Wyrok WSA z dnia 19 listopada 2025, sygn. I SA/Ol 454/25

Sygnatura: I SA/Ol 454/25
Data orzeczenia: 19 listopada 2025
Sąd: Wojewódzki Sąd Administracyjny (WSA)
Status: Nieprawomocne
Podatnik: spółka komandytowa

Streszczenie

H. Spółka z o.o. Spółka komandytowa została zobowiązana decyzją z 26 kwietnia 2021 r. do zapłaty zaległości VAT za 2014 r., w tym z tytułu nierzetelnych faktur zakupowych i sprzedażowych. Organ podatkowy zakwestionował faktury dokumentujące zakup usług i towarów oraz sprzedaż aparatury, uznając je za nierzetelne. Kontrola celno-skarbowa wykazała nieprawidłowości, a organ I instancji wydał decyzję, którą organ odwoławczy uchylił 13 lipca 2021 r., przekazując sprawę do ponownego rozpatrzenia, m.in. z powodu braku formalnego stwierdzenia nierzetelności ksiąg.…

Spółka zaskarżyła decyzję odwoławczą do WSA w Olsztynie, kwestionując przedawnienie zobowiązań i instrumentalne wszczęcie postępowania karnego skarbowego. Czy decyzja organu odwoławczego, uchylająca decyzję I instancji i przekazująca sprawę do ponownego rozpoznania, jest legalna, oraz czy zobowiązania podatkowe za 2014 r. uległy przedawnieniu, a wszczęcie postępowania karnego skarbowego miało charakter instrumentalny, służący jedynie zawieszeniu biegu przedawnienia? WSA w Olsztynie w wyroku z 5 stycznia 2022 r. uchylił decyzję organu odwoławczego, uznając, że brak formalnego stwierdzenia nierzetelności ksiąg nie wpływa na wynik sprawy, a organ odwoławczy niewłaściwie zastosował art. 233 §2 o.p. NSA w wyroku z 25 maja 2025 r. uchylił ten wyrok, stwierdzając, że WSA nie zbadał zarzutu przedawnienia, i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Po ponownym rozpoznaniu WSA, uwzględniając dowody, uznał, że trudno mówić o przedawnieniu zobowiązań związanych z nierzetelnymi fakturami zakupowymi, ale wskazał, że organ odwoławczy musi zbadać przedawnienie zobowiązania z tytułu nierzetelnej faktury sprzedażowej. Sąd uchylił zaskarżoną decyzję na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a., zobowiązując organ odwoławczy do ponownego rozpatrzenia sprawy z pełnym zbadaniem kwestii przedawnienia.

jeszcze 174 słowa

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie w składzie następującym: Przewodniczący sędzia WSA Przemysław Krzykowski Sędziowie sędzia WSA Andrzej Brzuzy (sprawozdawca) sędzia WSA Jolanta Strumiłło Protokolant sekretarz sądowy Elżbieta Parda po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 19 listopada 2025r. sprawy ze skargi H. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa z siedzibą w E. na decyzję Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno - Skarbowego w Olsztynie z dnia 13 lipca 2021 r., nr 378000-COP.4103.16.2021.AK.SZD w przedmiocie podatku od towarów i usług za okresy miesięczne od sierpnia do października 2014 r. 1) Uchyla zaskarżoną decyzję, 2) Zasądza od Naczelnika Warmińsko-Mazurskiego Urzędu Celno - Skarbowego w Olsztynie na rzecz strony skarżącej H. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa z siedzibą w E. kwotę 997,00 zł (dziewięćset dziewięćdziesiąt siedem złotych) tytułem zwrotu kosztów postępowania sądowego.

Uzasadnienie

Decyzją z 26 kwietnia 2021 r. Naczelnik Warmińsko–Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie (dalej jako: "NUS", "organ I instancji") określił H. Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa z siedzibą w E. (dalej jako: "strona", "spółka", "skarżąca"):

- zobowiązanie podatkowe w podatku od towarów i usług (podatek VAT) za październik 2014 r. w kwocie 345.103,00 zł,

- nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do przeniesienia na następny okres rozliczeniowy: za sierpień 2014 r. w kwocie 260.737,00 zł, za wrzesień 2014 r. w kwocie 468.614,00 zł,

- należny podatek VAT podlegający wpłacie na rachunek Urzędu Skarbowego z tytułu wystawienia faktur, o których mowa w art. 108 ust. 1 i ust. 2 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług w brzmieniu obowiązującym w 2014 r. (Dz.U. z 2011 r. nr 177 poz. 1054, ze zm.), dalej jako: "u.p.t.u.", stwierdzających w części czynności, które nie zostały dokonane za sierpień 2014 r. w kwocie 279.796,00 zł.

Z przekazanych sądowi wraz ze skargą akt podatkowych sprawy wynika, że przedmiotową decyzję wydano w oparciu o ustalenia kontroli celno-skarbowej w zakresie rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatku VAT za poszczególne miesiące od stycznia do grudnia 2014 r. NUS wydał 3 czerwca 2020 r. wynik kontroli celno-skarbowej. Następnie sporządził 2 lutego 2021 r. protokół badania ksiąg, gdzie opisał stwierdzone w sierpniu 2014 r. nieprawidłowości w zakresie podatku naliczonego.

W rezultacie kontroli NUS zakwestionował deklaracje VAT-7 w podatku VAT za okres sierpień, wrzesień, październik 2014 r., i wydał wymienioną na wstępie decyzję uznając, że spółka:

- zawyżyła w sierpniu 2014 r. podatek naliczony o kwotę 169.050,00 zł wynikającą z faktury VAT wystawionej 14 sierpnia 2014 r. nr [...] mającej dokumentować zakup usługi: Budowa i montaż systemu [...], która, jak ustalono, nie została dokonana przez podmiot na niej wskazany jako wystawca faktury, tj. firmę A. . (dalej jako: "firma A."),

- zawyżyła w sierpniu 2014 r. podatek naliczony o kwotę 56.998,60 zł wynikającą z faktury VAT wystawionej 31 lipca 2014 r. nr [...] mającej dokumentować zakup przewodów elektrycznych, które, jak ustalono, nie mogły zostać sprzedane przez wystawcę faktury: W. W.

Organ I instancji uznał, że strona miała świadomość zaewidencjonowania ww. nierzetelnych faktur i dlatego w oparciu o art. 86 ust. 1 i ust. 2 pkt 1 lit. a w związku z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a u.p.t.u. pozbawił spółkę w sierpniu 2014 r. prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony, wynikający ze spornych faktur w łącznej kwocie 226.048,60 zł:

- zawyżyła w sierpniu 2014 r. podatek należny o kwotę 279.796,00 zł w związku z rozliczeniem faktury VAT nr [...] z 4 sierpnia 2014 r. wystawionej na rzecz firmy W. W. w zakresie dostawy aparatury pomiarowej [...] do diagnostyki kabli WN, która, jak ustalono, zawyżała wartość dostawy o urządzenia, towary i usługi nie stanowiące części składowych tej aparatury, a tym samym nie odzwierciedlała rzeczywistej wartości sprzedanego urządzenia. W konsekwencji organ stwierdził, że kwestionowana faktura nie dokumentuje w tej części dostawy urządzenia, a w związku z tym nie podlega wykazaniu w deklaracji VAT-7, a wykazany na tej fakturze podatek podlega zapłacie na podstawie art. 108 ust. 1 i ust. 2 u.p.t.u.

W konsekwencji organ I instancji dokonał rozliczenia podatku VAT za okres sierpień, wrzesień, październik 2014 r. w wysokości innej niż deklarował podatnik.

Po rozpatrzeniu odwołania NUS (dalej również jako: "organ odwoławczy"), powołując się na art. 233 §2 w związku z art. 221a §1 i art. 207 oraz art. 220 §2 ustawy z 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz.U. z 2020 r. poz. 1325, ze zm.), dalej jako: "o.p.", decyzją z 13 lipca 2021 r. uchylił w całości decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ.

W uzasadnieniu w pierwszej kolejności rozważył kwestię przedawnienia (s. 6-8 decyzji). NUS powołał art. 59 §1 pkt 9, art. 70 §1, art. 70 §6 pkt 1, art. 70c o.p. i art. 103 ust. 1 u.p.t.u. Ocenił, że sporne zobowiązania nie uległy przedawnieniu, gdyż doszło do zawieszenia biegu terminu przedawnienia tych zobowiązań. Pismem z 12 listopada 2019 r. doręczonym stronie 26 listopada 2019 r. zawiadomiono spółkę o zawieszeniu w dniu 31 października 2019 r. biegu terminu przedawnienia, z uwagi na wystąpienie przesłanki z art. 70 §6 pkt 1 o.p. Zatem postępowanie karne skarbowe wszczęto tuż przed upływem terminu przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych (31 grudnia 2019 r.). Oceniając okoliczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia w kontekście uchwały Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/121 NUS wskazał, że wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe nie miało wyłącznie charakteru instrumentalnego, co oznacza, że doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych. Podkreślił, że w sprawie skarżącego postepowanie karne skarbowe przeszło z fazy in rem do fazy ad personam i organ dochodzeniowy podjął czynności procesowe, w tym z udziałem strony w osobie B. W. – przedstawiciela spółki, przesłuchanego w charakterze podejrzanego.

Oceniając legalność badanej decyzji NUS podał, że jako organ odwoławczy stwierdził, że postępowanie podatkowe w przedmiotowej sprawie zostało przeprowadzone z naruszeniem przepisów proceduralnych mających wpływ na wynik sprawy. Nie został prawidłowo zastosowany tryb postępowania wynikający z art. 193 §6 oraz §8 o.p. Badanie ksiąg podatkowych stanowi tę czynność postępowania, która ma istotne znaczenie dla rozstrzygnięcia sprawy. Ustawodawca nadaje księgom podatkowym szczególną moc dowodową.

Stwierdził, że w rozpoznawanej sprawie w sposób niewątpliwy nie doszło do podważenia prawidłowości prowadzonej przez stronę ewidencji w powyższym trybie. Jakkolwiek organ sporządził protokół badania ksiąg z 2 lutego 2021 r., gdzie opisał stwierdzone w sierpniu 2014 r. nieprawidłowości w zakresie podatku naliczonego, to protokół ten (ani wynik kontroli celno-skarbowej z 3 czerwca 2020 r.) nie zawiera w swej treści ustaleń na okoliczność stwierdzonej nierzetelności rejestrów VAT w zakresie podatku należnego. W sytuacji, gdy ustalenia poczynione przez organ na etapie postępowania podatkowego dotyczyły także innych nieprawidłowości niż te, które stwierdzono w toku kontroli - dotyczące tego, że faktura nr [...] z 4 sierpnia 2014 r. w części stwierdzała czynności, które nie zostały dokonane - organ zobligowany był do skorygowania swojego stanowiska, któremu należało dać wyraz w protokole badania ksiąg podatkowych. Organ stosownie do art. 193 §6 o.p. w protokole badania ksiąg określa za jaki okres i w jakiej części nie uznaje ich za dowód tego, co wynika z zawartych w nich zapisów. W tej sytuacji podważenie deklaracji złożonych za miesiące objęte sporną decyzją było przedwczesne, naruszono zasady postępowania wynikające z art. 122, art. 187 § 1, art. 191 i art. 193 o.p.

NUS zalecił, aby przy ponownym rozpoznaniu sprawy organ uzupełnił materiał dowodowy o protokół badania ksiąg, spełniający wymogi przewidziane w art. 193 §6 o.p. Następnie wykonał obowiązek doręczenia odpisu tego protokołu stronie tak, by mogła ona mieć zagwarantowaną możliwość wniesienia zastrzeżeń do zawartych w protokole ustaleń. Jeśli zaistnieje potrzeba uzasadniona na nowo dokonanymi ustaleniami faktycznymi, organ I instancji przeprowadzi także inne dowody. Zobowiązany jest również dokonać ponownej oceny całego zgromadzonego materiału dowodowego w świetle obowiązujących przepisów prawa oraz oceny zgłoszonych w odwołaniu zarzutów, wniosków i ustosunkować się do nich w decyzji.

W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie strona zaskarżyła w całości decyzję organu odwoławczego, wniosła o uchylenie w całości zaskarżonej i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz o umorzenie postępowania w sprawie, z uwagi na przedawnienie spornych zobowiązań podatkowych. Ewentualnie uchylenie w całości zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji. Wniosła o zasądzenie kosztów postępowania sądowego według norm prawem przepisanych oraz rozpoznanie sprawy na rozprawie.

Zarzuciła naruszenie art. 7 Konstytucji RP, art. 70 §1, art. 120, art. 121 §1, art. 122, art. 123 §1, art. 124, art. 127, art. 187 §1, art. 191, art. 210 §1 pkt 6 w zw. z § 4, art. 200 §1, art. 233 §1 pkt 2 lit. a) oraz art. 233 §2 o.p., co doprowadziło również do naruszenia przepisów prawa materialnego: art. 88 ust. 3a pkt 4 lit a) oraz art. 108 ust. 1 u.p.t.u.

W treści skargi rozwinięto zarzuty. Zakwestionowano skuteczność zawieszenia biegu terminu przedawnienia w niniejszej sprawie. Podniesiono, że wszczęcie i prowadzenie postępowania karnego skarbowego bez ostatecznych rozstrzygnięć podatkowych było bezcelowe. Wszczęcie tego postępowania miało na celu tylko i wyłącznie zawieszenie biegu terminu przedawnienia, a nie realizację celów przypisanych mu na mocy art. 114 Kodeksu karnego skarbowego (s. 5-9 skargi).

Ponadto organ odwoławczy wskazał, że protokół z badania ksiąg z 2 lutego 2021 r. nie zawiera w swej treści ustaleń na okoliczność stwierdzonej nierzetelności rejestrów VAT w zakresie podatku należnego. W ocenie strony taka okoliczność nie spełnia dyspozycji normy prawnej z art. 233 §2 o.p., gdyż naruszenie przepisów prawa procesowego nie jest podstawą do uchylenia decyzji organu I instancji w tym trybie.

Nie jest prawidłowe zalecenie uzupełnienia materiału dowodowego poprzez zobowiązanie organu I instancji do wydania drugiego protokołu z badania ksiąg. Organ odwoławczy nie wskazał, o jakie elementy należy uzupełnić materiał dowodowy w sprawie, jakie okoliczności organ I instancji zobowiązany jest wziąć pod uwagę i w jaki sposób przeprowadzić ponownie sprawę. W ten sposób organ odwoławczy naruszył art. 233 §2 oraz art. 210 §1 pkt 6 i §4 o.p.

Stosując art. 233 §2 o.p. organ odwoławczy musi w uzasadnieniu decyzji kasacyjnej przekonująco wykazać istnienie przesłanek w nim wymienionych oraz wskazać, z jakich przyczyn nie zastosował art. 229 o.p. W uzasadnieniu zaskarżonej decyzji brak jest takich elementów. W żaden sposób nie wskazano, w jakim stopniu organ I instancji nie przeprowadził postępowania dowodowego, jakich dowodów nie przeprowadził czy też jaka okoliczność w sprawie nie została w sposób dostateczny udowodniona (s. 10 skargi).

Naruszono również art. 122, art. 127, art. 187 §1, art. 191 oraz art. art. 210 §1 pkt 6 i §4 o.p. Powołano w tym zakresie wyrok z 7 października 2011 r., sygn. akt I FSK 1361/10, wyrok WSA w Szczecinie z 12 stycznia 2005 r., sygn. akt SA/Sz 2273/03 wskazując, że organ odwoławczy w żaden sposób nie odniósł się do meritum sprawy. Nie dokonał żadnej oceny ustalonego stanu faktycznego, nie odniósł się do zarzutów odwołania. Organy podatkowe oparły się na niepełnym materiale dowodowym. Powyższe niewątpliwie narusza art. 233 §2 o.p. oraz art. 233 §1 pkt 2 lit. a) o.p. Organ odwoławczy nie zawiadomił też strony o wyznaczeniu siedmiodniowego terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego, czym naruszył art. 200 §1 oraz art. 123 §1 o.p., które miało istotny wpływ na wynik sprawy (s. 15-18).

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie i rozpoznanie sprawy w trybie uproszczonym, a także przeprowadzenie dowodu z wniosku o wszczęcie postępowania przygotowawczego z 1 października 2019 r. na podstawie art. 106 §3 ustawy - Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi. Podtrzymał stanowisko wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonej decyzji. Wskazał, że wobec zarzutów skargi wniosek dowodowy wykazuje, że na moment wszczęcia postępowania karnego skarbowego możliwa była ocena, czy postępowanie spółki nosiło znamiona czynu zabronionego - posłużenie się m.in. nierzetelną fakturą.

Pismem procesowym z 29 listopada 2021 r. NUS wniósł o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dołączonych dokumentów co do skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia (k. 44-91):

1) postanowienia NUS o wszczęciu dochodzenia z 11 września 2018 r., [...],

2) postanowienia NUS o wszczęciu śledztwa z 4 grudnia 2018 r. [...],

3) postanowienia NUS z 4 grudnia 2018 r., [...] o przedstawieniu zarzutów B. W.,

4) postanowienia NUS o zawieszeniu śledztwa z 18 czerwca 2019 r., [...], [...],

5) postanowienia NUS o wszczęciu dochodzenia z dnia 31 października 2019 r., [...],

6) postanowienia NUS z 21 listopada 2019 r., [...] o przedstawieniu zarzutów B. W.,

7) wezwania NUS z 21 listopada 2019 r., [...] skierowanego do B. W. do osobistego stawiennictwa w prowadzonym dochodzeniu w sprawie o przestępstwo skarbowe określone w art. 56 §2 i inne Kodeksu karnego skarbowego,

8) pisma z 29 listopada 2019 r., znak: [...], przy którym Drugi Dział Kontroli Celno-Skarbowej i Postępowania Podatkowego przekazał materiały z kontroli celno-skarbowej nr [...],

9) ponowionego wezwania NUS z 11 grudnia 2019 r., [...],[ ...]skierowanego do B. W. do osobistego stawiennictwa w prowadzonym dochodzeniu w sprawie o przestępstwo skarbowe określone w art. 56 §2 i inne Kodeksu karnego skarbowego,

10) wniosku NUS z 20 grudnia 2019 r., [...] o zatrzymanie i przymusowe doprowadzenie podejrzanego B. W. skierowanego do Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E.,

11) postanowienia Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E. z 20 grudnia 2019 r., [...] o zatrzymaniu i przymusowym doprowadzeniu podejrzanego B. W.,

12) notatki służbowej sporządzonej przez funkcjonariusza z Warmińsko - Mazurskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Olsztynie z 23 grudnia 2019 r.,

13) protokołu przesłuchania podejrzanego B. W. z 2 stycznia 2020 r., [...],

14) uzasadnienia postanowienia z 21 listopada 2019 r. o przedstawieniu zarzutów B.W. z 8 stycznia 2020 r., [...] wraz ze zwrotnym potwierdzeniem odbioru,

15) postanowienia Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E. z 11 lutego 2020 r., [...] o połączeniu postępowań,

16) postanowienia Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E. z 11 lutego 2020 r., [...] o zawieszeniu śledztwa,

17) wniosku o ujawnienie mienia w sprawie B. W. w związku z przestępstwami z 4 lutego 2021 r.,

18) zapytanie dotyczące karalności B. W. z 6 lipca 2021 r.,

19) postanowienia Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E. z 2 sierpnia 2021 r., [...] dot. podjęcia zawieszonego śledztwa,

20) wniosku o udostępnienie danych z Bazy Ksiąg Wieczystych dot. B. W. z 2 września 2021 r.,

21) postanowienia NUS z 27 września 2021 r., [...], [...] o zmianie postanowienia o przedstawieniu zarzutów B. W.,

22) protokołu przesłuchania podejrzanego B. W. z 29 września 2021 r., [...],

23) uzasadnienia postanowienia z 27 września 2021 r., [...], [...] o zmianie postanowienia o przedstawieniu zarzutów B. W. z 11 października 2021 r.,

24) postanowienia NUS z 13 października 2021 r., [...], [...] o zamknięciu śledztwa,

25) aktu oskarżenia przeciwko B. W. z 26 października 2021 r., [...].

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie (WSA w Olsztynie) wyrokiem z 5 stycznia 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 637/21 uchylił zaskarżoną decyzję. Sąd zaznaczył, że w przypadku zaskarżenia do sądu administracyjnego decyzji kasacyjnej organu odwoławczego spór prawny powinien dotyczyć spełnienia i uzasadnienia przez organ odwoławczy przesłanek wynikających z art. 233 §2 o.p. a nie zastosowania prawa materialnego i związanych z tym obowiązków strony. Z przepisu art. 233 §2 o.p. zaś wynika, że organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. Przepis ten jest powiązany z art. 229 o.p., co z kolei oznacza, że w przypadku decyzji, o której mowa w art. 233 §2 o.p. organ odwoławczy musi stwierdzić, że po stronie organu pierwszej instancji i wydanej przez niego decyzji występują tak znaczące, istotne naruszenia przepisów postępowania dowodowego, nieuzasadnione jego zaniechanie w znacznej części lub całości, nieprzeprowadzenie postępowania dowodowego, że naprawienie tych błędów, braków, uchybień w postępowaniu odwoławczym przy wykorzystaniu instytucji uzupełniającego postępowania dowodowego, które może prowadzić organ odwoławczy, nie jest możliwe bez naruszenia zasady dwuinstancyjności postępowania podatkowego (art. 127 o.p.). nadto WSA w Olsztynie zważył, że decyzja kasacyjna przekazująca sprawę do ponownego rozpatrzenia, nie może być uznana za decyzję wydaną na niekorzyść strony, skoro nie zawiera rozstrzygnięcia merytorycznego.

W ocenie sądu brak formalnego stwierdzenia przez organ w rozpoznawanej sprawie nierzetelności prowadzenia ksiąg zgodnie z art. 193 §6 o.p. nie może mieć wpływu na wynik prowadzonego postępowania, w przypadku gdy z protokołu kontroli wynikały okoliczności kwestionowane przez organ, a strona nie została pozbawiona możliwości ustosunkowania się do tych ustaleń poprzez wniesienie zastrzeżeń. Sąd nie podzielił zatem poglądu, że organy podatkowe nie mogą uznać fikcyjnego charakteru transakcji bez jednoczesnego stwierdzenia nierzetelności ksiąg podatkowych, w których te transakcje były zaewidencjonowane. W rozpoznawanej sprawie nie doszło do formalnego podważenia prawidłowości prowadzonej przez stronę ewidencji w powyższym trybie. Organ natomiast sporządził protokół badania ksiąg z 2 lutego 2021 r., gdzie opisał stwierdzone w sierpniu 2014 r. nieprawidłowości w zakresie podatku naliczonego. A zatem z protokołu kontroli wynikały okoliczności kwestionowane przez organ, a strona nie została pozbawiona możliwości ustosunkowania się do tych ustaleń poprzez wniesienie zastrzeżeń. Sąd podał, że w sprawie organ odwoławczy wydał decyzję kasacyjną, z uwagi na naruszenie przepisów procesowych. Organ odwoławczy wskazał, że protokół z badania ksiąg z dnia 2 lutego 2021 r. nie zawiera w swej treści ustaleń na okoliczność stwierdzonej nierzetelności rejestrów VAT w zakresie podatku należnego, która w ocenie sądu nie spełnia dyspozycji normy prawnej z art. 233 §2 o.p. Pozostałe zarzuty skargi w ocenie sądu nie zasługiwały na uwzględnienie. Sąd nie może uchylić w całości zaskarżonej i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz orzec o umorzeniu postępowania.

Nadto na rozprawie w dniu 5 stycznia 2022 r. sąd postanowił oddalić wniosek dowodowy zawarty w piśmie procesowym z 29 listopada 2021 r., w którym NUS wniósł o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z dołączonych dokumentów co do skuteczności zawieszenia biegu terminu przedawnienia (k. 44-91), jako nie spełniający wymogów formalnych i merytorycznych.

Od wskazanego powyżej wyroku spółka wywiodła skargę kasacyjną wskutek której Naczelny Sąd Administracyjny (NSA) wyrokiem z 25 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 526/22 uchylił zaskarżony wyrok w całości i przekazał WSA Olsztynie sprawę do ponownego rozpoznania. Z uzasadnienia wyroku NSA wynika, że nie wszystkie zarzuty skargi kasacyjnej zostały uwzględnione. Rozpoznając sprawę w granicach skargi kasacyjnej (z urzędu biorąc pod rozwagę tylko nieważność postępowania) NSA stwierdził, że sąd pierwszej instancji nie odniósł się w wyroku do zarzutu przedawnienia zobowiązań podatkowych, co stanowiło o naruszeniu art. 141 §4 w zw. z art. 134 §1 p.p.s.a. w zw. z art. art. 70 §1 o.p. i art. 70 §6 pkt 1 o.p. Powyższe było obowiązkiem WSA w Olsztynie, tym bardziej, że w skardze do tego sądu spółka sformułowała w tym zakresie zarzuty.

NSA podniósł, że procedowanie w kierunku określenia zobowiązań podatkowych nie jest zasadne, jeżeli zobowiązania te wygasały na skutek przedawnienia. Wówczas postępowanie podatkowe staje się bezprzedmiotowe i jako takie ulegać powinno umorzeniu (art. 208 §1, art. 233 §1 pkt 2 lit. a) in fine o.p.). Stwierdzenie przez organ odwoławczy przedawnienia zobowiązania podatkowego niewątpliwie wyklucza merytoryczne badanie zasadności wymiaru czy też dochowanie reguł proceduralnych jego dokonania. Sąd drugiej instancji zwrócił uwagę, że takiemu zapatrywaniu wyraz dał w zaskarżonej decyzji organ podatkowy, który niezależnie od dostrzeżonych mankamentów o charakterze procesowych w obszernym zakresie odniósł się do kwestii zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych, a w tym ocenił, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało instrumentalnego charakteru.

NSA wskazał, że rozpoznając ponownie sprawę, obowiązkiem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Olsztynie będzie wszechstronne zbadanie zarzutu przedawniania zobowiązań podatkowych.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje:

Sąd administracyjny bada legalność zaskarżonej decyzji, jej zgodność z prawem materialnym, określającym prawa i obowiązki stron, oraz z prawem procesowym, regulującym postępowanie przed organami administracji publicznej. Decyzja podlega uchyleniu, jeśli sąd stwierdzi naruszenie prawa materialnego w stopniu mającym wpływ na wynik sprawy, naruszenie prawa dające podstawę do wznowienia postępowania lub inne naruszenie przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy, o czym stanowi art. 145 § 1 pkt 1 lit. a - c ustawy z 30 sierpnia 2002 r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2024 r. poz. 935, ze zm.), dalej jako: "p.p.s.a.".

Uwzględniając zapadły w niniejszej sprawie wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 28 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 526/22, sąd ma ponadto na uwadze, że zgodnie z art 190 p.p.s.a. przy ponownym rozpoznawaniu danej sprawy jest on związany wykładnią dokonaną przez NSA zarówno w zakresie prawa materialnego, jak i przepisów postępowania, przy czym ocena ustaleń faktycznych jest pochodną oceny wykładni (a w konsekwencji zastosowania) przepisów postępowania. W tym sensie orzeczenie wiąże sąd I instancji przy ponownym rozpoznawaniu sprawy (por. wyrok NSA z 20 października 2020 r., sygn. akt II FSK 3130/19).

Istota sporu w niniejszej sprawie sprowadza się do tego, czy organ odwoławczy miał prawo w oparciu o dostrzeżone nieprawidłowości (czyli brak formalnego stwierdzenia przez organ w protokole badania ksiąg podatkowych nierzetelności ich prowadzenia, zgodnie z art. 193 §6 i §8 o.p.) do uchylenia w całości decyzji organu I instancji w trybie art. 233 §2 o.p. i przekazania sprawy do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, z uwagi na to, że rozstrzygnięcie sprawy wymagało uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w znacznej części. W kontekście jednocześnie wyroku kasacyjnego sporne jest też to, czy nie doszło do przedawnienia spornych zaległości podatkowych spółki objętych zaskarżoną decyzją.

Zgodnie z art. 233 §2 o.p. organ odwoławczy może uchylić w całości decyzję organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy. Przepis ten jest powiązany z art. 229 o.p., w myśl którego organ odwoławczy może przeprowadzić, na żądanie strony lub z urzędu, dodatkowe postępowanie w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie albo zlecić przeprowadzenie tego postępowania organowi, który wydał decyzję.

W pierwszej kolejności zgodzić się należy z argumentacją WSA w Olsztynie (który odwołał się do wyroku NSA z 19 grudnia 2019 r., sygn. akt I FSK 1409/17) zaprezentowaną w wyroku z 5 stycznia 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 637/21 (a którą NSA w wyroku kasacyjnym zaakceptował), że brak formalnego stwierdzenia przez organ nierzetelności prowadzenia ksiąg podatkowych, zgodnie z art. 193 §6 o.p. nie może mieć wpływu na wynik prowadzonego postępowania w przypadku, gdy z protokołu kontroli wynikały okoliczności kwestionowane przez organ, a strona nie została pozbawiona możliwości ustosunkowania się do tych ustaleń poprzez wniesienie zastrzeżeń (też nowsze orzecznictwo: wyrok NSA 26 stycznia 2023 r., sygn. akt I FSK 1873/18 czy też wyrok WSA w Krakowie w wyroku z 26 stycznia 2022 r., sygn. akt I SA/Kr 1211/21). Sąd kasacyjny zauważył też, że w tym zakresie został uwzględniony zarzut sformułowany przez spółkę w skardze. W efekcie tego zanegowane zostało zapatrywanie organu odwoławczego o zasadności uchylenia decyzji organu I instancji i przekazania sprawy do ponownego rozpoznania przez ten organ.

Jednocześnie tut. sąd, będąc związany zaleceniami zawartymi w rozstrzygnięciu kasacyjnym zobligowany był (co nie miało miejsca na wcześniejszym etapie) do wszechstronnego zbadania zarzutu przedawniania zobowiązań podatkowych. Tym bardziej, że jak zauważył Naczelny Sąd Administracyjny spółka w skardze taki zarzut sformułowała.

Mając na uwadze przedmiotowe zalecenie sądu kasacyjnego na wstępie należy zauważyć, że tut. sąd uwzględnił wniosek dowodowy organu odwoławczego zawarty w piśmie procesowym z 29 listopada 2021 r. o przeprowadzenie dowodu uzupełniającego z 25 dokumentów na okoliczność właśnie przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją i instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego-skarbowego w przedmiotowej sprawie (k. 48-49 akt sądowych). Należy przy tym odnotować stanowisko obecne w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego (m.in. wyrok NSA z 24 kwietnia 2024 r., sygn. akt I FSK 457/21), ukształtowane po podjęciu uchwały składu 7 sędziów z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, że ocena, czy może zachodzić podejrzenie o instrumentalne wykorzystanie instytucji zawieszenia biegu terminu przedawnienia należy do sądu I instancji, który kontroluje zaskarżoną decyzję. I co istotne (jak zauważył NSA) sąd dokonuje takiej kontroli z uwzględnieniem art. 133 p.p.s.a., czyli na podstawie akt sprawy, to jest akt sądowych, w tym z uwzględnieniem dowodów przeprowadzonych w trybie art. 106 §3 p.p.s.a. oraz akt administracyjnych. I nawet sam brak ustosunkowania się organu w zaskarżonej decyzji (co w tej sprawie nie miało miejsca, gdyż jak zauważył sąd kasacyjny organ odwoławczy w obszernym zakresie odniósł się do kwestii zawieszenia biegu przedawnienia zobowiązań podatkowych, w tym oceniając, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało instrumentalnego charakteru) do problematyki instrumentalizacji wszczęcia postępowania karnego skarbowego - nie może być samoistnym powodem uchylenia decyzji organu (por. wyroki NSA: z 31 marca 2022 r., sygn. akt I FSK 2268/21, z 7 lipca 2023 r., sygn. akt I FSK 491/23 oraz z 27 października 2023 r. sygn. akt I FSK 1454/23).

Uwzględniając powyższe, w szczególności przedłożone we wniosku dowodowym przez organ II instancji dokumenty w ocenie sądu trudno zaakceptować zarzuty sformułowane w tym zakresie w skardze (dotyczących przedawnienia, a przede wszystkim instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego-skarbowego) w odniesieniu do zobowiązań podatkowych ciążących na spółce a wynikających z faktu: (-) zawyżenia w sierpniu 2014 r. podatku naliczonego o kwotę 169.050,00 zł wynikającą z faktury VAT wystawionej 14 sierpnia 2014 r. nr [...] mającej dokumentować zakup usługi (budowa i montaż systemu [...]), która jak ustaliły organy podatkowe nie została dokonana przez podmiot na niej wskazany jako wystawca faktury tj. firmę A., (-) zawyżenia w sierpniu 2014 r. podatku naliczonego o kwotę 56.998,60 zł wynikającą z faktury VAT wystawionej 31 lipca 2014 r. nr [...] mającej dokumentować zakup przewodów elektrycznych, które jak ustaliły organy podatkowe nie mogły zostać sprzedane przez podmiot na niej wskazany jako wystawca faktury tj. W. W. Za takim stanowiskiem przemawiają następujące okoliczności sprawy:

- w dniu 31 października 2019 r. (na wniosek o wszczęcie postępowania przygotowawczego z 1 października 2019 r.) wszczęte zostało dochodzenie karne skarbowe dotyczące zobowiązań spółki za 2014 r. (z uwagi na uzasadnione podejrzenie popełnienie przestępstwa skarbowego z art. 56 §2 w zb. z art. 62 §2a w zw. z art. 61 §1 w zw. z art. 7 §1 k.k.s.). Nastąpiło to zatem w okresie, w którym nie wystąpiło jeszcze przedawnienie ich karalności, tj. przed 31 grudnia 2019 r. W myśl bowiem art. 70 §1 o.p. zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku. Jednocześnie przed upływem ww. terminu przedawnienia strona został zawiadomiona (pismo z 12 listopada 2019 r. doręczonym w dniu 26 listopada 2019 r.) o jego wszczęciu, wskazując że z dniem 31 października 2019 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku VAT za okres od sierpnia do października 2014 r. Spełniony został zatem warunek skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia na podstawie art. 70 §6 pkt 1 o.p. (Bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego nie rozpoczyna się, a rozpoczęty ulega zawieszeniu, z dniem: (1) wszczęcia postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, o którym podatnik został zawiadomiony, jeżeli podejrzenie popełnienia przestępstwa lub wykroczenia wiąże się z niewykonaniem tego zobowiązania). Zagwarantowano zatem skarżącej wiedzę o tym zdarzeniu, które kształtowało jej sytuację prawno-podatkową i jednocześnie spełnione zostały przesłanki, o których jest mowa ww. przepisie;

- w dniu 28 listopada 2019 r. (czyli w bardzo krótkim okresie czasu od wszczęcia dochodzenia) wydane zostało postanowienie o przedstawieniu B. W. (osobie odpowiedzialnej za sprawy gospodarcze i finansowe spółki) zarzutów. Z uwagi na to, że nie stawiał się on na wezwania organu z 3 i 11 grudnia 2019 r., celem ogłoszenia ww. postanowienia o przedstawieniu zarzutów podejrzanemu zwrócono się z wnioskiem z 20 grudnia 2019 r. do Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E. o jego zatrzymanie i przymusowe doprowadzenie. Stosowny dokument w tym przedmiocie został wydany w dniu 20 grudnia 2019 r. To zaś umożliwiło w dniu 2 stycznia 2020 r. ogłoszenie podejrzanemu postanowienia o przedstawieniu zarzutów. W tym samym dniu B. W. został też przesłuchany w charakterze podejrzanego. Postępowanie przeszło zatem z fazy in rem w fazę ad personam. A jak zauważył NSA w wyroku z 19 lipca 2024 r., sygn. akt I FSK 1178/22, czynność przedstawienia zarzutów świadczy o tym, że postępowanie zostało wszczęte w celu wykrycia i ukarania sprawcy przestępstwa, a nie służyło wyłącznie zawieszeniu biegu terminu zobowiązania podatkowego;

- z przedłożonych przez NUS dokumentów (w ramach wniosku dowodowego) wynika ponadto, że w dniu 26 października 2021 r. wniesiony został przeciwko B. W. akt oskarżenia (obejmujący swym zakresem lata 2013-2014, gdyż postanowieniem z 11 lutego 2020 r. Prokurator połączył oba postępowania z uwagi na ich łączność podmiotowo-przedmiotową w jedno) co pokazuje, że niezależny od organu podatkowego podmiot jakim jest Prokurator zaakceptował poczynione w sprawie dotyczącej 2014 r. ustalenia organu podatkowego prowadzącego przedmiotowe dochodzenie (pod jego nadzorem);

- wbrew twierdzeniu strony (odwołującej się m.in. do art. 7 Konstytucji RP, w myśl którego organy władzy publicznej działają na podstawie i w granicach prawa oraz art. 121 o.p. i wynikającej z niego zasady działania w zaufaniu do organów podatkowych), że w dacie wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie była możliwa ocena, czy w ogóle wystąpiły w sprawie obowiązkowe znamiona czynu zabronionego a tym samym, że art. 70 §6 pkt 1 o.p. został zastosowany instrumentalnie a jego wykorzystanie nastąpiło z naruszeniem przedmiotowej zasady), w ocenie sądu NUS miał prawo wszcząć dochodzenie w przedmiotowej sprawie w dniu 31 października 2019 r. Choć strona twierdzi, że na dzień wszczęcia postępowania nie było do tego podstaw. Zauważa przy tym, że postępowanie karne skarbowe (wszczęte 31 października 2019 r.) zostało wszczęte w toku prowadzonej kontroli celno-skarbowej (rozpoczętej 13 lipca 2018 r. a zakończonej w dniu 20 lipca 2020 r. kiedy doręczone zostały wynik kontroli celno-skarbowej), to jest w momencie, w którym organy nie dość, że nie dysponowały żadną decyzją wymiarową (decyzja I instancyjna została wydana 26 kwietnia 2021 r. zaś odwoławcza w dniu 13 lipca 2021 r.) w zakresie objętym tym postępowaniem, choćby nieostateczną, to nie dysponowały nawet wynikiem kontroli celno-skarbowej czy też protokołem z badania ksiąg. W dacie wszczęcia postępowania karnego skarbowego nie było zatem (w jej ocenie) żadnych przesłanek procesowych, które byłyby podstawą do twierdzenia, że w związku z działaniem skarżącego zaistniała możliwość popełnienia czynu wyczerpującego znamiona przestępstwa, bowiem ocena odpowiedzialności karnej za przestępstwo skarbowe oraz określenie znamion czynu zabronionego wiąże się z ustaleniami dotyczącymi zobowiązań podatkowych, których ostateczna wysokość określona zostaje dopiero prawomocną decyzją podatkową. Jednocześnie odwołując się do struktury normatywnej art. 33 §2 o.p. strona wskazała, że najpierw należy stwierdzić w postępowaniu wymiarowym istnienie zobowiązania podatkowego, następnie ustalić, że nie zostało ono wykonane, dalej - ustalić, że niewykonanie wiąże się z podejrzeniem popełnienia przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego, i na tej podstawie dopiero wszcząć postępowanie karne skarbowe. Te okoliczności pod warunkiem, że zaistnieją w takiej jak podana wyżej kolejności, prowadzą do rezultatu opisanego w dyspozycji normy art. 70 §6 pkt 1 o.p. (zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego). Przedmiotowe stanowisko jest błędne. Odwołać się bowiem należy do treści wniosku o wszczęcie postępowania przygotowawczego, z którego jasno wynika (biorąc pod uwagę, co istotne także ustalenia kontroli celno-skarbowej wszczętej przecież 1,5 roku przed terminem przedawnienia, tj. przed 31 grudnia 2019 r.), że były podstawy do wszczęcia przedmiotowego dochodzenia dotyczącego zakwestionowanych faktur z 2014 r. a wystawionych przez firmę A. i W. W. Ponadto, w przypadku zakwestionowanej faktury wystawionej przez ww. firmę ustalenia zostały poczynione m. in. na podstawie ustaleń dokonanych w tym zakresie przez NUS w N. (zawartych w decyzji z 10 grudnia 2015 r.), która została podtrzymana przez organ II instancji (decyzja DIS w Olsztynie z 10 maja 2016 r.) oraz przez WSA w Olsztynie (prawomocny wyrok z 12 października 2016 r., sygn. akt I SA/OI 576/16). Należy też pamiętać, że organ wszczynający dochodzenie (śledztwo) i je prowadzący może dysponować również innym materiałem dowodowym (własnym) niż ten przekazany przez organ podatkowy wnioskujący (jak w tym przypadku) o wszczęcie postępowania przygotowawczego. Ponadto działają one w sposób niezależny od siebie i niezwiązany innymi postępowaniami. Gromadzą też własny materiał dowodowy (ustalając na jego podstawie stan faktyczny konkretnej sprawy). Dlatego też oczywistym jest (jak słusznie podniósł organ II instancji w odpowiedzi na skargę), że dowody zgromadzone w jednym postępowaniu mogą być pomocne w drugim postępowaniu lub stanowić podstawę jego wszczęcia (co miało miejsce w przedmiotowej sprawie). Dlatego też, nie bez znaczenie jest to (co również zauważył organ odwoławczy), że równolegle organ dochodzeniowy prowadził pod nadzorem Prokuratury Rejonowej w E. śledztwo (wszczęte w dniu 4 grudnia 2018 r. w następstwie wszczętego przez NUS dochodzenia w dniu 11 września 2018 r.) przeciwko B. W. z związku z nieprawidłowościami w podatku VAT za okres od maja do września 2013 r. (gdzie zgromadził także materiał dowodowy), tj. o przestępstwo skarbowe określone w art. 56 §2 i inne Kodeksu karnego skarbowego dotyczące działalności spółki (gdzie również przedstawiono mu zarzuty w dniu 4 grudnia 2018 r.). Jak już zauważono też wcześniej, z uwagi na łączność podmiotowo-przedmiotową obu postępowań (dot. 2013 r. i 2014 r.) ww. Prokurator postanowieniami z dnia 11 lutego 2020 r. połączył przedmiotowe postępowania i zarządził dalsze ich procedowanie pod jedną sygnaturą. Istotne jest również to, że zgromadzony w toku postępowania karnego skarbowego materiał dowodowy - niezależnie od tego, że w momencie jego wszczęcia organ podatkowy jeszcze nie wydał wyniku kontroli (co eksponuje strona) - pozwolił przecież na wydanie postanowienia o przedstawienie B. W. zarzutów w dniu 21 listopada 2019 r. (co zostało zaakceptowane przez zewnętrzny podmiot, tj. Prokuratora Prokuratury Rejonowej w E., który z uwagi na niestawiennictwo strony, który unikał kontaktu z organem, a ten ocenił to jako dążenie do przedawnienia zobowiązań objętych zakresem kontroli) na wezwanie NUS wydał w dniu 20 grudnia 2019 r. – umożliwiające osobiste przedstawienie zarzutów w dniu 2 stycznia 2020 r. – postanowienie o zatrzymaniu i przymusowym doprowadzeniu podejrzanego). Trudno zatem uznać, że na moment wszczęcia postępowania karnego skarbowego w przedmiotowej sprawie nie było ku temu podstaw (wbrew twierdzeniom strony). Zgodzić się należy zatem z organem odwoławczym, że (odnośnie zakwestionowanych faktur z 2014 r. wystawionych przez firmę A. i W. W. możliwa była ocena, czy postępowanie strony nosiło znamiona czynu zabronionego (posłużenie się m.in. nierzetelnymi fakturami). Tym samym trudno uznać za zasadny zarzut o instrumentalnym traktowaniu przez organy podatkowe art. 70 §6 pkt 1 o.p.;

- poza wszczęciem w sprawie dochodzenia organ dochodzeniowy podjął także inne czynności m.in. pozyskał i włączył materiały i dowody z kontroli celno-skarbowej wskazujące na popełnienie penalizowanych czynów, wystąpił z wnioskiem o ujawnienie mienia, skierował zapytanie o karalność podejrzanego;

- kontrola celno-skarbowa została wszczęta wobec spółki w dniu 13 lipca 2018 r., czyli na półtora roku przed okresem przedawnienia zobowiązań za 2014 r. i w jej trakcie gromadzony był stosowny materiał dowodowy.

Oceniając zatem w kontekście ww. rozważań przesłankę zawieszenia biegu terminu przedawnienia z art. 70 §6 pkt 1 o.p. trudno tutaj mówić o samym przedawnieniu, jak i instrumentalnym wykorzystaniu przez organ podatkowy postępowania karnego skarbowego. W szczególności gdy postępowanie to jest nadzorowane przez Prokuratora (akceptującego czynności dokonywane przez ten organ), zewnętrzny podmiot, instytucjonalnie niezwiązany z organem je prowadzącym. Ponadto ze względu na pozycję i kompetencję Prokuratora jako organu ochrony prawnej, pełniącego przecież szczególną rolę w postępowaniu karnym (w tym karnym skarbowym), sprowadzającą się również do oceny zasadności, sprawności i prawidłowości przebiegu postępowania, nie sposób przyjąć, by miał on uczestniczyć czy też się przyczyniać do pozorowanego czy instrumentalnego prowadzenia sprawy karnej skarbowej, wyłącznie dla potrzeb wstrzymania biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Jednocześnie (w przeciwieństwie do zobowiązań podatkowych ciążących na spółce a opisanych powyżej) sąd nie był w stanie zweryfikować i odnieść się do kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego (co stanowiło kolejny argument za uchyleniem przedmiotowej decyzji), w tym do oceny, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało instrumentalnego charakteru (choć jak już podniesiono wcześniej może to zrobić z urzędu, jeśli zgormadzony materiał dowodowy na to zezwala, a organ odniósł się do tej kwestii w przyjętym rozstrzygnięciu), o której mówił sąd kasacyjny – wynikającego (jak ustaliły organy podatkowe) z zawyżenia w sierpniu 2014 r. podatku należnego o kwotę 279.796,00 zł w związku z rozliczeniem nierzetelnej faktury VAT nr [...] z 4 sierpnia 2014 r. wystawionej przez stronę na rzecz firmy W. W. w zakresie dostawy (aparatury pomiarowej [...] do diagnostyki kabli WN), która zawyżała wartość dostawy o urządzenia, towary i usługi nie stanowiące części składowych tej aparatury, a tym samym nie odzwierciedlała rzeczywistej wartości sprzedanego urządzenia. W konsekwencji stwierdzono, że kwestionowana faktura nie dokumentuje w tej części dostawy urządzenia, a w związku z tym nie podlega wykazaniu w deklaracji VAT-7, a wykazany na niej podatek podlega zapłacie na podstawie art. 108 ust. 1 i 2 ustawy o VAT. Zauważyć bowiem należy, że zarówno: (-) wniosek o wszczęcie postępowania przygotowawczego z 1 października 2019 r., (-) postanowienie o wszczęciu dochodzenia z 31 października 2019 r., (-) postanowienie o przedstawieniu zarzutów z 28 listopada 2019 r. wraz z jego uzasadnieniem z 8 stycznia 2020 r., (-) wniosek o zatrzymanie i przymusowe doprowadzenie z 20 grudnia 2019 r., (-) postanowienie o zmianie postanowienia o przedstawieniu zarzutów z 27 września 2021 r. wraz z uzasadnieniem z 11 października 2021 r., czy w końcu (-) akt oskarżenia z 26 października 2021 r. nie obejmuje swoim zakresem zakwestionowanej faktury wystawionej przez stronę.

Przy czym należy zauważyć (odwołując się do treści wyroku NSA z 6 grudnia 2023 r., sygn. akt I FSK 2084/19), że jego orzecznictwo rozważało już kwestię relacji pomiędzy art. 70 §6 pkt 1 o.p. oraz art. 108 ustawy o VAT. Wyrokiem z 24 stycznia 2023 r., sygn. akt I FSK 2316/18 Naczelny Sąd Administracyjny wskazał, że wszczęte postępowanie karnoskarbowe zawiesza bieg terminu przedawnienia również należnego za dany miesiąc zobowiązania podatkowego wynikającego z art. 108 ust. 1 ustawy o VAT. Powołując się na inne wyroki w analogicznych sprawach, NSA w powołanym orzeczeniu podkreślił, że stosownie do art. 21 §1 pkt 1 o.p. podatek VAT powstaje z chwilą zdarzenia, z którym ustawa wiąże powstanie zobowiązania. W podatkach zaś, w których wszystkie elementy zobowiązania są określone z mocy prawa, a samo zobowiązanie istnieje obiektywnie w wysokości wynikającej z przepisów prawa, niezależnie od tego, czy zostało zadeklarowane przez podatnika lub określone decyzją organu podatkowego, decyzja ma charakter deklaratoryjny tj. nie kreuje zobowiązania podatkowego, a jedynie potwierdza istnienie zobowiązania podatkowego powstałego już z mocy prawa, do wykonania którego podatnik był zobowiązany w terminach i w wysokości określonych przepisami prawa. Decyzja określająca wysokość zobowiązania jest niezbędna z punktu widzenia wymagalności roszczenia podatkowego, nie zaś w aspekcie istnienia stosunku prawnego tego rodzaju zobowiązania podatkowego. Dlatego też "niewykonanie zobowiązania", o jakim mowa w art. 70 §6 pkt 1 o.p. nie należy wiązać z niezapłaceniem konkretnej kwoty zobowiązania podatkowego, ale z istnieniem przesłanek do stwierdzenia, że podatnik nie zapłacił zobowiązania podatkowego w kwocie należnej w świetle obowiązujących przepisów prawa, a zatem zgodnej z wysokością zobowiązania podatkowego na mocy przepisów prawa materialnego. Wobec powyższego obowiązkiem organu odwoławczego będzie odniesienie się w tym zakresie do kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego, a w tym do oceny, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nie miało instrumentalnego charakteru. Tym bardziej, że jak zauważył WSA w Olsztynie w wyroku z 21 listopada 2024 r., sygn. akt I SA/Ol 387/24 (zaakceptowanym przez NSA w rozstrzygnięciu z 3 września 2025 r., sygn. akt I FSK 469/25) odwołując się do uchwały składu 7 sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 24 maja 2021 r., sygn. akt I FPS 1/21, że to przede wszystkim do organu należy wyjaśnienie (szczególnie w takiej sytuacji jak ta), czy na tle okoliczności danej sprawy podatkowej, związanych z bytem zobowiązania podatkowego, nie doszło do jego przedawnienia a wszczęcie postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe nie miało pozorowanego charakteru i nie służyło jedynie wstrzymaniu biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (tym bardziej, że nastąpiło tuż przed terminem przedawnienia tego zobowiązania, czyli 31 grudnia 2019 r.). Stwierdził też, że dokonanie takiej oceny powinno być przeprowadzone właśnie przez organ podatkowy, stosujący art. 70 §6 pkt 1 w zw. z art. 70c o.p. przy rozpatrywaniu sprawy podatkowej. W szczególności w sytuacji, kiedy dokonane rozstrzygnięcia takiego wyjaśnienia w tym właśnie zakresie nie zawiera. Taki tryb postępowania pozwoli również z jednej strony na przygotowanie się i pełne odniesienie się do przedmiotowej kwestii. Da również organowi możliwość uzupełnienia (jeśli tego wymaga) i przedłożenia stosownych dowodów (odnośnie czynności podejmowanych zarówno przed, jak i po wszczęciu postępowania karnego skarbowego, na które powołuje się przed tut. sądem NUS w piśmie procesowym/wniosku dowodowym z 29 listopada 2021 r.). Stronie zaś pozwoli na możliwość uczestniczenia czynnego w postępowaniu, odniesienia w ewentualnej skardze do wskazanej w tym zakresie argumentacji w dokonanym rozstrzygnięciu. Ponadto taka informacja jest konieczna, aby zagwarantować podatnikowi, że postępowanie podatkowe jest prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych, zgodnie z art. 121 §1 o.p. Zamieszczenie takiej informacji w decyzji umożliwi także dokonanie oceny prawidłowości zastosowania tej instytucji przez sąd administracyjny kontrolujący akt wydany przez organ podatkowy. I w końcu da możliwość stronie rozstrzygnięcia jej sprawy w dwuinstancyjnym postępowaniu sądowym. Tym bardziej, że rozstrzygnięcie o tym, czy w sprawie mieliśmy do czynienia z przedawnieniem czy też instrumentalnym wszczęciem postępowania karnego skarbowego może mieć doniosłe znaczenie dla jej wyniku w tym zakresie, albowiem zdecyduje o możliwości wydania decyzji wymiarowej albo spowoduje umorzenie tego postępowania.

Sąd będąc jednocześnie związany treścią wyroku kasacyjnego pozostawił poza sferą swojego zainteresowania pozostałe zarzuty skargi, gdyż na tym etapie odnoszenie się do nich byłoby przedwczesne.

W toku ponownego rozpoznania sprawy organ odniesie się do meritum odwołania, do czego zobligował WSA w Olsztynie w poprzednim wyroku z 5 stycznia 2022 r., sygn. akt I SA/Ol 637/21 (a co zostało zaakceptowane przez NSA w wyroku z 28 maja 2025 r., sygn. akt I FSK 526/22). Uwzględni ponadto rozważania i ocenę prawną tut. sądu dotyczącą kwestii przedawnienia ciążących na stronie zobowiązań podatkowych (w tym, w zakresie instrumentalnego wszczęcia postępowania karnego skarbowego), do której zbadania zobowiązał w wyroku kasacyjnym Naczelny Sąd Administracyjny. Mając powyższe na uwadze, sąd na podstawie art. 145 §1 pkt 1 lit. a i c p.p.s.a. uchylił zaskarżoną decyzję.

Wskazać trzeba również (na co zwrócił już uwagę sąd w uprzednim wyroku), że sąd nie może uchylić w całości zaskarżonej i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz orzec o umorzeniu postępowania. Należy bowiem zwrócić uwagę, że decyzja I instancyjna została uchylona przez organ odwoławczy. Przedmiotem zatem kognicji sądu w tej sprawie było zbadanie istnienia przesłanek wynikających z art. 233 §2 o.p., co sąd też uczynił a sąd kasacyjny nie zanegował. Konsekwencją zatem negatywnej oceny było uchylenie decyzji organu odwoławczego. To ten organ, badając merytorycznie sprawę oceni, czy istnieją przesłanki do umorzenia postępowania. Podejmie takie rozstrzygnięcie również wtedy, gdy bezprzedmiotowość wystąpiła w toku postępowania, także w trakcie postępowania odwoławczego. Moment powstania przesłanki bezprzedmiotowości nie ma znaczenia z uwagi na "nakaz umorzenia" wynikający z art. 208 §1 o.p. Jeżeli wystąpi bezprzedmiotowość, organ podatkowy musi umorzyć postępowanie. Decyzja taka ma wszelkie znamiona tzw. decyzji związanej. W art. 208 o.p. chodzi o każdą przyczynę powodującą brak jednego z elementów materialnego stosunku prawnego.

W związku z uwzględnieniem skargi, sąd na podstawie art. 200, art. 205 §2 i art. 209 p.p.s.a. zgodnie ze złożonym wnioskiem zasądził na rzecz skarżącej zwrot kosztów postępowania w wysokości 997,00 zł, w tym kwotę 500,00 zł tytułem uiszczonego w sprawie wpisu sądowego, kwotę 17,00 zł tytułem zwrotu kosztów opłaty skarbowej od pełnomocnictwa oraz kwotę 480,00 zł tytułem kosztów wynagrodzenia pełnomocnika, którego wysokość ustalono na podstawie §2 ust. 1 pkt 2 rozporządzenia Ministra Sprawiedliwości z 16 sierpnia 2018 r. w sprawie wynagrodzenia za czynności doradcy podatkowego w postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz.U. z 2018 r. poz. 1687 ).

Orzeczenia, których sygnatury przywołano w uzasadnieniu dostępne są na stronie internetowej orzeczeń sądów administracyjnych: http://orzeczenia.nsa.gov.pl.

jeszcze 4775 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo