Zatem w ocenie sądu wykazanie w korektach z lutego 2019 r. kwot takich, jak w deklaracjach pierwotnych oraz rozliczenie dotychczasowych wpłat po korektach złożonych w październiku 2018 r. sprawiło, że skutkiem złożenia korekt z lutego 2019 r. był niedobór wpłat z tytułu zobowiązań za maj i czerwiec 2018 r. Dlatego zdaniem sądu nie ma podstaw, aby twierdzić, że wystąpiła nadpłata dotycząca rozliczenia zobowiązań skarżącej za maj lub czerwiec 2018 r. Skoro po analizie korekt z lutego 2019 r. i wpłat dokonanych przed złożeniem tych korekt okazało się, że nadal część zaległości podatkowych nie jest opłacona, to były podstawy, aby dokonane przez skarżącą wpłaty lub dokonane przez organ zaliczenia nadpłat zaliczyć proporcjonalnie na zaległość podatkową i odsetki za zwłokę. Sąd I instancji wyjaśnił, że możliwość złożenia korekty jest prawem podatnika, przy czym skorzystanie z tego prawa niesie za sobą konsekwencje tego rodzaju, że jeżeli korekta dotyczy pomniejszenia zobowiązania i organ dokona zwrotu jego części na podstawie korekty, to zarówno w ewentualnej decyzji wymiarowej, jak i w kolejnej korekcie zwiększającej zobowiązanie może zostać stwierdzona niedopłata po stronie podatnika.
Sąd zważył, że na dzień złożenia ostatnich, wiążących organ korekt (luty 2019 r.), z których wynikało zobowiązanie podatkowe za maj i czerwiec 2018 r., po stronie skarżącej nie było wpłat pokrywających lub przekraczających sumę należności głównych i odsetek od zobowiązań za maj i czerwiec 2018 r., biorąc pod uwagę, że co do zasady odsetki powinny być naliczane od następnego dnia po upływie terminu płatności zobowiązania, czyli od 26 czerwca i 26 lipca 2018 r., do dnia zapłaty (lub zaliczenia nadpłaty na poczet zobowiązania). Zatem w dniu złożenia ostatnich korekt (luty 2019 r.) okazało się, że skarżąca posiada niedopłatę w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r., co wynika z tego, że wcześniej dokonane wpłaty (zaliczenia) zostały rozliczone postanowieniem z 31 grudnia 2018 r. i rozdysponowane na rzecz skarżącej. Stąd też zdaniem sądu nie ma podstaw do rozważań, w jakim trybie NUS zwrócił spółce kwoty wynikające z korekt z października 2018 r., tj. czy uczynił to w trybie bezdecyzyjnym (art. 75 §4 o.p.), jak twierdzi skarżąca czy w trybie rozliczenia korekt złożonych na podstawie art. 81 §2 o.p., tj. bez wniosku o stwierdzenie nadpłaty, jak podnosi organ. Co do zasady sąd podzielił stanowisko organów podatkowych w odniesieniu do zróżnicowania trybów składania korekty deklaracji, tj. że można tego dokonać albo w trybie przepisów o nadpłacie albo w trybie art. 81 §2 o.p. Nadmienił, że w aktach sprawy nie ma wniosku o stwierdzenie nadpłaty.
Od wskazanego powyżej wyroku spółka wywiodła skargę kasacyjną, wskutek której Naczelny Sąd Administracyjny wyrokiem z 15 stycznia 2025 r., sygn. akt I FSK 1443/21 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał sprawę WSA w Olsztynie do ponownego rozpoznania.
W uzasadnieniu rozstrzygnięcia NSA stwierdził, że zaskarżony wyrok nie poddaje się kontroli instancyjnej, bowiem sądowi I instancji umknęło co jest istotą sporu w tej sprawie. A zamiast tego swoim wywodem wykreował on, bo nie wynika to z decyzji DIAS, inną kategorię zaległości podatkowej niż ta, która w tej sprawie powstała, a co za tym idzie sąd nie rozstrzygnął o istocie sprawy.
NSA wskazał, że na tle regulacji zawartej w art. 52 §1 pkt 1 w związku z art. 52 §2 o.p. w związku z art. 53 §5 o.p. oraz w art. 52 §1 pkt 2 o.p. sąd I instancji nie zauważył, że przedmiotem sprawy nie jest istnienie nadpłaty w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r. (zobowiązanie podatkowe zapłacone w wysokości wyższej niż należna lub nienależnie). Nie jest tu sporne, że spółka złożyła korekty i wykazała w nich nadpłatę i zwrot VAT, a następnie te kwoty zostały zaliczone na inne zaległości spółki, a więc w ten sposób spółka została nienależnie przysporzona. Sporna jest jedynie nadpłata z tytułu (nienależnej – zdaniem podatnika) zapłaty odsetek za zwłokę od nienależnie zwróconej spółce nadpłaty w podatku VAT za te miesiące. Sporne jest więc, czy przysporzenie zostało dokonane na rzecz spółki na skutek korekt deklaracji złożonych wyłącznie jako wynik samoobliczenia podatku wedle wiedzy i woli spółki czy może te korekty deklaracji zostały także zaaprobowane przez organ w procedurze stwierdzenia nadpłaty (art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p.). Sporne jest, czy mamy do czynienia z zaległością podatkową, o której mowa w art. 52 §1 pkt 1 o.p., podlegającej natychmiastowemu odsetkowaniu czy może ze szczególną formą zaległości podatkowej, o której mowa w art. 52 §1 pkt 2 o.p. NSA podniósł, że najprościej rzecz ujmując spór dotyczy tego, czy za poprawność korekt deklaracji złożonych przez spółkę w październiku 2018 r. organ podatkowy wziął współodpowiedzialność czy nie wziął. Rozstrzygnięcie powyższej kwestii wyznacza rdzeń sporu.
Naczelny Sąd Administracyjny wywiódł, że spółka wstępnie potraktowała zaległości wynikające z październikowych (2018 r.) korekt deklaracji jako zaległości kwalifikowane na gruncie art. 52 §1 pkt 1 o.p., a więc podlegające odsetkowaniu i te odsetki za zwłokę sama zapłaciła. Obecnie zaś uważa, że te odsetki zapłaciła nienależnie, bo zaległości nie powinny być kwalifikowane na gruncie art. 52 §1 pkt 1 o.p. W zależności od oceny wskazanej kwestii odsetki uiszczone przez spółkę zostaną uznane za zapłacone należnie albo za nienależne, co z kolei może wygenerować nadpłatę, której stwierdzenia spółka obecnie się od organu domaga. Spółka nie twierdzi, że złożyła expressis verbis wniosek o stwierdzenie nadpłaty. Podnosi jednak, że skutek prawny właściwy dla złożenia takiego wniosku należy wywieść z okoliczności złożenia korekt deklaracji w październiku 2018 r., ich uzasadnienia oraz ze sposobu rozdysponowania przez organ nadpłat. Z całokształtu okoliczności towarzyszących zwrotowi spółce nadpłaty (podatku VAT) wynikających z korekt deklaracji spółka wywodzi, że organ zastosował procedurę bezdecyzyjnego stwierdzenia nadpłaty (art. 75 §4 o.p.). Organ zaś taką ocenę spółki neguje. Ta kwestia, wyznaczając istotę sporu, wymaga oceny prawnej sądu I instancji.
NSA podniósł, że dla rozstrzygnięcia sprawy nie wystarcza zacytowanie treści niektórych dokumentów z akt administracyjnych. Niezbędne jest przedstawienie wniosków faktycznych i całościowej oceny prawnej, której w uzasadnieniu skarżonego wyroku brakuje. Brak tu argumentacji sądu I instancji w zakresie odniesienia się do zarzutów podniesionych przez spółkę w złożonej skardze i szeroko argumentowanych. Brak wykładni przepisów dokonanej przez sąd I instancji. Nie sposób więc w ocenie NSA prześledzić sposobu rozumowania sądu I instancji w tym zakresie. WSA faktycznie jedynie podzielił stanowisko organów podatkowych, czyniąc to zdawkowo, bez własnej argumentacji prawnej. Całokształt uzasadnienia skarżonego wyroku wskazuje, że WSA nie dostrzegł istoty sporu, jasno eksponowanej w decyzji organu i w skardze spółki, a zamiast tego skierował swoje wywody na temat powstawania zaległości z tytułu nieuiszczenia w terminie podatku należnego, które to wywody są oderwane od realiów faktycznych i prawnych niniejszej sprawy.
NSA wskazał, że przy ponownym rozpoznaniu sprawy rozpoznając sprawę sąd I instancji wypowie się co do istoty sporu w sprawie.
W piśmie procesowym z 6 czerwca 2025 r. skarżąca podniosła, że DIAS nie zauważył, że ustawa z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U. z 2017 poz. 1221, ze zm.), dalej jako: "ustawa o VAT", nie przewiduje możliwości wykazania nadpłaty w deklaracji podatkowej. W swoich korektach deklaracji podatkowych strona nie wykazała kwoty nadpłaty podatku VAT, bowiem nie miała ani technicznej ani prawnej możliwości takiego działania. Jeżeli więc prawnie wykluczone jest wykazanie nadpłaty w deklaracji, to jej wystąpienie jest uzależnione od przeprowadzenia przez organ podatkowy postępowania wyjaśniającego. W sytuacji, gdy organ podatkowy wskutek korekty deklaracji dokonuje zwrotu nadpłaty bez wydawania decyzji, bierze na siebie współodpowiedzialność za poprawność rozliczenia podatkowego podatnika. Strona podkreśliła, że w sprawie nie mamy do czynienia z niezapłaconym w terminie zobowiązaniem podatkowym, a więc zaległością podatkowa w rozumieniu art. 51 §1 pkt 1 o.p. Z kolei art. 52 §1 pkt 1 o.p. nie może dotyczyć podatnika podatku VAT, gdyż w podatku tym podatnik nie wykazuje w deklaracji nadpłaty. Zatem spółka nie będąc do tego zobowiązana naliczyła od zwracanych przez siebie kwot odsetki od zaległości podatkowych i następnie uiściła je również nie będąc do tego zobowiązana. Kwota ta zaś zgodnie z art. 72 o.p. stanowi nadpłatę.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:
Skarga okazała się niezasadna.
Sąd administracyjny bada legalność zaskarżonej decyzji, jej zgodność z prawem materialnym, określającym prawa i obowiązki stron oraz z prawem procesowym, regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 §1 pkt 1 lit. a-c p.p.s.a.
Uwzględniając zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 stycznia 2025 r., sygn. akt I FSK 1443/21, sąd ma ponadto na uwadze, że zgodnie z art 190 p.p.s.a. przy ponownym rozpoznawaniu danej sprawy jest on związany wykładnią dokonaną przez NSA zarówno w zakresie prawa materialnego, jak i przepisów postępowania, przy czym ocena ustaleń faktycznych jest pochodną oceny wykładni (a w konsekwencji zastosowania) przepisów postępowania. W tym sensie orzeczenie wiąże sąd I instancji przy ponownym rozpoznawaniu sprawy (por. wyrok NSA z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19).
Istota sporu sprowadza się do tego, czy organy podatkowe miały prawo do odmowy stwierdzenia nadpłaty z nienależenie zapłaconych odsetek za zwłokę od zaległości w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r. (jak uważa strona, gdyż w powstałej sytuacji zastosowanie ma art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p.). W tym kontekście sporne jest też to, jak zauważył NSA w wyroku kasacyjnym, czy: (-) przysporzenie zostało dokonane na rzecz spółki na skutek korekt deklaracji złożonych wyłącznie jako wynik samoobliczenia podatku wedle wiedzy i woli spółki czy może te korekty deklaracji zostały także zaaprobowane przez organ w procedurze stwierdzenia nadpłaty (ww. art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p.) przez co organ podatkowy wziął współodpowiedzialność za poprawność tych korekt; (-) mamy do czynienia z zaległością podatkową, o której mowa w art. 52 §1 pkt 1 o.p., podlegającej natychmiastowemu odsetkowaniu czy może ze szczególną formą zaległości podatkowej, o której mowa w art. art. 52 §1 pkt 2 o.p.
Zgodnie z art. 81 §1 i §2 o.p. jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. Skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji.
Według art. 75 §4 o.p., jeżeli prawidłowość skorygowanego zeznania (deklaracji) nie budzi wątpliwości organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę. W takim przypadku korekta wywołuje skutki prawne.
W myśl art. 72 §2 pkt 1 o.p. na równi z nadpłatą traktuje się część wpłaty, która została zaliczona na poczet odsetek za zwłokę, jeżeli wpłata ta dotyczyła zaległości podatkowej.
Z art. 53 §1 o.p. wynika, że od zaległości podatkowych, z zastrzeżeniem art. 52 §1 pkt 2 i art. 54, naliczane są odsetki za zwłokę.
Przepis art. 52 §1 pkt 1 i pkt 2 lit. b o.p. stanowi, że zwrotowi bez wezwania organu podatkowego podlega uprzednio zwrócona przez organ podatkowy lub zaliczona na poczet zaległości podatkowych oraz odsetek za zwłokę albo bieżących zobowiązań podatkowych, wraz z oprocentowaniem: (1) nadpłata lub zwrot podatku wykazane nienależnie lub w wysokości większej od należnej, ujęte w deklaracji lub we wniosku o zwrot podatku w rozumieniu przepisów rozdziału 7b ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych lub rozdziału 6a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych; (2) nadpłata lub zwrot podatku (...): b) stwierdzone na wniosek w trybie art. 75 §4 albo przepisów rozdziału 7b ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych lub rozdziału 6a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, w zakresie wynikającym z tego wniosku, nienależnie lub w wysokości większej od należnej (...).
Jednocześnie z art. 76 §1 o.p. wynika, że nadpłaty wraz z ich oprocentowaniem podlegają zaliczeniu z urzędu na poczet zaległości podatkowych wraz z odsetkami za zwłokę, odsetek za zwłokę od nieuregulowanych w terminie zaliczek na podatek, kosztów upomnienia oraz bieżących zobowiązań podatkowych, a w razie ich braku podlegają zwrotowi z urzędu, chyba że podatnik złoży wniosek o zaliczenie nadpłaty w całości lub w części na poczet przyszłych zobowiązań podatkowych.
Sąd nie znalazł podstaw do uwzględnienia zawartych w skardze zarzutów (wraz z przyjęty tam uzasadnieniem oraz dodatkowym ich uzasadnieniem wynikającym z pisma procesowego z 6 czerwca 2025 r.), tj. naruszenia art. 72 §2 pkt 1 o.p. w zw. z art. 53 §1 o.p. oraz art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p. w zw. z art. 75 §4 o.p., które miało istotny wpływ na wynik sprawy. Przyjęte stanowisko podyktowane jest tym, że złożone przez stronę korekty deklaracji VAT-7 z 25 i 29 października 2018 r. za maj i czerwiec 2018 r. (złożonych pierwotnie odpowiednio 15 czerwca 2018 r. za maj 2018 r. i 2 sierpnia 2018 r. za czerwiec 2018 r.). stanowią wyłącznie (w ocenie sądu) wynik samoobliczania podatku wedle wiedzy i woli spółki. Organ natomiast w żaden sposób nie odpowiadał za ich poprawność, nie aprobował tych korekt wbrew twierdzeniu strony w trybie bezdecyzyjnym stwierdzenia nadpłaty, wynikającym z art. 75 §4 o.p. (kiedy prawidłowość skorygowanego zeznania/deklaracji nie budzi wątpliwości, a organ podatkowy zwraca nadpłatę bez wydawania decyzji ją stwierdzającej), tym samym nie biorąc za to współodpowiedzialności. Przemawiają za tym następujące okoliczności:
- postępowanie w trybie art. 75 §4 o.p. jest postępowaniem wyłącznie wnioskowym i nie można jego występowania domniemywać (jak robi to strona), wywodząc to wyłącznie z faktu wydania przez organ I instancji w dniu 31 grudnia 2018 r. postanowienia w trybie art. 76 §1 o.p. (mocą którego dokonał z nadpłaty za maj 2018 r. zaliczenia określonej w nim kwoty na poczet zobowiązania za wrzesień 2018 r. oraz zwrócił pozostałą kwotę na rachunek spółki, jak również na poczet zobowiązania za wrzesień 2018 r. przerachował określoną w nim nadpłatę podatku za czerwiec 2018 r.), a co miało zdaniem spółki świadczyć, że organ ten musiał ocenić, czy istnieje nadpłata i w jakiej wysokości. Co istotne, na tym etapie postępowania podatkowego spółka z takim wnioskiem nie wystąpiła, złożyła bowiem wyłącznie w dniach 25 i 29 października 2018 r. korekty deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. wraz z ich uzasadnieniem (które jest charakterystyczne, jak słusznie zauważył DIAS właśnie dla trybu wskazanego w art. 81 o.p – por. wyrok NSA z 8 kwietnia 2015 r., sygn. akt II FSK 973/12) oraz wnioskiem o zaliczenie nadpłaty wynikającej ze złożonych korekt na poczet zobowiązań podatkowych za inny okres rozliczeniowy (w tym wypadku wrzesień 2018 r). To zaś powoduje zdaniem sądu, że nie miał zastosowania w sprawie (jak chciałaby tego spółka) przepis art. 75 §4 o.p., który przewiduje wprost, że jeśli strona domagała się stwierdzenia nadpłaty to winna dać temu wyraz w złożonym wniosku (co nie miało tutaj miejsca), do którego należało też dołączyć korekty deklaracji. Słusznie przy tym zauważył organ II instancji w odpowiedzi na skargę, że o ile złożenie korekty deklaracji jest elementem obligatoryjnym wniosku o stwierdzenie nadpłaty, to już wniosek o stwierdzenie nadpłaty nie jest elementem obligatoryjnym dla złożenia korekty deklaracji podatkowej (por. wyroki NSA z 9 kwietnia 2019 r., sygn. akt II FSK 1407/17). Zauważyć w tym miejscu należy, na etapie złożonych już po kontroli korekt (co miało miejsce 26 lutego 2019 r.) taki wniosek o stwierdzenie nadpłaty został przez stronę złożony (co świadczy, że miała ona świadomość jak wygląda prawidłowa procedura dotycząca zastosowania art. 75 §4 o.p.). Tym samym słusznie uznał organ odwoławczy, że korekty deklaracji składane wraz z pisemnym uzasadnieniem przyczyn ich złożenia, miały charakter samodzielny i były składane w trybie art. 81 §1 i §2 o.p. a nie art. 75 §4 o.p. Zarówno bowiem korekta deklaracji i jej uzasadnienie, czy też wniosek o zaliczenie nadpłaty wynikającej z korekty deklaracji na poczet zobowiązań podatkowych za inne okresy rozliczeniowe nie stanowią wniosku o stwierdzenie, bądź zwrot nadpłaty i nie wszczynają postępowania w tych sprawach. Należy też pamiętać, że mamy tutaj do czynienia z profesjonalnie działającego podmiotem, od którego wymagane jest działanie zgodne z prawem (jeśli wywodzi z niego określone skutki prawnopodatkowe), a w tym przypadku prawo to wymagało złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty, czego strona nie zrobiła. W ocenie sądu treść deklaracji wraz z ich uzasadnieniem wyraźnie wskazuje na zmianę uprzednio złożonych deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. (skorygowanie polegało bowiem na złożeniu deklaracji tego samego rodzaju, co deklaracja korygowana, ale o innej treści). A jak zauważył NSA w wyroku z 23 stycznia 2015 r., sygn. akt II FSK 1927/13, w zakresie, w jakim podatnik realizuję zasadę samoobliczania zobowiązania podatkowego, składając deklarację podatkową, ma on jednocześnie możliwość składania korekty, która stanowi integralny element mechanizmu samoobliczania zobowiązania podatkowego. Charakter korekty deklaracji podatkowej wskazuje, że zastępuje ona w całości uprzednio złożoną deklarację podatkową (pierwotną), a sama weryfikacja deklaracji możliwa jest pod warunkiem złożenia jej korekty (art. 81 §1 i §2 o.p.). W przypadku korekty nie może być też mowy o "nowym" w dosłownym tego słowa znaczeniu zdarzeniu prawnym, a jedynie o zmianie uprzednio złożonego rozliczenia za dany okres (wyrok NSA z 28 lipca 2011 r., sygn. akt I FSK 1493/10). Ponadto, jak słusznie zauważył WSA w Gdańsku (wyrok z 14 stycznia 2015 r., sygn. akt I SA/Gd 1426/14) w sytuacji gdy korekta nie została złożona wraz z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty, lecz wraz z pisemnym uzasadnieniem przyczyn jej złożenia mamy do czynienia z zupełnie innym trybem złożenia korekty, określonym w treści wskazanego już art. 81 o.p. Korekta deklaracji dzieli los prawny wniosku o stwierdzenie nadpłaty, ale odnosi się to wyłącznie do korekty złożonej w trybie art. 75 §3 o.p. (co nie miało w tej sprawie miejsca). Stanowisko to znajduje zresztą odzwierciedlenie w judykaturze (dla przykładu wyrok NSA z 6 listopada 2014 r., sygn. akt II FSK 2578/12). Korekta deklaracji złożona w trybie art. 75 §3 o.p. jest immanentnie związana z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty i dzieli jego losy. Dokonane zatem przez spółkę czynności wypełniały jedynie wymogi określone w art. 81 §1 i §2 o.p., które jak już wspomniano wcześniej, w przypadku złożenia korekty deklaracji nakładają obowiązek dołączenia pisemnego uzasadnienia dokonanej korekty (i tak się stało w tej sprawie). Jak zauważył też słusznie DIAS w zaskarżonej decyzji (stosownie do art. 81 o.p.), złożona pierwotnie deklaracja może zostać przez podatnika zmieniona. Korekta deklaracji podatkowej ma na celu doprowadzenie do zgodności niewłaściwie deklarowanej poprzednio sytuacji prawnopodatkowej z sytuacją nakazaną przez ustawy podatkowe. Ponadto, gdy nie było wydanej decyzji organu, a podatnik składa korektę pierwotnej deklaracji w podatku VAT, skutkiem tej czynności jest to, że zobowiązanie podatkowe zostaje określone na nowo;
- jeśli chodzi o wydane 31 grudnia 2018 r. postanowienie w sprawie zaliczenia nadpłaty na poczet zobowiązań podatkowych (zaległych, bieżących, przyszłych), to należy pamiętać (por. wyroki NSA: z 12 grudnia 2023 r., sygn. akt I FSK 1517/23; z 4 marca 2021 r., sygn. akt III FSK 2475/21; z 28 listopada 2019 r., sygn. akt I FSK 1463/17; z 5 lipca 2018 r. sygn. akt I FSK 1278/16), że jest ono jedynie czynnością materialno-techniczną o formalnym charakterze. Jak zauważył ponadto WSA w Gliwicach w wyroku z 29 czerwca 2021 r. sygn. akt I SA/Gl 1583/20), na podstawie art. 76a §2 o.p. w związku z art. 76b o.p. zaliczenie kwoty zwrotu różnicy podatku od towarów i usług (w tej sprawie zaliczenia określonej w korektach z 25 i 29 października 2018 r. nadpłaty) na poczet zaległości podatkowej dokonuje się z mocy samego prawa i następuje z dniem złożenia deklaracji wykazującej rzeczony zwrot podatku. Zgodnie zaś z art. 76a §1 o.p. w zw. z art. 76b o.p. organ podatkowy ma obowiązek wydania postanowienia, które stwierdza (tylko) powstałe - zaistniałe - dokonanie ex lege zaliczenie na poczet zaległości podatkowych. Postanowienie o zaliczeniu nadpłaty nie kreuje więc nowego stanu faktycznego i prawnego, a jedynie potwierdza wykonanie czynności o charakterze technicznym (rachunkowym). W przedmiotowej sprawie organ wziął właśnie pod uwagę nadpłatę (wynikającą z samoobliczania podatku wedle wiedzy i woli spółki) wynikającą ze złożonych przez stronę korekt z 25 i 29 października 2018 r. deklaracji pierwotnych VAT-7 wraz z ich uzasadnieniem (gdzie wyraźnie wskazano: czego dotyczy korekta, jej przyczyn oraz podstawy prawnej, wysokości nadpłaty oraz zawnioskowano o jej zaliczenie na zobowiązanie z tytułu podatku VAT z wrzesień 2018 r. - k. 30-32 akt postępowania podatkowego), co potwierdza w odpowiedzi na skargę podnosząc, że zaliczenie tej nadpłaty na oznaczoną zaległość podatkową nastąpiło zgodnie z dyspozycją zawartą w uzasadnieniu przyczyn złożenia ww. korekt. Należy też zauważyć, że deklaracje dopóki ich organ nie podważy (np. w wyniku kontroli) korzystają z domniemania prawidłowości (por. wyrok NSA z 3 listopada 2020 r., sygn. akt II FSK 2016/18). Jak podniósł też Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 8 kwietnia 2014 r., sygn. akt II FSK 973/12, wykładnia celowościowa przepisu art. 81 §2 o.p. prowadzi do wniosku, że pisemne uzasadnienie przyczyny korekty podatnik składa niejako "dla organu", ażeby to organ wiedział, dlaczego korekta została złożona. Tym samym organ musi pozyskać wiedzę o przyczynie złożenia korekty i tak się stało w tej sprawie. Złożenie ponadto deklaracji korygującej jest dla organu podatkowego wiążące, co oznacza, że jeśli określony przepis przyznaje podatnikowi prawo do złożenia korekty, organ co do zasady nie może odmówić jej przyjęcia. Może jedynie wezwać podatnika do wskazania przyczyn jej złożenia;
- na szczególną uwagę zasługuje w niniejszej sprawie również sekwencja zdarzeń oraz konsekwentne działanie organów podatkowych (przy jego braku strony), która w ocenie sądu wyklucza zastosowanie w sprawie (wbrew twierdzeniu spółki) art. 75 §4 o.p. i bezdecyzyjnego trybu akceptacji przez organ I instancji wystąpienia nadpłaty wynikającego ze złożonych w październiku 2018 r. korekt deklaracji VAT-7 i jej zwrotu w wyniku wydanego postanowienia z 31 grudnia 2018 r. (a tym samym, że organ wziął współodpowiedzialność za ich poprawność). Organ bowiem w wyniku ww. korekt pierwotnych deklaracji VAT-7 za maj i czerwiec 2018 r. wraz z ich uzasadnieniem i wnioskiem o zaliczenie stwierdzonej w nich nadpłaty - wydał jedynie techniczne postanowienie w oparciu o art. 76 §1 o.p., art. 76a i 76b o.p. (i co istotne zgodnie z dyspozycją wynikającą z uzasadnień przyczyn ich złożenia jak zauważył organ w odpowiedzi na skargę) o jej zaliczeniu na oznaczoną zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę. Ponadto, jak zauważył WSA w Łodzi w wyroku z 20 marca 2024 r., sygn. akt I SA/Łd 16/24 (akceptując stanowisko organów podatkowych), zwrot środków wynikających z korekty deklaracji nie stanowi stwierdzenia nadpłaty w rozumieniu art. 75 o.p., kwestia istnienia bądź nieistnienia nadpłaty rozstrzygana jest bowiem w odrębnym postępowaniu (co w tej sprawie wbrew twierdzeniu spółki nie miało miejsca). Kontynuując sekwencję zdarzeń, następnie dokonana została kontrola podatkowa prawidłowości przedmiotowych korekt (co też wyklucza zastosowanie wcześniej trybu wnioskowego o stwierdzenie nadpłaty, potwierdzając tym samym wystąpienie trybu ich złożenia w myśl art. 81 o.p.), która co istotne spowodowała, że strona w dniu 26 lutego 2019 r. złożyła kolejne korekty deklaracji za wskazane już wcześniej okresy rozliczeniowe (maj i czerwiec 2018 r.), w których uwzględniła wszystkie stwierdzone w toku tej kontroli nieprawidłowości, a zaległości w podatku VAT za ww. okresy powstałe po złożeniu korekt deklaracji z października 2018 r. zostały przez spółkę uregulowane w całości wraz (co istotne) z odsetkami za zwłokę (nie kwestionując ich na tym etapie). Organ zatem w przeciwieństwie do skarżącej zachowywał się konsekwentnie, działając w trybie art. 81 o.p. (innym niż przewidziany w przepisach dotyczących nadpłat i dlatego zgadzając się z organami podatkowymi do zwrotu nadpłaty nie był wymagany wniosek o jej stwierdzenie), a nie jak uważa strona w trybie wnioskowym o stwierdzenie nadpłaty wynikającym z art. 75 §4 o.p. (choć takiego wniosku nie złożyła). Tymczasem strona nie dość, że takiego wniosku nie złożyła (domniemując tym samym przedmiotowy tryb i wywodząc go jedynie z faktu wydania przez organ I instancji technicznego postanowienia o zaliczeniu nadpłaty wynikającej ze złożonych korekt z października 2018 r. na oznaczoną zaległość podatkową wraz z odsetkami za zwłokę), to w wyniku kontroli dokonała ponownych korekt, dokonując jednocześnie zwrotu wraz z należnymi odsetkami zaległości w podatku VAT powstałe po złożeniu korekt deklaracji z października 2018 r. Co kluczowe też, jeżeli spółka od początku twierdziła, że zastosowanie w sprawie miał art. 75 §4 o.p. i tryb wnioskowy o stwierdzenie nadpłaty (co miało spowodować bezdecyzyjne jej przyjęcie) to dlaczego nie zakwestionowała, z uwagi na ww. okoliczność wszczętej kontroli podatkowej, której efektem były przecież kolejne korekty z lutego 2019 r. (co również potwierdza niekonsekwencję strony w zakresie prezentowanego stanowiska i postępowanie de facto w sposób charakterystyczny dla trybu wynikającego z art. 81 §2 o.p., a nie trybu wnioskowego o stwierdzenie nadpłaty, o którym jest mowa w art. 75 §4 o.p.).
Mając powyższe na uwadze trudno w konsekwencji uznać, że zastosowanie (jak chciałaby tego strona) w odniesieniu do nadpłaty z tytułu (nienależnej jak stara się przekonać spółka) zapłaty odsetek za zwłokę od nienależnie zwróconej spółce nadpłaty w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r. (co stanowi przedmiot sporu jak zakreślił NSA w wyroku kasacyjnym) będzie miał art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p. dotyczący szczególnej formy zaległości podatkowej (nie podlegającej odsetkowaniu), a nie jak słusznie przyjęły organy podatkowe art. 52 §1 pkt 1 o.p., w przypadku którego mamy do czynienia z zaległością podatkową, podlegającą natychmiastowemu odsetkowaniu. W ocenie sądu w stanie faktycznym przedmiotowej sprawy mamy do czynienia z korektami deklaracji (na co wskazuje ich treść oraz opisane wcześniej zachowanie zarówno organu I instancji, jak i samej spółki) będącymi wyłącznie wynikiem wiedzy i woli podatnika w klasycznym ujęciu samoobliczenia, a więc bez udziału organu podatkowego (wbrew zaopatrywaniu strony). Tym samym organ podatkowy zaliczając nadpłatę z tytułu zapłaty odsetek za zwłokę od nienależnie zwróconej spółce nadpłaty w podatku VAT za maj i czerwiec 2018 r., nie naruszył wskazywanych w skardze art. 72 §2 pkt 1 o.p. w zw. z art. 53 §1 o.p. oraz art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p. w zw. z art. 75 §4 o.p. Słusznie też przyjął DIAS, że nie ma w sprawie zastosowania art. 53 §1 w zw. z art. 52 §1 pkt 2 lit. b o.p. a tym samym naliczone i pobrane przez organ I instancji odsetki za zwłokę były należne, co oznacza, że nie można mówić o nadpłacie (podlegającej zwrotowi) w tym zakresie. Uwzględniając powyższe, zwrócić należy również uwagę na stwierdzenie ujęte w wyroku kasacyjnym, z którego wynika, że: "Przepis art. 52 §1 pkt 1 w związku z art. 52 §2 O.p. oraz w związku z art. 53 §5 O.p. nadaje status zaległości podatkowej nadpłatom i zwrotowi podatku wykazanymi nienależnie lub w wysokości wyższej od należnej przez podatnika, gdy organ podatkowy w żaden sposób nie wypowiada się co do prawidłowości korekty lub potrzeby jej dokonania przez podatnika. W tym przypadku mamy do czynienia z korektami deklaracji będącymi wyłącznie wynikiem wiedzy i woli podatnika w klasycznym ujęciu samoobliczenia, a więc bez udziału organu podatkowego. Nienależne wykazanie nadpłaty lub zwrotu podatku w taki sposób w praktyce czasami jest nazywane jako "wyłudzenie" z budżetu państwa. Z tej racji przysporzenie podatnika będące wynikiem przekazania mu nienależnej nadpłaty lub pomniejszenia taką nadpłatą zaległości podatkowej jest traktowane z mocy prawa, tj. art. 52 §2 O.p., jak zaległości podatkowa i odsetkowane od najwcześniejszego możliwego terminu, tj. od dnia zwrotu lub zaliczenia (art. 53 § 5 O.p.).".
Odnosząc się natomiast do podniesionej w piśmie procesowym z 6 czerwca 2025 r. kwestii, że ustawa o VAT nie przewiduje możliwości wykazania nadpłaty w deklaracji podatkowej, a tym samym spółka w swoich korektach deklaracji podatkowych złożonych w przedmiotowej sprawie nie wykazała kwoty nadpłaty podatku VAT, nie miała bowiem ani technicznej ani prawnej możliwości takiego działania. Zatem skoro (jak dodała też spółka) organ I instancji stwierdził nadpłatę i dokonał jej zaliczenia wydanym 31 grudnia 2018 r. postanowieniem, to tym samym musiał procedować w trybie art. 75 §4 o.p. Przede wszystkim należy zauważyć, że sąd działa w związaniu wyrokiem kasacyjnym i nie może otwierać nowych obszarów sporu. Ponadto, ratio legis art. 190 p.p.s.a. sprowadza się do przyspieszenia postępowania sądowoadministracyjnego poprzez uznanie, że pomimo uchylenia orzeczenia i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania, pewne kwestie sporne zostały już ostatecznie przesądzone. W konsekwencji powoduje to zawężenie granic ponownego rozpoznania sprawy (wyrok NSA z 17 maja 2018 r., sygn. akt I FSK 300/18). Granice sprawy, o których mowa w art. 134 §1 i art. 135 p.p.s.a. podlegają więc zawężeniu do granic, w jakich NSA rozpoznał skargę kasacyjną (wyrok NSA z 6 grudnia 2017 r., II FSK 3052/15). Przy ponownym rozpatrzeniu sprawy sąd administracyjny I instancji nie może więc stosować art. 134 §1 p.p.s.a., bez uwzględnienia konsekwencji wynikających z unormowań zawartych w art. 183 §1 oraz art. 190 p.p.s.a. (wyrok NSA z 25 stycznia 2017 r., II GSK 2867/15). Analogiczne stanowisko jest prezentowane także w literaturze przedmiotu oraz wielu innych orzeczeniach NSA (zob. J. Jagielski, M. Jagielska, R. Stankiewicz (w:) Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Komentarz, red. R. Hauser, M. Wierzbowski, Warszawa 2011, s. 509; wyroki NSA z: 4 lipca 2024 r., III FSK 1039/24; 15 listopada 2023 r., II FSK 1181/23; 24 lipca 2012 r., I FSK 1235/11; 15 września 2020 r., II GSK 244/20; 12 kwietnia 2023 r., II OSK 18/23; 29 sierpnia 2023 r., I FSK 1191/22). Zatem treść orzeczenia sądu II instancji nadała kształt normatywnemu wzorcowi kontroli, według którego aktualnie rozpoznający sprawę sąd ocenił zgodność z prawem zaskarżonej decyzji. Stąd nowe okoliczności podnoszone ww. piśmie procesowym spółki po uchyleniu wyroku sądu I instancji i przekazaniu sprawy do ponownego rozpoznania stanowiące uzupełnienie argumentacji stanowiska strony pozostają bez wpływu na wynik sprawy jako wykraczające poza granice sprawy. Nie jest też tak, jak twierdzi spółka, że nadpłata nie została wykazana w złożonych w październiku 2018 r. korektach. Przeczy temu treść ich uzasadnień, gdzie widnieje wyraźny zapis o nadpłacie do zwrotu, czy też o jej zaliczeniu na zobowiązanie z tytułu VAT za wrzesień 2018 r. Widoczna jest również (co raz jeszcze należy podkreślić) niekonsekwencja spółki. W skardze bowiem (na co zwrócono uwagę w wyroku kasacyjnym), że spółka choć nie twierdziła, że złożyła expressis verbis wniosek o stwierdzenie nadpłaty, podniosła jednak, że skutek prawny właściwy dla złożenia takiego wniosku należy wywieść z okoliczności złożenia korekt deklaracji w październiku 2018 r., ich uzasadnienia oraz ze sposobu rozdysponowania przez organ nadpłat. Wynika zatem (wbrew właśnie twierdzeniu zawartemu w przedmiotowym piśmie procesowym, że nadpłata nie została wykazana w złożonych w październiku 2018 r. korektach – s. 4), że nadpłata ta została jednak wyraźnie wykazana w ich treści i stanowiła jedną z okoliczności (oprócz ich złożenia oraz sposobu rozdysponowania przez organ wynikającej z nich nadpłaty), z których należało wywieść skutek prawny właściwy dla złożenia takiego wniosku. W kontrze do prezentowanego twierdzenia strony stoi również inna część wyroku kasacyjnego (pkt 7.3), z którego wynika, że: "(...) pomiędzy deklaracjami pierwotnymi i pokontrolnymi spółka składała jeszcze inne korekty deklaracji, z których wynikała nadpłata (zwrot VAT).". Wobec powyższego trudno uznać za zasadne twierdzenie, że podatnik nie wykazał kwoty nadpłaty i nie zadeklarował jej w złożonym zeznaniu podatkowym gdyż nie mógł tego zrobić, zważywszy na brak technicznych i prawnych możliwości takiego działania. Ponadto strona zdaje się również i w tym piśmie procesowym nie zauważać (co już zostało zaakcentowane wcześniej), że przedmiotowym tryb wynikający z przywołanego art. 75 §4 o.p. jest wdrażany wyłącznie na wniosek strony (którego w sprawie nie było) a nie z urzędu.
Uwzględniając dotychczasowe rozważania wskazać należy, że zarzuty podniesione w skardze (wraz z uzupełnieniem wynikającym z pisma procesowego z 6 czerwca 2025 r.) w żaden sposób nie wpływają na prawidłowość zaskarżonego rozstrzygnięcia. Mając na uwadze powyższe, sąd na podstawie art. 151 p.p.s.a. oddalił skargę.
Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.