W zakresie zarzutu naruszenia art. 2 ust. 2 u.p.o.l. skarżąca zaznaczyła, że ustawodawca rozróżnia pojęcia "zajęcie na prowadzenie działalności gospodarczej" oraz "związanie z prowadzeniem działalności gospodarczej". Organy pominęły fakt, że sporny grunt nie był faktycznie wykorzystywany w działalności gospodarczej. Ogrodzenia działek o numerach [...] nie można utożsamiać z zajęciem ich na prowadzenie działalności gospodarczej, gdyż działanie strony w tym zakresie miało charakter techniczny i służyło zabezpieczeniu własności. Nie wzięto też pod uwagę w przypadku części działek, że w informacji wydawanej przez urząd gminy dokonywany jest podział na tereny przemysłowe, inne tereny zabudowane i drogi, które podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości oraz grunty orne, pastwiska trwałe, które takiemu opodatkowaniu nie powinny podlegać. Dokument ten potwierdza, że całość gruntu nie jest zajęta na prowadzenie działalności gospodarczej.
Skarżąca argumentowała też, że postępowanie podatkowe powinno być dwuinstancyjne. Tymczasem Samorządowe Kolegium Odwoławcze nie odniosło się do dowodu z ewidencji gruntów, nie ustosunkowało się do zapisów wynikających z tej ewidencji i zarzutu sformułowanego w tym zakresie w odwołaniu. Zaakceptowało fakt, że organ pierwszej instancji - dokonując określenia wysokości zobowiązania podatkowego - poczynił błędne ustalenia, co wprost oznacza, że w sposób niewłaściwy i niepełny rozpatrzyło zgromadzony materiał dowodowy.
W odpowiedzi na skargę Samorządowe Kolegium Odwoławcze wniosło o jej oddalenie, popierając stanowisko prezentowane w zaskarżonej decyzji. Podniosło, że na podstawie dowodu z oględzin ustalono, że na spornych gruntach spółka prowadzi działalność gospodarczą. Spółka nie wykazała, by na gruntach prowadziła także działalność rolniczą. Dopiero faktyczne wykorzystywanie gruntów sklasyfikowanych jako użytki rolne decyduje o tym, jakim podatkiem będą one opodatkowane. Organ poparł swoje stanowisko, iż art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. stanowi selektywną pomoc publiczną, nie został notyfikowany Komisji Europejskiej, a zatem spółka nie była uprawniona do korzystania ze zwolnienia na jego podstawie.
W piśmie z dnia 20 maja 2024 r. organ wniósł o zawieszenie postępowania sądowego do czasu rozstrzygnięcia przez Trybunał Sprawiedliwości UE sprawy zainicjowanej pytaniami prejudycjalnymi skierowanymi przez Naczelny Sąd Administracyjny w postanowieniu z dnia 19 kwietnia 2023 r. sygn. akt III FSK 3/22.
Postanowieniem z dnia 20 czerwca 2024 r. Sąd zawiesił postępowanie w sprawie do czasu rozstrzygnięcia przedstawionych wyżej pytań prejudycjalnych.
Wyrokiem z 29 kwietnia 2025 r. w sprawie o sygn. C-453/23 Trybunał Sprawiedliwości Unii Europejskiej rozstrzygnął wskazane pytania prejudycjalne. W związku z ustaniem przyczyny uzasadniającej zawieszenie postępowania, Sąd postanowił je podjąć (postanowienie z dnia 8 maja 2025 r.).
Na rozprawie pełnomocnicy stron poparli stanowiska w sprawie, przy czym reprezentant organu pozostawił kwestię zastosowania zwolnienia podatkowego do oceny Sądu z uwzględnieniem tez wyroku TSUE.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie zważył, co następuje:
Zarzuty skargi są w części zasadne, co pozostaje efektem tez wyroku TSUE w sprawie sygn. akt C-453/23. Ich uwzględnienie powoduje jednak, że zaskarżona decyzja winna być w całości wyeliminowana z obrotu prawnego w celu właściwego określenia wysokości zobowiązania podatkowego.
Przedmiotem sporu było opodatkowanie gruntów, budynków i budowli należących do spółki. Postępowanie podatkowe wszczęte zostało w związku ze stwierdzonymi przez organ wadliwościami w wykazaniu przez spółkę przedmiotów opodatkowania zarówno w deklaracji z 31 stycznia 2019 r., jak i w jej korekcie z 26 sierpnia 2019 r. Różnice w stanowiskach strony i organu dotyczyły zasadniczo dwóch kwestii: sposobu opodatkowania działek gruntu o numerach: [...] które w ewidencji gruntów zostały określone jako grunty orne oraz prawa spółki do korzystania ze zwolnienia podatkowego elementów infrastruktury kolejowej, w tym bocznicy kolejowej, na podstawie art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l.
W ocenie strony, grunty orne winny zostać opodatkowane podatkiem rolnym, bowiem nie są zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej, a co najwyżej z działalnością tą związane. Z kolei stanowisko organu, iż art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. stanowi niedozwoloną pomoc publiczną zostało obalone orzeczeniem TSUE, w którym wskazano na brak przesłanki selektywnej korzyści w tej regulacji prawnej.
Zdaniem organu, grunty rolne stanowią składnik przedsiębiorstwa spółki i element rozbudowywanego terminala przeładunkowego, co wprost wynika z przeprowadzonych w sprawie oględzin. Są one zatem wykorzystywane faktycznie w działalności gospodarczej strony i z tego względu podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości w stawkach najwyższych, zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. Jeśli zaś chodzi o zwolnienie podatkowe, to organ pozostawił tę kwestię ostatecznemu rozstrzygnięciu Sądu, z uwagi na istotną zmianę wykładni związaną z zapadłym orzeczeniem TSUE.
Poza sporem pozostaje fakt, że spółka w roku podatkowym była właścicielem bocznicy kolejowej stanowiącej budowlę oraz gruntów pod tą bocznicą (działki o nr [...] - łącznie o powierzchni 97.677 m2). Powyższe wchodzą w skład infrastruktury kolejowej działającej w ramach Terminalu Przeładunkowego E. , obejmującego powierzchnię gruntów 13,2395 ha. Według organów elementy infrastruktury kolejowej w 2019 r. wypełniały przesłanki do zastosowania zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. (choć równocześnie w decyzjach organów obu instancji nie przedstawiono żadnych okoliczności związanych z realizacją pozostałych przesłanek zwolnienia podatkowego, w tym przesłanki udostępnienia infrastruktury kolejowej przewoźnikowi kolejowemu). Z uwzględnieniem zwolnienia podatkowego skarżąca deklarowała opodatkowanie nieruchomości począwszy od 2020 r. Tego też dotyczyła korekta deklaracji za 2019 r.
Nie kwestionując, że spółka spełnia ustawowe warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., organ odmówił jego zastosowania z uwagi na fakt, że w jego ocenie stanowi ono niedozwoloną pomoc publiczną. Ocenę tę organ oparł na art. 107 ust. 1 i art. 108 ust. 3 TFUE. W szczególności, zdaniem organu, wskazany środek zakłóca konkurencję lub grozi jej zakłóceniem oraz ma charakter selektywny. Poza tym omawiane zwolnienie nie zostało notyfikowane Komisji Europejskiej.
Dla oceny powyższej kwestii zasadnicze znaczenie ma wynik postępowania przed Trybunałem Sprawiedliwości UE, zainicjowanego pytaniami prejudycjalnymi Naczelnego Sądu Administracyjnego w sprawie sygn. akt III FSK 3/22. W sprawie tej, której przedmiot także dotyczył opodatkowania infrastruktury kolejowej w postaci bocznicy, a zasadniczo możliwości zastosowania zwolnienia podatkowego, o którym mowa w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., NSA powziął wątpliwość i przedstawił Trybunałowi do analizy następujące zagadnienia na tle badanej sprawy: 1) czy w świetle art. 107 ust. 1 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) zakłóca lub grozi zakłóceniem konkurencji przyznanie przez kraj członkowski adresowanej do wszystkich przedsiębiorców ulgi podatkowej, takiej jak w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a ustawy z dnia 12 stycznia 1991 r. o podatkach i opłatach lokalnych (Dz. U. z 2019 r. poz. 1170 ze zm.), polegającej na zwolnieniu od podatku od nieruchomości gruntów, budynków i budowli wchodzących w skład infrastruktury kolejowej w rozumieniu przepisów o transporcie kolejowym, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym? 2) czy w przypadku odpowiedzi pozytywnej na pytanie 1 przedsiębiorca, który skorzystał ze zwolnienia od podatku na podstawie ww. przepisu krajowego, wprowadzonego bez zachowania wymaganej procedury, określonej w art. 108 ust. 3 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (wersja skonsolidowana: Dz. Urz. UE C 202 z 7.06.2016 r., s. 47) w związku z art. 2 Rozporządzenia Rady (UE) 2015/1589 z dnia 13 lipca 2015 r. ustanawiającego szczegółowe zasady stosowania art. 108 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej (tekst jednolity) (Tekst mający znaczenie dla EOG), Dz. U. UE L 248/9 z 24.09.2015 r., jest zobowiązany do zapłaty zaległego podatku wraz z odsetkami?
Istotą wskazanych pytań prejudycjalnych (a zasadniczo pierwszego z tych pytań) było to, czy art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, iż przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, przyznają beneficjentom tego zwolnienia selektywną korzyść i zakłócają konkurencję lub grożą jej zakłóceniem.
W odpowiedzi na powyższe pytania TSUE w wyroku z dnia 29 kwietnia 2025r. w sprawie o sygn. C-453/23 wskazał, że art. 107 ust. 1 TFUE należy interpretować w ten sposób, że nie wydaje się, by przepisy państwa członkowskiego, które zwalniają z podatku od nieruchomości grunty, budynki i budowle wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, gdy jest ona udostępniana przewoźnikom kolejowym, stanowiły środek, który przysparza beneficjentom tego zwolnienia selektywnej korzyści (pkt 80 oraz sentencja). To zaś powoduje, że środek prawny w postaci zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. nie może zostać uznany za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE. Takie stwierdzenie o braku selektywnej korzyści dezaktualizuje nadto potrzebę badania drugiej z przesłanek niedozwolonej pomocy państwa tj. zakłócenia lub groźby zakłócenia konkurencji (pkt 75 wyroku).
Zastosowanie trybu przypuszczającego w treści rozstrzygnięcia wynika wyłącznie z faktu, że podatek od nieruchomości nie jest podatkiem zharmonizowanym, a zatem autonomia decyzyjna w zakresie regulacji prawnych tej ustawy podatkowej (prawo weryfikacji) należy do sądu krajowego. Niemniej jednak Trybunał – powołując się obszernie na dotychczasowe orzecznictwo - wskazał, że interwencje państw członkowskich w dziedzinach, które nie były przedmiotem harmonizacji w prawie Unii, takich jak dziedzina podatków bezpośrednich, nie są wyłączone z zakresu stosowania postanowień TFUE dotyczących kontroli pomocy państwa. Państwa członkowskie powinny zatem powstrzymać się od przyjmowania wszelkich środków podatkowych mogących stanowić pomoc państwa niezgodną z rynkiem wewnętrznym. Autonomii przyznana państwom członkowskim w dziedzinie podatków bezpośrednich oznacza także, że owe państwa mają możliwość dokonania kategoryzacji podatkowej, a w szczególności wprowadzenia zwolnień podatkowych, które uznają za najbardziej odpowiednie do realizacji zamierzonych przez nie celów leżących w interesie ogólnym, niezależnie od tego, czy cele te mają charakter podatkowy, czy też nie (pkt 48 i 51 wyroku). Trybunał przywołał opinię rzecznik generalnej, w której wskazała w pkt 33, że państwa członkowskie w ramach przysługującej im autonomii podatkowej mogą w sposób zgodny z prawem realizować za pomocą podatków bezpośrednich, oprócz celu czysto budżetowego, jeden lub kilka innych celów, które stosownie do okoliczności stanowią razem cel właściwych ram odniesienia. Komisja dysponuje zaś szerokimi uprawnieniami dyskrecjonalnymi przy uznawaniu niektórych rodzajów pomocy za zgodne z rynkiem wewnętrznym na podstawie art. 107 ust. 3 TFUE. Gdyby wykonywanie tych uprawnień miało obejmować wszelkie ogólne i abstrakcyjne zwolnienia podatkowe, istniałoby wówczas ryzyko, że ocena Komisji systematycznie zastępowałaby ocenę państw członkowskich w tej dziedzinie, a tym samym naruszałaby ich autonomię podatkową (pkt. 51 i 52 wyroku).
Jak wskazano w pkt 36 wyroku, dany środek można uznać za pomoc państwa w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE tylko wówczas, gdy spełnione są wszystkie następujące przesłanki. Po pierwsze, musi mieć miejsce interwencja państwa lub interwencja przy użyciu zasobów państwowych. Po drugie, interwencja ta musi być w stanie wpłynąć na wymianę handlową między państwami członkowskimi. Po trzecie, musi ona przyznawać beneficjentowi selektywną korzyść. Po czwarte, musi zakłócać konkurencję lub grozić jej zakłóceniem.
Trybunał Sprawiedliwości wskazał jednak – analizując bezpośrednio przepis polskiej ustawy podatkowej i zastrzegając niezbędną weryfikację przez sąd krajowy - że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia (pkt 74 wyroku). W celu ustalenia, czy środek krajowy może przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE, należy zbadać, czy w ramach danego systemu prawnego może on sprzyjać niektórym przedsiębiorstwom lub produkcji niektórych towarów w porównaniu z innymi znajdującymi się, w świetle celu przyświecającego temu systemowi, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej i tym samym poddanymi odmiennemu traktowaniu, które w istocie można uznać za dyskryminacyjne. W konsekwencji w celu uznania środka podatkowego, takiego jak środek będący przedmiotem postępowania głównego, za selektywny należy, po pierwsze, wskazać ramy odniesienia, czyli normalny system podatkowy obowiązujący w danym państwie członkowskim, a po drugie, wykazać, że przedmiotowy środek podatkowy stanowi odstępstwo od tych ram odniesienia, jako że wprowadza on zróżnicowanie wśród podmiotów gospodarczych znajdujących się, w świetle celu przyświecającego tym ramom, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej. Pojęcie pomocy państwa nie obejmuje jednak środków wprowadzających zróżnicowanie wśród przedsiębiorstw, które znajdują się, w świetle celu przyświecającego danemu systemowi prawnemu, w porównywalnej sytuacji faktycznej i prawnej, i tym samym a priori selektywnych, w wypadku gdy dane państwo członkowskie zdoła wykazać, po trzecie, że zróżnicowanie to jest uzasadnione, gdyż wynika z charakteru lub ze struktury systemu, w który środki te się wpisują (pkt 44 wyroku). Jeżeli dany środek podatkowy jest nierozerwalnie związany z ogólnym systemem podatkowym danego państwa członkowskiego, należy odwołać się do tego systemu. Natomiast jeżeli okazuje się, że taki środek daje się wyraźnie oddzielić od wspomnianego systemu ogólnego, nie można wykluczyć, że ramy odniesienia, które należy wziąć pod uwagę, są węższe niż ten ogólny system, a nawet że są one tożsame z samym środkiem, gdy jawi się on jako norma z własną samodzielną logiką prawną i gdy niemożliwe jest wskazanie spójnej całości normatywnej poza tym środkiem (pkt 47 wyroku).
Trybunał UE podkreślił, że poza dziedzinami, w których prawo podatkowe Unii jest przedmiotem harmonizacji, to dane państwo członkowskie, wykonując swoje własne kompetencje w dziedzinie podatków bezpośrednich i w poszanowaniu swojej autonomii podatkowej, określa cechy konstytutywne podatku, które definiują co do zasady ramy odniesienia lub normalny system podatkowy, na podstawie których należy analizować przesłankę dotyczącą selektywności (pkt 48 wyroku). To określenie cech konstytutywnych podatku obejmuje podstawę opodatkowania, zdarzenie powodujące powstanie obowiązku podatkowego, ale również ewentualne zwolnienia z tego podatku (pkt 49 wyroku).
Ponieważ co do zasady konstytutywne cechy podatku definiują ramy odniesienia, w świetle których należy przeprowadzić badanie przesłanki selektywności, ogólne i abstrakcyjne zwolnienie z podatku bezpośredniego, takie jak zwolnienie będące przedmiotem postępowania głównego, zwykle nie jest kwalifikowane jako pomoc państwa. W zakresie, w jakim uznaje się, że zwolnienie to jest nierozerwalnie związane z normalnym systemem podatkowym, nie może ono bowiem co do zasady przysparzać selektywnej korzyści w rozumieniu art. 107 ust. 1 TFUE (pkt 50 wyroku).
W konsekwencji analizy przedmiotu sprawy Trybunał stanął na stanowisku, że system prawny podatku od nieruchomości wynikający z u.p.o.l. stanowi normalny system podatkowy, a w konsekwencji – wskazane ramy odniesienia (pkt 62 wyroku). Na system ten składa się system zasad, które mają zastosowanie do wszystkich podmiotów będących właścicielami lub posiadaczami nieruchomości, określając między innymi przedmiot i podstawę opodatkowania, podatników i stawki podatkowe. W szczególności art. 2 ust. 1 u.p.o.l. wprowadza zasadę, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości podlegają grunty, budynki lub ich części oraz budowle lub ich części związane z prowadzeniem działalności gospodarczej (pkt 63 wyroku). Jak podkreślił Trybunał w pkt 64 wyroku, w kontekście oceny selektywności środka prawnego, przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a omawianej ustawy zwolnienie stanowi część tych ram odniesienia, chyba że przesłanki przyznania tego zwolnienia odnoszą się pod względem prawnym lub faktycznym do jednej lub kilku szczególnych cech jedynej kategorii przedsiębiorstw mogących z niego korzystać, przy czym cechy te są nierozerwalnie związane z charakterem tych przedsiębiorstw lub z charakterem ich działalności i pozwalają w ten sposób uznać, że owe przedsiębiorstwa należą do spójnej kategorii. W tym wypadku, zwolnienie to przyznaje się osobom podlegającym opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości pod warunkiem że posiadają one grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym (pkt 65 wyroku). Przesłanki te nie wydają się związane pod względem prawnym lub faktycznym z jedną lub kilkoma szczególnymi cechami przedsiębiorstw będących beneficjentami tego zwolnienia, co pozwoliłoby na zgrupowanie wszystkich tych przedsiębiorstw w ramach spójnej kategorii (pkt 66 wyroku). Przeciwnie, zwolnienie to może uzyskać każdy podatnik, który posiada grunt, budynek lub budowlę wchodzące w skład infrastruktury kolejowej, która jest udostępniana przewoźnikom kolejowym, niezależnie od tego, czy dany podatnik prowadzi działalność gospodarczą, a jeśli ją prowadzi - niezależnie od charakteru tej działalności (pkt 67 wyroku). Jak więc wskazał Trybunał (pozostawiając ostatecznie ocenę sądowi krajowemu), wydaje się, że kategoria beneficjentów zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowania głównego odpowiada zróżnicowanej całości, składającej się zarówno z podmiotów niebędących podmiotami gospodarczymi, jak i z przedsiębiorstw, przy czym te ostatnie mogą ponadto przybierać bardzo różne formy prawne i różnić się znacznie pod względem rozmiarów oraz działać w bardzo odmiennych sektorach działalności. Zwolnienie to wydaje się zatem opierać na neutralnym kryterium, które ma zastosowanie niezależnie między innymi od sektorów lub rodzajów działalności gospodarczej przedsiębiorstw będących beneficjentami lub od ich formy prawnej (pkt 69 wyroku). Wspomniane zwolnienie należy uznać za stanowiące część ram odniesienia mających zastosowanie w sprawie. Te ramy odniesienia mają autonomiczną logikę prawną z własnymi celami (pkt 70 wyroku). System podatku od nieruchomości realizuje nie tylko cel budżetowy, zasadniczy dla samej funkcji podatku, lecz również - za pomocą zwolnienia podatkowego będącego przedmiotem postępowaniu głównego - cel o charakterze środowiskowym polegający na motywowaniu odnośnych przedsiębiorstw do remontowania nieczynnych bocznic i do korzystania z transportu kolejowego, który nie powoduje emisji dwutlenku węgla (CO2) i jest bezpieczniejszy niż transport drogowy (pkt 71 wyroku). W ocenie TSUE, te ramy odniesienia nie zostały ukształtowane zgodnie z ewidentnie dyskryminującymi parametrami, mającymi na celu obejście prawa Unii w dziedzinie pomocy państwa (pkt 73 wyroku). W konsekwencji, z zastrzeżeniem weryfikacji przez sąd krajowy, Trybunał UE uznał, że przewidziane w art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. zwolnienie z podatku od nieruchomości nie przyznaje selektywnej korzyści przedsiębiorstwom będącym beneficjentami tego zwolnienia. Co za tym idzie, nie jest ono niedozwoloną pomocą publiczną.
Mając na uwadze powyższe tezy wyroku Trybunału Sprawiedliwości UE stwierdzić należy, że stanowisko organu w zakresie możliwości zastosowania wobec skarżącej art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. nie jest prawidłowe. Poza sporem pozostawało to, że skarżąca jest właścicielem infrastruktury kolejowej (bocznicy kolejowej i przynależności), które wykorzystuje w ramach terminala przeładunkowego i – jak podkreślił organ – potencjalnie spełnia warunki zwolnienia z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. Przy uwzględnieniu ocen poczynionych przez TSUE, zwolnienie to nie ma charakteru niedozwolonej pomocy publicznej (a skoro tak – wskazany przepis ustawy podatkowej nie wymagał notyfikacji Komisji Europejskiej), bowiem nie spełnia przesłanki selektywnej korzyści. Łączny charakter przesłanek definiujących pomoc państwa powoduje, że zagadnienie możliwej konkurencyjności traci na znaczeniu. Jednak i w tym kontekście wskazać trzeba, że jakkolwiek zwolnienie podatkowe z zasady ogranicza koszty przedsiębiorstwa, które z niego korzysta, to jednak zostało ono przyznane wszystkim tym podmiotom, które – przy spełnieniu dodatkowych przesłanek – posiadają infrastrukturę kolejową. Tylko zatem takie przedsiębiorstwa mogą stanowić punkt odniesienia dla badania konkurencyjności, a nie wszystkie funkcjonujące na rynku przedsiębiorstwa, które taką infrastrukturą nie dysponują.
Mając to na uwadze, rzeczą organu w ponownie prowadzonym postępowaniu, będzie uwzględnienie powyższej oceny przepisu art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l. w kontekście art. 107 ust. 1 TFUE oraz dokonanie oceny przesłanek zwolnienia podatkowego wobec skarżącej, co w oczywisty sposób może wpłynąć na wysokość jej zobowiązania podatkowego, a tym samym na treść rozstrzygnięcia w niniejszej sprawie.
Niezależnie od powyższego należy wskazać, w kontekście drugiej ze spornych okoliczności sprawy, że w pełni uzasadnionym jest ocena organu w zakresie sposobu opodatkowania należących do skarżącej nieruchomości, tj. podatkiem od nieruchomości, a nie podatkiem rolnym oraz stawki podatku, tj. stawki przewidzianej dla gruntów związanych z prowadzeniem działalności gospodarczej.
Dla rozstrzygnięcia powyższej kwestii kluczowe znaczenie ma występujący w art. 1 ustawy o podatku rolnym (u.p.r.) oraz art. 2 ust. 2 u.p.o.l. sformułowanie "zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej". Zgodnie bowiem z art. 1 u.p.r., opodatkowaniu podatkiem rolnym podlegają grunty sklasyfikowane w ewidencji gruntów i budynków jako użytki rolne, z wyjątkiem gruntów zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej innej niż działalność rolnicza. W art. 2 ust. 2 u.p.o.l. wskazano z kolei, że opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości nie podlegają użytki rolne lub lasy, z wyjątkiem zajętych na prowadzenie działalności gospodarczej. Z kolei w art. 1a ust. 1 pkt 3 i art. 5 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., dotyczącym stawek podatku od nieruchomości, wskazano na "grunty związane z prowadzeniem działalności gospodarczej".
Skoro ustawodawca posłużył się dwoma różnymi zwrotami: "związane z prowadzeniem działalności gospodarczej" i "zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej" to należy przyjąć, że nadał tym określeniom inne znaczenie. Zwrot legislacyjny "zajęty na prowadzenie działalności gospodarczej", w odróżnieniu od "związany" z taką aktywnością, nie zostały wypełnione treścią normatywną. W judykaturze przez zwrot "zajęte na prowadzenie działalności gospodarczej" należy rozumieć okoliczność faktyczną polegającą na rzeczywistym wykorzystywaniu (zajęciu) gruntu na prowadzenie działalności gospodarczej, tj. prowadzeniu na tym gruncie działalności gospodarczej w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 4 u.p.o.l. (np. wyrok NSA z 15 stycznia 2013 r., sygn. akt II FSK 933/11). Nawiązując do językowego znaczenia określenia "zajęty" (oznacza to tyle, co fizycznie zajmowany) Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanym wyroku uznał, że nieruchomość jest zajęta na prowadzenie działalności gospodarczej przede wszystkim w przypadku, gdy dochodzi do rzeczywistego, efektywnego wykonywania w budynku, na gruncie lub ich części zorganizowanej działalności zarobkowej przez przedsiębiorcę (inny podmiot prowadzący działalność gospodarczą), we własnym imieniu i w sposób ciągły, a także w przypadku podejmowania przez takiego przedsiębiorcę na nieruchomości czynności przygotowawczych niezbędnych do podjęcia działalności gospodarczej (remont, modernizacja, gromadzenie wyposażenia, rozruch, ponoszenie kosztów rozliczanych w prowadzonej działalności gospodarczej itp.).
Z kolei, "związanie gruntu, budynku lub budowli z prowadzeniem działalności gospodarczej" w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l. jest pojęciem szerszym od pojęcia "zajęcie (gruntu) na prowadzenie działalności gospodarczej", którym ustawodawca posłużył się w art. 2 ust. 2 oraz art. 5 ust. 1 pkt 2 lit. b i c u.p.o.l. Związanie gruntu z działalnością gospodarczą nie musi oznaczać jego zajęcia na prowadzenie działalności gospodarczej. Dla wykazania istnienia związku nieruchomości z działalnością gospodarczą, z zastrzeżeniem ustawowych wyłączeń, nie jest konieczne jego faktyczne wykorzystywanie (a więc zajęcie) do prowadzenia działalności gospodarczej (zob. np. wyrok NSA z dnia 23 stycznia 2025r., sygn. akt III FSK 784/24).
W wyroku z 24 lutego 2021 r., SK 39/19, Trybunał Konstytucyjny stwierdził, że art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l., rozumiany w ten sposób, że o związaniu gruntu, budynku lub budowli z prowadzeniem działalności gospodarczej decyduje wyłącznie posiadanie gruntu, budynku lub budowli przez przedsiębiorcę lub inny podmiot prowadzący działalność gospodarczą, jest niezgodny z art. 64 ust. 1 w związku z art. 31 ust. 3 i art. 84 Konstytucji Rzeczypospolitej Polskiej. W orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego obecnie dominuje pogląd, iż za związane z działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 1a ust. 1 pkt 3 u.p.o.l., uznać należy nieruchomości, które są w posiadaniu przedsiębiorcy (innego podmiotu prowadzącego działalność gospodarczą) oraz jednocześnie: 1) wchodzą w skład prowadzonego przez niego przedsiębiorstwa w rozumieniu art. 551 Kodeksu cywilnego, w szczególności gdy podatnik ujął te składniki majątkowe w prowadzonej ewidencji środków trwałych wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na to, czy nieruchomość jest wykorzystywana na prowadzenie działalności gospodarczej lub 2) przedmiot działalności przedsiębiorcy obejmuje jedynie prowadzenie działalności gospodarczej, bez względu na to, czy nieruchomość jest wykorzystywana na prowadzenie działalności gospodarczej, lub 3) nieruchomości są funkcjonalnie powiązane z przedsiębiorstwem prowadzonym przez podmiot, w którego posiadaniu się znajdują, nawet jeżeli nie zostały uwzględnione w ewidencji środków trwałych wartości niematerialnych i prawnych, tzn.: są faktycznie wykorzystywane do prowadzenia działalności gospodarczej w znaczeniu zdefiniowanym w art. 1a ust. 1 pkt 4 u.p.o.l. albo mogą być potencjalnie wykorzystywane do prowadzenia działalności gospodarczej w ww. rozumieniu, przez co należy rozumieć sytuację, w której przedsiębiorca podejmuje i realizuje zachowania kwalifikowane w obrębie przedmiotu opodatkowania jako czynności mające na celu przygotowanie, zachowanie lub zabezpieczenie nieruchomości do przyszłej (planowanej) działalności gospodarczej, bądź do kontynuacji przerwanej działalności gospodarczej, związane z ponoszeniem wydatków rozliczanych w kosztach uzyskania przychodów prowadzonej działalności gospodarczej (m.in. wyrok NSA z dnia 13 maja 2025 r., sygn. akt III FSK 1362/24 i przywołane tam orzecznictwo).
Nie budzi wątpliwości Sądu, że w ustalonych w sprawie okolicznościach (które m.in. wynikają z dowodu z oględzin) wszystkie wykazane w deklaracji podatkowej strony i decyzji podatkowej nieruchomości, w tym w szczególności gruntowe (bo w tym zakresie powstało zagadnienie sporne), są położone w kompleksie terminala przeładunkowego, który od wielu lat jest systematycznie rozbudowywany. W 2012 r. spółka uzyskała dofinansowanie do tego projektu, a nabywane grunty (także te o charakterze rolnym) były z założenia przeznaczone na tę działalność. Skarżąca jest spółką prawa handlowego, a zatem jej zasadniczym celem jest prowadzenie działalności gospodarczej. Niespornie też sporne grunty wchodzą w skład przedsiębiorstwa, w rozumieniu art. 55ą k.c. (zostały ujęte w ewidencji księgowej). W 2019 r. były one łącznie ogrodzone. W trakcie oględzin nie stwierdzono, by na gruntach sklasyfikowanych jako orne i pastwiska prowadzona była działalność rolnicza. Wszystkie te działki gruntu zostały włączone do terenu terminala i w sposób ciągły w ten sposób użytkowane przez spółkę. Terminal od 2007 r. służy spółce do działalności logistycznej, przeładunku towarów i kontenerów (dokumentacja fotograficzna w aktach sprawy). Spółka nie tylko więc wygrodziła wskazane działki, ale uczyniła to w ściśle określonym celu, bezpośrednio związanym z jej działalnością gospodarczą. Od początku też (tj. od chwili nabycia działek) spółka podejmowała czynności organizacyjne i przygotowawcze (także w sensie prawnym) do rozbudowy terminala.
Okoliczności te bez wątpliwości wskazują na prawidłowość stanowiska organu, iż wskazane nieruchomości należące do spółki (o ile nie będą objęte zwolnieniem podatkowym) winny zostać opodatkowane podatkiem od nieruchomości w najwyższej stawce podatkowej, z uwagi na to, że są one równocześnie zajęte, jak i związanie z prowadzoną przez tę spółkę działalnością gospodarczą. W tym więc zakresie Sąd nie podzielił zarzutów skargi.
Mając powyższe na uwadze Sąd na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit a) p.p.s.a. orzekł jak w wyroku.
W ponownie prowadzonym postępowaniu organ odwoławczy, bazując na niespornych okolicznościach stanu faktycznego oraz zebranym całościowo materiale dowodowym, jak też uwzględniając powyżej dokonaną wykładnię i ocenę sprawy, ponownie dokona analizy kwestii zwolnienia podatkowego z art. 7 ust. 1 pkt 1 lit a u.p.o.l., a w konsekwencji – oceni rzetelność złożonej przez spółkę korekty deklaracji, zasadność wszczęcia i prowadzenia postępowania podatkowego w kontekście wysokości należnego od spółki zobowiązania podatkowego.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 w zw. z art. 205 § 2 p.p.s.a. oraz §14 ust. 1 pkt 1 lit a w zw z § 2 pkt 7 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz.U. z 2023 r., poz. 1935, t.j.) w zw. z art. 206 p.p.s.a. Na zasądzoną od organu kwotę składają się: wpis od skargi w kwocie 9.049 zł, opłata skarbowa od pełnomocnictwa – 17 zł i połowa wynagrodzenie pełnomocnika skarżącej – 5.400 zł. Wobec faktu, że w tym samym terminie przed tut. Sądem odbyły się dwie rozprawy w sprawach dotyczących podatku od nieruchomości należnego od spółki za kolejne lata podatkowe (sygn. akt I SA/Lu 135/24 i I SA/Lu 331/24), w których podniesiono te same argumenty na uzasadnienie wywiedzionych skarg, Sąd uznał, że nakład pracy pełnomocnika skarżącej uzasadnia obniżenie jego wynagrodzenia w każdej z tych spraw o połowę. Nie bez znaczenia dla tej decyzji pozostaje także fakt, że skarga została uwzględniona jedynie w części, chociaż ostatecznie nie miało to wpływu na zakres objęty negatywnym rozstrzygnięcia sądowym (decyzja została bowiem uchylona w całości).