Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu zważył, co następuje:
Skarga zasługiwała na uwzględnienie.
Stosownie do art. 1 § 1 i § 2 ustawy z dnia 25 lipca 2002 r. – Prawo o ustroju sądów administracyjnych (Dz. U. z 2024, poz. 1267), sądy administracyjne sprawują wymiar sprawiedliwości poprzez kontrolę działalności administracji publicznej pod względem zgodności z prawem, jeżeli ustawy nie stanowią inaczej.
Jak wynika z art. 145 § 1 pkt 1 lit. a-c ustawy z dnia 30 sierpnia 2002r. – Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2026 r., poz. 143 ze zm.; dalej: "P.p.s.a."), aby uchylić w całości lub w części zaskarżone rozstrzygnięcie organu administracji publicznej konieczne jest stwierdzenie, że doszło w nim do naruszenia bądź przepisu prawa materialnego, które miało wpływ na wynik sprawy, bądź do naruszenia prawa dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, bądź też do innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli mogło ono mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Natomiast w razie nieuwzględnienia skargi sąd skargę oddala (art. 151 P.p.s.a.). Przy czym, sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną, z zastrzeżeniem art. 57a (art. 134 § 1 P.p.s.a.). Brak związania granicami skargi oznacza, że sąd pierwszej instancji ma prawo, a jednocześnie obowiązek dokonania oceny zgodności z prawem zaskarżonego aktu administracyjnego nawet wówczas, gdy dany zarzut nie został podniesiony w skardze. Sąd nie jest przy tym skrępowany sposobem sformułowania skargi, przytoczonymi argumentami, a także zgłoszonymi wnioskami, zarzutami i żądaniami.
Kontrola sądowoadministracyjna w sprawach podatkowych sprawowana jest pod względem legalności, tj. oceny działań administracji podatkowej pod kątem przestrzegania przepisów postępowania i prawidłowości stosowanej wykładni przepisów prawa. Rola sądu administracyjnego sprowadza się do badania i ewentualnego korygowania działania lub zaniechania organów administracji publicznej, a nie zastępowania ich w załatwianiu spraw przez wydawanie końcowego rozstrzygnięcia w sprawie. Sąd administracyjny ocenia zgodność z prawem zaskarżonego aktu organu administracji publicznej, lecz nie zastępuje go w czynnościach. Przejęcie przez sąd administracyjny kompetencji organu administracji do końcowego załatwienia sprawy stanowiłoby wykroczenie poza konstytucyjnie określone granice kontroli działalności administracji publicznej (wyrok NSA z 11 kwietnia 2013r., II GSK 108/2012, LexisNexis nr 5991706).
Oceniając zaskarżone decyzje z punktu widzenia ich zgodności z prawem stwierdzić należy, że decyzje te naruszają prawo w stopniu uzasadniającym ich uchylenie.
W ocenie Sądu, zaskarżone decyzje zostały wydane z naruszeniem między innymi przepisów art. 120, art. 121 § 1, art. 124 oraz art. 210 § 1 pkt 6 i § 4 O.p. Naruszenia te Sąd ocenił jako mogące mieć istotny wpływ na wynik sprawy.
Formułując powyższą ocenę Sąd miał na uwadze następujące względy i przepisy prawa.
Organy podatkowe w toku postępowania działając na podstawie przepisów prawa (art. 120 O.p.), obowiązane są uwzględniać zasady wyrażone m.in. w art. 122, art. 180, art. 187 § 1 i art. 191 O.p. Jak stanowi przepis art. 122 O.p. w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy w postępowaniu podatkowym. Zgodnie z art. 123 § 1 O.p. organy podatkowe obowiązane są zapewnić stronom czynny udział w każdym stadium postępowania, a przed wydaniem decyzji umożliwić im wypowiedzenie się co do zebranych dowodów i materiałów oraz zgłoszonych żądań.
Prawidłowe ustalenie stanu faktycznego jest koniecznym warunkiem właściwego zastosowania przepisu prawa materialnego. Proces ustalenia stanu faktycznego przez organy podatkowe winien uwzględniać zasady wyrażone w art. 180, art. 187 § 1, art. 188 i art. 191 O.p., a organy te mają obowiązek podejmowania wszelkich niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego; nie mogą ograniczać zakresu środków dowodowych, ale w myśl art. 180 O.p. obowiązane są jako dowód dopuścić wszystko, co może się przyczynić do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Dopiero po zgromadzeniu wszystkich dowodów z zachowaniem powyższych zasad oraz po ocenie wiarygodności zebranych dowodów, organy podatkowe oceniają, czy dana okoliczność została udowodniona.
Przez rozpatrzenie całego materiału dowodowego należy rozumieć: "Uwzględnienie wszystkich dowodów przeprowadzonych w postępowaniu, jak i uwzględnienie wszystkich okoliczności towarzyszących przeprowadzeniu poszczególnych dowodów, a mających znaczenie dla oceny ich mocy i wiarygodności" (W. Siedlecki, Uchybienia procesowe w sądowym postępowaniu cywilnym, Wydawnictwo Prawnicze, Warszawa 1971, s. 100). Organ podatkowy obowiązany jest, zgodnie z art. 187 § 1 i art. 191 O.p., dokładnie przeanalizować każdy zgromadzony dowód, a w przypadku niekompletności materiału dowodowego zgromadzić ten materiał zgodnie z art. 122 O.p.
Organ podatkowy obowiązany jest rozpatrzyć nie tylko poszczególne dowody z osobna, ale wszystkie dowody we wzajemnej łączności, ustosunkowując się do istotnych różnic w zebranych dowodach.
Przy czym ocena zebranego materiału dowodowego winna być dokonywana zgodnie z treścią art. 191 O.p., tj.: na podstawie całokształtu materiału dowodowego zebranego w sprawie, bez związania sztywnymi regułami określającymi wartość poszczególnych dowodów, kierując się własnym przekonaniem, uwzględniając wiedzę, doświadczenie życiowe, prawa logiki, informacje wynikające z wzajemnych relacji między poszczególnymi dowodami oraz normy procesowe dotyczące środków dowodowych, w tym ograniczenia wynikające z treści art. 193 § 1 i art. 194 § 1 O.p.
W przeciwnym wypadku, jeżeli ocena dowodów pozbawiona będzie logiki, zawierać będzie luki bądź sprzeczności, jeżeli będzie sprzeczna z zasadami wiedzy i doświadczenia życiowego, a także wybiórczo traktować zgromadzone dowody, będzie to ocena dowolna, skutkująca wadliwością rozstrzygnięcia na takiej ocenie dokonanego.
Zasada swobodnej oceny dowodów zakłada, że organ podatkowy nie jest skrępowany przy ocenie dowodów kryteriami formalnymi. Ma swobodnie oceniać wiarygodność i moc dowodową poszczególnych dowodów zgromadzonych w sprawie. Ocena ta jednak powinna być zgodna z wymaganiami wiedzy, doświadczenia i logiki. "Zasada swobodnej oceny dowodów nie oznacza, że organ jest uprawniony do oceny dowodów według swego widzimisię: swoją ocenę w tej mierze obowiązany jest oprzeć na przekonujących podstawach i dać temu wyraz w uzasadnieniu" (E. Iserzon [w:] E. Iserzon, J. Starościak, Kodeks postępowania administracyjnego. Komentarz, teksty, wzory i formularze, Wydawnictwo Prawnicze, Warszawa 1970, s. 155).
Zatem zarówno wskazanie zgromadzonych dowodów, jak i ich ocena winna znaleźć swoje odzwierciedlenie w uzasadnieniu decyzji.
Zgodnie z art. 210 § 1 pkt 6 O.p. decyzja winna zawierać uzasadnienie faktyczne i prawne. Uzasadnienie faktyczne decyzji zawiera w szczególności wskazanie faktów, które organ uznał za udowodnione, dowodów, którym dał wiarę, oraz przyczyn, dla których innym dowodom odmówił wiarygodności. Uzasadnienie prawne zaś zawiera wyjaśnienie podstawy prawnej decyzji z przytoczeniem przepisów prawa (art. 210 § 4 O.p.).
Uzasadnienie faktyczne winno być spójne i logiczne, tak by z jego treści w sposób niebudzący wątpliwości wynikał ustalony przez organ podatkowy stan faktyczny, stanowiący podstawę rozstrzygnięcia podatkowego. Norma ta jest uzupełnieniem postanowień zawartych w art. 124 O.p., zgodnie z którym organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy, aby w miarę możliwości doprowadzić do wykonania przez strony decyzji bez stosowania środków przymusu. Wyjaśnienie przesłanek, którymi kierują się organy przy załatwianiu sprawy winno znaleźć się w szczególności w uzasadnieniu decyzji.
Należyte uzasadnienie decyzji pozwala na dokonanie oceny, czy decyzja nie została wydana z takim naruszeniem przepisów postępowania, które mogło mieć istotny wpływ na wynik sprawy, a w szczególności czy organ nie pozostawił poza swoimi rozważaniami argumentów podnoszonych przez stronę, czy nie pominął istotnych dla rozstrzygnięcia sprawy materiałów dowodowych lub czy nie dokonał oceny tych materiałów wbrew zasadom logiki lub doświadczenia życiowego. Należyte uzasadnienie decyzji służy także realizacji zasad zaufania stron do organów orzekających oraz przekonywania stron (zob. wyroki WSA w Warszawie z 18 lutego 2014r. III SA/Wa 1547/13 i z 30 stycznia 2017r. III SA/Wa 3325/15; CBOSA).
Postępowanie podatkowe powinno być bowiem prowadzone w sposób budzący zaufanie do organów podatkowych (art. 121 § 1 O.p.). Zgodnie natomiast z przepisem art. 124 O.p. organy podatkowe powinny wyjaśniać stronom zasadność przesłanek, którymi kierują się przy załatwianiu sprawy. "Niewątpliwie zasada przekonywania powinna być przede wszystkim wprowadzona w czyn przez właściwe motywowanie decyzji. Przecież motywy decyzji, zredagowane w sposób należyty, powinny akceptować zasadność wszystkich przesłanek faktycznych i prawnych, którymi organ administracyjny kierował się przy załatwianiu sprawy wydaną decyzją" (S. Rozmaryn: O zasadach ogólnych kodeksu postępowania administracyjnego, PiP 1961, nr 12, s. 898).
Podkreślić też należy, że zgodnie z zasadą dwuinstancyjności wyrażoną w art. 127 O.p., organ odwoławczy obowiązany jest ponownie rozpoznać i rozstrzygnąć sprawę rozstrzygniętą decyzją organu pierwszej instancji. Nie może więc ograniczyć się do kontroli decyzji organu pierwszej instancji, ale obowiązany jest ponownie rozstrzygnąć sprawę. Istota administracyjnego toku instancji polega na dwukrotnym rozstrzygnięciu tej samej sprawy, nie zaś na kontroli zasadności argumentów postawionych w stosunku do orzeczenia organu pierwszej instancji.
Zdaniem Sądu, sposób gromadzenia i ocena materiału dowodowego dokonana w niniejszej sprawie przytoczonych wyżej zasad nie spełniają.
W rozpoznanej sprawie organy podatkowe odmówiły skarżącej dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym w kwocie 39.495,00 zł, która wynika ze złożonego 23 sierpnia 2025 r. pliku [...] za lipiec 2025 r. Według organów istniały uzasadnione wątpliwości czy faktury, którymi posłużyła się strona, dokumentują rzeczywiste transakcje. W ocenie organu odwoławczego nie można było z całą pewnością stwierdzić, że spełniono warunek konieczny do przyznania podatnikowi prawa do odliczenia podatku naliczonego. Organy podkreśliły, że z art. 88 ust 3a pkt 4 lit a u.p.t.u. wynika, że podstawę do dokonania odliczenia może stanowić jedynie faktura odzwierciedlająca faktyczne zdarzenie gospodarcze zarówno w aspekcie podmiotowym, przedmiotowym jak i ilościowym. Niezgodność któregokolwiek z tych aspektów eliminuje możliwość odliczenia podatku naliczonego, zawartego w fakturze. Z akt sprawy wynika jednak, że organy obu instancji nie stwierdziły ww. niezgodności. Organ odwoławczy wskazał natomiast, że prawidłowość zadeklarowanej w pliku [...] za lipiec 2025 r. nadwyżki podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek VAT zostanie zbadana w toku prowadzonej kontroli celno-skarbowej w zakresie podatku od towarów i usług, która została wszczęta wobec spółki W. we wrześniu 2025 r. Mimo takiego stwierdzenia utrzymał w mocy decyzję organu I instancji odmawiającą zwrotu.
Zgodnie z art. 87 ust. 1 u.p.t.u. w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.
Natomiast w art. 87 ust. 2 u.p.t.u. zwrot różnicy podatku, z zastrzeżeniem ust. 5b, 6, 6a i 6d, następuje w terminie 60 dni od dnia złożenia rozliczenia przez podatnika na rachunek bankowy podatnika w banku mającym siedzibę na terytorium kraju albo na rachunek podatnika w spółdzielczej kasie oszczędnościowo-kredytowej, której jest członkiem, wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym, o którym mowa w odrębnych przepisach, lub na wskazany przez podatnika rachunek banku mającego siedzibę na terytorium kraju lub na rachunek spółdzielczej kasy oszczędnościowo-kredytowej, jako zabezpieczenie udzielanego przez ten bank lub przez tę kasę kredytu, na podstawie złożonego przez podatnika do naczelnika urzędu skarbowego, w terminie do złożenia deklaracji podatkowej, sporządzonego na piśmie, nieodwołalnego upoważnienia organu podatkowego, potwierdzonego przez bank lub spółdzielczą kasę oszczędnościowo-kredytową udzielających kredytu, do przekazania tego zwrotu. Jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć ten termin do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Jeżeli przeprowadzone przez organ czynności wykażą zasadność zwrotu, o którym mowa w zdaniu poprzednim, urząd skarbowy wypłaca należną kwotę wraz z odsetkami w wysokości odpowiadającej opłacie prolongacyjnej stosowanej w przypadku odroczenia płatności podatku lub jego rozłożenia na raty.
Stosownie do art. 87 ust. 6a u.p.t.u. na wniosek podatnika, zawarty w złożonej deklaracji podatkowej, urząd skarbowy jest obowiązany dokonać zwrotu różnicy podatku, o której mowa w ust. 2, na rachunek VAT podatnika w terminie 25 dni, licząc od dnia złożenia rozliczenia.
Z powyższej regulacji prawnej, normującej kwestię zwrotu podatku VAT, płyną dwa wnioski. Po pierwsze zasadność wykazanego przez podatnika w ramach samoobliczenia podatku zwrotu podatku VAT powinna być weryfikowana przez organ co do zasady. Po drugie zaś, wtedy gdy w ramach tej pierwotnej weryfikacji organ dojdzie do przekonania, że poprawność żądania podatnika budzi wątpliwości wszczyna procedurę przedłużenia terminu do zwrotu VAT (tak wyrok WSA w Łodzi z 20 lipca 2017 r., I SA/Łd 534/17, dostępny w internetowej Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych na stronie internetowej baza CBOSA, podobnie jak pozostałe orzeczenia krajowych sądów administracyjnych powołane w niniejszym uzasadnieniu).
Podkreślić należy, że organ ma kompetencję do wydania decyzji, gdy odmawia dokonania czynności materialnotechnicznej realizującej uprawnienia określone przepisami prawa materialnego, których stosowanie należy do kompetencji tego organu. Dotyczy to także takich sytuacji, gdy w przepisach prawa materialnego brak jest przepisu stanowiącego wprost o tym, że tego rodzaju odmowa powinna nastąpić w drodze decyzji. W takim wypadku wystarczającą podstawą do wydania decyzji jest art. 207 § 1 O.p. i stosowny przepis prawa wywierający skutki materialnoprawne w odniesieniu do uprawienia, którego organ odmawia zrealizowania.
Decydując o odmowie zwrotu VAT organ podatkowy każdorazowo ma jednak obowiązek wskazać jakie okoliczności za tym przemawiają. Organ wskazał na wątpliwości co do zasadności zwrotu i stwierdził, że z uwagi na te wątpliwości nie może teraz dokonać tego zwrotu. W takiej sytuacji organ zamiast odmowy zwrotu powinien przedłużyć termin wnioskowanego przez skarżącą zwrotu oraz wskazać dlaczego uważa, że okoliczności uzasadniają przedłużenie terminu zwrotu podatku VAT. Podkreślić też należy, że uzasadnieniem decyzji odmawiającej dokonania zwrotu nie może być powołanie się na konieczność dalszej weryfikacji.
Podkreślić należy, że zaskarżona decyzja Dyrektora IAS nie wskazuje na jakiekolwiek nieprawidłowości po stronie skarżącej, jak również po stronie jej bezpośredniego kontrahenta. Organy stwierdziły ogólnie, że kontrahent jest podmiotem nierzetelnym, nieprowadzącym rzeczywistej działalności gospodarczej, a spółka w spornym okresie dokonuje odliczenia podatku VAT od faktur wystawionych przez tego kontrahenta.
Organy powołały się na pismo Naczelnika W. Urzędu Celno-Skarbowego w P., z którego wynika, że wobec kontrahenta spółki przeprowadzono kontrolę celną za okres od 1 stycznia 2023 r. do 30 września 2023 r. W trakcie kontroli ustalono, że kontrahent skarżącej jest tzw. touroperatorem, świadczącym usługi turystyczne na rzecz osób fizycznych. Do rozliczenia podatku VAT stosuje metodę VAT marża. Usługi takie w jego przypadku są faktycznie świadczone w ok. 10% całości deklarowanej sprzedaży. Kontrahent wystawiał faktury VAT na różnego rodzaju usługi, zarówno podmiotom powiązanym, tym samym niwelując podatek VAT do zapłaty swoim kontrahentom, a także na zewnątrz kręgu powiązanych podmiotów tj. podmiotom prowadzącym rzeczywistą działalność, umożliwiając im nienależne obniżenie zobowiązań podatkowych. W wyniku przeprowadzonej kontroli celno-skarbowej ustalono m.in., że ww. kwestionowane faktury wystawione na rzecz skarżącej dotyczą fikcyjnej sprzedaży usług niematerialnych.
Organy przywołując treść pisma nie wyjaśniły na jakiej podstawie i dlaczego uznały kontrahenta skarżącej za nieprowadzącego rzeczywistej działalności gospodarczej, a wystawione przez niego faktury za nierzetelne.
Słusznie zauważyła skarżąca, że z pisma Naczelnika W. Urzędu Celno-Skarbowego w P. wynika, że usługi świadczone przez O. są faktycznie świadczone w ok. 10% całości deklarowanej sprzedaży, a organ nie wyjaśnił, dlaczego w takiej sytuacji uznał, że kontrahent spółki nie prowadzi działalności gospodarczej. Ze wskazanego wyżej pisma wynika również, że wskazana kontrola celna dotyczyła okresu od 1 stycznia 2023 r. do 30 września 2023 r., natomiast zaskarżona decyzja dotyczy lipca 2025 r. Organy w żaden sposób nie udowodniły, że sporne faktury są nierzetelne. Organy mają tylko wątpliwości co do wiarygodności zakwestionowanych transakcji. W takich okolicznościach bez znaczenia pozostaje kwestia powiązań obu spółek z uwagi na osobę R. W. i jego świadomości, co to rzetelności transakcji.
Organ odwoławczy zwrócił również uwagę na wyrok WSA w Poznaniu z 7 sierpnia 2025 r., sygn. akt I SA/Po 318/25, przyznając jednocześnie, że dotyczy on odmiennego stanu faktycznego, w którym podatnik utracił status czynnego podatnika VAT, a w konsekwencji nie miał możliwości skorzystania z uprawnienia do odliczenia podatku naliczonego. Nie ulega wątpliwości, że w niniejszej sprawie podatnik ma status czynnego podatnika VAT, natomiast w sprawie I SA/Po 318/25 takiego statusu został pozbawiony, co było przyczyną odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Drugą kwestią jest przedmiot jednego i drugiego postępowania, a mianowicie tamta sprawa dotyczyła odmowy zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec 2024 r., natomiast sprawa będąca obecnie przedmiotem rozstrzygnięcia dotyczy odmowy dokonania zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym za lipiec 2025 r.
Reasumując, w sprawie doszło do naruszenia wymienionych w skardze przepisów, art. 87 ust. 2b w zw. z art. 88 ust 3a pkt 4 lit a u.p.t.u. Naruszenia przepisów postępowania dotyczyły podstawowych zasad procedury podatkowej wyrażonych w art. 120, art. 121 § 1, art. 124 i art. 210 § 1 pkt 6 i p 4 O.p. Przepisy te naruszono w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy. Dlatego zaskarżone decyzje podlegały wyeliminowaniu z obiegu prawnego. Ponownie rozpatrując sprawę organy winny mieć na uwadze uwagi Sądu, w szczególności w zakresie wymogów uzasadnienia.
W związku z powyższym Sąd, działając na podstawie art. 145 § 1 pkt 1 lit. a i c P.p.s.a. i art. 135 P.p.s.a., orzekł jak w punkcie I sentencji.
O kosztach postępowania orzeczono na podstawie art. 200 i art. 205 § 1 P.p.s.a., jak w punkcie II sentencji wyroku.