Organ zwrócił również uwagę, że Budynek będzie jednym ze składników mienia gminnego, a proponowana metoda powierzchniowa, poza techniczną możliwością precyzyjnego określenia proporcji powierzchni pomiędzy częścią odpłatnie udostępnianą a częścią nieodpłatnie udostępnianą (wykorzystywaną) do realizacji zadań własnych Gminy, nie oddaje w żaden sposób specyfiki jej działalności, w której mieściłaby się działalność związana z tym Budynkiem ani specyfiki dokonywanych na jego rzecz nabyć. Procent wynajmowanej odpłatnie powierzchni Budynku może nie przystawać do wysokości pobieranego wynagrodzenia z tytułu udostępnienia i generowanego tą drogą podatku należnego, jak również do faktycznego wykorzystania Budynku. Dodatkowo, w ocenie organu, z uwagi na swą specyfikę jednostki samorządu terytorialnego nie są podmiotami zrównanymi z komercyjnymi przedsiębiorcami. Potwierdza to uprzywilejowanie tych jednostek w treści art. 15 ust. 6 ustawy i nieuznawanie ich za podatnika w przypadku działania w charakterze organu władzy publicznej, którego przymiotu komercyjny przedsiębiorca nie posiada i którego działalność, co do zasady, jest opodatkowana w całości.
Ponadto działalność polegająca na odpłatnym udostępnianiu części Budynku względem innych podmiotów niezależnych od Gminy, nie stanowi wydzielonej działalności Gminy. Działalność ta stanowi jedną z form prowadzenia przez stronę we własnym zakresie i na własny rachunek działalności gospodarczej, i nie jest specyfiką działalności Gminy (jej jednostek organizacyjnych). Argumentem za odstąpieniem od metod obliczania proporcji przewidzianych w rozporządzeniu nie może być zestawienie różnicy między wartościami wynikającymi z metody z rozporządzenia (w sprawie 1%) i metody zaproponowanej przez Gminę (51%). Prewspółczynnik wybrany przez stronę nie może determinować zakresu prawa do odliczenia podatku tylko z tego względu, że jest on o wiele korzystniejszy.
Nadto, zdaniem organu, Gmina nie może ustalić odrębnej proporcji w odniesieniu do pojedynczego składnika swojego majątku, tj. odrębnie dla Budynku, o którym mowa w opisie sprawy, ponieważ sposób określenia proporcji może zostać obliczony według rozporządzenia oddzielnie jedynie dla każdej z jednostek organizacyjnych jednostek samorządu terytorialnego, a nie dla poszczególnych składników majątku czy rodzajów działalności wykonywanych przy użyciu tych składników majątku. Sposób określenia proporcji wprowadzony w art. 86 ust. 2a ustawy, nie przewiduje możliwości odrębnego liczenia współczynnika proporcji dla każdej nieruchomości będącej w zasobach Gminy, jak również każdej działalności prowadzonej przez tą jednostkę.
Dodatkowo organ zauważył, że zaproponowana metoda jest nieprecyzyjna, gdyż nie uwzględnia sytuacji, w której powierzchnie w Budynku nie są wykorzystywane, np. w razie braku zainteresowanych odpłatnym korzystaniem. Proponowany prewspółczynnik nie spełnia przesłanek wynikających z art. 86 ust. 2a ustawy, a zatem nie jest bardziej reprezentatywnym sposobem określenia proporcji niż wynikający z rozporządzenia.
Stanowisko to, jak podkreślił organ, potwierdzają wyroki NSA z: 10 października 2019 r., I FSK 1214/17, 25 czerwca 2021 r., I FSK 733/18 i 7 lutego 2025 r., I FSK 660/22 oraz orzeczenie TSUE z 8 listopada 2012 r., C-511/10.
W skardze do Sądu na wskazaną interpretację indywidualną skarżąca zarzuciła organowi naruszenie:
1) art. 86 ust. 2a i 2b ustawy o VAT poprzez błędną ich wykładnię polegającą na pominięciu obowiązku uwzględnienia specyfiki dokonywanych przez Gminę nabyć przy wyborze sposobu ustalania proporcji, co doprowadziło do przyjęcia przez Organ, że sposób określenia proporcji wskazany przez Gminę nie jest w pełni obiektywny i nie odzwierciedla stopnia wykorzystania zakupów związanych z działalnością gospodarczą Gminy, podczas gdy sposób wskazany przez Gminę pozwala na obiektywne odzwierciedlenie części wydatków poniesionych na Budynek, w związku ze zrealizowaną Inwestycją, przypadających na działalność gospodarczą Gminy w zakresie odpłatnego udostępniania Budynku i jest najbardziej reprezentatywny w zaistniałej sytuacji;
2) art. 86 ust. 2h i 22 ustawy o VAT oraz § 3 ust. 2 rozporządzenia poprzez niewłaściwą ocenę co do zastosowania wskazanych przepisów, polegającą na braku zastosowania art. 86 ust. 2h ustawy o VAT i zastosowaniu art. 86 ust. 22 ustawy o VAT oraz § 3 rozporządzenia, pomimo iż metoda określenia proporcji wskazana przez Gminę dużo bardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych przez Gminę nabyć w odniesieniu do Budynku, w związku z realizacją Inwestycji, co w konsekwencji powinno uzasadniać zastosowanie art. 86 ust. 2h ustawy o VAT i odejście od sposobu określenia proporcji wskazanego w rozporządzeniu;
3) art. 14c § 1 i § 2 w zw. z art. 14b § 1 i § 3 oraz art. 120 i art. 121 § 1 w zw. z art. 14h ustawy z 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2025 r., poz. 111 ze zm.; dalej: o.p.) poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia interpretacji, tj. brak zawarcia w nim wyczerpującego uzasadnienia stanowiska organu w zakresie nieuznania przedstawionej przez Gminy metody określenia proporcji za najbardziej odpowiadającą specyfice wykonywanej przez Gminę działalności i dokonywanych nabyć oraz brak wyczerpującego wskazania, z jakich przyczyn metoda określona w rozporządzeniu jest rzekomo bardziej adekwatna, czym w konsekwencji organ naruszył również zasady praworządności i pogłębiania zaufania do organów, ze względu na przyjęcie zasady wykładni profiskalnej oraz brak merytorycznej poprawności i staranności działania Dyrektora;
4) art. 14c § 1 i § 2 oraz art. 120 i art. 121 § 1 w zw. z art. 14h o.p. poprzez wadliwe sporządzenie uzasadnienia interpretacji w sposób wadliwy, tj. bez ustosunkowania się do zaprezentowanej przez Gminę wykładni art. 86 ust. 2a, 2b, 2h i 22 ustawy o VAT, a także § 3 rozporządzenia dokonanej m.in. w wyrokach sądów administracyjnych w analogicznych sprawach, czym w konsekwencji organ naruszył również zasadę pogłębiania zaufania do organów.
W związku z tymi zarzutami skarżąca wniosła o uchylenie zaskarżonej interpretacji w części, w jakiej jej stanowisko uznane zostało za nieprawidłowe oraz zasądzenie na rzecz Gminy zwrotu kosztów postępowania.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując swoje dotychczasowe stanowisko.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Lublinie zważył, co następuje.
Skarga jest zasadna.
Kontrola sądu administracyjnego w sprawach skarg na interpretacje indywidualne polega na ocenie, czy za podstawę udzielonej interpretacji podatkowej został przyjęty stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe przedstawione przez podatnika we wniosku o interpretację, a jeśli tak, to czy organ – w zakresie objętym zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną – prawidłowo zinterpretował przepisy prawa.
Sąd uznał, że zarzuty naruszenia przepisów prawa materialnego podniesione w skardze zasługują na uwzględnienie.
W pierwszej kolejności wskazać należy, że Sąd uchylił interpretację w całości, mimo że skarżąca zakwestionowała jedynie stanowisko zawarte w punkcie drugim interpretacji. W tym zakresie trzeba zwrócić uwagę na stanowisko wyrażane wielokrotnie w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego, że co do zasady interpretacja indywidulana ma niepodzielny charakter, w rezultacie czego nie jest możliwe uchylenie interpretacji w części (zob. wyroki NSA z: 20 grudnia 2013 r., II FSK 78/12; 15 października 2020 r., I FSK 168/18 oraz 21 stycznia 2023 r., I FSK 2183/19). Taka wykładnia wynika wprost z treści przepisu art. 146 § 1 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.; dalej: p.p.s.a.) i z niepodzielności interpretacji. Jak trafnie stwierdzono w wyroku NSA z 20 grudnia 2013 r., II FSK 78/12, na podstawie art. 146 § 1 p.p.s.a. w zw. z art. 14c o.p., sąd administracyjny pierwszej instancji nie posiada umocowania prawnego do uchylenia zaskarżonej indywidualnej interpretacji w części. Pomimo bowiem zaistnienia w interpretacji indywidualnej wielu odrębnych stanów faktycznych lub zdarzeń przyszłych wymagających odpowiedzi, indywidualna interpretacja wydawana przez organ interpretacyjny ma charakter niepodzielny (jednolity). NSA wyjaśnił przy tym, że w art. 146 § 1 p.p.s.a. nie przewiduje się możliwości uchylenia interpretacji w części. Sąd administracyjny uwzględniając skargę na akt, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4a p.p.s.a., uchyla interpretację. Tylko taka możliwość orzekania przez sąd wynika z tego, że interpretacja indywidualna nie kształtuje w sposób jednostronny i władczy praw oraz obowiązków imiennie oznaczonego adresata w indywidualnej sprawie podatkowej, gdyż nie ma mowy w tym przypadku o orzekaniu przez organ podatkowy w "sprawie podatkowej" (zob. także wyroki NSA z: 23 lutego 2017 r., II FSK 234/15 i 31 stycznia 2023 r., I FSK 2144/19). Zgodnie z tą wykładnią, zawartą w drugim zdaniu art. 146 § 1 p.p.s.a., zasada odpowiedniości dotyczy tylko przesłanek uchylenia z art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a., a nie jego zakresu ("w całości albo w części"). W myśl art. 146 § 1 p.p.s.a., sąd, uwzględniając skargę na akt lub czynność, o których mowa w art. 3 § 2 pkt 4 i 4a, uchyla ten akt, interpretację, opinię zabezpieczającą lub odmowę wydania opinii zabezpieczającej albo stwierdza bezskuteczność czynności. Przepis art. 145 § 1 pkt 1 p.p.s.a. stosuje się odpowiednio.
Istota sporu w niniejszej sprawie dotyczy możliwości stosowania alternatywnego prewspółczynnika (prewspółczynnika powierzchniowego) w odniesieniu do całego sektora działalności Gminy w zakresie znajdujących się w gminnym zasobie nieruchomości, które są/będą przedmiotem odpłatnego i nieodpłatnego udostępnienia, w tym budynku zmodernizowanego w ramach inwestycji pn.: "Przebudowa budynku po byłym ośrodku zdrowia w T. ". Skarżąca uważa, że proporcja wskazana w rozporządzeniu jest zupełnie nieadekwatna w odniesieniu do ponoszonych na te nieruchomości wydatków, gdyż nie odzwierciedla tego, że nieruchomości w znacznej mierze służą/będą służyć odpłatnemu udostępnianiu, co nie odpowiada najbardziej specyfice działalności Gminy i dokonywanych nabyć w zakresie dotyczącym nieruchomości. Dlatego Gmina zaproponowała w tym zakresie prewspółczynnik powierzchniowy kalkulowany jako średnioroczny udział liczby metrów kwadratowych każdej nieruchomości przypadających na część odpłatnie udostępnianą w całkowitej liczbie metrów kwadratowych każdej nieruchomości, pomniejszonych o powierzchnię części wspólnych poszczególnych nieruchomości (tj. w powierzchni nieruchomości udostępnianej odpłatnie i powierzchni nieruchomości udostępnianej nieodpłatnie, wyrażonej w metrach kwadratowych, łącznie). Zdaniem strony, wskazany przez nią sposób umożliwia obiektywne odzwierciedlenie części wydatków poniesionych na nieruchomości, w tym budynek, w związku ze zrealizowaną inwestycją, przypadających na działalność gospodarczą Gminy w zakresie odpłatnego udostępniania nieruchomości, w tym budynku i jest najbardziej reprezentatywny.
Z kolei według organu, proponowany prewspółczynnik nie spełnia przesłanek wynikających z art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, a zatem nie jest bardziej reprezentatywnym sposobem określenia proporcji niż wynikający z rozporządzenia. Organ stwierdził, że przyjęta przez Gminę metoda nie uwzględnia tych elementów prowadzonej działalności, które mają wpływ na jej prowadzenie i funkcjonowanie – realizacji zadań własnych Gminy, wynikających z ustawy o samorządzie gminnym. Metoda ta oddaje jedynie udział powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością, a nie specyfikę prowadzonej działalności, o której mowa w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT oraz nie zapewnia obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane. Jak ocenił organ, działalność komercyjna polegająca na odpłatnym wynajmie powierzchni na rzecz podmiotów trzecich nie jest specyfiką działalności Gminy wynikającą z zadań własnych określonych ustawą o samorządzie gminnym. Przy tym przepisy nie przewidują, aby rozliczać poszczególne składniki majątku będące w zasobach Gminy lub też wszystkie rodzaje działalności gospodarczych prowadzonych przez Gminę samodzielnie. Dlatego proponowany przez stronę sposób nie odpowiada specyfice jej działalności. Zastosowanie proponowanej metody mogłoby prowadzić do nieadekwatnego, niezgodnego z rzeczywistością odliczenia podatku naliczonego.
Stosownie do art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej "sposobem określenia proporcji". Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. W świetle ustępu 2b tego artykułu, sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli: 1) zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz 2) obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe. Jednocześnie w myśl art. 86 ust. 2c ustawy, przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane: 1) średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością; 2) średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością; 3) roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza; 4) średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością. Z kolei art. 86 ust. 2h ustawy stanowi, że w przypadku, gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie ust. 22, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.
Na podstawie delegacji zawartej w art. 86 ust. 22 ustawy o VAT zostało wydane przez Ministra Finansów rozporządzenie z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników. Stosownie do § 1 pkt 1 i 2 rozporządzenia, określa ono w przypadku niektórych podatników sposób określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć, zwany dalej "sposobem określenia proporcji", a także wskazuje dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem sposobu określenia proporcji. W myśl § 2 pkt 8 rozporządzenia, przez jednostki organizacyjne samorządu terytorialnego rozumie się: a) urząd obsługujący jednostkę samorządu terytorialnego, b) jednostkę budżetową, c) zakład budżetowy. Zgodnie z § 3 ust. 1 rozporządzenia, w przypadku jednostki samorządu terytorialnego, sposób określenia proporcji ustala się odrębnie dla każdej z jednostek organizacyjnych samorządu terytorialnego. W świetle § 3 ust. 2 rozporządzenia, jako sposób określenia proporcji uznaje się w przypadku urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego sposób ustalony według wzoru: X = (A x 100)/ D. gdzie poszczególne symbole oznaczają: X – proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej, A – roczny obrót z działalności gospodarczej zrealizowany przez urząd obsługujący jednostkę samorządu terytorialnego, stanowiący część rocznego obrotu jednostki samorządu terytorialnego z działalności gospodarczej, D. dochody wykonane urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego. Zgodnie z § 2 pkt 4 rozporządzenia, przez obrót rozumie się podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 ustawy, w zakresie: a) dokonywanych przez podatników: - odpłatnych dostaw towarów na terytorium kraju, - odpłatnego świadczenia usług na terytorium kraju, - eksportu towarów, - wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, b) odpłatnych dostaw towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, które podlegałyby opodatkowaniu podatkiem gdyby były wykonywane na terytorium kraju. Z kolei – w myśl § 2 pkt 9 rozporządzenia – przez dochody wykonane urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego rozumie się dochody obejmujące dochody publiczne, środki pochodzące z budżetu Unii Europejskiej oraz środki pochodzące ze źródeł zagranicznych, w rozumieniu ustawy o finansach publicznych — wynikające ze sprawozdania rocznego z wykonania budżetu jednostki samorządu terytorialnego, pomniejszone o: a) dochody, o których mowa w art. 5 ust. 2 pkt 4 lit. b-d i pkt 5 ustawy o finansach publicznych, b) zwrot różnicy podatku, o której mowa w art. 87 ust. 1 ustawy, lub zwrot kwoty podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 8 pkt 1 ustawy, c) dochody wykonane jednostki budżetowej powiększone o kwotę stanowiącą równowartość środków przeznaczonych na wypłatę przez tę jednostkę, na podstawie odrębnych przepisów, zasiłków, zapomóg i innych świadczeń o podobnym charakterze na rzecz osób fizycznych, celem realizacji zadań jednostki samorządu terytorialnego, d) środki finansowe pozostające na wydzielonym rachunku, o którym mowa w art. 223 ust. 1 ustawy o finansach publicznych, odprowadzone na rachunek budżetu jednostki samorządu terytorialnego, e) wpłaty nadwyżki środków obrotowych zakładu budżetowego, f) kwoty stanowiące równowartość środków, innych niż stanowiące zapłatę, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy, przekazanych zakładom budżetowym, innym jednostkom sektora finansów publicznych oraz innym osobom prawnym lub jednostkom organizacyjnym nieposiadającym osobowości prawnej, z wyłączeniem kwot, które zostały zwrócone, celem realizacji przez te podmioty zadań jednostki samorządu terytorialnego, g) odszkodowania należne jednostce samorządu terytorialnego, pomniejszone o kwoty odszkodowań stanowiących zapłatę, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy. Zgodnie zaś z § 3 ust. 5 rozporządzenia, dochody wykonane urzędu obsługującego jednostkę samorządu terytorialnego, dochody wykonane jednostki budżetowej oraz przychody wykonane zakładu budżetowego nie obejmują odpowiednio dochodów lub przychodów uzyskanych z tytułu: 1) dostawy towarów i usług, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane odpowiednio przez jednostkę samorządu terytorialnego lub jednostkę organizacyjną jednostki samorządu terytorialnego do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji, oraz gruntów i praw wieczystego użytkowania gruntów, jeżeli są zaliczane odpowiednio do środków trwałych jednostki samorządu terytorialnego lub jednostki organizacyjnej jednostki samorządu terytorialnego — używanych na potrzeby prowadzonej przez te jednostki działalności; 2) transakcji dotyczących: a) pomocniczych transakcji w zakresie nieruchomości i pomocniczych transakcji finansowych, b) usług wymienionych w art. 43 ust. 1 pkt 7, 12 i 38-41 ustawy, w zakresie, w jakim transakcje te mają charakter pomocniczy.
W ocenie Sądu, nie ma przeszkód prawnych, aby w odniesieniu do wydatków na konkretną działalność gospodarczą prowadzoną przez daną gminę, jako podatnika VAT, stosować odrębnie wyliczony współczynnik proporcji odliczeń, jeśli będzie on stanowił bardziej reprezentatywny w danym przypadku sposób określenia owej proporcji. Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają taką wykładnię art. 86 ust. 2a, ust. 2b i ust. 2h ustawy, która dopuszcza możliwość określenia proporcji odliczenia podatku naliczonego w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez daną gminę. Przepisy ustawy o VAT w zakresie określania proporcji odliczenia podatku naliczonego w przypadku wykonywania działalności o charakterze mieszanym, z uwagi na różnorodność czynności dokonywanych przez podatnika, nie determinują rozwiązań czy schematów, których stosowanie miałoby być obowiązkowe. Mimo więc, że przepisy ustawy dopuszczają możliwość ustalenia konkretnego wzoru w drodze rozporządzenia, gminie jako podatnikowi pozostawiono swobodę i możliwość rozliczenia VAT według proporcji bardziej reprezentatywnej dla prowadzonej przez nią działalności i dokonywanych nabyć towarów i usług. Podejście takie odpowiada złożonej strukturze działań realizowanych przez gminę, dając prawo wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, w celu zastosowania klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w rezultacie na odliczenie podatku naliczonego w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną (zob. wyrok NSA z 18 lipca 2019 r., I FSK 939/18).
W orzecznictwie przeważa pogląd dopuszczający możliwość skonstruowania stosownej proporcji w przypadku komercyjnego najmu budynków gminnych, uwzględniającej faktyczne, czasowe i powierzchniowe wykorzystanie tych budynków (zob. przykładowo wyroki NSA z: 9 lutego 2021 r., I FSK 1208/19; 30 kwietnia 2021 r., I FSK 1491/18; 13 września 2022 r., I FSK 843/19; 24 listopada 2022 r., I FSK 2296/19; 1 marca 2023 r., I FSK 70/20; 14 marca 2023 r., I FSK 1784/19; 1 marca 2023 r., I FSK 70/20; 18 grudnia 2025 r., I FSK 20/23). Uregulowanie sposobu określenia proporcji w żaden sposób nie wyklucza tego, aby w sytuacji, gdy jednostka organizacyjna prowadzi różne formy aktywności gospodarczej, dla każdej z nich ustalić stosowny podatek naliczony podlegający odliczeniu w oparciu o stosowny współczynnik (wzór) szczególny dla tej działalności, najbardziej odpowiadający jej specyfice i dokonywanych zakupów (zob. wyrok NSA z 30 kwietnia 2021 r., I FSK 1491/18 oraz wyroki NSA dopuszczające możliwość dokonywania przez gminę odliczenia według indywidualnie ustalonych prewspółczynników w przypadku określonych obiektów: z 10 stycznia 2019 r., I FSK 1019/18; z 17 grudnia 2020 r., I FSK 2221/18; z 24 lutego 2021 r., I FSK 863/20; z 8 stycznia 2025 r., I FSK 774/21 i I FSK 998/21; 17 kwietnia 2025 r., I FSK 1879/21).
Z uwagi na stanowisko Dyrektora wyrażone w zaskarżonej interpretacji przypomnieć należy, że przedmiotem rozpoznawanego w sprawie wniosku jest możliwość stosowania alternatywnego prewspółczynnika (prewspółczynnika powierzchniowego) w odniesieniu do całego sektora działalności Gminy w zakresie pozostających w gminnym zasobie komunalnym nieruchomości, które są/będą przedmiotem odpłatnego i nieodpłatnego udostępnienia, w tym opisanego wyżej zmodernizowanego budynku. Niezależnie zaś od sposobu sformułowania samych wymogów stawianych proporcji odliczenia, interpretacja analizowanych w niniejszej sprawie unormowań musi odbywać się w świetle całej regulacji zawartej w art. 86 ustawy, która formułuje prawo do odliczenia jako element konstrukcji podatku urzeczywistniający zasadę neutralności VAT. Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają więc wykładnię powołanych przepisów dopuszczającą możliwość określenia proporcji odliczenia w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez Gminę. Podejście takie uwzględnia złożoną strukturę działań realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego i urzeczywistnia uprawnienie podatnika do wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, pozwalając na poszukiwanie klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w efekcie na odliczenie podatku w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną (zob. wyrok NSA z 26 czerwca 2018 r., I FSK 219/18).
Jak wyjaśnił przy tym Naczelny Sąd Administracyjny, zasada sformułowana przez ten Sąd w wyroku z 26 czerwca 2018 r., I FSK 219/18 nie znajdzie zastosowania w każdej tego rodzaju sprawie, a o zastosowaniu indywidualnego współczynnika zawsze decydować będą okoliczności faktyczne konkretnej sprawy i sposób uzasadnienia przez jednostkę samorządu terytorialnego wyboru własnego współczynnika, jako najbardziej adekwatnego, tj. najbardziej odpowiadającego specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć (zob. powołany wyrok NSA z 18 grudnia 2025 r., I FSK 20/23).
Jest niekwestionowane, że Gmina jest czynnym podatnikiem VAT, który w ramach swojej działalności statutowej i zadań wynikających z ustawy o samorządzie gminnym zajmuje się zaspokajaniem zbiorowych potrzeb wspólnoty. W ramach swoich zadań Gmina m.in. zarządza mieniem komunalnym, którego jest właścicielem, w tym opisanym wyżej budynkiem komunalny, który częściowo jest/będzie odpłatnie i komercyjnie wynajmowany, a w pozostałej części wykorzystuje dla celów niestanowiących działalności gospodarczej. Zdaniem Sądu, ma to znaczenie w kontekście zastosowania art. 86 ust. 2h ustawy o VAT. Dopuszczalne jest odrębne kwalifikowanie wydatków inwestycyjnych na ten konkretny budynek w odniesieniu do ustalania prewspółczynnika odliczenia dla całej specyfiki działalności Gminy, w czym mieści się też zarządzanie pozostałymi nieruchomościami komunalnymi.
Podkreślenia również wymaga, że w świetle przepisów ustawy, dla odliczenia VAT istotny jest zakres wykorzystywania nabywanych towarów i usług do działalności gospodarczej i innej niż gospodarcza, a nie sposób finansowania tych wydatków. Potwierdza to art. 86 ust. 1 ustawy, który odnosi się do zakresu, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do czynności opodatkowanych podatnikowi i w związku z tym przysługuje prawo do odliczenia. Dotyczy to więc faktycznego używanie towarów i usług do czynności opodatkowanych. Analogicznie rzecz ma się z przepisem art. 86 ust. 2a ustawy regulującym przypadki nabycia towarów i usług wykorzystywanych do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej i do celów innych niż działalność gospodarcza. Przepisy te odnoszą się wprost do zakresu wykonywania, nie zaś finansowania działalności gospodarczej oraz aktywności niemającej charakteru działalności gospodarcza.
Zdaniem Sądu, metoda wskazana przez Gminę oparta na kluczu powierzchniowym jest reprezentatywna, a także wystarczająco precyzyjna. We wniosku wskazano na występujące ogólnodostępne powierzchnie wspólne omawianego budynku (np. korytarze, toalety, schody itp.). Jak trafnie podniosła strona, tego rodzaju powierzchnie są wykorzystywane w równym stopniu zarówno do celów działalności opodatkowanej, niekorzystającej ze zwolnienia z VAT, jak i działalności nieopodatkowanej (tj. do celów komercyjnych, jak i celów niekomercyjnych). Z uwagi na charakter mieszany tych powierzchni nie ma możliwości dokonania precyzyjnego podziału powierzchni części wspólnych na poszczególne rodzaje działalności. Przyjęcie zaś podziału proporcjonalnego tej powierzchni na część wykorzystywaną na działalność opodatkowaną i działalność nieopodatkowaną, w efekcie nie spowodowałoby zmiany wartości proporcji powierzchniowej - pozostałaby ona taka sama, jak w przypadku wyłączenia tych powierzchni z kalkulacji. Nawet w przypadku ujęcia powierzchni wspólnych w kalkulacji prewspółczynnika powierzchniowego sama wartość prewspółczynnika pozostałaby taka sama. Gmina przekonująco wykazała, że chce zastosować prewspółczynnik powierzchniowy do wszystkich wydatków poniesionych na modernizację budynku, a więc również poniesionych w ramach tej inwestycji na części wspólne budynku. Skoro również w odniesieniu do wydatków na części wspólne Gmina nie jest w stanie przyporządkować ich za pomocą bezpośredniej alokacji do danego rodzaju działalności, a co jest oczywiste, gdyż Gmina nie jest w stanie dokonać takiej bezpośredniej alokacji w stosunku do całej powierzchni budynku.
Mając na względzie powyższe, należy stwierdzić zasadność zarzutów skargi dotyczących naruszenia art. 86 ust. 2a, 2b i 2h ustawy o VAT oraz § 3 ust. 2 rozporządzenia, poprzez uznanie za błędne stanowiska Gminy, że wskazana przez nią metoda określenia proporcji dużo bardziej niż proporcja wskazana w rozporządzeniu odpowiada specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych przez Gminę nabyć w odniesieniu do opisanego wyżej budynku, w związku z realizacją inwestycji, co w konsekwencji powinno uzasadniać zastosowanie art. 86 ust. 2h ustawy o VAT i odejście od sposobu określenia proporcji wskazanego w rozporządzeniu.
Natomiast Sąd nie uznał za zasadne zawartych w skardze zarzutów naruszenia przepisów art. 14c § 1 i § 2 w zw. z art. 14b § 1 i § 3 oraz art. 120 i art. 121 § 1 w zw. z art. 14h o.p. Zaskarżona interpretacja indywidualna zawiera wyczerpujący opis przedstawionego we wniosku stanu faktycznego oraz ocenę stanowiska strony wraz z uzasadnieniem prawnym tej oceny. Organ oparł interpretację indywidualną na stanie faktycznym zaprezentowanym we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, nie modyfikując go. Dokonana przez organ interpretacyjny ocena stanowiska skarżącej, aczkolwiek uznana za wadliwą przez Sąd, jest kompletna oraz w sposób klarowny wyjaśnia stanowisko organu w sprawie. To, że stanowisko organu okazało się merytorycznie błędne na gruncie prawa materialnego nie oznacza, że interpretacja uchybia też wymogom formalnym.
Sąd uchylił zaskarżoną interpretację na podstawie art. 146 § 1 oraz art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) p.p.s.a. Interpretacja ta ma jednolity charakter, a zatem niedopuszczalne było jej uchylenie jedynie w części.
Ponownie rozpoznając sprawę Dyrektor, stosownie do art. 153 p.p.s.a., zobowiązany będzie uwzględnić stanowisko prawne Sądu wyrażone w niniejszym wyroku.
W oparciu o art. 200, art. 205 § 2 i § 4 p.p.s.a. oraz § 14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935 ze zm.), Sąd orzekł o zwrocie od organu na rzecz strony kosztów postępowania sądowego. Na zasądzoną od organu kwotę składają się: wpis od skargi (200 zł), wynagrodzenie pełnomocnika skarżącego (480 zł) oraz opłata skarbowa od pełnomocnictwa (17 zł).
Z tych wszystkich względów Sąd orzekł jak w sentencji.