Wyrok WSA z dnia 30 września 2025, sygn. I SA/Po 350/25

Zdaniem skarżącej wykreślenie jej z urzędu z rejestru podatników podatku od towarów i usług powinno być poprzedzone rzetelnymi działaniami organu podatkowego zmierzającymi do ustalenia, czy rzeczywiście istnieją podstawy do zastosowania tak dotkliwej sankcji. W ocenie spółki, konsekwencje usunięcia podatnika z rejestru VAT są doniosłe gdyż prowadzą m. in. do utraty prawa do odliczenia podatku naliczonego, a co za tym idzie uczestniczenia w obrocie gospodarczym jako pełnoprawny uczestnik. Z tego względu czynność ta nie powinna być traktowana jako wyłącznie materialno-techniczna lecz wymagająca wydania decyzji administracyjnej. Skarżąca podniosła również, że obowiązek orzekania przez organy podatkowe w drodze decyzji oraz podstawowe zasady postępowania podatkowego - w szczególności zasada zaufania do organów władzy publicznej oraz zasada czynnego udziału strony w postępowaniu - przemawiają za koniecznością zapewnienia stronie możliwości obrony swoich praw jeszcze przed wykreśleniem z rejestru VAT.

W ocenie skarżącej błędna ocena stanu faktycznego dokonana przez organ doprowadziła do istotnego naruszenia zasady zaufania podatnika do organów podatkowych, która stanowi fundamentalną zasadę demokratycznego państwa prawnego, wyrażoną w art. 2 Konstytucji RP. Podniesiono ponadto, że organ, pomimo ciążącego na nim obowiązku dokładnego ustalenia stanu faktycznego i wyważenia wszystkich istotnych okoliczności, podjął arbitralną decyzję o wykreśleniu podatnika z rejestru VAT w sposób nieuzasadniony bez przeprowadzenia dogłębnej analizy sytuacji oraz bez uwzględnienia możliwych negatywnych konsekwencji dla skarżącej. Takie działanie nie tylko narusza fundamentalne zasady postępowania administracyjnego, ale również godzi w zasadę proporcjonalności, zgodnie z którą ingerencja organów państwowych w sferę praw i obowiązków obywatela powinna być adekwatna i uzasadniona wagą naruszenia, którego miałby się on dopuścić.

W odpowiedzi na skargę Naczelnik Pierwszego W. Urzędu Skarbowego w P. wniósł o oddalenie skargi, podtrzymując dotychczasowe stanowisko i argumentację w sprawie.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

W toku sądowej kontroli zaskarżonej czynności, przeprowadzonej na podstawie kryterium zgodności z prawem, w kontekście zarzutów sformułowanych w skardze, kluczową i najistotniejszą sporną kwestią jest zasadność zastosowania przez organy art. 97 ust. 15 u.p.t.u. i wykreślenia z urzędu skarżącej spółki z rejestru VAT UE.

Zdaniem organu podatkowego w sprawie ziściły się przesłanki uzasadniające wykreślenie spółki z ww. rejestru, wobec stwierdzenia nie wykazania przez spółkę w trzech kolejnych miesiącach sprzedaży oraz nabycia towarów usług.

Według przeciwnego stanowiska skarżącej spółki, wykreślenie jej z rejestru VAT UE nastąpiło przedwcześnie, albowiem organ podatkowy nie ustalił, czy brak wykazania przez spółkę sprzedaży oraz nabycia towarów i usług wynikało ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej.

W świetle tak zarysowanej płaszczyzny sporu na wstępie rozważań wyjaśnić należy, że zgodnie z art. 97 ust. 1 u.p.t.u. podatnicy, o których mowa w art. 15 i art. 15a, podlegający obowiązkowi zarejestrowania jako podatnicy VAT czynni, są obowiązani przed dniem dokonania pierwszej wewnątrzwspólnotowej dostawy lub pierwszego wewnątrzwspólnotowego nabycia zawiadomić naczelnika urzędu skarbowego w zgłoszeniu rejestracyjnym, o którym mowa w art. 96, o zamiarze rozpoczęcia wykonywania tych czynności.

Według art. 97 ust. 15 u.p.t.u. w przypadku gdy podmiot, o którym mowa w ust. 1-3, złoży za 3 kolejne miesiące lub kwartał deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, w których nie wykazał sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia, naczelnik urzędu skarbowego wykreśla z urzędu ten podmiot z rejestru jako podatnika VAT UE i powiadamia go o wykreśleniu.

Z kolei art. 96 ust. 9a pkt 3 u.p.t.u. stanowi, że wykreśleniu z urzędu z rejestru jako podatnik VAT podlega także podatnik, który składał przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, w których nie wykazał sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia.

Zgodnie z art. 96 ust. 9e u.p.t.u., przepis ust. 9a pkt 3 nie ma zastosowania, w przypadku gdy niewykazanie sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia wynikało, zgodnie z wyjaśnieniami podatnika, ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej.

Jak wynika z akt sprawy, organ podatkowy uznał, że wynikająca z ostatnio powołanego przepisu przesłanka, może być – co do zasady – badana w okolicznościach faktycznych tej sprawy, skoro dwukrotnie wzywał skarżącą spółkę do przesłania wyjaśnień dotyczących nie wykazania w części deklaracyjnej plików [...] za okres od 06/2024 do 08/2024 sprzedaży lub nabycia towarów i usług z kwotami podatku do odliczenia, a w szczególności, czy wynika to ze specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej oraz wskazania na czym ona polega (wezwania z 8 października 2024 r. i z 7 listopada 2024 r.).

Bezsporne w sprawie jest, że pierwsze z ww. wezwań sporządzone zostało w dniu wykreślenia skarżącej z rejestru VAT UE, oraz to, że na żadne z tych wezwań spółka nie udzieliła organowi odpowiedzi.

Sąd podziela stanowisko skarżącej, że badanie przesłanki dotyczącej specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej, powinno polegać badaniu przed wykreśleniem podatnika z rejestru VAT (VAT UE). W orzecznictwie sądów administracyjnych, na tle problematyki związanej ze stosowaniem tożsamego w skutkach prawnych art. 96 ust. 9a pkt 3 u.p.t.u. wyrażono pogląd, według którego, zawarte w art. 96 ust. 9e u.p.t.u. unormowanie stanowi negatywną przesłankę wykreślenia z rejestru, co oznacza, że naczelnik urzędu skarbowego nie może wykreślić podatnika, który złoży wyjaśnienia, że brak wykazania sprzedaży lub nabycia towarów lub usług wynika ze specyfiki prowadzonej przezeń działalności. Z uwagi na jednoznaczne i nie budzące wątpliwości unormowanie wynikające z art. 96 ust. 9e tej ustawy, wykreślenie z rejestru podatnika podatku od towarów i usług na podstawie art. 96 ust. 9a pkt 3 u.p.t.u. powinno zostać poprzedzone wezwaniem podatnika do złożenia wyjaśnień dotyczących "specyfiki prowadzonej przezeń działalności" (np. wyrok NSA z 12 czerwca 2025 r., I FSK 515/22; wyrok ten i orzeczenia powołane w dalszej części uzasadnienia dostępne są na stronie internetowej: bazy CBOSA).

W świetle powyższego kluczową w tej sprawie staje się kwestia, czy zaniechanie przez organ podatkowy zbadania ww. przesłanki przed dokonaniem wykreślenia skarżącej z rejestru VAT UE, jest naruszeniem przepisów, które miało wpływ na wynik sprawy. Przypomnieć w tym miejscu należy, że tego rodzaju naruszenie musi mieć cechę istotności, co oznacza, że gdyby organ nie naruszył prawa, to najprawdopodobniej zapadłaby decyzja o innej treści (lub nie podjęto czynności). Jak wskazuje się w orzecznictwie sądów administracyjnych, wpływanie istotne na wynik sprawy, to prawdopodobieństwo oddziaływania naruszeń prawa procesowego na treść decyzji lub postanowienia, a więc ukształtowanie w nich stosunku administracyjnego, materialnego lub procesowego. Sąd uchylając z tych powodów decyzję lub postanowienie musi wykazać, że gdyby nie było stwierdzonego w postępowaniu sądowym naruszenia przepisów postępowania, to rozstrzygnięcie sprawy najprawdopodobniej mogłoby być inne (por. wyrok NSA z 14 lutego 2013 r., sygn. akt I GSK 363/12, wyrok NSA z 18 grudnia 2012 r., sygn. akt II OSK 1490/11). Podkreśla się także, że aby jednoznacznie uznać, że tego rodzaju naruszenie wystąpiło, nieodzowne jest wykazanie przez stronę, że wytykane naruszenie taki wpływ mogło mieć.

Powyższe należy odnieść także do sytuacji, w której przedmiotem sądowej kontroli jest czynność organu, a Sąd bada, czy istnieją podstawy do stwierdzenia jej bezskuteczności (art. 146 § 1 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn. Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.; w skrócie: "p.p.s.a.")).

W ocenie Sądu w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę, tej istotnej cechy nie można przypisać uchybieniu organu w tej sprawie, ponieważ organ nie zignorował przesłanki specyfiki prowadzonej działalności gospodarczej, wzywając dwukrotnie skarżącą do złożenia w tej kwestii wyjaśnień, których ostatecznie nie uzyskał. Gdyby skarżąca złożyła stosowne wyjaśnienia, to organ miałby możliwość rozważenia, czy istnieją uzasadnione podstawy do przywrócenia zarejestrowania skarżącej.

Uznać zatem należy, że zaskarżona czynność organu nie narusza prawa w stopniu uzasadniającym stwierdzenie jej bezskuteczności.

Sąd nie podziela natomiast stanowiska skarżącej, która kwestionuje formę rozstrzygnięcia organu. W tym zakresie wyjaśnić należy, że występujące w orzecznictwie rozbieżności w jakiej formie następuje wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług, zostały wyjaśnione w uchwale składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 października

2023 r. (I FPS 3/23). Odpowiadając na przedstawione zagadnienie prawne budzące poważne wątpliwości prawne, skład rozszerzony przyjął, że: "Wykreślenie podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług w trybie art. 96 ust. 9 pkt 5 ustawy o VAT następuje poprzez dokonanie czynności materialno-technicznej". Wprawdzie przywołana wyżej uchwała dotyczyła wykładni art. 96 ust. 9 pkt 5 u.p.t.u., niemniej jednak przedstawiona w jej uzasadnieniu argumentacja może odnosić się także do wykreślenia podatnika z rejestru podatników czynnych podatku od towarów i usług na podstawie przepisu art. 96 ust. 9a pkt 3 u.p.t.u. i tożsamego w skutkach

art. 97 ust. 15 tej ustawy (zastosowanego w niniejszej sprawie).

W tym stanie rzeczy, Sąd oddalił skargę na podstawie art. 151 p.p.s.a.