Odnosząc się do przywołanego w odwołaniu wyroku Naczelnego Sądu Administracyjnego, o sygn. akt III FSK 188/21, w którym zaakceptowano możliwość częściowego zastosowania zwolnienia podatkowego do wysokości limitu de minimis i naliczenia podatku od czynności cywilnoprawnych jedynie od nadwyżki przekraczającej wykorzystany limit, organ odwoławczy uznał, że powyższe orzeczenia obowiązuje jedynie w danej sprawie, w której został wydany. W konsekwencji organ stwierdził, że z uwagi na brak możliwości zastosowania zwolnienia z art. 9 pkt 2 u.p.c.c., brak było podstaw do pozytywnego rozpatrzenia wniosku stron o zwrot nadpłaty.
2.1. W skardze do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu strony, reprezentowane przez doradcę podatkowego, zaskarżyły powyższą decyzję w całości, podtrzymując stanowisko, że podatek od czynności cywilnoprawnych według stawki 2% w kwocie 120 104 zł został pobrany nienależnie przez notariusza przy zawieraniu w dniu 19 lutego 2024 r. umowy sprzedaży gruntów, udokumentowanej aktem notarialnym Rep. A nr 3384/2024. W skardze zarzucono naruszenie prawa materialnego i procesowego, a mianowicie:
1) art. 2 i art. 7 Konstytucji RP poprzez naruszenie zasad legalizmu i demokratycznego państwa prawnego, poprzez bezpodstawne i nieuzasadnione prawnie zakwestionowanie przez organy obu instancji prawa do stwierdzenia oraz zwrotu nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych w kwocie 86 780 zł z tytułu zawartej w dniu 19 lutego 2024 r. ze Spółką P. Spółka Jawna z siedzibą w C. umowy sprzedaży wyżej opisanych działek rolnych, stanowiących grunty orne - tj. działki nr [...] położonej w miejscowości G. oraz działki nr [...] położonej w miejscowości O. ;
2) art. 3 ust. 1 pkt 1, art. 4 pkt 1, art. 6 ust. 1 pkt 1 oraz art. 7 ust. 1 pkt 1 lit. a) w związku z art. 10 ust. 2 i ust. 3 u.p.c.c., poprzez ich błędną wykładnię, co przejawiało się w mylnym uznaniu przez organy podatkowe obu instancji i przyjęciu za prawidłowe naliczenie i pobranie przez notariusza podatku od czynności cywilnoprawnych według stawki 2% w wysokości 120 104 zł przy zawieraniu w dniu 19 lutego 2024 r. umowy sprzedaży gruntów rolnych, udokumentowanej aktem notarialnym Rep. A nr 3384/2024, podczas gdy w rzeczywistości sprzedaż ta podlegała zwolnieniu od tego podatku zgodnie z art. 9 pkt 2 u.p.c.c. - do wysokości limitu 20 000 EUR, co po przeliczeniu na złote walutę krajową według średniego kursu NBP na dzień zawarcia umowy sprzedaży powyższych gruntów rolnych.) odpowiadało równowartości 86 780 zł;
3) art. 9 pkt 2 u.p.c.c. przez jego błędną wykładnię, co przejawiało się nieprawidłowym zinterpretowaniem przez organy obu instancji tej regulacji i przyjęciu, że zwolnienie od podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu zakupu gospodarstwa rolnego możliwe jest jedynie w sytuacji, gdy cała kwota obliczonego podatku mieści się w limicie pomocy de minimis w rolnictwie określonym w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013, podczas gdy prawidłowa interpretacja powyższego przepisu powinna prowadzić do uznania, że zwolnienie to przysługuje niezależnie od tego, czy kwota obliczonego podatku mieści się we wskazanym powyżej limicie;
4) art. 3 ust. 7 w związku z art. 3 ust. 2 rozporządzenia Komisji nr 1408/2013 poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów i nieprawidłowe przyjęcie przez organy podatkowe obu instancji, że jeżeli łączna kwota pomocy przekracza limit pomocy de minimis, to nie może być ona objęta przepisami powyższego rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, nawet w odniesieniu do części pomocy nieprzekraczającej tego limitu, podczas gdy prawidłowa wykładnia tych przepisów powinna prowadzić do uznania, iż część pomocy mieszczącą się w granicach limitu pomocy de minimis należy objąć przepisami powyższego rozporządzenia;
5) art. 3 ust. 7 w związku z art. 3 ust. 2 rozporządzenia Komisji nr 1408/2013 poprzez błędną wykładnię powyższych przepisów i nieprawidłowe przyjęcie przez organy podatkowe obu instancji, że powyższe przepisy odnoszą się do całej kwoty pomocy de minimis, a nie do jej części oraz przyjęcie przez organy obu instancji, że zakaz udzielenia pomocy de minimis dotyczył całej kwoty pomocy, a nie tylko nadwyżki ponad limit określony w powyższym rozporządzeniu, co skutkowało stanowiskiem, że skarżącym nie przysługiwała żadna kwota pomocy de minimis w związku z nabyciem przez nich gruntów rolnych w dniu 19 lutego 2024 r., podczas gdy w rzeczywistości pomoc de minimis przysługiwała podatnikom do określonego przepisami limitu 20 000 EUR, co odpowiadało równowartości 86 780 zł;
6) art. 2a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2023 r., poz. 2383 ze zm. – dalej w skrócie: "o.p.") w związku z art. 9 pkt 2 u.p.c.c. oraz art. 3 ust. 7 i art. 3 ust. 2 rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, przez jego niezastosowanie w sprawie, co skutkowało niezasadnym rozstrzygnięciem wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego na niekorzyść podatników, podczas gdy w świetle przywołanej regulacji należało zastosować zasadę in dubio pro tributario, wynikającą z art. 2a o.p.;
7) art. 9 ust. 2 u.p.c.c. przez jego niewłaściwe zastosowanie, co przejawiało się w błędnym uznaniu przez organy podatkowe obu instancji, że skarżący nie spełnili łącznie wszystkich 5 przesłanek do skorzystania ze zwolnienia podatkowego określonego w przywołanym przepisie, podczas gdy w świetle ustalonego w sprawie stanu faktycznego, w oparciu o dowody przedłożone przez skarżących, którym organy podatkowe obu instancji nie odmówiły wiarygodności, wszystkie przesłanki warunkujące zastosowanie zwolnienia przewidzianego w art. 9 pkt 2 u.p.c.c. zostały spełnione, wobec czego przepis ten powinien znaleźć zastosowanie w niniejszej sprawie, do określonego limitu 20 000 EUR;
8) art. 75 § 4a zdanie pierwsze o.p. poprzez jego niewłaściwe zastosowanie, a w konsekwencji tego niezasadne przyjęcie przez organy podatkowe obu instancji, że w sprawie nie było podstaw do stwierdzenia nadpłaty podatku od czynności cywilnoprawnych, podczas gdy w świetle ustalonego w sprawie stanu faktycznego podstawy takie istnieją, wobec czego przywołany przepis powinien znaleźć do niej zastosowanie;
9) art. 72 § 1 pkt 2 oraz art. 73 § 1 pkt 2 o.p. przez błędną wykładnię tych regulacji, co przejawiało się nieprawidłowym przyjęciem organy podatkowe obu instancji, że w sprawie nie wystąpiło powstanie nadpłaty w związku z nienależnym pobraniem przez notariusza podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu umowy sprzedaży zawartej w dniu 19 lutego 2024 r, w kwocie odpowiadającej równowartości 20 000 EUR, tj. w wysokości 86 780 zł, podczas gdy w świetle ustalonego w sprawie stanu faktycznego oraz obowiązujących przepisów prawa materialnego, należy przyjąć, że napłata powstała w dniu pobrania przez notariusza podatku nienależnego w kwocie 86 780 zł, a notariusz pobrał podatek w wysokości 120 104 zł, zaś należny podatek wynosił 33 324 zł, zatem kwota 86 780 zł jako równowartość 20 000 EUR, podlegała zwolnieniu od podatku od czynności cywilnoprawnych;
10) art. 120, art. 121, art. 122, art. 124, art. 187 § 1, art. 191 w związku z art. 235 o.p., poprzez przeprowadzenie postępowania odwoławczego z naruszeniem ogólnych zasad postępowania, w tym: niezastosowanie w sprawie obowiązujących przepisów, w szczególności w zakresie zwolnienia od podatku od czynności cywilnoprawnych nabycia przez skarżących w dniu 19 lutego 2024 r. gruntów rolnych oraz przepisów o pomocy de minimis w rolnictwie, wynikających z rozporządzenia Komisji nr 1408/2013; naruszenie zasady swobodnej oceny dowodów i dokonanie oceny dowolnej; błędną i wybiórczą ocenę zebranego w sprawie materiału dowodowego; błędne ustalenie stanu faktycznego sprawy, poprzez nieuzasadnione przyjęcie, że skarżący nie spełnili łącznie wszystkich 5 przesłanek do skorzystania ze zwolnienia podatkowego, określonego w art. 9 pkt 2 u.p.c.c., podczas gdy w rzeczywistości wszystkie warunki zwolnienia wynikające z powyższego przepisu zostały przez nich spełnione łącznie.
Ponadto zarzucono błąd w ustaleniach faktycznych i nieuzasadnione pominięcie korzystnej dla podatników argumentacji prawnej NSA w zakresie wykładni stosowania zwolnienia podatkowego wynikającego z przepisów art. 9 ust. 2 u.p.c.c. - do wysokości dopuszczalnej kwoty stanowiącej pomoc de minimis przewidzianej w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013, w sytuacji, kiedy całkowita kwota zwolnienia kwotę tę przekracza. Dla przykładu w skardze powołano orzeczenia NSA z dnia: 21 stycznia 2020 r., o sygn. akt II FSK 456/18; 7 lipca 2020 r., o sygn. akt II FSK 930/20, 2 września 2021 r., sygn. akt II FSK 1423/18; 2 września 2021 r., o sygn. akt II FSK 1422/18 i 22 września 2021 r., o sygn. akt III FSK 188/21. Autor skargi podkreślił, że wykładnia konkretnego przepisu dokonana przez sąd staje się wykładnią podatnika w jego indywidualnej sprawie, pomimo tego, że zapadła w innej sprawie i powinna być respektowana przez organy podatkowe.
W uzasadnieniu skargi rozwinięto i umotywowano przytoczone powyżej zarzuty, przywołując orzecznictwo sądów administracyjnych na potwierdzenie stanowiska prezentowanego w niniejszej sprawie. W oparciu o powyższe zarzuty wniesiono o uchylenie w całości zaskarżonej decyzji i poprzedzającej ją decyzji organu I instancji oraz zasądzenie od organu II instancji zwrotu kosztów postępowania.
2.2. W odpowiedzi na skargę Dyrektora Izby Administracji Skarbowej wniósł o jej oddalenie, podtrzymując dotychczasowe stanowisko i argumentację w sprawie.
2.3. Podczas rozprawy przed Sądem pełnomocnicy obu stron postępowania sądowoadministracyjnego podtrzymali dotychczasowe stanowiska w sprawie, wyrażone w powyższych pismach procesowych.
Wojewódzki Sąd Administracyjny rozważył, co następuje:
3. Skarga jako zasadna, zasługuje na uwzględnienie.
Stosownie do art. 3 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r., poz. 935 – dalej w skrócie: "p.p.s.a.") sądy administracyjne sprawują kontrolę działalności administracji publicznej i stosują środki określone w ustawie. W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego lub przepisów postępowania. Zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a. sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Uznanie skargi za zasadną następuje w przypadku stwierdzenia naruszenia przepisów prawa, dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, bądź obrazy prawa materialnego (art. 145 § 1 p.p.s.a.). Badając zaskarżoną decyzję według opisanych powyżej kryteriów, Sąd stwierdza obrazę prawa materialnego i w konsekwencji uchybienia proceduralne, które stanowią podstawę do wyeliminowania z obrotu prawnego decyzji organów obu instancji.
3.1. Istota sporu w niniejszej sprawie koncentruje się wokół zwolnienia podatkowego, uregulowanego w przepisie art. 9 pkt 2 u.p.c.c., do wysokości dopuszczalnej kwoty stanowiącej pomoc de minimis przewidzianej w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013, jeżeli całkowita kwota zwolnienia kwotę tę przekracza. Sąd zauważa, że tożsame zagadnienie prawne było przedmiotem rozważań przez Naczelny Sąd Administracyjny m. in. w wyrokach z dnia: 21 stycznia 2020 r., o sygn. akt II FSK 456/18; 7 lipca 2020 r., o sygn. akt II FSK 930/20; 23 kwietnia 2024 r., o sygn. akt III FSK 247/22, 24 lipca 2024 r., o sygn. akt III FSK 1256/23 i 12 marca 2025 r., o sygn. akt III FSK 1531/23 (wszystkie powołane w uzasadnieniu niniejszego wyroku orzeczenia dostępne w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, publ. baza CBOSA). Sąd w składzie rozpoznającym niniejszą sprawę w pełni podziela argumentację przedstawioną w uzasadnieniach powyższych judykatów i skorzysta z niej w adekwatnym zakresie w dalszej części rozważań.
3.2. Przepis art. 9 pkt 2 u.p.c.c. stanowi, że zwalnia się od podatku sprzedaż własności gruntów, stanowiących gospodarstwo rolne w rozumieniu przepisów o podatku rolnym, wraz z będącymi ich częścią składową drzewami i innymi roślinami, pod określonymi warunkami. Ustawodawca wskazał jednocześnie, że powyższe zwolnienie stanowi pomoc de minimis w rolnictwie, o której stanowi rozporządzenie Komisji nr 1408/2013. W art. 3 ust. 2 tego rozporządzenia przewidziane zostało, że całkowita kwota pomocy de minimis przyznanej przez państwo członkowskie jednemu przedsiębiorstwu nie może przekroczyć 20 000 euro w okresie trzech lat podatkowych. Z treści powołanych przepisów należy wyprowadzić wniosek, że przyznanie zwolnienia z opodatkowania możliwe jest wówczas, gdy zwolnienie to (po spełnieniu pozostałych warunków przewidzianych w art. 9 pkt 2 u.p.c.c.) nie będzie naruszało postanowień rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, zmienionego rozporządzeniem nr 2019/3164.
Biorąc pod uwagę, że zasadniczym celem powyższego rozporządzenia, jest zakaz przyznawania przez państwo pomocy ponad określoną w nim kwotę, brak jest w ocenie Sądu przeszkód, aby dany podmiot uzyskał pomoc w wysokości, która kwocie tej łącznie odpowiada. Wbrew twierdzeniom organów podatkowych obu instancji, nie sprzeciwiają się temu postanowienia rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, zmienionego rozporządzeniem nr 2019/3164. Zarówno z art. 3 ust. 2, jak również z art. 3 ust. 7 tego rozporządzenia wynika, że górny pułap przyznanej pomocy nie może przekraczać określonej wysokości. Jest to zatem jedyna przeszkoda w uznaniu danej pomocy – w rozpoznawanej sprawie zwolnienia podatkowego – za pomoc de minimis, która za taką będzie uznana według omawianego rozporządzenia. Prawodawca unijny używa bowiem sformułowań "całkowita kwota pomocy" (art. 3 ust. 2) oraz "pułap określony w ust. 2" (art. 3 ust. 7), podając jednocześnie, że nie mogą one przekroczyć określonej kwoty. Dokonując wykładni powyższych regulacji przyjąć należy, że mowa jest w nich o faktycznie maksymalnej i łącznej sumie, mającej być przyznanej pomocy, nie zaś o pomocy, jaka byłaby możliwa do przyznania. Jeżeli zatem możliwy zakres zwolnienia podatkowego przekraczał kwotę określoną w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013, zwolnienie to może zostać udzielone jedynie do kwoty możliwej pomocy określonej w art. 3 ust. 2 powyższego rozporządzenia. Za takim rozumieniem omawianej regulacji przemawia także wykładnia historyczna regulacji pomocy de minimis w rolnictwie. W poprzednio obowiązującym rozporządzeniu Komisji nr 1535/2007 wyraźnie bowiem wskazano, że "jeżeli łączna kwota pomocy przewidziana w ramach środka pomocy przekracza pułap, o którym mowa w akapicie pierwszym, nie może ona być objęta przepisami niniejszego rozporządzenia, nawet w odniesieniu do części pomocy nieprzekraczającej tego pułapu" (art. 3 ust. 2). Obowiązujące rozporządzenie Komisji nr 1408/2013, zastrzeżenia takiego nie wprowadza. Jest to zasadnicza i wyraźna różnica pomiędzy regulacjami poprzednio i obecnie obowiązującego rozporządzenia. Z powyższego wyprowadzić należy wniosek, że gdyby zamiarem prawodawcy unijnego było zakazanie udzielania pomocy de minimis w przypadku, gdy cała kwota możliwego zwolnienia podatkowego przekracza wartości określone w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013, to kwestię tę wyraźnie by uregulował, jak uczynił to w rozporządzeniu nr 1535/2007. Wobec powyższego uprawniony jest wniosek, że rozporządzenie Komisji nr 1408/2013 zmienia w istocie zasady przyznawania pomocy w porównaniu z poprzednio obowiązującym rozporządzeniem Komisji nr 1535/2007, na co wskazuje porównanie treści adekwatnych przepisów.
Odnosząc powyższe na grunt niniejszej sprawy rację należy przyznać skarżącym, że przepisy art. 3 ust. 7 w związku z art. 3 ust. 2 rozporządzenia Komisji nr 1408/2013 mogą odnosić się także do części kwoty pomocy de minimis nieprzekarczającej limitu, a zakaz udzielenia pomocy dotyczy tylko nadwyżki ponad limit określony w powyższym rozporządzeniu. Innymi słowy w niniejszej sprawie doszło do błędnej wykładni przepisów rozporządzenia Komisji nr 1408/2013 i u.p.c.c., która doprowadziła organy obu instancji do wadliwego stanowiska, że skarżącym nie przysługiwała żadna kwota pomocy de minimis w związku z nabyciem przez nich gruntów rolnych w dniu 19 lutego 2024 r. Podczas gdy w rzeczywistości należał rozważyć pomoc de minimis do określonego przepisami limitu 20 000 EUR, co odpowiadałoby równowartości 86 780 zł. Wobec powyższego usprawiedliwione są zarzuty skargi naruszenia prawa materialnego.
3.3. Sąd zauważa także, że nie ma takiego przepisu prawa materialnego i organ odwoławczy takiego też nie wskazał, który by zakazywał dokonywania częściowego zwolnienia podatkowego w zakresie podatku od czynności cywilnoprawnych. Wynik rozumowania argumentum a maiori ad minus jest jednoznaczny, tj. skoro limit pomocy de minimis ma postać maksymalnej kwoty, to dopuszczalne jest również udzielnie tej pomocy poniżej tego limitu (tej kwoty), a tym samym przyznanie zwolnienia do wysokości tego limitu. W sytuacji, gdy kwota podatku przewyższyłaby limit dla pomocy de minimis, wynikający z rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, płatnik powinien obliczyć i pobrać podatek jedynie w kwocie nadwyżki nad limitem. Wbrew stanowisku organów podatkowych przedmiotowa pomoc może zatem zostać udzielona do wysokości nieprzekraczającej tego limitu, obejmując jej część. Przy interpretacji sformułowania "nowa pomoc nie może być objęta przepisami niniejszego rozporządzenia" należy posłużyć się treścią pkt 8 preambuły do rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, gdzie jednoznacznie potwierdzono, że "dla każdego przypadku nowej pomocy de minimis należy uwzględnić całkowitą kwotę pomocy de minimis przyznaną w ciągu danego roku podatkowego oraz dwóch poprzedzających lat podatkowych". Tym samym, gdy faktyczna kwota nowej pomocy (tu: zwolnienia podatkowego), nie doprowadzi do przekroczenia tak rozumianej całkowitej kwoty pomocy, czyli nie zostanie przekroczony jej maksymalny pułap, to nie ma przeszkód dla jej przyznania w tej wysokości (zob. wyrok NSA z dnia 7 lipca 2020 r., o sygn. akt II FSK 930/20). Nie można zatem zasadnie twierdzić, jak czynią to w istocie organy obu instancji, że rozporządzenie Komisji nr 1408/2013 wprowadza zakaz udzielania pomocy de minimis do części konkretnego środka pomocy. Prawodawca unijny wymaga jedynie, aby pomoc ta nie przekraczała określonej wartości (w rozpatrywanej sprawie równowartości 20 000 EUR). W takim zaś przypadku, zwolnienie od opodatkowania przewidziane w art. 9 pkt 2 u.p.c.c. należy odczytywać w ten sposób, że po spełnieniu warunków określonych w pierwszej części przepisu, zwolnienie ma zastosowanie do kwoty nieprzekraczającej limitu określonego w rozporządzeniu Komisji nr 1408/2013. W konsekwencji, jeżeli wysokość zwolnienia przekroczyłaby tę kwotę, nadwyżka nie jest objęta zwolnieniem podatkowym. Taka konstrukcja zwolnienia, czyli wskazanie limitu kwotowego, została wyraźnie przewidziana przez prawodawcę. Innymi słowy ustawodawca krajowy, odwołując się w art. 9 pkt 2 u.p.c.c. do rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, które jak wyżej wskazano, zakazuje jedynie udzielania pomocy ponad określony pułap i uregulował sporną kwestię w ten sposób, że zwolnienie podatkowe nie może przekroczyć określonej w odrębnym akcie prawnym kwoty.
Jak słusznie wskazano w skardze w orzecznictwie sądowym przyjmuje się, iż dopuszczalne jest przyznanie zwolnienia w kwocie, której wielkość będzie mieściła się w obowiązującym wówczas limicie. Jeżeli będzie to nowa pomoc, dla ustalenia jej limitu należy uwzględnić całkowitą kwotę pomocy de minimis przyznaną w ciągu danego roku podatkowego oraz dwóch poprzedzających lat podatkowych. W konsekwencji zasadniczym warunkiem udzielenia pomocy de minimis, w tym nowej, jest nieprzekroczenie pułapów tej pomocy: górnego limitu krajowego oraz górnego limitu sektorowego (por. wyrok NSA z dnia 30 września 2021 r., o sygn. akt III FSK 4131/21). Należy zatem podzielić stanowisko skarżących, że przedstawiona przez organy obu instancji wykładnia powyższych przepisów prawa materialnego nie jest prawidłowa.
3.4. Wbrew twierdzeniom organu odwoławczego za jego stanowiskiem nie przemawia opinia Komisji Europejskiej podpisana w dniu 9 listopada 2020 r. (Ref. Ares(2020)6510246), gdzie przedstawione zostało stanowisko odnośnie stosowania przepisów wskazanego rozporządzenia Komisji nr 1408/2013. W przedmiotowym piśmie Komisja Europejska odsyła do art. 3 ust. 7 rozporządzenia wskazując, że ten przepis, należy interpretować w sposób zawężający, tzn. gdy udzielana pomoc de minimis przekroczyłaby pułapy określone w rozporządzeniu w sprawie pomocy de minimis, wyklucza to możliwość objęcia przepisami tego rozporządzenia wszelkich kwot tej pomocy, a nie tylko kwoty nadwyżki ponad pułap wskazany w rozporządzeniu. Zdaniem Sądu przedmiotowa opinia nie może być uznana za źródło prawa, ani za powszechnie obowiązującą jego wykładnię. Zgodnie z art. 288 TFUE, w celu wykonania kompetencji Unii instytucje przyjmują rozporządzenia, dyrektywy, decyzje, zalecenia i opinie. Jednakże opinie nie mają mocy wiążącej. Według art. 17 ust. 1 Traktatu o Unii Europejskiej, Komisja wspiera ogólny interes Unii i podejmuje w tym celu odpowiednie inicjatywy. Komisja Europejska jest organem wykonawczym Unii Europejskiej odpowiedzialnym za bieżącą politykę Unii, nadzorującym prace wszystkich jej agencji i zarządzający jej funduszami. Przepisy traktatów przewidują upoważnienie do wydawania aktów zwanych opiniami, które są podejmowane przez różne instytucje Unii, na podstawie różnych przepisów kompetencyjnych i do realizacji różnych celów. Każde państwo członkowskie jest związane po pierwsze - postanowieniami Traktatów założycielskich (pierwotnym prawem unijnym), po drugie - aktami przyjętymi przez instytucje UE (wtórnym prawem unijnym), i po trzecie - wykładnią i stosowaniem prawa unijnego wynikającą z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej. Wojewódzkie sądy administracyjne i Naczelny Sąd Administracyjny będące sądami unijnymi, jako sądy krajowe Państwa Członkowskiego są związane wykładnią i stosowaniem prawa unijnego, wynikającą z orzecznictwa TSUE (por. wyrok NSA z dnia 24 sierpnia 2023 r., o sygn. akt I GSK 1810/19).
3.5. Mając na uwadze powyższe za zasadne uznano zarzuty obrazy prawa materialnego, w szczególności błędnej wykładni i niewłaściwego zastosowania przepisów u.p.c.c. oraz rozporządzenia Komisji nr 1408/2013, a w rezultacie uprawnione są twierdzenia skarżących, że w sprawie doszło do niewłaściwego zastosowania regulacji m.in. art. 75 § 4a zdanie pierwsze, art. 72 § 1 pkt 2 i art. 75 § 1 pkt 2 o.p., regulujących kwestie nadpłaty podatku. W konsekwencji rację należy przyznać stronom skarżącym, że sposób prowadzenia postępowania naruszał zasady legalizmu i prawdy obiektywnej, sformułowane w przepisach art. 120, art. 121 i art. 122 o.p., co miało istotny wpływ na podjęte rozstrzygnięcia.
Zamierzonego rezultatu nie mógł odnieść zarzut uchybienia art. 2a o.p., albowiem wprawdzie powyższe przepisy u.p.c.c. i rozporządzenia nr 1408/2013, budziły początkowo rozbieżności w orzecznictwie sądów administracyjnych, to nie stanowiły one wątpliwości niedających się usunąć co do treści przepisów i ich spójności. W tym stanie rzeczy nie sposób skutecznie przypisać organom podatkowym działania wbrew zasadzie rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika. Zamierzonego rezultatu nie mogły osiągnąć zarzuty uchybienia przepisom postępowania dowodowego, tj. art. 187 § 1 i art. 191 o.p. Ustalony bowiem w sprawie stan faktyczny nie jest sporny, nie wymaga wyjaśnienia czy uzupełnienia, a ocena poszczególnych dowodów i ich całokształtu nie przekracza granicy swobodnej oceny i przez to nie stała się dowolna. Reasumując powyższe rozważania Sąd stwierdza, że decyzje organów obu instancji nie spełniają wymogów zgodności z prawem materialnym i podstawowymi zasadami prowadzenia postępowania, dlatego zachodzą podstawy do ich wyeliminowania z obrotu prawnego.
Przy ponownym rozpoznaniu sprawy rzeczą organów podatkowych będzie rozpoznanie wniosku strony o stwierdzenie nadpłaty w podatku od czynności cywilnoprawnych z tytułu nabycia gruntów rolnych i jego zwrotu co do części, nieprzekraczającej limitu 20 000 EUR, pomocy de minimis, po uprzednim dokonaniu prawidłowej wykładni przepisów prawa materialnego oraz właściwej ich subsumcji, z uwzględnieniem oceny prawnej przedstawionej powyżej, jak i w powołanych judykatach Naczelnego Sądu Administracyjnego.
3.6. Mając na uwadze powyższe Sąd orzekł jak w pkt I sentencji, na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a) i c) w zw. z art. 135 p.p.s.a. W przedmiocie kosztów postępowania sądowego orzeczono w pkt II sentencji, w oparciu o przepis art. 200, art. 209, art. 205 § 1 w zw. z art. § 4 p.p.s.a.