Wyrok WSA z dnia 14 maja 2025, sygn. I SA/Lu 608/24

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego Spółka zaskarżonemu postanowieniu zarzuciła naruszenie przepisów postępowania, to jest:

1) art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej poprzez uchylenie interpretacji indywidualnej w zakresie, który nie był sprzeczny z interpretacją ogólną,

2) art. 121 § 1 w związku z art. 14h Ordynacji podatkowej poprzez wydanie postanowienia naruszającego zasadę zaufania do organu podatkowego.

Przedstawiając wskazane wyżej zarzuty, Spółka wnosiła o uchylenie zaskarżonego postanowienia i wydanie postanowienia o wygaśnięciu interpretacji w części, w której interpretacja indywidualna jest sprzeczna z interpretacją ogólną. Wnosiła także o zasądzenie kosztów postępowania sądowego, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych,

W uzasadnieniu skargi Spółka nie kwestionowała, że w zakresie, w którym otrzymana przez skarżącą interpretacja indywidualna poruszała problematykę rozstrzygniętą przez Ministra Finansów w interpretacji ogólnej, występują uzasadnione przesłanki do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej.

Jednak w ocenie Spółki nie ma podstaw do tego, aby wygaśnięcie dotyczyło pozostałych elementów, które potwierdzone zostały w interpretacji indywidualnej, a co do których Minister Finansów nie odnosił się w interpretacji ogólnej, to jest w szczególności dotyczących:

1) potwierdzenia, że prowadzone przez Spółkę prace stanowią działalność badawczo- rozwojową, w odniesieniu do której może być stosowana ulga badawczo-rozwojowa,

2) potwierdzenia, że wskazane we wniosku i ponoszone przez Spółkę na działalność badawczo-rozwojową wydatki mogą stanowić koszty kwalifikowane dla celów ulgi badawczo-rozwojowej.

W ocenie Spółki nie ma podstaw, aby stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej w zakresie nieobjętym interpretacją ogólną, a w konsekwencji, pozbawić ją ochrony wynikającej z art. 14k § 1 Ordynacji podatkowej.

W szczególności Spółka nie zgodziła się z wyrażonym w zaskarżonym postanowieniu stanowiskiem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, że "w sytuacji, gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - interpretacja indywidualna podlega wygaśnięciu w całości. Stwierdzenie jakiejkolwiek niezgodności interpretacji indywidualnej oraz ogólnej, musi prowadzić do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości".

Zdaniem skarżącej powyższe twierdzenie nie znajduje uzasadnienia w przepisach prawa, a dodatkowo prowadzi do bezpodstawnego pozbawienia podatnika praw wynikających z uzyskanej interpretacji indywidualnej.

Ponadto, w ocenie skarżącej nadużyciem jest stwierdzenie, że w związku z tym, że przepisy Ordynacji podatkowej nie przewidują ani zmiany, ani wygaszania interpretacji w części, to "w przypadku, gdy interpretacja w części jest niezgodna z interpretacją ogólną Ministra Finansów należy ją wygasić w całości w trybie art. 14e § 1a pkt 2 tejże ustawy".

W odpowiedzi na skargę Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej podtrzymał stanowisko przedstawione w zaskarżonym postanowieniu.

Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.

Skarga jest uzasadniona, ponieważ zaskarżone postanowienie wydane zostało z naruszeniem art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej.

Z treści interpretacji indywidualnej z dnia 9 września 2022 r. wynika, że jej rozstrzygnięcie, w kontekście możliwości stwierdzenia jej wygaśnięcia po wydaniu interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r., odnosiło się do trzech zagadnień prawa podatkowego w odniesieniu do kilku różnych elementów stanu faktycznego, przedstawionych we wniosku o wydanie interpretacji.

Po pierwsze organ interpretacyjny wyjaśnił, że opisane we wniosku o wydanie interpretacji, prowadzone przez Spółkę w stanie prawnym obowiązującym od 2018 roku prace rozwojowe w obszarze tworzenia nowych lub ulepszonych linii produkcyjnych stanowią działalność badawczo - rozwojową w rozumieniu art. 4a pkt 26 ustawy o CIT w stosunku do której podatnik uprawniony jest do dokonania odliczenia, o którym mowa w art. 18d ust. 1 ustawy o CIT.

Po drugie organ wyjaśnił, że w stanie prawnym obowiązującym od 2018 roku, wskazane we wniosku i zaliczone do kosztów uzyskania przychodu koszty nabycia surowców i materiałów wykorzystywanych przy tworzeniu linii produkcyjnych, maszyn i urządzeń, w tym zarówno produkty w stanie surowym, półprodukty oraz gotowe urządzenia (nabywane bezpośrednio podczas realizacji projektów lub wydawane z magazynów), które stają się elementem linii wraz z kosztami uwzględnionych w cenie nabycia tych surowców i materiałów dla celów rachunkowych usług bezpośrednio związanych z działalnością badawczo-rozwojową stanowią koszty kwalifikowane działalności badawczo-rozwojowej wskazane w art. 18d ust. 2 ustawy o CIT.

Po trzecie organ wyjaśnił, że w stanie prawnym obowiązującym od 2018 roku, koszty poniesionych w danym miesiącu należności z tytułu wynagrodzeń z umów o pracę, zlecenia i o dzieło oraz sfinansowane przez Spółkę składki w tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych - w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu pracy lub czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu - stanowią koszty kwalifikowane działalności badawczo-rozwojowej wskazane w art. 18d ust. 2 ustawy o CIT.

Z treści interpretacji ogólnej z 13 lutego 2024 r. wynika natomiast, że może ona odnosić się tylko do trzeciego zagadnienia, ponieważ rozstrzyga, że do kosztów kwalifikowanych ulgi badawczo-rozwojowej, o których mowa w art. 26e ust. 2 pkt 1 ustawy o PIT i art. 18d ust. 2 pkt 1 ustawy o CIT, należą poniesione w danym miesiącu należności z tytułów, o których mowa w art. 12 ust. 1 ustawy o PIT oraz sfinansowane przez płatnika składki z tytułu tych należności określone w ustawie o systemie ubezpieczeń społecznych, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu, w tym również należności z tytułu usprawiedliwionej nieobecności pracownika, do których poniesienia pracodawca jest zobowiązany na podstawie odrębnych przepisów, m.in. te dotyczące urlopu oraz choroby.

Według art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej może z urzędu stwierdzić wygaśnięcie interpretacji indywidualnej, jeżeli jest ona niezgodna z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym. Z treści ww. przepisu wynika, że przesłanką stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym.

Biorąc pod uwagę wyżej opisaną treść interpretacji indywidualnej i interpretacji ogólnej można stwierdzić, że niezgodność, o której mowa w art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej może odnosić się tylko do zagadnienia trzeciego, to jest, że w stanie prawnym obowiązującym od 2018 roku, koszty poniesionych w danym miesiącu należności z tytułu wynagrodzeń z umów o pracę, zlecenia i o dzieło oraz sfinansowane przez Spółkę składki w tytułu tych należności określone w ustawie z dnia 13 października 1998 r. o systemie ubezpieczeń społecznych - w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację działalności badawczo-rozwojowej pozostaje w całości czasu pracy lub czasu przeznaczonego na wykonanie usługi na podstawie umowy zlecenia lub umowy o dzieło w danym miesiącu - stanowią koszty kwalifikowane działalności badawczo-rozwojowej wskazane w art. 18d ust. 2 ustawy o CIT.

W pozostałej części zagadnienia wyjaśnione w interpretacji indywidualnej z dnia 9 września 2022 r. nie są w jakimkolwiek zakresie przedmiotem interpretacji ogólnej z dnia 13 lutego 2024 r. W związku z tym nie można stwierdzić, że w tej części interpretacji indywidualnej występuje jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, o której to niezgodności mowa w art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej. Brak tej niezgodności powoduje, że w omawianej części brak było podstaw do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej.

Sąd nie podziela poglądu przedstawionego przez organ interpretujący, że przesłanka warunkująca stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej, to jest niezgodność interpretacji indywidualnej z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, jest spełniona również w przypadku, gdy interpretacja indywidualna dotyczy także innych zagadnień podatkowych (pozostających poza zakresem interpretacji ogólnej) oraz że w sytuacji gdy w interpretacji indywidualnej zawartych jest kilka zakresów, a jeden z nich jest sprzeczny ze stanowiskiem zawartym w interpretacji ogólnej - interpretacja indywidualna podlega wygaszeniu w całości.

Trzeba bowiem zwrócić uwagę, że interpretacja indywidualna jako akt organu interpretującego może swoim zakresem przedmiotowym obejmować wiele zagadnień prawa podatkowego, których rozstrzygnięcie jest niezależne od siebie, to jest sposób rozstrzygnięcia jednego zagadnienia nie wpływa na rozstrzygnięcie któregokolwiek z pozostałych zagadnień. Wówczas akt organu interpretującego, nazwany interpretacją indywidualną, jako proceduralny wyraz stanowiska organu zawiera od strony merytorycznej kilka różnych interpretacji odnoszących się do poszczególnych zagadnień.

W takiej sytuacji nie ma żadnej racjonalnej przyczyny aby przyjmować, że wydanie interpretacji ogólnej odnoszącej się tylko do jednego zagadnienia, z pominięciem pozostałych zagadnień, prowadzi do stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji w całości. Ta okoliczność (brak racjonalnej przyczyny) powinna mieć znaczenie dla zastosowania art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej.

Skoro przesłanką stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej jest jej niezgodność z interpretacją ogólną wydaną w takim samym stanie prawnym, to tym samym to zakres interpretacji ogólnej wytycza granice, w których możliwe jest stwierdzenie wygaśnięcie konkretnej interpretacji indywidualnej. Przyjęcie, że organ interpretujący ma obowiązek stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w całości także w sytuacji jej niezgodności z interpretacją ogólną tylko w części, powodowałoby wygaśnięciu interpretacji indywidualnej również w części prawidłowej, z pozbawieniem podatnika, bez racjonalnej przyczyny, możliwości skorzystania z ochrony w odpowiednim zakresie.

Zauważyć należy, że w rzeczywistości ustawodawca nie wprowadza wyraźnym sformułowaniem przepisu możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części; jednak nie wprowadza też zakazu takiego rozstrzygnięcia. Ze wskazanych wyżej przyczyn zastosowanie reguł wykładni systemowej i funkcjonalnej prowadzi do wniosku, że przepis art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej, umożliwia stwierdzenie wygaśnięcia interpretacji indywidualnej w części, jeżeli interpretacja ogólna dotyczy tylko części zagadnień wyjaśnionych w interpretacji indywidualnej.

Dodać należy, że w orzecznictwie sądów administracyjnych szeroko prezentowany jest pogląd o możliwości stwierdzenia wygaśnięcia interpretacji indywidulanej w części (por. np. wyroki NSA: z 13 lipca 2023 r., sygn. II FSK 224/21, z 8 sierpnia 2023 r. sygn. II FSK 1157/21 oraz II FSK 1158/21, wyrok WSA we Wrocławiu z 6 lutego 2025 r., sygn. I SA/Wr 746/24).

Ponownie rozpatrując sprawę organ powinien uwzględnić przedstawione wyżej stanowisko Sądu co do wykładni i zastosowania przepisu art. 14e § 1a pkt 2 Ordynacji podatkowej.

Biorąc pod uwagę omówione wyżej okoliczności Wojewódzki Sąd Administracyjny na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. c oraz art. art. 135 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935 ze zm., dalej p.p.s.a.).

O kosztach postępowania Sąd orzekł na podstawie art. 200 w związku z art. 205 § 2 p.ps.a. w związku z § 2 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 16 sierpnia 2018 w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2018r. poz. 1687).

Na kwotę zasądzonych kosztów składa się 200 zł wpisu od skargi, 480 zł wynagrodzenia doradcy podatkowego i 17 zł opłaty skarbowej za złożenie dokumentu pełnomocnictwa.