Odpowiadając na skargę organ odwoławczy wniósł o oddalenie skargi i podtrzymał stanowisko dotychczas prezentowane w sprawie.
Wyrokiem z 19 maja 2022 r., I SA/Ol 181/22, WSA w Olsztynie oddalił skargę. Naczelny Sąd Administracyjny uchylając powyższy wyrok w uzasadnieniu wyroku z 21 stycznia 2026 r., II FSK 1014/22, skoncentrował się wyłącznie na kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego i uznał prawidłowość oceny skarżącej kasacyjnie strony, że w dniu wydania postanowienia (29 listopada 2019 r.) o wszczęciu śledztwa w zakresie przestrzegania przepisów prawa podatkowego w podatku CIT za 2013 r., w rozważanej części wystąpiła negatywna przesłanka procesowa, o której jest mowa w art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k. NSA wskazał, że szczegółowo wyliczone w motywach zaskarżonej decyzji czynności podjęto w ramach postępowania karnoskarbowego dopiero w 2020 r., czyli po upływie właściwego terminu karalności. Ponadto do 17 stycznia 2022 r., tj. daty wydania decyzji przez organ odwoławczy nie wykryto sprawcy ani nie przedstawiono mu zarzutów.
Sąd odwoławczy uznał, że nastąpiło instrumentalne wykorzystanie możliwości zawieszenia biegu tego terminu – jeszcze przed przystąpieniem prokuratora do śledztwa. Nie zgodził się z Sądem pierwszej instancji, że "w dacie wydania o wszczęciu postępowania karnego skarbowego zachodziły zarówno materialnoprawne, jak i procesowe podstawy do wszczęcia postępowania karnoskarbowego. Sprawa dotyczyła bowiem uszczuplenia należności budżetowych wielkiej wartości, na co wskazywały ustalenia kontroli celnoskarbowej." (s. 15). Od Naczelnika UCS można było bowiem wymagać, aby przed wszczęciem postępowania karnoskarbowego samodzielnie rozważył jakie są znamiona czynu zabronionego (tj. wyłożył adekwatne normy prawa materialnego), a następnie ocenił, czy zebrany w sprawie materiał dowodowy do tych znamion przystaje. Zamiast tego w rozpoznawanej sprawie organ w bezkrytyczny sposób przyjął twierdzenia i oceny przedstawione w wyniku kontroli celno-skarbowej.
Wojewódzki Sąd Administracyjny zważył, co następuje.
Przedmiotem kontroli sądowej w niniejszej sprawie jest decyzja Naczelnika UCS z 17 stycznia 2022 r. poddana powtórnej ocenie tut. Sądu wskutek wyroku kasacyjnego Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21 stycznia 2026 r., II FSK 1014/22. WSA w Olsztynie ponownie rozpoznający sprawę jest, na podstawie art. 190 ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.), dalej jako "p.p.s.a.", związany wykładnią prawa dokonaną w sprawie przez NSA w powołanym wyroku. Artykuł ten znajduje zastosowanie, gdy doszło do orzeczenia, o którym mowa w art. 185 § 1 p.p.s.a., a mianowicie, gdy zaszła konieczność ponownego rozpoznania sprawy przez wojewódzki sąd administracyjny. Sąd pierwszej instancji rozpoznający sprawę ponownie nie może dokonać interpretacji przepisów w sposób odmienny niż wynikająca z orzeczenia wydanego w wyniku rozpoznania skargi kasacyjnej, nie może też ocenić prawidłowości rozstrzygnięcia sądu odwoławczego (por. wyrok NSA z 12 października 2010 r., II GSK 808/09).
Związanie wykładnią prawną dotyczy zarówno sądu rozpoznającego sprawę ponownie, jak również organu administracyjnego, do czasu ostatecznego rozstrzygnięcia, chyba że nastąpi zmiana stanu prawnego powodująca, że pogląd prawny NSA staje się nieaktualny. Oznacza to, że orzeczenie NSA wywiera skutki wykraczające poza zakres postępowania sądowoadministracyjnego, a jego oddziaływaniem objęte jest także przyszłe postępowanie administracyjne w sprawie. W tej sytuacji Sąd nie mógł rozpoznawać sprawy z pominięciem oceny prawnej wyrażonej w orzeczeniu NSA.
Przedmiotem sporu w rozpoznawanej sprawie stała się m.in. kwestia, czy wszczęcie postępowania przygotowawczego miało charakter instrumentalny, a rzeczywistym celem wydania postanowienia o wszczęciu postępowania karnego skarbowego było zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 70 § 1 pkt 6 O.p. Kwestia przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych decyzją podatkową w toku postępowania ma kluczowe znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Stanowi bowiem nową istotną okoliczność, która przesądza o wyniku tego postępowania bez możliwości wydania merytorycznego rozstrzygnięcia.
Naczelny Sąd Administracyjny w powoływanym wyżej wyroku z 21 stycznia 2026 r., II FSK 1014/22, uznał zasadność zarzutów skarżącej kasacyjnie w tym zakresie. Powołując uchwałę NSA z 24 maja 2021 r., I FPS 1/21, stwierdził, że sądy administracyjne pierwszej instancji w ramach zakreślonych przez art. 134 § 1 p.p.s.a. mają obowiązek badać czy proceduralna czynność wszczęcia postępowania karnego skarbowego w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie została wykorzystana tylko w celu nierozpoczęcia lub zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Na potwierdzenie tej tezy NSA zwrócił uwagę na fakt wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe w sytuacji, gdy z oczywistego braku przyczyn podmiotowych lub przedmiotowych (por. art. 1 ustawy z 10 września 1999 r. Kodeks karny skarbowy – Dz.U. z 2018 r. poz. 1958, dalej jako "k.k.s.") lub istnienia negatywnych przesłanek procesowych, wymienionych w art. 17 § 1 k.p.k. jasne jest już w momencie wydania postanowienia, że cele postępowania karnego skarbowego nie będą mogły być zrealizowane. O braku woli realizowania celów postępowania karnego skarbowego, a tym samym sztucznym wykorzystaniu instrumentu z tego postępowania do przedłużenia terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, może świadczyć również brak realnej aktywności organów postępowania przygotowawczego po wszczęciu takiego postępowania. Przyjęcie w takich przykładowo opisanych stanach faktycznych, że poprzez samo wydanie postanowienia o wszczęciu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe (przy zaistnieniu pozostałych przesłanek wymienionych wyżej) nastąpił skutek przewidziany w art. 70 § 6 pkt 1 w zw. z art. 70c O.p., stanowiłoby nadużycie tej instytucji, godzące w zasadę zaufania do organów państwa, a także zasadę praworządności, wynikające z art. 2 i art. 7 Konstytucji RP.
Bez względu na występowanie odmiennych kierunków rozważań co do oceny w zakresie badania na dzień wydania decyzji podatkowej okoliczności rzutujących na możliwość realizacji celów postępowania karnego skarbowego, analizując problem terminu przedawnienia karalności czynu, którego dotyczyło postępowanie karnoskarbowe Sąd ponownie rozpoznając sprawę jest związany oceną prawną NSA ukierunkowaną na wgląd w postępowanie karnoskarbowe przy ocenie czy wszczęcie postępowania przygotowawczego miało charakter instrumentalny, a rzeczywistym celem wydania postanowienia o wszczęciu postępowania karnego skarbowego było zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego na podstawie art. 70 § 1 pkt 6 O.p.
Z postanowienia o wszczęciu śledztwa, wydanego 29 listopada 2019 r. przez Naczelnika UCS wynika, że dotyczyło ono podania nieprawdy w zeznaniu CIT-8 o wysokości osiągniętego dochodu (poniesionej straty) poprzez "zawyżenie kosztów uzyskania przychodów o kwotę wydatków na używanie znaku towarowego X o 221 080 zł oraz znaku towarowego Y o 753 415 zł oraz zaniżenie przychodów w 2013 r. o kwotę 10 115 997,13 zł z tytułu opłaty restrukturyzacyjnej, czym uszczuplono podatek dochodowy od osób prawnych za rok podatkowy 2013 r. o kwotę 2 107 212 zł" – "tj. przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 kks". W postanowieniu o wszczęciu śledztwa organ wskazał jako wartość uszczuplenia podatkowego kwotę 2 107 212 zł. Wartość ta, jak przesądził NSA, została wskazana przez organ w sposób zupełnie chybiony, a biorąc pod uwagę status spółek komandytowo-akcyjnych w stanie prawnym obowiązującym w 2013 r. na tle przepisów art. 11 ust. 4 i art. 1 ust. 2 i 3 u.p.d.o.p., jak również z uwagi na fakt, że w następnych latach instytucja cen transferowych ulegała kolejnym zmianom, które poszerzały zakres jej stosowania oraz coraz szczegółowiej regulowały zasady ustalania warunków rynkowych transakcji zawieranych pomiędzy podmiotami powiązanymi – w 2019 r. oczywistym powinno być, że prowadzenie kontroli celno-skarbowej w tym kierunku było bezcelowe.
W konsekwencji w rozpoznawanej sprawie wiąże i ta ocena prawna NSA, wyrażona w wyroku z 21 stycznia 2026 r., II FSK 1014/22, że u podstaw kwalifikacji czynu zabronionego w postanowieniu z 29 listopada 2019 r. leżała błędna wykładnia przepisów prawa materialnego, tj. art. 11 ust. 4 u.p.d.o.p. w zw. z art. 1 ust. 2 tej ustawy. W efekcie w dniu wydania tego postanowienia, w rozważanej części, wystąpiła negatywna przesłanka procesowa, o której jest mowa w art. 17 § 1 pkt 2 k.p.k. Skoro w świetle art. 11 ust. 4 u.p.d.o.p. w zw. z art. 1 ust. 2 tej ustawy nie można było przypisać Spółce uszczuplenia w podatku w związku z przeprowadzoną restrukturyzacją polegającą na wniesieniu aportem do spółek komandytowo-akcyjnych szeregu nieruchomości – działanie to nie mogło zawierać znamion czynu zabronionego, o którym jest mowa zarówno w art. 56 § 1 k.k.s., jak i w art. 56 § 2 tej ustawy. Stwierdzenie powyższego nie wymagało od organu wnikliwej analizy materiału dowodowego zebranego w toku kontroli celno-skarbowej, a jedynie właściwego odczytania przepisów prawa materialnego. Nie ma w tej sytuacji podstaw do uznania przez organ, że powziął uzasadnione podejrzenie popełnienia przestępstwa.
NSA przesądził w rozpoznawanej sprawie, że w przypadku właściwej kwalifikacji czynu zabronionego w postanowieniu wszczynającym postępowanie karnoskarbowe karalność tego czynu ustałaby wraz z końcem 2019 r. Biorąc pod uwagę, że jednym z zasadniczych celów postępowania karnoskarbowego jest wykrycie sprawcy i pociągnięcie go do odpowiedzialności (o czym stanowi art. 2 § 1 pkt 1 k.p.k.), jego realizacja w tak krótkim terminie była nieprawdopodobna. Dalsze działanie organu karnoskarbowego ocenę tę potwierdza. Wyliczone na str. 17-19 zaskarżonej do Sądu decyzji czynności z zakresu postępowania karnoskarbowego podjęto jednak w 2020 r., czyli po upływie właściwego terminu karalności. Ponadto do 17 stycznia 2022 r., tj. daty wydania decyzji przez organ odwoławczy, sprawcy nie wykryto ani nie przedstawiono mu zarzutów. Instrumentalne wykorzystanie możliwości zawieszenia biegu tego terminu nastąpiło przed przystąpieniem prokuratora do śledztwa, gdyż to Naczelnik UCS wszczął postępowanie karnoskarbowe i to ten organ, na podstawie art. 70 § 6 pkt 1 O.p., wywodził z tego zdarzenia zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Nie ma znaczenia przyłączenie tego postępowania karnoskarbowego przez prokuratora do prowadzonego przez niego śledztwa dotyczącego uszczuplenia podatkowego za 2014 r. (postanowienie z 14 września 2020 r.). Przyłączenie przez prokuratora postępowania karnoskarbowego dotyczącego uszczupleń w zobowiązaniach podatkowych Spółki za 2013 r. do postępowania prowadzonego wobec Spółki za 2014 r. nie może post factum usprawiedliwiać błędnego działania Naczelnika UCS.
Powyższe powoduje uznanie zasadności zarzutów skargi dotyczących naruszenia art. 70 § 6 pkt 1 w związku z art. 70c O.p. Wobec tego, że przedawnienie zobowiązań podatkowych objętych decyzją podatkową w toku postępowania przesądza o wyniku tego postępowania bez możliwości wydania merytorycznego rozstrzygnięcia, organ odwoławczy uwzględni przedstawioną przez Sąd ocenę prawną i zdecyduje co do zastosowania w sprawie art. 208 § 1 w zw. z art. 70 § 1 O.p. W tej sytuacji nie ma potrzeby odnoszenia się do zarzutu skargi związanego z wydatkami z tytułu opłat licencyjnych za prawo do korzystania ze znaku towarowego.
Dokonując ponownej kontroli legalności zaskarżonej decyzji Sąd, na podstawie art. 145 § 1 lit. a) p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję w pkt I. sentencji wyroku. Ponownie rozpoznając sprawę Naczelnik UCS uwzględni uwagi przedstawione powyżej w powiązaniu z wykładnią prawa dokonaną w sprawie w wyroku kasacyjnym Naczelnego Sądu Administracyjnego z 21 stycznia 2026 r., II FSK 1014/22.
W związku z uwzględnieniem skargi Sąd orzekł również w pkt II. sentencji wyroku o kosztach postępowania na podstawie art. 200 i art. 205 § 2 p.p.s.a.