatkowaniem, a także prawidłową powierzchnię użytkową budynków oraz wartość budowli. Do obliczenia podatku w tej deklaracji zastosowane zostały także prawidłowe stawki. Organ pierwszej instancji uzasadniając decyzję wyraził stanowisko, zgodnie z którym skarżąca spełnia wszystkie warunki do zastosowania zwolnienia "kolejowego", unormowane w przepisie art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. Nie może ono jednak być zastosowane ponieważ stanowiłoby to niedopuszczalną pomoc publiczną w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. W stosunku do powołanego przepisu ustawy podatkowej wprowadzającego wskazane zwolnienie, nie został zaś wyczerpany tryb przewidziany w art. 108 TFUE.
Zaznaczyć należy, że w trakcie postępowania podatkowego przed organem pierwszej instancji, w dniu 19 marca 2021 r. skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości, wraz z korektą deklaracji. Zdaniem skarżącej przy obliczaniu przypadającego od niej podatku od nieruchomości za 2018 r. powinno być zastosowane zwolnienie podatkowe wynikające z przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. W związku z tym kwota podatku od nieruchomości do zapłaty za 2018 r. wynosić powinna 313.141 zł.
Postanowieniem z dnia 13 kwietnia 2021 r. organ pierwszej instancji odmówił wszczęcia postępowania w sprawie określenia wysokości nadpłaty w podatku od nieruchomości. Takie rozstrzygnięcie organu pierwszej instancji znajduje uzasadnienie w treści art. 79 § 1 o.p., zgodnie z którym postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego, kontroli podatkowej lub kontroli celno-skarbowej - w zakresie zobowiązań podatkowych, których dotyczy postępowanie lub kontrola. W razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu.
Po rozpatrzeniu odwołania skarżącej od decyzji Wójta, Samorządowe Kolegium Odwoławcze zaskarżoną decyzją z dnia 12 marca 2024 r., utrzymało w mocy decyzję organu pierwszej instancji określającą wysokość zobowiązania podatkowego skarżącej w podatku od nieruchomości za rok 2018 w kwocie 721.816 zł.
Biorąc pod uwagę wskazany przebieg postępowania podatkowego zauważyć należy, że zgodnie z treścią art. 70 § 1 o.p., zobowiązanie podatkowe wygasa z upływem 5 lat, licząc od końca roku, w którym upłynął termin płatności. Oznacza to, że decyzyjna weryfikacja zobowiązania powstałego z mocy prawa, a w taki sposób powstaje zobowiązanie osoby prawnej w podatku od nieruchomości, zakończyć się musi wydaniem decyzji ostatecznej, i jak przyjmuje się w orzecznictwie, jej doręczeniem, w czasie gdy zobowiązanie podatkowe określone decyzją jeszcze istnieje, tj. przed upływem terminu przedawnienia tego zobowiązania.
W rozpoznawanej sprawie terminy płatności rat podatku od nieruchomości za 2018 r. przypadały, jak to wynika z powołanego wyżej art. 6 ust. 9 pkt 3 u.p.o.l., w 2018 r. Z zaskarżonej decyzji nie wynika, by bieg terminu przedawnienia zobowiązania skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r. uległ przerwaniu bądź zawieszeniu. W takiej sytuacji zobowiązanie to przedawniłoby się zatem z końcem 2023 r. Zaskarżona decyzja Samorządowego Kolegium Odwoławczego, mająca za przedmiot – co nie budzi wątpliwości - określenie wysokości zobowiązania skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r., wydana zaś została 12 marca 2024 r., a zatem, o ile nie zaistniała żadna okoliczność powodująca zawieszenie lub przerwanie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, po upływie terminu przedawnienia. Już z tego powodu konieczne jest uchylenie zaskarżonej decyzji oraz decyzji wydanej w pierwszej instancji.
Należy natomiast podkreślić, że jak była o tym mowa wyżej, w dniu 19 marca 2021 r, a zatem przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, skarżąca złożyła wniosek o stwierdzenie nadpłaty w podatku od nieruchomości, uważając, że ma do niej zastosowane zwolnienie podatkowe z art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l., i korektę deklaracji z wykazaną kwotą do zapłaty w wysokości 313.141 zł. Jak była o tym mowa, z treści art. 79 § 1 o.p. wynika, że postępowanie w sprawie stwierdzenia nadpłaty nie może zostać wszczęte w czasie trwania postępowania podatkowego. Przepis ten stanowi jednak także, iż w razie wszczęcia z urzędu postępowania podatkowego w sprawie, w której został złożony wniosek o stwierdzenie nadpłaty, żądanie zawarte we wniosku o stwierdzenie nadpłaty podlega rozpatrzeniu w tym postępowaniu. Organy podatkowe, o ile nie doszło do zawieszenia bądź przerwania biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r., nie mogą już prowadzić postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania podatkowego. Wniosek skarżącej o stwierdzenie nadpłaty nie może jednak pozostać nierozpoznany.
Po drugie, w ocenie Sądu błędne jest stanowisko prezentowane przez organy podatkowe obu instancji, zgodnie z którym zastosowanie zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 u.p.o.l. powoduje udzielenie niedopuszczalnej pomocy publicznej. Uwzględnienie wyroku TSUE z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23 powoduje, że zaskarżona decyzja powinna być w całości wyeliminowana z obrotu prawnego.
W rozpoznawanej sprawie stan faktyczny nie jest sporny. Spór natomiast dotyczy możliwości przyznania spółce zwolnienia określonego w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. ze względu na przepisy o pomocy publicznej. Skarżąca, generalnie rzecz ujmując, nie podziela stanowiska organów podatkowych obu instancji, że zwolnienie wynikające z powyższego przepisu ustawy podatkowej, stanowi selektywną pomoc publiczną, nie notyfikowaną Komisji Europejskiej, a tym samym nie była ona uprawniona do wskazanego zwolnienia podatkowego. Kolegium nie kwestionując, że spółka spełnia ustawowe warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., odmawia jego zastosowania z uwagi na to, że stanowi ono niedozwoloną pomoc publiczną. Ocenę tę organ oparł treści na art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 3 TFUE. W szczególności, zdaniem organu, wskazany środek zakłóca konkurencję lub grozi jej zakłóceniem oraz ma charakter pomocy selektywnej.
Dla oceny powyższej kwestii zasadnicze znaczenie ma wynik postępowania przed Trybunałem Sprawiedliwości UE, zainicjowanego pytaniami prejudycjalnymi Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie o sygn. III FSK 3/22. W sprawie tej, której przedmiot także dotyczył opodatkowania infrastruktury kolejowej w postaci bocznicy, a zasadniczo możliwości zastosowania zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., NSA powziął wątpliwość i przedstawił Trybunałowi do analizy następujące zagadnienia na tle badanej sprawy: 1) czy w świetle art. 107 ust. 1 TFUE zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l., polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym? 2) czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 TFUE w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o Funkcjonowaniu Unii Europejskiej (Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r.), jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?
Istotą wskazanych pytań prejudycjalnych, a zasadniczo pierwszego z nich, było to, czy art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, przyznają beneficjentom tego zwolnienia selektywną korzyść i zakłócają konkurencję lub grożą jej zakłóceniem.
W odpowiedzi na powyższe pytania TSUE w wyroku z 29 kwietnia 2025 r., C-453/23, wskazał, że art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści (pkt 80 oraz sentencja). To zaś powoduje, że środek prawny w postaci zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. nie może zostać uznany za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. Takie stwierdzenie o braku selektywnej korzyści dezaktualizuje nadto potrzebę badania drugiej z przesłanek niedozwolonej pomocy państwa, to jest zakłócenia lub groźby zakłócenia konkurencji (pkt 75 wyroku).
Zastosowanie trybu przypuszczającego w treści rozstrzygnięcia wynika wyłącznie z faktu, że podatek od nieruchomości nie jest podatkiem zharmonizowanym, a zatem autonomia decyzyjna w zakresie regulacji prawnych tej ustawy podatkowej (prawo weryfikacji) należy do sądu krajowego. Niemniej jednak Trybunał – powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo – wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomia przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku). Trybunał przywołał opinię rzecznik generalnej, w której wskazała w pkt 33, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt. 51 i 52 wyroku).
Jak wskazano w pkt 36 wyroku, dany środek można uznać za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE tylko wówczas, gdy spełnione są wszystkie następujące przesłanki. Po pierwsze, musi mieć miejsce interwencja państwa lub interwencja przy użyciu zasobów państwowych. Po drugie, interwencja ta musi być w stanie wpłynąć na wymianę handlową między państwami członkowskimi. Po trzecie, musi ona przyznawać beneficjentowi selektywną korzyść. Po czwarte, musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem.
Trybunał Sprawiedliwości wskazał jednak – analizując bezpośrednio przepis polskiej ustawy podatkowej i zastrzegając niezbędną weryfikację przez sąd krajowy – że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74 wyroku). W celu ustalenia czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne. W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za selektywny należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli normalny system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie pomocy państwa nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku, gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44 wyroku). Jeżeli dany środek podatkowy jest nierozerwalnie związany z ogólnym systemem podatkowym danego państwa członkowskiego, należy odwołać się do tego systemu. Natomiast jeżeli okazuje się, że taki środek daje się wyraźnie oddzielić od wspomnianego systemu ogólnego, nie można wykluczyć, że ramy odniesienia, które należy wziąć pod uwagę, są węższe niż ten ogólny system, a nawet że są one tożsame z samym środkiem, gdy jawi się on jako norma z własną samodzielną logiką prawną i gdy niemożliwe jest wskazanie spójnej całości normatywnej poza tym środkiem (pkt 47 wyroku).
TSUE podkreślił, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub normalny system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności (pkt 48 wyroku). To określenie cech konstytutywnych podatku obejmuje podstawę opodatkowania, zdarzenie powodujące powstanie obowiązku podatkowego, ale również ewentualne zwolnienia z tego podatku (pkt 49 wyroku).
Wobec tego, że co do zasady konstytutywne cechy podatku definiują ramy odniesienia, w świetle których należy przeprowadzić badanie przesłanki selektywności, ogólne i abstrakcyjne zwolnienie z podatku bezpośredniego, takie jak zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego, zwykle nie jest kwalifikowane jako pomoc państwa. W zakresie, w jakim uznaje się, że zwolnienie to jest nierozerwalnie związane z normalnym systemem podatkowym, nie może ono bowiem co do zasady przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE (pkt 50 wyroku).
W konsekwencji analizy przedmiotu sprawy Trybunał stanął na stanowisku, że system prawny podatku od nieruchomości wynikający z u.p.o.l. stanowi normalny system podatkowy, a w konsekwencji – wskazane ramy odniesienia (pkt 62 wyroku). Na system ten składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63 wyroku). Jak podkreślił Trybunał w pkt 64 wyroku, w kontekście oceny selektywności środka prawnego, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a omawianej ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii. W tym wypadku, zwolnienie to przyznaje się osobom podlegającym opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości pod warunkiem, że posiadają one grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym (pkt 65 wyroku). Przesłanki te nie wydają się związane pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii (pkt 66 wyroku). Przeciwnie, zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności (pkt 67 wyroku). Jak więc wskazał Trybunał, pozostawiając ostatecznie ocenę sądowi krajowemu, wydaje się, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności. Zwolnienie to wydaje się zatem opierać na neutralnym kryterium, które ma zastosowanie niezależnie między innymi od sektorów lub rodzajów działalności gospodarczej przedsiębiorstw będących beneficjentami lub od ich formy prawnej (pkt 69 wyroku). Wspomniane zwolnienie należy uznać za stanowiące część ram odniesienia mających zastosowanie w sprawie. Te ramy odniesienia mają autonomiczną logikę prawną z własnymi celami (pkt 70 wyroku). System podatku od nieruchomości realizuje nie tylko cel budżetowy, zasadniczy dla samej funkcji podatku, lecz również - za pomocą zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowaniu głównego - cel o charakterze środowiskowym polegający na motywowaniu odnośnych przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy (pkt 71 wyroku). W ocenie TSUE, te ramy odniesienia nie zostały ukształtowane zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami, mającymi na celu obejście prawa Unii w dziedzinie pomocy państwa (pkt 73 wyroku). W konsekwencji, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd krajowy, TSUE uznał, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia. Co za tym idzie, nie jest ono niedozwoloną pomocą publiczną.
Mając na uwadze powyższe tezy wyroku TSUE stwierdzić należy, że wyrażone w sprawie stanowisko w zakresie możliwości zastosowania wobec skarżącej art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. nie jest prawidłowe. Poza sporem pozostawało to, że skarżąca jest właścicielem infrastruktury kolejowej (bocznicy kolejowej i przynależności), które wykorzystuje w ramach terminala przeładunkowego i – jak podkreślił organ pierwszej instancji – potencjalnie spełnia warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. Przy uwzględnieniu ocen poczynionych przez TSUE, zwolnienie to nie ma charakteru niedozwolonej pomocy publicznej, a skoro tak, wskazany przepis ustawy podatkowej nie wymagał notyfikacji Komisji Europejskiej, bowiem nie spełnia przesłanki selektywnej korzyści. Łączny charakter przesłanek definiujących pomoc państwa powoduje, że zagadnienie możliwej konkurencyjności traci na znaczeniu. Jednak i w tym kontekście wskazać trzeba, że jakkolwiek zwolnienie podatkowe z zasady ogranicza koszty przedsiębiorstwa, które z niego korzysta, to jednak zostało ono przyznane wszystkim tym podmiotom, które przy spełnieniu dodatkowych przesłanek posiadają infrastrukturę kolejową. Tylko zatem takie przedsiębiorstwa mogą stanowić punkt odniesienia dla badania konkurencyjności, a nie wszystkie funkcjonujące na rynku przedsiębiorstwa, które taką infrastrukturą nie dysponują.
W związku z tym, obowiązkiem organów w ponownie prowadzonym postępowaniu, będzie, po pierwsze zbadanie kwestii dopuszczalności rozstrzygania w kwestii deklaratoryjnego określenia wysokości zobowiązania skarżącej w podatku od nieruchomości za 2018 r. oraz uwzględnienie wyrażonej w niniejszym orzeczeniu oceny przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a u.p.o.l. w kontekście art. 107 ust. 1 TFUE, mając na uwadze, że wniosek skarżącej o zwrot nadpłaty nie może pozostać nierozpoznany.
Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję oraz decyzję wydaną w pierwszej instancji.
O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit a w zw. z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r., poz. 1935) w zw. z art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną od organu kwotę składają się: wpis od skargi w kwocie 7.219 zł, opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł i połowa wynagrodzenie pełnomocnika skarżącej – 5.400 zł. Wobec faktu, że w tym samym terminie przed Sądem odbyły się dwie rozprawy w sprawach dotyczących podatku od nieruchomości należnego od spółki za kolejne lata podatkowe (sygn. akt I SA/Lu 291/24 i I SA/Lu 292/24), w których podniesiono te same argumenty na uzasadnienie wywiedzionych skarg, Sąd uznał, że nakład pracy pełnomocnika skarżącej uzasadnia obniżenie jego wynagrodzenia w każdej z tych spraw o połowę.
Z tych wszystkich względów, Sąd orzekł jak w sentencji.