Po ponownym rozpatrzeniu odwołania NUCS wydał zaskarżoną decyzję, w której powołując m.in. art. 233 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (t.j. Dz.U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.; dalej: "Op") uchylił w całości decyzję z 28 września 2020 r. i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez organ. W uzasadnieniu wskazał na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku VAT objętego niniejszym postępowaniem z uwagi na wniesienie skargi do sądu administracyjnego na decyzję dotyczącą tego zobowiązania. Wyjaśnił, że termin przedawnienia co do zasady upłynąłby 31 grudnia 2023 r., jednak zgodnie z art. 70 § 6 pkt 2 i art. 70 § 7 pkt 2 Op uległ zawieszeniu od 4 marca 2021 r. (data wniesienia skargi na decyzję NUCS z 20 stycznia 2021 r.) i biegnie dalej od 13 września 2025 r. (data doręczenia organowi odpisu wyroku NSA z 13 czerwca 2025 r.). Zatem, że wydanie decyzji w postępowaniu odwoławczym nastąpiło przed upływem terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.
W świetle oceny prawnej zawartej w ww. wyroku NSA organ doszedł do przekonania, że zgromadzony materiał dowodowy jest niewystarczający do jednoznacznego stwierdzenia czy w niniejszej sprawie doszło do oszustwa podatkowego bądź nadużycia prawa. NUCS za konieczne uznał ustalenie czy którykolwiek z kontrahentów strony uchylał się od zadeklarowania i zapłaty podatku VAT związanego z obrotem, czy występowały podmioty typu "znikający podatnik". Wskazał także na brak materiału dowodowego, który pozwoliłby na stwierdzenie, że w niniejszej sprawie doszło do nadużycia prawa. Zaznaczył przy tym, że oszustwo podatkowe należy odróżnić od nadużycia prawa, które zakłada realne zaistnienie zdarzeń gospodarczych, ale ukształtowanych w taki sposób aby umożliwić uzyskanie korzyści podatkowej, która nie byłaby należna w sytuacji ukształtowania tych zdarzeń w sposób właściwy w świetle przepisów prawa (art. 5 ust. 5 ustawy VAT). Zauważył, że dotychczas w sprawie nie wykazano aby strona działała z zamiarem uzyskania korzyści podatkowej sprzecznej z systemem VAT, a tym bardziej, że był to zasadniczy cel zawartych transakcji. Bez tych ustaleń jak wskazał NSA brak jest natomiast podstaw do kwestionowania rzetelności faktur przedstawionych przez skarżącą.
Jednocześnie NUCS założył, że w postępowaniu odwoławczym nie może przeprowadzić postępowania uzupełniającego w ww. zakresie, ponieważ zostałaby naruszona zasada dwuinstancyjności wyrażona w art. 127 Op. Podkreślił, że istotą tej zasady jest dwukrotne rozstrzygnięcie tej samej sprawy, zaś prawo podatnika do dwuinstancyjnego oznacza, że organ odwoławczy nie może zastępować w czynnościach postępowania oraz przy podejmowaniu decyzji organu I instancji. Polecił aby przy ponownym rozpatrzeniu sprawy organ uwzględnił ocenę prawną zawartą w wyroku NSA z 13 czerwca 2025 r. sygn. akt I FSK 456/22 i odniósł się do zarzutów odwołania.
W skardze wniesiono o uchylenie decyzji organu wydanych w obu instancjach oraz o zasądzenie kosztów postępowania. Zarzucono naruszenie w tej sprawie:
1. art. 153 oraz art. 170 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t.j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 z późn. zm., dalej: "ppsa") poprzez nieprawidłowe uznanie, że uzasadnienie wyroku NSA z 13 czerwca 2025 r. sygn. akt I FSK 456/22 zawierało zalecenia co do ponownego ustalenia stanu faktycznego i wyjaśnienia sprawy, co w konsekwencji doprowadziło do skierowania sprawy do ponownego rozpatrzenia przez organ zamiast umorzenia postępowania;
2. art. 233 § 2 Op poprzez zastosowanie i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia podczas gdy stan faktyczny sprawy jest ustalony i nie wymaga uzupełnienia o dodatkowe wyjaśnienia i dowody;
3. art. 233 § 1 pkt 2 lit.a Op poprzez brak zastosowania, czego skutkiem byłoby uchylenie decyzji organu I instancji i umorzenie postępowania w sprawie;
4. art. 121 Op poprzez działanie organu sprzeczne z zasadą wzbudzania zaufania do organów podatkowych.
W uzasadnieniu tych zarzutów podkreślono, że wydanie zaskarżonej decyzji jest sprzeczne z treścią uzasadnienia wyroku NSA, w którym nie wyrażono zastrzeżeń co do kompletności i zupełności materiału dowodowego zgromadzonego w niniejszej sprawie. Zauważono, że NSA nie zawarł wytycznych co do dalszego prowadzenia sprawy i nie nałożył na organ odwoławczy żadnych obowiązków względem wyjaśnienia stanu faktycznego, których uzupełnienie miałoby wpływ na ocenę stanu faktycznego sprawy. Wyrażono przy tym przypuszczenie, że gdyby NSA uznał za konieczne wyjaśnienie kwestii związanych z ewentualnym wyłudzeniem należności budżetowych, zadeklarowaniem i zapłatą podatku VAT oraz występowania podmiotu typu "znikający podatnik", to wprost sformułowałby takie zalecenia. Ponadto wskazano, że wydanie decyzji kasatoryjnej jest wyjątkiem od zasady merytorycznego rozpatrzenia sprawy podatkowej przez organ odwoławczy, nie jest zatem dopuszczalna wykładnia rozszerzająca art. 233 § 2 Op, a zastosowanie tej normy wymaga wyczerpującego uzasadnienia. Podano, że kluczową przesłankę dla wydania tego rodzaju decyzji jest stwierdzenie konieczności przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w części przed wydaniem rozstrzygnięcia. Oceniono, że przesłanka ta nie wystąpiła w niniejszej sprawie, gdyż ani NSA w wyroku z 13 czerwca 2025 r. ani wcześniej sąd pierwszej instancji w wyroku z 18 listopada 2021 r. nie dostrzegły potrzeby uzupełnienia materiału dowodowego. W tych okolicznościach zdaniem skarżącej organ powinien wydać decyzję w trybie art. 233 § 1 pkt 2 lit.a Op.
W odpowiedzi na skargę NUCS wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko w sprawie.
Na rozprawie w dniu 20 maja 2026 r. Sąd, na podstawie art. 111 § 2 ppsa połączył sprawy o sygn. akt I SA/Ol 49/26 i I SA/Ol 50/26 do wspólnego rozpoznania i odrębnego rozstrzygnięcia.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Olsztynie zważył, co następuje.
Dokonując kontroli zaskarżonej decyzji Sąd miał na względzie art. 134 § 1 ppsa, zgodnie z którym sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną (...). Zaskarżenie decyzji do sądu administracyjnego "oznacza, że przedmiotem postępowania sądowego jest sprawa administracyjna, w której wydano zaskarżony akt (...). W konsekwencji więc przedmiot i ramy postępowania sądowoadministracyjnego wyznacza stosunek administracyjnoprawny, badanie zaś konkretyzacji tego stosunku stanowi istotę postępowania sądowoadministracyjnego (...) Określenie oznacza, że sąd jest zobligowany do rozstrzygania w sprawie administracyjnej, której dotyczy skarga. Sprawę tę należy postrzegać w znaczeniu materialnym, wraz ze składającymi się na nią elementami podmiotowo-przedmiotowymi" (Metodyka pracy sędziego sądu administracyjnego" Bogusław Dauter Wolters Kluwer Warszawa 2018, str.349).
Sprawa rozpoznawana obecnie przez Sąd, a wcześniej przez organ podatkowy dotyczyła określenia zobowiązania podatkowego w podatku VAT za poszczególne miesiące 2018 r., co wyznaczało materialnoprawne granice sprawy, z zastrzeżeniem wynikającym z wiążącego organ odwoławczy przepisu art. 153 ppsa. Przyjęto w nim, że ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.
W tak przedstawionych okolicznościach Sąd poddał ocenie zasadność wydania przez organ odwoławczy decyzji kasatoryjnej na podstawie art. 233 § 2 Op. Przepis ten pozwala organowi odwoławczemu na uchylenie w całości decyzji organu pierwszej instancji i przekazanie sprawy do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, jeżeli rozstrzygnięcie sprawy wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przekazując sprawę, organ odwoławczy wskazuje okoliczności faktyczne, które należy zbadać przy ponownym rozpatrzeniu sprawy.
Skarżąca kwestionuje zasadność uchylenia decyzji organu I instancji i skierowanie jej do ponownego rozpatrzenia przez ten organ, po uchyleniu przez NSA wyroku tut. Sądu oraz poprzedniej decyzji odwoławczej. Jednak w ocenie Sądu, w świetle przytoczonych przepisów dopuszczalne było wydanie zaskarżonej decyzji.
Sprawa dotyczy bowiem podatku VAT za wskazane w decyzji miesiące 2018 r. Co do zasady, do upływu terminu przedawnienia tego zobowiązania organ może badać prawidłowość rozliczenia przez skarżącą tego podatku oraz może wydać decyzję w tej sprawie. Kwestia braku przedawnienia omawianego zobowiązania została przeanalizowana w zaskarżonej decyzji, w której wskazano na zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego w podatku VAT objętego decyzją z uwagi na wniesienie skargi do sądu administracyjnego. Do argumentacji organu Sąd nie ma zastrzeżeń i nie była ona kwestionowana w skardze.
Dopuszczalności wydania decyzji w sprawie zobowiązania w podatku VAT za określone miesiące 2018 r. nie ogranicza uchylenie przez NSA, wraz z wyrokiem tut. Sądu, poprzedniej decyzji odwoławczej. Zaś związanie oceną prawną zawartą w wyroku NSA należy odnieść do wyrażonej przez ten Sąd oceny dotychczas zebranych w sprawie dowodów pod kątem zastosowania art. 88 ust. 3a pkt 4 lit.a ustawy VAT oraz art. 108 ust. 1 tej ustawy. Z wyroku NSA wynika bowiem, że dotychczas zebrany materiał dowodowy nie pozwala na zastosowanie tych przepisów wobec skarżącej. NSA zwrócił przy tym uwagę na użycie, w uchylonej przez ten Sąd decyzji, sformułowań charakterystycznych dla rozstrzygnięć organów podatkowych opartych na koncepcji "karuzeli podatkowej". W tym kontekście NSA podkreślił brak ustaleń organu w zakresie przystającym do wskazanej koncepcji. NSA przypomniał, że postępowanie podatkowe ukierunkowane na zbadanie wystąpienia "karuzeli podatkowej" służy wykazaniu, że w łańcuchu transakcji występuje oszustwo podatkowe, bowiem istnieje podmiot niewywiązujący się z zobowiązań podatkowych.
Zdaniem Sądu rozpoznającego obecnie skargę z akt sprawy oraz z decyzji nie wynika, aby taki podmiot został wytypowany przez organ w rozpoznawanej sprawie. Analiza akt podatkowych oraz treść wydanych dotychczas decyzji wskazuje, że nie było prowadzone przez organ postępowanie dowodowe w celu weryfikacji istnienia "karuzeli podatkowej", w której skarżąca uczestniczyła świadomie lub chociażby w sposób nieświadomy. W sprawach dotyczących "karuzel podatkowych" postępowanie dowodowe polega w dużym stopniu na gromadzeniu materiałów dowodowych dotyczących kontrahentów strony (podatnika) bądź podmiotów uczestniczących w obrocie na innych etapach. W tym organ podatkowy m.in. wyjaśnia, czy podmioty te regulowały zobowiązania podatkowe, zwraca się do właściwych miejscowo i rzeczowo organów podatkowych o pomoc prawną w ustaleniu rzeczywistej działalności tych podmiotów, o dostęp do ich akt rejestrowych lub do akt prowadzonych postępowań podatkowych oraz o udostępnienie z nich wydanych decyzji, wyniku kontroli, kopii przesłuchań itp. Tak nie było w rozpoznawanej sprawie, w której, jak wynika z akt sprawy oraz treści dotychczasowych decyzji, organ I instancji ograniczył postępowanie podatkowe głównie do rozesłania do kontrahentów skarżącej zapytań o współpracę ze skarżącą i na ich odpowiedziach oparł uzasadnienie decyzji. Nie było zaś prowadzone postępowanie służące ustaleniu okoliczności kluczowych dla obrotu "karuzelowego", w tym m.in. nie badano, czy kontrahenci skarżącej i inni uczestnicy obrotu uchylali się od zadeklarowania i zapłaty podatku VAT związanego z obrotem, bądź czy występowały w sprawie podmioty typu "znikający podatnik". Wykazanie istnienia tego rodzaju przykładowo wymienionych okoliczności wskazujących na możliwość wystąpienia oszustwa podatkowego lub nadużycia prawa w podatku VAT otworzyłoby organowi drogę do oceny roli podatnika (skarżącej) i ewentualnego kwestionowania rzetelności faktur przedstawionych przez skarżącą do rozliczenia podatku VAT. W rozpoznawanej sprawie organ nie zakwestionował istnienia towaru, lecz wykluczył, aby wystawcy faktur dokonali rzeczywistych dostaw. Dopiero wykazanie przez organ, że istniała "karuzela podatkowa", w której uczestniczyły podmioty biorące udział w obrocie na innych etapach oraz określenie ewentualnej roli skarżącej w tym obrocie mogłoby dać podstawę do wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe, w której skarżąca zostałaby pozbawiona prawa do odliczenia podatku naliczonego ze spornych faktur. Zaś w razie niestwierdzenia takiej podstawy – obligowałoby organ do wydania decyzji umarzającej postępowanie podatkowe.
Zgodnie z przytoczonym już wyżej art. 233 § 2 Op organ odwoławczy może uchylić w całości decyzji organu pierwszej instancji i przekazać sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ tylko wówczas, gdy w znacznym stopniu należy przeprowadzić postępowanie dowodowe.
W rozpoznawanej sprawie nie było prowadzone postępowanie dowodowe w kierunku istnienia "karuzeli podatkowej" oraz podmiotów występujących na innych etapach obrotu i ewentualnego udziału w niej skarżącej. Organ nie weryfikował nikogo ani pod względem wywiązywania się z obowiązku deklarowania i uiszczania podatku VAT w związku z transakcjami dotyczącymi obrotu matami izolacyjnymi, ani pod względem prawidłowości uiszczania podatku w tym zakresie. Nie badał też roli poszczególnych wystawców faktur w kontekście ewentualnej "karuzeli podatkowej". Mając na uwadze to, że nie uległo przedawnieniu prawo organu do określenia zobowiązania podatkowego, organ nadal może, bez naruszenia wskazanych w skardze przepisów, podjąć czynności dowodowe służące zbadaniu, czy zaistniał proceder "karuzeli podatkowej", w której skarżąca mogła w jakiś sposób uczestniczyć.
W ocenie Sądu rozstrzygnięcie sprawy w tak przedstawionym zakresie wymaga uprzedniego przeprowadzenia postępowania dowodowego w całości lub w znacznej części. Przewidywany zakres postępowania dowodowego w wyżej opisanych granicach przekracza, zdaniem Sądu, uprawnienia organu odwoławczego wynikające z art. 229 Op, który pozwala organowi odwoławczemu na przeprowadzenie dodatkowego postępowania w celu uzupełnienia dowodów i materiałów w sprawie, ew. na zlecenie przeprowadzenia tego postępowania organowi, który wydał decyzję. Zaistniały zatem przesłanki do wydania przez organ odwoławczy decyzji kasatoryjnej, zaś przedwczesne byłoby uchylenie przez organ odwoławczy decyzji organu I instancji i umorzenie postępowania podatkowego, czego domaga się skarżąca na podstawie art. 233 § 1 pkt 2 lit.a Op.
W związku z powyższym niezasadne są zarzuty skargi w odniesieniu do zastosowania art. 233 § 2 Op zamiast art. 233 § 1 pkt 2 lit.a Op oraz art. 121 Op (zasada zaufania), jak też pozostałe zarzuty, dotyczące naruszenia przytoczonego wyżej art. 153 i art. 170 ppsa, zgodnie z którym orzeczenie prawomocne wiąże nie tylko strony i sąd, który je wydał, lecz również inne sądy i inne organy państwowe, a w przypadkach w ustawie przewidzianych także inne osoby.
Wiążący wyrok NSA o sygn. I FSK 456/22 zawiera ocenę prawną wskazującą na brak podstaw do kwestionowania rzetelności spornych faktur oraz nie zawiera wskazań co do dalszego postępowania podatkowego, niemniej jednak z wyroku nie wynika, aby było to niedopuszczalne. NSA nie stwierdził bowiem, że żaden kontrahent skarżącej nie uchylał się od zadeklarowania i zapłaty podatku VAT, lecz stwierdził, że okoliczności takie nie wynikają z ustaleń organów. Podobnie też NSA nie ocenił, że w badanym obrocie nie występowały podmioty typu "znikający podatnik", lecz wskazał, że nie wynika to z ustaleń organów (teza 8.3. uzasadnienia wyroku NSA).
Wskazywane w skardze stwierdzenie NSA, że istota sprawy została dostatecznie wyjaśniona, należy odnieść do art. 188 ppsa, zgodnie z którym Naczelny Sąd Administracyjny w razie uwzględnienia skargi kasacyjnej, uchylając zaskarżone orzeczenie, rozpoznaje skargę, jeżeli uzna, że istota sprawy jest dostatecznie wyjaśniona. W powyższym wiążącym wyroku NSA dostateczne wyjaśnienie sprawy polegało na uznaniu przez ten Sąd, że zebrane dotychczas dowody nie dawały podstawy do wydania decyzji na podstawie art. 88 ust. 3a pkt 4 lit.a ustawy VAT oraz do zastosowania art. 108 ust. 1 tej ustawy, co skutkowało uchyleniem przez NSA wyroku sądu I instancji na podstawie art. 188 ppsa oraz uchyleniem poprzedniej decyzji odwoławczej na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit.a i c ppsa (teza 10 uzasadnienia ww. wyroku NSA). Tak przyjęta przez NSA podstawa prawna uchylenia poprzedniej decyzji odwoławczej wskazuje nie tylko na naruszenie prawa materialnego (lit.a art. 145 § 1 pkt 1 ppsa), ale też na istotne dla wyniku sprawy naruszenie innych przepisów postępowania (lit.c art. 145 § 1 pkt 1 ppsa). Zdaniem Sądu w kontekście rozpoznawanej sprawy naruszeniem takim było wyrażenie przez organ w uchylonej przez NSA decyzji - oceny co do zastosowania wobec skarżącej art. 88 ust. 3a pkt 4 lit.a ustawy VAT oraz art. 108 ust. 1 tej ustawy bez umocowania w materiale dowodowym, co wynikało z błędnego wytyczenia granic prowadzonego postępowania dowodowego.
Wobec powyższego w ocenie Sądu organ odwoławczy mógł obecnie wydać decyzję kasatoryjną. Po przeprowadzeniu ponownie postępowania dowodowego przez organ I instancji materiał dowodowy będzie mógł zostać oceniony, w zależności od dokonanych ustaleń, albo jako dający podstawę do wydania decyzji określającej zobowiązanie podatkowe wraz z ewentualnym ustaleniem dodatkowego zobowiązania podatkowego albo jako podstawa do wydania decyzji umarzającej postępowanie podatkowe, jeżeli okaże się, że nie stwierdzono istnienia "karuzeli podatkowej" lub stwierdzono, lecz skarżącej nie można przypisać świadomego lub nieświadomego udziału w oszustwie podatkowym lub nadużyciu prawa podatkowego.
W tej sytuacji wszystkie zarzuty skargi okazały się niezasadne, co skutkowało jej oddaleniem na podstawie art. 151 ppsa.