Uzasadnienie
1. Przedmiotem zaskarżenia w niniejszej sprawie jest decyzja Dyrektora Izby Administracji Skarbowej z dnia 20 maja 2025 r., nr [...], uchylająca w całości decyzję Naczelnika Pierwszego W. Urzędu Skarbowego w P. z dnia 16 grudnia 2024 r., nr [...], w przedmiocie określenia Z. sp. z o.o. w upadłości z siedzibą w J. (dalej jako: "spółka"), reprezentowana przez S. J. , podatku od towarów i usług za miesiąc marzec 2018 r.
1.1. Naczelnik Pierwszego W. Urzędu Skarbowego w P. w decyzji z dnia 16 grudnia 2024 r. wskazał w pierwszej kolejności, że na skutek wystąpienia przesłanki określonej w art. 70 § 6 pkt 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2025 r., poz. 111 ze zm. – dalej w skrócie: "o.p.") bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych za marzec i kwiecień 2018 r. oraz od czerwca 2018 r. do listopada 2018 r. i styczeń 2019 r. uległ zawieszeniu w dniu 18 sierpnia 2023 r., z uwagi na wszczęcie śledztwa przez Prokuratora Prokuratury Rejonowej P. wobec Z. sp. z o. o. w upadłości, które swym zakresem obejmuje zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za powyższe miesiące. Śledztwo zostało wszczęte w związku z naruszeniem przepisów ustawy o podatku od towarów i usług, w sprawie o przestępstwo skarbowe z art. 56 § 1 k.k.s. i nadal jest prowadzone. O zawieszeniu biegu terminu przedawnienia organ podatkowy zawiadomił prezesa zarządu spółki Z. P. D. i spółkę Z. w dniu 4 września 2023 r. Pełnomocnik szczególny spółki P. K. został zawiadomiony w dniu 31 sierpnia 2023 r., a pełnomocnik szczególny spółki do doręczeń P. K. odebrał zawiadomienie w dniu 12 września 2023 r. Wobec powyższego, zdaniem organu I instancji brak jest podstaw do uznania, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nastąpiło na skutek instrumentalnego wykorzystania przepisu art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Wyjaśniono, że ze względu na pozycję i kompetencje prokuratora, jako organu pełniącego szczególną rolę w postępowaniu karnym, w tym karnym skarbowym, nie sposób przyjąć, że wszczynając śledztwo, miałby on uczestniczyć czy przyczyniać się do "pozorowanego", czy "instrumentalnego" prowadzenia postępowania karnego skarbowego dla potrzeb wstrzymania biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych.
Dodatkowo w kwestii przedawnienia zobowiązania podatkowego organ I instancji wskazał, że w dniu 14 lipca 2023 r. wydał wobec Z. sp. z o. o. decyzję, nr [...], w której określił i jednocześnie zabezpieczył na majątku spółki przybliżoną kwotę do zapłaty, wynikającą z podatku od towarów i usług wraz z odsetkami za zwłokę za okres od marca do kwietnia 2018 r. oraz od czerwca do listopada 2018 r. Następnie w oparciu o powyższą decyzję w dniu 1 sierpnia 2023 r. wydano zarządzenie zabezpieczenia stosowane w zabezpieczeniach należności pieniężnych, doręczone spółce z dniem 8 sierpnia 2023 r. Z uwagi na powyższe, organ I instancji uznał, że zobowiązania podatkowe w podatku od towarów i usług za powyższe miesiące, nie uległy przedawnieniu z upływem 31 grudnia 2023 r., ponieważ bieg terminu przedawnienia powyższych zobowiązań uległ zawieszeniu z dniem 8 sierpnia 2023 r., w związku z doręczeniem zarządzenia zabezpieczenia w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji.
Dokonując merytorycznego rozpatrzenia sprawy Naczelnik Pierwszego W. Urzędu Skarbowego w P. stwierdził, że Z. sp. z o.o. w badanym okresie rozliczeniowym nie nabyła prawa do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającą z faktur VAT, na których jako wystawcy widniały podmioty: M. LTD sp. z o.o. i A. sp. z o.o. Organ I instancji stwierdził, że nabycia oleju napędowego mogły mieć wprawdzie miejsce, ale z pominięciem powyższych podmiotów, zatem faktury VAT dokumentujące zakwestionowane transakcje są nierzetelne w zakresie podmiotowym, tzn. nie dokumentują rzeczywistego podmiotu na nich występującego. Ustalono, że rzekomi kontrahenci spółki - M. LTD sp. z o.o. i A. sp. z o.o. nie wydawali paliwa i nie prowadzili faktycznej działalności gospodarczej. Byli nastawieni jedynie na wystawianie faktur sprzedaży paliwa na rzecz spółki. Działania te miały na celu stworzenie nowej fakturowej ścieżki dostaw paliwa z zagranicy do kraju, która funkcjonowała od marca 2018 r.
Dostawcą paliwa na rzecz M. LTD sp. z o.o. w marcu 2018 r. miała być B. sp. z o.o., posiadająca cechy tzw. "znikającego podatnika". Spółka ta nie była w posiadaniu oleju napędowego sprzedawanego do M. LTD sp. z o.o., zatem nie mogła być dostawcą paliwa na rzecz tego podmiotu. B. sp. z o.o. wystawiała jedynie faktury z należnym podatkiem od towarów i usług, którego nie odprowadzała do budżetu państwa. Wskazano także na powiązania pomiędzy prezesem zarządu M. LTD sp. z o.o. K. P., a B. sp. z o.o., które polegały na tym, że K. P. w dniu 1 lutego 2016 r nabył udziały B. sp. z o.o. za kwotę 470 000 zł i po nabyciu zmienił nazwę spółki na S.-T. sp. z o.o. Następnie w dniu 10 sierpnia 2017 r. sprzedał udziały tej spółki obywatelowi [...] za 45 000 zł, po czym nazwa spółki została ponownie zmieniona na B. sp. z o.o. W rezultacie stwierdzono, że M. LTD sp. z o.o., jak i rzekomy dostawca paliwa na jej rzecz - B. sp. z o.o., jako uczestnicy łańcucha dostaw paliwa tworzyły mechanizm, polegający na unikaniu zapłaty należnego podatku od towarów i usług poprzez zaniżanie podstawy opodatkowania o kwoty akcyzy i opłaty paliwowej na pierwszym etapie obrotu, natomiast na kolejnym etapie obrotu B. sp. z o.o. służyła do legalizacji podatku naliczonego do M. LTD sp. z o.o.
Odnośnie firmy A. sp. z o.o. organ I instancji ustalił, że spółka ta miała cechy "znikającego podatnika", nie złożyła deklaracji dla podatku od towarów i usług VAT-7 oraz pliku JPK za marzec 2018 r., co oznacza, że nie wykazała podatku należnego z tytułu spornej transakcji. Co więcej w dniu 30 lipca 2018 r. dokonano wykreślenia powyższego podmiotu z rejestru podatników jako podatnika VAT czynnego i brak było możliwości skontaktowania się z powyższą spółką pod zgłoszonym przez nią adresem. Ustalono, że wbrew danym wynikającym z dokumentów, A. sp. z o.o., nie mogła nabyć oleju napędowego od B. sp. z o.o., a następnie nie mogła dokonać dalszej sprzedaży tego paliwa w marcu 2018 r. do Z. sp. z o.o.
Zdaniem organu I instancji spółka Z., biorąc udział w transakcjach fakturowych z M. LTD sp. z o.o. i A. sp. z o.o., nie dochowała należytej staranności w toku prowadzonej działalności gospodarczej, uczestniczyła w transakcjach podmiotów niemających właściwego zaplecza technicznego do jej prowadzenia, w obrocie podmiotów noszących cechy buforów, poprzez dokonywanie transakcji znacznej wartości z nowymi kontrahentami tylko w oparciu o kontakt telefoniczny i mailowy, nie podejmując działań nakierowanych na ustalenie źródła legalności pochodzenia towaru i weryfikując wiarygodność kontrahenta tylko w oparciu o kryteria formalne (tzn. nadesłane dokumenty). W konsekwencji, organ I instancji stwierdził, że nabycia oleju napędowego w spornym okresie przez Z. sp. z o.o. miały co prawda miejsce, ale faktury VAT dokumentujące zakwestionowane transakcje nabycia pomiędzy Z. sp. z o.o., a M. LTD sp. z o.o. oraz A. sp. z o.o. są nierzetelne w zakresie podmiotowym, tzn. nie dokumentują rzeczywistego podmiotu na nich występującego. W oparciu o powyższe uznano, że Z. sp. z o.o. w badanym okresie rozliczeniowym, uwzględniając treść przepisów art. 86 ust. 1 oraz art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2024 r., poz. 361 ze zm. – dalej w skrócie: "u.p.t.u."), nie nabyła prawa do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, wynikającą z faktur VAT, na których jako wystawcy widniały M. LTD sp. z o.o. i A. sp. z o.o.
1.2. W odwołaniu od powyższej decyzji organu I instancji spółka wniosła o jej uchylenie i umorzenie postępowania w sprawie, zarzucając naruszenie: art. 120, art. 121 § 1, art. 122, art. 180 § 1, art. 181, art. 187 § 1, art. 188, art. 191, art. 200 § 1, art. 207 § 1, art. 210 § 1 pkt 5 i 6 o.p. oraz art. 86 ust. 1 i art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a) u.p.t.u. i art. 167, art. 168, art. 169, art. 170, art. 178, art. 179, art. 203 Rady 2006/112/WE z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej, a także art. 84, art. 217 i art. 22 Konstytucji R. P..
1.3. Dyrektor Izby Administracji Skarbowej, opisaną na wstępie decyzją z dnia 20 maja 2025 r. uchylił w całości decyzję organu I instancji i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia przez ten organ. W motywach rozstrzygnięcia organ odwoławczy, wyjaśniając kwestię przedawnienia, wskazał na wystąpienie zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych spółki w podatku od towarów i usług za miesiąc marzec 2018 r. w okresie od 8 sierpnia 2023 r. do 30 maja 2024 r., z uwagi na przesłankę wskazaną w art. 70 § 6 pkt 4 o.p. W tym kontekście wyjaśniono, że decyzją z dnia 14 lipca 2023 r. Naczelnik Pierwszego W. Urzędu Skarbowego w P. określił i jednocześnie zabezpieczył na majątku spółki przybliżone kwoty zobowiązań podatkowych z tytułu podatku od towarów i usług m.in. za powyższy miesiąc. Zarządzenia zabezpieczenia zostały doręczone bezpośrednio spółce w dniu 8 sierpnia 2023 r. i wówczas uległ zawieszeniu bieg terminu przedawnienia spornych zobowiązań podatkowych. Prowadzone wobec Z. sp. z o.o. postępowanie zabezpieczające uległo z mocy prawa umorzeniu z dniem uprawomocnienia się postanowienia o ogłoszeniu upadłości spółki, tj. z dniem 30 maja 2024 r. Zaznaczono, że termin przedawnienia zobowiązań podatkowych za marzec 2018 r. nie rozpoczął dalszego biegu z dniem 31 maja 2024 r., z uwagi na kolejną mającą zastosowanie w sprawie przesłankę zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych objętych zaskarżoną decyzją, wymienioną w treści art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Organ odwoławczy podzielił stanowisko i argumenty przedstawione przez organ I instancji dotyczące skutecznego zawiadomienia spółki o zawieszeniu biegu terminu przedawnienia, w związku z zainicjowaniem wobec niej postępowania karnego skarbowego za badane okresy. W ocenie organu odwoławczego brak było podstaw do uznania, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego nastąpiło z instrumentalnym wykorzystaniem przepisu art. 70 § 6 pkt 1 o.p., czyli wyłącznie w celu zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego za badany okres. Zdaniem organu II instancji bieg terminu przedawnienia zobowiązań podatkowych spółki w podatku od towarów i usług za marzec 2018 r. był już zawieszony przed wszczęciem postępowania karnego skarbowego, z uwagi na doręczenie Z. sp. z o.o. zarządzeń zabezpieczenia, w trybie przepisów o postępowaniu egzekucyjnym w administracji. Ponadto wszczęcie postępowania karnego skarbowego było następstwem nieprawidłowości w zakresie rozliczenia podatku od towarów i usług za marzec 2018 r., ujawnionych w toku kontroli podatkowej prowadzonej wobec Z. sp. z o.o. Uznano, że wszczęcie postępowania karnego skarbowego w sprawie było uzasadnione w aspekcie podejrzenia popełnienia przestępstwa skarbowego przez reprezentantów spółki, którego dotyczyła przeprowadzona kontrola podatkowa. Postępowanie karne skarbowe zostało wszczęte dla realizacji głównego celu postępowania karnego, jakim jest, zgodnie z art. 2 § 1 pkt 1 k.p.k., wykrycie i pociągnięcie do odpowiedzialności sprawcy przestępstwa skarbowego. Zdaniem organu II instancji okoliczność późniejszego umorzenia śledztwa prowadzonego przeciwko prezesowi zarządu Z. sp. z o.o. - H. K., nie ma znaczenia dla oceny istnienia przesłanek zawieszenia biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego, określonych w art. 70 § 6 pkt 1 o.p. Sposób zakończenia postępowania nie ma znaczenia dla określenia, czy doszło do skutecznego zawieszenia biegu terminu przedawnienia. Warunek zakończenia postępowania karnego wyrokiem skazującym nie został sformułowany w przepisach o.p. Konsekwencją umorzenia postępowania karnego skarbowego jest fakt, iż zgodnie z art. 70 § 7 pkt 1 o.p., bieg terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego Z. sp. z o.o. w upadłości za miesiąc marzec 2018 r., po zawieszeniu biegł dalej od dnia następującego po prawomocnym zakończeniu postępowania w sprawie o przestępstwo skarbowe lub wykroczenie skarbowe, tj. od 7 marca 2025 r.