Uzasadnienie
Pismem z 17 kwietnia 2023 r. (złożonym 20 kwietnia 2023 r.) M. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością z siedzibą w O. (dalej także: Spółka, Skarżąca) zwróciła się do Naczelnika Pierwszego Mazowieckiego Urzędu Skarbowego w Warszawie (dalej: organ pierwszej instancji, Naczelnik) z wnioskiem o stwierdzenie i zwrot nadpłaty podatku dochodowego od osób prawnych za 2019 rok w łącznej kwocie 42.782.475 zł. W niniejszym wniosku Spółka wskazała, że nadpłata wynika ze: 1) zmniejszenia przychodów o kwotę 98.490.221,37 zł; 2) zwiększenia kosztów uzyskania przychodów o kwotę 117.926.917,287 zł. Na kwotę zwiększenia składa się m.in. kwota 113.793.899,06 zł zwiększająca koszty uzyskania przychodów w związku z uzyskaniem przez Spółkę pozytywnych decyzji w rozumieniu art. 81 pkt 1 ustawy z dnia 16 października 2019 r. o rozstrzyganiu sporów dotyczących podwójnego opodatkowania oraz zawierania uprzednich porozumień cenowych (Dz.U. z 2019 r., poz. 2200, ze zm., dalej: ustawa DRM), w których Szef Krajowej Administracji Skarbowej (dalej: Szef KAS) uznał, że cena transferowa transakcji kontrolowanej została ustalona na warunkach, które ustaliłyby między sobą podmioty niepowiązane, skutkującego zwiększeniem kwoty kosztów uzyskania przychodów o kwotę 113.793.899,06 zł; 3) rozliczenia pozostałej straty za 2016 rok w kwocie 8.753.785,99 zł; 4) zmniejszenia kwoty zysku brutto (z kwoty 236.627.175,45 zł na kwotę 215.899.600,84 zł). Korekta zeznania podatkowego CIT-8 za 2019 rok została złożona drogą elektroniczną 20 kwietnia 2023 r. Zwrot nadpłaty w podatku dochodowym od osób prawnych za 2019 rok w kwocie 42.782.475 nastąpił 19 czerwca 2023 r. (kwota nadpłaty w związku z zaliczeniem do kosztów uzyskania przychodów uprzednio wyłączonych kosztów objętych decyzjami APA wyniosła 21.620.841 zł, tj. 19% z 113.793.899,06 zł), na podstawie art. 75 § 4 Ordynacji podatkowej, tj. bez wydawania decyzji stwierdzającej nadpłatę i w terminie, o którym mowa w art. 77 § 1 pkt 6 Ordynacji podatkowej, tj. w terminie dwóch miesięcy od dnia złożenia wniosku o stwierdzenie nadpłaty wraz ze