II. przepisów postępowania, tj.:
1) art. 75 §1 w zw. z art. 73 §1 pkt 2 o.p. poprzez brak stwierdzenia nadpłaty przez NUS i zaakceptowanie tego stanu przez organ odwoławczy.
Autor skargi w pierwszej kolejności podkreślił znaczenie zasady bezpośredniej skuteczności dyrektywy, która oznacza, że wszelkie czynności z zakresu dyrektyw kapitałowych, które w dniu 1 lipca 1984 r. nie były w Polsce efektywnie opodatkowane ówczesnym krajowym podatkiem kapitałowym - opłatą skarbową, podlegają obowiązkowemu zwolnieniu z PCC po dniu akcesji RP do UE w dniu 1 maja 2004 r. Z kolei na mocy art. 7 ust. 1-2 oraz 5 dyrektywy 2008/7/WE ustawodawca unijny wprowadził zasadę stand still explicite do treści dyrektywy 2008/7/EWG, przez którą rozumie się zakaz zwiększania obciążeń fiskalnych w zakresie podatku kapitałowego, w tym podwyższania stawki opodatkowania. W konsekwencji wynikające z ww. przepisów normy mogą stanowić podstawę dla bezpośredniego powoływania się na nie przez podatników.
Strona podniosła, że w stanie faktycznym sprawy podmiotem wnoszącym wkład pieniężny oraz niepieniężny na podwyższenie kapitału zakładowego spółki była jednostka samorządu terytorialnego - Gmina. W związku z tym wniesienie przez ten podmiot wkładu do spółki na dzień 1 stycznia 2006 r. stanowiłoby zdarzenie zwolnione od opodatkowania zgodnie z art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. obowiązującej w 2006. Oznacza to, że na podstawie art. 7 ust. 1, 7 ust. 2 i 7 ust. 5 dyrektywy 2008/7/WE Polska jako państwo członkowskie powinna zwolnić przedmiotową czynność z opodatkowania podatkiem kapitałowym, tj. PCC. Brak zwolnienia w analizowanym zakresie stanowi naruszenie prawa unijnego, w szczególności art. 7 ust. 1, art. 7 ust. 2, art. 7 ust. 5 dyrektywy 2008/7/WE. Wprowadzenie tego podatku z dniem 1 stycznia 2009 r. do u.p.c.c. stanowi naruszenie prawa wspólnotowego i wynikającej z niego zasady stand still. Tym samym, obowiązujące w dacie dokonania czynności cywilnoprawnej przepisy krajowe są w powyższymi zakresie sprzeczne z prawem wspólnotowym, tj. dyrektywą 69/335/EWG oraz dyrektywą 2008/7/WE. To z kolei oznacza, że zawiązanie spółki w dniu 25 listopada 2019 r i objęcie udziałów przez A S.A. oraz Gminę, jak również podwyższenie kapitału zakładowego spółki w dniach 18 listopada 2021 r. oraz 18 sierpnia 2022 r. poprzez objęcie jej udziałów przez "O" w zamian za wkład pieniężny i Gminę nie powinno być opodatkowane PCC.
Odpowiadając na skargę organ odwoławczy podtrzymał dotychczas prezentowane stanowisko w sprawie i wniósł o oddalenie skargi.
W piśmie procesowym z 2 września 2025 r. strona podała sygnatury wyroków sądów administracyjnych, w których podzielono stanowisko skarżącej w zakresie dotyczącym braku opodatkowania PCC po 1 maja 2004 r. wkładów na podwyższenie kapitału zakładowego wnoszonych przez spółkę, w której ponad 50% udziałów w kapitale zakładowym posiada Skarb Państwa (taka jak "A" S.A.).
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:
Sąd administracyjny bada legalność zaskarżonej decyzji, jej zgodność z prawem materialnym, określającym prawa i obowiązki stron, oraz z prawem procesowym, regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 §1 pkt 1 lit. a-c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935, ze zm.), dalej jako: "p.p.s.a.".
W wyniku przeprowadzenia kontroli zaskarżonej decyzji należało orzec, że skarga zasługuje na uwzględnienie.
Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do udzielenia odpowiedzi, czy prawidłowo organy podatkowe odmówiły stronie stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych w łącznej kwocie 386.448,00 zł wraz z oprocentowaniem, pobranego przez notariusza od czynności zawiązania umowy spółki aktem notarialnym z 25 listopada 2019 r. oraz podwyższenia kapitału zakładowego w dniu 18 listopada 2021 r. i 18 sierpnia 2022 r., gdzie kapitał zakładowy została objęty (poprzez wkłady pieniężne i niepieniężne) przez: Gminę, A S.A. (spółkę w 100% należącą do Skarbu Państwa) oraz "O" (spółkę w 100% należącą do A S.A.).
Zgodnie z art. 5 ust. 1 lit. a dyrektywy 2008/7WE - Państwa członkowskie nie nakładają na spółki kapitałowe podatku pośredniego w żadnej formie w odniesieniu do wkładów kapitałowych. Wyjątek od tego jednoznacznie sformułowanego zakazu wprowadził art. 7 ust. 1 dyrektywy 2008/7/WE stanowiący, że niezależnie od art. 5 ust. 1 lit. a państwo członkowskie, które w dniu 1 stycznia 2006 r. naliczało podatek od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych, zwany dalej "podatkiem kapitałowym", może go w dalszym ciągu naliczać pod warunkiem że jest on zgodny z art. 8-14. Jednak działanie tego wyjątku jest ograniczone w art. 7 ust. 2 tej dyrektywy w ten sposób, że "Jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go ono ponownie wprowadzić.". Ponadto z art. 7 ust. 5 wynika, że jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przyzna zwolnienie na mocy art. 13, nie może ono później naliczać podatku kapitałowego od wkładów kapitałowych, których dotyczy to zwolnienie.
Wskazać jednocześnie należy, że dyrektywa 2008/7/WE jako zasadę przewiduje w art. 5, że państwa członkowskie nie nakładają na spółki kapitałowe podatku pośredniego w żadnej formie w odniesieniu do wkładów kapitałowych, pod którymi należy rozumieć m.in. podwyższenie kapitału spółki kapitałowej poprzez wniesienie wkładów jakiegokolwiek rodzaju (art. 3 pkt c). Jest to realizacja jej celu polegającego na zniesieniu podatku kapitałowego. Jednak, jak stwierdza preambuła do dyrektywy w pkt 6, ze względu na niemożność zaakceptowania utraty przychodów przez państwa, które stosują obecnie podatek kapitałowy, państwa te mogą nadal podatek taki nakładać. Jeśli jednak państwo podejmie decyzję o nienakładaniu podatku kapitałowego na wszystkie lub niektóre operacje objęte dyrektywą, nie powinno mieć możliwości ponownego wprowadzenia takich podatków. Założenie to realizuje wspomniany już art. 7 przedmiotowej dyrektywy w ust. 1 zezwalając, aby państwo członkowskie, które w dniu 1 stycznia 2006 r. naliczało podatek od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych, mogło go w dalszym ciągu naliczać. W takiej sytuacji podatek musi być zgodny z postanowieniami art. 8-14 dyrektywy. Jeżeli jednak w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go ono ponownie wprowadzić (klauzula stand-still). Podobnego rodzaju ograniczenie dotyczy sytuacji, gdy państwo członkowskie zniosło podatek kapitałowy od niektórych czynności – wówczas także, co do zasady, nie może ponownie wprowadzić ich opodatkowania (art. 7 ust. 2-5 dyrektywy). Nadto motyw 6 jej preambuły głosi, że państwo, które zrezygnuje z nakładania podatku kapitałowego na wszystkie lub niektóre operacje objęte dyrektywą, nie będzie już mieć możliwości ponownego jego wprowadzenia. W motywie 8 preambuły z kolei wskazano na konieczność utrzymania surowych warunków dotyczących sytuacji, w których państwa członkowskie w dalszym ciągu nakładają podatek kapitałowy, w szczególności w odniesieniu do zwolnień i obniżenia jego wymiaru. Zauważyć też należy, że ratio legis tej dyrektywy jest zniesienie, a w krótkiej perspektywie ograniczenie opodatkowania gromadzenia kapitału na obszarze UE.
Zauważyć przy tym trzeba, że również poprzedzająca ją dyrektywa 335/69/EWG zawierała zbliżone rozwiązania oraz cel jej wprowadzenia. W art. 7 ust. 1 przewidziano bowiem, że państwa członkowskie zwolnią z podatku kapitałowego operacje inne niż operacje określone w art. 9, które w dniu 1 lipca 1984 r. były zwolnione z podatku lub opodatkowane stawką 0,50% lub niższą. Zwolnienie zależy od warunków, które w tamtym dniu były stosowane do przyznania zwolnienia lub, zależnie od okoliczności, nałożenia podatku według stawki 0,50% lub niższej.
Dla oceny zasadności stanowiska skarżącej twierdzącej, że doszło do naruszenia przez ustawodawcę polskiego norm unijnych, tj. wskazanej już dyrektywy 2008/7/WE (dyrektywa ta zobowiązywała państwa członkowskie do dokonania transpozycji jej przepisów do 31 grudnia 2008 r. Przed tą datą obowiązywała natomiast dyrektywa 69/335/EWG, która była wielokrotnie zmieniana, co m.in. stało się przyczyną wprowadzenia nowej dyrektywy, która stanowiła jej "przekształcenie" - por. pkt 1 preambuły dyrektywy 2008/7/WE) należy zatem ocenić regulacje prawa krajowego co do opodatkowania czynności zawiązania spółki oraz podwyższenia jej kapitału zakładowego. Należy przy tym ocenę tę w realiach niniejszej sprawy (wbrew zapatrywaniu DIAS) odnieść do objęcia tego kapitału przez Skarb Państwa oraz jednostkę samorządu terytorialnego.
Podatkiem kapitałowym w rozumieniu przepisów dyrektywy 2008/7/WE jest w Polsce podatek od czynności cywilnoprawnych regulowany ustawą z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych. Podatek ten dotyczy m.in. zawiązania spółki (w tym przypadku sp. z o.o.), jak i podwyższenia jej kapitału zakładowego, które uznane jest za zmianę umowy spółki.
Ujmując jednocześnie kwestię historycznie należy zauważyć, że na mocy art. 1 ust. 1 pkt 3 lit. d u.o.s. opłatę tę pobierano od pism stwierdzających zawarcie spółki przez osoby fizyczne i osoby prawne niebędące jednostkami gospodarki uspołecznionej. Ponieważ w myśl art. 33 §1 pkt 1 ustawy z 23 kwietnia 1964 r. – Kodeks cywilny (Dz.U. nr 16 poz. 93, ze zm.) w brzmieniu obowiązującym do 30 września 1990 r. jednostką gospodarki uspołecznionej był także Skarb Państwa, oznacza to, że Skarb Państwa w tym okresie (mając na uwadze ww. treść przepisu) zwolniony był z tej opłaty, a więc w przypadku wniesienia przez niego wkładu pieniężnego do spółki kapitałowej nie naliczano podatku od gromadzenia kapitału. Jest to istotne z tego względu, że na mocy art. 7 ust. 1 dyrektywy 69/335/EWG naliczanie podatku od gromadzenia kapitału było dopuszczalne, jeżeli podatek taki był naliczany w państwie członkowskim w dniu 1 lipca 1984 r. z zastosowaniem stawki wyższej, niż 0,5%. Jakkolwiek we wskazanej dacie referencyjnej podatek taki od podwyższenia kapitału zakładowego w spółce akcyjnej co do zasady był naliczany (jak zauważył to organ) i to z zastosowaniem stawki wyższej niż 0,5%, ale nie dotyczyło to akcjonariuszy, takich jak Skarb Państwa, od których podatku nie pobierano (por. wyrok WSA w Warszawie z 17 stycznia 2024 r., sygn. akt VIII SA/Wa 713/23 zaakceptowany przez NSA w wyroku z 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 447/24). Nie jest więc tak jak twierdzi organ odwoławczy w zaskarżonej decyzji, że żaden z przepisów dyrektywy 69/335/EWG nie wprowadza wprost zwolnienia z opodatkowania podatkiem kapitałowym czynności zawiązania spółki kapitałowej i podwyższenia jej kapitału zakładowego oraz, że w przypadku Polski ww. dyrektywa nie wykluczała możliwości dalszego stosowania opodatkowania operacji kapitałowych, z uwagi na to, że zgodnie z polskim stanem prawnym obowiązującym 1 lipca 1984 r., wniesienie wkładów do spółki na kapitał zakładowy podlegało opłacie skarbowej według wyższej stawki i co do zasady nie podlegało zwolnieniu. O ile zgodzić się należy, że co do zasady tak właśnie było (i tego strona nie kwestionuje), to przedmiotowa możliwość opodatkowania ww. czynności nie dotyczyła już Skarbu Państwa, gdyż w tym przypadku taki podatek na dzień referencyjny 1 lipca 1984 r. był w Polsce niedopuszczalny. To zaś oznacza brak możliwości przywrócenia opodatkowania tych czynności, które w ww. dacie podatkiem od gromadzenia kapitału w postaci polskiej opłaty skarbowej nie były objęte (por. wyrok NSA z 14 listopada 2024 r., sygn. akt 680/24).
Zauważyć też wypada, że przepis art. 1 ust. 1 pkt 1 lit. k u.p.c.c. stanowił, że podatkowi podlegają umowy spółki oraz zmiany umów wymienionych w pkt 1, jeżeli powodują one podwyższenie podstawy opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych (ust. 1 pkt 2). Natomiast zgodnie z art. 1 ust. 3 pkt 2 u.p.c.c. w przypadku umowy spółki za zmianę umowy uważa się przy spółce kapitałowej - podwyższenie kapitału zakładowego z wkładów lub ze środków spółki oraz dopłaty. Jednak należy pamiętać, że opodatkowaniu podatkiem od kapitału (opłatą skarbową) nie podlegało wniesienie wkładu do spółki kapitałowej przez Skarb Państwa czy j.g.u. do 1 marca 1989 r., tj. do dnia wejścia w życie przepisów ustawy z 31 stycznia 1989 r. o opłacie skarbowej. Po tej dacie w powołanej ustawie o opłacie skarbowej z 1989 r. w art. 1 pkt 2 lit. e wskazano, że opłacie skarbowej podlegają umowy spółki, a w ust. 2 art. 1 powołanej ustawy wskazano, że opłacie skarbowej podlega również zmiana umów wymienionych w ust. 1 pkt 2, jeżeli powodują one podwyższenie podstawy obliczenia tej opłaty. W przepisach ustawy z 1989 r. nie miało znaczenia, czy czynności tych dokonywał j.g.u. czy też inny podmiot. W świetle zapisu art. 1 pkt 2 lit. e oraz ust. 2 u.o.s. z 1989 r. operacja podwyższenia kapitału zakładowego podlegała opodatkowaniu niezależnie od statusu podmiotu dokonującego tej operacji - ale nastąpiło to dopiero od 1 marca 1989 r.
Następnie kwestia podatku od wkładów kapitałowych była uregulowana przepisami ustawy z 9 września 2000 r. o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. z 2000 r. nr 86, poz. 959). Zwolnieniem podmiotowym od tego podatku na podstawie art. 8 pkt 5 tej ustawy objęty był generalnie Skarb Państwa. Takim zwolnieniem objęto również jednostki samorządu terytorialnego (art. 8 pkt 4).
Z kolei ustawą z 19 grudnia 2003 r. (Dz.U. z 2004 r. nr 6, poz. 42) zmieniającą u.p.c.c. z dniem uzyskania przez Rzeczpospolitą Polską członkostwa w Unii Europejskiej, dodano do niej art. 6 ust. 9 pkt 4 stanowiący, że od postawy opodatkowania tym podatkiem odlicza się wartość wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartość kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, kwoty dopłat, kwoty lub wartość pożyczek oraz wartość rzeczy i praw majątkowych oddanych spółce do nieodpłatnego używania - przez podmioty zwolnione na podstawie art. 8 pkt 2-5 lub na podstawie przepisów odrębnych ustaw. Wśród podmiotów wymienionych w art. 8 pkt 2-5 (podobnie jak ustawie zmienionej) były zarówno Skarb Państwa, jak i jednostki samorządu terytorialnego (pkt 4 i 5), co oznacza, że poprzez odliczenie od podstawy opodatkowania wartości wkładów wnoszonych przez jednostki samorządu terytorialnego do spółek kapitałowych, w istocie wkłady te objęte były zwolnieniem spod opodatkowania.
Przepis art. 6 ust. 9 pkt 4 został następnie zmieniony z dniem 1 stycznia 2007 r. ustawą z 16 listopada 2006 r. (Dz.U. z 2006 r. nr 222, poz.1629), tak że przewidywał on odliczenie od podstawy opodatkowania wartości wkładów do spółki lub powiększających jej majątek, wartości kapitału zakładowego lub jego podwyższenia, kwot dopłat, kwot lub wartości pożyczek udzielonych spółce przez wspólnika (akcjonariusza) oraz wartości rzeczy lub praw majątkowych oddanych spółce do nieodpłatnego używania - przez: (a) jednostki samorządu terytorialnego, (b) Skarb Państwa.
Wreszcie na mocy obowiązującego od 1 stycznia 2009 r. art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c., wprowadzonego ustawą z 7 listopada 2008 r. o zmianie ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych (Dz.U. z 2008 r. nr 209, poz. 1319) zwolniono od podatku od czynności cywilnoprawnych umowy spółki i ich zmiany, jeżeli przedmiotem działalności spółki kapitałowej jest świadczenie enumeratywnie wskazanych usług użyteczności publicznej, pod warunkiem, że w wyniku zawarcia umowy co najmniej połowę udziałów lub akcji w spółce obejmie Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego. Jednocześnie z tą zmianą uchylono art. 6 ust. 9 pkt 4 wspomnianej ustawy, przewidujący odliczanie od podstawy opodatkowania wartość kapitału wniesionego przez podmioty (w tym Skarb Państwa i jednostki samorządu terytorialnego) objęte zwolnieniem podmiotowym.
Jednocześnie sąd w składzie rozpoznającym sprawę (mając świadomość tego, że wcześniejsze orzecznictwo, na które powołuje się organ uwzględniało jego stanowisko przyjęte w sprawie) w pełni podziela ocenę znaczenia tych zmian w ustawie o podatku od czynności cywilnoprawnych w kontekście uznania ich za sprzeczne z dyrektywą 2008/7/WE prezentowaną w orzecznictwie sądów administracyjnych obu instancji (np. wyroki NSA: z 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 447/24-449/24; z 14 listopada 2024 r., sygn. akt III FSK 680/24; z 13 listopada 2024 r., sygn. III FSK 1040/24; z 26 czerwca 2024 r., sygn. III FSK 31/24; z 7 marca 2023 r. sygn. akt III FSK 453/22; z 2 sierpnia 2022 r., sygn. akt III FSK 2681/21, czy też wyroki: ; WSA w Warszawie z 17 stycznia 2024 r., sygn. akt VIII SA/Wa 713/23-715/23 zaakceptowane przez NSA; WSA w Krakowie z 19 grudnia 2012 r., sygn. akt I SA/Kr 1618/12). Wskazać również należy, że w piśmie procesowym strony zaprezentowane zostało najnowsze orzecznictwo zbieżne z ww. stanowiskiem (wyrok NSA z 2 września 2025 r., sygn. akt III FSK 639/24 mocą którego uchylono wyrok WSA w Warszawie z 20 lutego 2024 r., sygn. akt III SA/Wa 2731/23 oddalający skargę; wyroki WSA w Gdańsku z 2 września 2025 r. od sygn. akt I SA/Gd 506/25 do I SA/Gd 509/25).
Punktem wyjścia rozważań odnoszących się do zasadności stanowiska zajętego w zaskarżonej decyzji jest analiza przepisów dyrektywy 2008/7/WE, przy uwzględnieniu również przepisów prawa krajowego. Z uwagi też na art. 15 ust. 1 przedmiotowej dyrektywy, z którego wynika, że państwa członkowskie miały obowiązek wprowadzenia w życie do dnia 31 grudnia 2008 r. przepisów ustawowych, wykonawczych i administracyjnych, niezbędnych do wykonania – między innymi – art. 5 i art. 7 dyrektywy, dla oceny zasadności stanowiska skarżącej konieczne jest również zbadanie uregulowań obowiązków podatkowych w zakresie wnoszenia wkładów kapitałowych (pieniężnych i niepieniężnych) do spółek kapitałowych przez takie podmioty jak Skarb Państwa oraz jednostki samorządu terytorialnego.
Opisane wcześniej uwarunkowania prawne są pomocne dla zobrazowania istoty zawisłego sporu, którą jest relacja obowiązującego do dnia 31 grudnia 2008 r. na podstawie art. 6 ust. 9 pkt 4 w zw. z art. 8 pkt 4 i 5 u.p.c.c. mechanizmu odliczania od podstawy opodatkowania wartości zawiązania spółki i podwyższenia jej kapitału zakładowego przez Skarb Państwa oraz jednostkę samorządu terytorialnego, do obowiązującej od 1 stycznia 2009 r. na podstawie art. 9 pkt 11 lit. d u.p.c.c. reguły przewidującej zwolnienie od podatku od czynności cywilnoprawnych umów spółki i ich zmiany, jeżeli przedmiotem działalności spółki jest świadczenie określonych usług użyteczności publicznej i jeżeli w wyniku zawarcia umowy co najmniej połowę udziałów lub akcji w spółce obejmie Skarb Państwa lub jednostka samorządu terytorialnego. Niewątpliwie w reżimie prawnym obowiązującym do końca 2008 r. takie czynności cywilnoprawne (jak zawiązanie spółki, podwyższenie jej kapitału zakładowego w następstwie wniesienia wkładów pieniężnych przez Skarb Państwa oraz jednostkę samorządu terytorialnego oraz wkładów niepieniężnych przez tę ostatnią) - nie były efektywnie opodatkowane podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Natomiast takie same czynności prawne dokonane przez skarżącą po dniu 1 stycznia 2009 r. już podlegały takiemu opodatkowaniu. Wskazuje to na zmianę sytuacji prawnej skarżącej w wyniku przedstawionej nowelizacji u.p.c.c. i to na zmianę polegającą na efektywnym opodatkowaniu wskazanych już czynności prawnych, które w stanie prawnym sprzed nowelizacji efektywnie opodatkowane nie były.
Mając na uwadze powyższe, dla celów stosowania przepisów u.p.c.c. w zw. z dyrektywą 69/335/EWG, ale przede wszystkim dyrektywą 2008/7/WE (obowiązującą w dniu dokonania przedmiotowych czynności) kluczowa jest zatem odpowiedź na pytanie, czy obie czynności (zawiązania spółki kapitałowej i podwyższenia jej kapitału zakładowego) były i czy w ogóle mogły być opodatkowane podatkiem kapitałowym (w krajowych realiach opłatą od czynności cywilno-prawnych, a wcześniej opłatą skarbową, z uwagi na treść art. 7 ust 1 obu dyrektyw 2008/7/WE i poprzedzającej ją dyrektywy 69/335/EWG i wskazane tam daty referencyjne 1 stycznia 2006 r. i 1 lipca 1984 r.). W ocenie sądu (uwzględniając opisane wcześniej regulacje prawne z 1975 r. dotyczące opłaty skarbowej, z 2000 r. i 2003 r. dotyczące PCC) zarówno w dacie referencyjnej 1 lipca 1984 r. (dotyczy to Skarby Państwa), jak i w dacie 1 stycznia 2006 r. (dotyczy to zarówno Skarbu Państwa, jak i jednostki samorządu terytorialnego) w przypadku obu wspomnianych czynności, takie podmioty jak Skarb Państwa, czy też jednostki samorządu terytorialnego były zwolnione z podatku kapitałowego (w realiach polskich od 1975 r. do 2000 r. była to opłata skarbowa, a następnie podatek od czynności cywilnoprawnych). To zaś powoduje, że ustawodawca polski mając na względzie normy unijne wynikające z obu dyrektyw, ale przede wszystkim dyrektywy 2008/7/WE co do zasady (jak słusznie zauważył DIAS) mógł naliczać podatek od wkładów kapitałowych do spółek kapitałowych, pod warunkiem jednakże że był on zgodny z art. 8-14 przedmiotowej dyrektywy. Nie powinno to jednakże dotyczyć (z uwagi na wcześniej istniejące zwolnienie z tego podatku) takich podmiotów, m.in. jak Skarb Państwa, czy też jednostka samorządu terytorialnego. Wprowadzono także inne ograniczenia możliwości opodatkowania, ujęte w art. 7 ust. 2, z którego wynika że - jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przestanie naliczać podatek kapitałowy, nie może go ono ponownie wprowadzić. Ponadto z art. 7 ust. 5 wskazano, że jeżeli w jakimkolwiek momencie po dniu 1 stycznia 2006 r. państwo członkowskie przyzna zwolnienie na mocy art. 13, nie może ono później naliczać podatku kapitałowego od wkładów kapitałowych, których dotyczy to zwolnienie.
Dotychczasowe rozważania uprawniają zatem do uznania zasadności podniesionych w skardze zarzutów naruszenia prawa materialnego. Zdaniem sądu uchylenie z dniem 31 grudnia 2008 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. (niezależnie od oceny, czy przepis ten stanowił prawidłową implementację dyrektywy 2008/7/WE) niewątpliwie powoduje zabronione przez dyrektywę 2008/7/WE (byłoby to również wbrew poprzedzającej dyrektywy 69/335/EWG) wprowadzenie opodatkowania wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa oraz jednostkę samorządu terytorialnego do spółek kapitałowych o określonym przedmiocie działalności, które to czynności prawne przed datą wejścia w życie tej nowelizacji, a zwłaszcza w dniu 1 stycznia 2006 r. nie podlegały opodatkowaniu podatkiem od gromadzenia kapitału. W stosunku do Skarbu Państwa czynności te nie podlegały również opodatkowaniu w dniu 1 lipca 1984 r. (uwzględniając treść dyrektywy 69/335/EWG poprzedzającej dyrektywę 2008/7/WE oraz art. 1 ust. 1 pkt 3 lit. d u.o.s.). Czynności te były bowiem w okresie poprzedzającym wskazaną nowelizację faktycznie zwolniona z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych (wcześniej opłaty skarbowej), jako że taki skutek wywoływał zastosowany w tej ustawie mechanizm odliczenia wartości wkładu od podstawy opodatkowania. Co istotne też, również po tej dacie (do zmiany z 1 stycznia 2009 r.) utrzymywała zwolnienie z opodatkowania wkładów wnoszonych do spółek przez podmioty o wskazanym wyżej statusie prawnym (por. wyrok WSA w Krakowie z 19 grudnia 2012 r., sygn. akt I SA/Kr 1618/12). Tym samym wobec braku faktycznego opodatkowania takich czynności, podatek nie był naliczany w znaczeniu nadanemu temu terminowi w dyrektywie, podczas gdy w stanie prawnym ukształtowanym nowelizacją podatek ten był już naliczany. Oznacza to w ocenie sądu naruszenie art. 7 ust. 1, 2 i 5, a także art. 13 w zw. z pkt 3, pkt 5 i pkt 8 preambuły dyrektywy 2008/7/WE. Błędna wykładnia wymienionych przepisów doprowadziła zatem do niewłaściwego zastosowania przepisów u.p.c.c. (szczegółowo wskazanych w zaskarżonej decyzji, jak i w skardze), to jest do ich zastosowania w sytuacji uzasadniającej odmowę ich zastosowania ze względu na sprzeczność z prawem unijnym, polegającą na naruszeniu zasady stałości (stand still), rozumianej jako zakaz pogarszania sytuacji podatników w zakresie opodatkowania gromadzenia kapitału. Klauzula ta oznacza również możliwość "poruszania się" przez państwo członkowskie, przy ustanawianiu obciążeń podatkowych lub ustalaniu ich wysokości, jedynie w ramach status quo istniejącego w dacie wskazanej normą prawa wspólnotowego (czego w tym przypadku zabrakło). W konsekwencji też słuszne okazały się zarzuty skargi naruszenia art. 75 §1 w zw. z art. 73 §1 pkt 2 o.p. poprzez brak stwierdzenia nadpłaty przez organ I instancji i zaakceptowanie tego stanu przez DIAS.
Odnosząc się natomiast do odmiennego zapatrywania wyrażonego w zaskarżonym rozstrzygnięciu, sąd (uwzględniając treść wyroku NSA z 2 sierpnia 2022 r., sygn. akt 2681/21) nie podziela założenia leżącego u jego podstaw, jakoby rezygnacja z naliczania podatku winna być rozumiana ściśle, jako całkowite wyłączenie określonych czynności cywilnoprawnych z zakresu przedmiotowego opodatkowania, a więc jako wskazanie sytuacji, która pomimo zaistnienia stanu faktycznego lub prawnego powodującego powstanie obowiązku podatkowego, obowiązek ten nie przekształca się w zobowiązanie podatkowe oraz że wyłączenie winno trwale ograniczać zakres stosowania ustawy podatkowej - w przeciwieństwie do zwolnienia, które oznacza jedynie ograniczenie przedmiotowego lub podmiotowego zakresu opodatkowania. Takie różnicowanie prawnych przesłanek doprowadzających do braku efektywnego opodatkowania określonych czynności, a więc do braku naliczania podatku w rozumieniu dyrektywy 2008/7/WE nie jest bowiem uprawnione, a przede wszystkim nie ma adekwatnej podstawy normatywnej. Wniosek ten wynika z analizy punktu 8 preambuły dyrektywy 2008/7/WE, w którym zaakcentowano konieczność utrzymania surowych warunków dalszego naliczania podatku kapitałowego przez państwa członkowskie, a owe "surowe warunki" to nakaz nieposzerzania w żaden sposób przedmiotu i podstawy opodatkowania podatkiem kapitałowym, a do takiego właśnie – zabronionego – rezultatu doprowadziła nowelizacja ustawy o PCC, która weszła w życie z dniem 1 stycznia 2009 r. Uwzględniając również inny z wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego z 4 grudnia 2024 r., sygn. akt III FSK 447/24 wskazać należy, że niezależnie od oceny, czy uchylony z dniem 31 grudnia 2008 r. art. 6 ust. 9 pkt 4 ustawy o PCC stanowił prawidłową implementację art. 8 dyrektywy 69/335/EWG oraz art. 13 lit. a i lit. b dyrektywy 2008/7, jego uchylenie niewątpliwie spowodowało zabronione przez te dyrektywy wprowadzenie opodatkowania wkładów wnoszonych przez Skarb Państwa do spółek kapitałowych (dotyczy to również jednostek samorządu terytorialnego) o określonym przedmiocie działalności, które to czynności prawne przed datą wejścia w życie tej nowelizacji, a zwłaszcza w dniu 1 stycznia 2006 r., faktycznie nie podlegały opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Czynności te były bowiem w okresie poprzedzającym wskazaną nowelizację faktycznie zwolnione z opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych, jako że taki skutek wywoływał zastosowany w tej ustawie mechanizm odliczenia wartości wkładu od podstawy opodatkowania. Tym samym, wobec braku faktycznego opodatkowania takich czynności, podatek nie był naliczany w znaczeniu nadanym temu terminowi w dyrektywie nr 2008/7/WE, podczas gdy w stanie prawnym ukształtowanym nowelizacją podatek ten naliczany już był.
Sąd zwraca też uwagę, że nieuprawniony jest w jego ocenie pogląd organu odwoławczego, że dla możliwości zastosowania art. 7 ust. 1 dyrektywy 2008/7/WE istotne jest kryterium przedmiotowe, a nie kryterium podmiotowe. Zarówno bowiem czynność zawiązania spółki, jak podwyższenia kapitału zakładowego (podlegające opodatkowaniu) dokonywane są przez określone podmioty (w tym przypadku spółki ze 100% udziałem Skarbu Państwa oraz jednostka samorządu terytorialnego. Jeżeli wpływ na opodatkowanie czynności jaką jest zawiązanie spółki, czy też podniesienie kapitału zakładowego ma to, jaki podmiot dokonuje tej czynności, nie można twierdzić, że przesłanka podmiotowa nie ma wpływu na opodatkowanie tych czynności (por. wyrok NSA z 14 listopada 2024 r., sygn. akt III FSK 680/24). W ocenie sądu organy podatkowe nie przedstawiły wystarczającej argumentacji, z jakich względów zwolnienie określone wcześniej w dyrektywie 69/335/EWG, a obecnie w dyrektywie 2008/7/WE ma wyłącznie charakter przedmiotowy i dlaczego nie odnosi się do zwolnienia o charakterze podmiotowym.
Rozpatrując sprawę ponownie DIAS uwzględni ocenę prawną wyrażoną w tej sprawie przez sąd. Istota tej oceny sprowadza się do twierdzenia, że wprowadzenie z mocą od 1 stycznia 2009 r. wskutek wyeliminowania z polskiego porządku prawnego art. 6 ust. 9 pkt 4 u.p.c.c. opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych czynności zawiązania spółki kapitałowej (podwyższenie kapitału zakładowego) i wniesienia w związku z tym wkładu pieniężnego/niepieniężnego do spółki przez Skarb Państwa oraz jednostkę samorządu terytorialnego, które to czynności przed tą datą, a w szczególności w dniu 1 stycznia 2006 r. (a nawet przed 1 lipca 1984 r.) nie były efektywnie opodatkowane podatkiem od gromadzenia kapitału, pozostaje w sprzeczności zarówno z założeniami (celami), jak i literą dyrektywy 2008/7/WE w postaci pkt 8 jej preambuły oraz art. 7 ust. 1, ust. 2 i ust. 5. Uprawniało to skarżącą (wbrew twierdzeniu organu) do bezpośredniego powołania się na te przepisy oraz zasadę stałości (stand still) celem uniknięcia naliczenia podatku od gromadzenia kapitału od tych czynności cywilnoprawnych, czyli opodatkowania ich na podstawie przepisów u.p.c.c. (jak zrobiły to organy podatkowe).
Biorąc to pod uwagę, ze względu na naruszenie przepisów prawa materialnego należało uchylić zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a p.p.s.a.
O kosztach rozstrzygnięto na podstawie art. 200 p.p.s.a. w zw. z art. 205 §2 i §4 p.p.s.a. w zw. z §2 ust. 1 pkt 1 lit. g rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r. poz. 1687). Na koszty te złożył się uiszczony wpis od skargi w wysokości 3.865,00 zł, opłata skarbowa od pełnomocnictwa w kwocie 17,00 zł oraz wynagrodzenie w kwocie 10.800,00 zł.
Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.