Wyrok WSA z dnia 14 listopada 2025, sygn. I SA/Po 460/25

Sygnatura: I SA/Po 460/25
Data orzeczenia: 14 listopada 2025
Sąd: Wojewódzki Sąd Administracyjny (WSA)
Status: Nieprawomocne
Podatnik: przedsiębiorca (JDG)

Streszczenie

Podatnik (Z. M.) prowadzący działalność gospodarczą w formie podatku liniowego (19%) wystąpił o stwierdzenie nadpłaty podatku dochodowego za 2020 rok w kwocie 126 898 zł, opierając się na skorzystaniu z ulgi IP BOX (preferencyjna stawka 5% dla dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej). Podatnik uzyskał wcześniej pozytywną interpretację indywidualną, potwierdzającą prawo do tej ulgi. W toku postępowania organy podatkowe uznały, że podatnik prawidłowo wyodrębnił przychody z kwalifikowanych IP (patenty na kotły, regulatory itp.), jednak sposób ustalenia kosztów uzyskania tych przychodów budzi wątpliwości. Podatnik, nie mogąc bezpośrednio przypisać kosztów do poszczególnych IP, zastosował metodę procentową: najpierw ustalił udział przychodów z każdego IP w łącznej sprzedaży, a następnie ten sam procent zastosował do ogólnej kwoty kosztów swojej działalności, by wyliczyć koszty przypisane do IP. Dodatkowo założył, że 5% tych kosztów to…

koszty bezpośrednio związane z działalnością badawczo-rozwojową (B+R). Organy podatkowe uznały tę metodę za nieweryfikowalną i nieodzwierciedlającą rzeczywistych, faktycznie poniesionych kosztów na poszczególne IP, co uniemożliwia prawidłowe obliczenie dochodu kwalifikowanego do ulgi. Czy zastosowana przez podatnika metoda ustalania kosztów uzyskania przychodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej (IP) – polegająca na przyporządkowaniu kosztów proporcjonalnie do udziału przychodów z danego IP w łącznej sprzedaży – jest dopuszczalna i czy spełnia wymogi ewidencyjne ulgi IP BOX, uprawniając go tym samym do skorzystania z preferencyjnej stawki podatku 5% i stwierdzenia nadpłaty? Podatnik argumentował, że jego metoda znajduje uzasadnienie w przepisach o podziale kosztów między różne źródła przychodów (art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f.) oraz w przepisie dopuszczającym łączne ustalenie dochodu z wielu IP (art. 30cb ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f.). Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu oddalił skargę podatnika, podzielając stanowisko organów podatkowych. Sąd uznał, że przedstawiona przez podatnika ewidencja kosztów, oparta na procentowym kluczu przychodowym, nie spełnia fundamentalnego wymogu sprawdzalności i prawidłowości informacji, o których mowa w przepisach dotyczących ulgi IP BOX. Metoda ta nie pozwala na weryfikację, które koszty faktycznie i bezpośrednio związane są z działalnością badawczo-rozwojową dotyczącą konkretnego prawa IP, a jedynie operuje uśrednionymi, teoretycznymi proporcjami. Sąd wskazał, że przepisy, na które powoływał się podatnik (art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f.), dotyczą podziału kosztów między różne źródła przychodów, a nie wewnątrz jednego źródła (jakim jest przychód z kwalifikowanego IP). Ponadto art. 30cb ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. pozwala jedynie na łączne ustalenie dochodu, ale nie zwalnia z obowiązku wykazania faktycznie poniesionych kosztów. W konsekwencji, ponieważ na podstawie przedłożonych dokumentów nie było możliwe miarodajne ustalenie dochodu z kwalifikowanych IP, Sąd uznał za prawidłowe zastosowanie przez organy art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f., który nakazuje w takiej sytuacji opodatkowanie według standardowej stawki (19%), oraz oddalił wniosek o stwierdzenie nadpłaty.

jeszcze 295 słów

Pełne streszczenie po zalogowaniu

Streszczenie AI to nasza wartość dodana — zaloguj się lub załóż konto, aby zobaczyć pełną analizę.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Sentencja

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Waldemar Inerowicz (spr.) Sędziowie Sędzia WSA Izabela Kucznerowicz Sędzia WSA Katarzyna Nikodem Protokolant starszy sekretarz sądowy Monika Olejniczak po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 06 listopada 2025 r. sprawy ze skargi Z. M. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 7 maja 2025 r. nr [...] w przedmiocie odmowy stwierdzenia nadpłaty w podatku od osób fizycznych za 2020 rok oddala skargę.

Uzasadnienie

Naczelnik Urzędu Skarbowego w P. decyzją z dnia 24 stycznia 2025 r., nr [...], odmówił Z. M. (dalej jako: "podatnik", "strona" lub "skarżący") stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2020 r. w kwocie 126 898,00 zł.

Przedstawiając dotychczasowy przebieg postępowania organ wyjaśnił, że w dniu 24 października 2024 r. wszczęte zostało na wniosek podatnika, postępowanie podatkowe w sprawie stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych za 2020 r. We wniosku podatnik podał, że przyczyną złożenia korekty jest skorzystanie z ulgi IP BOX.

Pismem z dnia 31 października 2024 r. strona uzupełniła wniosek o stwierdzenie nadpłaty, wskazując ponownie kwotę nadpłaty za 2020 r. w wysokości 126 898,00 zł. W uzasadnieniu wniosku podatnik wyjaśnił, że prowadzi podatkową księgę przychodów i rozchodów, a także zgodnie z art. 30cb ust. 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych (tekst jedn. Dz. U. z 2019 r., poz. 1387 ze zm. – dalej: "u.p.d.o.f.") odrębną ewidencję, w której wykazuje dane określone w art. 30cb ust. 1 pkt 1-5 u.p.d.o.f., w szczególności: wyodrębnia w niej każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej; prowadzi ewidencję w sposób zapewniający ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodu (straty), przypadających na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej; wyodrębnia koszty, o których mowa w art. 30ca ust. 4, przypadające na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej, w sposób zapewniający określenie kwalifikowanego dochodu. W 2020 r. podatnik osiągnął dochody z tytułu sprzedaży: kotłów, regulatorów (sterowników), palników (modułów) i licencji, które zostały zgłoszone w Urzędzie Patentowym oraz w Urzędzie Unii Europejskiej ds. Własności Intelektualnej. W dniu 18 lipca 2024 r. wystąpił do Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z wnioskiem o wydanie indywidualnej interpretacji podatkowej. W interpretacji z dnia 10 października 2024 r. uznano, że podatnik może zastosować 5% stawkę opodatkowania do kwalifikowanego dochodu osiągniętego z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, na podstawie art. 30ca ust. 1 u.p.d.o.f. za 2020 r.

W toku postępowania podatkowego organ I instancji ustalił, że podatnik w 2020 r. prowadził działalność gospodarczą w przeważającym zakresie instalowania maszyn przemysłowych, sprzętu i wyposażenia. Jako formę opodatkowania podatnik wybrał podatek dochodowy w wysokości 19% pobierany od dochodów z pozarolniczej działalności gospodarczej - podatek liniowy. Ustalono, że ewidencję przychodów z kwalifikowanego prawa IP strona prowadziła z podziałem na poszczególne IP BOX. Przychód z tego tytułu podatnik wykazał na podstawie poszczególnych faktur sprzedaży w zestawieniach miesięcznych. Na tej podstawie podatnik ustalił procentowy udział przychodu z danego prawa IP BOX w przychodach ogółem, tj.: kotły 26,85%, regulatory 51,91%, sterowniki, palniki 4,21%, licencje 3,10%, pozostała sprzedaż 13,93%. W ewidencji kosztów uzyskania przychodów z kwalifikowanego prawa IP podatnik wykazał wszystkie koszty poniesione w ramach prowadzonej działalności gospodarczej w wysokości 3 694 072,56 zł. Następnie, przemnażając łączne koszty przez ustalone wcześniej procenty (udział przychodu z danego prawa IP BOX w przychodach ogółem), strona wskazała koszty przyporządkowane do poszczególnych przychodów związanych z kwalifikowanym prawem IP, w wysokości: kotły: 992 022,01 zł, regulatory: 1 917 415,63 zł, sterowniki, palniki: 155 591,84 zł, licencje: 114 487,00 zł. Podatnik wskazał, że koszty kwalifikowane poniesione na prowadzoną bezpośrednio działalność badawczo-rozwojową związaną z kwalifikowanym IP stanowiły 5%. Strona koszty obliczone według wyżej wskazanego schematu przyporządkowane do poszczególnych praw IP przemnożyła przez 0,05. Następnie otrzymane wyniki zsumowała i wykazała jako koszty bezpośrednio związane z działalnością B+R związaną z kwalifikowanym IP do wyliczenia wskaźnika nexus.

Według organu I instancji prowadzona za 2020 r. ewidencja przychodów z kwalifikowanego IP z podziałem na poszczególne IP, tj. kotły, regulatory, palniki i sterowniki oraz licencje odzwierciedla stan faktyczny. Natomiast ewidencja kosztów uzyskania przychodów z kwalifikowanego prawa IP nie odzwierciedla rzeczywistych kosztów ponoszonych na poszczególne kwalifikowane prawa IP. Wskazano, że podatnik ustalił te koszty według własnej metodyki i na tej podstawie obliczył wskaźnik nexus. W ocenie organu prowadzone przez stronę ewidencje dla potrzeb IP nie spełniają najważniejszego warunku jakim jest sprawdzalność i prawidłowość zawartych w nich informacji oraz nie odzwierciedlają stanu rzeczywistego. Odnosząc się do wydanej wobec podatnika interpretacji indywidualnej z dnia 10 października 2024 r., podkreślono, że w opisie stanu faktycznego podatnik nie przedstawił sposobu prowadzenia dodatkowej ewidencji oraz ustalenia kosztów uzyskania przychodów z kwalifikowanego prawa IP i kosztów kwalifikowanych. Podatnik nie opisał zastosowanej własnej metodyki ich ustalania. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej ocenił, że stanowisko podatnika w sprawie skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego oraz zdarzenia przyszłego w podatku dochodowym od osób fizycznych jest prawidłowe.

W konkluzji stwierdzono, że przedłożone w toku postępowania podatkowego dokumenty źródłowe nie potwierdziły stanu faktycznego przedstawionego przez stronę we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej. Podkreślono, że podatnik w rzeczywistości nie prowadził dodatkowej ewidencji, która spełnia wymogi określone w art. 30cb ust. 1 pkt 1-5 u.p.d.o.f. i pozwala na ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodu (straty) przypadających na każde wyprodukowane i sprzedane: kotły, regulatory, palniki, sterowniki, oraz licencje. Uznano, że wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest niezasadny i odmówiono stwierdzenia nadpłaty.

W odwołaniu od powyższej decyzji podatnik wniósł o uchylenie decyzji w całości i rozstrzygnięcie sprawy, co do istoty lub uchylenie decyzji i przekazanie sprawy organowi I instancji celem załatwienia.

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej decyzją z dnia 7 maja 2025 r., nr [...], utrzymał w mocy decyzję organu I instancji.

W uzasadnieniu rozstrzygnięcia organ odwoławczy dokonując analizy przepisów dotyczących ulgi IP BOX, a także odnosząc się do ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2020 r. poz. 85 ze zm. - w brzmieniu obowiązującym w 2020 r.) wskazał, że dochody z kwalifikowanego IP mogą być opodatkowane na preferencyjnych zasadach w takim zakresie, w jakim kwalifikowane IP wytwarza dochody w efekcie prac badawczo-rozwojowych prowadzonych przez podatnika. Zatem skorzystanie z preferencji IP BOX jest możliwe w sytuacji występowania związku między dochodem kwalifikującym się do preferencji a kosztami faktycznie poniesionymi w celu jego uzyskania.

Przytaczając treść przepisów art. 30ca ust. 4, art. 30cb u.p.d.o.f., wyjaśniono, że warunkiem koniecznym dla skorzystania z omawianej preferencji jest prowadzenie przez podatnika działalności badawczo-rozwojowej bezpośrednio związanej z wytworzeniem, komercjalizacją, rozwojem lub ulepszeniem kwalifikowanego prawa własności intelektualnej. Poziom dochodu kwalifikowanego do zastosowania preferencyjnej stawki opodatkowania jest wyliczany przy zastosowaniu wzoru określonego w art. 30ca ust. 4 u.p.d.o.f. Z korzystaniem z ulgi wiążą się jednak szczególne obowiązki po stronie podatników - w szczególności obowiązek prowadzenia ewidencji dla wszystkich operacji finansowych związanych z uzyskiwaniem tych dochodów, która pozwala na monitorowanie i śledzenie efektów prac badawczo-rozwojowych. Przepisy o IP BOX nie narzucają podatnikom konkretnej formy ewidencjonowania zdarzeń na cele stosowania preferencji IP BOX. Jednak dla celów obliczenia dochodu z kwalifikowanego IP istotne jest, by ewidencja ta była prowadzona w sposób należyty tak, aby móc w rocznym zeznaniu podatkowym wykazać łączną sumę przychodów, kosztów podatkowych, dochodów, strat, dochodów podlegających opodatkowaniu stawką 5%, oraz dochodu, który nie będzie podlegał preferencyjnemu opodatkowaniu.

Organ odwoławczy wyjaśnił, że zgodnie z objaśnieniami podatkowymi Ministra Finansów z dnia 15 lipca 2019 r., w przypadku podatników, którzy nie prowadzą ksiąg rachunkowych wymóg zapewnienia wyodrębnionej ewidencji dla projektu dotyczącego kwalifikowanego IP może być spełniony poprzez sporządzenie techniką komputerową kumulatywnego, comiesięcznego zestawienia dokumentów, które potwierdzają poniesione wydatki dotyczące projektu kwalifikowanego IP na koniec danego miesiąca. Zestawienie powinno obejmować wydatki od początku realizacji działalności badawczo-rozwojowej prowadzącej do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia kwalifikowanego IP do końca danego miesiąca kalendarzowego. Zestawienie to powinno być sporządzone przez narastające ujęcie wydatków w odniesieniu do poszczególnych zadań. Należy je sporządzać w oparciu o zestawienie dokumentów potwierdzających poniesione wydatki. Wersja elektroniczna powinna zostać zarchiwizowana natomiast konstrukcja arkusza kalkulacyjnego powinna umożliwiać uzyskanie danych w okresie późniejszym według stanu na koniec poszczególnych miesięcy kalendarzowych. Ponadto, podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową, w szczególności ci, którzy pracują nad wytworzeniem więcej niż jednego kwalifikowanego IP, powinni prowadzić ewidencję projektów badawczo-rozwojowych, która składałaby się z następujących elementów: opis projektu, czas rozpoczęcia i zakończenia projektu, wykaz osób zaangażowanych w pracę w poszczególnym projekcie, wykaz prac stworzonych w danym projekcie z imiennym przyporządkowaniem do konkretnej osoby wykonującej daną pracę. Dodatkowo z umowy o pracę, opisu stanowiska pracy, lub z odpowiednich zapisów w regulaminie pracy, Minister Finansów w punkcie 194 objaśnień z 15 lipca 2019 r. zaleca by wynikało jaka część wynagrodzenia stanowi wynagrodzenie z tytułu wykonywania prac związanych z kwalifikowaną działalnością badawczo-rozwojową, a jaka stanowi wynagrodzenie za wykonywanie innych obowiązków pracowniczych, w efekcie których nie powstają kwalifikowane IP.

W oparciu o zgromadzony materiał dowodowy organ odwoławczy wskazał, że podatnik prowadził odrębną ewidencję w zakresie przychodów z kwalifikowanego IP, z podziałem na poszczególne IP (kotły, regulatory, palniki i sterowniki oraz licencji) osiągniętych w 2020 r. Stwierdzono, że powyższa ewidencja w części dotyczącej przychodów odzwierciedla stan faktyczny i jest zgodna z obowiązującymi przepisami. Jednak wskazane przez podatnika w tej ewidencji koszty, ustalone według własnej metodyki, nie odzwierciedlają rzeczywistych poniesionych kosztów przypadających na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej.

Według organu podatnik nie prowadził ewidencji kosztów na potrzeby ulgi IP BOX, przedłożone przez stronę wyliczenia nie odzwierciedlają rzeczywistych kosztów ponoszonych na poszczególne kwalifikowane prawa IP. Organ odwoławczy zauważył przy tym, że nie jest wykluczone posługiwanie się art. 22 ust 3 i 3a u.p.d.o.f., w stosunku do niektórych kosztów pośrednich. Jednak nie można się zgodzić ze stroną, że przepis ten zwalnia całkowicie z prowadzenia ewidencji kosztów na potrzeby ulgi IP BOX. Podatnik w żaden sposób nie wykazał związku danego wydatku z uzyskanym przychodem bądź prowadzoną działalnością nakierowaną na uzyskanie przychodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej. Strona w ewidencji nie wyodrębniła żadnego kosztu, zastosowała jedynie wyliczony przez siebie procent od łącznych kosztów uzyskania przychodów poniesionych z tytułu prowadzenia pozarolniczej działalności gospodarczej w ujęciu rocznym. Prowadzona przez podatnika ewidencja w zakresie poniesionych kosztów na potrzeby ulgi IP BOX tych podstawowych kryteriów nie spełnia.

Organ zauważył, że do wyliczenia wskaźnika nexus nie zalicza się kosztów, które nie są bezpośrednio związane z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, w szczególności odsetek, opłat finansowych oraz kosztów związanych z nieruchomościami. Nie podzielono stanowiska podatnika, że do wyliczenia wskaźnika nexus nie brał powyższych kosztów. W analizowanej sprawie koszty zostały ustalone poprzez zastosowanie udziału procentowego, a do ich obliczenia zostały użyte wszystkie koszty z pozarolniczej działalności gospodarczej. Podatnik w prowadzonej działalności nie wskazał, które koszty uznał za pośrednie, które za bezpośrednie. Założył jedynie, że koszty bezpośrednie stanowiły 5% bez żadnego uzasadnienia. Wyliczenie w ten sposób kosztów bezpośrednich jest niedopuszczalne, ponieważ wbrew twierdzeniom strony, zawierają w sobie również część kosztów wykluczonych przez ustawodawcę.

W ocenie organu odwoławczego, organ I instancji zweryfikował w toku prowadzonego postępowania wszystkie argumenty strony podniesione we wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Natomiast przedstawiony przez podatnika stan faktyczny w wydanej wobec niego interpretacji indywidualnej nie ma odzwierciedlenia w zgromadzonym materiale dowodowym. Przedłożona przez podatnika ewidencja na potrzeby ulgi IP BOX w zakresie kosztów uzyskania przychodu nie spełnia wymogów, o których mowa w art. 30cb ust. 1 u.p.d.o.f. Zatem w sprawie zastosowanie znajdzie art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f. Podatnik jest zobowiązany do zapłaty podatku liniowego w wysokości 19%, a wydana interpretacja indywidualna z 10 października 2024 r. nie pełni funkcji ochronnej, z uwagi na podanie przez podatnika odmiennego stanu faktycznego od przedłożonych w sprawie dokumentów.

W skardze z dnia 2 czerwca 2025 r. do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu skarżący, reprezentowany przez pełnomocnika, wniósł o uchylenie zaskarżonej decyzji w całości oraz poprzedzającej ją decyzji organu instancji, ewentualnie o uchylenie decyzji w całości oraz przekazanie sprawy do ponownego rozpoznania, a ponadto o zasądzenie zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm przepisanych. Zaskarżonej decyzji zarzucono:

1) naruszenie przepisów postępowania mających istotny wpływ na wynik sprawy, tj. art. 233 § 1 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (tekst jedn. Dz. U. z 2025 r., poz. 111 – dalej: "o.p.") w zw. z:

a) art. 122, art. 180, art. 187 w zw. z art. 191 o.p., poprzez nienależyte ustalenie stanu faktycznego sprawy, a co się z tym wiąże nieprawidłową ocenę tego stanu;

b) art. 122, art. 187 oraz art. 124 o.p., poprzez wybiórcze, nakierowane na potwierdzenie z góry postawionej tezy, zebranie materiału dowodowego, co ostatecznie doprowadziło do wydania rozstrzygnięcia bez ustalenia niezbędnych przesłanek pozwalających na wydanie rozstrzygnięcia na niekorzyść skarżącego;

c) art. 210 § 1 pkt 6 oraz § 4 o.p., poprzez nieprzedstawienie spójnego i jasnego uzasadnienia faktycznego i prawnego wydanej decyzji oraz poprzez błędnie sformułowane uzasadnienie zaskarżonej decyzji, co było pokłosiem naruszenia wskazanych powyżej przepisów postępowania podatkowego;

d) art. 75 § 4a o.p., poprzez odmowę stwierdzenia nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych;

e) art. 121 w związku z art. 2a o.p. poprzez prowadzenie postępowania w sposób niebudzący zaufania do organów podatkowych, czego przykładem jest w szczególności niestosowanie zasady in dubio pro tributario pomimo, że powstały wątpliwości w postaci prawa strony do rozliczenia kosztów podatkowych z zastosowaniem proporcji;

2) naruszenie przepisów prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, tj.:

a) art. 30cb ust. 1 pkt 4 i art. 30cb ust. 2 u.p.d.o.f. poprzez odmowę zwolnienia skarżącego z rygorystycznych wymogów prowadzenia ewidencji dla celów IP BOX w sytuacji obiektywnie uzasadnionych przyczyn wskazanych w tym przepisie;

b) art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f. poprzez uznanie, że skarżący nie jest uprawniony do stosowania zasady podziału kosztów z wykorzystaniem struktury sprzedaży, co ostatecznie doprowadziło do odmowy prawa do skorzystania z ulgi z tytułu IP BOX;

c) art. 30ca ust. 1 u.p.d.o.f. poprzez nieuznanie prawa do opodatkowania uzyskanego dochodu z kwalifikowanych praw własności 5 % podatkiem.

W uzasadnieniu skargi strona skarżąca szczegółowo umotywowała i rozwinęła poszczególne zarzuty. Podkreślono, że w ramach działalności gospodarczej prowadzonej przez stronę zostały opracowane i zarejestrowane w Urzędzie Patentowym patenty pt.: kocioł grzewczy na paliwa stałe, kocioł grzewczy na paliwa stałe z zasobnikiem paliwa oraz wzory użytkowe pt.: palnik retortowy kotła grzewczego, palnik kotła i kocioł grzewczy. Wykorzystując powyższe patenty, wzory przemysłowe i wzory użytkowe skarżący sprzedaje produkty o nazwie: kotły, regulatory, palniki, sterowniki, a także licencje. Efektem prowadzonych przez stronę prac jest projektowanie i tworzenie produktów, które w stosunku do działalności innych podmiotów działających na rynku mają nowy, bardziej innowacyjny, ulepszony czy wręcz nowatorski charakter przez co w znacznym stopniu odróżniają się od tych dotychczas funkcjonujących w praktyce gospodarczej. W wyniku wdrożenia do prowadzonej produkcji patentów i wzorów przemysłowych osiągnięte zostały konkretne cele, tj. wdrożenie ich w produkcji, osiągnięcie przewagi konkurencyjnej na rynku, pozyskanie licencjobiorców, a także stały wzrost sprzedaży, w konsekwencji osiąganie większej dochodowości poprzez dywersyfikację produktów na rynku. Twórczy charakter działalności wiąże się z tym, że wytwarzane w oparciu o uzyskane patenty, wzory przemysłowe i wzory użytkowe urządzenia znacznie poprawiły jakość procesu spalania, co bezpośrednio wpływa na ochronę środowiska i obniżenie emisji CO2. Strona posiada certyfikaty i raporty z badań w Państwowym Instytucie [...]. Podatnik opracował również autorski algorytm sterowania palnikiem i kotłem (piecem). Autorskie rozwiązania techniczne, tzn. regulatory polegają na tym, że regulacja temperatury wyznacza algorytm pid, dodatkowo następuje automatyczna korekta dawki spalanego opału (w zależności od wartości energetycznej opału). Wprowadzone rozwiązania pozwalają na dostosowanie się produkowanych urządzeń do rosnących wymagań klientów oraz norm Unii Europejskiej. Konstrukcje wszystkich produkowanych urządzeń zostały zmodernizowane z zastosowaniem najnowszych podzespołów elektronicznych. Ponadto, wykonano badania na kompatybilność elektromagnetyczną. Zastosowano wielowarstwowe płytki drukowane, a montaż odbywa się na automatycznych liniach produkcyjnych z zachowaniem najwyższych norm jakości. Montowany panel [...] jest bardzo prosty w obsłudze. Duży czytelny 7- calowy kolorowy dotykowy ekran posiada nieograniczone możliwości graficzne. Można na nim przedstawiać całe procesy technologiczne za pomocą burgrafów i ikon itp. Wśród głównych zaplanowanych i wdrożonych celów skarżący przyjął, aby zautomatyzować proces spalania dbając jednocześnie o środowisko oraz poprawę jakości obsługi urządzeń.

Skarżący podniósł, że w wyniku opisanych wyżej działań osiągnięty został efekt w postaci stworzenia innowacyjnych urządzeń, które są obecnie bezkonkurencyjne na rynku. Fakty te, w ocenie strony, zostały w całości zbagatelizowane przez organ podatkowy. Organ ten całkowicie pominął najważniejszy cel wprowadzonych regulacji, tj. stymulowanie procesu innowacyjnego. Zwłaszcza, że skarżący dokonał kolejnych zgłoszeń dotyczących nowych wynalazków. Według skarżącego jedynym celem niniejszego postępowania była odmowa przyznania należnej stronie nadpłaty w podatku dochodowym od osób fizycznych. Skarżący nie zgadza się z organem podatkowym, że prowadzona przez podatnika ewidencja nie odzwierciedla stanu rzeczywistego oraz, że niedopuszczalne jest kwalifikowanie wszystkich kosztów uzyskania przychodów związanych z prowadzoną działalnością jako kosztów związanych z wytworzeniem IP BOX. Zdaniem skarżącego przepisy nie ograniczają zastosowania do obliczeń regulacji zawartej w art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f. W ocenie skarżącego, ich zastosowanie ma miejsce wtedy, gdy z obiektywnych przesłanek wynika, że właściwe przypisanie określonej kategorii kosztów do danego źródła przychodów nie jest możliwe, czyli dany wydatek dotyczy wielu źródeł i nie ma możliwości zastosowania właściwej metodologii jego przypisania do danego źródła, tj. takiej, która będzie odzwierciedlać adekwatne powiązanie odpowiedniej części danego kosztu z przychodami z danego źródła. Wówczas znajdzie zastosowanie przychodowy klucz podziału kosztów.

W odpowiedzi na skargę organ wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonego rozstrzygnięcia.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu, zważył co następuje:

Skarga nie zasługuje na uwzględnienie.

W toku przeprowadzonej sądowej kontroli zaskarżonej decyzji, na podstawie kryterium jej zgodności z prawem i w kontekście zarzutów sformułowanych w skardze, Sąd badał, czy organy podatkowe naruszyły prawo uznając, że w ustalonych okolicznościach faktycznych zastosowanie znajdzie przepis art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f., który pozwala na zastosowanie wobec skarżącego w rozliczeniu podatku dochodowego od osób fizycznych za 2020 r. dotychczasowej stawki podatkowej w wysokości 19%, zamiast preferencyjnej stawki 5% z tytułu skorzystania z ulgi IP BOX. Zdaniem organów przedstawiona przez skarżącego ewidencja kosztów uzyskania przychodów z kwalifikowanego prawa IP nie odzwierciedla rzeczywistych kosztów ponoszonych na poszczególne kwalifikowane prawa IP, których wysokość skarżący ustalił według własnej metodyki. W konsekwencji organy uznały, że pierwotnie złożona deklaracja podatkowa za rok 2020 jest prawidłowa i nie ma uzasadnionych podstaw do stwierdzenia nadpłaty podatku.

Według przeciwnego stanowiska skarżącego przedstawiona przez niego ewidencja IP BOX jest prawidłowa także w odniesieniu do wykazanych kosztów ponoszonych na poszczególne kwalifikowane prawa IP, a zastosowana przez niego metoda ustalania wysokości tych kosztów znajduje uzasadnienie w przepisach

art. 30cb ust. 1 pkt 4 w związku z art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f, stosowanych w okolicznościach tej sprawy z uwzględnieniem Objaśnień Ministra Finansów.

Na wstępie rozważań wskazać należy, że sporne między stronami zagadnienie było już przedmiotem rozstrzygnięcia w wyroku tut. Sądu z 14 listopada 2025 r., wydanym w sprawie o sygn. akt I SA/Po 459/25, dotyczącej roku 2019. Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę w pełni podziela pogląd zaprezentowany w tym wyroku i do niego się odwołuje, posługując się zawartą w nim argumentacją.

W świetle tak zakreślonej płaszczyzny sporu na wstępie rozważań wyjaśnić należy, że zgodnie z 30ca ust. 1 u.p.d.o.f. podatek od osiągniętego przez podatnika w ramach pozarolniczej działalności gospodarczej kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej wynosi 5% podstawy opodatkowania.

Według art. 30ca ust. 2 tej ustawy kwalifikowanymi prawami własności intelektualnej są:

1) patent,

2) prawo ochronne na wzór użytkowy,

3) prawo z rejestracji wzoru przemysłowego,

4) prawo z rejestracji topografii układu scalonego,

5) dodatkowe prawo ochronne dla patentu na produkt leczniczy lub produkt ochrony roślin,

6) prawo z rejestracji produktu leczniczego i produktu leczniczego weterynaryjnego dopuszczonych do obrotu,

7) wyłączne prawo, o którym mowa w ustawie z dnia 26 czerwca 2003 r. o ochronie prawnej odmian roślin (Dz. U. z 2021 r. poz. 213),

8) autorskie prawo do programu komputerowego

– podlegające ochronie prawnej na podstawie przepisów odrębnych ustaw lub ratyfikowanych umów międzynarodowych, których stroną jest [...], oraz innych umów międzynarodowych, których stroną jest Unia Europejska, których przedmiot ochrony został wytworzony, rozwinięty lub ulepszony przez podatnika w ramach prowadzonej przez niego działalności badawczo-rozwojowej.

W myśl art. 30ca ust. 3 u.p.d.o.f. podstawę opodatkowania stanowi suma kwalifikowanych dochodów z kwalifikowanych praw własności intelektualnej osiągniętych w roku podatkowym.

Przepis art. 30ca ust. 4 stanowi, że wysokość kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej ustala się jako iloczyn dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej osiągniętego w roku podatkowym i wskaźnika obliczonego według wzoru:

(a+b)x1,3

a+b+c+d

w którym poszczególne litery oznaczają koszty faktycznie poniesione przez podatnika na:

a- prowadzoną bezpośrednio przez podatnika działalność badawczo-rozwojową związaną z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej,

b- nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu niepowiązanego w rozumieniu art. 23m ust. 1 pkt 3,

c- nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, innych niż wymienione w lit. d, od podmiotu powiązanego w rozumieniu art. 23m ust. 1 pkt 4,

d- nabycie przez podatnika kwalifikowanego prawa własności intelektualnej.

Zgodnie z art. 30ca ust. 5 u.p.d.o.f. do kosztów, o których mowa w ust. 4, nie zalicza się kosztów, które nie są bezpośrednio związane z kwalifikowanym prawem własności intelektualnej, w szczególności odsetek, opłat finansowych oraz kosztów związanych z nieruchomościami. W przypadku gdy wartość wskaźnika, o którym mowa w ust. 4, jest większa od 1, przyjmuje się, że wartość ta wynosi 1 (art. 30ca ust. 6).

Według art. 30ca ust. 7 u.p.d.o.f. dochodem (stratą) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej jest obliczony zgodnie z art. 9 ust. 2 dochód (strata) z pozarolniczej działalności gospodarczej w zakresie, w jakim został osiągnięty:

1) z opłat lub należności wynikających z umowy licencyjnej, która dotyczy kwalifikowanego prawa własności intelektualnej;

2) ze sprzedaży kwalifikowanego prawa własności intelektualnej;

3) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu lub usługi;

4) z odszkodowania za naruszenie praw wynikających z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, jeżeli zostało uzyskane w postępowaniu spornym, w tym postępowaniu sądowym albo arbitrażu.

Z kolei art. 30ca ust. 8 u.p.do.f. stanowi, że do ustalenia dochodów (strat), o których mowa w ust. 7 pkt 3, przepisy art. 23o i art. 23p stosuje się odpowiednio.

W przypadku gdy nie jest możliwe ustalenie dochodu przypadającego na poszczególne kwalifikowane prawa własności intelektualnej, podatnik może obliczyć kwalifikowany dochód z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej zgodnie z ust. 4-6 dla tego samego rodzaju produktu lub usługi lub dla tej samej grupy produktów lub usług, w których zostało wykorzystane kwalifikowane prawo własności intelektualnej (art. 30ca ust. 9). Od dochodu z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej podatnik może odliczyć koszty kwalifikowane określone w art. 26e ust. 2-3b, które doprowadziły do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia przez podatnika tego prawa, przy czym przepisy art. 26e ust. 1 zdanie drugie i ust. 3c-10 stosuje się odpowiednio (art. 30ca ust. 9a).

W myśl art. 30ca ust. 10 ww. ustawy o wysokość straty z kwalifikowanych praw własności intelektualnej poniesionej w roku podatkowym obniża się dochód osiągnięty w najbliższych kolejno następujących po sobie 5 latach podatkowych z tego samego kwalifikowanego prawa własności intelektualnej, tego samego rodzaju produktu lub usługi lub tej samej grupy produktów lub usług, w których zostało wykorzystane kwalifikowane prawo własności intelektualnej.

Zgodnie z art. 30ca ust. 11 u.p.d.o.f. podatnicy korzystający z opodatkowania zgodnie z ust. 1 są obowiązani do wykazania dochodu (straty) z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej w zeznaniu za rok podatkowy, w którym osiągnięto ten dochód (poniesiono stratę). Przepisy ust. 1-11 stosuje się odpowiednio do ekspektatywy uzyskania kwalifikowanego prawa własności intelektualnej w związku ze zgłoszeniem lub złożeniem wniosku o uzyskanie takiego prawa ochronnego do właściwego organu, od dnia zgłoszenia lub złożenia wniosku (art. 30ca ust. 12). W przypadku wycofania zgłoszenia lub wniosku, odmowy udzielenia prawa ochronnego, odrzucenia zgłoszenia lub odrzucenia wniosku o rejestrację podatnik jest obowiązany opodatkować zgodnie z art. 27 lub art. 30c kwalifikowane dochody z prawa własności intelektualnej uzyskane w okresie od dnia zgłoszenia lub złożenia wniosku, o którym mowa w ust. 12, do dnia wycofania wniosku lub zgłoszenia, odmowy udzielenia prawa ochronnego, odrzucenia zgłoszenia lub odrzucenia wniosku o rejestrację. W tym przypadku od podatku obliczonego od łącznej sumy dochodów odlicza się podatek zapłacony na podstawie ust. 1 (art. 30ca ust. 13).

Zgodnie z art. 30ca ust. 14 przepisy ust. 1-13 stosuje się odpowiednio do dochodów z licencji do korzystania z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej przysługującej podatnikowi na podstawie umowy, w której zastrzeżono wyłączność korzystania przez podatnika z tego prawa, pod warunkiem uprzedniego prowadzenia przez podatnika prac badawczo - rozwojowych, których efektem jest kwalifikowane prawo własności intelektualnej, na które udzielono tej licencji.

Przepis art. 30cb ust. 1 u.p.d.o.f. stanowi, że podatnicy podlegający opodatkowaniu na podstawie art. 30ca są obowiązani:

1) wyodrębnić każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej w prowadzonych księgach rachunkowych;

2) prowadzić księgi rachunkowe w sposób zapewniający ustalenie przychodów, kosztów uzyskania przychodów i dochodu (straty), przypadających na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej;

3) wyodrębnić koszty, o których mowa w art. 30ca ust. 4, przypadające na każde kwalifikowane prawo własności intelektualnej, w sposób zapewniający określenie kwalifikowanego dochodu;

4) dokonywać zapisów w prowadzonych księgach rachunkowych w sposób zapewniający ustalenie łącznego dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej - w przypadku gdy podatnik wykorzystuje więcej niż jedno kwalifikowane prawo własności intelektualnej, a w prowadzonych księgach rachunkowych nie jest możliwe spełnienie warunków, o których mowa w pkt 2 i 3;

5) dokonywać zapisów w prowadzonych księgach rachunkowych w sposób zapewniający ustalenie dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej w odniesieniu do tego produktu lub tej usługi albo do tych produktów lub tych usług - w przypadku gdy podatnik wykorzystuje jedno kwalifikowane prawo własności intelektualnej lub większą liczbę tych praw w produkcie lub usłudze albo w produktach lub usługach, a w prowadzonych księgach rachunkowych nie jest możliwe spełnienie warunków, o których mowa w pkt 2-4.

Zgodnie z art. 30cb ust. 2 u.p.d.o.f. podatnicy prowadzący podatkową księgę przychodów i rozchodów wykazują informacje, o których mowa w ust. 1, w odrębnej ewidencji.

Według art. 30cb ust. 3 ww. ustawy, w przypadku gdy na podstawie ksiąg rachunkowych lub ewidencji, o której mowa w ust. 2, nie jest możliwe ustalenie dochodu (straty) z kwalifikowanych praw własności intelektualnej, podatnik jest obowiązany do zapłaty podatku zgodnie z art. 27 lub art. 30c.

Zainicjowane przez skarżącego postępowanie o stwierdzenie nadpłaty poprzedzone zostało wydaniem przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej interpretacji indywidualnej z 10 października 2024 r. (nr [...]; k. [...] akt admin.). W uzasadnieniu interpretacji organ stwierdził, mając na uwadze przedstawiony we wniosku opis sprawy, że działalność prowadzona przez skarżącego polegająca na wytworzeniu patentów pt.: kocioł grzewczy na paliwa stałe, kocioł grzewczy na paliwa stałe z zasobnikiem paliwa oraz wzorów przemysłowych(użytkowych) pt.: palnik retortowy kotła grzewczego, palnik kotła, kocioł grzewczy, zarejestrowanych w Urzędzie Patentowym i podlegających ochronie prawnej na podstawie wskazanych przepisów, spełnia definicję działalności badawczo-rozwojowej w rozumieniu art. 5a pkt 38-40 u.p.d.o.f. (s.[...] inter.). Ponadto organ interpretacyjny stwierdził, że wytworzone przez skarżącego patenty, wzory przemysłowe (wzory użytkowe) podlegające ochronie prawnej na podstawie przepisów odrębnych ustaw lub ratyfikowanych umów międzynarodowych, których stroną jest Unia Europejska, których przedmiot ochrony został wytworzony, rozwinięty lub ulepszony przez skarżącego w ramach prowadzonej przez niego działalności badawczo-rozwojowej, są kwalifikowanym prawem własności intelektualnej w rozumieniu art. 30ca ust. 2 pkt 1-3 u.p.d.o.f. Na tej podstawie organ uznał, że uzyskany przez skarżącego dochód z opłat wynikających z umowy licencyjnej, która dotyczy kwalifikowanego prawa własności intelektualnej (opisanych we wniosku patentów i wzorów przemysłowych(wzorów użytkowych) stanowi kwalifikowany dochód w rozumieniu art. 30ca ust. 2 pkt 1-3 u.p.d.o.f. Ponadto organ uznał, że także dochód z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej uwzględnionego w cenie sprzedaży produktu (kotłów, regulatorów, palników i sterowników), stanowi kwalifikowany dochód z kwalifikowanego prawa własności intelektualnej (opisanych we wniosku patentów i wzorów przemysłowych (wzorów użytkowych) w rozumieniu art. 30ca ust. 7 pkt 3 ustawy. W konkluzji organ interpretacyjny stwierdził, że skarżący będzie mógł zastosować stawkę opodatkowania 5% do kwalifikowanego dochodu osiągniętego z kwalifikowanych prawa własności intelektualnej na podstawie przepisów art. 30 ca ust. 1 u.p.d.o.f. za rok 2019 oraz za lata kolejne, o ile zmianie nie ulegnie przedstawiony stan faktyczny (s.[...] inter.).

Powyższe okoliczności i ich ocena prawna nie były kwestionowane przez organy podatkowe w postępowaniu nadpłatowym. Należy podzielić natomiast pogląd organów, że ww. interpretacja nie odnosi się do zastosowanej przez skarżącego metodyki i sposobu prowadzenia ewidencji IP BOX, w tym sposobu ustalenia kosztów uzyskania przychodu z kwalifikowanego praw IP i kosztów kwalifikowanych.

Do przyjętego przez skarżącego sposobu ustalenia ww. kosztów nie odnosi się bezpośrednio powołane w skardze i podczas rozprawy orzecznictwo sądów administracyjnych. Z punktu widzenia okoliczności istotnych dla rozstrzygnięcia tej sprawy zwrócenia uwagi wymaga ugruntowane już w orzecznictwie stanowisko, według którego, powołane wyżej przepisy nie nakładają na podatnika wymogu prowadzenia ewidencji IP BOX na "bieżąco". Reprezentatywnym dla tej linii orzeczniczej jest wyrok NSA z 19 grudnia 2023 r., II FSK 185/22 (wyrok ten i orzeczenia powołane w dalszej części uzasadnienia dostępne są na stronie internetowej:publ. baza CBOSA). W wyroku tym NSA stwierdził m.in., że wykładnia językowa normy wynikającej z art. 30cb ust. 1 i 2 u.p.d.o.f. nie wskazuje na konieczność prowadzenia odrębnej od podatkowej księgi przychodów i rozchodów ewidencji na "bieżąco". Zdaniem NSA także wykładnia systemowa ww. przepisów nie przewiduje takowego obowiązku. Wykładnia systemowa (zewnętrzna i wewnętrzna) przepisów art. 30cb ust. 1 i 2 u.p.d.o.f. uzasadnia wniosek, że "odrębna ewidencja" winna być prowadzona w sposób zapewniający prawidłowe i terminowe ustalenie dochodu (straty), co wynika z art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f., jak i z art. 30cb ust. 1 pkt 4 i 5 u.p.d.o.f., które posługują się pojęciami nawiązującymi do dokonywania zapisów w sposób zapewniający ustalenie dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.

W powołanym wyroku NSA zastrzegł jednak, że w odniesieniu zarówno do ksiąg rachunkowych jak i odrębnej ewidencji, najistotniejszym elementem jest sprawdzalność i prawidłowość informacji, o których mowa w art. 30cb ust.1 u.p.d.o.f. Negatywne dla podatnika skutki prawne zostały zaś przewidziane w art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f. i dotyczą braku możliwości ustalenia dochodu (straty) z kwalifikowanych praw własności intelektualnej. Wnioskując a contrario NSA stwierdził, że w świetle art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f. "odrębna ewidencja", winna być prowadzona w sposób umożliwiający prawidłowe i terminowe ustalenie oraz zadeklarowanie dochodu (straty) podlegającego opodatkowaniu preferencyjną stawką (5%) za dany rok podatkowy.

Podzielając powyższy pogląd Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę przyjął, że nawet w sytuacji, w której skarżący nie prowadził tej odrębnej ewidencji na bieżąco, powinien przedstawić ewidencję pozwalającą organom podatkowym na jej sprawdzenie z punktu widzenia prawidłowości ujętych tam danych.

W niniejszej sprawie główną oś sporu stanowi sposób wyodrębnienia, a następnie ustalenia kosztów uzyskania przychodów dotyczących kwalifikowanych IP. Ta wielkość ma bezpośredni wpływ na wykazaną kwotę dochodu z kwalifikowanego IP, który jest mnożony przez wskaźnik nexus.

Przystępując do analizy przedstawionej przez skarżącego metody ustalenia kosztów uzyskania przychodów dotyczących kwalifikowanych IP, na wstępie tej części rozważań podkreślić należy, że organy podatkowe nie kwestionowały ewidencji IP BOX w zakresie wykazanych tam przychodów z kwalifikowanych IP, z podziałem na cztery wyodrębnione kwalifikowane IP (kotły, regulatory, sterowniki i palniki, licencje), w łącznej kwocie 4.085.934,26 zł netto (tabela – k. [...] akt admin.). Tę wielkość skarżący ustalił na podstawie faktur dokumentujących sprzedaż.

Z bliżej niewyjaśnionych przyczyn, skarżący nie był w stanie ustalić odpowiedniej wielkości po stronie kosztów, na podstawie faktur dokumentujących poniesione wydatki w zakresie kwalifikowanych IP. Dlatego zastosował on metodę polegająca na ustaleniu – w pierwszym kroku - procentowego udziału przychodów z poszczególnych tytułów w ww. łącznej kwocie przychodów (pierwsza tabela – k. [...] akt admin).

W wyniku tego działania skarżący ustalił, że procentowy udział w tym przychodzie wynosi odpowiednio: 26,85 % (sprzedaż kotłów), 51,91 % (sprzedaż regulatorów), 4,21 % (sprzedaż sterowników i palników) i 3,10 % (sprzedaż licencji). Sprzedaż pozostała, nie związana z działalnością badawczo-rozwojową, wyniosła odpowiednio 13,93 %.

Następnie, w drugim kroku, skarżący odniósł tak ustalony procentowy udział do ogólnej kwoty kosztów działalności gospodarczej (3.694.072,56 zł) wykazanej w pierwotnej deklaracji PIT – 36L za 2020 r., co zasadnie podkreślił organ I instancji. W ten sposób skarżący ustalił poszczególne kwoty kosztów uzyskania przychodów dotyczących kwalifikowanych IP, które wyniosły: 992.022,07 zł (kotły), 1.917.415,63 zł (regulatory), 155.591,84 zł (sterowniki i palniki), 114.487,00 zł (licencje), łącznie – 3.179.516,54 zł (tabela druga - k. [...] akt admin.).

W kolejnym kroku, od ww. kwoty przychodu 4.085.934,26 zł, skarżący odjął kwotę łączną kosztów (3.179.516,54zł), otrzymując w ten sposób kwotę

906.417,72 zł z tytułu dochodu z kwalifikowanego IP. Prawidłowe ustalenie kwoty tego dochodu ma w sprawie kluczowe znaczenie, ponieważ w kolejnym kroku, kwota ta mnożona jest przez wskaźnik nexus, w celu ustalenia kwoty dochodu z kwalifikowanego IP – jako podstawy opodatkowania, do którego stosowana jest następnie stawka 5% podatku (podsumowanie tabeli – k. [...] akt admin).

Ustalając wysokość wskaźnika nexus, skarżący miał możliwość podstawienia do ww. wzoru tylko lit. a) (koszty bezpośrednio związane z działalnością B+R związaną z kwalifikowanym IP). Wielkość tę ustalił w ten sposób, że wskazane wyżej kwoty kosztów dotyczących poszczególnych kwalifikowanych IP pomnożył przez współczynnik 0,05, uzyskując kwotę 158.975,83 zł, podstawioną we wzorze pod lit. a) (tabela trzecia – k. [...] akt admin.). Jakkolwiek organy zasadnie zwróciły uwagę na uznaniowość przyjętego współczynnika 0,05, to ostatecznie kwestia ta nie ma istotnego znaczenia dla rozstrzygnięcia sprawy, ponieważ skoro lit. a) występuje zarówno w liczniku i mianowniku ww. wzoru, to niezależnie od jej wartości, wysokość wskaźnika nexus wyniesie w tym wypadku zawsze 1,3, a do obliczenia kwalifikowanego dochodu z kwalifikowanego IP przyjąć można maksymalnie wskaźnik 1, co wynika wprost z art. 30ca ust. 6 u.p.d.o.f.

Jak już wyżej wskazano istotne w tej sprawie zatem jest, jaka liczba wyrażająca kwotę dochodu z kwalifikowanego IP (w tej sprawie – 906.417,72 zł), będzie pomnożona przez wskaźnik 1. Przypomnieć w tym miejscu trzeba, że kwota 906.417,72 zł to wynik działania polegającego na odjęciu od kwoty wykazanych przez skarżącego sumy przychodów z kwalifikowanego IP (4.085.934,26 zł), której organy nie kwestionują, kwoty kosztów uzyskania przychodów dotyczących kwalifikowanych IP (3.179.516,54 zł).

W ocenie Sądu, przyjęty przez skarżącego sposób ustalenia tej ostatniej kwoty budzi uzasadnione wątpliwości, a poczynione w tym zakresie zastrzeżenia organów są trafne. Chodzi tu przede wszystkim o sprawdzalność i prawidłowość zawartych w ewidencji informacji, na co zwrócił uwagę NSA w powołanym wyżej wyroku. Skoro z przedstawionej przez skarżącego ewidencji wynika, że udział kosztów związanych z działalnością B+R to 86,07 % (100%-13,93%), z kwoty obejmującej wszystkie koszty działalności gospodarczej skarżącego wykazanych w pierwotnej deklaracji podatkowej, to na tej na podstawie konsekwentnie założyć należy, że np. w tej kwocie zawierają się także koszty pracownicze, na co zasadnie zwrócił uwagę organ I instancji. Jeżeli jednak skarżący twierdzi, że nie jest możliwe ustalenie kosztów faktycznie poniesionych na działalność B+R związanych z danym prawem, to przyjęcie, że koszty pracownicze związane z działalnością B+R wyniosły w 2020 r. 86,07 % ogólnej sumy kosztów, jest uznaniowe i nieweryfikowalne.

Tymczasem z powołanych przez skarżącego i organy podatkowe Objaśnień Ministra Finansów wynika, że podatnicy prowadzący działalność badawczo-rozwojową, którzy pracują na wytworzeniem więcej niż jednego kwalifikowanego IP, powinni prowadzić ewidencję projektów badawczo-rozwojowych, która składałaby się z następujących elementów: opis projektu, czas rozpoczęcia i zakończenia projektu, wykaz osób zaangażowanych w pracę w poszczególnym projekcie, wykaz prac stworzonych w danym projekcie z imiennym przyporządkowaniem do konkretnej osoby wykonującej dana pracę. W Objaśnieniach przedstawiono przykład, w którym wskazano jako jedno z możliwych rozwiązań prowadzenia przez podatnika (pracodawcę) ewidencji czasu pracy, możliwość prowadzenia ewidencji w arkuszu kalkulacyjnym, gdzie wskazane będzie procentowo, ile czasu danego dnia poświęcił pracownik na dany projekt. W sytuacji, w której pracownik realizuje prace badawczo-rozwojowe prowadzące do wytworzenia kwalifikowanego IP w wymiarze mniejszym niż 100%, podatnik (pracodawca) zalicza do kosztów kwalifikowanej działalności badawczo-rozwojowej wynagrodzenie pracownika, w takiej części, w jakiej czas przeznaczony na realizację tej działalności pozostaje w ogólnym czasie pracy pracownika w danym miesiącu (pkt [...], s. [...] Objaśnień).

Przedstawiona przez skarżącego ewidencja nie pozwala na tego rodzaju wyodrębnienie kosztów pracowniczych, podobnie jak innych wydatków związanych z działalnością B+R.

Zaproponowany przez skarżącego procentowy sposób wyodrębnienia tych kosztów, ustalony na podstawie udziału poszczególnych przychodów z kwalifikowanych IP w ogólnej kwocie przychodów, nie odzwierciedla faktycznie poniesionych wydatków na tego rodzaju działalność. Przyjęta przez skarżącego metoda – w ocenie Sądu – nie znajduje uzasadnienia w odpowiednio stosowanych w stanie faktycznym tej sprawy przepisach art. 22 ust. 3 i 3a u.p.d.o.f.

Zgodnie z art. 22 ust. 3 u.p.do.f., jeżeli podatnik ponosi koszty uzyskania przychodów ze źródeł, z których dochód podlega opodatkowaniu, oraz koszty związane z przychodami z innych źródeł, a nie jest możliwe ustalenie kosztów uzyskania przypadających na poszczególne źródła, koszty te ustala się w takim stosunku, w jakim pozostają przychody z tych źródeł w ogólnej kwocie przychodów.

Według art. 22 ust. 3a u.p.d.o.f. zasadę, o której mowa w ust. 3, stosuje się również w przypadku, gdy część dochodów z tego samego źródła przychodów podlega opodatkowaniu, a część jest wolna od opodatkowania, z wyłączeniem źródeł przychodów określonych w art. 10 ust. 1 pkt 1 i 2 oraz przychodów, o których mowa w art. 21 ust. 1 pkt 152 lit. c, pkt 153 lit. c i pkt 154 w zakresie przychodów z pozarolniczej działalności gospodarczej.

Zdaniem Sądu pogląd skarżącego, który wywodzi przyjętą metodę wyodrębnienia kosztów działalności B+R z ww. przepisów, jest zbyt daleko idący. Zauważyć należy, że w art. 22 ust. 3 u.p.d.o.f. mowa jest o przychodach z innych źródeł. W tej sprawie źródło jest tożsame, jest nią przychód z kwalifikowanego IP, bez względu na ilość kwalifikowanych IP.

Wbrew twierdzeniu skarżącego zastosowana metoda nie znajduje także uzasadnienia w art. 30cb ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f.. Zawarty w tym przepisie wyjątek dotyczy możliwości łącznego ustalenia dochodu z kwalifikowanych IP, w przypadku braku możliwości spełnienia warunków z art. 30cb ust. 1 pkt 1 i 2 tej ustawy. Wynikającej z tego przepisu możliwości ustalenia łącznej kwoty dochodu organy podatkowe nie kwestionowały. Trudno jednocześnie wywodzić z tego przepisu możliwość nie uwzględnienia przy wyliczeniu tego dochodu faktycznie poniesionych kosztów przypadających na dane IP.

Przedstawiony przez skarżącego sposób ujęcia danych w ramach ewidencji IP BOX, wbrew jego twierdzeniu, nie wynika także z powołanych już Objaśnień Ministra Finansów. W Objaśnieniach wskazuje się natomiast, że w przypadku podatników, którzy nie prowadzą ksiąg rachunkowych, wymóg zapewnienia wyodrębnionej ewidencji dla projektu dotyczącego kwalifikowanego IP może być spełniony poprzez sporządzenie techniką komputerową w postaci arkusza kalkulacyjnego kumulatywnego, comiesięcznego zestawienia dokumentów, które potwierdzają poniesione wydatki dotyczące projektu kwalifikowanego IP na koniec danego miesiąca. Zestawienie kumulatywne obejmuje wydatki od początku realizacji działalności badawczo-rozwojowej, która zmierza do wytworzenia, rozwinięcia lub ulepszenia kwalifikowanego IP do końca danego miesiąca kalendarzowego. Zastawienie to sporządzane jest poprzez narastające ujęcie wydatków w odniesieniu do poszczególnych zadań. Należy je sporządzać w oparciu o zestawienie dokumentów potwierdzających poniesione wydatki (pkt [...], s. [...] Objaśnień).

W podsumowaniu tej części rozważań Sąd stwierdził, że organy podatkowe prawidłowo zastosowały w sprawie art. 30cb ust. 3 u.p.d.o.f. uznając, że w okolicznościach faktycznych tej sprawy nie jest możliwe ustalenie w sposób miarodajny dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej. W konsekwencji organy prawidłowo stwierdziły brak uzasadnionych podstaw do stwierdzenia nadpłaty, zgodnie z wnioskiem skarżącego.

Ponadto nie zasługuje na uwzględnienie zarzut naruszenia przez organy

art. 2a o.p. Zgodnie z tym przepisem, niedające się usunąć wątpliwości co do treści przepisów prawa podatkowego rozstrzyga się na korzyść podatnika. Naruszenie zawartej w tym przepisie zasady in dubio pro tributario następuje wówczas, gdy wyniki wykładni doprowadziły do wyłonienia kilku hipotez interpretacyjnych, z których żadna nie byłaby przekonująca, a mimo to zostałaby wybrana opcja niekorzystna dla podatnika. Innymi słowy, naruszenie wspomnianej zasady to nierespektowanie w takich warunkach wyboru przez podatnika hipotezy interpretacyjnej (spośród kilku możliwych) najbardziej dla niego korzystnej (szerzej: B. Brzeziński, O wątpliwościach wokół zasady rozstrzygania wątpliwości na korzyść podatnika, "Przegląd Podatkowy" 2015/4, s. 17 i n.).

W tym kontekście stwierdzić należy, że ustanowione przez ustawodawcę przepisy, zwłaszcza dotyczące obciążeń podatkowych, powinny być formułowane w sposób precyzyjny i jasny, tak aby uniknąć ewentualnych rozbieżnych interpretacji. Natomiast w sytuacji, gdy takie rozbieżności się pojawią, organ powinien zastosować interpretację korzystniejszą dla skarżącego, zgodnie z dyspozycją art. 2a o.p.

W uzasadnieniu uchwały siedmiu sędziów z 27 marca 2023 r. (I FPS 2/22), NSA zwrócił uwagę, że na konieczność odwołania się do ww. zasady wielokrotnie wskazywał w swoim orzecznictwie podnosząc, że zasada ta wywodzona była z konstytucyjnej zasady demokratycznego państwa prawnego (art. 2 Konstytucji) oraz z zasady ustawowej regulacji prawa podatkowego daninowego (art. 48 i art. 217 Konstytucji). Z orzecznictwa NSA wynika, że obowiązywanie tej zasady nakazuje, aby w razie potrzeby rozstrzygania między różnymi wchodzącymi w grę wariantami interpretacyjnymi organy stosujące wybrały rezultat najbardziej korzystny dla podatnika (por. np. uchwały NSA z dnia 17 listopada 2014 r., w sprawach: II FPS 3/14 i II FPS 4/14, wyrok z 25 maja 2018 r., II FSK 1292/16). Na konieczność respektowania tej zasady w procesie wykładni przepisów prawa podatkowego zwracał również uwagę Trybunał Konstytucyjny, stwierdzając w uzasadnieniu wyroku z 18 lipca 2013 r., o sygn. akt SK 18/09 (OTK-A 2013/6/80), że zgodnie z wymogami konstytucyjnymi niejasnych regulacji podatkowych nie wolno interpretować na niekorzyść podatników, a w konsekwencji jeśli takie regulacje okazują się ostatecznie wieloznaczne, to zgodnie z zasadą in dubio pro tributario należy opowiedzieć się za rozwiązaniem uwzględniającym interes podmiotu obowiązanego do świadczeń podatkowych. Zasadę tę należy rozumieć w ten sposób, że jeśli występują wątpliwości co do znaczenia przepisu w konkretnej sytuacji faktycznej, których nie będzie można usunąć w wyniku prawidłowo prowadzonej wykładni przepisów prawa podatkowego (por. wyrok NSA z 11 maja 2018 r., II FSK 1126/16), to wówczas, stosując art. 2a Ordynacji podatkowej, należy przyjąć znaczenie przepisów korzystniejsze dla podatnika, ponieważ mamy do czynienia z "niedającą się usunąć wątpliwością" dotyczącą treści przepisu prawa podatkowego (por. S. Bogucki, Zasada in dubio pro tributario po jej normatywizacji, "Zeszyty Naukowe Sądownictwa Administracyjnego" 2021, nr 3-4, s. 97 i n.).

W ocenie Sądu tego rodzaju wątpliwości interpretacyjne w niniejszej sprawie nie wystąpiły, a organy podatkowe nie miały wątpliwości co do wykładni zastosowanych w sprawie przepisów prawa materialnego. Spór w tej sprawie nie dotyczył sposobu wykładni i interpretacji przepisów prawa materialnego, ale polegał na odmiennej ocenie przedstawionych przez skarżącego danych, z punktu widzenia kryterium ich sprawdzalności i prawidłowości.

W ocenie Sądu organy podatkowe nie naruszyły wskazanych w skardze przepisów postępowania. Zdaniem Sądu, nie ma w tej sprawie wątpliwości co do tego, czy organ I instancji zgromadził materiał dowodowy, który pozwalał na rozstrzygnięcie sprawy. W tym zakresie organy nie uchybiły zasadom wynikającym z art. 122, art. 180, art. 187 § 1 o.p. Sąd zwraca uwagę, że organ I instancji wzywał skarżącego do przedłożenia stosownych dokumentów źródłowych i wyjaśnień, chcąc uzyskać dane wskazujące na wyodrębnienie każdego przychodu z kwalifikowanego IP oraz na przyporządkowanie do tego przychodu kosztów. Organ zmierzał do uzyskania ewidencji, która odzwierciedla każde zdarzenie gospodarcze. Przedstawiając część dokumentów, skarżący powołał się na art. 30cb ust. 1 pkt 4 u.p.d.o.f. (s. [...] dec. I inst.).

Mając na uwadze stanowisko skarżącego Sąd zauważa ponadto, że co do zasady, zarówno materiał dowodowy, jak i jego ocena winny – zgodnie z art. 210 § 4 o.p. znaleźć swoje odzwierciedlenie w treści uzasadnienia decyzji podatkowej. Uzasadnienie faktyczne decyzji powinno zawierać, w szczególności wskazanie faktów, które organ uznał za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę, oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówił wiarygodności. Uzasadnienie prawne musi zaś zawierać wyjaśnienie podstawy prawnej decyzji z przytoczeniem przepisów prawa. Uzasadnienie faktyczne winno być spójne i logiczne, tak by z jego treści w sposób nie budzący wątpliwości wynikał ustalony przez organ podatkowy stan faktyczny, stanowiący podstawę rozstrzygnięcia podatkowego. Norma ta jest uzupełnieniem postanowień zawartych w art. 124 o.p. zgodnie z którym organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu.

Zdaniem Sądu uzasadnienia zaskarżonych decyzji zawierają wszystkie wymagane ustawą elementy i poddają się sądowej kontroli w tym postępowaniu.

W ocenie Sądu nie ma w tej sprawie uzasadnionych podstaw, aby zarzucić organom naruszenie art. 191 o.p. W świetle zasady swobodnej oceny dowodów, określonej w ww. przepisie, organ podatkowy ocenia na podstawie całego zebranego w sprawie materiału dowodowego, czy dana okoliczność została udowodniona. Zasada ta zakłada ocenę dowodów w ich całokształcie, wzajemnych relacjach i zależnościach, przy uwzględnieniu wiedzy, logiki i doświadczenia życiowego. Organ obowiązany jest więc rozpatrzyć nie tylko poszczególne dowody z osobna, ale wszystkie dowody we wzajemnej łączności, ustosunkowując się do istotnych różnic z nich wynikających. Organ może więc określonym dowodom odmówić wiarygodności, wskazując przy tym przyczyny takiej oceny. W ocenie dowodów organ powinien kierować się wiedzą, zasadami doświadczenia życiowego oraz logiką. Jeżeli zatem ocena materiału dowodowego jest logiczna, przekonująca, niezawierająca w sobie sprzeczności, to nie ma podstaw do przyjęcia, aby naruszała ona zasadę swobodnej oceny dowodów (wyrok NSA z 1 czerwca 2017 r., I FSK 2087/15).

Sąd zauważa, że organy podatkowe nie kwestionowały wartości dowodowej przedstawionych dokumentów i zestawień, oceniły natomiast, że nie jest możliwe sprawdzenie zawartych tam danych, a w konsekwencji ustalenie bez uzasadnionych wątpliwości kwoty dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej.

W tym stanie rzeczy Sąd oddalił skargę na podstawie art. 151 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (tekst jedn.: Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm.).

jeszcze 5038 słów

Przeczytaj pełną treść uzasadnienia

Widzisz ~30% uzasadnienia. Zaloguj się lub załóż konto, aby przeczytać całość.

Zaloguj się Wypróbuj za darmo

Szukasz podobnych spraw?

QuickMap AI przeszukuje 2,87 mln dokumentów podatkowych i zwraca dopasowane orzeczenia z analizą linii orzeczniczej.

Wypróbuj za darmo