2.1. W odpowiedzi na skargę organ odwoławczy wniósł o jej oddalenie, podtrzymując stanowisko i argumentację wyrażone w uzasadnieniu zaskarżonego rozstrzygnięcia.
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu rozważył co następuje:
3. Skarga jako bezzasadna, nie zasługuje na uwzględnienie.
Niniejsza sprawa została rozpoznana przez Sąd w trybie uproszczonym, na podstawie art. 119 pkt 3 i art. 120 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (Dz. U. z 2024 r., poz. 935 ze zm. – dalej w skrócie: "p.p.s.a."). W ramach swej kognicji sąd bada, czy przy wydaniu zaskarżonego aktu nie doszło do naruszenia prawa materialnego lub przepisów postępowania. Dokonując kontroli legalności zaskarżonych aktów, zgodnie z art. 134 § 1 p.p.s.a., sąd rozstrzyga w granicach danej sprawy, nie będąc jednak związany zarzutami i wnioskami skargi oraz powołaną podstawą prawną. Zobowiązany jest natomiast do wzięcia z urzędu pod uwagę wszelkich naruszeń prawa, w tym także tych niepodnoszonych w skardze, które są związane z materią zaskarżonych aktów administracyjnych. Uwzględnienie skargi następuje w przypadku stwierdzenia naruszenia przepisów prawa, dającego podstawę do wznowienia postępowania administracyjnego, innego naruszenia przepisów postępowania, jeżeli uchybienie to mogło mieć istotny, a nie jakikolwiek, wpływ na wynik sprawy, bądź obrazy prawa materialnego (art. 145 § 1 p.p.s.a.), co w niniejszej sprawie nie miało miejsca.
3.1. W toku sądowej kontroli zaskarżonego postanowienia przeprowadzonej na podstawie kryterium zgodności z prawem, w kontekście sformułowanych w skardze zarzutów, kluczową i najistotniejszą sporną kwestią w niniejszej sprawie jest ocena zasadności stanowiska organu odwoławczego co do zastosowania przepisów art. 54 § 2 w związku z art. 54 § 1 pkt 3 i 7 o.p. Zdaniem organu odwoławczego, organ I instancji zaliczając dokonaną przez skarżącego wpłatę prawidłowo przyjął okres naliczania odsetek za zwłokę, bez uwzględnienia okresów wyłączenia w ich naliczaniu. W ocenie organu II instancji analiza podjętych czynności pozwala na stwierdzenie, że organ I instancji podejmował wyłącznie czynności niezbędne do wyjaśnienia stanu faktycznego i wydania rozstrzygnięcia w sprawie, a przeprowadzenie kolejnych dowodów było wynikiem składanych przez stronę wniosków.
Według przeciwnego stanowiska skarżącego, organ nie powinien naliczać odsetek z uwagi na czas w jakim było prowadzone postępowanie podatkowe, a w sprawie nie zachodziły okoliczności, o których stanowi art. 54 § 2 o.p., a co za tym idzie, organ błędnie zaliczył części wpłaty dokonanej przez podatnika na poczet zaległości odsetkowych, co w świetle art. 54 § 1 pkt 7 o.p. nie powinno mieć miejsca. Ponadto skarżący stwierdził, że w niniejszej sprawie nie było uzasadnionych podstaw do przyjęcia podwyższonej stawki odsetek 150%, na podstawie art. 56b pkt 1 o.p.
Na wstępie rozważań wskazać należy, że sporne między stronami zagadnienie jest przedmiotem rozstrzygnięcia w 7 sprawach zakończonych wyrokami WSA w Poznaniu z dnia 14 listopada 2025 r., o sygn. akt: I SA/Po 575/25, I SA/Po 576/25, I SA/Po 577/25, I SA/Po 578/25, I SA/Po 579/25, I SA/Po 580/25 i I SA/Po 581/25. Sąd w składzie rozstrzygającym niniejszą sprawę przyjął jednolitą ocenę prawną i argumentację zawartą w powyższych orzeczeniach.
3.2. Stosownie do przepisu art. 54 § 1 o.p. odsetek za zwłokę nie nalicza się:
1) za okres zabezpieczenia, od zabezpieczonej kwoty zobowiązania, jeżeli objęte zabezpieczeniem środki pieniężne, w tym kwoty uzyskane ze sprzedaży objętych zabezpieczeniem rzeczy lub praw, zostały zaliczone na poczet zaległości podatkowych;
2) za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 227 § 1, do dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy;
3) za okres od dnia następnego po upływie terminu, o którym mowa w art. 139 § 3, do dnia doręczenia decyzji organu odwoławczego, jeżeli decyzja organu odwoławczego nie została wydana w terminie, o którym mowa w art. 139 § 3;
4) w przypadku zawieszenia postępowania z urzędu - od dnia wydania postanowienia o zawieszeniu postępowania do dnia doręczenia postanowienia o podjęciu zawieszonego postępowania;
5) jeżeli wysokość odsetek nie przekraczałaby trzykrotności wartości opłaty pobieranej przez operatora wyznaczonego w rozumieniu ustawy z dnia 23 listopada 2012 r. - Prawo pocztowe za traktowanie przesyłki listowej jako przesyłki poleconej;
6) (uchylony);
7) za okres od dnia wszczęcia postępowania podatkowego do dnia doręczenia decyzji organu pierwszej instancji, jeżeli decyzja nie została doręczona w terminie 3 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania;
7a) za okres od dnia następnego po upływie dwóch lat od dnia złożenia deklaracji, od zaległości związanych z popełnionymi w deklaracji błędami rachunkowymi lub oczywistymi omyłkami, jeżeli w tym okresie nie zostały one ujawnione przez organ podatkowy;
7b) za okres od dnia złożenia wniosku o wydanie decyzji określonej w art. 119zfa § 1 do dnia cofnięcia skutków unikania opodatkowania zgodnie z art. 119zfk § 1 lub 2, od zaległości podatkowych związanych z osiągnięciem korzyści podatkowej;
7c) w przypadku niezakończenia kontroli podatkowej albo kontroli celno-skarbowej w terminie 6 miesięcy od dnia jej wszczęcia - za okres od dnia następnego po upływie tego terminu do dnia jej zakończenia;
8) w zakresie przewidzianym w odrębnych ustawach.
Zgodnie z art. 54 § 2 o.p. przepisu § 1 pkt 3 i 7 nie stosuje się, jeżeli do opóźnienia w wydaniu decyzji przyczyniła się strona lub jej przedstawiciel lub opóźnienie powstało z przyczyn niezależnych od organu. Z kolei przepis art. 56b o.p. stanowi, że podwyższoną stawkę odsetek za zwłokę w wysokości 150% stawki odsetek za zwłokę stosuje się do zaległości w podatku od towarów i usług oraz w podatku akcyzowym w przypadku:
1) zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku ujawnionych przez organ podatkowy w toku kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego,
2) korekty deklaracji:
a) złożonej po doręczeniu zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej, a w przypadkach gdy nie stosuje się zawiadomienia - po zakończeniu kontroli podatkowej,
b) dokonanej w wyniku czynności sprawdzających,
c) złożonej po doręczeniu upoważnienia do przeprowadzenia kontroli celno-skarbowej
- jeżeli kwota zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku przekracza 25% kwoty należnej i jest wyższa niż pięciokrotna wysokość minimalnego wynagrodzenia w rozumieniu ustawy z dnia 10 października 2002 r. o minimalnym wynagrodzeniu za pracę (Dz. U. z 2024 r. poz. 1773), obowiązującego w dniu następującym po dniu upływu terminu płatności zobowiązania lub terminu zwrotu;
3) ujawnienia przez organ podatkowy w toku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego niezłożenia deklaracji, mimo ciążącego obowiązku oraz braku zapłaty podatku.
W orzecznictwie sądów administracyjnych zwrócono uwagę, że oceniając czy przedłużenie terminu biegu postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, w rozumieniu art. 54 § 2 o.p., należy mieć na względzie złożoność sprawy, liczbę i rodzaj przeprowadzonych dowodów, terminowość i celowość czynności podejmowanych przez organ w toku postępowania, a także prawidłowe zorganizowanie postępowania, korzystanie z pomocy prawnej z zagranicy, czas niezbędny do dokonania czynności organizacyjnych (np. wezwanie świadków, pozyskanie informacji). Jeżeli czynności te zajmowały odpowiednią ilość czasu i były uzasadnione z uwagi na zawiłość sprawy, jej etap i konieczność respektowania uprawnień stron postępowania, to uznać należy, że przedłużenie postępowania nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu (por. wyrok NSA z dnia 9 stycznia 2025 r., o sygn. akt I FSK 1870/23 - treść powołanych orzeczeń dostępna jest w Centralnej Bazie Orzeczeń Sądów Administracyjnych, pod adresem: publ. CBOSA). Jednocześnie podkreśla się, że nie ma podstaw do przypisania stronie przyczynienia się do powstania opóźnienia w załatwieniu sprawy przez organ, jeżeli nie wystąpił związek przyczynowo-skutkowy między działaniami strony, a załatwieniem sprawy przez organ podatkowy I instancji, co każdorazowo należy odnosić do czasu, jaki przedłużył postępowanie. W tym kontekście uprawniony jest wniosek, że podejmowanie działań przez organ, czy to z własnej inicjatywy, czy w związku z wystąpieniem strony, jeżeli jest zgodne z przepisami postępowania podatkowego, nie może być traktowane jak załatwienie sprawy po terminie, z przyczyn leżących po stronie organu, w rozumieniu art. 54 § 2 o.p. Podobnie korzystanie przez stronę z uprawnień procesowych, w sposób niewskazujący na ich nadużywanie nie może być poczytywane jako przyczynienie się do późnienia w załatwieniu sprawy w terminie. Zatem dopiero wykazanie organowi braku działań, czy też nieuzasadnionej przewlekłości lub przyczynienie się (z reguły zawinione) przez stronę oraz wystąpienie związku pomiędzy zachowaniem stron, a powstałym z tego powodu opóźnieniem, umożliwia zastosowanie art. 54 § 2 o.p. Co przy tym istotne, organy podatkowe nie mogą w celu realizacji zasady szybkości postępowania, odstąpić od realizacji obowiązku wyjaśnienia wszelkich okoliczności sprawy w stopniu niezbędnym dla rozstrzygnięcia i zebrania niezbędnych dowodów. Wykonywanie przez organ nałożonych na niego obowiązków, mając także na uwadze złożony charakter sprawy, konieczności wyjaśnienia wielu faktów, zgromadzenia i przeprowadzenia szeregu dowodów, może być przyczyną niezawinionego przez organ przedłużania postępowania, szczególnie w sytuacji, gdy w sprawie należy przeprowadzić szereg czynności dowodowych, które mają realny wpływ na długość takiego postępowania. Zauważa się także, że obowiązkiem organu podatkowego jest dobór takich środków lub czynności, w tym dowodowych, które są najbardziej adekwatne do zamierzonego celu, a zarazem najprostsze i najszybsze (por. wyrok NSA z dnia 12 sierpnia 2025 r., o sygn. akt III FSK 464/25 i powołane tam orzecznictwo).
3.3. Mając na uwadze powyższe, w kontekście także zarzutów skargi, Sąd uznał, że ocena biegu postępowania podatkowego i podejmowanych w jego toku czynności przeprowadzona przez organ II instancji, nie budzi zastrzeżeń. Organ odwoławczy dokonał szczegółowej i wnikliwej analizy podejmowanych czynności, także z uwzględnieniem inicjatywy dowodowej, którą przejawiał skarżący w postępowaniu podatkowym zakończonym decyzją ostateczną z dnia 8 listopada 2024 r. w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listopada 2019 r. Analiza działań, opisanych na str. 14 – 25 zaskarżonego postanowienia z dnia 3 czerwca 2025 r., obejmuje okres od 1 marca 2023 r., tj. od wydania przez organ I instancji postanowienia o przekształceniu kontroli celno-skarbowej w postępowanie podatkowe (doręczone w dniu 16 marca 2023 r.).
Zdaniem Sądu prawidłowa jest ocena organu odwoławczego, zgodnie z którą, organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listopada 2019 r. w terminie, o którym stanowi art. 139 § 1 o.p., tj. w terminie 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania podatkowego. Trafnie zwrócono uwagę, że przedłużenie postępowania podatkowego do dnia 14 lipca
2023 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, tj. z uwagi na konieczność doprecyzowania i dodatkowego wyjaśnienia twierdzeń pełnomocnika strony zawartych w piśmie z dnia 27 kwietnia 2023 r. Zasadnie stwierdzono, że upływ 4 dni roboczych od wpływu do urzędu pisma strony z dnia 27 kwietnia 2023 r., a wysłaniem wezwania z dnia 5 maja 2023 r., nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Odnosząc się do dalszego biegu postępowania organ II instancji słusznie uznał, że przedłużenie postępowania podatkowego do dnia 14 września 2023 r. nastąpiło także z przyczyn niezależnych od organu. Zachodziła bowiem konieczność wystąpienia do Sądu Okręgowego w K., realizując wniosek pełnomocnika skarżącego z dnia 4 czerwca 2023 r. oraz potrzeba przeanalizowania wniosków zawartych w piśmie z dnia 27 czerwca 2023 r. - zastrzeżeniach do protokołu badania ksiąg. Jak słusznie wskazano w zaskarżonym postanowieniu, upływ 2 dni roboczych od wpływu do urzędu pisma z dnia 4 czerwca 2023 r. (data wpływu dokumentu: 14 czerwca 2023 r.), a wystąpieniem do wspomnianego sądu powszechnego pismem z dnia 16 czerwca 2023 r., nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Nie budzi zastrzeżeń Sądu stanowisko organu wyrażone w podsumowaniu kolejnego analizowanego okresu prowadzenia postępowania podatkowego w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listopada 2019 r. Zasadnie bowiem organ odwoławczy uznał, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania do dnia 14 września 2023 r., ponieważ przedłużenie postępowania podatkowego do dnia 14 listopada 2023 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, a mianowicie z uwagi na konieczność rozpatrzenia wniosków dowodowych strony zawartych w piśmie z dnia 25 sierpnia 2023 r., w którym wystąpiono o przesłuchanie 5 osób w charakterze świadków. Z powodu niepodania we wniosku dowodowym danych adresowych świadków, organ wzywał pełnomocnika strony o ich uzupełnienie.
Następnie organ odwoławczy prawidłowo uznał, że nie było możliwości zakończenia postępowania podatkowego do dnia 14 listopada 2023 r., a przedłużenie postępowania podatkowego do dnia 15 stycznia 2024 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu, tj. z uwagi na konieczność rozpatrzenia wszystkich wniosków dowodowych pełnomocnika skarżącego zawartych w piśmie z dnia 25 sierpnia 2023 r. Jak trafnie zauważono organ I instancji, niezwłocznie po wskazaniu przez pełnomocnika adresu świadka B. S. wysłał stosowne wezwanie.
Zasadnie organ odwoławczy stwierdził, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w terminie do dnia 15 stycznia 2024 r., a przedłużenie postępowania do dnia 15 marca 2024 r. nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu. Powodem takiej sytuacji była bowiem konieczność przeprowadzenia dowodu z przesłuchania świadków (termin przeprowadzenia dowodów wyznaczono na 1 i 2 lutego 2024 r.) oraz potrzeba uzupełnienia złożonego przez pełnomocnika skarżącego wniosku dowodowego z dnia 20 grudnia 2023 r. Rację ma organ odwoławczy twierdząc, że upływ: 2 dni od wpływu do organu pisma z dnia 20 grudnia 2023 r., a wysłaniem wezwania
z dnia 5 stycznia 2024 r. do pełnomocnika strony oraz 4 dni roboczych od wpływu do organu pisma z dnia 20 grudnia 2023 r., a wezwaniem wnioskowanych osób w celu przesłuchania w charakterze świadka, nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Jak wynika z dalszej analizy podjętych przez organ I instancji czynności, na bieg postępowania wpływ miały m.in. brak możliwości przesłuchania świadka K. S. w wyznaczonym terminie, z uwagi na jego stan zdrowia (pismo świadka z dnia 31 stycznia 2024 r.). Podobnie świadek R. K. nie stawił się w wyznaczonym terminie, przedkładając zwolnienie lekarskie (przy piśmie z dnia 1 lutego 2024 r.). Z uwagi na powyższe zwrócono się do świadków o udzielenie odpowiedzi na pytania na piśmie i świadkowie udzielili odpowiedzi w pismach z dnia: 9 lutego 2024 i 11 marca 2024 r. Następnie postanowieniem z dnia 15 marca 2024 r. organ powtórnie wyznaczył termin, w trybie art. 200 § 1 o.p., przedłużając jednocześnie termin zakończenia postępowania do dnia 15 maja 2024 r., celem umożliwienia pełnomocnikowi skarżącego zajęcia stanowiska w sprawie i wypowiedzenia się co do zebranego materiału dowodowego. Wobec powyższego uprawnione jest stanowisko organu odwoławczego, że organ I instancji nie mógł zakończyć postępowania w terminie do dnia 15 marca 2024 r. Przedłużenie postępowania podatkowego do dnia 15 maja 2024 r. nastąpiło bowiem z przyczyn niezależnych od organu, a mianowicie z uwagi na konieczność dochowania terminu wyznaczonego zgodnie z art. 200 § 1 o.p. Prawidłowa jest ocena organu II instancji, że upływ 4 dni roboczych od pisma R. K. z dnia 11 marca 2024 r. do wysłania postanowienia z dnia 15 marca 2024 r., wyznaczającego siedmiodniowy termin do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego, nie wskazuje na opieszałość i zwłokę organu podatkowego.
Analizując końcową fazę postępowania podatkowego przed organem I instancji, organ odwoławczy trafnie wskazał, że w dniu 10 kwietnia 2024 r. wpłynęło pismo pełnomocnika skarżącego z dnia 4 kwietnia 2024 r., zawierające wniosek o wydłużenie terminu do wypowiedzenia się w sprawie zebranego materiału dowodowego do dnia 12 kwietnia 2024 r., ze względu na ustalenie daty zapoznania z aktami sprawy na dzień 5 kwietnia 2024 r. Z kolei w dniu 15 kwietnia 2024 r. wpłynęło kolejne pismo pełnomocnika strony opatrzone datą 8 kwietnia 2024 r., złożone w związku z wyznaczonym terminem, w trybie art. 200 § 1 o.p. W powyższym piśmie pełnomocnik wniósł o ponowne wezwanie świadka R. K. oraz o przesłuchanie w charakterze świadka B. K. - zastępcy głównego księgowego, kadrowej i pracownika administracyjno-biurowego. Jednocześnie pełnomocnik wniósł wówczas o niepodejmowanie czynności procesowych w niniejszej sprawie przed dniem 26 kwietnia 2024 r., podając jako powód wcześniej planowany wyjazd naukowy.
Postanowieniem z dnia 25 kwietnia 2024 r. organ I instancji odmówił uwzględnienia powyższych wniosków dowodowych, a w dniu 26 kwietnia 2024 r. wydano decyzję kończącą postępowanie podatkowe w pierwszej instancji.
Mając na względzie powyższe okoliczności, zdaniem Sądu, za prawidłową uznać należy ocenę organu II instancji, według której, analiza decyzji organu I instancji z dnia 26 kwietnia 2024 r. oraz czynności podjętych w postępowaniu podatkowym pozwala na stwierdzenie, że organ podatkowy I instancji podejmował, wyłącznie czynności niezbędne do wyjaśnienia stanu faktycznego i zmierzające do wydania rozstrzygnięcia w sprawie, a przeprowadzenie kolejnych dowodów przebiegało bez zbędnej zwłoki i wynikało głównie z wniosków strony. Słusznie organ odwoławczy zaznaczył, że postępowanie podatkowe przedłużono sześciokrotnie, z czego pięciokrotnie - z uwagi na realizację złożonych wniosków dowodowych oraz raz ze względów proceduralnych. Jednocześnie Sąd zauważa, że na żadnym etapie postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług skarżący nie kwestionował opisanych przedłużeń i nie wskazywał na przewlekłość, bądź opieszałość w działaniu lub bezczynność organów podatkowych. W ocenie Sądu nie budzi zastrzeżeń stanowisko, w którym stwierdzono, że postępowanie podatkowe prowadzone przez organ I instancji należało do tzw. postępowań o znacznym ciężarze dowodzenia. Przedstawiona chronologia czynności i wynikające z nich tempo działania organów, oceniane w kontekście stopnia skomplikowania sprawy, braku pełnego materiału dowodowego umożliwiającego niezwłoczne określenie zobowiązania podatkowego, złożone wnioski dowodowe przez podatnika oraz konieczność ich doprecyzowania przez organ, pozwalają na przyjęcie – jako dopuszczalnych - poszczególnych okresów przeznaczonych przez organ podatkowy na analizę zgromadzonej dokumentacji, czy opracowanie dalszego zakresu postępowania. Zasadnie organ odwoławczy stwierdził, że z uwagi na złożoność sprawy, w toku prowadzonego postępowania organ podatkowy musiał dokonać szeregu czynności wyjaśniających i procesowych, w tym:
- sporządzenie protokołów badania ksiąg podatkowych z dnia: 27 marca 2023 r. i 5 czerwca 2023 r.; zaznaczono przy tym, że protokół badania ksiąg podatkowych z dnia 5 czerwca 2023 r. uwzględnił zarzut podniesiony przez pełnomocnika strony w piśmie z dnia 27 kwietnia 2023 r. i został sporządzony, po ponownej analizie materiału dowodowego, w związku ze zmianą ustaleń dokonaną w postępowaniu podatkowym w zakresie transakcji z podmiotem O. S.A.;
- wysłanie wezwania z dnia 5 maja 2023 r. do uzupełnienia wniosku dowodowego zawartego w piśmie z dnia 24 kwietnia 2023 r.;
- wysłanie wezwania z dnia 5 stycznia 2024 r. do doprecyzowania wniosku dowodowego zawartego w piśmie z dnia 20 grudnia 2023 r. oraz przedłożenie brakującego załącznika;
- wystąpienie do Sądu Okręgowego w K. pismem z dnia 16 czerwca 2023 r. o przesłanie dokumentów, zgodnie z wnioskiem dowodowym strony z dnia 4 czerwca 2023 r.;
- podjęcie czynności związanych z realizacją złożonych wniosków dowodowych o przesłuchanie świadków, o których skarżący wnioskował pismami z dnia: 25 sierpnia 2023 r. i 20 grudnia 2023 r. (wezwania kierowane do wskazanych osób oraz do pełnomocnika skarżącego o podanie danych adresowych świadka);
- zapoznanie strony z zebranym materiałem dowodowym, w trybie art. 200 § 1 o.p.
Wobec powyższego na pełną aprobatę zasługuje konkluzja organu II instancji, że złożoność sprawy, ilość przeprowadzonych dowodów, ich rodzaj oraz celowość odzwierciedlona we wnioskach dowodowych strony pozwalają na uznanie, że postępowanie było zorganizowane w sposób prawidłowy, a przeprowadzone czynności zajmowały odpowiednią ilość czasu. W skardze nie zdołano podważyć twiedzenia, że organ I instancji podejmował czynności dowodowe i wyjaśniające bez zbędnej zwłoki, w kolejności zgłaszanych przez przez podatnika wniosków dowodowych. Jednocześnie organ każdorazowo informował pełnomocnika strony o powodach przedłużeń terminu zakończenia postępowania podatkowego i co istotne nie zgłaszano wówczas żadnych uwag.
Uwzględniając powyższe okoliczności, w pełni uzasadniony jest wniosek organu II instancji, że w niniejszej sprawie nie ma podstaw do wyłączenia naliczania odsetek za zwłokę, uregulowanych w przepisie art. 54 § 1 pkt 7 o.p. Zasadnie stwierdzono, że w okolicznościach niniejszej sprawy nie znajduje zastosowania przepis art. 54 § 1 pkt 3 o.p., z uwagi na załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym w terminie przewidzianym w przepisie art. 139 § 3 o.p. Zdaniem Sądu powyższej konkluzji nie może skutecznie podważyć argumentacja zawarta w uzasadnieniu skargi. Wbrew twierdzeniom strony w zaskarżonym postanowieniu nie wyartykułowano zarzutu, jakoby to strona skarżąca przyczyniła się do opóźnienia zakończenia postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług. Rację ma autor skargi, że korzystanie przez stronę z uprawnień procesowych nie może być poczytywane jako przyczynienie się do opóźnienia. Sąd stwierdza, że pogląd taki nie został też wprost wyrażony przez organy obu instancji.
Odnosząc się do chronologii działań organu I instancji, skarżący akcentuje głównie ogólny czas trwania postępowania podnosząc, że wydanie decyzji nastąpiło po czterech latach, licząc od dnia wszczęcia kontroli celno-skarbowej i po upływie roku od wszczęcia postępowania podatkowego. W tym kontekście Sąd zwraca uwagę na trafność stanowiska organu odwoławczego, że przepis art. 54 § 1 pkt 7 o.p. odnosi się wyłącznie do postępowania podatkowego i nie obejmuje swym zakresem ani kontroli podatkowej, ani kontroli celno-skarbowej. Do kontroli celno-skarbowej mają zastosowanie jedynie te przepisy Ordynacji podatkowej, które wyraźnie zostały wymienione w art. 94 ust. 1 ustawy z dnia 16 listopada 2016 r. o Krajowej Administracji Skarbowej (Dz. U. z 2025 r., poz. 1131). W judykaturze słusznie wskazuje się, że przepis art. 54 § 1 o.p. formułuje zamknięty katalog przypadków, w którym nie nalicza się odsetek za zwłokę. Niedopuszczalna jest zatem rozszerzająca wykładnia tego przepisu, co oznacza, że przy obliczaniu terminu, o którym w nim mowa, nie można łączyć terminów trwania kontroli celno-skarbowej (por. wyrok WSA w Krakowie z dnia 10 stycznia 2018 r., o sygn. akt I SA/Kr 1039/17).
3.4. Wbrew twierdzeniom zawartym skardze, głównym argumentem uzasadniającym zastosowanie art. 54 § 2 o.p. nie była praktyka odbierania korespondencji przez pełnomocnika skarżącego w drodze tzw. podwójnego awiza, czyli w ostatnim dniu terminu. Powyższa kwestia została dostrzeżona, ale nie była dla organu kluczową dla rozstrzygnięcia rozpatrywanej sprawy. Przytoczone powyżej wnioski, płynące z dokonanej przez organ odwoławczy analizy podejmowanych przez organ I instancji czynności, odnoszą się przede wszystkim do, wymienionej w art. 54 § 2 o.p., przesłanki dotyczącej przyczyn niezależnych od organu, nie zaś do przyczynienia się strony do opóźnienia w wydaniu decyzji. Stanowisko organów obu instancji oparto bowiem na wnikliwej analizie szeregu czynności, które podejmowano sprawnie jako niezbędne dla wyjaśnienia sprawy i wydania merytorycznego rozstrzygnięcia. Rację ma natomiast skarżący twierdząc, że odbieranie kierowanej przez organ podatkowy korespondencji w trybie "awizo" jest wyrazem korzystania z ustawowych uprawnień, a nie naruszeniem zasad postępowania i nie można z tej okoliczności wywodzić negatywnych konsekwencji dla podatnika.
3.5. Wbrew zarzutom skargi, w ocenie Sądu, organy nie naruszyły regulacji zawartej w art. 56b pkt 1 o.p., który przewiduje podwyższoną stawkę odsetek 150 % stosowaną do zaległości w podatku od towarów i usług w przypadku zaniżenia zobowiązania podatkowego, zawyżenia kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku ujawnionych przez organ podatkowy w toku kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej lub postępowania podatkowego. Powyższy przepis jest jednoznaczny, a użyty zwrot "stosuje się" nie budzi wątpliwości interpretacyjnych. W przypadku zatem bezspornej w sprawie okoliczności, że zaległość w podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2019 r. powstała na skutek zaniżenia zobowiązania podatkowego, stwierdzonego w decyzji wymiarowej, organ w niniejszej sprawie był zobligowany do zastosowania regulacji z art. 56b pkt 1 o.p. Wobec powyższego w zaskarżonych postanowieniach prawidłowo ustalono, że:
- kwota zaniżonego zobowiązania podatkowego za lipiec 2019 r. wyniosła 415 628 zł, a za sierpień 2019 r. wyniosła 644 412, co stanowi [...] obu kwot należnych;
- od 1 stycznia 2019 r. minimalne wynagrodzenie za pracę wynosiło 2.250 zł - § 1 rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 11 września 2018 r. w sprawie minimalnego wynagrodzenia za pracę oraz wysokości minimalnej stawki godzinowej w 2019 r. (Dz. U. z 2018 r. poz. 1794), a pięciokrotna wysokość minimalnego wynagrodzenia w roku 2019 r. stanowiła kwotę 11 250 zł.
Mając na uwadze powyższe uznać należy, że zaistaniały podstawy do zastosowania w niniejszej sprawie, przy wyliczeniu odsetek za zwłokę od zaległości w podatku od towarów i usług za lipiec i sierpień 2019 r., podwyższonej stawki odsetek w wysokości 150%. Zdaniem Sądu za zbyt daleko idący uznać należy pogląd skarżącego, że brak jest podstaw do zastosowania podwyższonej stawki odsetek z uwagi postawę strony, wyrażającą się chęcią dobrowolnej spłaty zobowiązania i współpracy w tym zakresie z organem podatkowym. W powołanym powyżej przepisie brak jest opisanej przez stronę przesłanki, warunkującej jego stosowanie, co oznacza, że postawa podatnika pozostaje bez znaczenia na gruncie art. 56b pkt 1 o.p. Odmowy zastosowania owego przepisu nie sposób wywieść z powołanej przez skarżącego funkcji prewencyjnej, zmierzającej do zminimalizowania ryzyka wyjątkowo nagannych zachowań podatników w podatkach narażonych na nadużycia, o czym wspomniano w uzasadnieniu rządowego projektu ustawy nowelizacyjnej. Z powyższych względów nie sposób także skutecznie zarzucić naruszenie w sprawie przepisu art. 217 § 2 o.p., albowiem nie było potrzeby rozważania w uzasadnieniu zaskarżonych postanowień postawy skarżącego w toku postępowania.
3.6. Nie można zgodzić się ze skarżącym, że w niniejszej sprawie "nie ma klasycznego dla problemów VAT intencjonalnego działania podatnika (...)". Jak wynika z decyzji w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listopada 2019 r. oraz wyroku WSA w Białymstoku z dnia 9 kwietnia 2025 r., o sygn. akt I SA/Bk 30/25, skarżący w 2019 r. prowadził jednoosobową działalność gospodarczą, której głównym przedmiotem było budowanie i remont dróg krajowych, produkcja masy bitumicznej oraz produkcja i sprzedaż betonu. Powyższą działalnością podatnik zarejestrował w 1994 r. Obok opisanej jednoosobowej działalności gospodarczej skarżący do marca 2019 r. był wspólnikiem S. sp. z o.o., a drugim wspólnikiem owej spółki był syn skarżącego - P. M.. Skarżący w 2019 r. pełnił w spółce funkcję prezesa zarządu. Spółka prowadziła działalność gospodarczą w zakresie wykonywania prac drogowych na rzecz jednostek samorządu terytorialnego, a więc w tym samym zakresie, co skarżący w ramach jednoosobowej działalności gospodarczej. W lutym i marcu 2019 r. spółka sprzedała na rzecz strony posiadany majątek, tj. nieruchomości i rzeczy ruchome, a ponad to skarżący przejął zobowiązania finansowe spółki. Ustalono także, że spółka rozwiązała umowy o pracę z pracownikami, przy czym część z nich podjęła zatrudnienie w firmie skarżącego. Realizacja opisanych zdarzeń zbiegła się z zaprzestaniem prowadzenia jakiejkolwiek działalności gospodarczej przez spółkę, która pozbawiona majątku i pracowników została sprzedana na rzecz obywatelki [...] l. R..
W oparciu o powyższe organy podatkowe nie miały żadnych wątpliwości, a WSA w Białymstoku to zaakceptował, że realizowana przez spółkę sprzedaż stanowiła w istocie zbycie przedsiębiorstwa. W konsekwencji uznano, że do transakcji nie ma zastosowania ustawa o podatku od towarów i usług, a podatnik nie miał podstawy do obniżenia podatku należnego. Spółka w lutym i marcu 2019 r. dokonała na rzecz skarżącego sprzedaży składników majątkowych na kwotę brutto ponad 10 milionów zł, wystawiając z tego tytułu faktury VAT, w których wykazała podatek od towarów i usług na kwotę ponad 2 miliony zł. Powyższego podatku jednakże nie odprowadzono do budżetu państwa, albowiem wykazana w deklaracji VAT za luty 2019 r. kwota, podlegająca wpłacie do urzędu skarbowego, w rzeczywistości nie została uregulowana, a za marzec 2019 r. podmiot ten, po zmianie nazwy na R. sp. o.o., w ogóle nie złożył deklaracji VAT i spółka została wykreślona z rejestru podatników VAT. Spółka nie odbiera korespondencji i pomimo podjętych czynności, nie uzyskano też informacji od administracji podatkowej [...]. Analizując czynności zmierzające do sprzedaży spółki, organ powołał się na pisemne wyjaśnienia skarżącego i jego syna, wskazujące, że ich zamiarem była sprzedaż spółki, poprzez sprzedaż wszystkich posiadanych w niej udziałów i intencją była sprzedaż całej spółki, wraz z posiadanym przez spółkę majątkiem.
W powołanym powyżej orzeczeniu WSA w Białymstoku stwierdził, że organy w sposób wnikliwy przeanalizowały poszczególne działania i detale wiążące się ze zbyciem przedsiębiorstwa, począwszy od zamiaru wspólników, poprzez powiązania między stronami transakcji, przygotowania oraz czynności zbycia kolejnych składników majątku spółki, porównanie przedmiotu działalności zbywcy i nabywcy przedsiębiorstwa, jak też sytuację spółki po transakcjach dokonanych ze skarżącym i charakter działalności kontynuowanej przez skarżącego, co finalnie dało podstawy do uznania, że doszło do sprzedaży powiązanych ze sobą składników stanowiących zorganizowaną całość. Ponadto Sąd za znamienne uznał również okoliczności towarzyszące "działalności" spółki po zbyciu opisywanych składników. W konkluzji WSA w Białymstoku, podzielił stanowisko organów podatkowych, że w sprawie doszło do sprzedaży przedsiębiorstwa na rzecz skarżącego, co w konsekwencji uniemożliwiało stronie odliczenie podatku z faktur dokumentujących opisaną transakcję.
Mając powyższe na uwadze i w konteście powołanej przez skarżącego funkcji prewencyjnej, regulacji z art. 56b pkt 1 o.p., stwierdzić należy, że w niniejszej sprawie zastosowanie podwyższonej stawki odsetek niewątpliwie ową funkcję wypełnia, minimalizując ryzyko przyjęcia w przyszłości przez innych podatników prawnej kwalifikacji tego rodzaju transakcji, która prowadzi do nieuprawnionego odliczenia podatku naliczonego VAT.
3.7. Zdaniem Sądu nie zasługuje na uwzględnienie zarzut naruszenia przepisów art. 127 w związku z art. 180, art. 187 i art. 122 o.p., w sposób opisany w petitum skargi. W kontekście tego zarzutu podkreślić należy, że organ odwoławczy rozpoznaje sprawę w całokształcie, a nie jedynie odwołanie, czy zażalenie. Sformułowana w art. 127 o.p. zasada dwuinstancyjności oznacza, że w wyniku złożenia odwołania lub zażalenia sprawa podatkowa będzie w całości przedmiotem postępowania przed organem II instancji. Rodzi to obowiązek dwukrotnego przeprowadzenia postępowania wyjaśniającego, dwukrotnego ustalenia stanu faktycznego i dwukrotnej wykładni przepisów prawa. Powyższa zasada nie wyklucza przy tym dokonania odmiennej oceny materiału dowodowego zgromadzonego już w postępowaniu pierwszoinstancyjnym. Organ odwoławczy nie jest bowiem organem stricte kontrolującym prawidłowość rozstrzygnięcia organu I instancji, ale samodzielnie, w oparciu o już zgromadzone (ewentualnie uzupełnione) dowody, ponownie rozstrzyga sprawę. Ponowne rozstrzygnięcie sprawy oznacza zatem dokonanie ponownych ustaleń faktycznych, a nie tylko przyjęcie tych, które wynikają z rozstrzygnięcia organu I instancji (por. wyrok WSA w Gdańsku z dnia 13 marca 2013 r., o sygn. akt I SA/Gd 1061/12 i powołane tam orzecznictwo).
Uwzględniając powyższe, w ocenie Sądu, nie ma wątpliwości, że zebrany w sprawie materiał dowodowy pozwalał na rozstrzygnięcie sprawy, także w toku kontroli odwoławczej. Organ II instancji, odnosząc się do zarzutów zażalenia, przedstawił własną i pełną ocenę przebiegu postępowania podatkowego przed organem I instancji, prezentując w tym zakresie szeroką i przekonującą argumentację. Uwzględniając powyższe Sąd za nieuprawniony uznał pogląd skarżącego o naruszeniu przez organ odwoławczy zasady dwuinstancyjności postępowania.
Organy obu instancji nie złamały także zasad postępowania dowodowego, w znaczeniu wynikającym z art. 180 i art. 187 o.p. Stosownie do tych regulacji przeprowadzono w sprawie, mieszczące się w granicach prawa, postępowanie wyjaśniające polegające na analizie dynamiki działań organów podjętych w sprawie merytorycznej. Zgodnie z przepisem art. 180 § 1 o.p., jako dowód należy dopuścić wszystko, co może przyczynić się do wyjaśnienia sprawy, a nie jest sprzeczne z prawem. Z akt sprawy nie wynika, aby organy dopuściły jakikolwiek dowód sprzeczny z prawem i nie może stanowić naruszenia przepisów procedury podatkowej sama analiza poszczególnych czynności procesowych i pism znajdujących się w dyspozycji organów podatkowych w sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług. Rola organów obu instancji w niniejszej sprawie sprowadzała się w istocie do zbadania intensywności czynności i sprawności postępowania w przedmiocie podatku od towarów i usług za miesiące od lutego do listopada 2019 r. W ocenie Sądu przebieg postępowania przed organem II instancji i zajęte stanowisko, nie wskazuje na naruszenie przepisów procesowych w stopniu mającym istotny, ani jakikolwiek, wpływ na wynik sprawy, stąd bezpodstawne jawią się zarzuty uchybienia przepisom art. 180, art. 187 i art. 122 o.p.
3.8. Z powyżej przedstawionych względów Sąd stwierdził, że zaskarżone postanowienia odpowiadają prawu, a zarzuty sformułowane w skardze nie mogły odnieść zamierzonego rezultatu. W tym stanie rzeczy Sąd oddalił w całości skargę jako bezzasadną, na podstawie art. 151 p.p.s.a., po uprzednim rozpoznaniu sprawy w trybie art. 119 pkt 3 w zw. z art. 120 p.p.s.a.