Organ wskazał ponadto, że jakkolwiek ani w prawie cywilnym ani w prawie podatkowym nie występuje legalna definicja konsorcjum, przyjmuje się, że zawarcie umowy konsorcjum możliwe jest na podstawie art. 353¹ ustawy z 23 kwietnia 1964 r. Kodeks cywilny (Dz.U. z 2024 r. poz. 1061), w ramach tzw. swobody umów. Konsorcjum nie jest jednak podmiotem gospodarczym, nie posiada osobowości prawnej ani podmiotowości prawnej, nie musi być rejestrowane ani mieć odrębnej nazwy czy też siedziby. Przechodząc na grunt prawa podatkowego, Dyrektor KIS stosownie do art. 15 ust. 1 i 2 ustawy o VAT stwierdził, że konsorcjum nie może być zatem uznane za podatnika VAT. Podmioty działające w ramach konsorcjum są zatem odrębnymi podatnikami VAT, a zatem powinny stosować ogólne reguły wynikające z ustawy o VAT oraz aktów wykonawczych do niej, w tym także w zakresie wystawiania faktur VAT dokumentujących wykonywane czynności.
W ocenie organu analiza przedstawionego opisu sprawy, treści przepisów prawa podatkowego oraz orzecznictwa TSUE prowadzi do stwierdzenia, że przekazywane wnioskodawcy przez N. środki finansowe na realizację opisanego projektu należy uznać za otrzymane od osoby trzeciej środki (dotacje, subwencje lub dopłaty o podobnym charakterze) mające bezpośredni wpływ na cenę świadczonych przez wnioskodawcę usług. Środki te nie zostaną przeznaczone na ogólną działalność A., lecz mogą zostać wykorzystane tylko i wyłącznie na działanie określone i wskazane w umowie, tj. na wykonanie przedmiotowego projektu zgodnie z Umową oraz na konkretne działania wykonywane w ramach tego projektu. Zdaniem organu środki finansowe otrzymane na realizację ww. projektu stanowią należności za świadczone usługi. Tym samym, realizację powierzonych zadań i w efekcie przekazanie wszelkich praw własności przemysłowej i intelektualnej będących wynikiem realizowanego projektu na rzecz Skarbu Państwa należy uznać za podlegające opodatkowaniu świadczenie usług, bowiem w przedmiotowej sprawie zostały spełnione wszystkie przesłanki warunkujące uznanie wykonywanych przez Państwa w ramach projektu czynności za odpłatne usługi w rozumieniu art. 8 ust. 1 ustawy, podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy, dla których ustawodawca nie przewidział możliwości zastosowania zwolnienia.
W analizowanym przypadku istnieje bezpośredni związek pomiędzy dokonanym świadczeniem a otrzymanym od osoby trzeciej wynagrodzeniem. Przedstawiony opis sprawy wskazuje, że właścicielem efektów zrealizowanego projektu – powstałych w jego wyniku PWI – będzie Skarb Państwa reprezentowany przez [...]. W niniejszej sprawie mamy zatem beneficjenta świadczenia, tj. Skarb Państwa, reprezentowany przez [...], który po zakończeniu projektu uzyskuje prawo do własności intelektualnej w postaci prawa własności do demonstratora technologii – prototypu genetycznej bazy danych [...], w skład którego wchodzi m.in.: dokumentacja techniczna i wyniki, raporty z badań oraz analizy, demonstrator technologii – prototyp genetycznej bazy danych [...]. Jednocześnie świadczonej usłudze odpowiada świadczenie wzajemne, tj. wynagrodzenie otrzymane przez konsorcjum od N. Zatem przekazanie PWI na rzecz Skarbu Państwa nastąpi odpłatnie i będzie podlegać opodatkowaniu podatkiem VAT. Fakt, że wnioskodawca wykonał określone czynności na rzecz beneficjenta projektu (Skarbu Państwa, reprezentowanego przez [...]), nie pobierając od niego odpłatności (PWI, przedmioty PWI oraz prawa związane przeniesione na rzecz Skarbu Państwa bez prawa do dodatkowego wynagrodzenia) oznacza, że zapłatą za te świadczenia są otrzymane przez wnioskodawcę środki zwane dotacją (dofinansowaniem otrzymanym z N.).
W konsekwencji Dyrektor KIS stwierdził, że dotacja otrzymana od N. przez A., jako lidera konsorcjum, na realizację badań naukowych oraz prac rozwojowych w ramach projektu pn. "[...]" będzie dotacją bezpośrednio wpływającą na wartość świadczeń i stanowić będzie wynagrodzenie za świadczone usługi oraz będzie zwiększać podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, a tym samym świadczenia wykonywane w ramach projektu sfinansowane dotacją, będą podlegały opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, stosownie do art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT.
Powyższą interpretację zaskarżyła A. wnosząc o jej uchylenie w całości oraz zasądzenie kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego i opłaty od pełnomocnictwa według norm przepisanych. Zaskarżonej interpretacji zarzucono:
1) błąd wykładni oraz niewłaściwą ocenę, co do zastosowania przepisów prawa materialnego, tj.: art. 5 ust. 1 pkt 1, art. 7 ust. 1, art. 8 ust. 1-2, art. 29a ust. 1 i ust. 6-7, art. 15 ustawy o VAT poprzez uznanie, że w stanie faktycznym (zdarzeniu przyszłym) opisanym we wniosku o wydanie interpretacji, dofinansowanie (dotacja) otrzymane przez lidera i członków konsorcjum z N. na realizację projektów w zakresie prowadzenia badań naukowych i prac rozwojowych na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa stanowi wynagrodzenie za świadczone przez lidera i pozostałych członków konsorcjum usługi lub dostawy i tym samym wchodzi do podstawy opodatkowania w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT i rodzi po stronie lidera i pozostałych członków konsorcjum obowiązek wystawienia faktury oraz poprzez uznanie, że otrzymane z N. dofinansowanie jest dotacją, subwencją lub inną dopłatą o podobnym charakterze mającą bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, o której mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, oraz poprzez uznanie, że nieodpłatne przeniesienie PWI, przedmiotów PWI i praw związanych (definicje PWI, przedmiotów PWI i praw związanych zostały zawarte we wniosku o wydanie interpretacji) na rzecz Skarbu Państwa powstałych w związku z realizacją projektu jest odpłatnym świadczeniem usług lub dostawą i jest opodatkowane z tytułu VAT (błędne zastosowanie art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT) oraz poprzez uznanie, że kwota otrzymanego z N. dofinansowania stanowi podstawę opodatkowania w przypadku nieodpłatnego przeniesienia PWI, przedmiotów PWI i praw związanych na rzecz Skarbu Państwa oraz poprzez uznanie, że w opisanym we wniosku stanie faktycznym (zdarzeniu przyszłym) wnioskodawcę należy uznać za podatnika prowadzącego działalność gospodarczą w postaci świadczenia usług lub dostawy towarów; podczas gdy prawidłowa wykładnia winna doprowadzić organ do odmiennych wniosków, w szczególności takich, że: otrzymane środki finansowe nie mają bezpośredniego wpływu na cenę i nie stanowią wynagrodzenia za świadczone przez lidera i pozostałych członków konsorcjum usługi i nie stanowią elementu podstawy opodatkowania podatkiem VAT, zaś nieodpłatne przeniesienie PWI, przedmiotów PWI i praw związanych na rzecz Skarbu Państwa powstałych w związku z realizacją projektu nie jest odpłatnym świadczeniem usług ani dostawą towarów, natomiast otrzymywane z N. kwoty stanowią jedynie refundację poniesionych kosztów (a nie wynagrodzenie), a zatem nie stanowią podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług;
2) naruszenie przepisów postępowania, tj.:
a) art. 14b §2 w zw. z art. 14b §1 i §3 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r. poz. 2383 ze zm.), dalej jako "o.p.", poprzez przyjęcie założeń niezgodnych ze stanem faktycznym, tj. uznanie, że dotacja z N. stanowi wynagrodzenie za usługi lub dostawy, podczas gdy w rzeczywistości otrzymywane z N. kwoty stanowią jedynie refundację poniesionych kosztów (a nie wynagrodzenie), a zatem nie stanowią podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług oraz poprzez sformułowanie interpretacji w sposób wewnętrznie sprzeczny, gdyż z uzasadnienia interpretacji wynika wprost, że należy zapłacić podatek VAT, zaś z oceny stanowiska zawartej w interpretacji wynika, że stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe,
b) art. 121 §1 w zw. z art. 14h o.p. poprzez prowadzenie postępowania w sposób pobieżny, niepoprzedzony analizą ugruntowanego orzecznictwa sądowoadministracyjnego w tego typu sprawach oraz nieuwzględnienie tego orzecznictwa przy wydaniu interpretacji, co świadczy o prowadzeniu postępowania w sposób niebudzący zaufania do organu podatkowego, a także poprzez nieodniesienie się w pełni do argumentów skarżącej, niepoddanie analizie lub poddanie niepełnej analizie wszystkich przepisów mających wpływ na ocenę zaprezentowanego we wniosku zdarzenia przyszłego, jak również poprzez nieuzasadnienie w wyczerpujący sposób swojego stanowiska co do oceny prawnej opisanego zdarzenia przyszłego, a tym samym prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organu podatkowego oraz poprzez sformułowanie interpretacji w sposób wewnętrznie sprzeczny, gdyż z uzasadnienia interpretacji wynika wprost, że należy zapłacić podatek VAT, zaś z oceny stanowiska zawartej w interpretacji wynika, że stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe,
c) art. 14c, art. 14k-14nb o.p. poprzez sformułowanie interpretacji w sposób wewnętrznie sprzeczny, gdyż z uzasadnienia interpretacji wynika wprost, że należy zapłacić podatek VAT, zaś z oceny stanowiska zawartej w interpretacji wynika, że stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe, co tym samym pozbawia interpretację waloru ochronnego względem wnioskodawcy, pozbawia wnioskodawcę możliwości skorzystania z przepisów statuujących funkcję ochronną interpretacji indywidualnej.
W uzasadnieniu podniesiono, że zaskarżona interpretacja została sformułowana w sposób wewnętrznie sprzeczny. Z uzasadnienia interpretacji wynika wprost, że należy zapłacić podatek VAT (z uzasadnienia wynika, że nieodpłatne przeniesienie PWI, przedmiotów PWI i praw związanych na rzecz Skarbu Państwa podlega według organu opodatkowaniu VAT), zaś z części interpretacji zatytułowanej "Ocena stanowiska" i wstępnej części interpretacji wynika, że stanowisko wnioskodawcy jest prawidłowe. Wnioskodawca, prezentując swoje stanowisko w sprawie, wyraźnie natomiast napisał, że według niego skoro PWI, przedmioty PWI oraz prawa związane mają zostać przeniesione wyłącznie na rzecz Skarbu Państwa bez prawa do dodatkowego wynagrodzenia (tj. w ramach otrzymanego na podstawie umowy finansowania), czynność taka nie będzie po raz kolejny opodatkowana, bowiem była opodatkowana w ramach otrzymanej kwoty finansowania badań naukowych oraz prac rozwojowych przez [...].
W ocenie skarżącej zaskarżona interpretacja jest całkowicie sprzeczna z wykładnią przepisów ustawy o VAT przedstawioną w orzecznictwie sądów administracyjnych. W niniejszej sprawie dofinansowanie przekazane przez N. nie może stanowić wynagrodzenia za świadczoną usługę, gdyż projekt nie jest do niego skierowany, zaś sam projekt może nie przynieść żadnych efektów, co w przypadku badań naukowych i prac rozwojowych nie jest niczym nadzwyczajnym. Brak jest ponadto, w świetle opisu zdarzenia przyszłego zawartego we wniosku o wydanie interpretacji, jakiegokolwiek związku pomiędzy kwotą dofinansowania z N. a konkretnym wynikiem badań naukowych lub prac rozwojowych, który wskazywałby w jakikolwiek sposób na dopłatę do ceny, pokrycie jej części lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny.
Strona podniosła też, że z treści wniosku o interpretację wystosowanego w niniejszej sprawie wyraźnie natomiast wynika, że dofinansowanie N. pokrywa wyłącznie wydatki (koszty) ponoszone przez wnioskodawcę i partnerów konsorcjum na badania naukowe i prace rozwojowe realizowane w projekcie (koszty powstałe w związku z realizowanym projektem). W niniejszej sprawie organ błędnie zatem przyjął, że dofinansowanie przekazane przez N. stanowi dotację, subwencję lub inną dopłatę o podobnym charakterze mającą bezpośredni wpływ na cenę towarów dostarczanych lub usług świadczonych przez podatnika, o których mowa w art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. N. na podstawie umowy pokrywa jedynie koszty ponoszone w projekcie pt. "[...]". Strona jako lider projektu i pozostali konsorcjanci nie uzyskują korzyści. Koszty ogólne (pośrednie) stanowią jedynie koszty ponoszone przez wykonawcę, niezbędne dla realizacji projektu. Zwróciła także uwagę, że w niniejszej sprawie dofinansowanie przekazane przez N. nie może stanowić wynagrodzenia za świadczoną usługę, gdyż projekt nie jest do niego skierowany, zaś sam projekt może nie przynieść żadnych efektów, co w przypadku badań naukowych i prac rozwojowych nie jest niczym nadzwyczajnym. Brak jest ponadto, w świetle opisu zdarzenia przyszłego zawartego we wniosku o wydanie interpretacji, jakiegokolwiek związku pomiędzy kwotą dofinansowania z N. a konkretnym wynikiem badań naukowych lub prac rozwojowych, który wskazywałby w jakikolwiek sposób na dopłatę do ceny, pokrycie jej części lub rekompensatę z powodu obniżenia ceny.
Tym samym A. stwierdziła, że otrzymana dotacja na realizację projektu badawczo-rozwojowego pochodząca ze środków N. nie będzie stanowiła podstawy opodatkowania podatkiem VAT w rozumieniu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT, ani nie będzie wynagrodzeniem za świadczoną na rzecz [...] usługę. Powyższe sprawia, że dokonana przez organ interpretacyjny ocena, prowadząca do wniosku, że kwota dofinasowania będzie wchodziła do podstawy opodatkowania nie może zostać uznana za prawidłową.
Na poparcie swoje stanowiska skarżąca wskazała na liczne orzecznictwo Naczelnego Sądu Administracyjnego i wojewódzkich sądów administracyjnych, w tym wyroki tut. sadu z 18 sierpnia 2022 r., sygn. I SA/OI 332/22 i z 6 marca 2024 r., sygn. I SA/OI 46/24.
W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie i podtrzymał swoje dotychczasowe stanowisko.
W wyniku złożonej skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 9 grudnia 2025 r., sygn. akt I FSK 400/25 uchylił wyrok tut. sądu z 3 grudnia 2024 r., sygn. akt I SA/Ol 392/24 w całości, przekazuje sprawę Wojewódzkiemu Sądowi Administracyjnemu w Olsztynie do ponownego rozpoznania. Wskazał jednocześnie, że nie można przyjąć, że WSA dokonał kontroli zaskarżonej interpretacji, co czyni zasadnym zarzut naruszenia art. 1 §1 i §2 p.p.s.a, a także art. 3 §1 i §2 pkt 4a w zw. z art. 141 §4 i art. 153 tej ustawy. Z przepisów tych, w znaczeniu istotnym dla sprawy wynika między innymi, że sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości przez kontrolę działalności administracji publicznej, w tym w sprawach skarg na pisemne interpretacje prawa podatkowego wydawane w indywidualnych sprawach, a kontrola ta sprawowana jest pod względem zgodności z prawem. Zdaniem sądu kasacyjnego skarżony wyrok nie poddaje się kontroli instancyjnej. Końcowo stwierdzając, że rozpoznając sprawę ponownie, będąc związany przedstawioną wyżej oceną prawną, sąd orzeknie w granicach niniejszej sprawy wynikających z akt administracyjnych.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:
Skarga była zasadna, choć sąd nie znalazł podstaw do uwzględnienia wszystkich jej zarzutów.
Stosownie do art. 57a ustawy z 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r. poz. 143, ze zm.), dalej: "p.p.s.a.", skarga na pisemną interpretację przepisów prawa podatkowego wydaną w indywidualnej sprawie może być oparta wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd administracyjny jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną.
Uwzględniając zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 9 grudnia 2025 r., sygn. akt I FSK 400/25, sąd ma ponadto na uwadze, że zgodnie z art 190 p.p.s.a. przy ponownym rozpoznawaniu danej sprawy jest on związany wykładnią dokonaną przez NSA zarówno w zakresie prawa materialnego, jak i przepisów postępowania, przy czym ocena ustaleń faktycznych jest pochodną oceny wykładni (a w konsekwencji zastosowania) przepisów postępowania. W tym sensie orzeczenie wiąże sąd I instancji przy ponownym rozpoznawaniu sprawy (por. wyrok NSA z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19).
Należy zauważyć, że tożsame sprawy była już przedmiotem analizy tut. sądu (wyrok z 3 grudnia 2024 r., sygn. akt I SA/Ol 392/24). Na szczególną uwagę zasługuje również wyrok z 18 grudnia 2024 r., sygn. akt I SA/Ol 420/24 zaakceptowany przez NSA wyroku z 9 grudnia 2025 r., sygn. akt I FSK 401/25, który dotyczył analogicznego stanu faktycznego jak w niniejszej sprawie.
Na wstępie wskazania wymaga, że zaskarżoną w niniejszej sprawie interpretacją indywidualną organ interpretacyjny uznał stanowisko skarżącej za prawidłowe. Wnioskodawca zaskarżył jednak interpretację indywidualną, albowiem uważa, że między jego stanowiskiem a stanowiskiem organu interpretacyjnego zachodzi rozdźwięk, jak również rozdźwięk taki zachodzi pomiędzy rozstrzygnięciem interpretacji indywidualnej a jej uzasadnieniem, co strona podniosła w warstwie proceduralnej zarzutów skargi dotyczących naruszenia art. 14b §2 w zw. z art. 14b §1 i §3, art. 121 §1 w zw. z art. 14h oraz art. 14c, art. 14k-14nb o.p. Sąd uznał za zasadne zarzuty skargi dotyczące naruszenia przepisów postępowania, choć z innym nieco uzasadnieniem aniżeli wskazała skarżąca, co jest możliwe, gdyż związanie sądu administracyjnego zarzutami skargi nie obejmuje już związania uzasadnieniem tych zarzutów (por. wyroki NSA: z 8 listopada 2016 r., sygn. akt II OSK 2671/15; z 7 października 2014 r., sygn. akt II OSK 760/13; z 23 maja 2013 r., sygn. akt II OSK 210/12).
Uwzględniając powyższe, zasadniczym problemem w sprawie determinującym rozstrzygnięcie była przede wszystkim kwestia, czy Dyrektor KIS właściwie odczytał przedstawione we wniosku zdarzenie przyszłe, pytanie podatnika oraz wyrażone na gruncie tego zdarzenia stanowisko skarżącej.
Wskazać należy, że zgodnie z art. 14b §3 o.p. składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego oraz do przedstawienia własnego stanowiska w sprawie oceny tego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego.
Interpretacja indywidualna zawiera, stosownie do art. 14c §1 i §2 o.p. ocenę stanowiska wnioskodawcy wraz z uzasadnieniem prawnym (§1), a w przypadku uznania jego stanowiska za nieprawidłowe zawiera wskazanie stanowiska prawidłowego wraz z uzasadnieniem prawnym (§2).
Z przywołanych powyżej przepisów wynika, że ocenie w ramach postępowania zmierzającego do uzyskania indywidualnej interpretacji podlega własne stanowisko wnioskodawcy. Własne stanowisko w sprawie to nic innego jak określenie konsekwencji prawnopodatkowych opisanego we wniosku o wydanie interpretacji stanu faktycznego sprawy (wyrok WSA w Warszawie z 11 sierpnia 2015 r., sygn. akt III SA/Wa 3382/14). To jego zatem prawidłowość bądź nieprawidłowość jest badana przez organ interpretacyjny. W związku z tym wskazuje się, że w kontekście wzoru wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej, nie są najistotniejsze ani pytania zadane przez wnioskodawcę, ani przepisy prawa wskazane przez niego jako mające zastosowanie w sprawie. Najistotniejsza dla wnioskodawcy pozostaje ta część wniosku, która zawiera jego własną ocenę skutków podatkowych stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego w nim przedstawionego. W przypadku pełnej zgodności poglądów wnioskodawcy i organu interpretacyjnego, ustawodawca pozwala pominąć konieczność sporządzania oceny stanowiska wnioskodawcy i potwierdzić je bez zastrzeżeń w trybie art. 14c §2 o.p. Realizując zasadę przekonywania i funkcję informacyjną, organ skonfrontowany z poglądami zainteresowanego i ich uzasadnieniem jest w stanie pełniej się do nich odnieść i wyjaśnić wnioskodawcy, dlaczego jego stanowisko pozostaje prawidłowe bądź nieprawidłowe. W modelowym postępowaniu wnioskodawca powinien czuć się bowiem poinformowany i przekonany, że poglądy przez niego przedstawione pozostają adekwatne bądź nieadekwatne w sprawie, a także wiedzieć czemu tak jest (K. F. Turzyński, 2.4. Własne stanowisko wnioskodawcy [w:] Interpretacje przepisów prawa podatkowego w praktyce i orzecznictwie, Warszawa 2015; Lex/el.).
W piśmiennictwie podkreśla się również, że obowiązek przedstawienia stanowiska w sprawie oceny prawnej zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego nie powinien być pojmowany zbyt rygorystycznie. Za wystarczające można by uznać, że będzie on spełniony, jeżeli zainteresowany w jasny sposób wskaże przedmiot swoich wątpliwości. Należy przyjąć, że nie chodzi tu o pełną ocenę prawną przedstawionego we wniosku zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego, lecz o zrozumiałe przedstawienie zagadnienia, które w ocenie wnioskodawcy wymaga wyjaśnienia (A. Kabat, Wiążące interpretacje przepisów prawa podatkowego - korzyści po zmianach?, cz. I., P. i Pr. 2007, Lex/el., por też wyrok WSA w Warszawie z 26 lutego 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 2518/18).
W orzecznictwie sądowym wskazuje się natomiast, że wyczerpująco przedstawione stanowisko wnioskodawcy powinno wskazywać przepisy prawa mogące stanowić postawę dochodzonej interpretacji oraz ocenę ich znaczenia dla wyczerpująco przedstawionego we wniosku stanu faktycznego. Co istotne, zarówno opis stanu faktycznego (zdarzenia przyszłego), jak i ocena prawna, odwołująca się do konkretnych przepisów prawa podatkowego, muszą być ze sobą spójne (patrz wyrok NSA z 26 czerwca 2019 r., sygn. akt II FSK 2130/17). Pomiędzy wszystkimi elementami wniosku musi istnieć związek sprowadzający się do tego, że własne stanowisko wnioskodawcy powinno stanowić odpowiedź na pytanie interpretacyjne na gruncie stanu faktycznego (lub zdarzenia przyszłego) i przepisów prawa podatkowego (wyrok WSA w Łodzi z 12 marca 2014 r., sygn. akt I SA/Łd 1310/13). Równocześnie, w wyroku z 3 października 2017 r., sygn. akt I FSK 61/16, Naczelny Sąd Administracyjny przedstawił rozumienie pojęcia "stanowiska własnego wnioskodawcy" jako prawną kwalifikację przedstawionego stanu faktycznego, w którego obszarze będzie się toczyć postępowanie o wydanie interpretacji indywidualnej, wskazując jednocześnie na merytoryczne związanie organu wydającego interpretację zakresem problemu prawnego przedłożonego przez stronę we wniosku.
Wynika zatem z powyższego, że ujęcie we wniosku przez zainteresowanego własnego stanowiska dotyczy jego osobistej oceny zaistniałego stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego z powołaniem się na konkretne przepisy prawa. Brak tego stanowiska jest traktowany jako niedopełnienie wymogów formalnych wniosku i skutkuje wezwaniem do jego uzupełnienia w trybie art. 169 §1 o.p., pod rygorem jego pozostawienia bez rozpatrzenia.
Działając w trybie art. 169 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. organ interpretacyjny może żądać uzupełnienia wniosku o takie elementy, bez których nie jest możliwa ocena, czy stanowisko przedstawione we wniosku i ocena prawna są prawidłowe, czy też błędne. Elementy, które podlegałyby uzupełnieniu przez wnioskodawcę organ wydający interpretację indywidualną winien precyzyjnie wskazać w wezwaniu, wyjaśniając dlaczego ich brak uniemożliwia jej wydanie. Interpretacja indywidualna ma bowiem na celu uzyskanie stanowiska organu w zakresie rozumienia przepisów prawa podatkowego na gruncie przedstawionego przez wnioskodawcę stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego. Jak wskazuje się bowiem w orzecznictwie, na podstawie art. 169 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. organ podatkowy jest obowiązany do podjęcia czynności wyjaśniających, w sytuacji gdy wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej jest sformułowany w sposób niewystarczający do jednoznacznej i wyczerpującej oceny prawnej (a z taką sytuacją zdaniem sądu mamy do czynienia w tej sprawie) przedstawionego w nim zagadnienia (zob. wyroki NSA z 10 grudnia 2021 r., sygn. akt II FSK 1143/21 oraz z 9 lipca 2019 r., sygn. akt I FSK 532/17).
W ocenie sądu, w stanie rozpoznawanej sprawy nie można było uznać (jak zrobił to organ), że nie powstały żadne wątpliwości co do przedstawionego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej opisu zdarzenia przyszłego, pytania podatnika, jak i jego własnego stanowiska w sprawie oceny tego zdarzenia, i że wszystkie te elementy wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej zostały przedstawione w sposób jasny, jednoznaczny i oczywisty, umożliwiający wydanie interpretacji indywidualnej (mającej wartość i znaczenie nadane przez ustawodawcę).
Co istotne więc, sformułowane we wniosku zdarzenie przyszłe, pytanie podatnika i jego własne stanowisko w sprawie oceny tego zdarzenia powinny pozostawać ze sobą w związku. W niniejszej sprawie pytanie to dotyczyło kwestii, czy przeniesienie przez wnioskodawcę PWI, przedmiotów PWI lub praw związanych na rzecz Skarbu Państwa bez dodatkowego wynagrodzenia będzie podlegać opodatkowaniu VAT. W zakresie związanego z tym pytaniem własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej przedstawionego zdarzenia przyszłego strona, odwołując się do brzmienia przepisów art. 5 ust. 1 pkt 1 oraz art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, wskazała że przeniesienie PWI, przedmiotów PWI i praw z nimi związanych, które będą miały postać demonstratora technologii – prototypu genetycznej bazy danych [...], będą stanowiły świadczenie usług. Odwołując się z kolei do przepisu art. 29a ust. 1 ustawy o VAT skarżąca stwierdziła, że finansowanie uzyskane przez wnioskodawcę, mające na celu wytworzenie prawa własności do ww. demonstratora technologii należy uznać za podstawę wynagrodzenia stanowiące opodatkowanie VAT z tytułu świadczenia usług. Skoro zaś PWI, przedmioty PWI oraz prawa związane mają zostać przeniesione wyłącznie na rzecz Skarbu Państwa bez prawa do dodatkowego wynagrodzenia (tj. w ramach otrzymanego na podstawie umowy przez wnioskodawcę finansowania), czynność taka nie będzie po raz kolejny opodatkowana, bowiem była opodatkowana w ramach otrzymanej kwoty finansowania badań naukowych oraz prac rozwojowych przez [...].
Zdaniem sądu, o ile powyższe twierdzenia zawarte w części wniosku dotyczącej przedstawienia przez zainteresowanego własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej zdarzenia przyszłego mogłyby zostać uznane za tożsame z argumentacją organu, który oceniając to stanowisko jako prawidłowe, stwierdził, że przekazanie wszelkich praw własności przemysłowej i intelektualnej będących wynikiem realizowanego projektu na rzecz Skarbu Państwa należy uznać za podlegające opodatkowaniu świadczenie usług, którym odpowiada świadczenie wzajemne, tj. dofinansowanie otrzymane od N. - to jednak stanowisko to zostało wyrażone z pominięciem dalszej części stanowiska zaprezentowanego przez wnioskodawcę (co nie powinno mieć miejsca). A stanowisko Dyrektora KIS powinno być jasne i pełne.
Na uwadze należy mieć bowiem, że w ramach innych elementów zdarzenia przyszłego i argumentów własnej oceny prawnej sprawy strona wskazywała również, że w ramach umowy konsorcjum nie uzyskuje bezpośrednio korzyści, lecz udział w pracach może podnieść jej prestiż w środowisku naukowym i przyczynić się do zawiązania długofalowych relacji z partnerami konsorcjum oraz poprawić pozycję względem innych [...]. Wskazano również na rodzaj kosztów poniesionych w projekcie, które nie wykazywały związku z ceną konkretnych dostaw lub towarów, a także, że efekty badań po zakończeniu realizacji projektu nie będą służyły wykonywaniu działalności opodatkowanej (ponieważ zgodnie z umową wykonawca tj. A. jest zobowiązany do przeniesienia PWI, przedmiotów PWI lub praw z nimi związanych na rzecz Skarbu Państwa reprezentowanego przez [...]). Podniesiono, że w przypadku nieprzyznania dotacji, projekty w ogóle nie byłby realizowany. Wskazano, że wszystkie nabywane na potrzeby realizacji projektu towary i usługi są wykorzystywane wyłącznie do realizacji projektu. Podniesiono też, że demonstrator technologii – prototypu genetycznej bazy danych [...] (w przypadku nieodpłatnego przekazania Skarbowi Państwa reprezentowanego przez [...] praw własności) będą one mogły być wykorzystywane przez laboratoria kryminalistyczne służb mundurowych RP (policja, straż graniczna, ABW, KAS), a także zainteresowane instytuty badawcze i uczelnie. Wskazano ponadto, że skarżąca za przeniesienie na rzecz Skarbu Państwa (reprezentowanego przez [...]) PWI lub praw związanych nie otrzymuje żadnych świadczeń i wynagrodzenia.
Na istnienie sprzeczności i wątpliwości co do przedstawionego przez wnioskodawcę zdarzenia przyszłego oraz przedstawionego przez skarżącą pytania, jak również stanowiska zawartego we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej wskazuje również to, że z wniosku nie można jasno wywieść, na czyją rzecz ma być przeniesione PWI. W opisie zdarzenia przyszłego i w pytaniu wskazano, że przeniesienia ma nastąpić na Skarb Państwa reprezentowany przez [...]. Z kolei w stanowisku wnioskodawcy wskazano, że przeniesienie PWI nastąpi na rzecz [...] (N.) i będzie stanowiło świadczenie usług.
W ocenie sądu, powyższe twierdzenia zawarte we wniosku zarówno w części dotyczącej przedstawienia przez wnioskodawcę zdarzenia przyszłego, jak i własnego stanowiska w sprawie oceny prawnej tego zdarzenia wyraźnie pokazują, że były one niejasne, zwłaszcza w kontekście tego, czy przeniesienie na rzecz Skarbu Państwa PWI lub praw związanych będzie wiązało się z otrzymaniem przez skarżącą wynagrodzenia, czy też nie. A jak wskazał Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 9 stycznia 2024 r., sygn. akt II FSK 42/23 wyczerpująco przedstawiony stan faktyczny (zaistniały bądź przewidywany), to taki, na podstawie którego można w sposób pewny udzielić informacji (co zdaniem sądu, uwzględniając wcześniejszą argumentację nie miało miejsca w tej sprawie) w zakresie możliwości zastosowania prawa podatkowego w indywidualnej sprawie. Powstałe wątpliwości powinny zatem spowodować po stronie organu interpretacyjnego reakcję w postaci wezwania do uzupełnienia wniosku na podstawie art. art. 169 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. W konsekwencji niepodjęcia w tym zakresie obligatoryjnych czynności organ wydał interpretację indywidualną, którą potwierdził prawidłowość (potraktowanego jedynie wyrywkowo i fragmentarycznie) stanowiska wnioskodawcy w odniesieniu do sformułowanego pytania, co pomimo pozytywnego dla strony rozstrzygnięcia – spotkało się z jej sprzeciwem i decyzją o zaskarżeniu takiej interpretacji indywidualnej do tut. sądu. W ocenie sądu, w tej sprawie zaistniała zatem sytuacja, w której organ zobowiązany był do podjęcia czynności wyjaśniających celem ustalenia, jakie jest rzeczywiste stanowisko podatnika w sprawie, skutkiem zaś nieprzeprowadzenia tych czynności było to, że dopiero w skardze podatnik przedstawił swoją argumentację, zarzucając organowi jednocześnie, że uznał stanowisko podatnika za prawidłowe, choć jednocześnie ocenił, że należy zapłacić podatek VAT z tytułu dofinansowania otrzymanego z N.
Oczywiście, nie ulega wątpliwości, że podatnik powinien z rozwagą formułować oceną zaistniałego stanu faktycznego lub zdarzenia przyszłego z powołaniem się na konkretne przepisy prawa, bowiem dokonywana w wyniku postępowania ocena organu interpretacyjnego odnosi właśnie do tej oceny prawnej wyrażonej przez podatnika. Przedstawiona w niniejszej sprawie ocena prawna wyrażona przez skarżącą, dodatkowo reprezentowaną przez profesjonalnego pełnomocnika, była dalece niedoskonała, przede wszystkim zawierała niejednoznaczne i budzące wątpliwości, w aspekcie oceny całego wniosku, stwierdzenia w kwestii skutków prawno-podatkowych otrzymania dofinansowania z N. i czynności przeniesienia PWI na rzecz Skarbu Państwa. Niemniej jednak, to na organie interpretacyjnym spoczywał obowiązek wyjaśnienia tych wątpliwości przy udziale strony. Tymczasem organ nieprawidłowo, gdyż bez wyjaśnienia z udziałem wnioskodawcy zasadniczych wątpliwości co do jego stanowiska, wziął pod uwagę (uwzględnił) z rozpatrywanego wniosku tylko te twierdzenia, które z punktu realizacji przez organ polityki fiskalnej Państwa były korzystne i wskazywały na to, że intencją strony jest prezentowanie stanowiska o opodatkowaniu VAT zarówno samego dofinansowania, jak i czynności przekazania PWI. Tym samym organ dokonał oceny stanowiska wnioskodawcy (w oparciu jedynie o część jego argumentów) jednostronnie, z ukierunkowaniem na uznanie, że do podstawy opodatkowania VAT wchodzi analizowane dofinansowanie, z jednoczesnym pominięciem pozostałych twierdzeń wniosku wskazujących na brak bezpośrednich korzyści po stronie skarżącej w związku z uzyskaniem dofinansowania, charakter kosztów ponoszonych w toku realizacji projektu, które będą służyć wyłącznie pokryciu kosztów, czy też stwierdzenie, że w przypadku nieprzyznania dotacji, przedmiotowy projekt nie byłby realizowany oraz że efekty badań nie będą służyły do czynności opodatkowanych. Należy w tym miejscu podkreślić, że skarżąca nie zajęła stanowiska adekwatnego do postawionego pytania, czy uważa że przeniesienie PWI na Skarb Państwa reprezentowany przez reprezentowany przez [...] (bez dodatkowego wynagrodzenia) będzie podlegać opodatkowaniu VAT, czy nie. A był to kluczowy brak wniosku interpretacyjnego. Skoro tak, to nie jest jasne czym kierował się organ uznając stanowisko (niewyrażone przez skarżącą) za prawidłowe.
Nie ulega zatem wątpliwości, że w niniejszej sprawie stanowisko podatnika nie zostało sformułowane w sposób zrozumiały. W tej sytuacji właściwym sposobem postępowania w świetle przepisu art. 14c §1 o.p. nie było jego potwierdzanie przez organ z przytoczeniem jedynie części argumentacji powołanej w uzasadnieniu tego stanowiska, ale domaganie się od wnioskodawcy jego wyjaśnienia. Zwłaszcza, że kwestia zaliczenia do podstawy opodatkowania VAT dofinansowania otrzymanego przez różnego rodzaju instytucje i podmioty z N. (o czym organ interpretacyjny ma pełną świadomość) jest przedmiotem licznych (i w zasadzie zbliżonych, jeśli nie w znacznej części jednolitych, w aspekcie istoty spornego zagadnienia prawnego) postępowań przed Dyrektorem Krajowej Informacji Skarbowej, również sporów prowadzonych przez samą skarżącą, na co wskazują powołane w skardze wyroki tut. sądu z 18 sierpnia 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 332/22 oraz z 6 marca 2024 r., sygn. akt I SA/Ol 46/24, w których przedmiotem sporu była właśnie kwestia wpływu otrzymania dofinansowania na realizację projektu na podstawę opodatkowania VAT w kontekście treści art. 29a ust. 1 ustawy o VAT. Zauważenia przy tym wymaga, że Dyrektor KIS w uzasadnieniu zaskarżonej interpretacji indywidualnej zasadniczo skupił się na analizie tej właśnie kwestii, tj. czy dofinansowanie z N. wchodzi do podstawy opodatkowania VAT i to w tym zakresie wyraził reasumpcję swego stanowiska w zaskarżonej interpretacji (s. 21), choć przedmiotem pytania strony była wyłącznie kwestia, czy przeniesienie przez wnioskodawcę PWI, przedmiotów PWI lub praw związanych na rzecz Skarbu Państwa bez dodatkowego wynagrodzenia będzie podlegać opodatkowaniu VAT. Z powyższego wyraźnie zatem wynika, że złożona w niniejszej sprawie skarga na interpretację indywidualną, uznająca stanowisko strony za prawidłowe jest rzeczywistym efektem niepodjęcia przez organ interpretacyjny obligatoryjnych czynności w zakresie usunięcia wątpliwości nie tylko co do własnego stanowiska wnioskodawcy, ale również zdarzenia przyszłego i związanego z nim pytania, co do którego strona zawęziła je wyłącznie do kwestii opodatkowania przeniesienia PWI, przedmiotów PWI lub praw związanych na rzecz Skarbu Państwa, zaś organ udzielił odpowiedzi w dużo szerszym zakresie odnoszącym się przede wszystkim bezpośrednio do kwestii opodatkowania dofinansowania otrzymanego z N.
W niniejszej sprawie wyraźnego podkreślenia wymaga, że w świetle realizacji funkcji informacyjnej interpretacji indywidualnej nie można uznać, że "jakie pytanie, taka odpowiedź", tzn. że niejasne pytanie i niejasne stanowisko własne wnioskodawcy można skwitować stwierdzeniem jego prawidłowości, jeśli tylko w opisie stanowiska wnioskodawcy część z jego argumentów będzie mieściła się w takim zakresie rozstrzygnięcia.
Jak już wyżej wskazano, nieprzedstawienie własnego stanowiska albo jego przedstawienie w sposób wadliwy stanowi brak wniosku, który podlega usunięciu w trybie art. 169 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. W sytuacji zaś sprzecznych lub wykluczających się twierdzeń zawartych we wniosku, organ interpretacyjny powinien był wezwać skarżącą do wyjaśnienia jej stanowiska, ewentualnie także opisu zdarzenia przyszłego i treści pytania, jeśli one również budziły wątpliwości. Uznając za prawidłowe stanowisko przedstawione niejasno we wniosku, organ interpretacyjny naruszył zatem art. 14b §1-3 o.p. oraz art. 14c §1 o.p., gdyż nie przedstawił oceny prawnej stanowiska wnioskodawcy w rozumieniu tych przepisów. Z powyższych względów sąd uznał za zasadny również zarzut skargi, że zaskarżona interpretacja indywidualna narusza art. 121 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. w zakresie, w jakim organ interpretacyjny uznał stanowisko strony za prawidłowe w oparciu o jej niejasne stanowisko. Natomiast na tym etapie i z uwagi na wskazane uchybienia, sąd nie miał możliwości oceny zarzutów odnoszących się do naruszenia przepisów prawa materialnego (pkt 1 lit a-b skargi).
Zaskarżona interpretacja została uchylona na podstawie art. 146 §1 o.p. w zw. z art. 145 §1 pkt 1 lit. c p.p.s.a.
W ponownym postępowaniu interpretacyjnym organ wezwie skarżącą na podstawie art. 169 §1 o.p. w zw. z art. 14h o.p. do usunięcia braku wniosku w zakresie przedstawienia własnego stanowiska, ewentualnie także opisu zdarzenia przyszłego i treści pytania, jeśli one również wzbudzą wątpliwości organu w toku ponownego rozpatrywania sprawy. Wypowiedź skarżącej powinna być precyzyjna i konsekwentna co do skutków na gruncie VAT opisanego przez nią zdarzenia przyszłego. Jeżeli strona, pomimo wezwania, nie usunie braku wniosku, organ interpretacyjny pozostawi wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej bez rozpatrzenia.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 §2 p.p.s.a. oraz §14 ust. 1 pkt 1 lit. c rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z dnia 22 października 2015 r. w sprawie opłat za czynności radców prawnych (Dz. U. z 2023 r., poz. 1935). Na zasądzone koszty składają się wpis sądowy w kwocie 200,00 zł, koszty zastępstwa procesowego w kwocie 480,00 zł oraz opłata skarbowa od udzielonego pełnomocnictwa w kwocie 17,00 zł.
Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.