c) wadliwe wnioskowanie niepoparte dowodami materialnymi i pominięcie dowodów znanych organowi z urzędu w postaci uzasadnień prawomocnego postanowienia Prokuratury Okręgowej w E. z 23 czerwca 2023 r., sygn. akt [...] i prawomocnego postanowienia Sądu Okręgowego w E. z 4 września 2024 r., sygn. akt [...],
d) naruszenie zasady budzenia zaufania do organów podatkowych poprzez wycofanie się organu z własnego stanowiska w sprawie istotnych braków w materiale dowodowym, bez przekonującego uzasadnienia powodów, dla których organ tego dokonał,
e) brak zastosowania się organu odwoławczego do zaleceń WSA w Olsztynie, wyrażonych w prawomocnym wyroku I SA/OI 362/18 z 9 sierpnia 2018 r. co spowodowało naruszenie przepisów art. 153 p.p.s.a.,
4) naruszenie przepisów prawa materialnego w postaci art. 70 §1 w zw. z art. 70 §6 pkt 1 o.p. poprzez nieuwzględnienie przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją,
5) naruszenie przepisów prawa materialnego w postaci: art. 86 ust. 1, art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a i art. 22 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT (poprzez wadliwe zastosowanie) oraz art. 25 ust. 1 (poprzez brak zastosowania) w związku z art. 5 ust. 1 pkt 4 i art. 9 ust. 1 ustawy o VAT.
W obszernym uzasadnieniu skargi strona podniosła, że wbrew twierdzeniom DIAS sprawa wymiarowa nie ma charakteru "otwartego" (str. 5 zaskarżonej decyzji), gdyż w obrocie prawnym ciągle funkcjonuje decyzja NUS z 24 lutego 2021 r. postępowanie w sprawie wymiaru podatku VAT za okresy od stycznia do sierpnia 2014 r.
Zauważyła też, że odmienna ocena stanu faktycznego przez organ odwoławczy oraz związane z tym zastosowanie odmiennych przepisów prawa materialnego (odstąpienie od zastosowania art. 22 ust. 2 oraz art. 25 ust. 1 ustawy o VAT) wymagało uchylenia decyzji NUS na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit. a o.p. i wydania decyzji reformatoryjnej z powołaniem się jednak na art. 25 ust. 1 ustawy o VAT. W ocenie skarżącej zastosowanie art. 25 ust. 1 ustawy o VAT było w sprawie absolutnie niezbędne wobec uznania, że jednak dokonała ona wewnątrzwspólnotowych nabyć towarów. Przepis ten tymczasem nie został w ogóle przez DIAS powołany, a wręcz stwierdzono, że nie ma on zastosowania w sprawie. Przez dokonanie takiego zabiegu DIAS zakwestionował istnienie zasady dwuinstancyjności z art. 127 o.p., czyli naruszył tę zasadę w sposób istotny.
Nadto skarżąca podkreśliła, że ten sam organ odwoławczy w swoich decyzjach ostatecznych, tj. z 3 stycznia 2025 r. za miesiące od września 2014 r. do października 2015 r. oraz z 3 stycznia 2025 r. za miesiące od listopada do grudnia 2015 r., które zapadły w analogicznym stanie faktycznym i takim samym stanie prawnym, uchylił obie decyzje I instancyjne, a jako podstawę ich uchylenia wskazał właśnie konieczność zachowania zasady dwuinstancyjności.
Skarżąca zarzuciła, że DIAS pominął złożony przez nią wniosek z 16 lutego 2018 r. wbrew zasadom zawartym w art. 188 o.p., chociaż dotyczył on okoliczności istotnych dla rozpatrzenia sprawy. Zdaniem skarżącej zapisy w rejestrze VIES zawierają potwierdzenie wykazania dostaw WNT przez podmioty, od których paliwo nabyła skarżąca już po uiszczeniu akcyzy i opłaty paliwowej. Tym bardziej, że przecież w dacie zawierania transakcji podmioty te figurowały nie tylko w rejestrach czynnych podatników VAT i VAT- I/I, ale także w rejestrze podmiotów, które opłaciły kaucje gwarancyjną.
Strona podniosła, że nie kwestionuje ustaleń w zakresie wykrytej afery związanej z działalnością braci S., jednak nie może się zgodzić na obciążanie jej skutkami oszustwa podatkowego, o którym nie miała pojęcia i nie była się w stanie dowiedzieć, dokładając najwyższej staranności. Nie miała wiedzy o żadnym nadużyciu prawa dokonywanym przez dostawców paliwa, a organ podatkowy nie udowodnił, że skarżąca była świadomym uczestnikiem jakiegoś nieuczciwego procederu. W żadnym dokumencie zawartym w aktach sprawy nie ma na to najmniejszego dowodu. Skarżąca uważa, że obecnie przedstawiany schemat dostaw na str. 8 decyzji został "dopasowany" do przyjętego z góry założenia DIAS, więc jego wartość dowodowa jest "kompletnie zerowa".
Skarżąca wyjaśniła, że była małym podmiotem, zajmującym się przede wszystkim świadczeniem usług transportowych i handlem hurtowym paliwami, ale w rozmiarze nieporównywalnie mniejszym, niż wskazane w schematach inne podmioty. Jak wynika z zaskarżonej decyzji organ odwoławczy świadomie i celowo zrezygnował z zarzutu dostaw niewłaściwie rozpoznanych dla celów VAT na rzecz dostaw fikcyjnych, chociaż tezy tej nie udowodnił. Stanowi to jednak zmianę oceny stanu faktycznego pod z góry przyjęte założenie o obciążeniu skarżącej skutkami działań osób trzecich.
Strona podniosła również, że Prokuratura Okręgowa w E., umarzając śledztwo w postanowieniem z 23 czerwca 2023 r., po drobiazgowo przeprowadzonym postępowaniu, odrzuciła w całości zarzuty organu powiązane z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy o VAT oraz potwierdziła, że stan faktyczny rozpatrywanej sprawy nie pozwalał na ich postawienie. W ocenie strony nie można przy ustaleniu stanu faktycznego pomijać ustaleń organów ścigania i Sądu Okręgowego w E. z 4 września 2024 r., sygn. akt [...], dokonanych i udokumentowanych w prawomocnych postanowieniach, czyli w dokumentach urzędowych w rozumieniu art. 194 §1 o.p. Prawomocne zakończenie postępowania karnego skarbowego postanowieniem o umorzeniu postępowania z powodu stwierdzenia braku znamion czynu zabronionego oznacza, że nie było żadnych podstaw faktycznych do jego prowadzenia. O ile zatem samo wszczęcie postępowania karnego skarbowego mogło nie nosić cech instrumentalności, to już cechy instrumentalności nosiło zastosowanie przez organ odwoławczy art. 70 §6 pkt 1 o.p. w świetle przyczyn prawomocnego umorzenia postępowania karnego skarbowego. Organ odwoławczy, stosując art. 70 §6 pkt 1 w związku z art. 70c o.p. winien był bezwzględnie odnieść się do przyczyn prawomocnego umorzenia postępowania karnego skarbowego, zawartych w uzasadnieniu wskazanych prawomocnych postanowień Prokuratury Okręgowej i Sądu Okręgowego w E.
Reasumując strona podniosła, że organy podatkowe nie zakwestionowały skutecznie faktycznych dostaw paliwa na rzecz skarżącej, więc w sprawie nie mógł zostać zastosowany przepis art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a z 4 września 2024 r. Realizacja zakwestionowanych dostaw paliwa odbywała się w takim samym schemacie, jak w 2013 r., kiedy dostawy te zostały zaakceptowane w toku postępowania kontrolnego za rok 2013 przez organ I instancji (wówczas-organ kontroli skarbowej), jako dostawy krajowe, co było zgodne z ich faktycznym dokonaniem na terenie Polski po uprzedniej dostawie wewnątrzwspólnotowej na rzecz polskich dostawców paliwa. Ten sam schemat dostaw paliwa został zastosowany przez skarżącą także w latach 2014 i 2015. Strona uważa, że zakwestionowane dostawy paliwa zostały prawidłowo wykazane jako dostawy wewnątrzwspólnotowe przez dostawców paliwa, czynnych podatników VAT mających siedziby i stale miejsca prowadzenia działalności na terenie Polski, więc nie można było przypisywać skarżącej obowiązku ponownego wykazywania WNT od tych samych dostaw./ Skarżąca, jako ostatni odbiorca dostaw paliwa sprowadzanego z Litwy i Łotwy nie osiągnęła, bo nie mogła osiągnąć, żadnej korzyści podatkowej, której przyznanie byłoby sprzeczne z Dyrektywą 2006/112/WE, gdyż nabyte paliwo zostało sprzedane na terenie Polski generując VAT należny.
DIAS w odpowiedzi na skargę, wnosząc o jej oddalenie, podtrzymał dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Na rozprawie w 19 listopada 2025 r. skarżąca rozszerzyła skargę o zarzut art. 86 ust. 10b pkt 2 lit. a ustawy o VAT.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:
Sąd administracyjny bada legalność zaskarżonej decyzji, jej zgodność z prawem materialnym, określającym prawa i obowiązki stron, oraz z prawem procesowym, regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 §1 pkt 1 lit. a - c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935, ze zm.), dalej jako: "p.p.s.a.".
Istota sporu sprowadza się do tego, czy organ odwoławczy miał prawo w oparciu o dostrzeżone nieprawidłowości miały prawo do określenia skarżącej zobowiązania podatkowe w podatku VAT za luty, marzec, czerwiec, lipiec i sierpień 2014 r. oraz nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy za styczeń, kwiecień i maj 2014 r.
Odnosząc się w pierwszej kolejności do najdalej idącego zarzutu (pkt 1 skargi), tj. spełnienia przesłanki nieważności zaskarżonej decyzji wynikającej z art. 247 §1 pkt 4 o.p. (organ podatkowy stwierdza nieważność decyzji ostatecznej, która dotyczy sprawy już poprzednio rozstrzygniętej inną decyzją ostateczną) poprzez wydanie decyzji, która dotyczy sprawy już poprzednio rozstrzygniętej inną decyzją ostateczną, czyli decyzją NUS z 24 lutego 2021 r., która nie została skutecznie wyeliminowana z obrotu prawnego na dzień wydania zaskarżonej decyzji, a to poprzez doręczenie decyzji DIAS z 17 lutego 2025 r. stwierdzającej nieważność ww. decyzji NUS z 24 lutego 2021 r. na prywatne konto pełnomocnika skarżącej na platformie e-US zamiast na adres elektroniczny do doręczeń wskazany przez pełnomocnika na urzędowym druku pełnomocnictwa PPS-1 lub na adres pełnomocnika wpisany do urzędowej bazy adresów elektronicznych, o której mowa w art. 25 ustawy z 18 listopada 2020 r. o doręczeniach elektronicznych, co stanowiło naruszenie przez DIAS przepisów art. 145 §2 o.p. w zw. z art. 138c §1, art. 144 §1a, art. 144a §2 i art. 212 o.p. oraz w zw. z art. 35b-35e ustawy o KAS, powodując brak wejścia zaskarżonej decyzji DIAS z dnia 17 lutego 2025 r. do obrotu prawnego - to w ocenie sądu nie zasługiwał on na uwzględnienie.
Wskazać na wstępie należy (odwołując się do postanowienia Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 października 2025 r., sygn. akt II FSK 895/25), że wyrażona w art. 35e ust. 4 ustawy o KAS reguła, zgodnie z którą organy podatkowe doręczają pisma w e-US na konto użytkownika po udzieleniu przez niego zgody, ma charakter generalny (ogólny). Jeżeli użytkownik wyraził zgodę na komunikację za pośrednictwem tego kanału, wówczas wszystkie pisma doręcza się w ten sposób, dopóki aktualna pozostaje zgoda na ten kanał komunikacji elektronicznej. Przy czym nie ma też znaczenia czy pismo poprzez e-US doręczane jest osobie fizycznej w jego własnej sprawie czy też pełnomocnikowi. Jednocześnie NSA zauważył, że pełnomocnik szczególny wyrażając zgodę na doręczanie pism na konto osoby fizycznej w e-US, wyraża taką zgodę we własnym imieniu jako osoba fizyczna, a zakres tej zgody obejmuje nie tylko prywatną, ale i zawodową (jako fachowego pełnomocnika) sferę kontaktów z organami KAS (też wyrok NSA z 30 maja 2025 r., sygn. akt I FZ 41/25). Nie ma bowiem przeciwskazań, aby pełnomocnik działał w imieniu swego mocodawcy z poziomu swojego konta osoby fizycznej jako użytkownik konta w e-US, czego dotyczy zapis z art. 35e ust. 1 ustawy o KAS. Jednocześnie sąd ten zauważył, że istotna jest także regulacja wynikająca z art. 146 §1 o.p. dotyczącego obowiązku zawiadomienia organu podatkowego o zmianie adresu. Zgodnie z tym przepisem w toku postępowania strona oraz jej przedstawiciel lub pełnomocnik mają obowiązek zawiadomić organ podatkowy o zmianie adresu, pod którym dokonuje się doręczeń. Przepis ten nie przewiduje formy w jakiej zawiadomienie takie ma zostać dokonane. Na znaczenie tej regulacji dla doręczeń profesjonalnemu pełnomocnikowi zwrócono uwagę w postanowieniu Naczelnego Sądu Administracyjnego z 20 listopada 2024 r. o sygn. akt I FZ 251/24. Wskazano w nim, że jeżeli pełnomocnik w toku postępowania ma obowiązek aktualizować adres, pod którym dokonuje się doręczeń, wyrażenie zgody przez pełnomocnika na doręczanie korespondencji za pośrednictwem platformy e-US oznacza dokonanie takiej aktualizacji adresu do doręczeń w stosunku do wskazanego poprzednio w pełnomocnictwie. Jak podkreślił też Naczelny Sąd Administracyjny, istotna jest zatem chronologia zdarzeń w danej sprawie, czyli moment, w którym pełnomocnik wyraża zgodę na doręczanie mu pism od organów podatkowych na konkretny kanał.
Uwzględniając dotychczasowe rozważania oraz akta sprawy, wskazać należy, że kanałem komunikacyjnym, który obowiązywał (bo na taki wyraził zgodę pełnomocnik i zgoda ta przed doręczeniem nie została wycofana (jak miało to miejsce w przypadku zaskarżonej decyzji, gdzie strona wycofała zgodę na kanał e-US przed jej doręczeniem) w dacie wydania (tj. 17 lutego 2025 r.) i doręczenia (tj. 25 lutego 2025 r.) decyzji DIAS stwierdzającej nieważność decyzji z 24 lutego 2021 r. - był kanał komunikacji elektronicznej e-US (był on bowiem otwarty w przedziale czasowym od 25 stycznia do 25 kwietnia 2025 r. – k. 86, 107 i 110 akt sądowych). Jedynym zatem aktywnym kanałem był e-US (który jak zauważył NSA w przywołanym już postanowieniu dotyczy również pełnomocnika strony i jego profesjonalnej działalności). Wbrew zatem twierdzeniu skarżącej organ nie miał obowiązku kierowania przedmiotowej decyzji (jak chciałaby tego strona) na adres elektroniczny do doręczeń wskazany przez pełnomocnika na urzędowym druku pełnomocnictwa PPS-1 czy też na adres pełnomocnika wpisany do urzędowej bazy adresów elektronicznych. Dlatego też przedmiotowy zarzut należało uznać za pozbawiony podstaw.
Jednocześnie nie można podzielić przyjętego w odpowiedzi na skargę stanowiska organu, że jeżeli pełnomocnik wyraził zgodę na doręczanie mu korespondencji na konto w e-US (pomimo, że później dostarczył organowi, np. pełnomocnictwo szczególne i wskazał w nim adres do doręczeń elektronicznych na portalu ePUAP), to korespondencję należy kierować na to konto. Podobnie, jeśli chodzi o Krajowy System e-Doręczeń, które jak wskazał organ mogą funkcjonować równolegle, jednak system e-US ma pierwszeństwo w zakresie doręczeń realizowanych przez organy podatkowe. Wskazanie zatem w toku postępowania podatkowego przez pełnomocnika szczególnego adresu do doręczeń elektronicznych w trybie art. 145 §2 o.p., czy też w innym trybie (np. Krajowy System e-Doręczeń) jest wiążące dla organu podatkowego, jeżeli wcześniej wyraził on zgodę na doręczanie na konto w e-US. Czyli, tak jak już wskazano istotny jest moment, w którym pełnomocnik wyraża zgodę na doręczanie mu pism od organów podatkowych na konkretny kanał komunikacji elektronicznej.
Sąd nie znalazł również podstaw do uwzględnienia zarzutu (pkt 4 skargi) naruszenia przepisów prawa materialnego w postaci art. 70 §1 w zw. z art. 70 §6 pkt 1 o.p. poprzez nieuwzględnienie przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją. Wskazać bowiem należy, że na wcześniejszym etapie kwestia ta została już przez WSA w Olsztynie prawomocnie przesądzona [co sama strona akcentuje w skardze stwierdzając, że: "(...) kwestia braku instrumentalności wszczęcia postępowania karnego-skarbowego została prawomocnie przesądzona (...)."] w wyroku z 6 października 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 397/22, gdyż sąd wówczas (z uwagi na to, że na rozprawie w dniu 6 października 2022 r. podniesiony został dodatkowo zarzut przedawnienia zobowiązań podatkowych na podstawie art. 70 §1 w zw. z art. 70 §6 pkt 1 o.p., wskazując jednocześnie na instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego, co wynikało ze zmiany kwalifikacji prawnej dokonanych dostaw, z dostaw dokumentowanych pustymi fakturami na dostawy realne opodatkowane jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towarów) - wypowiedział się w kwestiach przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją (a strona tego rozstrzygnięcia nie zaskarżyła). I choć sąd odniósł się przede wszystkim do kwestii instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego, które według strony miało na celu wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych (nie podzielając zarzutu w tym zakresie), to tym samym też uznał, że nie doszło w przedmiotowej sprawie do przedawnienia objętych zaskarżoną decyzją zobowiązań podatkowych, a ich bieg został skutecznie zawieszony. W przeciwnym razie w ogóle nie badałby kwestii instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego.
Słusznie też zauważył organ odwoławczy w odpowiedzi na skargę, że skoro WSA w Olsztynie we wskazanym już wyroku z 6 października 2022 r., sygn. I SA/OI 397/22 przesądził, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało charakteru instrumentalnego, to tym samy również umorzenie przez Prokuratora postępowania karnego skarbowego pozostawało bez wpływu na zawieszenie biegu terminu przedawnienia w przedmiotowej sprawie. Jak zauważył też Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 13 grudnia 2024 r. o sygn. akt III FSK 966/24 - według postanowień art. 170 p.p.s.a. orzeczenie prawomocne (a takim jest ww. wyrok z 6 października 2022 r.) wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby. Z cytowanego przepisu wynika również, że prawomocne orzeczenie wywiera skutek nie tylko w sprawie, w której zostało wydane, ale także poza tą sprawą. Dlatego też (jak wskazano na wstępie tej części uzasadnienia) przedmiotowy zarzut nie znalazł uznania sądu.
W kontekście samej zasady (nie odnosząc się do warstwy merytorycznej dokonanej zmiany - jak twierdzi strona - podstawy prawnej dokonanego rozstrzygnięcia ) organ II instancji (w ramach swoich uprawnień) mógł (wbrew twierdzeniu strony) dokonać prawnopodatkowej zmiany (a jak w tej sprawie uporządkowania i korekty) zachowania prawno-podatkowego skarżącej, z uwagi na to, że w sprawie nie mieliśmy do czynienia z transakcjami łańcuchowymi (a tym samym i samej podstawy prawnej dokonanego rozstrzygnięcia). Tym samym sąd nie znalazł podstaw do uwzględnienia zarzutu (pkt 2 skargi) naruszenia art. 233 §1 pkt 1 o.p. poprzez błędne zastosowanie tego przepisu zamiast art. 233 §1 pkt 2 lit. a o.p., co doprowadziło do istotnego naruszenia przez DIAS art. 210 §1 pkt 6 i §4 o.p. oraz do naruszenia zasady dwuinstancyjności z art. 127 o.p. poprzez rozstrzygniecie po raz pierwszy kwestii odstąpienia od zarzutu dostaw łańcuchowych na rzecz jednokrotnego opodatkowania wewnątrzwspólnotowego nabycia paliwa bez zastosowania przepisów prawa materialnego określających miejsce opodatkowania przy takim nabyciu. Z przepisów tych wynika, że organ odwoławczy wydaje decyzję, w której: (1) utrzymuje w mocy decyzję organu pierwszej instancji albo (2) uchyla decyzję organu pierwszej instancji: (a) w całości lub w części - i w tym zakresie orzeka co do istoty sprawy lub uchylając tę decyzję - umarza postępowanie w sprawie.
W ocenie sądu w realiach niniejszej sprawy, mając w szczególności na uwadze treść decyzji I instancyjnej, gdzie zostały wskazane również przepisy identyfikujące dokonane przez stronę czynności jako transakcje wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru (WNT), które organ odwoławczy wskazał jako podstawę prawną rozstrzygnięcia oraz w kontekście wyroków Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 kwietnia 2024 r. o sygn. akt I FSK 37/23 i sygn. akt I FSK 38/23 dotyczących skarżącej, tylko obejmujące inne okresy rozliczeniowe (odpowiednio od września 2014 r. do października 2015 r. i od listopada do grudnia 2015 r.) i ujętych tam wytycznych (gdzie sąd ten wskazał, że w rozpatrywanych sprawach nie mają zastosowania przepisy art. 7 ust. 8 w zw. z art. 22 ust. 2 i ust. 3 ustawy o VAT, gdyż został zerwany jedynie fakturowy obrót towarem - w przedmiotowej sprawie, z uwagi na to, że zgromadzony materiał dowodowy potwierdza fikcyjność kwestionowanych dostaw od polskich kontrahentów - nie został natomiast zerwany rzeczywisty obrót towarem i jego konsekwencje prawne, co powoduje, że nie można rozpatrywać transakcji na zakwestionowanych fakturach jako łańcuchowych, ale jako transakcje wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru) – organ miał prawo do zastosowania (wbrew twierdzeniu strony) art. 233 §1 pkt 1 o.p. zamiast art. 233 §1 pkt 2 lit. a o.p. Nie uległa bowiem zmianie, jak słusznie podniósł organ w odpowiedzi na skargę, ostateczna ocena skarżącej jako bezpośredniego odbiorcy kwestionowanych dostaw a obowiązek rozliczenie podatku VAT za poszczególne miesiące i jego wysokość w zaskarżonej decyzji byłby taki sam (pozostawał zatem bez zmian zakres merytoryczny rozstrzygnięcia I instancyjnego). Jak zauważył bowiem Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 18 września 2018 r., sygn. akt II GSK 2525/16, z art. 233 §1 pkt 2 lit. a o.p. nie wynika uprawnienie organu do skorygowania podstawy prawnej decyzji I instancyjnej przez uchylenie decyzji w tym zakresie. Przepis ten stanowi podstawę do zmiany merytorycznego rozstrzygnięcia sprawy. Skorygowania podstawy prawnej decyzji organu pierwszej instancji bez zmieniania zakresu merytorycznego rozstrzygnięcia organ odwoławczy dokonuje przez powołanie w decyzji odwoławczej prawidłowej podstawy prawnej i jednocześnie utrzymuje w mocy decyzję organu pierwszej instancji. Tym samym, jeżeli samo rozstrzygnięcie zawarte w decyzji wydanej przez organ podatkowy I instancji jest prawidłowe, a decyzja ta zawiera błędną podstawę prawną to wada ta nie uzasadnia podjęcia w sprawie decyzji uchylającej decyzję i orzekającej co do istoty sprawy. Jak też słusznie podniósł DIAS w odpowiedzi na skargę, nie stanowią podstawy do uchylenia decyzji w trybie art. 233 §1 pkt 2 lit. a stwierdzone przez organ odwoławczy uchybienia proceduralne, jak też sposób dokonania oceny zebranego w sprawie materiału dowodowego, organ drugiej instancji ma bowiem obowiązek dokonać własnej oceny wyników postępowania dowodowego, niezależnie od tego, czy ustaleń dokonuje po przeprowadzeniu nowych dowodów bądź ponowieniu dotychczasowych. Za prawidłowością postępowania organu odwoławczego przemawia także to, że Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanych już wyrokach z 5 kwietnia 2024 r. o sygn. akt I FSK 37/23 i sygn. akt I FSK 38/23 przekierował sprawę w tym zakresie (uchylając jedynie decyzję odwoławczą a nie decyzje obu instancji) - tylko do organu odwoławczego.
Jeśli natomiast chodzi o przyczyny uchylenia zaskarżonej decyzji, to w ocenie sądu za uzasadniony należało uznać zarzut (pkt 3 lit. a i przede wszystkim lit. c skargi), mogące potencjalnie rzutować też na pozostałe zarzuty skargi (pkt 3 lit. b i d i pkt 5 skargi), tj. wadliwego wnioskowania, z uwagi na pominięciem dowodów znanych organowa z urzędu w postaci uzasadnień prawomocnego postanowienia Prokuratura Prokuratury Okręgowej w E. z 23 czerwca 2023 r., sygn. akt [...] o umorzeniu śledztwa i prawomocnego postanowienia Sądu Okręgowego w Elblągu z 4 września 2024 r., sygn. akt [...], mocą którego utrzymał w mocy ww. rozstrzygnięcie Prokuratora. Zauważyć bowiem należy, że organ odwoławczy w ogóle nie odniósł się w kontekście przyjętego rozstrzygnięcia i zgromadzonego w nim materiału dowodowego (chociaż ww. postanowienie sądu w aktach sprawy się znajduje, a postanowienie Prokuratury zostało przesłane dopiero na wezwanie sądu, gdyż w aktach go nie było) do przedmiotowych dokumentów. W ocenie sądu było to o tyle zasadne, że zawarte w nich treści stoją w opozycji do ustalonego w sprawie stanu faktycznego (jak słusznie zauważyła strona). Przykładowo organ twierdzi w zaskarżonej decyzji, że:
- "należy wskazać, iż osoby odpowiedzialne w firmie P. (G. L. i P. P.) za kwestie związane z zakupem paliwa i organizacją transportu, w ogóle nie interesowały się swoimi dostawcami, jak również podmiotami, które brały udział w takich transakcjach. W opinii organu odwoławczego Strona nie musiała obawiać się ryzyka nierzetelności dostawców, bowiem sama organizowała dostawy paliwa bezpośrednio od sprzedawców zagranicznych do własnej bazy, zapewniała własnych kierowców i transport, co powodowało, że jakiekolwiek sprawdzanie kooperantów było zbyteczne. W tym stanie rzeczy całkowicie nietrafny jest szeroki wywód Pełnomocnika w zakresie stawianego Skarżącej "rzekomo" przez organy podatkowe zarzutu dotyczącego nienależytej staranności w doborze kontrahentów." - (s. 21 zaskarżonej decyzji),
- "Stworzenie tak rozbudowanego łańcucha rzekomych dostaw miało więc na celu nie tylko utrudnienie w dojściu przez organy kontroli do rzeczywistego przebiegu transakcji, ale również miały na celu "uwolnienie" Strony od obowiązku rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadziło do "uszczerbku" budżetu państwa - nigdy nie został bowiem rozliczony podatek z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów." – (s. 22 zaskarżonej decyzji),
- "Organizowanie dostaw paliwa do własnej firmy z Litwy/Łotwy, koordynowanie transportu i zapewnienie kierowców wykluczą niewiedzę nt. nierzetelności rzekomych kontrahentów. W tym stanie rzeczy, Skarżąca nie może więc zasłaniać się nieświadomym uczestnictwem w "oszukańczym procederze" mającym na celu oszustwo podatkowe, co zostanie wykazane w dalszej części niniejszej decyzji." - (s. 22 zaskarżonej decyzji),
- "Tymczasem w niniejszej sprawie transakcja miała miejsce pomiędzy dostawcą (z Litwy lub Łotwy) a Stroną (ostateczny odbiorca w Polsce).", czy też "W konsekwencji dostawy (z Litwy i Łotwy) spełniają wszystkie przesłanki związane z dostawą wewnątrzwspólnotową i powinny być opodatkowane na Litwie i Łotwie jako wewnątrzwspólnotową dostawa towaru (WDT). Strona natomiast jako ostateczny odbiorca na terytorium kraju, powinna zakwalifikować te transakcje jako wewnątrzwspólnotowe nabycie (WNT) w kraju (art. 9 ust. 1)." - (s. 23 zaskarżonej decyzji),
- "Organizowanie dostaw paliwa do własnej firmy z Litwy/Łotwy, koordynowanie transportu i zapewnienie kierowców wykluczą niewiedzę nt. nierzetelności rzekomych kontrahentów. W tym stanie rzeczy, Skarżąca nie może więc zasłaniać się nieświadomym uczestnictwem w "oszukańczym procederze" mającym na celu oszustwo podatkowe (...)." – (s. 22 zaskarżonej decyzji),
- "Nie sposób bowiem przyjąć, aby podatnik odliczający podatek z takiej faktury, nie był świadomy swojego oszukańczego działania', skora wystawieniu tego rodzaju faktury nie towarzyszy w ogóle żadna dostawa towaru lub świadczenie usług przez podmiot ją wystawiający (obrót istniej tylko na fakturze)." – (s. 24 zaskarżonej decyzji),
- "Reasumując zdaniem tut. organu w dostawach z Litwy i Łotwy występowały firmy, które brały udział w oszustwie podatkowy polegającym na stworzeniu sztucznego łańcucha dostaw towarów których w rzeczywistości nie doszło. Wieloetapowość dostaw miała przeszkodzić wykryciu rzeczywistego przebiegu transakcji oraz rozpoznania transakcji wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a w konsekwencji doprowadzić do nierozliczenia podatku z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów Okoliczności te dowodzą, że Strona świadomie wykorzystała nierzetelne faktury VAT wystawione przez te spółki, aby odliczyć podatek VAT naliczony. Należy wskazać, że powtarzalność takiej konwencji zdarzeń potwierdza świadomość Strony." - (s. 24-25 zaskarżonej decyzji),
Tymczasem z treści postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa (w zakresie ustalonego stanu faktycznego) oraz postanowienia sądu karnego akceptującego to rozstrzygnięcie wynika, że:
- "G. L. zawarł z przedstawicielami K. (...), S. (...), W. Sp. z o.o. z siedzibą w P., K.2 Sp. z. o.o. z siedzibą w W., X. Sp. z o.o. z siedzibą w P. umowy dot. sprzedaży przez te podmioty oleju napędowego dla firmy "P." w P.. Przed zawarciem tych umów P. P. i księgowa w/w podmiotu weryfikowały wiarygodność tych podmiotów gospodarczych sprawdzając min. czy podmioty te faktycznie posiadają koncesje na handel paliwami ciekłymi i wpłaciły gwarancję związaną z zapłatą opłaty paliwowej i akcyzy za importowane paliwo. Sprawdzano również czy podmioty te nie zalegają z zapłatą podatków na rzecz Skarbu Państwa." (s. 16-17 postanowienia Prokuratora),
- "Po wwiezieniu tego paliwa do składu celnego, głównie w S. G. L. kontaktował się telefonicznie z właścicielem tego paliwa i ustalał on możliwość i warunki przewiezienia oleju napędowego cysterną samochodową do Przedsiębiorstwa "P.". Z momentem wyrażenia zgody przez firmę będącą faktycznym dysponentem paliwa na zakup i przewiezienie oleju napędowego do przedmiotowej firmy z P., Przedsiębiorstwo "P." M. L. stawało się bezspornie właścicielem tegoż paliwa." – (k. 17 postanowienia Prokuratora),
- "Godzi się nadmienić, że bezspornie "P." stawał się dopiero właścicielem przewożonego oleju, po uiszczeniu przez pośrednika działającego na zlecenie faktycznego właściciela oleju napędowego, na terenie agencji celnej z reguły w S. opłaty paliwowej i akcyzy oraz po wyrażeniu zgody na przewiezienie danego transportu paliwa na bazę w P. To faktyczny właściciel paliwa zamawiał paliwo, które miało być przewiezione do różnych odbiorców kilkoma cysternami samochodowymi, to on decydował komu sprzedać to paliwo na uzgodnionych warunkach cenowych. Przedsiębiorstwo ,.P." nie zamawiało przedmiotowego oleju napędowego i nie mogło bez zgody faktycznego właściciela tego paliwa przewieść go do swojej bazy paliwowej." (k. 22 postanowienia Prokuratora),
- (...) nie można jednoznacznie stwierdzić, że w chwili zatankowania przedmiotowego paliwa do cystern należących do "P." z/s w P. G. L. miał świadomość, że nie zostanie odprowadzony do Skarbu Państwa należny podatek VAT. Poza tym w/w zlecał P. P. zakup przedmiotowego paliwa przewożonego cysterną kierowaną przez kierowcę zatrudnionego w "P." z/s w P. dopiero po dotarciu tej cysterny na teren Polski, do agencji celnej głównie w S. Do tego czasu nie było wiadomo, że dana cysterna pojedzie z olejem napędowym na bazę "P." z/s w P., czy też pojedzie ona do innego odbiorcy. Należy nadmienić, że księgowa firmy "P.", A. P. i G. L. weryfikowali rzetelność firm, które sprzedawały paliwo dla w/w podmiotu poprzez sprawdzenie czy te podmioty są czynnymi podatnikami VAT, czy posiadają koncesję na obrót paliwami ciekłymi i czy wpłaciły kaucję gwarancję dot. podmiotów dokonujących obrotu paliwami." – (k. 22-23 postanowienia Prokuratora),
- "Nie można również podzielić stanowiska, jakoby P. P. nie sprawdzała wiarygodności dostawców paliw. W swoich zeznaniach (k. 962-965v) ww. wskazała bowiem, iż wiarygodność dostawców paliw dla przedsiębiorstwa P. weryfikowała, sprawdzając, czy podmioty' te posiadają kaucję gwarancyjną oraz czy NIP danej firmy jest aktywny. Fakt sprawdzania kontrahentów potwierdziła również w swoich zeznaniach pracownica przedsiębiorstwa P. K. K. (k. 951-952), która wskazała, iż zajmująca się księgowością firmy W. L. sprawdzała, czy kontrahent jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług." – (s. 8 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),
- "Jednocześnie w ocenie Sądu nie jest tak, iż przeprowadzenie wskazanych dowodów mogłoby doprowadzić do ustalenia innego stanu faktycznego w sprawie, a w szczególności przyjęcia prezentowanej przez Naczelnika Urzędu Skarbowego w E. tezy, iż M. i G. L. zobowiązani byli do rozliczenia wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a przy tym nie byli uprawnieni do otrzymania zwrotu podatku naliczonego z otrzymanych faktur." – (s. 9 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),
- "W ocenie Sądu trafnie również w zaskarżonym postanowieniu przyjęto, iż w oparciu o zgromadzony materiał dowodowy nie można przypisać wyżej wymienionym dopuszczenia się przestępstw skarbowych polegających na posłużeniu się 114 nierzetelnymi fakturami VAT, opiewającymi na łączną kwotę 11.11570.753,55 zł, nieodzwierciedlającymi rzeczywistych zdarzeń gospodarczych oraz wprowadzeniu w błąd Naczelnika Urzędu Skarbowego poprzez poświadczenie nieprawdy co do okoliczności mających znaczenie prawne w zakresie wysokości podatku VAT naliczonego i należnego w złożonych deklaracjach dla, podatku od towarów i usług." – (k. 10 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),
- "Nie można również przesądzić, aby w chwili zatankowania paliwa do cystern należących do przedsiębiorstwa P. G. L. miał świadomość, że nie zostanie odprowadzony do Skarbu Państwa podatek VAT z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towaru. Nawet jednak gdyby tak było, to i tak brak byłoby podstaw, aby obciążać go obowiązkiem uiszczenia tej należności publicznoprawnej. Zwrócić bowiem należy uwagę, iż przedsiębiorstwo P. nie zamawiało przedmiotowego oleju napędowego i nie mogło bez zgody faktycznego właściciela nim dysponować. Właścicielem paliwa stawało się dopiero po jego nabyciu, co następowało po jego przywiezieniu go do Polski i uiszczeniu przez pośrednika, działającego na zlecenie faktycznego właściciela, na terenie agencji celnej opłaty i akcyzy. O powyższym świadczy choćby fakt, iż kierowcy przewożący paliwo nie wiedzieli w momencie załadunku, gdzie ono trafi. Z ich zeznań wynika, że sporządzali oni dwa listy przewozowa CMR: pierwszy, potwierdzający przewóz paliwa z miejsca załadunku na Litwie bądź Łotwie do składu celnego, i drugi - ze składu celnego do miejsca przeznaczenia danej partii paliwa. Do chwili odprawy celnej nie było zatem wiadomo, czy towar trafi do bazy firmy P., czy do innego miejsca wskazanego przez jego nabywcę." (s. 11 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.),
- "Zdaniem Sądu słusznie prowadzący postępowanie przygotowawcze ustalił, że w działaniach podejrzanych, szczególnie G. L., który jako pełnomocnik M. L., faktycznie zajmował się prowadzeniem spraw przedsiębiorstwa P., trudno dopatrzyć się umyślnego popełnienia przestępstwa, i Zwrócić należy uwagę, iż jak to już wcześniej podkreślono, kontrahenci, z którymi zawierano umowy na zakup paliwa, byli sprawdzani przez pracowników firmy P. Weryfikowano bowiem, czy posiadają oni kaucję gwarancyjną, czy NIP danej firmy jest aktywny oraz czy kontrahent jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług. Nie można zatem przyjąć, aby podejrzani wiedzieli, iż wystawianie przez kontrahentów faktury VAT były nierzetelne." (s. 10-11 postanowienia Sądu Okręgowego z 4 września 2024 r.).
Uwzględniając powyższe, organ winien zatem ocenić, czy dokumenty te miały czy też nie istotne znaczenia dla sprawy i czy w związku z tym miały one, czy też nie wpływ na prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia. I zgadzając się co do zasady z argumentacją DIAS, która znalazła się w odpowiedzi na skargę (choć jak już wskazano wcześniej, to przyjęte rozstrzygnięcie podlega kontroli sądu a nie ww. odpowiedź na skargę i argumentacja w tym zakresie winna znaleźć tam swoje odzwierciedlenie), że organ jest związany jedynie (mając na uwadze treść art. 11 p.p.s.a.) ustaleniami wydanego w postępowaniu karnym prawomocnego wyroku skazującego co do popełnienia przestępstwa i że odpowiedzialność karna opiera się na zasadzie winy i jest konsekwencją dopuszczenia się czynu zabronionego, a postępowanie podatkowe nie operuje pojęciem winy, lecz odwołuje się do obiektywnego naruszenia prawa – to jednak w tym przypadku nie chodzi o kwestie winny, ale właśnie (jak słusznie podniosła skarżąca) prawidłowości ustalonego stanu faktycznego. Ponadto, jak zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 14 grudnia 2022 r., sygn. akt I FSK 314/21 (też wyrok WSA w Olsztynie z 8 listopada 2023 r., sygn. akt I SA/Ol 125/23) brak związania sądu administracyjnego, a pośrednio także organów podatkowych, ustaleniami wyroku uniewinniającego czy postanowienia o umorzeniu śledztwa (jak w tej sprawie, gdzie nadto Sąd karny to rozstrzygnięcie zaakceptował) nie oznacza a priori, że odmienne niż przyjęte w takim rozstrzygnięciu ustalenia faktyczne organów podatkowych są prawidłowe. Takie rozstrzygnięcie może zatem dostarczyć informacji istotnych z punktu widzenia oceny prawidłowości dokonanej przez organ podatkowy kwalifikacji okoliczności istotnych dla sprawy, w tym stanu faktycznego. A priori nie można zatem ich odrzucać, bez dokonania ich szczegółowej analizy w kontekście i w porównaniu z pozostałym materiałem dowodowym zgormadzonym w sprawie. Szczególnie, że jak podnosi strona w skardze w przedmiotowej sprawie mamy do czynienia z odmiennymi ustaleniami faktycznymi tych samych kwestii w dwóch różnych postępowaniach. Powyższe uzasadniało zatem, zdaniem sądu rozpatrzenie tych dowodów z uwagi na to, że mogą one dostarczyć informacji istotnych z punktu widzenia prawidłowości przyjętego rozstrzygnięcia w sprawie. Zasadne jest też pytanie, jeśli przedmiotowe rozstrzygnięcia (Prokuratora i Sądu karnego) nie miały znaczenia dla rozstrzygnięcia przedmiotowej sprawy to dlaczego organ wniósł od postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa zażalenie do sądu. Zauważyć też należy, że w kontekście przedawnienia organ odwoławczy (i przyjętego w tym zakresie stanowiska i dla jego poparcia w przyjętym rozstrzygnięciu) odwołuje się do przedmiotowego postanowienia Prokuratora (uznając je tym samym jako ważne), z uwagi na to, że w dniu 4 września 2024 r. Sąd Okręgowym w E. nie uwzględnił zażalenia organu podatkowego i utrzymał w mocy to postanowienie.
W tym kontekście, należy też pamiętać, że strona musi być pewna i przekonana, że stan faktyczny ustalony w sprawie został prawidłowo ustalony, a organ rozpatrzył we wzajemnych relacjach cały zgromadzony w sprawie materiał dowodowy. Szczególnie jeśli w sprawie występują tak znaczące rozbieżności w ocenie i to właśnie stanu faktycznego przez organy podatkowe oraz Sąd karny i Prokuratora. Dlatego też, jak słusznie zauważył Naczelny Sąd Administracyjny w przywołanym już wyroku z 14 grudnia 2022 r., sygn. akt I FSK 314/21 i co wymaga raz jeszcze podkreślenia nie można a priori wykluczyć (nie wziąć pod uwagę) tego typy dokumentów jak postanowienie Prokuratora o umorzeniu śledztwa i postanowienie Sądu karnego je akceptujące. Ponadto z art. 187 §1 o.p. w zw. z art. 122 o.p. (gdzie ujęta została zasada prawdy obiektywnej) jasno wynika, że organ podatkowy jest obowiązany zebrać i w sposób wyczerpujący rozpatrzyć cały materiał dowodowy (co zdaniem sądu w tym zakresie nie miało miejsca). Regulacja ta stanowi zatem podstawę do wskazania dwóch zakresów obowiązków, tj. po pierwsze obowiązku zebrania materiału dowodowego, a po drugie jego wyczerpującego rozpatrzenia (por. wyrok NSA z 12 września 2025 r., sygn. akt III FSK 1227/24). Ponadto, na gruncie omawianego przepisu zarówno niezebranie kompletnego materiału dowodowego, jak i nierozważnie (co zdaniem sądu miało miejsce w tej sprawie) wszystkich dowodów narusza komentowany przepis w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Ponadto nienależyte wyjaśnienie stanu faktycznego nie może być podstawą ustaleń negatywnych dla strony (por. wyrok WSA w Gdańsku z 4 listopada 2025 r., sygn. akt I SA/Gd 705/25).
W tym kontekście (czyli prawidłowości ustalonego w sprawie stanu faktycznego) słuszne stają się również wątpliwości strony zawarte w skardze, m.in.:
- "(...) nie można było w stosunku do faktur wystawionych przez dysponentów paliwa, już na terenie Polski, formułować zarzutu stwierdzenia na fakturach "czynności, które nie zostały dokonane", a więc stosować przepisów art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU, skoro w wyniku tychże czynności Skarżąca stawała się właścicielem paliwa - już na terenie Polski." (s. 20 skargi),
- "Istotą zarzutu DIAS wobec Skarżącej jest stwierdzenie, że jest ona podatnikiem VAT. który wiedział lub powinien był wiedzieć o tym. że nabywając towar lub usługę, uczestniczył w transakcji wykorzystanej do popełnienia oszustwa w VAT (...). Stwierdzenie powyższe zawiera trzy kardynalne wady rozumowania: 1) jest rażąco sprzeczne z ustaleniami Prokuratury Okręgowej w E. oraz Sądu Okręgowego w E., zawartymi w prawomocnych postanowieniach, stanowiących dokumenty urzędowe w rozumieniu art. 194 §1 Op, 2) podatek od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów (WNT) nie może "uszczuplić" należności budżetowych, gdyż przy jego rozliczaniu przez podatnika VAT podatek należny jest kompensowany podatkiem naliczonym równym podatkowi należnemu, 3) DIAS nie mógł stwierdzić, że podatek z tytułu WNT "nigdy nie został rozliczony", gdyż nie zrealizował wniosku dowodowego Skarżącej z dnia 16 lutego 2018 r. "o dopuszczenie dowodu z zapisów systemu VIES odnośnie do informacji podsumowujących, o których mowa w przepisach art. 262-27 Dyrektywy 2006/112 (...) w celu ustalenia, kto (jacy podatnicy VAT-UE) nabyli paliwo wskutek dostaw przypisywanych jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towaru w latach 2014 - 2015 M. L. prowadzącej firmę "P.", co przecież było także zaleceniem sądu wyrażonym w prawomocnym wyroku I SA/OI 362/18 (str. 21 skargi),
- "Całkowicie niewiarygodną byłaby sytuacja, w której po wprowadzeniu do systemu celnego danych podmiotów uiszczających podatek akcyzowy i opłatę paliwową organy celne oraz podatkowe ..przeoczyłyby" okoliczność braku wykazania WNT przez te same podmioty. Tym bardziej, że przecież w dacie zawierania transakcji podmioty te figurowały nie tylko w rejestrach czynnych podatników VAT i VAT- UE, ale także w rejestrze podmiotów, które opłaciły kaucję gwarancyjną." (str. 22 skargi),
- "Zdaniem Skarżącej zapisy w rejestrze VIES zawierają potwierdzenie wykazania dostaw WNT przez podmioty, od których paliwo nabyła Skarżąca już. po uiszczeniu akcyzy i opłaty paliwowej. Całkowicie niewiarygodną byłaby sytuacja, w której po wprowadzeniu do systemu celnego danych podmiotów uiszczających podatek akcyzowy i opłatę paliwową organy celne oraz podatkowe "przeoczyłyby" okoliczność braku wykazania WNT przez te same podmioty. Tym bardziej, że przecież w dacie zawierania transakcji podmioty te figurowały nie tylko w rejestrach czynnych podatników VAT i VAT- UE, ale także w rejestrze podmiotów, które opłaciły kaucje gwarancyjną (str. 22 skargi),
- "Skarżąca nie mogła spodziewać się aż tak rażącej rozbieżności miedzy ustaleniami faktycznymi prokuratury i organu odwoławczego, więc pełna odpowiedzialność za wykazanie, że przeprowadzone przez prokuraturę dowody są niewiarygodne, spoczywała na organie odwoławczym, który będąc związany zasadą prawdy materialnej i zasadą zupełności materiału dowodowego (art. 122 i 187 § 1 Op) miał bezwzględny obowiązek pozyskać i włączy ć do akt te protokoły zeznań świadków w myśl zasady swobodnej oceny dowodów (art. 191 Op) oraz wykazać, udowodnić, że ewentualnie są one niewiarygodne w trybie art. 194 § 3 Op wobec mocy wiążącej treści dokumentu urzędowego." (str. 26-27 skargi),
- "Prokuratura ustaliła także, że "bezspornie przedmiotowe dostawy oleju napędowego faktycznie miały miejsce" (str. 20 postanowienia Prokuratury Okręgowej w E.), co samo w sobie przeczy ustaleniom DIAS zaprezentowanym w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji." (str. 27 skargi),
- "Prokuratura Okręgowa w E. prawomocnym postanowieniem z dnia 23 czerwca 2023 r.. sygn. akt [...], oraz Sąd Okręgowy w E. prawomocnym postanowieniem z dnia 4 września 2024 r., sygn. akt [...] uznały, że zarzut naruszenia m.in. art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a VATU jest całkowicie bezzasadny." – (str. 26 skargi),
- "Organ uprawia tu czystą sofistykę - najpierw stwierdza, wbrew dowodom materialnym z akt sprawy (zob. treść umów o usługi transportowe Skarżącej, treść zeznań świadków oraz prawomocne postanowienia Prokuratury Okręgowej i Sądu Okręgowego w E.), że to Skarżąca była "organizatorem" dostaw paliwa, by następnie z tego fałszywego założenia wyciągnąć wniosek o "współudziale" Skarżącej w procederze oszustwa podatkowego." – (str. 30 skargi),
- "Bezsporną jest też okoliczność wystawienia faktur sprzedaży paliwa na Skarżącą przez zupełnie inne podmioty. zapłata za te faktury przelewami oraz zaplata podatku akcyzowego i opłaty paliwowej na terenie Polski przez inne podmioty, niż Skarżąca. Dlatego założenie o bezpośrednim zakupie paliwa za granicą jest z gruntu fałszywe. Przyjmując, że Skarżąca nabyła paliwo nie od firm K. i S., ale bezpośrednio od podmiotów z Litwy i Łotwy organ nie wyjaśnia dlaczego służby celne przyjęły zapłatę akcyzy i opłaty paliwowej od firm niebędących właścicielami paliwa, oraz dlaczego przyjęto jako poprawne rozliczenia dostaw WDT w informacjach podsumowujących przez podmioty z Litwy i Łotwy, ale na rzecz innych podmiotów, a nie na rzecz Skarżącej?" (str. 31 skargi).
- "(...) Skarżąca posiadała wyłącznie koncesję na obrót paliwem na terenie Polski, więc nie mogła nabywać paliwa poza Polska pod rygorem sankcji karnych." (s. 35 skargi),
- "Działając w oparciu o art. 180 §1 Op Skarżąca w dniu 11 czerwca 2025 r. złożyła wniosek o włączenie do akt sprawy oraz uwzględnienie dowodów w postaci skanów dokumentów księgowych z roku 2013. Wbrew stanowisku organu odwoławczego, wyrażonym na str. 24 zaskarżonej decyzji, przedłożone dokumenty dowodzą, że Skarżąca miała prawo oczekiwać, że skoro ten sam schemat dostaw został zaakceptowany w toku kontroli za rok 2013, to takie dostawy mają charakter dostaw krajowych oraz, że przedłożone dokumenty dowodzą zachowania dobrej wiary i należy tej staranności. (...) Co więcej, to właśnie osoby kontrolujące działalność gospodarczą Strony za rok 2013 wskazywały na poprawność tychże schematów dostaw, gdzie Strona nabywała paliwo po opłaceniu granicznego podatku VAT, akcyzy i opłaty paliwowej przez właściciela paliwa. Wówczas nie wskazywano na okoliczność dostaw łańcuchowych, ani na konieczność rozpoznania przez Stronę wewnątrzwspólnotowego nabycia paliwa, czego dowodzi treść obu wydanych za rok 2013 decyzji podatkowych." (str. 42 skargi).
- "Skarżąca nie miała wiedzy o żadnym nadużyciu prawa dokonywanym przez dostawców paliwa, a organ nie udowodnił, iż Skarżąca była świadomym uczestnikiem jakiegoś nieuczciwego procederu. W żadnym dokumencie zawartym w aktach sprawy nie ma na to najmniejszego dowodu." (str. 55 skargi).
Zauważyć również należy (w kontekście podstaw uchylenia przedmiotowej decyzji), że organ odnosząc się do kwestii utartej praktyki działania skarżącej w latach 2013-2015 (a mające swoje źródło we wcześniejszych rozstrzygnięciach organów podatkowych, które nie kwestionowały przyjętej w niniejszej sprawie ścieżki postępowania, tj. w roku 2013 - jak twierdzi strona) zrobił to w sposób lakoniczny i ogólnikowy (str. 25 zaskarżonej decyzji). Tymczasem w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 kwietnia 2024 r., sygn. akt I FSK 37/23 i I FSK 38/23, do których przecież organ się odwołuje wyraźnie wskazano w zaleceniach, że mając na uwadze obowiązek respektowania zasady ochrony uzasadnionych oczekiwań jednostki, wyrażonej w polskim porządku prawnym jako zasada budzenia zaufania do organów podatkowych w art. 121 §1 o.p., na którą powoływała się skarżąca, organ wyjaśni zmianę kwalifikacji prawnopodatkowej czynności, które stanowiły utrwaloną praktykę postępowania skarżącej, która nie została zakwestionowana we wcześniejszych decyzjach organu. Okoliczność ta ma szczególnie istotne znaczenie zwłaszcza w kontekście badania przez organ, czy skarżąca pozostawała w dobrej wierze w zakresie realizowanych transakcji. Tym bardziej, że strona wskazała w skardze, że działając w oparciu o art. 180 §1 o.p. w dniu 11 czerwca 2025 r. złożyła wniosek o włączenie do akt sprawy oraz uwzględnienie dowodów w postaci skanów dokumentów księgowych z 2013 r. Dodała też, że wbrew stanowisku organu odwoławczego, wyrażonym na stronie 24 zaskarżonej decyzji, przedłożone dokumenty dowodzą, że miała ona prawo oczekiwać, że skoro ten sam schemat dostaw został zaakceptowany w toku kontroli za 2013 r., to takie dostawy mają charakter dostaw krajowych oraz, że przedłożone dokumenty dowodzą zachowania dobrej wiary i należy tej staranności.
W ocenie sądu słuszny jest również zarzuty strony (pkt 3 lit e skargi) dotyczący braku zastosowania się organu odwoławczego do zaleceń WSA w Olsztynie wyrażonych w prawomocnym wyroku z 9 sierpnia 2018 r., sygn. akt I SA/OI 362/18, który nakazał rozpatrzenie wniosku dowodowego strony z 16 lutego 2018 r. dotyczącego zapisów z systemu VIES odnośnie informacji podsumowujących w celu ustalenia, jakie podmioty (podatnicy VAT-UE) nabyły paliwo wskutek dostaw uznanych jako wewnątrzwspólnotowe nabycie towaru (paliwa). Stwierdził bowiem, że rozpatrując sprawę ponownie, organ odwoławczy zgodnie z art. 233 §2 o.p. przeanalizuje zebrany materiał dowodowy oraz wniosek dowodowy z 16 lutego 2018 r. i oceni, czy i w jakim zakresie zaistniała konieczność uzupełnienia zebranych dotychczas dowodów, a także czy jest to możliwie w trybie art. 229 o.p., czy też zachodzi konieczność uchylenia decyzji i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia. Organ odwoławczy sporządzi uzasadnienie decyzji zgodnie z wymogami określonymi w art. 210 §4 o.p. Wskazać też należy (nie przesądzając o prawidłowości wskazanych przyczyn nieuwzględnienia wniosku dowodowego), że przedmiotem kontroli sądu jest zaskarżona decyzja a nie odpowiedź na skargę, gdzie znalazło swój wyraz wyjaśnienie powodów jego nieuwzględnienia. Również strona nie na tym etapie, a w przyjętym rozstrzygnięciu, czy też w trakcie toczącego się postępowania winna się dowiedzieć o tych powodach, mogąc tym samym odnieść się do nich, czy to w skardze czy to w zażaleniu na postanowienie o nieuwzględnieniu wniosku dowodowego czy też w skardze do sądu. Jak zauważył bowiem WSA we Wrocławiu z 12 stycznia 2021 r., sygn. akt IV SA/Wr 444/20 (zaakceptowanym przez NSA w wyroku z 21 czerwca 2024 r., sygn.. akt III OSK 4577/21) przedmiotem kontroli sądu jest zaskarżona decyzja, a nie odpowiedź na skargę, w związku z czym argumentacja organu odnośnie motywów nieuwzględnienia wniosku dowodowego strony z 16 lutego 2018 r. nie może mieć wpływu na wynik sprawy.
Uwzględniając dotychczasowe rozważania, w ocenie sądu za zasadne należało uznać również zarzuty koncentrujące się na naruszeniu przepisów postępowania, tj. art. 121 §1, art. 122, art. 180 §1, art. 187 §1, art. 188, art. 191 i art. 210 §4 o.p. Dotyczy to również naruszenia art. 194 §1 o.p., w kontekście, w jakim dotyczy on dokumentów, które nie zostały we właściwy sposób (dla ich rangi, ale przede wszystkim warstwy merytorycznej) rozpatrzone przez organy podatkowe (jak np. postanowienia Prokuratora o umorzeniu śledztwa czy też akceptującego je rozstrzygnięcia Sądu karnego), a które potencjalnie mogły mieć wpływ na prawidłowość ustalonego stanu faktycznego w sprawie, a tym samym i na prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia, powodując tym samym wadliwą ocenę stanu faktycznego, niezgodną ze stanem rzeczywistym. Rację ma zatem strona, że o ile same sentencje wskazanych prawomocnych orzeczeń Prokuratury i Sądu karnego nie wpływają na ocenę stanu faktycznego, to już ustalenia czysto faktyczne, wyrażone w tych dokumentach winny wiązać organy podatkowe na zasadzie określonej w tym przepisie, chyba że organy te przeprowadzą dowód przeciwko wiarygodności takiego dokumentu urzędowego. Powyższe powodowało także obowiązek uwzględnienia tych kwestii w uzasadnieniu przyjętego rozstrzygnięcia (co nie miało miejsca), dając wyraz stanowisku organów podatkowych w tym zakresie a stronie i sądowi możliwość zapoznania się z argumentacją popierającą to stanowisko.
W tym stanie sprawy w ocenie sądu przedwczesne jest natomiast odnoszenie się do zarzutu podniesionych w skardze naruszenia przepisów prawa materialnego (pkt 5), tj.: art. 86 ust. 1, art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a i art. 22 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT (poprzez wadliwe zastosowanie) oraz art. 25 ust. 1 tego aktu prawnego (poprzez brak zastosowania) w zw. z art. 5 ust. 1 pkt 4 i art. 9 ust. 1 przedmiotowej ustawy. Zważywszy w szczególności na to, że materiał dowodowy zgromadzony w sprawie, a mogący mieć, jak już zauważono wcześniej potencjalny wpływ na prawidłowość ustalonego stanu faktycznego w sprawie a tym samym i prawidłowość przyjętego rozstrzygnięcia - nie został w sposób właściwy rozpatrzony (również w kontekście pozostałych zgromadzonych dowodów). A sąd nie może w tym zakresie zastępować organów podatkowych. Jego rolą jest bowiem wyłącznie kontrola wydanej w sprawie decyzji.
W toku ponownego rozpoznania sprawy organ uwzględni rozważania i ocenę sądu przedstawioną w niniejszym wyroku. W szczególności rozpatrzy w kontekście i we wzajemnych relacjach z pozostałym materiałem dowodowym zgromadzonym w sprawie (na podstawie którego został ustalony stan faktyczny) postanowienie Prokuratora o umorzeniu śledztwa oraz akceptujące je postanowienie Sądu karnego. Rozpatrzy także konieczność uwzględnienia wniosku dowodowego strony, o którym, jest mowa w prawomocnym wyroku tut. sądu z 9 sierpnia 2018 r., sygn. akt I SA/OI 362/18. Dotyczy to również rozpatrzenia kwestii utartej praktyki działania skarżącej w roku 2013, która nie była kwestionowana przez organy podatkowe (jak twierdzi strona) ale już z uwzględnieniem zakresu wskazanego w zaleceniach zawartych w wyrokach Naczelnego Sądu Administracyjnego z 5 kwietnia 2024 r., sygn. akt I FSK 37/23 i I FSK 38/23.
Mając powyższe na uwadze, sąd na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję.
W związku z uwzględnieniem skargi, sąd na podstawie art. 200, art. 205 § 2 i art. 209 p.p.s.a., zgodnie ze złożonym wnioskiem, zasądził na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania w wysokości 15.119,00 zł, w tym kwotę 4.302,00 zł tytułem uiszczonego w sprawie wpisu sądowego, kwotę 17,00 zł tytułem zwrotu kosztów opłaty skarbowej od pełnomocnictwa oraz kwotę 10.800,00 zł tytułem kosztów wynagrodzenia pełnomocnika, którego wysokość ustalono na podstawie §2 ust. 1 pkt 1g) rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r. poz. 1687).
Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.